451 resultados para PLS DA
Resumo:
Esta pesquisa apresenta estudo de caso cujo objetivo foi analisar a aceitao do Portal Inovao, identificando os fatores preditivos da inteno comportamental de uso e do comportamento de uso direcionadores da adoo da tecnologia por seus usurios via extenso do Modelo Unificado de Aceitao de Tecnologia, denominado pela sigla UTAUT (Unified Theory of Acceptance and Use of Technololgy) de Venkatesh et al. (2003). O objeto da pesquisa o Portal Inovao foi desenvolvido pelo Ministrio da Cincia, Tecnologia e Inovao (MCTI) em parceria com o Centro de Gesto e Estudos Estratgicos (CGEE), Associao Brasileira de Desenvolvimento Industrial (ABDI) e Instituto Stela, visando atender s demandas do Sistema Nacional de Cincia, Tecnologia e Inovao (SNCTI) do Pas. Para atingir os objetivos propostos, recorreu-se s abordagens qualitativa, que foi subsidiada pelo mtodo estudo de caso (YIN, 2005) e quantitativa, apoiada pela metodologia UTAUT, aplicada a usurios do portal e que contemplou o resultado de 264 respondentes validados. Quanto ao material de anlise, utilizou-se da pesquisa bibliogrfica sobre governo eletrnico (e-Gov), Internet, Sistema Nacional de Inovao, modelos de aceitao de tecnologia, dados oficiais pblicos e legislaes atinentes ao setor de inovao tecnolgica. A tcnica de anlise empregada quantitativamente consistiu no uso de modelagem por equaes estruturais, com base no algoritmo PLS (Partial Least Square) com bootstrap de 1.000 reamostragens. Os principais resultados obtidos demonstraram alta magnitude e significncia preditiva sobre a Inteno Comportamental de Uso do Portal pelos fatores: Expectativa de Desempenho e Influncia Social. Alm de evidenciarem que as condies facilitadoras impactam significativamente sobre o Comportamento de Uso dos usurios. A concluso principal do presente estudo a de que ao considerarmos a aceitao de um portal governamental em que a adoo voluntria, o fator social altamente influente na inteno de uso da tecnologia, bem como os aspectos relacionados produtividade consequente do usurio e o senso de utilidade; alm da facilidade de interao e domnio da ferramenta. Tais constataes ensejam em novas perspectivas de pesquisa e estudos no mbito das aes de e-Gov, bem como no direcionamento adequado do planejamento, monitoramento e avaliao de projetos governamentais.
Resumo:
A inteno de rotatividade refere-se probabilidade de os indivduos deixarem o seu trabalho atual. Este tema se tornou relevante para as organizaes por ser um potencial problema que pode afetar a competitividade das organizaes, entre outros motivos. Acredita-se que alguns dos indivduos com inteno de rotatividade possivelmente buscam meios de comunicao, novas tecnologias, como a rede social profissional LinkedIn objetivando disseminar suas informaes profissionais, localizar oportunidades profissionais, obter mais contatos e informaes sobre o mercado de trabalho, entre outras possibilidades. Desse modo, a inteno de rotatividade pode ser avaliada como um fator antecedente adoo individual da rede social profissional LinkedIn. Este estudo analisou os fatores antecedentes que podem influenciar a inteno de uso e o comportamento de uso da rede social profissional LinkedIn, apoiando-se na perspectiva terica da Teoria Unificada de Aceitao e Uso da Tecnologia (UTAUT), de Venkatesh et al (2003), e na escala de inteno de rotatividade, de Siqueira et al (2014) e Van Dam (2008). A pesquisa fundamenta-se em uma abordagem de investigao quantitativa na qual os dados foram coletados por meio de um instrumento de pesquisa com a obteno de 292 questionrios respondidos, o que possibilitou a validao dos relacionamentos entre os construtos componentes do modelo de pesquisa desenvolvido para o estudo da adoo individual da rede social profissional LinkedIn. Para realizar o teste das hipteses do estudo, procedeu-se a anlise de equaes estruturais, com base no PLS-PM (Partial Least Squares Path Modeling) a partir do qual foram apresentadas medidas satisfatrias para os construtos investigados e o modelo proposto, sendo significativas todas as relaes entre os construtos. Os resultados obtidos por esta pesquisa confirmam a influncia dos fatores antecedentes Expectativa de Desempenho, Expectativa de Esforo, Influncia Social e Inteno de Rotatividade na inteno de uso da rede social profissional LinkedIn. O estudo concluiu que Expectativa de Desempenho revelou-se o fator que mais influencia na inteno de uso do LinkedIn, pois h a percepo de que ao utilizar o LinkedIn pode-se obter benefcios profissionais, entre outros aspectos. O segundo fator que apresentou maior influncia na inteno de uso do LinkedIn foi a inteno de rotatividade, uma vez que alguns dos indivduos, ao adotarem o LinkedIn, provavelmente tendem a mostrar para as outras pessoas/organizaes interessadas quais so os seus talentos, suas experincias, competncias, alm de obter mais contatos, entre outros motivos. J a Expectativa de Esforo demonstrou que alguns indivduos percebem que fcil a interao desta tecnologia. A Influncia Social constatou que existe a percepo dos indivduos quanto influncia da sua rede de contatos na inteno de uso do LinkedIn.
