Polymorphisms in DNA-Repair Genes in a Cohort of Prostate Cancer Patients from Different Areas in Spain: Heterogeneity between Populations as a Confounding Factor in Association Studies.

BACKGROUND Differences in the distribution of genotypes between individuals of the same ethnicity are an important confounder factor commonly undervalued in typical association studies conducted in radiogenomics. OBJECTIVE To evaluate the genotypic distribution of SNPs in a wide set of Spanish prostate cancer patients for determine the homogeneity of the population and to disclose potential bias. DESIGN SETTING AND PARTICIPANTS A total of 601 prostate cancer patients from Andalusia, Basque Country, Canary and Catalonia were genotyped for 10 SNPs located in 6 different genes associated to DNA repair: XRCC1 (rs25487, rs25489, rs1799782), ERCC2 (rs13181), ERCC1 (rs11615), LIG4 (rs1805388, rs1805386), ATM (rs17503908, rs1800057) and P53 (rs1042522). The SNP genotyping was made in a Biotrove OpenArray® NT Cycler. OUTCOME MEASUREMENTS AND STATISTICAL ANALYSIS Comparisons of genotypic and allelic frequencies among populations, as well as haplotype analyses were determined using the web-based environment SNPator. Principal component analysis was made using the SnpMatrix and XSnpMatrix classes and methods implemented as an R package. Non-supervised hierarchical cluster of SNP was made using MultiExperiment Viewer. RESULTS AND LIMITATIONS We observed that genotype distribution of 4 out 10 SNPs was statistically different among the studied populations, showing the greatest differences between Andalusia and Catalonia. These observations were confirmed in cluster analysis, principal component analysis and in the differential distribution of haplotypes among the populations. Because tumor characteristics have not been taken into account, it is possible that some polymorphisms may influence tumor characteristics in the same way that it may pose a risk factor for other disease characteristics. CONCLUSION Differences in distribution of genotypes within different populations of the same ethnicity could be an important confounding factor responsible for the lack of validation of SNPs associated with radiation-induced toxicity, especially when extensive meta-analysis with subjects from different countries are carried out.

Rationale and design of a randomized, double-blind, placebo controlled multicenter trial to study efficacy, security, and long term effects of intermittent repeated levosimendan administration in patients with advanced heart failure: LAICA study.

BACKGROUND Advanced heart failure (HF) is associated with high morbidity and mortality; it represents a major burden for the health system. Episodes of acute decompensation requiring frequent and prolonged hospitalizations account for most HF-related expenditure. Inotropic drugs are frequently used during hospitalization, but rarely in out-patients. The LAICA clinical trial aims to evaluate the effectiveness and safety of monthly levosimendan infusion in patients with advanced HF to reduce the incidence of hospital admissions for acute HF decompensation. METHODS The LAICA study is a multicenter, prospective, randomized, double-blind, placebo-controlled, parallel group trial. It aims to recruit 213 out-patients, randomized to receive either a 24-h infusion of levosimendan at 0.1 μg/kg/min dose, without a loading dose, every 30 days, or placebo. RESULTS The main objective is to assess the incidence of admission for acute HF worsening during 12 months. Secondarily, the trial will assess the effect of intermittent levosimendan on other variables, including the time in days from randomization to first admission for acute HF worsening, mortality and serious adverse events. CONCLUSIONS The LAICA trial results could allow confirmation of the usefulness of intermittent levosimendan infusion in reducing the rate of hospitalization for HF worsening in advanced HF outpatients.

No evidence of association between common autoimmunity STAT4 and IL23R risk polymorphisms and non-anterior uveitis.

