Identification of protein targets of nevirapine reactive metabolites using click chemistry and mass spectrometry-based differential proteomics

Abstract : Adverse drug reactions (ADRs) are undesirable effects caused after administration of a single dose or prolonged administration of drug or result from the combination of two or more drugs. Idiosyncratic drug reaction (IDR) is an adverse reaction that does not occur in most patients treated with a drug and does not involve the therapeutic effect of the drug. IDRs are unpredictable and often life-threatening. Idiosyncratic reaction is dependent on drug chemical characteristics or individual immunological response. IDRs are a major problem for drug development because they are usually not detected during clinical trials. In this study we focused on IDRs of Nevirapine (NVP), which is a non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor used for the treatment of Human Immunodeficiency Virus (HIV) infections. The use of NVP is limited by a relatively high incidence of skin rash. NVP also causes a rash in female Brown Norway (BN) rats, which we use as animal model for this study. Our hypothesis is that idiosyncratic skin reactions associated with NVP treatment are due to post-translational modifications of proteins (e.g., glutathionylation) detectable by MS. The main objective of this study was to identify the proteins that are targeted by a reactive metabolite of Nevirapine in the skin. The specific objectives derived from the general objective were as follow: 1) To implement the click chemistry approach to detect proteins modified by a reactive NVP-Alkyne (NVP-ALK) metabolite. The purpose of using NVP-ALK was to couple it with Biotin using cycloaddition Click Chemistry reaction. 2) To detect protein modification using Western blotting and Mass Spectrometry techniques, which is important to understand the mechanism of NVP induced toxicity. 3) To identify the proteins using MASCOT search engine for protein identification, by comparing obtained spectrum from Mass Spectrometry with theoretical spectrum to find a matching peptide sequence. 4) To test if the drug or drug metabolites can cause harmful effects, as the induction of oxidative stress in cells (via protein glutathionylation). Oxidative stress causes cell damage that mediates signals, which likely induces the immune response. The results showed that Nevirapine is metabolized to a reactive metabolite, which causes protein modification. The extracted protein from the treated BN rats matched 10% of keratin, which implies that keratin was the protein targeted by the NVP-ALK.

Importance du concept "made-in" dans un contexte d’évaluation multi-attributs/multi-produits : effet modérateur des variables de personnalité

Le traité du libre-échange entre les États-Unis et le Canada, l'intégration économique des 12 pays d'Europe et les changements politiques et socio-économiques survenus dans les pays de l'Est sont des exemples d'événements qui ont marqué la fin de la dernière décennie. Ces événements ont pour effet de modifier les règles du jeu de la concurrence internationale en matière de commerce et d'affecter directement les activités des entreprises oeuvrant aussi bien dans les marchés étrangers que domestiques. La firme doit avoir la capacité de connaître davantage le comportement de la clientèle-cible et celui de la concurrence afin de mieux adapter ses stratégies de marketing à cette nouvelle réalité. Les décisions auxquelles les exportateurs et les producteurs locaux ont toujours fait face ont trait à des variables stratégiques, entre autres le prix, le nom de la marque, la promotion, la distribution, le service et le lieu de fabrication ("Made-In"). Cette dernière variable a toujours été d'une grande importance pour les firmes ayant des opérations étrangères; en effet, elle touche deux aspects décisionnels à savoir, le coût d'installation des unités de production dans un pays étranger et la réputation ou l'image de ce dernier chez le consommateur. La présence de produits importés à côté des produits domestiques augmente l’éventail de choix du consommateur. Cependant, sa préférence pour un produit par rapport à un autre dépend de plusieurs éléments, soit des facteurs reliés au produit comme son prix compétitif ou sa qualité supérieure, ou bien des facteurs de personnalité, comme le besoin de prestige et d'appartenance.

