SOFHIA: a CAD environment to design digital control systems

"Series Title: IFIP - The International Federation for Information Processing, ISSN 1868-4238"

An evolutionary approach to the use of Petri net based models: from parallel controllers to HW/SW co-design

"A workshop within the 19th International Conference on Applications and Theory of Petri Nets - ICATPN’1998"

Filososofía y Ciencia Computacional: Aspectos epistemológicos, ontológicos y metodológicos. Philosophy and Computing Sciencs: Epistemological, Ontological and Methodological Aspects.

Uno de los temas centrales del proyecto concierne la naturaleza de la ciencia de la computación. La reciente aparición de esta disciplina sumada a su origen híbrido como ciencia formal y disciplina tecnológica hace que su caracterización aún no esté completa y menos aún acordada entre los científicos del área. En el trabajo Three paradigms of Computer Science de A. Eden, se presentan tres posiciones admitidamente exageradas acerca de como entender tanto el objeto de estudio (ontología) como los métodos de trabajo (metodología) y la estructura de la teoría y las justificaciones del conocimiento informático (epistemología): La llamada racionalista, la cual se basa en la idea de que los programas son fórmulas lógicas y que la forma de trabajo es deductiva, la tecnocrática que presenta a la ciencia computacional como una disciplina ingenieril y la ahi llamada científica, la cual asimilaría a la computación a las ciencias empíricas. Algunos de los problemas de ciencia de la computación están relacionados con cuestiones de filosofía de la matemática, en particular la relación entre las entidades abstractas y el mundo. Sin embargo, el carácter prescriptivo de los axiomas y teoremas de las teorías de la programación puede permitir interpretaciones alternativas y cuestionaría fuertemente la posibilidad de pensar a la ciencia de la computación como una ciencia empírica, al menos en el sentido tradicional. Por otro lado, es posible que el tipo de análisis aplicado a las ciencias de la computación propuesto en este proyecto aporte nuevas ideas para pensar problemas de filosofía de la matemática. Un ejemplo de estos posibles aportes puede verse en el trabajo de Arkoudas Computers, Justi?cation, and Mathematical Knowledge el cual echa nueva luz al problema del significado de las demostraciones matemáticas.Los objetivos del proyecto son: Caracterizar el campo de las ciencias de la computación.Evaluar los fundamentos ontológicos, epistemológicos y metodológicos de la ciencia de la computación actual.Analizar las relaciones entre las diferentes perspectivas heurísticas y epistémicas y las practicas de la programación.

Coordinación socio-política. Redes de influencia y estructuras de poder en CórdobaSocio-political coordination. Influence Networks and power structures in Córdoba.

Los mecanismos de producción y reproducción de la influencia política es una importante área de estudio de la ciencia política en las últimas décadas. En la misma se han disputado diferentes teorías, desde las que plantean la influencia predominante de grupos de poder y sectores corporativos tanto en las decisiones del estado como en las no decisiones, hasta los que plantean que existe la puja de diferentes intereses dentro del Estado pero que no existe ningún grupo predominante. El análisis de redes (network analysis) permite estudiar este objeto mediante la observación de la estructura de relaciones de los actores influyentes dentro de la política provincial. En esta area de estudio, este proyecto propone estudiar de qué manera se produce y reproduce la influencia política en la Provincia de Córdoba.Las hipótesis que plantea el proyecto son las siguientes: H1- La estructura del poder socio-político provincial adquiere una configuración reticular en la que existe un núcleo de actores que representan intereses tradicionales organizados y permite un escaso acceso de nuevas organizaciones que defienden intereses sociales difusos. H2- En el proceso de influencia sociopolítica provincial operan mecanismos de influencia interpersonales directos e indirectos (Brokerage) que permiten a los actores acceder e influir en los decisores públicos. H3- En el proceso de influencia socio-política interviene una diversidad de recursos de poder que los actores utilizan para influir las políticas públicas. Para esto se propone como objetivos del proyecto los siguientes: 1- Identificar y analizar la estructura de poder e influencia que subyace a la política provincial. 2- Analizar los intereses, actores y sectores incluidos y excluidos de la estructura de influencia política. 3- Analizar los mecanismos y recursos de producción y reproducción del poder y la influencia. 4- Analizar las áreas de política del estado provincial que resultan lugar de influencia de los actores y sectores que configuran la estructura de poder socio-política. 5- Analizar el sistema de decisión colectiva (policy domain) en dos áreas de política provincial. 6- Analizar los recursos que posibilitan a los actores ejercer poder e influencia en las áreas de políticas estudiadas. Para la verificación empírica de las hipótesis se realiza un diseño de investigación que incluye el mapeo y análisis de dos tipos de redes políticas diferentes, la "red de influencia en la política provincial" y la red de influencia en un "área de políticas públicas". La reconstrucción de las redes políticas se realizará mediante entrevistas semi-estructuradas a actores sociales y políticos en un muestreo no probabilístico de tipo "bola de nieve". La investigación pretende realizar un aporte a la comprensión de la coordinación política y, en tal sentido, espera alcanzar una adecuada descripción y comprensión de los procesos de influencia y de estructuración del poder en la Provincia de Córdoba.