OBJECTIVE: STAT4 and IL23R loci represent common susceptibility genetic factors in autoimmunity. We decided to investigate for the first time the possible role of different STAT4/IL23R autoimmune disease-associated polymorphisms on the susceptibility to develop non-anterior uveitis and its main clinical phenotypes. METHODS Four functional polymorphisms (rs3821236, rs7574865, rs7574070, and rs897200) located within STAT4 gene as well as three independent polymorphisms (rs7517847, rs11209026, and rs1495965) located within IL23R were genotyped using TaqMan® allelic discrimination in a total of 206 patients with non-anterior uveitis and 1553 healthy controls from Spain. RESULTS No statistically significant differences were found when allele and genotype distributions were compared between non-anterior uveitis patients and controls for any STAT4 (rs3821236: P=0.39, OR=1.12, CI 95%=0.87-1.43; rs7574865: P=0.59 OR=1.07, CI 95%=0.84-1.37; rs7574070: P=0.26, OR=0.89, CI 95%=0.72-1.10; rs897200: P=0.22, OR=0.88, CI 95%=0.71-1.08;) or IL23R polymorphisms (rs7517847: P=0.49, OR=1.08, CI 95%=0.87-1.33; rs11209026: P=0.26, OR=0.78, CI 95%=0.51-1.21; rs1495965: P=0.51, OR=0.93, CI 95%=0.76-1.15). CONCLUSION Our results do not support a relevant role, similar to that described for other autoimmune diseases, of IL23R and STAT4 polymorphisms in the non-anterior uveitis genetic predisposition. Further studies are needed to discard a possible weak effect of the studied variant.

Evaluation of the IL2/IL21, IL2RA and IL2RB genetic variants influence on the endogenous non-anterior uveitis genetic predisposition.

BACKGROUND Recently, different genetic variants located within the IL2/IL21 genetic region as well as within both IL2RA and IL2RB loci have been associated to multiple autoimmune disorders. We aimed to investigate for the first time the potential influence of the IL2/IL21, IL2RA and IL2RB most associated polymorphisms with autoimmunity on the endogenous non-anterior uveitis genetic predisposition. METHODS A total of 196 patients with endogenous non-anterior uveitis and 760 healthy controls, all of them from Caucasian population, were included in the current study. The IL2/IL21 (rs2069762, rs6822844 and rs907715), IL2RA (2104286, rs11594656 and rs12722495) and IL2RB (rs743777) genetic variants were genotyped using TaqMan® allelic discrimination assays. RESULTS A statistically significant difference was found for the rs6822844 (IL2/IL21 region) minor allele frequency in the group of uveitis patients compared with controls (P(-value)=0.02, OR=0.64 CI 95%=0.43-0.94) although the significance was lost after multiple testing correction. Furthermore, no evidence of association with uveitis was detected for the analyzed genetic variants of the IL2RA or IL2RB loci. CONCLUSION Our results indicate that analyzed IL2/IL21, IL2RA and IL2RB polymorphisms do not seem to play a significant role on the non-anterior uveitis genetic predisposition although further studies are needed in order to clear up the influence of these loci on the non-anterior uveitis susceptibility.

Guía de práctica clínica para el cuidado de personas con úlceras neoplásicas

Material adicional: La Guía de práctica clínica se completa con la "Guía rápida de consulta para el cuidado de personas con úlceras neoplásicas" y la guía para pacientes y cuidadores "Aprendiendo a conocer y mejorar sus cuidados. Versión para personas que padecen úlceras neoplásicas"

Response to Infliximab in Crohn's Disease: Genetic Analysis Supporting Expression Profile.