Le rôle des distributions d’exposition à la publicité pour évaluer l’efficacité d'un plan-média

Dans ce mémoire, nous expliquons d'abord que les principaux critères d'évaluation d'un plan-média qui sont utilisés en pratique sont inappropriés parce qu'ils reposent sur des hypothèses irréalistes concernant le comportement des rendements marginaux des expositions à la publicité. Les distributions d'exposition à la publicité sont ensuite utilisées pour modéliser l'impact de différents plans-média en assumant l'existence de rendements marginaux décroissants en publicité. La performance de ce premier modèle est comparée à celle d'un autre modèle où l'impact est fonction de la taille de l'auditoire-cible des différents supports publicitaires et du nombre d'insertions dans chacun de ceux-ci. Nous trouvons une forte relation entre les deux modèles, ce qui suggère que les données qui alimentent le deuxième modèle et qui sont immédiatement disponibles pour tous les types de médias peuvent remplacer les distributions d'exposition dont l'estimation est beaucoup plus complexe. Nous dérivons enfin une règle de répartition du budget de publicité qui permet de déterminer de façon analytique le meilleur plan-média sans avoir recours à la procédure exhaustive d'essai et erreur qui est utilisée dans la plupart des modèles-média.

Une analyse comparative du contenu culturel de messages publicitaires marocains et québécois

L'économie mondiale actuelle est caractérisée par une grande concurrence entre les entreprises internationales. Dans ce contexte, les politiques de globalisation sont devenues des armes stratégiques pour les dirigeants d'entreprises internationales. L'un des principaux obstacles à une politique globale est la culture dans les pays étrangers. Les dirigeants d'entreprises internationales seront donc amenés à prendre une décision quant à la standardisation ou l'adaptation de leurs messages publicitaires. L'objectif principal de cette étude est d'examiner la présence de la culture dans les messages publicitaires télévisés marocains et québécois. Les dimensions culturelles retenues dans cette étude sont: la langue, les orientations des valeurs culturelles, les productions culturelles et les normes. 71 messages télévisés marocains et 72 messages québécois ont été enregistrés sur deux chaînes, l'une privée et l'autre publique. Ces messages ont été analysés par quatre juges: deux Marocains, un Québécois et un Français. Les juges connaissent les deux cultures marocaine et québécoise. Les résultats indiquent que les orientations de valeurs culturelles ne sont pas très présentes dans les messages marocains et québécois, à l'exception des deux dimensions: individualisme-collectivisme et masculinité-féminité. On a aussi trouvé qu'en général les produits non durables, les produits adressés à une cible âgée, les détergents et les produits de cuisine reflètent plus les productions culturelles et les normes traditionnelles marocaines et québécoises que les produits durables, les produits adressés à une cible jeune et les shampooings.

Characterization of cancer/testis antigen MAGE-A11 for immunotherapy of prostate cancer

Les antigènes testiculaires du cancer sont des cibles idéales pour l’immunothérapie du cancer car ce sont des protéines immunogéniques dont l’expression est restreinte aux cellules germinales et au cancer. Le but de cette étude est d’évaluer le potentiel de MAGE-A11, un antigène testiculaire du cancer, comme cible pour développer un vaccin contre le cancer de la prostate. Pour ce faire, l’anticorps monoclonal 5C4 qui a la capacité de reconnaître la présence de MAGE-A11 dans les tissus fixés et inclus en paraffine a été produit. De plus, l’expression de MAGE-A11 a été analysée sur plusieurs lignées de cellules cancéreuses. Il a été démontré que MAGE-A11 est exprimé dans plusieurs types de cancers notamment dans le cancer du côlon et du cerveau. Finalement, nous avons identifié trois épitopes du CMH classe II HLA-DR1 dans la protéine MAGE-A11 confirmant ainsi l’immunogénicité de cet antigène et son potentiel comme cible pour l’immunothérapie du cancer.

Impact des politiques gouvernementales d'accroissement de la productivité alimentaire du point de vue du paysan malien

À la suite d'un examen de la problématique agricole qui prédomine en général sur le continent africain et de la signification des paysans dans toute recherche de solution au problème agricole en Afrique et plus particulièrement au MALI, l'auteur identifie une région-cible sur laquelle il s'attarde. La contribution essentielle de la thèse porte sur cette région. Les témoignages des personnes enquêtées sont révélateurs. Il y a incontestablement un clivage entre les politiques mises en place par les gouvernements et les aspirations profondes des paysans. Ce clivage aide à comprendre pourquoi les performances agricoles de ces paysans ne répondent pas aux attentes des planificateurs. Ils ne se sentent pas concernés par leurs politiques.

