Combined transcriptomic and proteomic studies reveal non-canonical signaling functions in the jasmonate pathway

Abstract Lipid derived signals mediate many stress and defense responses in multicellular eukaryotes. Among these are the jasmonates, potently active signaling compounds in plants. Jasmonic acid (JA) and 12-oxo-phytodienoic acid (OPDA) are the two best known members of the large jasmonate family. This thesis further investigates their roles as signals using genomic and proteomic approaches. The study is based on a simple genetic model involving two key genes. The first is ALLENE OXIDE SYNTHASE (AOS), encoding the most important enzyme in generating jasmonates. The second is CORONATINE INSENSITIVE 1 (COI1), a gene involved in all currently documented canonical signaling responses. We asked the simple question: do null mutations in AOS and COI1 have analogous effects on the transcriptome ? We found that they do not. If most COI1-dependent genes were also AOS-dependent, the expression of a zinc-finger protein was AOS-dependent but was unaffected by the coi1-1 mutation. We thus supposed that a jasmonate member, most probably OPDA, can alter gene expression partially independently of COI1. Conversely, the expression of at least three genes, one of these is a protein kinase, was shown to be COI1-dependent but did not require a functional AOS protein. We conclude that a non-jasmonate signal might alter gene expression through COIL Proteomic comparison of coi1-1 and aos plants confirmed these observations and highlighted probable protein degradation processes controlled by jasmonates and COI1 in the wounded leaf. This thesis revealed new functions for COI1 and for AOS-generated oxylipins in the jasmonate signaling pathway. Résumé Les signaux dérivés d'acides gras sont des médiateurs de réponses aux stress et de la défense des eucaryotes multicellulaires. Parmi eux, les jasmonates sont de puissants composés de sig¬nalisation chez les plantes. L'acide jasmonique (JA) et l'acide 12-oxo-phytodienoïc (OPDA) sont les deux membres les mieux caractérisés de la grande famille des jasmonates. Cette thèse étudie plus profondément leurs rôles de signalisation en utilisant des approches génomique et protéomique. Cette étude est basée sur un modèle génétique simple n'impliquant que deux gènes. Le premier est PALLENE OXYDE SYNTHASE (AOS) qui encode l'enzyme la plus importante pour la fabrication des jasmonates. Le deuxième est CORONATINE INSENSITIVE 1 (COI1) qui est impliqué dans la totalité des réponses aux jasmonates connues à ce jour. Nous avons posé la question suivante : est-ce que les mutations nulles dans les gènes AOS et COI1 ont des effets analogues sur le transcriptome ? Nous avons trouvé que ce n'était pas le cas. Si la majorité des gènes dépendants de COI1 sont également dépendants d'AOS, l'expression d'un gène codant pour une protéine formée de doigts de zinc n'est pas affectée par la mutation de COI1 tout en étant dépendante d'AOS. Nous avons donc supposé qu'un membre de la famille des jasmonates, probablement OPDA, pouvait modifier l'expression de certains gènes indépendamment de COI1. Inversement, nous avons montré que, tout en étant dépendante de COI1, l'expression d'au moins trois gènes, dont un codant pour une protéine kinase, n'était pas affectée par l'absence d'une protéine AOS fonctionnelle. Nous en avons conclu qu'un signal autre qu'un jasmonate devait modifier l'expression de certains gènes à travers COI1. La comparaison par protéomique de plantes aos et coi1-1 a confirmé ces observations et a mis en évidence un probable processus de dégradation de protéines contrôlé par les jasmonates et COU_ Cette thèse a mis en avant de nouvelles fonctions pour COI1 et pour des oxylipines générées par AOS dans le cadre de la signalisation par les jasmonates.