Substantial proportion of Crohn's disease (CD) patients shows no response or a limited response to treatment with infliximab (IFX) and to identify biomarkers of response would be of great clinical and economic benefit. The expression profile of five genes (S100A8-S100A9, G0S2, TNFAIP6, and IL11) reportedly predicted response to IFX and we aimed at investigating their etiologic role through genetic association analysis. Patients with active CD (350) who received at least three induction doses of IFX were included and classified according to IFX response. A tagging strategy was used to select genetic polymorphisms that cover the variability present in the chromosomal regions encoding the identified genes with altered expression. Following genotyping, differences between responders and nonresponders to IFX were observed in haplotypes of the studied regions: S100A8-S100A9 (rs11205276* G/rs3014866* C/rs724781* C/rs3006488* A; P = 0.05); G0S2 (rs4844486* A/rs1473683* T; P = 0.15); TNFAIP6 (rs11677200* C/rs2342910* A/rs3755480* G/rs10432475* A; P = 0.10); and IL11 (rs1126760* C/rs1042506* G; P = 0.07). These differences were amplified in patients with colonic and ileocolonic location for all but the TNFAIP6 haplotype, which evidenced significant difference in ileal CD patients. Our results support the role of the reported expression signature as predictive of anti-TNF outcome in CD patients and suggest an etiological role of those top-five genes in the IFX response pathway.

A new efficient approach to the direct restricted active space self-consistent field method

An implicitly parallel method for integral-block driven restricted active space self-consistent field (RASSCF) algorithms is presented. The approach is based on a model space representation of the RAS active orbitals with an efficient expansion of the model subspaces. The applicability of the method is demonstrated with a RASSCF investigation of the first two excited states of indole

Automatic generation of active coordinates for quantum dynamics calculations: application to the dynamics of benzene photochemistry

A new practical method to generate a subspace of active coordinates for quantum dynamics calculations is presented. These reduced coordinates are obtained as the normal modes of an analytical quadratic representation of the energy difference between excited and ground states within the complete active space self-consistent field method. At the Franck-Condon point, the largest negative eigenvalues of this Hessian correspond to the photoactive modes: those that reduce the energy difference and lead to the conical intersection; eigenvalues close to 0 correspond to bath modes, while modes with large positive eigenvalues are photoinactive vibrations, which increase the energy difference. The efficacy of quantum dynamics run in the subspace of the photoactive modes is illustrated with the photochemistry of benzene, where theoretical simulations are designed to assist optimal control experiments

The curvature of the conical intersection seam: an approximate second-order analysis

We present a method for analyzing the curvature (second derivatives) of the conical intersection hyperline at an optimized critical point. Our method uses the projected Hessians of the degenerate states after elimination of the two branching space coordinates, and is equivalent to a frequency calculation on a single Born-Oppenheimer potential-energy surface. Based on the projected Hessians, we develop an equation for the energy as a function of a set of curvilinear coordinates where the degeneracy is preserved to second order (i.e., the conical intersection hyperline). The curvature of the potential-energy surface in these coordinates is the curvature of the conical intersection hyperline itself, and thus determines whether one has a minimum or saddle point on the hyperline. The equation used to classify optimized conical intersection points depends in a simple way on the first- and second-order degeneracy splittings calculated at these points. As an example, for fulvene, we show that the two optimized conical intersection points of C2v symmetry are saddle points on the intersection hyperline. Accordingly, there are further intersection points of lower energy, and one of C2 symmetry - presented here for the first time - is found to be the global minimum in the intersection space

Crecimiento y mortalidad del cangrejo violáceo platyxanthus orbignyi en la zona costera de Lambayeque, Perú