La télévision et le changement d'attitudes chez les personnes de 55 ans et plus

Vieillir, réalité existentielle reliée à la condition humaine. Le fait de vieillir bouscule, répugne, effraie. On en parle beaucoup, comme pour conjurer le mauvais sort, l'éloigner de soi; rarement pour se l'approprier, pour en sonder la richesse. Les médias et les spécialistes de tout acabit nous bombardent quotidiennement d'information sur le sujet. Mais la vraie nature du vieillissement humain n'est jamais apparue aussi mystérieuse. La vieillesse est perçue avant tout comme un problème et non comme une phase normale du développement humain, avec toute sa richesse et ses mille et une possibilités. Les informations véhiculées sur son sujet, particulièrement par les médias, agissent souvent comme un prisme grossissant ce qui vieillit plutôt mal en nous, mais camouflant ce qui vieillit plutôt bien. C'est bien connu, les gens heureux n'ont pas d'histoire. Or être vieux, pour une société axée sur le rendement et l'efficacité, c'est être perçu comme un problème et, par conséquent, c'est être malheureux. Ce sont ces stéréotypes et les attitudes auxquels ils donnent naissance qui nous ont incités à entreprendre cette étude. Quel médium de masse, sinon celui de la télévision, se prêtait le mieux à une intervention visant à changer ces stéréotypes et les attitudes négatives vis-à-vis le vieillissement et les personnes âgées? Comme une nouvelle série d'émissions s'adressant à des personnes de 55 ans et plus venait d'être mise sur pied à Radio-Québec, nous y avons vu une occasion unique d'évaluer l'impact de ce médium par le message véhiculé sur les perceptions et les attitudes de la population ciblée concernant son propre vieillissement. Bref, cette recherche tente de vérifier s'il est possible de modifier les perceptions, les attitudes et les stéréotypes de la société actuelle face au vieillissement et particulièrement auprès des premiers concernés. Elle s'adresse à ceux et celles pour qui la vieillesse pourrait aussi devenir un symbole d'épanouissement et de richesse collective autant qu'individuelle.

Valeur accordée à l'autonomie physique dans les activités de la vie quotidienne par les personnes âgées vivant en institution

La gérontologie est un domaine où les connaissances demeurent fragmentaires. Travailler auprès des aînés peut donc susciter des questions dont les réponses restent à éclaircir. L'une d'elles a fourni le point de départ de la recherche décrite dans ce mémoire. Il s'agit du manque de motivation à rester autonome physiquement, présenté chez un grand nombre de personnes âgées résidant en institution. Plus précisément, il sera traité de la valeur accordée à l'autonomie physique, c'est-à-dire d'un facteur intrinsèque de cette motivation. De plus, comme le domaine de l'autonomie physique reste large et imprécis, cette étude s'est limitée volontairement à l'autonomie physique dans les a.v.q. (activités de la vie quotidienne) de base; être autonome dans ses a.v.q., c'est pouvoir se nourrir, se laver, éliminer, s'habiller et se déplacer seul. Le présent travail s'attachera donc au domaine de la valeur accordée à l'autonomie physique dans les a.v.q. par les aînés. En particulier, il cherchera à fournir une réponse à la question suivante: "L'importance accordée à l'autonomie physique dans les activités de la vie quotidienne par les gens âgés diffère-t-elle selon que ces personnes sont institutionnalisées ou non?" Pour ce faire, la problématique rattachée à cette question sera d'abord précisée et les écrits des différents chercheurs et théoriciens sur les thèmes reliés à ce sujet seront résumés. La méthodologie utilisée, incluant les motifs entourant le choix des instruments et les critères définissant la population-cible, sera alors décrite. Puis, les résultats obtenus seront présentés et analysés. La portée de ces résultats, traitant de l'importance de la valeur accordée à l'autonomie physique et de ses déterminants (en particulier en ce qui a trait au lieu de résidence), sera ensuite discutée en rapport avec les limites rencontrées, permettant d'identifier, en conclusion, certaines pistes futures de réflexion.