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O engajamento no trabalho um dos objetivos dos gestores de pessoas. Este trabalho se prope a analisar se a compatibilidade da pessoa com o ambiente de trabalho tem relao com o seu engajamento. H trs fatores na compatibilidade com o ambiente de trabalho (person-environment fit): person-job fit, que aborda a compatibilidade entre as habilidades da pessoa e o trabalho que ela realiza; person-organization fit, que est relacionado com os valores da pessoa frente os valores organizacionais; e needs-supply, que aborda a percepo do indivduo quanto a ter suas necessidades atendidas pelo seu trabalho e pela organizao em que trabalha. Construtos do comportamento organizacional, tais como satisfao no trabalho, comprometimento organizacional e intenes de rotatividade so comumente utilizados como variveis sucessoras nos estudos de compatibilidade (fit), porm no foram encontrados estudos da relao entre a compatibilidade com o ambiente de trabalho (person-environment fit) e o engajamento no trabalho. Esta pesquisa de abordagem quantitativa baseou-se no instrumento Perceptions Fit, proposto por Cable e DeRue, em 2002; e no instrumento UWES Ultrech Work Engagement Scale, de Schaufelli e colaboradores, de 2006. Participaram da pesquisa 114 respondentes com no mnimo seis meses na atividade atual e pelo menos h cinco anos no mercado de trabalho. As anlises por Modelagem de Equaes Estruturais pelo mtodo PLS (Partial Least Squares) comprovaram a hiptese de que quanto maior a compatibilidade entre a pessoa e seu trabalho, maior seu engajamento. Alm da hiptese central do trabalho de que a compatibilidade pessoa-trabalho influencia o engajamento no trabalho, a influncia das dimenses de fit sobre o engajamento foi testada e os resultados mostraram que a dimenso necessidades atendidas (needs-supply) a que mais influncia tem sobre o engajamento. Este estudo inicia a discusso sobre a relao entre a compatibilidade da pessoa com o ambiente de trabalho e o seu engajamento, sugerindo reaplicao do mtodo em pblicos diferenciados, a fim de que os resultados possam ser utilizados para uma melhor eficcia da gesto de pessoas.
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A necessidade de obter e manter nveis de excelncia e de satisfao no trabalho cada vez mais altos leva as organizaes a um crescente investimento em modelos de gesto orientados ao suporte dos seus colaboradores. Desse cenrio emergem alguns questionamentos: o suporte organizacional impacta na satisfao dos colaboradores? Indivduos com alto capital psicolgico possuem um maior nvel de satisfao no trabalho? Buscando responder a essas perguntas, o estudo teve como objetivo comparar e analisar o impacto individual e combinado dos construtos Percepo de Suporte Organizacional e Capital Psicolgico na Satisfao no Trabalho. A pesquisa foi realizada com 304 profissionais de empresas pblicas e privadas, com escolaridade mnima equivalente ao nvel mdio, de ambos os gneros e idades variadas. O instrumento para coleta dos dados foi um questionrio de autopreenchimento composto de trs escalas: Satisfao no Trabalho EST, Percepo de Suporte Organizacional EPSO e Escala de Capital Psicolgico ECP. Para atingir os objetivos propostos no modelo conceitual, foi utilizada a abordagem quantitativa. Os dados foram analisados por modelagem de equao estrutural pelo algoritmo dos mnimos quadrados parciais (PLS). Os resultados demonstraram que as variveis Percepo de Suporte Organizacional e Capital Psicolgico impactam positivamente a varivel Satisfao no Trabalho, sendo que a Percepo de Suporte Organizacional exerce maior impacto na Satisfao do Trabalho do que Capital Psicolgico.  
