Association of candidate genes with phenotypic traits relevant to anorexia nervosa.

This analysis is a follow-up to an earlier investigation of 182 genes selected as likely candidate genetic variations conferring susceptibility to anorexia nervosa (AN). As those initial case-control results revealed no statistically significant differences in single nucleotide polymorphisms, herein, we investigate alternative phenotypes associated with AN. In 1762 females, using regression analyses, we examined the following: (i) lowest illness-related attained body mass index; (ii) age at menarche; (iii) drive for thinness; (iv) body dissatisfaction; (v) trait anxiety; (vi) concern over mistakes; and (vii) the anticipatory worry and pessimism versus uninhibited optimism subscale of the harm avoidance scale. After controlling for multiple comparisons, no statistically significant results emerged. Although results must be viewed in the context of limitations of statistical power, the approach illustrates a means of potentially identifying genetic variants conferring susceptibility to AN because less complex phenotypes associated with AN are more proximal to the genotype and may be influenced by fewer genes. Copyright © 2011 John Wiley & Sons, Ltd and Eating Disorders Association.

Association study of 182 candidate genes in anorexia nervosa.

We performed association studies with 5,151 SNPs that were judged as likely candidate genetic variations conferring susceptibility to anorexia nervosa (AN) based on location under reported linkage peaks, previous results in the literature (182 candidate genes), brain expression, biological plausibility, and estrogen responsivity. We employed a case-control design that tested each SNP individually as well as haplotypes derived from these SNPs in 1,085 case individuals with AN diagnoses and 677 control individuals. We also performed separate association analyses using three increasingly restrictive case definitions for AN: all individuals with any subtype of AN (All AN: n = 1,085); individuals with AN with no binge eating behavior (AN with No Binge Eating: n = 687); and individuals with the restricting subtype of AN (Restricting AN: n = 421). After accounting for multiple comparisons, there were no statistically significant associations for any individual SNP or haplotype block with any definition of illness. These results underscore the importance of large samples to yield appropriate power to detect genotypic differences in individuals with AN and also motivate complementary approaches involving Genome-Wide Association (GWA) studies, Copy Number Variation (CNV) analyses, sequencing-based rare variant discovery assays, and pathway-based analysis in order to make up for deficiencies in traditional candidate gene approaches to AN.

Myostatin augments muscle-specific ring finger protein-1 expression through an NF-kB independent mechanism in SMAD3 null muscle.

Smad (Sma and Mad-related protein) 2/3 are downstream signaling molecules for TGF-β and myostatin (Mstn). Recently, Mstn was shown to induce reactive oxygen species (ROS) in skeletal muscle via canonical Smad3, nuclear factor-κB, and TNF-α pathway. However, mice lacking Smad3 display skeletal muscle atrophy due to increased Mstn levels. Hence, our aims were first to investigate whether Mstn induced muscle atrophy in Smad3(-/-) mice by increasing ROS and second to delineate Smad3-independent signaling mechanism for Mstn-induced ROS. Herein we show that Smad3(-/-) mice have increased ROS levels in skeletal muscle, and inactivation of Mstn in these mice partially ablates the oxidative stress. Furthermore, ROS induction by Mstn in Smad3(-/-) muscle was not via nuclear factor-κB (p65) signaling but due to activated p38, ERK MAPK signaling and enhanced IL-6 levels. Consequently, TNF-α, nicotinamide adenine dinucleotide phosphate oxidase, and xanthine oxidase levels were up-regulated, which led to an increase in ROS production in Smad3(-/-) skeletal muscle. The exaggerated ROS in the Smad3(-/-) muscle potentiated binding of C/EBP homology protein transcription factor to MuRF1 promoter, resulting in enhanced MuRF1 levels leading to muscle atrophy.

A genome-wide approach accounting for body mass index identifies genetic variants influencing fasting glycemic traits and insulin resistance.

Recent genome-wide association studies have described many loci implicated in type 2 diabetes (T2D) pathophysiology and β-cell dysfunction but have contributed little to the understanding of the genetic basis of insulin resistance. We hypothesized that genes implicated in insulin resistance pathways might be uncovered by accounting for differences in body mass index (BMI) and potential interactions between BMI and genetic variants. We applied a joint meta-analysis approach to test associations with fasting insulin and glucose on a genome-wide scale. We present six previously unknown loci associated with fasting insulin at P < 5 × 10(-8) in combined discovery and follow-up analyses of 52 studies comprising up to 96,496 non-diabetic individuals. Risk variants were associated with higher triglyceride and lower high-density lipoprotein (HDL) cholesterol levels, suggesting a role for these loci in insulin resistance pathways. The discovery of these loci will aid further characterization of the role of insulin resistance in T2D pathophysiology.