Hepsine et matriptase activent l’hémagglutinine des virus influenza A et B et leur inhibition représente une nouvelle stratégie thérapeutique n’entraînant pas le développement de résistance

Résumé: Chaque année, les épidémies saisonnières d’influenza causent de 3 à 5 millions de cas sévères de maladie, entraînant entre 250 000 et 500 000 décès mondialement. Seulement deux classes d’antiviraux sont actuellement commercialisées pour traiter cette infection respiratoire : les inhibiteurs de la neuraminidase, tels que l’oseltamivir (Tamiflu) et les inhibiteurs du canal ionique M2 (adamantanes). Toutefois, leur utilisation est limitée par l’apparition rapide de résistance virale. Il est donc d’un grand intérêt de développer de nouvelles stratégies thérapeutiques pour le traitement de l’influenza. Le virus influenza dépend de l’activation de sa protéine de surface hémagglutinine (HA) pour être infectieux. L’activation a lieu par clivage protéolytique au sein d’une séquence d’acides aminés conservée. Ce clivage doit être effectué par une enzyme de l’hôte, étant donné que le génome du virus ne code pour aucune protéase. Pour les virus infectant l’humain, plusieurs études ont montré le potentiel de protéases à sérine transmembranaires de type II (TTSP) à promouvoir la réplication virale : TMPRSS2, TMPRSS4, HAT, MSPL, Desc1 et matriptase, identifiée récemment par notre équipe (Beaulieu, Gravel et al., 2013), activent l’HA des virus influenza A (principalement H1N1 et H3N2). Toutefois, il existe peu d’information sur le clivage de l’HA des virus influenza B, et seulement TMPRSS2 et HAT ont été identifiées comme étant capables d’activer ce type de virus. Les travaux de ce projet de maîtrise visaient à identifier d’autres TTSP pouvant activer l’HA de l’influenza B. L’efficacité de clivage par la matriptase, hepsine, HAT et Desc1 a été étudiée et comparée entre ces TTSP. Ces quatre protéases s’avèrent capables de cliver l’HA de l’influenza B in vitro. Cependant, seul le clivage par matriptase, hepsine et HAT promeut la réplication virale. De plus, ces TTSP peuvent aussi supporter la réplication de virus influenza A. Ainsi, l’utilisation d’un inhibiteur de TTSP, développé en collaboration avec notre laboratoire, permet de bloquer significativement la réplication virale dans les cellules épithéliales bronchiques humaines Calu-3. Cet inhibiteur se lie de façon covalente et lentement réversible au site actif de la TTSP par un mécanisme slow tight-binding. Puisque cet inhibiteur cible une composante de la cellule hôte, et non une protéine virale, il n’entraîne pas le développement de résistance après 15 passages des virus en présence de l’inhibiteur dans les cellules Calu-3. L’inhibition des TTSP activatrices d’HA dans le système respiratoire humain représente donc une nouvelle stratégie thérapeutique pouvant mener au développement d’antiviraux efficaces contre l’influenza.

Rôle de la MAP3K DLK dans la réponse des neurones à l'ion calcium, un médiateur de dégénérescence et régénérescence

Le corps humain est composé de plusieurs milliards de cellules neuronales, lesquelles ont un impact primordial sur les systèmes vitaux. En effet, le système nerveux, étant lui-même un système vital du corps humain, effectue de nombreuses fonctions afin de voir au bon fonctionnement des autres systèmes du corps, tels que le système cardiovasculaire, le système digestif, le système musculaire et bien d’autres. Plusieurs maladies neurodégénératives telles que l’Alzheimer et la maladie de Creutzfeldt-Jakob, affectent les cellules nerveuses du corps et occasionnent la perte de différentes fonctions causant une diminution du bien-être et pouvant mener à la mort. La hausse du nombre d’individus atteint de maladies neurodégénératives observée au fils des ans nous montre l’importance de comprendre les phénomènes moléculaires qui se produisent lors des mécanismes de dégénérescence axonale dans les neurones. Lors de ma maîtrise dans le laboratoire du professeur Richard Blouin, j’ai étudié l’impact d’une augmentation intracellulaire de calcium sur la protéine dual leucine zipper kinase (DLK) en utilisant un modèle cellulaire humain, les SH-SY5Y. J’ai pu démontrer que l’entrée de calcium dans la cellule avait un impact sur la quantité de protéine DLK présente dans celles-ci. En effet, j’ai pu observer une diminution de la quantité de DLK dans les cellules suite à une entrée de calcium, un phénomène exclusivement calcium-dépendant. À l’aide d’inhibiteurs pharmacologiques, j’ai pu montrer l’implication, des calpaïnes, des protéases calcium-dépendantes reconnues pour leur rôle dans la dégénérescence axonale. Les essais in vitro montrent que DLK est une cible spécifique des calpaïnes.