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Os produtos de luxo so capazes de transmitir significados sociais e individuais, bem como sua carga simblica e emocional. Por meio desses produtos, possvel conhecer um pouco dos valores, crenas e atitudes das pessoas que os consomem. O nmero de pessoas com deficincia no Brasil chega a 45 milhes da populao brasileira, e o mercado brasileiro voltado para pessoas com deficincia ainda pouco explorado pelas empresas. Esse trabalho objetiva analisar os efeitos dos fatores antecedentes da atitude face aos bens de luxo entre pessoas portadoras de deficincia fsica e pessoas sem deficincia. A pesquisa fundamenta-se em uma abordagem de investigao quantitativa, onde os dados foram coletados por meio de um instrumento de pesquisa com a obteno de 239 questionrios respondidos, possibilitando a anlise dos relacionamentos entre os construtos Status, Influncia Social, Autoestima, No funcionalidade sobre a Atitude Face aos Bens de Luxo. Para realizar os testes das hipteses do estudo, foi realizada a anlise de equaes estruturais, com base no PLS-PM (Partial Least Squares Path Modeling), onde foram apresentadas medidas satisfatrias para os construtos investigados e o modelo proposto, sendo significantes algumas relaes entre os construtos. O estudo concluiu que a percepo de status influencia positivamente a Atitude face ao luxo, pois os indivduos buscam aumentar seu status atravs do consumo de bens de luxo. Concluiu-se tambm que a influncia social e autoestima impactam positivamente a Atitude face aos bens de luxo. No foram encontradas influncias significantes da no funcionalidade com a atitude face ao luxo e, alm disso, no foi confirmado que a autoestima influencia a percepo de status e de influncia social. Os resultados evidenciam tambm que pessoas sem deficincia possuem maior percepo de Status se comparados com as pessoas com deficincia fsica. O grupo de pessoas com deficincia fsica tem maior percepo de Funcionalidade atribuda aos produtos e maior Autoestima se comparado com o grupo de pessoas sem deficincia. De acordo com os resultados, o impacto da Autoestima sobre a Atitude Face ao Luxo moderado pelo porte de deficincia.
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As empresas que almejam garantir e melhorar sua posio dentro de em um mercado cada vez mais competitivo precisam estar sempre atualizadas e em constante evoluo. Na busca contnua por essa evoluo, investem em projetos de Pesquisa & Desenvolvimento (P&D) e em seu capital humano para promover a criatividade e a inovao organizacional. As pessoas tm papel fundamental no desenvolvimento da inovao, mas para que isso possa florescer de forma constante preciso comprometimento e criatividade para a gerao de ideias. Criatividade pensar o novo; inovao fazer acontecer. Porm, encontrar pessoas com essas qualidades nem sempre tarefa fcil e muitas vezes preciso estimular essas habilidades e caractersticas para que se tornem efetivamente criativas. Os cursos de graduao podem ser uma importante ferramenta para trabalhar esses aspectos, caractersticas e habilidades, usando mtodos e prticas de ensino que auxiliem no desenvolvimento da criatividade, pois o ambiente ensino-aprendizagem pesa significativamente na formao das pessoas. O objetivo deste estudo de identificar quais fatores tm maior influncia sobre o desenvolvimento da criatividade em um curso de graduao em administrao, analisando a influncia das prticas pedaggicas dos docentes e as barreiras internas dos discentes. O referencial terico se baseia principalmente nos trabalhos de Alencar, Fleith, Torrance e Wechsler. A pesquisa transversal de abordagem quantitativa teve como pblico-alvo os alunos do curso de Administrao de uma universidade confessional da Grande So Paulo, que responderam 465 questionrios compostos de trs escalas. Para as prticas docentes foi adaptada a escala de Prticas Docentes em relao