Parent-of-origin-specific allelic associations among 106 genomic loci for age at menarche.

Age at menarche is a marker of timing of puberty in females. It varies widely between individuals, is a heritable trait and is associated with risks for obesity, type 2 diabetes, cardiovascular disease, breast cancer and all-cause mortality. Studies of rare human disorders of puberty and animal models point to a complex hypothalamic-pituitary-hormonal regulation, but the mechanisms that determine pubertal timing and underlie its links to disease risk remain unclear. Here, using genome-wide and custom-genotyping arrays in up to 182,416 women of European descent from 57 studies, we found robust evidence (P < 5 × 10(-8)) for 123 signals at 106 genomic loci associated with age at menarche. Many loci were associated with other pubertal traits in both sexes, and there was substantial overlap with genes implicated in body mass index and various diseases, including rare disorders of puberty. Menarche signals were enriched in imprinted regions, with three loci (DLK1-WDR25, MKRN3-MAGEL2 and KCNK9) demonstrating parent-of-origin-specific associations concordant with known parental expression patterns. Pathway analyses implicated nuclear hormone receptors, particularly retinoic acid and γ-aminobutyric acid-B2 receptor signalling, among novel mechanisms that regulate pubertal timing in humans. Our findings suggest a genetic architecture involving at least hundreds of common variants in the coordinated timing of the pubertal transition.

Permanent Genetic Resources added to Molecular Ecology Resources Database 1 August 2010-30 September 2010

This article documents the addition of 229 microsatellite marker loci to the Molecular Ecology Resources Database. Loci were developed for the following species: Acacia auriculiformis x Acacia mangium hybrid, Alabama argillacea, Anoplopoma fimbria, Aplochiton zebra, Brevicoryne brassicae, Bruguiera gymnorhiza, Bucorvus leadbeateri, Delphacodes detecta, Tumidagena minuta, Dictyostelium giganteum, Echinogammarus berilloni, Epimedium sagittatum, Fraxinus excelsior, Labeo chrysophekadion, Oncorhynchus clarki lewisi, Paratrechina longicornis, Phaeocystis antarctica, Pinus roxburghii and Potamilus capax. These loci were cross-tested on the following species: Acacia peregrinalis, Acacia crassicarpa, Bruguiera cylindrica, Delphacodes detecta, Tumidagena minuta, Dictyostelium macrocephalum, Dictyostelium discoideum, Dictyostelium purpureum, Dictyostelium mucoroides, Dictyostelium rosarium, Polysphondylium pallidum, Epimedium brevicornum, Epimedium koreanum, Epimedium pubescens, Epimedium wushanese and Fraxinus angustifolia.

Variabilidade dos teores de nutrientes na folha, entre plantas, em um pomar cítrico

Avaliou-se, em 1990, em Governador Mangabeira (BA), a variabilidade dos teores de nutrientes (N, P, K, Ca, Mg, Zn, Cu, Mn e Fe) nas folhas, em uma transeção de 50 plantas espaçadas de 4 m, em um pomar de laranja 'Pêra' com doze anos de idade, sob manejo uniforme e implantado em um latossolo amarelo distrófico textura média relevo plano. Em cada planta, coletaram-se amostras constituídas de vinte folhas, em quatro pontos da copa, opostos dois a dois, e em ramos com frutos. Os resultados permitiram concluir que N, Mg, Zn e Cu apresentaram distribuição normal, seguindo, os demais, a lognormal. Os maiores coeficientes de variação foram observados para K e Cu e, o menor, para N. Com exceção de P e Cu, com distribuição aleatória, os demais nutrientes apresentaram dependência espacial, com alcance variando de 20 m (Mg) a 50 m (Ca). Foi observada correlação espacial cruzada positiva entre matéria orgânica no solo e N na folha.