Brain surface non-rigid registration in auditory processing

Résumé: Le développement rapide de nouvelles technologies comme l'imagerie médicale a permis l'expansion des études sur les fonctions cérébrales. Le rôle principal des études fonctionnelles cérébrales est de comparer l'activation neuronale entre différents individus. Dans ce contexte, la variabilité anatomique de la taille et de la forme du cerveau pose un problème majeur. Les méthodes actuelles permettent les comparaisons interindividuelles par la normalisation des cerveaux en utilisant un cerveau standard. Les cerveaux standards les plus utilisés actuellement sont le cerveau de Talairach et le cerveau de l'Institut Neurologique de Montréal (MNI) (SPM99). Les méthodes de recalage qui utilisent le cerveau de Talairach, ou celui de MNI, ne sont pas suffisamment précises pour superposer les parties plus variables d'un cortex cérébral (p.ex., le néocortex ou la zone perisylvienne), ainsi que les régions qui ont une asymétrie très importante entre les deux hémisphères. Le but de ce projet est d'évaluer une nouvelle technique de traitement d'images basée sur le recalage non-rigide et utilisant les repères anatomiques. Tout d'abord, nous devons identifier et extraire les structures anatomiques (les repères anatomiques) dans le cerveau à déformer et celui de référence. La correspondance entre ces deux jeux de repères nous permet de déterminer en 3D la déformation appropriée. Pour les repères anatomiques, nous utilisons six points de contrôle qui sont situés : un sur le gyrus de Heschl, un sur la zone motrice de la main et le dernier sur la fissure sylvienne, bilatéralement. Evaluation de notre programme de recalage est accomplie sur les images d'IRM et d'IRMf de neuf sujets parmi dix-huit qui ont participés dans une étude précédente de Maeder et al. Le résultat sur les images anatomiques, IRM, montre le déplacement des repères anatomiques du cerveau à déformer à la position des repères anatomiques de cerveau de référence. La distance du cerveau à déformer par rapport au cerveau de référence diminue après le recalage. Le recalage des images fonctionnelles, IRMf, ne montre pas de variation significative. Le petit nombre de repères, six points de contrôle, n'est pas suffisant pour produire les modifications des cartes statistiques. Cette thèse ouvre la voie à une nouvelle technique de recalage du cortex cérébral dont la direction principale est le recalage de plusieurs points représentant un sillon cérébral. Abstract : The fast development of new technologies such as digital medical imaging brought to the expansion of brain functional studies. One of the methodolgical key issue in brain functional studies is to compare neuronal activation between individuals. In this context, the great variability of brain size and shape is a major problem. Current methods allow inter-individual comparisions by means of normalisation of subjects' brains in relation to a standard brain. A largerly used standard brains are the proportional grid of Talairach and Tournoux and the Montreal Neurological Insititute standard brain (SPM99). However, there is a lack of more precise methods for the superposition of more variable portions of the cerebral cortex (e.g, neocrotex and perisyvlian zone) and in brain regions highly asymmetric between the two cerebral hemipsheres (e.g. planum termporale). The aim of this thesis is to evaluate a new image processing technique based on non-linear model-based registration. Contrary to the intensity-based, model-based registration uses spatial and not intensitiy information to fit one image to another. We extract identifiable anatomical features (point landmarks) in both deforming and target images and by their correspondence we determine the appropriate deformation in 3D. As landmarks, we use six control points that are situated: one on the Heschl'y Gyrus, one on the motor hand area, and one on the sylvian fissure, bilaterally. The evaluation of this model-based approach is performed on MRI and fMRI images of nine of eighteen subjects participating in the Maeder et al. study. Results on anatomical, i.e. MRI, images, show the mouvement of the deforming brain control points to the location of the reference brain control points. The distance of the deforming brain to the reference brain is smallest after the registration compared to the distance before the registration. Registration of functional images, i.e fMRI, doesn't show a significant variation. The small number of registration landmarks, i.e. six, is obvious not sufficient to produce significant modification on the fMRI statistical maps. This thesis opens the way to a new computation technique for cortex registration in which the main directions will be improvement of the registation algorithm, using not only one point as landmark, but many points, representing one particular sulcus.

Voir le monde à travers les lunettes du métacontraste: un modèle mathématique inspiré de la psychologie sociale

