Algorithmes pour la réconciliation d’un arbre de gènes avec un arbre d’espèces

Une réconciliation entre un arbre de gènes et un arbre d’espèces décrit une histoire d’évolution des gènes homologues en termes de duplications et pertes de gènes. Pour inférer une réconciliation pour un arbre de gènes et un arbre d’espèces, la parcimonie est généralement utilisée selon le nombre de duplications et/ou de pertes. Les modèles de réconciliation sont basés sur des critères probabilistes ou combinatoires. Le premier article définit un modèle combinatoire simple et général où les duplications et les pertes sont clairement identifiées et la réconciliation parcimonieuse n’est pas la seule considérée. Une architecture de toutes les réconciliations est définie et des algorithmes efficaces (soit de dénombrement, de génération aléatoire et d’exploration) sont développés pour étudier les propriétés combinatoires de l’espace de toutes les réconciliations ou seulement les plus parcimonieuses. Basée sur le processus classique nommé naissance-et-mort, un algorithme qui calcule la vraisemblance d’une réconciliation a récemment été proposé. Le deuxième article utilise cet algorithme avec les outils combinatoires décrits ci-haut pour calculer efficacement (soit approximativement ou exactement) les probabilités postérieures des réconciliations localisées dans le sous-espace considéré. Basé sur des taux réalistes (selon un modèle probabiliste) de duplication et de perte et sur des données réelles/simulées de familles de champignons, nos résultats suggèrent que la masse probabiliste de toute l’espace des réconciliations est principalement localisée autour des réconciliations parcimonieuses. Dans un contexte d’approximation de la probabilité d’une réconciliation, notre approche est une alternative intéressante face aux méthodes MCMC et peut être meilleure qu’une approche sophistiquée, efficace et exacte pour calculer la probabilité d’une réconciliation donnée. Le problème nommé Gene Tree Parsimony (GTP) est d’inférer un arbre d’espèces qui minimise le nombre de duplications et/ou de pertes pour un ensemble d’arbres de gènes. Basé sur une approche qui explore tout l’espace des arbres d’espèces pour les génomes considérés et un calcul efficace des coûts de réconciliation, le troisième article décrit un algorithme de Branch-and-Bound pour résoudre de façon exacte le problème GTP. Lorsque le nombre de taxa est trop grand, notre algorithme peut facilement considérer des relations prédéfinies entre ensembles de taxa. Nous avons testé notre algorithme sur des familles de gènes de 29 eucaryotes.

Asset Pricing in a Production Economy with Chew–Dekel Preferences

In this paper we provide a thorough characterization of the asset returns implied by a simple general equilibrium production economy with Chew–Dekel risk preferences and convex capital adjustment costs. When households display levels of disappointment aversion consistent with the experimental evidence, a version of the model parameterized to match the volatility of output and consumption growth generates unconditional expected asset returns and price of risk in line with the historical data. For the model with Epstein–Zin preferences to generate similar statistics, the relative risk aversion coefficient needs to be about 55, two orders of magnitude higher than the available estimates. We argue that this is not surprising, given the limited risk imposed on agents by a reasonably calibrated stochastic growth model.

« Resolution Search » et problèmes d’optimisation discrète

Thèse réalisée en cotutelle avec l'Université d'Avignon.

Problèmes de tournées de véhicules avec contraintes de chargement

Cette thèse s’intéresse aux problèmes de tournées de véhicules où l’on retrouve des contraintes de chargement ayant un impact sur les séquences de livraisons permises. Plus particulièrement, les items placés dans l’espace de chargement d’un véhicule doivent être directement accessibles lors de leur livraison sans qu’il soit nécessaire de déplacer d’autres items. Ces problèmes sont rencontrés dans plusieurs entreprises de transport qui livrent de gros objets (meubles, électroménagers). Le premier article de cette thèse porte sur une méthode exacte pour un problème de confection d’une seule tournée où un véhicule, dont l’aire de chargement est divisée en un certain nombre de piles, doit effectuer des cueillettes et des livraisons respectant une contrainte de type dernier entré, premier sorti. Lors d’une collecte, les items recueillis doivent nécessairement être déposés sur le dessus de l’une des piles. Par ailleurs, lors d’une livraison, les items doivent nécessairement se trouver sur le dessus de l’une des piles. Une méthode de séparation et évaluation avec plans sécants est proposée pour résoudre ce problème. Le second article présente une méthode de résolution exacte, également de type séparation et évaluation avec plans sécants, pour un problème de tournées de véhicules avec chargement d’items rectangulaires en deux dimensions. L’aire de chargement des véhicules correspond aussi à un espace rectangulaire avec une orientation, puisque les items doivent être chargés et déchargés par l’un des côtés. Une contrainte impose que les items d’un client soient directement accessibles au moment de leur livraison. Le dernier article aborde une problème de tournées de véhicules avec chargement d’items rectangulaires, mais où les dimensions de certains items ne sont pas connus avec certitude lors de la planification des tournées. Il est toutefois possible d’associer une distribution de probabilités discrète sur les dimensions possibles de ces items. Le problème est résolu de manière exacte avec la méthode L-Shape en nombres entiers.