Criatividade. Para as barreiras internas foi adaptada a escala de Barreiras da Criatividade Pessoal. Para a anlise da percepo do desenvolvimento da criatividade foi construda e validada uma escala baseada no referencial de caractersticas de uma pessoa criativa. As anlises estatsticas descritivas e fatoriais exploratrias foram realizadas no software Statistical Package for the Social Sciences (SPSS), enquanto as anlises fatoriais confirmatrias e a mensurao da influncia das prticas pedaggicas e das barreiras internas sobre a percepo do desenvolvimento da criatividade foram realizadas por modelagem de equao estrutural utilizando o algoritmo Partial Least Squares (PLS), no software Smart PLS 2.0. Os resultados apontaram que as prticas pedaggicas e as barreiras internas dos discentes explicam 40% da percepo de desenvolvimento da criatividade, sendo as prticas pedaggicas que exercem maior influencia. A pesquisa tambm apontou que o tipo de temtica e o perodo em que o aluno est cursando no tm influncia sobre nenhum dos trs construtos, somente o professor influencia as prticas pedaggicas.
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As empresas que almejam garantir e melhorar sua posio dentro de em um mercado cada vez mais competitivo precisam estar sempre atualizadas e em constante evoluo. Na busca contnua por essa evoluo, investem em projetos de Pesquisa & Desenvolvimento (P&D) e em seu capital humano para promover a criatividade e a inovao organizacional. As pessoas tm papel fundamental no desenvolvimento da inovao, mas para que isso possa florescer de forma constante preciso comprometimento e criatividade para a gerao de ideias. Criatividade pensar o novo; inovao fazer acontecer. Porm, encontrar pessoas com essas qualidades nem sempre tarefa fcil e muitas vezes preciso estimular essas habilidades e caractersticas para que se tornem efetivamente criativas. Os cursos de graduao podem ser uma importante ferramenta para trabalhar esses aspectos, caractersticas e habilidades, usando mtodos e prticas de ensino que auxiliem no desenvolvimento da criatividade, pois o ambiente ensino-aprendizagem pesa significativamente na formao das pessoas. O objetivo deste estudo de identificar quais fatores tm maior influncia sobre o desenvolvimento da criatividade em um curso de graduao em administrao, analisando a influncia das prticas pedaggicas dos docentes e as barreiras internas dos discentes. O referencial terico se baseia principalmente nos trabalhos de Alencar, Fleith, Torrance e Wechsler. A pesquisa transversal de abordagem quantitativa teve como pblico-alvo os alunos do curso de Administrao de uma universidade confessional da Grande So Paulo, que responderam 465 questionrios compostos de trs escalas. Para as prticas docentes foi adaptada a escala de Prticas Docentes em relao Criatividade. Para as barreiras internas foi adaptada a escala de Barreiras da Criatividade Pessoal. Para a anlise da percepo do desenvolvimento da criatividade foi construda e validada uma escala baseada no referencial de caractersticas de uma pessoa criativa. As anlises estatsticas descritivas e fatoriais exploratrias foram realizadas no software Statistical Package for the Social Sciences (SPSS), enquanto as anlises fatoriais confirmatrias e a mensurao da influncia das prticas pedaggicas e das barreiras internas sobre a percepo do desenvolvimento da criatividade foram realizadas por modelagem de equao estrutural utilizando o algoritmo Partial Least Squares (PLS), no software Smart PLS 2.0. Os resultados apontaram que as prticas pedaggicas e as barreiras internas dos discentes explicam 40% da percepo de desenvolvimento da criatividade, sendo as prticas pedaggicas que exercem maior influencia. A pesquisa tambm apontou que o tipo de temtica e o perodo em que o aluno est cursando no tm influncia sobre nenhum dos trs construtos, somente o professor influencia as prticas pedaggicas.