El "cangrejo violáceo", Platyxanthus orbignyi, constituye un recurso marino de aceptación en el mercado y es explotado por los pescadores artesanales. Se realizaron muestreos quincenales, entre febrero 1988 y febrero 1989, utilizando trampas cangrejeras, en cuatro playas de Lambayeque, norte del Perú (San José, Pimentel, Santa Rosa y Eten), a fin de determinar los parámetros de crecimiento y las tasas de mortalidad total (Z) y natural (M). Se capturaron 3711 ejemplares. La talla varió entre 10 y 106 mm de ancho cefalotorácico (Ac). Los estados de muda presentes en la distribución polimodal de frecuencia de talla, fueron separados utilizando una modificación del método de BHATTACHARYA, obteniéndose el Ac de los diferentes estados de muda, que fueron ajustados por la Ley de DYAR. Se determinaron 12 estados de muda para los machos y 11 en las hembras; los incrementos fueron similares entre los estados de muda consecutivos, con un promedio de 8 mm en los machos y 7,7 mm en las hembras. Por muda, esta especie presenta un crecimiento de tipo aritmético y, al ajustar la ecuación de VON BERTALANFFY a la escalonada curva de crecimiento, se determinaron los parámetros de: Loo= 115,46; K = 0276; to = 0,104 en machos; y, Loo= 107,64; K = 0298; to = -0,118 en hembras. La tasa de mortalidad total (Z) se determinó por cinco metodologías cuyos resultados fueron concordantes variando entre 0,90 y 1,23 en machos y de 0,82 a 1,28 en hembras. La tasa de mortalidad natural (M),fue determinada por tres métodos bioanalógicos la cual fluctuó de 0,61 a 0,80 (machos) y de 0,73 a 1,02 (hembras).

Impacto de la variación oceanográfica estacional e interanual sobre los ensambles de microfitoplancton, mesozooplancton, ictioplancton y macrozoobentos de dos áreas costeras del norte del Perú entre 1994 y 2002

Se ha analizado la variación oceanográfica y las respuestas de los ensambles de microfitoplancton, mesozooplancton, ictioplancton y macrobentos en las áreas costeras (<20 mn) frente a Paita (05°S) y a San José (06°45’S) durante el período 1994 a 2002. La variación oceanográfica presentó componentes a varias escalas temporales, moduladas por el ciclo ENOS, la propagación de ondas atrapadas hacia la costa y la intensificación estacional del afloramiento costero. La sucesión de los eventos El Niño (EN) 1997-98 y La Niña (LN) 1998-99 presentó características bien diferenciadas en las condiciones físicas superficiales y en la estructura vertical de la columna de agua. El evento EN 1997-98 fue antecedido por el impacto de una onda Kelvin en febrero de 1997, provocando anomalías positivas de temperatura, profundización de la estructura vertical y presencia de algunos indicadores de masas de agua cálida en el plancton, entre febrero y abril de 1997. Estas condiciones se mantuvieron, o se acentuaron, hasta el final del evento. El evento LN 1998-99 se caracterizó por la ausencia de masas de agua cálidas cerca de la costa y la dominancia de aguas costeras frías, la no propagación de ondas Kelvin, la posición somera de aguas frías y pobres en oxígeno, así como la hegemonía de indicadores planctónicos de aguas costeras frías. Estacionalmente, durante otoño-invierno tendieron a desarrollarse condiciones subsuperficiales más oxigenadas (una oxiclina más profunda), mientras que durante el verano las condiciones tendieron a ser menos oxigenadas (hipóxicas, con una oxiclina más somera). Tal patrón no responde a la estacionalidad del afloramiento costero y más bien coincide con la dinámica esperada de la Extensión Sur de la Corriente de Cromwell (ESCC). En general, se determinó un muy buen ajuste de los rangos de tolerancia de algunos organismos planctónicos a las características de las masas de agua dominantes en la capa superficial: Aguas Costeras Frías (ACF), Aguas Ecuatoriales Superficiales (AES) y Aguas Subtropicales Superficiales (ASS), validando la utilidad de estas especies como eficaces indicadores biológicos de masas de agua. Se determinaron los rangos de tolerancia en temperatura y salinidad de los dinoflagelados Protoperidinium obtusum (ACF), Ceratium breve (AES) y Ceratium praelongum (ASS), así como de los copépodos Centropages brachiatus (ACF), Eucalanus inermis (ACF), Centropages furcatus (AES) y Mecynocera clausi (ASS), entre otras. Los indicadores presentaron variaciones en su distribución a lo largo del período estudiado. Los indicadores de ACF fueron detectados durante la mayor parte del estudio, pero ocurrieron hechos sobresalientes durante EN 1997-98: (a) entre los dinoflagelados, Goniodoma polyedricum alcanzó su mayor frecuencia en San José y Pyrocystis lunula frente a Paita; (b) el copépodo Centropages furcatus (AES) incrementó su abundancia frente a Paita y fue hallado frente a San José; (c) se evidenciaron cambios en la composición específica del plancton, detectándose el ingreso de especies no residentes y aumento de la riqueza de especies; (d) las biomasas fitoplanctónica y zooplanctónica tendieron a mostrar una relación directa bajo condiciones neutras del ENOS; sin embargo, al ocurrir variaciones ambientales (EN y LN) presentaron una tendencia contraria; (e) las comunidades del macrobentos en estas dos áreas, mostraron disminuciones significativas en los parámetros comunitarios, contrastando con la respuesta de la macrofauna bentónica frente a la costa central. Este comportamiento frente a Paita pudo obedecer a la alteración del ambiente sedimentario por las muy altas des- cargas del río Chira; y frente a San José, pudo resultar de la disminución local de la producción primaria y del flujo de alimento particulado al bentos. Se sugiere que la disponibilidad de alimento, influenciada por los procesos erosivos sobre el fondo, marca una diferencia clave en la dinámica de estas comunidades en relación a las registradas frente a la costa central, ya que estas últimas habitan en áreas donde pre- dominan los procesos deposicionales y la acumulación de materia orgánica en los sedimentos. Los anfípodos gamáridos, especialmente de la familia Ampeliscidae, mostraron ser más sensibles a los cambios ambientales en el fondo (interfase sedimento-agua) al disminuir significativamente sus poblaciones, en ambas áreas costeras.