Méthode de génération de colonnes pour les problèmes de conception de réseaux avec coûts d’ajout de capacité

Les problèmes de conception de réseaux ont reçu un intérêt particulier et ont été largement étudiés de par leurs nombreuses applications dans différents domaines, tels que les transports et les télécommunications. Nous nous intéressons dans ce mémoire au problème de conception de réseaux avec coûts d’ajout de capacité. Il s’agit d’installer un ensemble d’équipements sur un réseau en vue de satisfaire la demande, tout en respectant les contraintes de capacité, chaque arc pouvant admettre plusieurs équipements. L’objectif est de minimiser les coûts variables de transport des produits et les coûts fixes d’installation ou d’augmentation de capacité des équipements. La méthode que nous envisageons pour résoudre ce problème est basée sur les techniques utilisées en programmation linéaire en nombres entiers, notamment celles de génération de colonnes et de coupes. Ces méthodes sont introduites dans un algorithme général de branch-and-bound basé sur la relaxation linéaire. Nous avons testé notre méthode sur quatre groupes d’instances de tailles différentes, et nous l’avons comparée à CPLEX, qui constitue un des meilleurs solveurs permettant de résoudre des problèmes d’optimisation, ainsi qu’à une méthode existante dans la littérature combinant des méthodes exactes et heuristiques. Notre méthode a été plus performante que ces deux méthodes, notamment pour les instances de très grandes tailles.

Thermohaline variability in the upper layers of the Arabian Sea

The Arabian Sea is an area of complex air-sea interaction processes with seasonal reversing monsoons. The associated thermohaline variability in the upper layers appears to control the large scale monsoon flow which is not yet completely understood. The variability in the thermohaline fields is known to occur in temporal domain ranging from intra-diurnal to inter-annual time scales and on spatial domains of few tens of kilometers to few thousands of kilometers. In the Arabian Sea though the surface temperature was routinely measured by both conventional measurements and satellites, the corresponding information on the subsurface thermohaline field is very sparse due to the lack cw adequate measurements. In such cases the numerical models offer promise in providing information on the subsurface features given an initial thermohaline field and surface heat flux boundary conditions. This thesis is an outcome of investigations carried out on the various aspects of the thermohaline variability on different time scales. In addition to the description of the mean annual cycle. the one dimensional numerical models of Miller (1976) and Price et a1 (1986) are utilised to simulate the observed mixed layer characteristics at selected locations in the Arabian Sea on time scales ranging from intra-diurnal to synoptic scales under variable atmospheric forcing.

