The activation of human gene MAGE-1 in tumor cells is correlated with genome-wide demethylation.

Human gene MAGE-1 encodes tumor-specific antigens that are recognized on melanoma cells by autologous cytolytic T lymphocytes. This gene is expressed in a significant proportion of tumors of various histological types, but not in normal tissues except male germ-line cells. We reported previously that reporter genes driven by the MAGE-1 promoter are active not only in the tumor cell lines that express MAGE-1 but also in those that do not. This suggests that the critical factor causing the activation of MAGE-1 in certain tumors is not the presence of the appropriate transcription factors. The two major MAGE-1 promoter elements have an Ets binding site, which contains a CpG dinucleotide. We report here that these CpG are demethylated in the tumor cell lines that express MAGE-1, and are methylated in those that do not express the gene. Methylation of these CpG inhibits the binding of transcription factors, as seen by mobility shift assay. Treatment with the demethylating agent 5-aza-2'-deoxycytidine activated gene MAGE-1 not only in tumor cell lines but also in primary fibroblasts. Finally, the overall level of CpG methylation was evaluated in 20 different tumor cell lines. It was inversely correlated with the expression of MAGE-1. We conclude that the activation of MAGE-1 in cancer cells is due to the demethylation of the promoter. This appears to be a consequence of a genome-wide demethylation process that occurs in many cancers and is correlated with tumor progression.

Ruolo di Clusterina nella progressione del tumore prostatico

Clusterina (CLU) è una proteina ubiquitaria, presente nella maggior parte dei fluidi corporei e implicata in svariati processi fisiologici. Dalla sua scoperta fino ad oggi, CLU è risultata essere una proteina enigmatica, la cui funzione non è ancora stata compresa appieno. Il gene codifica per 3 varianti trascrizionali identificate nel database NCBI con i codici: NM_001831 (CLU 1 in questo lavoro di tesi), NR_038335 (CLU 2 in questo lavoro di tesi) e NR_045494 (CLU 3 in questo lavoro di tesi). Tutte le varianti sono trascritte come pre-mRNA contenenti 9 esoni e 8 introni e si differenziano per l’esone 1, la cui sequenza è unica e caratteristica di ogni variante. Sebbene in NCBI sia annotato che le varianti CLU 2 e CLU 3 non sono codificanti, tramite analisi bioinformatica è stato predetto che da tutti e tre i trascritti possono generarsi proteine di differente lunghezza e localizzazione cellulare. Tra tutte le forme proteiche ipotizzate, l’unica a essere stata isolata e sequenziata è quella tradotta dall’AUG presente sull’esone 2 che dà origine a una proteina di 449 aminoacidi. Il processo di maturazione prevede la formazione di un precursore citoplasmatico (psCLU) che subisce modificazioni post-traduzionali tra cui formazione di ponti disolfuro, glicosilazioni, taglio in due catene denominate β e α prima di essere secreta come eterodimero βα (sCLU) nell’ambiente extracellulare, dove esercita la sua funzione di chaperone ATP-indipendente. Oltre alla forma extracellulare, è possibile osservare una forma intracellulare con localizzazione citosolica la cui funzione non è stata ancora completamente chiarita. Questo lavoro di tesi si è prefissato lo scopo di incrementare le conoscenze in merito ai trascritti CLU 1 e CLU 2 e alla loro regolazione, oltre ad approfondire il ruolo della forma citosolica della proteina in relazione al signaling di NF-kB che svolge un ruolo importante nel processo di sviluppo e metastatizzazione del tumore. Nella prima parte, uno screening di differenti linee cellulari, quali cellule epiteliali di prostata e di mammella, sia normali sia tumorali, fibroblasti di origine polmonare e linfociti di tumore non-Hodgkin, ha permesso di caratterizzare i trascritti CLU 1 e CLU 2. Dall’analisi è emerso che la sequenza di CLU 1 è più corta al 5’ rispetto a quella depositata in NCBI con l’identificativo NM_001831 e il primo AUG disponibile per l’inizio della traduzione è localizzato sull’esone 2. È stato dimostrato che CLU 2, al contrario di quanto riportato in NCBI, è tradotto in proteina a partire dall’AUG presente sull’esone 2, allo stesso modo in cui viene tradotto CLU 1. Inoltre, è stato osservato che i livelli d’espressione dei trascritti variano notevolmente tra le diverse linee cellulari e nelle cellule epiteliali CLU 2 è espressa sempre a bassi livelli. In queste cellule, l’espressione di CLU 2 è silenziata per via epigenetica e la somministrazione di farmaci capaci di rendere la cromatina più accessibile, quali tricostatina A e 5-aza-2’-deossicitidina, è in grado di incrementarne l’espressione. Nella seconda parte, un’analisi bioinformatica seguita da saggi di attività in vitro in cellule epiteliali prostatiche trattate con farmaci epigenetici, hanno permesso di identificare, per la prima volta in uomo, una seconda regione regolatrice denominata P2, capace di controllare l’espressione di CLU 2. Rispetto a P1, il classico promotore di CLU già ampiamente studiato da altri gruppi di ricerca, P2 è un promotore debole, privo di TATA box, che nelle cellule epiteliali prostatiche è silente in condizioni basali e la cui attività incrementa in seguito alla somministrazione di farmaci epigenetici capaci di alterare le modificazioni post-traduzionali delle code istoniche nell’intorno di P2. Ne consegue un rilassamento della cromatina e un successivo aumento di trascrizione di CLU 2. La presenza di un’isola CpG differentemente metilata nell’intorno di P1 spiegherebbe, almeno in parte, i differenti livelli di espressione di CLU che si osservano tra le diverse linee cellulari. Nella terza parte, l’analisi del pathway di NF-kB in un modello sperimentale di tumore prostatico in cui CLU è stata silenziata o sovraespressa, ha permesso di capire come la forma citosolica di CLU abbia un ruolo inibitorio nei confronti dell’attività del fattore trascrizionale NF-kB. CLU inibisce la fosforilazione e l’attivazione di p65, il membro più rappresentativo della famiglia NF-kB, con conseguente riduzione della trascrizione di alcuni geni da esso regolati e coinvolti nel rimodellamento della matrice extracellulare, quali l’urochinasi attivatrice del plasminogeno, la catepsina B e la metallo proteinasi 9. È stato dimostrato che tale inibizione non è dovuta a un’interazione fisica diretta tra CLU e p65, per cui si suppone che CLU interagisca con uno dei componenti più a monte della via di segnalazione responsabile della fosforilazione ed attivazione di p65.