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Este estudo teve como objetivo principal analisar a relao entre a Liderana Transformacional, a Converso do Conhecimento e a Eficcia Organizacional. Foram considerados como pressupostos tericos conceitos consolidados sobre os temas desta relao, alm de recentes pesquisas j realizadas em outros pases e contextos organizacionais. Com base nisto identificou-se potencial estudo de um modelo que relacionasse estes trs conceitos. Para tal considera-se que as organizaes que buscam atingir Vantagem Competitiva e incorporam a Knowledge-Based View possam conquistar diferenciao frente a seus concorrentes. Nesse contexto o conhecimento ganha maior destaque e papel protagonista nestas organizaes. Dessa forma criar conhecimento atravs de seus colaboradores, passa a ser um dos desafios dessas organizaes ao passo que sugere melhoria de seus indicadores Econmicos, Sociais, Sistmicos e Polticos, o que se define por Eficcia Organizacional. Portanto os modos de converso do conhecimento nas organizaes, demonstram relevncia, uma vez que se cria e se converte conhecimentos atravs da interao entre o conhecimento existente de seus colaboradores. Essa converso do conhecimento ou modelo SECI possui quatro modos que so a Socializao, Externalizao, Combinao e Internalizao. Nessa perspectiva a liderana nas organizaes apresenta-se como um elemento capaz de influenciar seus colaboradores, propiciando maior dinmica ao modelo SECI de converso do conhecimento. Se identifica ento na liderana do tipo Transformacional, caractersticas que possam influenciar colaboradores e entende-se que esta relao entre a Liderana Transformacional e a Converso do Conhecimento possa ter influncia positiva nos indicadores da Eficcia Organizacional. Dessa forma esta pesquisa buscou analisar um modelo que explorasse essa relao entre a liderana do tipo Transformacional, a Converso do Conhecimento (SECI) e a Eficcia Organizacional. Esta pesquisa teve o carter quantitativo com coleta de dados atravs do mtodo survey, obtendo um total de 230 respondentes vlidos de diferentes organizaes. O instrumento de coleta de dados foi composto por afirmativas relativas ao modelo de relao pesquisado com um total de 44 itens. O perfil de respondentes concentrou-se entre 30 e 39 anos de idade, com a predominncia de organizaes privadas e de departamentos de TI/Telecom, Docncia e Recursos Humanos respectivamente. O tratamento dos dados foi atravs da Anlise Fatorial Exploratria e Modelagem de Equaes Estruturais via Partial Least Square Path Modeling (PLS-PM). Como resultado da anlise desta pesquisa, as hipteses puderam ser confirmadas, concluindo que a Liderana Transformacional apresenta influncia positiva nos modos de Converso do Conhecimento e que; a Converso do Conhecimento influencia positivamente na Eficcia Organizacional. Ainda, concluiu-se que a percepo entre os respondentes no apresenta resultado diferente sobre o modelo desta pesquisa entre quem possui ou no funo de liderana.
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When applying multivariate analysis techniques in information systems and social science disciplines, such as management information systems (MIS) and marketing, the assumption that the empirical data originate from a single homogeneous population is often unrealistic. When applying a causal modeling approach, such as partial least squares (PLS) path modeling, segmentation is a key issue in coping with the problem of heterogeneity in estimated cause-and-effect relationships. This chapter presents a new PLS path modeling approach which classifies units on the basis of the heterogeneity of the estimates in the inner model. If unobserved heterogeneity significantly affects the estimated path model relationships on the aggregate data level, the methodology will allow homogenous groups of observations to be created that exhibit distinctive path model estimates. The approach will, thus, provide differentiated analytical outcomes that permit more precise interpretations of each segment formed. An application on a large data set in an example of the American customer satisfaction index (ACSI) substantiates the methodologys effectiveness in evaluating PLS path modeling results.
