The identification and characterization of inter- and intra-species genetic diversity derived from retrotransposons in humans

Retrotransposons, which used to be considered as “junk DNA”, have begun to reveal their immense value to genome evolution and human biology due to recent studies. They consist of at least ~45% of the human genome and are more or less the same in other mammalian genomes. Retrotransposon elements (REs) are known to affect the human genome through many different mechanisms, such as generating insertion mutations, genomic instability, and alteration in gene expression. Previous studies have suggested several RE subfamilies, such as Alu, L1, SVA and LTR, are currently active in the human genome, and they are an important source of genetic diversity between human and other primates, as well as among humans. Although several groups had used Retrotransposon Insertion Polymorphisms (RIPs) as markers in studying primate evolutionary history, no study specifically focused on identifying Human-Specific Retrotransposon Element (HS-RE) and their roles in human genome evolution. In this study, by computationally comparing the human genome to 4 primate genomes, we identified a total of 18,860 HS-REs, among which are 11,664 Alus, 4,887 L1s, 1,526 SVAs and 783 LTRs (222 full length entries), representing the largest and most comprehensive list of HS-REs generated to date. Together, these HS-REs contributed a total of 14.2Mb sequence increase from the inserted REs and Target Site Duplications (TSDs), 71.6Kb increase from transductions, and 268.2 Kb sequence deletion of from insertion-mediated deletion, leading to a net increase of ~14 Mb sequences to the human genome. Furthermore, we observed for the first time that Y chromosome might be a hot target for new retrotransposon insertions in general and particularly for LTRs. The data also allowed for the first time the survey of frequency of TE insertions inside other TEs in comparison with TE insertion into none-TE regions. In summary, our data suggest that retrotransposon elements have played a significant role in the evolution of Homo sapiens.

Invitation: 61st Inter-Parliamentary Conference Tokyo 1974 Inaugural Ceremony

An invitation to the Inaugural Ceremony of the 61st Inter-Parliamentary Conference in Japan October 1974. The invitation reads: "The Japanese Group of the Inter-Parliamentary Union has the honour of inviting you to attend the Inaugural Ceremony of the 61st Inter-Parliamentary Conference to be held in the Chamber of the House of Councillors on Wednesday the 2nd of October 1974, at 3 p.m. The Ceremony will be honoured by the presence of Their Majesties the Emperor and Empress of Japan".

Letter regarding a special service held by DeVeaux School to re-inter the body of Mrs. Maria Woodruff

Letter (2 page typed form letter with a handwritten note from Don Loker) regarding a special service held by DeVeaux School to re-inter the body of Mrs. Maria Woodruff, the first wife of Judge Samuel DeVeaux. Her body was originally buried at DeVeaux School in Niagara Falls, New York. The location of the ceremony was the cemetery in St. Davids, Ontario. Maria died on April 23, 1815 at the age of 19. This notice was sent by Rev. Alec Pudwell, chaplain of DeVeaux School, Niagara Falls, New York, May 6, 1963.

Estudio comparativo a nivel INTRA e INTER personal entre el talento humano que cuenta con apoyo del outplacement para el proceso de desvinculación laboral.

Tesis (Maestría en Psicología Laboral y Organizacional) UANL, 2010.

Antonii Ayerve de Ayora . tractatus de partitionibus bonorum communium inter conjuges.

UANL

Inter-temporal Price Discrimination when Imports are Restricted by Quotas

A dominant firm holding import quota engages in inter-temporal price discrimination when facing a competitive fringe engaged in seasonal production. This causes a welfare loss that comes in addition the loss attributable to limitation of imports below the free trade level.

Durable Goods, Inter-Sectoral Linkages and Monetary Policy

Barsky, House and Kimball (2007) show that introducing durable goods into a sticky-price model leads to negative sectoral comovement of production following a monetary policy shock and, under certain conditions, to aggregate neutrality. These results appear to undermine sticky-price models. In this paper, we show that these results are not robust to two prominent and realistic features of the data, namely input-output interactions and limited mobility of productive inputs. When extended to allow for both features, the sticky-price model with durable goods delivers implications in line with VAR evidence on the effects of monetary policy shocks.

