GeneID in "Drosophila"

GeneID is a program to predict genes in anonymous genomic sequences designed with a hierarchical structure. In the first step, splice sites, and start and stop codons are predicted and scored along the sequence using position weight matrices (PWMs). In the second step, exons are built from the sites. Exons are scored as the sum of the scores of the defining sites, plus the log-likelihood ratio of a Markov model for coding DNA. In the last step, from the set of predicted exons, the gene structure is assembled, maximizing the sum of the scores of the assembled exons. In this paper we describe the obtention of PWMs for sites, and the Markov model of coding DNA in Drosophila melanogaster. We also compare other models of coding DNA with the Markov model. Finally, we present and discuss the results obtained when GeneID is used to predict genes in the Adh region. These results show that the accuracy of GeneID predictions compares currently with that of other existing tools but that GeneID is likely to be more efficient in terms of speed and memory usage.

Tools & Trends, June 2005, Vol. 14, No. 3

News from the Iowa Department of Economic Development

The differentiation of fibre- and drug type Cannabis seedlings by gas chromatography/mass spectrometry and chemometric tools

Cannabis cultivation in order to produce drugs is forbidden in Switzerland. Thus, law enforcement authorities regularly ask forensic laboratories to determinate cannabis plant's chemotype from seized material in order to ascertain that the plantation is legal or not. As required by the EU official analysis protocol the THC rate of cannabis is measured from the flowers at maturity. When laboratories are confronted to seedlings, they have to lead the plant to maturity, meaning a time consuming and costly procedure. This study investigated the discrimination of fibre type from drug type Cannabis seedlings by analysing the compounds found in their leaves and using chemometrics tools. 11 legal varieties allowed by the Swiss Federal Office for Agriculture and 13 illegal ones were greenhouse grown and analysed using a gas chromatograph interfaced with a mass spectrometer. Compounds that show high discrimination capabilities in the seedlings have been identified and a support vector machines (SVMs) analysis was used to classify the cannabis samples. The overall set of samples shows a classification rate above 99% with false positive rates less than 2%. This model allows then discrimination between fibre and drug type Cannabis at an early stage of growth. Therefore it is not necessary to wait plants' maturity to quantify their amount of THC in order to determine their chemotype. This procedure could be used for the control of legal (fibre type) and illegal (drug type) Cannabis production.

Tools & Trends from the Iowa Department of Economic Development, September 2005

Community Development News

Desenvolupament en Moodle d’eines d’autoaprenentatge i avaluació continua en les àrees de Física i Matemàtiques

Aquesta comunicació presenta el projecte Aula de Tests desenvolupat com a suport en el desplegament de les assignatures de física i matemàtiques de primer curs dels estudis d'enginyeria de l’Escola Superior Politècnica de la Universitat Pompeu Fabra. El projecte té com a objectiu dissenyar eines d'auto aprenentatge i d'avaluació contínua accessible on-line a través de l'entorn Moodle per a afavorir el procés d'aprenentatge de l’estudiant. El context d’aquesta experiència es caracteritzaper la inherent dificultat dels estudis d’enginyeria, pel fet que molts estudiants entren a la universitat amb mancances substancials de coneixements en aquestes àrees així com la heterogeneïtat en quant a la formació pre-universitària. S’hi descriuen lescaracterístiques de les activitats programades i el context on s’han aplicat i es presenten els resultats de satisfacció, participació i notes que aporten informació útil al professorat per a adequar la planificació i les activitats els cursos següents.

Semantic web adoption: online tools for web evaluation and metadata extraction

This work briefly analyses the difficulties to adopt the Semantic Web, and in particular proposes systems to know the present level of migration to the different technologies that make up the Semantic Web. It focuses on the presentation and description of two tools, DigiDocSpider and DigiDocMetaEdit, designed with the aim of verifYing, evaluating, and promoting its implementation.

La percepció per part de l’alumnat del caràcter motivador d’un entorn virtual en l’aprenentatge d’una llengua estrangera

Aquest treball presenta una proposta d’investigació mitjançant la qual es pretendràanalitzar com percep l’aprenent la incidència de l’ús de les eines comunicatives de l’entornvirtual en la motivació envers l’aprenentatge d’una llengua estrangera. L’objectiu delprojecte d’investigació serà indagar com l’alumnat es relaciona amb l’ús d’eines decomunicació de l’entorn virtual com a recurs en l’aprenentatge de l’anglès i com percep elgrau en que aquestes estimulen el seu interès en adquirir la llengua.Aquesta indagació es durà a terme mitjançant una investigació bàsicament qualitativa. Elsresultats seran extrets a partir de dos grups de subjectes, que expressaran la seva pròpiapercepció del caràcter motivador de les eines de comunicació de l’entorn virtual. A partirde l’anàlisi i comparació dels resultats, s’inferirà quins estímuls resulten incitadors per al’estudiant, i si aquests estan relacionats amb les eines comunicatives de l’entorn virtual; o,al contrari, si en són independents.