A Study on Futures Trading in Commodities With Special Reference to Rubber

Futures trading in Commodities has three specific economic functions viz. price discovery, hedging and reduction in volatility. Natural rubber possesses all the specifications required for futures trading. Commodity futures trading in India attained momentum after the starting of national level commodity exchanges in 2003. The success of futures trading depends upon effective price risk management, price discovery and reduced volatility which in turn depends upon the volume of trading. In the case of rubber futures market, the volume of trading depends upon the extent of participation by market players like growers, dealers, manufacturers, rubber marketing co-operative societies and Rubber Producer’s Societies (RPS). The extent of participation by market players has a direct bearing on their awareness level and their perception about futures trading. In the light of the above facts and the review of literature available on rubber futures market, it is felt that a study on rubber futures market is necessary to fill the research gap, with specific focus on (1) the awareness and perception of rubber futures market participants viz. (i) rubber growers, (ii) dealers, (iii) rubber product manufacturers, (iv) rubber marketing co-operative societies and Rubber Producer’s Societies (RPS) about futures trading and (2) whether the rubber futures market is fulfilling the economic functions of futures market viz. hedging, reduction in volatility and price discovery or not. The study is confined to growers, dealers, rubber goods manufacturers, rubber marketing co-operative societies and RPS in Kerala. In order to achieve the stated objectives, the study utilized secondary data for the period from 2003 to 2013 from different published sources like bulletins, newsletters, circulars from NMCE, Reserve Bank of India (RBI), Warehousing Corporation and traders. The primary data required for this study were collected from rubber growers, rubber dealers, RPS & Rubber Marketing Co-operative Societies and rubber goods manufacturers in Kerala. Data pertaining to the awareness and perception of futures trading, participation in the futures trading, use of spot and futures prices and source of price information by dealers, farmers, manufacturers and cooperative societies also were collected. Statistical tools used for analysis include percentage, standard deviation, Chi-square test, Mann – Whitney U test, Kruskal Wallis test, Augmented Dickey – Fuller test statistic, t- statistic, Granger causality test, F- statistic, Johansen co – integration test, Trace statistic and Max –Eigen statistic. The study found that 71.5 per cent of the total hedges are effective and 28.5 per cent are ineffective for the period under study. It implies that futures market in rubber reduced the impact of price risks by approximately 71.5 per cent. Further, it is observed that, on 54.4 per cent occasions, the futures market exercised a stabilizing effect on the spot market, and on 45.6 per cent occasions futures trading exercised a destabilizing effect on the spot market. It implies that elasticity of expectation of futures market in rubber has a predominant stabilizing effect on spot prices. The market, as a whole, exhibits a bias in favour of long hedges. Spot price volatility of rubber during futures suspension period is more than that of the pre suspension period and post suspension period. There is a bi-directional association-ship or bi-directional causality or pair- wise causality between spot price and futures price of rubber. From the results of the hedging efficiency, spot price volatility, and price discovery, it can be concluded that rubber futures market fulfils all the economic functions expected from a commodity futures market. Thus in India, the future of rubber futures is Bright…!!!

Entwicklung und Anwendung einer Kraftwerks- und Speichereinsatzoptimierung für die Untersuchung von Energieversorgungsszenarien mit hohem Anteil erneuerbarer Energien in Deutschland