La théorie de l'autocatégorisation est une théorie de psychologie sociale qui porte sur la relation entre l'individu et le groupe. Elle explique le comportement de groupe par la conception de soi et des autres en tant que membres de catégories sociales, et par l'attribution aux individus des caractéristiques prototypiques de ces catégories. Il s'agit donc d'une théorie de l'individu qui est censée expliquer des phénomènes collectifs. Les situations dans lesquelles un grand nombre d'individus interagissent de manière non triviale génèrent typiquement des comportements collectifs complexes qui sont difficiles à prévoir sur la base des comportements individuels. La simulation informatique de tels systèmes est un moyen fiable d'explorer de manière systématique la dynamique du comportement collectif en fonction des spécifications individuelles. Dans cette thèse, nous présentons un modèle formel d'une partie de la théorie de l'autocatégorisation appelée principe du métacontraste. À partir de la distribution d'un ensemble d'individus sur une ou plusieurs dimensions comparatives, le modèle génère les catégories et les prototypes associés. Nous montrons que le modèle se comporte de manière cohérente par rapport à la théorie et est capable de répliquer des données expérimentales concernant divers phénomènes de groupe, dont par exemple la polarisation. De plus, il permet de décrire systématiquement les prédictions de la théorie dont il dérive, notamment dans des situations nouvelles. Au niveau collectif, plusieurs dynamiques peuvent être observées, dont la convergence vers le consensus, vers une fragmentation ou vers l'émergence d'attitudes extrêmes. Nous étudions également l'effet du réseau social sur la dynamique et montrons qu'à l'exception de la vitesse de convergence, qui augmente lorsque les distances moyennes du réseau diminuent, les types de convergences dépendent peu du réseau choisi. Nous constatons d'autre part que les individus qui se situent à la frontière des groupes (dans le réseau social ou spatialement) ont une influence déterminante sur l'issue de la dynamique. Le modèle peut par ailleurs être utilisé comme un algorithme de classification automatique. Il identifie des prototypes autour desquels sont construits des groupes. Les prototypes sont positionnés de sorte à accentuer les caractéristiques typiques des groupes, et ne sont pas forcément centraux. Enfin, si l'on considère l'ensemble des pixels d'une image comme des individus dans un espace de couleur tridimensionnel, le modèle fournit un filtre qui permet d'atténuer du bruit, d'aider à la détection d'objets et de simuler des biais de perception comme l'induction chromatique. Abstract Self-categorization theory is a social psychology theory dealing with the relation between the individual and the group. It explains group behaviour through self- and others' conception as members of social categories, and through the attribution of the proto-typical categories' characteristics to the individuals. Hence, it is a theory of the individual that intends to explain collective phenomena. Situations involving a large number of non-trivially interacting individuals typically generate complex collective behaviours, which are difficult to anticipate on the basis of individual behaviour. Computer simulation of such systems is a reliable way of systematically exploring the dynamics of the collective behaviour depending on individual specifications. In this thesis, we present a formal model of a part of self-categorization theory named metacontrast principle. Given the distribution of a set of individuals on one or several comparison dimensions, the model generates categories and their associated prototypes. We show that the model behaves coherently with respect to the theory and is able to replicate experimental data concerning various group phenomena, for example polarization. Moreover, it allows to systematically describe the predictions of the theory from which it is derived, specially in unencountered situations. At the collective level, several dynamics can be observed, among which convergence towards consensus, towards frag-mentation or towards the emergence of extreme attitudes. We also study the effect of the social network on the dynamics and show that, except for the convergence speed which raises as the mean distances on the network decrease, the observed convergence types do not depend much on the chosen network. We further note that individuals located at the border of the groups (whether in the social network or spatially) have a decisive influence on the dynamics' issue. In addition, the model can be used as an automatic classification algorithm. It identifies prototypes around which groups are built. Prototypes are positioned such as to accentuate groups' typical characteristics and are not necessarily central. Finally, if we consider the set of pixels of an image as individuals in a three-dimensional color space, the model provides a filter that allows to lessen noise, to help detecting objects and to simulate perception biases such as chromatic induction.

Analysis of torque and speed ripple producing non-idealities of frequency converters in electric drives

Electric motors driven by adjustable-frequency converters may produce periodic excitation forces that can cause torque and speed ripple. Interaction with the driven mechanical system may cause undesirable vibrations that affect the system performance and lifetime. Direct drives in sensitive applications, such as elevators or paper machines, emphasize the importance of smooth torque production. This thesis analyses the non-idealities of frequencyconverters that produce speed and torque ripple in electric drives. The origin of low order harmonics in speed and torque is examined. It is shown how different current measurement error types affect the torque. As the application environment, direct torque control (DTC) method is applied to permanent magnet synchronous machines (PMSM). A simulation model to analyse the effect of the frequency converter non-idealities on the performance of the electric drives is created. Themodel enables to identify potential problems causing torque vibrations and possibly damaging oscillations in electrically driven machine systems. The model is capable of coupling with separate simulation software of complex mechanical loads. Furthermore, the simulation model of the frequency converter's control algorithm can be applied to control a real frequency converter. A commercial frequencyconverter with standard software, a permanent magnet axial flux synchronous motor and a DC motor as the load are used to detect the effect of current measurement errors on load torque. A method to reduce the speed and torque ripple by compensating the current measurement errors is introduced. The method is based on analysing the amplitude of a selected harmonic component of speed as a function oftime and selecting a suitable compensation alternative for the current error. The speed can be either measured or estimated, so the compensation method is applicable also for speed sensorless drives. The proposed compensation method is tested with a laboratory drive, which consists of commercial frequency converter hardware with self-made software and a prototype PMSM. The speed and torque rippleof the test drive are reduced by applying the compensation method. In addition to the direct torque controlled PMSM drives, the compensation method can also beapplied to other motor types and control methods.