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This study critically discusses findings from a research project involving four European countries. The project had two main aims. The first was to develop a systematic procedure for assessing the balance between knowledge and competencies acquired in higher, further and vocational education and the specific needs of the labor market. The second aim was to develop and test a set of meta-level quality indicators aimed at evaluating the linkages between education and employment. The project was designed to address the lack of employer input concerning the requirements of business graduates for successful workplace performance and the need for more specific industry-driven feedback to guide administrative heads at universities and personnel at quality assurance agencies in curriculum development and revision. Approach: The project was distinctive in that it combined different partners from higher education, vocational training, industry and quality assurance. Project partners designed and implemented an innovative approach, based on literature review, qualitative interviews and surveys in the four countries, in order to identify and confirm key knowledge and competency requirements. This study presents this step-by-step approach, as well as survey findings from a sample of 900 business graduates and employers. In addition, it introduces two Partial Least Squares (PLS) path models for predicting satisfaction with work performance and satisfaction with business education. Results: Survey findings revealed that employers were not very confident regarding business graduates abilities in key knowledge areas and in key generic competencies. In subsequent analysis, these graduate abilities were tested and identified as important predictors of employers satisfaction with graduates work performance. Conclusion: The industry-driven approach introduced in this study can serve as a guide to assist different types of educational institutions to better align study programs with changing labor market requirements. Recommendations for curriculum improvement are discussed.
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Relationships among quality factors in retailed free-range, corn-fed, organic, and conventional chicken breasts (9) were modeled using chemometric approaches. Use of principal component analysis (PCA) to neutral lipid composition data explained the majority (93%) of variability (variance) in fatty acid contents in 2 significant multivariate factors. PCA explained 88 and 75% variance in 3 factors for, respectively, flame ionization detection (FID) and nitrogen phosphorus (NPD) components in chromatographic flavor data from cooked chicken after simultaneous distillation extraction. Relationships to tissue antioxidant contents were modeled. Partial least square regression (PLS2), interrelating total data matrices, provided no useful models. By using single antioxidants as Y variables in PLS (1), good models (r2 values > 0.9) were obtained for alpha-tocopherol, glutathione, catalase, glutathione peroxidase, and reductase and FID flavor components and among the variables total mono and polyunsaturated fatty acids and subsets of FID, and saturated fatty acid and NPD components. Alpha-tocopherol had a modest (r2 = 0.63) relationship with neutral lipid n-3 fatty acid content. Such factors thus relate to flavor development and quality in chicken breast meat.
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Quantitative structure-activity relationship (QSAR) analysis is a cornerstone of modern informatics. Predictive computational models of peptide-major histocompatibility complex (MHC)-binding affinity based on QSAR technology have now become important components of modern computational immunovaccinology. Historically, such approaches have been built around semiqualitative, classification methods, but these are now giving way to quantitative regression methods. We review three methods--a 2D-QSAR additive-partial least squares (PLS) and a 3D-QSAR comparative molecular similarity index analysis (CoMSIA) method--which can identify the sequence dependence of peptide-binding specificity for various class I MHC alleles from the reported binding affinities (IC50) of peptide sets. The third method is an iterative self-consistent (ISC) PLS-based additive method, which is a recently developed extension to the additive method for the affinity prediction of class II peptides. The QSAR methods presented here have established themselves as immunoinformatic techniques complementary to existing methodology, useful in the quantitative prediction of binding affinity: current methods for the in silico identification of T-cell epitopes (which form the basis of many vaccines, diagnostics, and reagents) rely on the accurate computational prediction of peptide-MHC affinity. We have reviewed various human and mouse class I and class II allele models. Studied alleles comprise HLA-A*0101, HLA-A*0201, HLA-A*0202, HLA-A*0203, HLA-A*0206, HLA-A*0301, HLA-A*1101, HLA-A*3101, HLA-A*6801, HLA-A*6802, HLA-B*3501, H2-K(k), H2-K(b), H2-D(b) HLA-DRB1*0101, HLA-DRB1*0401, HLA-DRB1*0701, I-A(b), I-A(d), I-A(k), I-A(S), I-E(d), and I-E(k). In this chapter we show a step-by-step guide into predicting the reliability and the resulting models to represent an advance on existing methods. The peptides used in this study are available from the AntiJen database (http://www.jenner.ac.uk/AntiJen). The PLS method is available commercially in the SYBYL molecular modeling software package. The resulting models, which can be used for accurate T-cell epitope prediction, will be made are freely available online at the URL http://www.jenner.ac.uk/MHCPred.