In dieser Arbeit wurde ein gemischt-ganzzahliges lineares Einsatzoptimierungsmodell für Kraftwerke und Speicher aufgebaut und für die Untersuchung der Energieversorgung Deutschlands im Jahre 2050 gemäß den Leitstudie-Szenarien 2050 A und 2050 C ([Nitsch und Andere, 2012]) verwendet, in denen erneuerbare Energien einen Anteil von über 85 % an der Stromerzeugung haben und die Wind- und Solarenergie starke Schwankungen der durch steuerbare Kraftwerke und Speicher zu deckenden residualen Stromnachfrage (Residuallast) verursachen. In Szenario 2050 A sind 67 TWh Wasserstoff, die elektrolytisch aus erneuerbarem Strom zu erzeugen sind, für den Verkehr vorgesehen. In Szenario 2050 C ist kein Wasserstoff für den Verkehr vorgesehen und die effizientere Elektromobilität hat einen Anteil von 100% am Individualverkehr. Daher wird weniger erneuerbarer Strom zur Erreichung desselben erneuerbaren Anteils im Verkehrssektor benötigt. Da desweiteren Elektrofahrzeuge Lastmanagementpotentiale bieten, weisen die Residuallasten der Szenarien eine unterschiedliche zeitliche Charakteristik und Jahressumme auf. Der Schwerpunkt der Betrachtung lag auf der Ermittlung der Auslastung und Fahrweise des in den Szenarien unterstellten ’Kraftwerks’-parks bestehend aus Kraftwerken zur reinen Stromerzeugung, Kraft-Wärme-Kopplungskraftwerken, die mit Wärmespeichern, elektrischen Heizstäben und Gas-Backupkesseln ausgestattet sind, Stromspeichern und Wärmepumpen, die durch Wärmespeicher zum Lastmanagment eingesetzt werden können. Der Fahrplan dieser Komponenten wurde auf minimale variable Gesamtkosten der Strom- und Wärmeerzeugung über einen Planungshorizont von jeweils vier Tagen hin optimiert. Das Optimierungsproblem wurde mit dem linearen Branch-and-Cut-Solver der software CPLEX gelöst. Mittels sogenannter rollierender Planung wurde durch Zusammensetzen der Planungsergebnisse für überlappende Planungsperioden der Kraftwerks- und Speichereinsatz für die kompletten Szenariojahre erhalten. Es wurde gezeigt, dass der KWK-Anteil an der Wärmelastdeckung gering ist. Dies wurde begründet durch die zeitliche Struktur der Stromresiduallast, die wärmeseitige Dimensionierung der Anlagen und die Tatsache, dass nur eine kurzfristige Speicherung von Wärme vorgesehen war. Die wärmeseitige Dimensionierung der KWK stellte eine Begrenzung des Deckungsanteils dar, da im Winter bei hoher Stromresiduallast nur wenig freie Leistung zur Beladung der Speicher zur Verfügung stand. In den Berechnungen für das Szenario 2050 A und C lag der mittlere Deckungsanteil der KWK an der Wärmenachfrage von ca. 100 TWh_th bei 40 bzw. 60 %, obwohl die Auslegung der KWK einen theoretischen Anteil von über 97 % an der Wärmelastdeckung erlaubt hätte, gäbe es die Beschränkungen durch die Stromseite nicht. Desweiteren wurde die CO2-Vermeidungswirkung der KWK-Wärmespeicher und des Lastmanagements mit Wärmepumpen untersucht. In Szenario 2050 A ergab sich keine signifikante CO2-Vermeidungswirkung der KWK-Wärmespeicher, in Szenario 2050 C hingegen ergab sich eine geringe aber signifikante CO2-Einsparung in Höhe von 1,6 % der Gesamtemissionen der Stromerzeugung und KWK-gebundenen Wärmeversorgung. Das Lastmanagement mit Wärmepumpen vermied Emissionen von 110 Tausend Tonnen CO2 (0,4 % der Gesamtemissionen) in Szenario A und 213 Tausend Tonnen in Szenario C (0,8 % der Gesamtemissionen). Es wurden darüber hinaus Betrachtungen zur Konkurrenz zwischen solarthermischer Nahwärme und KWK bei Einspeisung in dieselben Wärmenetze vorgenommen. Eine weitere Einschränkung der KWK-Erzeugung durch den Einspeisevorrang der Solarthermie wurde festgestellt. Ferner wurde eine untere Grenze von 6,5 bzw. 8,8 TWh_th für die in den Szenarien mindestens benötigte Wasserstoff-Speicherkapazität ermittelt. Die Ergebnisse dieser Arbeit legen nahe, das technisch-ökonomische Potential von Langzeitwärmespeichern für eine bessere Integration von KWK ins System zu ermitteln bzw. generell nach geeigneteren Wärmesektorszenarien zu suchen, da deutlich wurde, dass für die öffentliche Wärmeversorgung die KWK in Kombination mit Kurzzeitwärmespeicherung, Gaskesseln und elektrischen Heizern keine sehr effektive CO2 -Reduktion in den Szenarien erreicht. Es sollte dabei z.B. untersucht werden, ob ein multivalentes System aus KWK, Wärmespeichern und Wärmepumpen eine ökonomisch darstellbare Alternative sein könnte und im Anschluss eine Betrachtung der optimalen Anteile von KWK, Wärmepumpen und Solarthermie im Wärmemarkt vorgenommen werden.

Plan de empresas: Picanha Burger

Picanha Burger es un restaurante que busca diferenciarse de sitios similares en el tipo de comida ofrecido en la ciudad de Bogotá, gracias a aspectos como calidad en el producto y en el servicio, relación entre calidad y precio, el valor agregado que se ofrecerá al público y la originalidad de los productos. Este restaurante se especializará en preparar hamburguesas de Picanha, plato tradicional en la cultura brasilera; es por esto que se desea entrar en el negocio de las comidas puesto que es un producto muy atractivo y de calidad superior a muchos otros de los que actualmente se ofrecen en el mercado, por lo que es notablemente diferente en cuanto a producto y estilo del negocio frente a los competidores. Después de realizar el estudio de mercados se estableció el público objetivo según la propuesta del negocio. Dicho estudio arrojó que este mercado estará conformado por personas que se encuentren en los estratos socio-económicos 4,5 y 6, y que no superen la edad de los 60 años. Este público objetivo está conformado por 696.240 personas. El sector gastronómico en Colombia está en crecimiento y representa una opción bastante atractiva para los inversionistas extranjeros así como para los nacionales. Inclusive mundialmente se está alabando el buen momento que vive la gastronomía colombiana; revistas especializadas como La Barra han destacado la excelente oferta gastronómica que Bogotá presenta.

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