Sens et non-sens de la violence : nouvelles expressions, nouvelles approches.

Retrouver le sens de la violence est une démarche certes essentielle, mais non suffisante. Il s'agit aussi d'aller au-delà du sens et de revoir sans cesse les réponses aux expressions nouvelles et inattendues des phénomènes violents, individuels ou collectifs. Cherchant à dépasser une dramatisation de la problématique de la violence des jeunes, ce livre offre des perspectives de réflexion et d'action utiles aux professionnels de la santé mentale des enfants et des adolescents, et plus largement à tous les partenaires du réseau social, éducatif et scolaire. 1. Définition et sources de la violence : Infamies d'enfance. - Agressivité, haine et destructivité: les racines de la violence. - L'enfance des patients adultes diagnostiqués de "paraphilie". - La violence, ses sources pulsionnelles et sa genèse psychique. 2. Formes de violence : Réalités et énigmes de la sexualité infantile déviante. - Les parents battus. - Le harcèlement entre jeunes du même âge. L'arrière-plan familial des jeunes impliqués. - Comportements psychopathiques et réactivité traumatique. - La transgression dans les camps d'extermination nazis. Perdre son âme. Sauver la vie. 3. Psychopathologie. 4. Traitements : De la consommation de substances à la dépendance: un modèle intégratif. - Agressivité et transfert dans le quotidien psychothérapeutique. - Expériences d'interventions au niveau des cellules d'urgences médico-psychologiques. - Sens et non-sens de la violence. - Violences et soins à l'adolescence. - Evacuation et représentation de la violence chez l'enfant psychotique. - La violence pulsionnelle et ses répercussions transférentielles. - Dystraitance. Un accompagnement institutionnel.

Vitamin D time profile based on the contribution of non-genetic and genetic factors in HIV-infected individuals of European ancestry.

BACKGROUND: Vitamin D deficiency is prevalent in HIV-infected individuals and vitamin D supplementation is proposed according to standard care. This study aimed at characterizing the kinetics of 25(OH)D in a cohort of HIV-infected individuals of European ancestry to better define the influence of genetic and non-genetic factors on 25(OH)D levels. These data were used for the optimization of vitamin D supplementation in order to reach therapeutic targets. METHODS: 1,397 25(OH)D plasma levels and relevant clinical information were collected in 664 participants during medical routine follow-up visits. They were genotyped for 7 SNPs in 4 genes known to be associated with 25(OH)D levels. 25(OH)D concentrations were analysed using a population pharmacokinetic approach. The percentage of individuals with 25(OH)D concentrations within the recommended range of 20-40 ng/ml during 12 months of follow-up and several dosage regimens were evaluated by simulation. RESULTS: A one-compartment model with linear absorption and elimination was used to describe 25(OH)D pharmacokinetics, while integrating endogenous baseline plasma concentrations. Covariate analyses confirmed the effect of seasonality, body mass index, smoking habits, the analytical method, darunavir/ritonavir and the genetic variant in GC (rs2282679) on 25(OH)D concentrations. 11% of the inter-individual variability in 25(OH)D levels was explained by seasonality and other non-genetic covariates, and 1% by genetics. The optimal supplementation for severe vitamin D deficient patients was 300,000 IU two times per year. CONCLUSIONS: This analysis allowed identifying factors associated with 25(OH)D plasma levels in HIV-infected individuals. Improvement of dosage regimen and timing of vitamin D supplementation is proposed based on those results.

New Algorithm for Managing Childhood Illness Using Mobile Technology (ALMANACH): A Controlled Non-Inferiority Study on Clinical Outcome and Antibiotic Use in Tanzania.