1,3-Dipolar cycloadditions of azomethine imines

Azomethine imines are considered 1,3-dipoles of the aza-allyl type which are transient intermediates and should be generated in situ but can also be stable and isolable compounds. They react with electron-rich and electron-poor olefins as well as with acetylenic compounds and allenoates mainly by a [3 + 2] cycloaddition but they can also take part in [3 + 3], [4 + 3], [3 + 2 + 2] and [5 + 3] with different dipolarophiles. These 1,3-dipolar cycloadditions (1,3-DC) can be performed not only under thermal or microwave conditions but also using metallo- and organocatalytic systems. In recent years enantiocatalyzed 1,3-dipolar cycloadditions have been extensively considered and applied to the synthesis of a great variety of dinitrogenated heterocycles with biological activity. Acyclic azomethine imines derived from mono and disubstituted hydrazones could be generated by prototropy under heating or by using Lewis or Brønsted acids to give, after [3 + 2] cycloadditions, pyrazolidines and pyrazolines. Cyclic azomethine imines, incorporating a C–N bond in a ring, such as isoquinolinium imides are the most widely used dipoles in normal and inverse-electron demand 1,3-DC allowing the synthesis of tetrahydro-, dihydro- and unsaturated pyrazolo[1,5-a]isoquinolines in racemic and enantioenriched forms with interesting biological activity. Pyridinium and quinolinium imides give the corresponding pyrazolopyridines and indazolo[3,2-a]isoquinolines, respectively. In the case of cyclic azomethine imines with an N–N bond incorporated into a ring, N-alkylidene-3-oxo-pyrazolidinium ylides are the most popular stable and isolated dipoles able to form dinitrogen-fused saturated and unsaturated pyrazolopyrazolones as racemic or enantiomerically enriched compounds present in many pharmaceuticals, agrochemicals and other useful chemicals.

Mecelle şerhi Teşrih

eser-i Abdüssettar an aza-yi cemiyet ül-Mejelle.

Radiocarbon dates, grain size measurements and selected foraminifera analysis from sediment cores AvH248260-2 and AvH248260-1, Ameralik Fjord, SW Greenland

Sedimentological and geochemical (XRF) data together with information from diatom and benthic foraminiferal records of a 3.5 m long gravity core from Ameralik Fjord, southern West Greenland, is used for reconstructing late-Holocene environmental changes in this area. The changes are linked to large-scale North Atlantic ocean and climate variability. AMS 14C-dating of benthic foraminifera indicates that the sediment core records the last 4400 years and covers the termination of the Holocene Thermal Maximum (HTM). The late HTM (4.4 3.2 ka BP) is characterized by high accumulation rates of fine (silty) sediments related to strong meltwater discharge from the Inland Ice. The HTM benthic foraminiferal fauna demonstrates the presence of well-ventilated, saline bottom water originating from inflow of subsurface West Greenland Current water of Atlantic (Irminger Sea) origin. The hydrographic conditions were further characterized by limited sea ice probably related to a mild and relatively windy winter climate. After 3.2 ka BP lower fine-grained sedimentation rates, but a larger input from sea-ice rafted or aeolian coarse material prevailed. This can be related to colder atmospheric conditions with a decreased meltwater discharge and more widespread sea-ice cover in the fjord.

Humic acids in bottom sediments of the Western Pacific

Elemental composition, functional groups, and molecular mass distribution were determined in humic acids from the Western Pacific abyssal and coastal bottom sediments. Humic acid structure was studied by oxidative degradation with alkaline nitrobenzene and potassium permanganate, p-coumaric, guaiacilic, and syringilic structural units typical for lignin of terrestrial plants were identified in humic acids by chromatographic analysis of oxidation products. Polysubstituted and polycondensed aromatic systems with minor proportion of aliphatic structures were basic structural units of humic acids in abyssal sediments.

Sand resources of southeastern Lake Michigan /

"July 1979."

Sediment distribution, sand resources, and geologic character of the inner continental shelf off Galveston County, Texas /

"July 1979."

Measurement techniques for coastal waves and currents /

"November 1976."

Data collection methods for sand inventory-type surveys /

"March 1980."