Eficiência relativa de fertilizantes fosfatados no crescimento inicial de eucalipto cultivado em solos do cerrado

Tendo como objetivo avaliar a eficiência relativa do superfosfato simples (SS), fosfato parcialmente acidulado (FAPS) e termofosfato magnesiano (TERM) como fonte de P e outros nutrientes para o cultivo de plantações de eucalipto, em dois solos da região dos Cerrados, uma areia quartzosa (50 g kg-1 de argila) álica e um latossolo vermelho-escuro (230 g kg-1 de argila) álico, foi realizado este experimento, sob condições de casa de vegetação, na ESALQ/USP, Piracicaba (SP), em 1993. Subamostras do AQ receberam 0, 75, 150 e 300 mg kg-1 de P e, do LE, 0, 125, 250 e 500 mg kg-1 de P no solo. As doses de P foram estimadas com base na solubilidade dos adubos; SS e FAPS, em citrato de amônio, e TERM, em ácido cítrico 20 g L-1. Em cada vaso (5 kg de solo), deixou-se uma planta de Eucalyptus grandis por 90 dias após a emergência e desbaste das plântulas. Paralelamente ao experimento em casa de vegetação, subamostras de todos os tratamentos, com 2 kg de solo, foram incubadas no interior de sacos plásticos por 0, 10, 20, 40, 60 e 80 dias. Ao término de cada período de incubação, os solos eram amostrados e analisados. Mediante o cálculo de índices de eficiência relativa entre os adubos, verificou-se que o TERM foi superior 64% ao SS e 57% ao FAPS no solo AQ. No LE, o SS foi superior 55% ao TERM e 34% ao FAPS. O TERM foi a fonte de P que promoveu os maiores acréscimos do nível de fertilidade dos solos, com expressiva elevação do pH do solo, redução das concentrações de Al e aumento daquelas de Ca e Mg. Os ganhos de produção das mudas de eucalipto foram altamente correlacionados com a absorção de P, K, Ca, Mg e Zn. O TERM proporcionou as maiores absorções desses nutrientes no solo AQ e, as menores, de P, Ca e Zn no LE. As distintas respostas de crescimento para os adubos avaliados, em ambos os solos, sobretudo para TERM e SS, foram atribuídas, em grande parte, aos efeitos secundários das fontes de P sobre a fertilidade dos solos.

Limitações nutricionais para a cultura do arroz irrigado em solo orgânico da região Norte Fluminense

As limitações nutricionais de um solo orgânico para a cultura do arroz irrigado por inundação, cv. Inca, foram identificadas em casa de vegetação em Lavras (MG) de dezembro/94 a junho/95. Coletou-se o material do solo utilizado na região Norte Fluminense, constituindo os tratamentos de testemunha (solo natural), completo (N, P, K, calcário, S, B, Co, Cu, Mo e Zn), e completo menos um nutriente de cada vez. Os resultados permitem concluir que a omissão de N e K reduziu a produção de matéria seca pela parte aérea do arroz, quando colhida na maturação dos grãos, em 28 e 24%, respectivamente, em relação ao completo. Não se observou decréscimo na matéria seca (maturação), quando houve omissão de fósforo, calcário, enxofre e micronutrientes da adubação. Na ausência de N, K e Zn, o acúmulo desses nutrientes na parte aérea das plantas de arroz foi inferior ao do tratamento completo.

Manejo sustentado da fertilidade de um latossolo da Amazônia central sob cultivos sucessivos

Estimativas da área desmatada na Amazônia brasileira, principalmente para a pecuária e agricultura itinerante, já ultrapassam o equivalente à superfície do Estado de Rondônia. Com objetivo de estabelecer o modelo de exaustão de nutrientes do solo e determinar as necessidades de fertilizantes e de calcário para o cultivo sucessivo, após desmatamento e queima da vegetação, foi instalado um experimento em um latossolo amarelo próximo de Manaus (AM). Foram avaliadas respostas às aplicações de N, P, K, Mg, S, B, Cu, Mn, Zn e calcário, durante oito anos de cultivo. No período de 1981 a 1990, foram feitos 17 cultivos, observando-se respostas ao P, K, calcário e Mg, a partir do primeiro, segundo, terceiro e décimo primeiro cultivos, respectivamente. Para N, só houve resposta nos cultivos de milho, sendo necessário aumentar as aplicações a cada cultivo. Na ausência de adubação e de calagem, houve redução dos teores de N, P, K, Ca, Mg, C e do pH e aumento da saturação de Al, com o tempo de cultivo. O uso de fertilizantes e de calcário, com base na análise do solo, permitiu o cultivo contínuo da mesma área, com uma produtividade média de 4,1 t ha-1 ano-1 de grãos, contra 0,2 t ha-1 ano-1 na testemunha. Seria necessário cultivar, aproximadamente, 24 ha no sistema itinerante, para se conseguir o total de grãos produzidos em 1 ha, durante oito anos, com manejo adequado de fertilizantes e de calcário.