INTRODUCTION: The decline of malaria and scale-up of rapid diagnostic tests calls for a revision of IMCI. A new algorithm (ALMANACH) running on mobile technology was developed based on the latest evidence. The objective was to ensure that ALMANACH was safe, while keeping a low rate of antibiotic prescription. METHODS: Consecutive children aged 2-59 months with acute illness were managed using ALMANACH (2 intervention facilities), or standard practice (2 control facilities) in Tanzania. Primary outcomes were proportion of children cured at day 7 and who received antibiotics on day 0. RESULTS: 130/842 (15∙4%) in ALMANACH and 241/623 (38∙7%) in control arm were diagnosed with an infection in need for antibiotic, while 3∙8% and 9∙6% had malaria. 815/838 (97∙3%;96∙1-98.4%) were cured at D7 using ALMANACH versus 573/623 (92∙0%;89∙8-94∙1%) using standard practice (p<0∙001). Of 23 children not cured at D7 using ALMANACH, 44% had skin problems, 30% pneumonia, 26% upper respiratory infection and 13% likely viral infection at D0. Secondary hospitalization occurred for one child using ALMANACH and one who eventually died using standard practice. At D0, antibiotics were prescribed to 15∙4% (12∙9-17∙9%) using ALMANACH versus 84∙3% (81∙4-87∙1%) using standard practice (p<0∙001). 2∙3% (1∙3-3.3) versus 3∙2% (1∙8-4∙6%) received an antibiotic secondarily. CONCLUSION: Management of children using ALMANACH improve clinical outcome and reduce antibiotic prescription by 80%. This was achieved through more accurate diagnoses and hence better identification of children in need of antibiotic treatment or not. The building on mobile technology allows easy access and rapid update of the decision chart. TRIAL REGISTRATION: Pan African Clinical Trials Registry PACTR201011000262218.

Present standards and future perspectives in the treatment of metastatic non-small cell lung cancer.

The development of novel effective immunotherapeutic agents and early clinical data hinting at significant activity in non-small cell lung cancer (NSCLC) has introduced yet another player in the field of management of advanced disease. At present, first-line cytotoxic chemotherapy is generally withheld pending results of molecular testing for any actionable genetic alteration that could lead to targeted treatment, and in their absence chemotherapy is prescribed as a default therapy. Phase III trials comparing head-to-head immune checkpoint inhibitors with standard platinum-based doublet chemotherapy are underway. Second-line chemotherapy is likewise being challenged in phase III trials, one of which having recently reported positive results in advanced squamous cell carcinoma. In tumors harboring actionable transforming genetic alterations such as EGFR mutations and ALK rearrangements, second- and third-generation inhibitors allow for multiple lines of targeted treatment beyond initial resistance, postponing the use of cytotoxic chemotherapy to very late lines of therapy. Chemotherapy as a longstanding but still present standard of care capable of prolonging survival, improving quality of life, and relieving symptoms sees its role increasingly restricted to clinical, immunological, and molecular subsets of patients where its activity and efficacy have never been tested prospectively.

Analyse rétrospective et création d'un modèle prédictif des réadmissions précoces dans le Service de Médecine Interne du CHUV

Le taux de réadmission à 30 jours de la sortie de l'hôpital est un indicateur de la qualité de prise en charge hospitalière pouvant refléter des soins suboptimaux ou une coordination insuffisante avec les intervenants ambulatoires. Il existe un algorithme informatisé validé dénommé SQLape® qui, basé sur des données administratives suisses, les codes diagnostiques et les codes d'interventions, permet d'identifier rétrospectivement les réadmissions potentiellement évitables (REAPE), avec une haute sensibilité (96%) et spécificité (96%). Sont considérées REAPE, les réadmissions précoces (< 30 jours), non planifiées à la sortie du séjour index et dues à un diagnostic déjà actif lors du précédent séjour ou dues à une complication d'un traitement. Le but de notre étude a été d'analyser rétrospectivement tous les séjours des patients admis dans le service de Médecine Interne du CHUV entre le 1 janvier 2009 et le 31 décembre 2011, afin de quantifier la proportion de REAPE, puis d'identifier des facteurs de risques afin d'en dériver un modèle prédictif. Nous avons analysé 11'074 séjours. L'âge moyen était de 72 +/- 16,8 ans et 50,3 % étaient des femmes. Nous avons comptabilisé 8,4 % décès durant les séjours et 14,2 % réadmissions à 30 jours de la sortie, dont la moitié (7,0 %) considérées potentiellement évitables selon SQLape®. Les facteurs de risques de REAPE que nous avons mis en évidence étaient les suivants : au moins une hospitalisation antérieure à l'admission index, un score de comorbidité de Charlson > 1, la présence d'un cancer actif, une hyponatrémie, une durée de séjour > 11 jours ou encore la prescription d'au moins 15 médicaments différents durant le séjour. Ces variables ont été utilisées pour en dériver un modèle prédictif de REAPE de bonne qualité (aire sous la courbe ROC de 0,70), plus performant pour notre population qu'un autre modèle prédictif développé et validé au Canada, dénommé score de LACE. Dans une perspective d'amélioration de la qualité des soins et d'une réduction des coûts, la capacité à identifier précocement les patients à risque élevé de REAPE permettrait d'implémenter rapidement des mesures préventives ciblées (par exemple un plan de sortie détaillé impliquant le patient, son entourage et son médecin traitant) en plus des mesures préventives générales (par exemple la réconciliation médicamenteuse)