Élucidation du rôle et du mécanisme d’action de la protéine Cuf2 lors de la méiose chez la levure Schizosaccharomyces pombe

Chez Schizosaccharomyces pombe, le cycle méiotique est le mode de division cellulaire spécialisé qui permet la formation d’ascospores résistantes à différents stress lorsque les conditions environnementales ne sont pas propices à la multiplication cellulaire. Lors de mes travaux de thèse, mes objectifs consistaient à caractériser le rôle et le mécanisme d’action de la protéine Cuf2 lors du cycle méiotique chez S. pombe. Mes résultats ont montré que le gène cuf2[indice supérieur +] était exprimé exclusivement lors des divisions méiotiques et que la protéine se co-localisait de manière constitutive avec le matériel génétique. De plus, mes résultats ont dévoilé que Cuf2 participait à l’activation et à la répression de plusieurs gènes méiotiques selon un mécanisme de nature transcriptionnelle en s’associant spécifiquement avec leur région promotrice. Par la suite, mes résultats ont mis en évidence que Cuf2 interagissait physiquement avec Mei4, un facteur de transcription méiose-spécifique, au noyau des cellules méiotiques. Notamment, mes résultats ont montré que la présence de Mei4 et de son motif de liaison à l’ADN dénommé FLEX étaient nécessaires afin que Cuf2 puisse s’associer au promoteur de son gène cible fzr1[indice supérieur +] afin d’en activer l’expression. L’ensemble de mes résultats indiquent que Cuf2 et Mei4 interagissent aux promoteurs de certains gènes lors des divisions méiotiques afin d’en co-activer l’expression. D’ailleurs, mes résultats ont également montré que la fonction de Cuf2 était importante à la formation d’ascospores et à leur viabilité ; en absence de Cuf2, la majorité des ascospores présentent diverses aberrations et plus de la moitié d’entre elles sont non-viables. Globalement, mes résultats démontrent que Cuf2 est un régulateur critique de l’expression génique lors du cycle méiotique et que cette fonction est essentielle à la sporulation chez S. pombe.

Política do sinaes: significados e efeitos em IES privadas de minas gerais

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Educação, Programa de Pós-graduação em Educação, 2015.

Métabolomique et spectrométrie de masse : de nouvelles perspectives en analyse biomédicale