Acúmulo e distribuição de nutrientes em Eucalyptus grandis sob diferentes densidades populacionais

Em experimento realizado na região de Santa Bárbara (MG), avaliou-se o efeito da densidade populacional de plantas (DP) sobre as relações nutricionais de Eucalyptus grandis. Os tratamentos consistiram de sete DP, variando de 500 a 5.000 plantas por ha-1. As avaliações, realizadas em julho de 1994, quando as plantas tinham 31 meses de idade, consistiram da coleta e análise química de amostras de tecidos vegetais dos componentes da parte aérea de uma árvore média de cada parcela e da serrapilheira. Determinaram-se as concentrações e calcularam-se os conteúdos e a eficiência de utilização de N, P, K, Ca, e Mg. As relações entre os conteúdos de P, N, K e Mg na biomassa da parte aérea, os coeficiente de utilização (CUB) de P, Ca e Mg pelo tronco e a DP foram mais bem descritas por equações quadráticas. O conteúdo de Ca relacionou-se de modo linear, e os CUB de K e N não foram alterados com a DP. Analisando o balanço de nutrientes, observou-se que as quantidades de P disponível, K e Ca trocáveis existentes no solo (camada de 0 a 195 cm) não seriam suficientes para suprir a demanda nutricional das plantas em um novo ciclo de crescimento, até a idade de 31 meses, em DP superiores a 833 árvores por ha-1.

Relações entre fósforo extraído por resina e respostas da cultura do alho vernalizado à adubação fosfatada em cinco solos com e sem adubação orgânica

Estudaram-se respostas à adubação fosfatada pelo alho vernalizado cv. Roxo Pérola de Caçador em cinco solos com diferentes classes texturais, com e sem adubação orgânica, visando contribuir para o estabelecimento de curva de calibração para fósforo extraído por resina de troca iônica. Foram instalados dois experimentos entre maio e outubro de 1995 e 1996, em vasos (16 L), em casa de vegetação telada do Departamento de Ciência do Solo da Faculdade de Ciências Agronômicas/UNESP, município de Botucatu (SP). Cada experimento constituiu um fatorial com cinco solos e seis doses de fósforo (original, 50, 100, 200, 400 e 800 mg dm-3 de P). A adubação orgânica foi aplicada apenas no primeiro ano, na dosagem de 40 t ha-1 de esterco bovino decomposto. Verificou-se que a aplicação de matéria orgânica dificultou a discriminação dos níveis de fósforo extraído pela resina entre os tratamentos com menores doses de adubação fosfatada. A elevação nos níveis de fósforo aumentou a concentração de clorofila e de N, P, K e Mn e reduziu a concentração de Mg nas folhas; não foram observados efeitos antagônicos do P sobre a absorção de Zn. O nível crítico de fósforo extraído pela resina para os solos utilizados situou-se em torno de 50 mg dm-3 de P, enquanto a concentração foliar crítica de fósforo nas plantas de alho foi de 2,5 g kg-1 de P. A adubação orgânica, na dosagem recomendada para o estado de São Paulo, pode substituir a adubação fosfatada na cultura do alho vernalizado.

Global Genomic Diversity of Human Papillomavirus 6 Based on 724 Isolates and 190 Complete Genome Sequences.

Human papillomavirus type 6 (HPV6) is the major etiological agent of anogenital warts and laryngeal papillomas and has been included in both the quadrivalent and nonavalent prophylactic HPV vaccines. This study investigated the global genomic diversity of HPV6, using 724 isolates and 190 complete genomes from six continents, and the association of HPV6 genomic variants with geographical location, anatomical site of infection/disease, and gender. Initially, a 2,800-bp E5a-E5b-L1-LCR fragment was sequenced from 492/530 (92.8%) HPV6-positive samples collected for this study. Among them, 130 exhibited at least one single nucleotide polymorphism (SNP), indel, or amino acid change in the E5a-E5b-L1-LCR fragment and were sequenced in full. A global alignment and maximum likelihood tree of 190 complete HPV6 genomes (130 fully sequenced in this study and 60 obtained from sequence repositories) revealed two variant lineages, A and B, and five B sublineages: B1, B2, B3, B4, and B5. HPV6 (sub)lineage-specific SNPs and a 960-bp representative region for whole-genome-based phylogenetic clustering within the L2 open reading frame were identified. Multivariate logistic regression analysis revealed that lineage B predominated globally. Sublineage B3 was more common in Africa and North and South America, and lineage A was more common in Asia. Sublineages B1 and B3 were associated with anogenital infections, indicating a potential lesion-specific predilection of some HPV6 sublineages. Females had higher odds for infection with sublineage B3 than males. In conclusion, a global HPV6 phylogenetic analysis revealed the existence of two variant lineages and five sublineages, showing some degree of ethnogeographic, gender, and/or disease predilection in their distribution. IMPORTANCE: This study established the largest database of globally circulating HPV6 genomic variants and contributed a total of 130 new, complete HPV6 genome sequences to available sequence repositories. Two HPV6 variant lineages and five sublineages were identified and showed some degree of association with geographical location, anatomical site of infection/disease, and/or gender. We additionally identified several HPV6 lineage- and sublineage-specific SNPs to facilitate the identification of HPV6 variants and determined a representative region within the L2 gene that is suitable for HPV6 whole-genome-based phylogenetic analysis. This study complements and significantly expands the current knowledge of HPV6 genetic diversity and forms a comprehensive basis for future epidemiological, evolutionary, functional, pathogenicity, vaccination, and molecular assay development studies.