"Efficacy of brief interdisciplinary psychotherapeutic intervention for moto conversion disorder and non-epileptic attacks"

Comparer une intervention psychothérapeutique interdisciplinaire brève à une prise en charge standard comme traitements pour des patients ayant récemment été diagnostiqués comme souffrant d'un trouble de conversion moteur sévère ou d'attaques non-épileptiques. Méthodes Cette étude randomisée contrôlée de 23 patients consécutifs a comparé a) un groupe d'intervention psychothérapeutique interdisciplinaire recevant 4-6 séances par un psychiatre de liaison, la première et dernière séance étant couplée à une consultation neurologique et à une consultation conjointe par le neurologue et le psychiatre; b) un groupe de prise en charge standard. Après l'intervention, les patients ont été évalués à 2, 6 et 12 mois par le questionnaire de dissociation somatoforme SDQ-20, l'échelle d'impression clinique globale, l'échelle de Rankin, l'utilisation des services de santé, la santé mentale en général (MADRS, échelle de dépression de Beck, composante de santé mentale du SF-36), la qualité de vie (SF-36). Nous avons calculé des modèles linéaires mixtes. Résultats Notre intervention a mené à une amélioration statistiquement significative ? des symptômes physiques (par une mesure du SDQ-20 (p<0.02), et par l'échelle de l'impression clinique globale (p=0.02)) ? des symptômes psychologiques (meilleurs scores à la composante de santé mentale du SF-36 (p<0.05) et à l'inventaire de dépression de Beck (p<0.05)) ? et à une réduction des nouvelles hospitalisations après l'intervention (p<0.05). Conclusion Une intervention psychothérapeutique interdisciplinaire brève en étroite collaboration avec des spécialistes en neurologie dans un cadre de psychiatrie de consultation et liaison a un effet statistiquement significatif sur l'amélioration de patients souffrant de trouble de conversion moteur et d'attaques non-épileptiques.

Induction chemoradiation in stage IIIA/N2 non-small-cell lung cancer: a phase 3 randomised trial.

BACKGROUND: One of the standard options in the treatment of stage IIIA/N2 non-small-cell lung cancer is neoadjuvant chemotherapy and surgery. We did a randomised trial to investigate whether the addition of neoadjuvant radiotherapy improves outcomes. METHODS: We enrolled patients in 23 centres in Switzerland, Germany and Serbia. Eligible patients had pathologically proven, stage IIIA/N2 non-small-cell lung cancer and were randomly assigned to treatment groups in a 1:1 ratio. Those in the chemoradiotherapy group received three cycles of neoadjuvant chemotherapy (100 mg/m(2) cisplatin and 85 mg/m(2) docetaxel) followed by radiotherapy with 44 Gy in 22 fractions over 3 weeks, and those in the control group received neoadjuvant chemotherapy alone. All patients were scheduled to undergo surgery. Randomisation was stratified by centre, mediastinal bulk (less than 5 cm vs 5 cm or more), and weight loss (5% or more vs less than 5% in the previous 6 months). The primary endpoint was event-free survival. Analyses were done by intention to treat. This trial is registered with ClinicalTrials.gov, number NCT00030771. FINDINGS: From 2001 to 2012, 232 patients were enrolled, of whom 117 were allocated to the chemoradiotherapy group and 115 to the chemotherapy group. Median event-free survival was similar in the two groups at 12·8 months (95% CI 9·7-22·9) in the chemoradiotherapy group and 11·6 months (8·4-15·2) in the chemotherapy group (p=0·67). Median overall survival was 37·1 months (95% CI 22·6-50·0) with radiotherapy, compared with 26·2 months (19·9-52·1) in the control group. Chemotherapy-related toxic effects were reported in most patients, but 91% of patients completed three cycles of chemotherapy. Radiotherapy-induced grade 3 dysphagia was seen in seven (7%) patients. Three patients died in the control group within 30 days after surgery. INTERPRETATION: Radiotherapy did not add any benefit to induction chemotherapy followed by surgery. We suggest that one definitive local treatment modality combined with neoadjuvant chemotherapy is adequate to treat resectable stage IIIA/N2 non-small-cell lung cancer. FUNDING: Swiss State Secretariat for Education, Research and Innovation (SERI), Swiss Cancer League, and Sanofi.

Cancer testiculaire: un modèle pour optimiser le suivi radiologique [Testicular cancer: a model to optimize the radiological follow-up].