Resumo:
Background - MHC Class I molecules present antigenic peptides to cytotoxic T cells, which forms an integral part of the adaptive immune response. Peptides are bound within a groove formed by the MHC heavy chain. Previous approaches to MHC Class I-peptide binding prediction have largely concentrated on the peptide anchor residues located at the P2 and C-terminus positions. Results - A large dataset comprising MHC-peptide structural complexes was created by re-modelling pre-determined x-ray crystallographic structures. Static energetic analysis, following energy minimisation, was performed on the dataset in order to characterise interactions between bound peptides and the MHC Class I molecule, partitioning the interactions within the groove into van der Waals, electrostatic and total non-bonded energy contributions. Conclusion - The QSAR techniques of Genetic Function Approximation (GFA) and Genetic Partial Least Squares (G/PLS) algorithms were used to identify key interactions between the two molecules by comparing the calculated energy values with experimentally-determined BL50 data. Although the peptide termini binding interactions help ensure the stability of the MHC Class I-peptide complex, the central region of the peptide is also important in defining the specificity of the interaction. As thermodynamic studies indicate that peptide association and dissociation may be driven entropically, it may be necessary to incorporate entropic contributions into future calculations.
Resumo:
The accurate identification of T-cell epitopes remains a principal goal of bioinformatics within immunology. As the immunogenicity of peptide epitopes is dependent on their binding to major histocompatibility complex (MHC) molecules, the prediction of binding affinity is a prerequisite to the reliable prediction of epitopes. The iterative self-consistent (ISC) partial-least-squares (PLS)-based additive method is a recently developed bioinformatic approach for predicting class II peptideMHC binding affinity. The ISCPLS method overcomes many of the conceptual difficulties inherent in the prediction of class II peptideMHC affinity, such as the binding of a mixed population of peptide lengths due to the open-ended class II binding site. The method has applications in both the accurate prediction of class II epitopes and the manipulation of affinity for heteroclitic and competitor peptides. The method is applied here to six class II mouse alleles (I-Ab, I-Ad, I-Ak, I-As, I-Ed, and I-Ek) and included peptides up to 25 amino acids in length. A series of regression equations highlighting the quantitative contributions of individual amino acids at each peptide position was established. The initial model for each allele exhibited only moderate predictivity. Once the set of selected peptide subsequences had converged, the final models exhibited a satisfactory predictive power. Convergence was reached between the 4th and 17th iterations, and the leave-one-out cross-validation statistical terms - q2, SEP, and NC - ranged between 0.732 and 0.925, 0.418 and 0.816, and 1 and 6, respectively. The non-cross-validated statistical terms r2 and SEE ranged between 0.98 and 0.995 and 0.089 and 0.180, respectively. The peptides used in this study are available from the AntiJen database (http://www.jenner.ac.uk/AntiJen). The PLS method is available commercially in the SYBYL molecular modeling software package. The resulting models, which can be used for accurate T-cell epitope prediction, will be made freely available online (http://www.jenner.ac.uk/MHCPred).
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Motivation: The immunogenicity of peptides depends on their ability to bind to MHC molecules. MHC binding affinity prediction methods can save significant amounts of experimental work. The class II MHC binding site is open at both ends, making epitope prediction difficult because of the multiple binding ability of long peptides. Results: An iterative self-consistent partial least squares (PLS)-based additive method was applied to a set of 66 pep- tides no longer than 16 amino acids, binding to DRB1*0401. A regression equation containing the quantitative contributions of the amino acids at each of the nine positions was generated. Its predictability was tested using two external test sets which gave r pred =0.593 and r pred=0.655, respectively. Furthermore, it was benchmarked using 25 known T-cell epitopes restricted by DRB1*0401 and we compared our results with four other online predictive methods. The additive method showed the best result finding 24 of the 25 T-cell epitopes. Availability: Peptides used in the study are available from http://www.jenner.ac.uk/JenPep. The PLS method is available commercially in the SYBYL molecular modelling software package. The final model for affinity prediction of peptides binding to DRB1*0401 molecule is available at http://www.jenner.ac.uk/MHCPred. Models developed for DRB1*0101 and DRB1*0701 also are available in MHC- Pred