International audience

Implication des protéines MCM dans la réponse cellulaire aux dommages à l’ADN

Les protéines MCM (minichromosome maintenance) forment un complexe hétérohexamérique composé des protéines MCM2 à MCM7 qui possède une activité hélicase nécessaire lors de la réplication de l’ADN. Ce complexe est la cible des protéines ATM et ATR, kinases responsables de l’initiation de la réponse cellulaires aux dommages à l’ADN, pour permettre l’arrêt de la réplication lors de la détection de cassure double brin. De plus, les MCM permettent le remodelage de la chromatine par leur activité hélicase mais aussi par leur association avec une chaperone d’histone la protéine ASF1. Toutefois, la majorité des complexes MCM ne co-localisent pas avec les origines de réplication. De plus, la quantité des protéines MCM dans la cellule est nettement supérieure à la quantité requise lors de la réplication. Ces deux faits laissent présager que ce complexe hélicase pourrait jouer un second rôle. Des études effectuées au laboratoire ont démontré une augmentation de la fixation à la chromatine des protéines MCM suite au traitement avec l’étoposide, un inhibiteur de la topoisomérase II qui cause des cassures double brin. L’étude des interactions de la protéine MCM2 par spectrométrie de masse ainsi que par immunobuvardage ont démontré une augmentation de l’interaction entre la protéine MCM2 et ASF1 suite aux dommages. Ceci suggère que les protéines MCM pourraient être impliquées dans les mécanismes de réparation de l’ADN. La nature de l’interaction entre la protéine MCM2 et ASF1 a été déterminée in vitro par des immunobuvardages de type Far western et des Dot blot avec des mutants de la protéine MCM2. Des cellules U2OS-Flp-in ont été utilisées pour générer des lignées stables exprimants les protéines MCM2 à MCM7 avec une étiquette GFP ou fusionnées avec une biotine-ligase (BirA). Les cellules ont été cultivées dans du milieu SILAC et des immunoprécipitations ont été effectuées sur des cellules contrôles (R0K0), des cellules qui expriment MCM-GFP ou BirA (R6K4) non-traitées et des cellules qui expriment MCM-GFP ou BirA traitées à l’étoposide (R10K8). Les immunoprécipitations ont été analysés au spectromètre de masse pour déterminer la modulation des interactions avant et après dommages à l’ADN. Les études d’interactions in vitro ont permis d’identifier que l’interaction entre la protéine MCM2 et ASF1 se situe entre les acides aminés 81-162 sur la protéine MCM2. L’approche de spectrométrie de masse a permis d’identifier plusieurs protéines liant le complexe MCM qui sont impliquées non seulement dans la réplication de l’ADN mais aussi dans le remodelage de la chromatine. De plus, certains de ces nouveaux partenaires augmentent leur interaction avec le complexe suite à l’induction de dommages. Ces résultats suggèrent que les protéines MCM jouent un rôle dans la réorganisation de la chromatine dans les mécanismes de réparation de l’ADN.

Atténuation des changements climatiques en Chine : analyse des cibles et des stratégies de réduction des émissions de GES

La Chine est l’acteur le plus important dans la lutte internationale aux changements climatiques. Depuis 2007, ce pays est le plus grand émetteur de dioxyde de carbone avec près du quart des émissions mondiales et la croissance de sa consommation d’énergie depuis les années 2000 met en grand danger l’ensemble de la planète. L’objectif de cet essai est d’analyser la capacité de la Chine à réduire ses émissions de gaz à effet de serre et de participer à sa juste part à l’effort international d’atténuation des changements climatiques. Pour ce faire, la croissance économique chinoise des dernières décennies et ses impacts environnementaux sont présentés. On remarque que le modèle de croissance qui a permis à la Chine de se hisser au sommet de l’économie mondiale a montré ses limites et que le gouvernement a développé une nouvelle stratégie économique qui se veut plus durable. Ensuite, les cibles et engagements climatiques de la Chine sont analysés selon quatre critères (capacité, adéquation, responsabilité et effort). Les résultats de cette analyse montrent que la capacité du pays à réduire ses émissions est grande, mais que ses cibles ne sont ni suffisantes pour maintenir la hausse de la température à 2 °C, ni assez contraignantes et larges. Puis, l’impact de la nouvelle stratégie économique sur différents indicateurs est évalué. Cette évaluation montre que les facteurs qui ont largement contribué à la hausse des émissions de gaz à effet de serre en Chine – à savoir une croissance économique effrénée, une forte dépendance au charbon et une économie dominée par le secteur industriel – subissent d’importants changements. En effet, ces mutations majeures dans l’économie chinoise laissent croire que la Chine atteindra ses cibles d’intensité énergétique, d’énergie renouvelable et de plafonnement des émissions de dioxyde de carbone plus rapidement que prévu. Il est recommandé de bonifier les engagements climatiques de la Chine en imposant une cible absolue sur les émissions de dioxyde de carbone et en élargissant la portée de ces engagements pour inclure d’autres gaz à effet de serre. Aussi, certaines recommandations sont faites pour assurer le bon fonctionnement d’un éventuel système de plafonnement et d’échange en Chine. Le travail se conclut sur l’effort à venir dans la lutte internationale aux changements climatiques et sur la nécessité d’étudier la réduction des émissions de gaz à effet de serre en Chine après leur plafonnement, prévu d’ici 2025.