Le cancer testiculaire, bien que peu fréquent, revêt une importance particulière en oncologie ; il représente actuellement un modèle pour optimiser un suivi radiologique tout en essayant de diminuer l'apparition de tumeurs radio-induites.En effet, cette pathologie présente un taux très élevé de survie nécessitant, au vu du jeune âge des patients, des bilans radiologiques à long terme, auxquels pourront être liés des effets secondaires, en particulier les tumeurs secondaires.Afin de diminuer cela, les recommandations de prise en charge ont évolué et les protocoles de radiologie s'améliorent afin d'exposer à moins de rayonnements ionisants pour un résultat identique.Il est donc devenu primordial de maintenir un suivi optimal tout en essayant d'en minimiser la toxicité. Despite being rare cancers, testicular seminoma and non-seminoma play an important role in oncology: they represent a model on how to optimize radiological follow-up, aiming at a lowest possible radiation exposure and secondary cancer risk. Males diagnosed with testicular cancer undergo frequently prolonged follow-up with CT-scans with potential toxic side effects, in particular secondary cancers. To reduce the risks linked to ionizing radiation, precise follow-up protocols have been developed. The number of recommended CT-scanners has been significantly reduced over the last 10 years. The CT scanners have evolved technically and new acquisition protocols have the potential to reduce the radiation exposure further.

Non-small cell lung cancer: the prevalence of oncogenic driver mutations in Switzerland

Background. Predictive molecular marker analyses are standard of care in order to select non-small cell lung cancer (NSCLC) patients for targeted therapies. The aim of this study was to determine the prevalence of targetable oncogenic driver mutations including EGFR, KRAS, BRAF, HER2, ALK and ROS1 in Switzerland. Methods. Eight Swiss pathology institutions provided retrospective and anonymized data on their predictive molecular marker results performed on NSCLC from January 2012 to December 2014. Clinico-pathological data were recorded including age, gender, histological NSCLC-subtype and specimen type (biopsy, conventional cytology and cell block, respectively) used for molecular analyses. The prevalence of oncogenic mutations were calculated and compared between the centres. Results. A total of 4187 NSCLC were included into the study. The median age was 67 years and 55% were male patients. The tumor specimens for molecular analysis were mostly derived from biopsies (69%), 26% were from conventional cytology specimens and only in 5% from cell blocks. The most prevalent gene mutation was KRAS with 30.6% (range: 27.3-33.9%), followed by EGFR, BRAF and HER2 mutations in 12.2% (range: 10.2-13.1%), 3.9% (range: 2.5-5.6%) and 1.1% (range: 0.9-4.0%), respectively, without significant differences between the eight centers. Concomitant EGFR and KRAS mutations were detected in only 3/2027 NSCLC. In contrast the prevalence of ALK (mean 6.5%, range: 2.8-11.7%) and ROS1 (mean 2.4%, range: 1.5-6.2%) rearrangements varied significantly between centers. Conclusions. The Prevalence of EGFR, KRAS, BRAF and HER2 mutations are well in line with data from other West European populations. Concomitant EGFR, KRAS, BRAF or HER2 mutations are exceptional. ALK FISH results vary significantly between the eight centres. Concomitant ALK FISH positive results in NSCLC harbouring other oncogenic driver mutation have only been observed in two smaller centres, highlighting the difficulty in ALK-FISH interpretation.

Final results of the SAKK 16/00 trial: a randomized phase III trial comparing neoadjuvant chemoradiation to chemotherapy alone in stage IIIA/N2 non-small cell lung cancer (NSCLC).