Development of a Chinese version WHO Self-Assessment Tool for Evaluating Health Promotion in Hospital

[Support Institutions:] Department of Administration of Health, University of Montreal, Canada Public Health School of Fudan University, Shanghai, China

Étude du polymorphisme intra- et inter-spécifique du gène β-tubuline chez des espèces de champignons mycorhiziens à arbuscules en vue de développer des marqueurs moléculaires

Les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA), classés dans le phylum Glomeromycota, ne peuvent pas être facilement identifiés par la morphologie de leurs spores et leurs mycélia à l'intérieur ou à l'extérieur des racines de leurs hôtes. Ce problème fondamental d'identification rend l'étude de leur diversité, en particulier dans leur habitat naturel (sol et racine) extrêmement difficile. Les gènes ribosomaux ont été largement utilisés pour développer des amorces spécifiques et en inférer des arbres phylogénétiques. Cependant, ces gènes sont très polymorphes et existent en plusieurs copies dans le génome des CMA, ce qui complique l’interprétation des résultats. Dans notre étude, nous avons étudié le polymorphisme intra- et inter-spécifique du gène β-tubuline, présent en faible nombre de copies dans le génome des CMA, afin d’obtenir de nouvelles séquences nucléotidiques pour développer des marqueurs moléculaires. Les gènes β-tubuline amplifiés à partir de l'ADN génomique de cinq espèces du genre Glomus ont été clonés et séquencés. L’analyse des séquences indique un polymorphisme intraspécifique chez trois espèces de CMA. Deux séquences paralogues très variables ont été nouvellement identifiées chez les G. aggregatum, G. fasciculatum et G. cerebriforme. Aucun polymorphisme n’a été détecté chez les G. clarum et G. etunicatum. Toutes les séquences montrent la présence de deux introns hautement variables. La majorité des substitutions ont été localisées dans les exons et sont synonymes à 90%. La conservation des acides aminés suggère un niveau élevé de sélection négative sur le gène β-tubuline et nous permet de confirmer que les CMA représentent un ancien groupe fongique (400 million d’années). L’analyse phylogénétique, réalisée avec vingt et une séquences nucléotidiques du gène β-tubuline, a révélé que les séquences des Glomaceae forment un groupe monophylétique bien supporté, avec les Acaulosporaceae et Gigasporaceae comme groupe frère. Les séquences paralogues nouvellement identifiées chez les G. aggregatum et G. fasciculatum n'ont pas été monophylétiques au sein de chaque espèce. Les oligonucléotides ont été choisis sur la base des régions variables et conservées du gène β-tubuline. Le test PCR des amorces β-Tub.cerb.F/ β-Tub.cerb.R a révélé des bandes spécifiques de 401 pb pour les séquences paralogues du G. cerebriforme. Deux paires d’amorces ont été développées afin d’identifier les séquences du groupe nommé Tub.1. Les tests PCR nous ont permis d’identifier certaines séquences du groupe Tub.1. Une paire d’amorce β-Tub.2.F/ β-Tub.2.R nous a permis d’identifier certaines séquences paralogues du groupe nommé Tub.2. L’analyse d’autres gènes combinée à celle du gène β-tubuline permettra le développement de marqueurs moléculaires plus spécifiques pour l’identification de CMA.

Historical Consciousness and the Construction of Inter-Group Relations: The Case of Francophone and Anglophone History School Teachers in Quebec

Cette thèse s’intéresse aux effets de la conscience historique sur les négociations de l’ethnicité et la structuration des frontières intergroupes chez les enseignants d’histoire nationale au Québec. L’ambiguïté de dominance ethnique entre Francophones et Anglophones contextualise la façon dont les enseignants de ces groupes historicisent les significations du passé pour se connaître et s’orienter « ethniquement. » Selon leurs constructions des réalités intergroupes, ils peuvent promouvoir la compréhension intergroupe ou préserver une coexistence rigide. Le premier article théorise comment les capacités à historiciser le passé, ou à générer des formes de vie morales pour une orientation temporelle, soutiennent la construction de l’ethnicité. En développant un répertoire des tendances de conscience historique parallèles et égales afin de comprendre les fluctuations dans le maintien des frontières ethniques, l’article souligne l’importance de la volonté à reconnaître l’agentivité morale et historique des humains à rendre les frontières plus perméables. Le deuxième article discute d’une étude sur les attitudes intergroupes et les traitements mutuels entre des enseignants d’histoire Francophones et Anglophones. Alors que la plupart des répondants francophones sont indifférents aux réalités sociales et expériences historiques des Anglo-québécois, tous les répondants anglophones en sont conscients et enseignent celles des Franco-québécois. Cette divergence implique une dissemblance dans la manière dont les relations intergroupes passées sont historicisées. La non-reconnaissance de l’agentivité morale et historique des Anglo-québécois peut expliquer l’indifférence des répondants francophones. Le dernier article présente une étude sur la conscience historique des enseignants d’histoire francophone à l’égard des Anglo-québécois. En mettant le répertoire de conscience historique développé à l’épreuve, l’étude se concentre sur la manière dont les répondants historicisent le changement temporel dans leurs négociations de l’ethnicité et leurs structurations des frontières. Tandis que leurs opinions sur l’« histoire » et leurs historicisations des contextes différents les amènent à renforcer des différences ethnoculturelles et à ne pas reconnaître l’agentivité morale et historique de l’Autre, presque la moitié des répondants démontre une ouverture à apprendre et transmettre les réalités et expériences anglo-québécoises. La dépendance sur les visions historiques préétablies pour construire les réalités intergroupes souligne néanmoins l’exclusion de ce dernier groupe dans le développement d’une identité nationale.