Operación Eureka XX 28 - 29 Abril 1972

Muestras los aspectos principales de las condiciones oceanográficas, distribución, concentración de cardúmenes y operaciones de pesca del recurso anchoveta dentro del período del 28 y 29 de abril de 1972, en el área comprendida de San José y la frontera de Chile.

Cribatge De Pacients Tributaris De Trasllat A Unitats De Subaguts D’hospitals D’atenció Intermèdia

L’ingrés a unitats específiques d’atenció intermèdia directament des d’urgències (Unitats de Subaguts=US) com alternativa a l’hospitalització convencional, és una opció per determinats pacients geriàtrics prèviament seleccionats. L’objectiu de l’estudi és valorar si alguna escala pronòstica validada (Walter, Silver Code o ISAR) ens pot ajudar en aquesta selecció. Es recullen dades i puntuacions en aquestes escales de 342 pacients que ingressen a la US del Parc Sanitari Pere Virgili, analitzant l’associació d’aquestes variables amb el resultat a l’alta: favorable si retorna a domicili, desfavorable en cas contrari. L’anàlisi objectiva increment de risc de resultat desfavorable si ISAR>3, Walter>6 o pitjor Barthel previ.

Estudio sobre prevalencia de a sarcopenia en una unidad de pacientes crónicos

la sarcopenia es un trastorno complejo, de etiología multifactorial que consta de la pérdida de masa corporal junto con una disminución de la fuerza y del rendimiento físico. Este estudio he evaluado la prevalencia de la sarcopenia en una población de 205 pacientes hospitalizados en una unidad de crónicos del Hospital La Fe de Valencia. También se ha evaluado la posible relación de la sarcopenia con otros factores como la comorbilidad, la discapacidad, la desnutrición, la disfagia orofaringea y las complicaciones intrahospitalarias. La prevalencia de sarcopenia fue muy elevada (76,4%), con porcentajes muy superiores a lo descrito en la literatura. También se encontró una relación estadísticamente significativa con la edad avanzada, la disminución de peso y de IMC, la disminución de la circunferencia braquial y la disfagia. Es necesario realizar estudios de carácter prospectivo y con una muestra superior de pacientes para alcanzar conclusiones más definitivas.