Caracterização química de compostos de lixo urbano de algumas usinas brasileiras

Uma das alternativas para diminuir o volume de lixo urbano a ser descartado é a compostagem, cujo produto - o composto - é utilizado na agricultura. Esses compostos podem apresentar substâncias tóxicas ao ser humano, a exemplo dos metais pesados. O objetivo deste trabalho foi avaliar as características químicas de compostos de lixo urbano de seis capitais brasileiras. Analisaram-se, também, amostras de esterco, calcário, superfosfato simples, KCl e uréia, para comparações com os compostos de lixo. Foram feitas determinações de M.O., C, N, P, K, Ca, Mg, Cu, Mn, Mo, Zn, Fe, Al, Ba, Cd, Co, Cr, Ni, Pb, Sr, Ti e V. As análises foram realizadas, em 1995, nos Laboratórios do Centro de Energia Nuclear na Agricultura - CENA/USP. Houve diferenças nos teores de nutrientes entre os compostos, provavelmente devidas aos diferentes processos de compostagem, estando alguns deles acima dos níveis toleráveis em compostos na Alemanha. Os demais elementos analisados, incluindo os metais pesados, estão dentro da faixa observada em lodo de esgoto na Inglaterra. De acordo com a legislação alemã, o Pb, Cr, Ni e o Cd estão acima dos valores toleráveis para compostos de lixo. Na maioria dos compostos analisados, os teores totais de nutrientes foram menores do que no esterco, mas a concentração dos outros elementos, incluindo metais pesados, foi mais elevada do que no esterco. Embora os teores dos elementos avaliados nos compostos sejam os totais, é necessário cautela para seu uso, até que sejam obtidos resultados seguros sobre a "disponibilidade" desses elementos para as plantas.

Efeito do composto de lixo urbano em um solo arenoso e em plantas de sorgo

Estudou-se o efeito do composto de lixo urbano na fertilidade e nos teores totais e extraídos com solução de DTPA 0,005 mol L-1 pH 7,3 dos elementos Fe, Mn, Zn e Ni em um Podzólico Vermelho-Amarelo textura arenosa, em casa de vegetação. Empregou-se sorgo como planta-teste, avaliando-se perfilhamento, produção de matéria seca e quantidade acumulada dos elementos P, K, Ca, Mg, Fe, Mn, Zn e Ni em função de doses de composto equivalentes a 0, 12,5, 25, 50 e 100 t ha-1, na ausência e na presença de adubação mineral. O composto aumentou a produção de matéria seca do sorgo na ausência de adubação mineral; esta, contudo, promoveu maior aumento de produção e perfilhamento das plantas. Na parte aérea de sorgo, não foi detectado Ni, enquanto as quantidades acumuladas de Fe, Mn e Zn relacionaram-se com os teores no solo extraídos com DTPA. A aplicação do composto de lixo promoveu aumento dos valores de pH, matéria orgânica, bases trocáveis, P resina e CTC do solo, reduzindo a acidez potencial (H + Al). Os teores totais de Fe, Mn e Zn no solo aumentaram com as doses do composto, enquanto o de Ni aumentou somente na ausência de adubação mineral. Os teores de Zn e Ni no solo, extraídos com DTPA, aumentaram com as doses do composto tanto na ausência como na presença de adubação mineral; já os de Mn e Fe diminuíram na presença de adubação mineral e não foram alterados na sua ausência. Apesar de não ter ocorrido acúmulo dos metais pesados no tecido vegetal, houve incremento no solo de alguns dos elementos; portanto, deve-se atentar para aplicações sucessivas de composto de lixo domiciliar.