La désaturation cérébrale lors d’une chirurgie thoracique : son incidence et sa corrélation avec les complications post opératoires

La ventilation unipulmonaire (SLV; Single Lung Ventilation) pendant les chirurgies thoraciques entraîne des altérations cardio-pulmonaires et hémodynamiques importantes. L’objectif de ce projet de recherche consiste à étudier l’impact de la SLV sur l’oxymétrie cérébrale et sa relation avec les complications post opératoires. La première étude inclut vingt patients ayant subi une chirurgie thoracique nécessitant une SLV. L’oxymétrie a été mesurée à l’aide de l’oxymètre cérébral absolu FORESIGHTTM (CASMED, USA) afin d’étudier les changements de la saturation cérébrale absolue (SctO2) tout le long de la chirurgie. La SctO2 ainsi que les paramètres de monitorage standard (BIS, SpO2, pression sanguine, fréquence cardiaque) ont été notés à toutes les cinq minutes à partir de l’induction jusqu’au réveil. Une analyse sanguine (paO2, paCO2, Hb) a été effectuée à toutes les quinze minutes. La deuxième étude effectuée consistait d’étudier la relation entre la désaturation cérébrale en oxygène et les complications post opératoires. Pour cette fin, les scores Clavien et SOFA mesurant l’amplitude des complications, ont été établis pour chaque patient. Les données sont présentées sous forme de moyenne et de la médiane [1er quartile, 3ème quartile; min – max]. Les vingt patients de la première étude ont montré une valeur moyenne absolue de saturation cérébrale absolue (SctO2) de 80% avant l’induction. Durant la SLV, cette valeur a chuté jusqu’à 63% et est remontée à 71% directement après extubation. Tous ces patients ont subi une désaturation durant SLV de plus que 15% comparativement à la valeur de base et 70% ont eu une désaturation de plus de 20%. La désaturation n’a pas été corrélée avec aucun des paramètres de monitorage clinique standard comme la pression artérielle, les analyses des gaz artériels, la saturation périphérique ou la PaO2. La deuxième étude incluant trente autres patients aux vingt premiers, est venue confirmer les résultats de la première étude. De plus, une analyse de corrélation entre les valeurs minimales de SctO2 obtenues durant SLV et les complications post opératoires a été effectuée. Les patients avaient une SctO2 de base de 80%, qui a chuté jusqu’à 64% pendant la SLV pour récupérer à 71% avant la fin de la chirurgie. 82% des patients ont subi des désaturations de plus de 15% des valeurs initiales et 10% ont atteint des valeurs de SctO2 entre 45 et 55%. Les valeurs minimales de SctO2 observées durant la SLV corrélaient avec le score SOFA non respiratoire (R2=0,090, p=0,0287) ainsi qu’avec le score Clavien (R2=0,098, p=0,0201), mais ne corrélait avec aucun des paramètres cliniques standards (ex : SpO¬2, PaO2, PaCO2, Hb). En définissant une valeur seuil de SctO2=65%, le «Odds ratio» d’avoir une défaillance d’organe non respiratoire est de 2.37 (IC 95%=1,18 – 4,39, p=0,043) et d’avoir une complication classifiée supérieure à un score Clavien de 0 est de 3,19 (IC 95%=1,6 – 6,34, p=0,0272). Les chirurgies thoraciques avec une SLV sont associées à des chutes significatives de SctO2, et les valeurs minimales de SctO2 semblent avoir une corrélation positive avec les complications post opératoires.