Especificitats de la narrativa audiovisual informativa a Internet: anàlisi de les rutines de producció i dels vídeos produïts per La Vanguardia Digital, VilaWeb i 3cat24.cat

El present projecte d’investigació és el treball de recerca del Doctorat en Comunicació Pública (bienni 2007-2009) i es proposa de desenvolupar-lo com a tesi doctoral. Vol estudiar les especificitats de la narrativa audiovisual informativa a Internet de tres mitjans digitals decomunicació catalans. Per a fer-ho es proposa una metodologia qualitativa dividida en dos blocs: el primer, a partir de l'observació, entrevistes en profunditat i enquestes, vol investigar les novesrutines de producció audiovisual en aquests tres mitjans, condicionades per un nou entorn digital; el segon, a partir de la narratologia, vol analitzar els efectes d'aquestes rutines i d'aquest nou entorn enel producte audiovisual resultant

Software CMAP TOOLS® para a construção de mapas conceituais: a avaliação dos estudantes de enfermagem

O mapeamento conceitual (MC) é uma estratégia de ensino que pode ser utilizada para resoluções de casos clínicos, porém de trabalhosa execução manuscrita. O estudo teve por objetivos descrever os desafios e as contribuições do software Cmap Tools® para a construção de mapas conceituais para resolução de caso clínico. Para isso, utilizou-se método descritivo, qualitativo, com estudantes da 3ª série de Graduação em Enfermagem da Universidade Federal de São Paulo. A estratégia de ensino foi aplicada e os dados foram coletados pela técnica do grupo focal. Os resultados evidenciaram que o software facilita e garante a organização, visualização e correlação dos dados, porém com dificuldades iniciais relacionadas ao manejo das ferramentas que dispõe. Concluiu-se que o software Cmap Tools® favoreceu a construção dos MC por seus recursos de formatação e autoformatação e que estratégias de orientação deveriam ser implantadas para a fase inicial de utilização.

La immigració i els efectes en el comportament empresarial: una anàlisi a nivell municipal de Catalunya

En aquest context de canvi econòmic i dels ritmes d’arribada dels fluxos migratoris, aquest treball aborda els efectes de la població immigrant sobre les empreses manufactureres localitzades en ciutats catalanes amb més de 1.000 habitants durant el període 2000-2008. El desenvolupament empíric posa especial èmfasi en la localització d’empreses i la població immigrada així com l’impacte que exerceix sobre el comportament de les empreses. Per tal de recollir les dades hem treballat amb tres bases de dades diferents: dades ofertes per Idescat, INE i Sistema de Anàlisis de Balances Ibéricos. En especial aquesta darrera base ha ofert informació a nivell individual de les empreses el qual ha requerit un procés de depuració complex i exhaustiu a través de programació estadística. En la literatura sobre els impactes econòmics dels immigrants predominen els treballs que han abordat un impacte sobre el mercat de treball, posant especial èmfasis en els diferencials salarials i la reducció de la bretxa salarial en funció del temps de residència dels immigrants. En canvi, en poques ocasions s’ha analitzat l’efecte de la immigració sobre el comportament de l’empresa. L’objectiu d’aquest treball és analitzar l’impacte dels entorns amb població immigrant a les ciutats catalanes i de forma més específica amb el creixement de les empreses locals i l’evolució dels seus nivells d’eficiència. Els objectius concrets que volem analitzar són els següents: i) mostrar les principals conclusions de la literatura ii) observar les pautes de localització d’immigrantsiii) mostrar les pautes de localització de les empreses iv) analitzar si les ciutats catalanes amb una major població immigrant presenten un impacte positiu o negatiu sobre el creixement de les empreses locals i l’evolució dels seus nivells d’eficiència a través d’eines economètriques.

The Persistence of Inflation in OECDCountries: a Fractionally Integrated Approach

The statistical properties of inflation and, in particular, its degree of persistence and stability over time is a subject of intense debate and no consensus has been achieved yet. The goal of this paper is to analyze this controversy using a general approach, with the aim of providing a plausible explanation for the existing contradictory results. We consider the inflation rates of 21 OECD countries which are modelled as fractionally integrated (FI) processes. First, we show analytically that FI can appear in inflation rates after aggregating individual prices from firms that face different costs of adjusting their prices. Then, we provide robust empirical evidence supporting the FI hypothesis using both classical and Bayesian techniques. Next, we estimate impulse response functions and other scalar measures of persistence, achieving an accurate picture of this property and its variation across countries. It is shown that the application of some popular tools for measuring persistence, such as the sum of the AR coefficients, could lead to erroneous conclusions if fractional integration is present. Finally, we explore the existence of changes in inflation inertia using a novel approach. We conclude that the persistence of inflation is very high (although non-permanent) in most post-industrial countries and that it has remained basically unchanged over the last four decades.

Tools & Trends, September 2006

Community Development News from the Iowa Department of Economic Development

Tools & Trends, March 2006

Community Development News from the Iowa Department of Economic Development