Aim: One standard option in the treatment of stage IIIA/N2 NSCLC is neoadjuvant chemotherapy followed by surgery. We investigated in a randomized trial whether the addition of neoadjuvant radiotherapy would improve the outcome. Here we present the final results of this study. Methods: Patients (pts.) with pathologically proven, resectable stage IIIA/N2 NSCLC, performance status 0-1, and adequate organ function were randomized 1:1 to chemoradiation (CRT) with 3 cycles of neoadjuvant chemotherapy (cisplatin 100 mg/m2 and docetaxel 85 mg/m2 d1, q3weeks) followed by accelerated concomitant boost radiotherapy (RT) with 44 Gy in 22 fractions in 3 weeks, or neoadjuvant chemotherapy alone (CT), with subsequent surgery for all pts. The primary endpoint was event-free survival (EFS). Results: 232 pts. were randomized in 23 centers, the median follow-up was 53 months. Two thirds were men, median age was 60 years (range 37-76). Histology was squamous cell in 33%, adenocarcinoma in 43%. Response rate to CRT was 61% vs. 44% with CT. 85% of all pts. underwent surgery, 30-day postoperative mortality was 1%. The rate of complete resection was 91% (CRT) vs. 81% (CT) and the pathological complete remission (pCR) rate was 16% vs. 12%. The median EFS was 13.1 months (95% CI 9.9 - 23.5) for the CRT group vs. 11.8 months (95% CI 8.4 - 15.2) in the CT arm (p 0.665). The median overall survival (OS) with CRT was 37.1 months (95% CI 22.6 -50), with CT 26.1 months ( 95% CI 26.1 - 52.1, p 0.938). The local failure rate was 23% in both arms. In the CT arm 12 pts. were given postoperative radiotherapy (PORT) for R1 resection, 6 pts. received PORT in violation of the protocol. Pts. with a pCR, mediastinal downstaging to ypN0/1 and complete resection had a better outcome. Toxicity of chemotherapy was substantial, especially febrile neutropenia was common, whereas RT was well tolerated. Conclusions: This is the first completed phase III trial to evaluate the role of induction chemoradiotherapy and surgery, in comparison to neoadjuvant CT alone followed by surgery. RT was active, it increased response, complete resection and pCR rates. However, this failed to translate into an improvement of local control, EFS or OS. Notably, surgery after induction treatment was safe, including pneumonectomy. The overall survival rates of our neoadjuvant regimen are very encouraging, especially for a multicenter setting. Disclosure: M. Pless: Advisory Board for Sanofi; R. Cathomas: Advisory Board Sanofi D.C. Betticher: Advisory Board Sanofi. All other authors have declared no conflicts of interest.

Le raisonnement clinique de l'infirmier (ère) expert(e) lors de l'évaluation de la douleur chez les patients ventilés, sédatés et non communicants aux soins intensifs

Problématique : La douleur aux soins intensifs adultes est un problème majeur auquel l'équipe soignante est confrontée quotidiennement. Elle nécessite un traitement adéquat et, pour ce faire, une évaluation systématique et précise est requise. Les patients hospitalisés aux soins intensifs sont vulnérables de par leurs pathologies et les multiples stimulations douloureuses auxquelles ils sont exposés. L'évaluation de la douleur est rendue complexe par le fait qu'ils ne peuvent pas la communiquer verbalement. L'utilisation d'échelles d'évaluation de la douleur est recommandée, mais les scores obtenus doivent être interprétés et contextualisés. Evaluer la douleur chez ce type de patient demande aux infirmières des connaissances et compétences élevées, à même d'être mobilisées lors d'un processus complexe lié au raisonnement clinique. But : l'objectif de cette étude descriptive observationnelle est de décrire les indicateurs influençant le raisonnement clinique de l'infirmière1 experte lors de l'évaluation de la douleur chez les patients ventilés, sédatés et non communicants aux soins intensifs. Les résultats produisent une meilleure compréhension de l'évaluation et de la gestion de la douleur en pratique et, finalement, participent à l'amélioration de la qualité de son évaluation et de sa gestion. Méthode : un échantillon de convenance de sept infirmières expertes travaillant dans une unité de soins intensifs d'un hôpital universitaire de Suisse Romande a été constitué pour cette étude. Les données ont été récoltées en situation réelle lors de l'évaluation de la douleur de sept patients en utilisant la méthode du think aloud, par une observation non participative et par un entretien semistructuré. Les données ont été analysées en utilisant une méthode d'analyse de contenu déductive sur la base d'un modèle de raisonnement clinique, comprenant les suivantes: le contexte, la situation du patient, la génération d'hypothèses, les actions infirmières et l'évaluation de l'action. Résultats : la moyenne d'expérience des infirmières participantes est de 15 ans (ÉT 4.5) en soins et de 7.85 ans (ÉT 3.1) en soins intensifs. Sept patients étaient ventilés, sédatés et non communicants ayant une moyenne de score APACHE II2 de 19. Les résultats montrent que les infirmières se basent principalement sur des indicateurs physiologiques pour évaluer la douleur. Elles cherchent à prévenir la douleur pour le patient. Elles se réfèrent régulièrement à des situations déjà vécues (pattern). Elles mobilisent leurs connaissances pour pondérer l'agitation liée à la douleur ou à d'autres causes en générant des hypothèses, puis réalisent un test antalgique pour confirmer ou infirmer l'hypothèse retenue. Conclusion : le contexte clinique joue un rôle important dans le raisonnement clinique de l'infirmière et la gestion de la douleur. Pour faciliter cette tâche, l'évaluation de la douleur doit être combinée avec l'évaluation de la situation clinique du patient et du niveau de sédation des patients de soins intensifs.