Étude, par principes premiers, des effets de la corrélation entre électrons sur les propriétés électroniques et magnétiques de polymères pontés et de supraconducteurs à haute température critique

La présente thèse traite de la description de systèmes complexes, notamment des polymères et des cuprates, par la théorie de la fonctionnelle de la densité. En premier lieu, la théorie de la fonctionnelle de la densité ainsi que différentes fonctionnelles utilisées pour simuler les matériaux à l’étude sont présentées. Plus spécifiquement, les fonctionnelles LDA et GGA sont décrites et leurs limites sont exposées. De plus, le modèle de Hubbard ainsi que la fonctionnelle LDA+U qui en découle sont abordés dans ce chapitre afin de permettre la simulation des propriétés de matériaux à forte corrélation électronique. Par la suite, les résultats obtenus sur les polymères sont résumés par deux articles. Le premier traite de la variation de la bande interdite entre les polymères pontés et leurs homologues non pontés. Le second se penche sur l’étude de polymères à faible largeur de bande interdite. Dans ce dernier, il sera démontré qu’une fonctionnelle hybride, contenant de l’échange exact, est nécessaire afin de décrire les propriétés électroniques des systèmes à l’étude. Finalement, le dernier chapitre est consacré à l’étude des cuprates supraconducteurs. La LDA+U pouvant rendre compte de la forte localisation dans les orbitales 3d des atomes de cuivre, une étude de l’impact de cette fonctionnelle sur les propriétés électroniques est effectuée. Un dernier article investiguant différents ordres magnétiques dans le La2CuO4 dopé termine le dernier chapitre. On trouve aussi, en annexe, un complément d’information pour le second article et une description de la théorie de la supraconductivité de Bardeen, Cooper et Schrieffer.

Rôle des facteurs physico-chimiques du micro-environnement intestinal et des boucles inter-hélicales du Domaine I dans l’activité de la toxine insecticide Cry9Ca du bacille de Thuringe

Une fois ingérées par un insecte sensible, les toxines insecticides du bacille de Thuringe doivent être activées par les protéases intestinales de cet insecte. Leur premier domaine, un ensemble de sept hélices-α amphipathiques, est responsable de leur insertion dans la membrane luminale de certaines cellules de l’intestin médian, ce qui crée des pores peu sélectifs. La toxicité et la capacité à former des pores d’une telle toxine, la Cry9Ca, de ses mutants simples R164A et R164K et d’un fragment de 55 kDa résultant d’un clivage protéolytique au niveau de son résidu 164 ont été étudiées à l’aide d’une combinaison de modélisation par homologie, de bioessais, d’expériences de gonflement osmotique avec des vésicules de membrane en bordure en brosse de larves de sphinx du tabac et de mesures électrophysiologiques sur des intestins isolés. Ni les mutations simples ni le clivage protéolytique n’ont altéré la toxicité de la Cry9Ca. Dans une solution à faible force ionique, toutefois, la formation des pores dépend fortement du pH : une augmentation de celui-ci de 6,5 à 10,5 a entraîné une baisse irrégulière et par étapes successives de la perméabilité membranaire. Les quatre préparations de toxine ont néanmoins dépolarisé la membrane apicale d’intestins médians fraîchement isolés baignant dans une solution contenant 122 mM de KCl à pH 10,5. L’activité de la Cry9Ca, et des mutants R164A et R164K, a été grandement stimulée lorsque les expériences ont été effectuées en présence de suc intestinal, de lipides extraits d’un volume équivalent de suc intestinal ou d’un cocktail d’inhibiteurs de protéases solubles dans l’eau. De plus, le rôle des boucles inter-hélicales du Domaine I lors de l’insertion dans la membrane a été étudié avec des mutants doubles de la Cry9Ca dont les mutations introduisaient, neutralisaient ou renversaient une charge électrique. À l’exception de trois d’entres eux, tous ces mutants ont conservé une toxicité et une capacité à former des pores comparables à celles de la toxine parentale. L’ensemble de ces résultats suggère que le micro-environnement de l’intestin médian contribue à minimiser l’influence des charges de surface portées par les résidus des boucles inter-hélicales du Domaine I sur la capacité des toxines du bacille de Thuringe à former des pores. Il indique aussi que, d’une part, selon le site de clivage et les conditions expérimentales utilisées, des protéolyses supplémentaires de la toxine Cry9Ca activée peuvent soit stimuler, soit nuire à son activité et que, d’autre part, le suc intestinal du sphinx du tabac contient probablement un inhibiteur de protéases qui pourrait jouer un rôle important dans l’activité des toxines du bacille de Thuringe.