Estudos sôbre a alimentação mineral do cafeeiro. II: absorção do superfosfato radioativo pelo cafeeiro (Coffea arabica L., var. Bourbon Amarelo) em condições de campo

In order to find out the best way to supply phosphorus to coffee plants when growing in "terra roxa misturada", a red soil with a high fixing capacity, tagged superphosphate was applied by the following procedures: (1) topdressed in a circular strip around the trees; (2) placed in the bottom of a circular furrow 15 cm deep; (3) placed in a semicircular furrow also 15 cm deep; (4) sprayed directly to the leaves. In each case 150 gms. of ordinary superphosphate tagged with H3 P32 O4 to give 5 X 10(9) c.p.m. were given to the two and half year old coffee plants. It was found that for the several treatments of the total phosphorus in the leaves the following values, on a per cent basis, came from the applied superphosphates: (1) topdressed 10.2 per cent, (2) circular furrow 2.4 per cent, (3) semicircular furrow 1.7 per cent, (4) sprayed 38.0 per cent; one can see, then, that methods (2) and (3) commonly used by the coffee planters are a very inefficient way to supply phosphorus in this type of soil. The remarkable foliar absorption was checked twice: a water culture experiment was carried out, the radiophosphorus being supplied by brushing it in the upper and lower surfaces of a given leaf; radioactivity was detected all over the plant as a result both of absorption and translocation; on the other hand, leaves collected from the sprayed trees were radioautographed; the radioautographs showed the pattern of distribution of the P32 which indicates true absorption rather than a surface contamination. In another locality, an experiment was caried out with 8 year old plants growing in "arenito de Bauru" which is a sandy soil with much less phosphorus fixing capacity. In this experiment the aim was to compare absorption of tagged superphosphate by trees growin under mulch against plants not receiving this treatment, The uptake of phosphorus was the same for both sets of plants. In both field experiments soil samples down to 15 cm in the profile were collected and its 0.2NHC1 soluble phosphorus was counted; rather significant values were observed mainly in the upper 5 cm layers.

Litosol: suas características e provável gênese

Some of the characteristics peculiar to Litosois are discussed based on data published on Litosois occurring in the States of São Paulo and Paraná. Litosois are the first stages of development of a soil. Litosois probably originate through the exposure of the rockbed caused by an excessive relief. Rock weathering processes are intensive, prevailing those of chemical nature rather than those processes in which physical phenomena dominate. The A horizon has a high organic matter content (2% to 10%). Silt and clay amount to approximately 50% of the fine earth in the A horizon, with the exception of Litosois originated from sandstone and granite. The SiO2/Al2O3 relationship of the soil's colloidal complex and the clay's cation exchange capacity indicate that it is quite probable the presence of 2:1 type clay in Litosois derived from basic rocks.

When do central banks prefer to intervene secretly?

Central banks often intervene secretly in the foreign exchange market. This secrecy seems to be at odds with the signalling channel. In this article we will analyse when a central bank intervening in the foreign exchange rate market purely through the signalling channel would prefer to act secretly or publicly. By using a microstructure model, we will show that the consistency of the intervention with fundamentals, the volume of noise trading, the weight given to the effectiveness of intervention and the degree of superior information held by the central bank will influence the decision to intervene secretly or publicly. Keywords: foreign exchange intervention, market microstructure. JEL ClassifiÂ…cation: D82, E58, F31, G14.

The fourth extracellular loop of the alpha subunit of Na,K-ATPase. Functional evidence for close proximity with the second extracellular loop.

Na,K-ATPase is the main active transport system that maintains the large gradients of Na(+) and K(+) across the plasma membrane of animal cells. The crystal structure of a K(+)-occluding conformation of this protein has been recently published, but the movements of its different domains allowing for the cation pumping mechanism are not yet known. The structure of many more conformations is known for the related calcium ATPase SERCA, but the reliability of homology modeling is poor for several domains with low sequence identity, in particular the extracellular loops. To better define the structure of the large fourth extracellular loop between the seventh and eighth transmembrane segments of the alpha subunit, we have studied the formation of a disulfide bond between pairs of cysteine residues introduced by site-directed mutagenesis in the second and the fourth extracellular loop. We found a specific pair of cysteine positions (Y308C and D884C) for which extracellular treatment with an oxidizing agent inhibited the Na,K pump function, which could be rapidly restored by a reducing agent. The formation of the disulfide bond occurred preferentially under the E2-P conformation of Na,K-ATPase, in the absence of extracellular cations. Using recently published crystal structure and a distance constraint reproducing the existence of disulfide bond, we performed an extensive conformational space search using simulated annealing and showed that the Tyr(308) and Asp(884) residues can be in close proximity, and simultaneously, the SYGQ motif of the fourth extracellular loop, known to interact with the extracellular domain of the beta subunit, can be exposed to the exterior of the protein and can easily interact with the beta subunit.

Transferència d’electrò i protó als intermediaris de reacció de les hemo-catalases

Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada a l’University of Pennsylvania, EUA, entre els mesos d’agosta a desembre del 2006. Les hemo-catalases són enzims que protegeixen les cèl•lules dels efectes tòxics del peròxid d'hidrogen. Aquesta reacció té lloc en dues etapes, via l'intermediari Compost I (Cpd I). Tanmateix, el Compost I pot seguir una reacció secundària, a través de l'intermediari Compost II. Hi ha dos tipus d'hemo-catalases: les hemo-b (com la d'Helicobacter pylori, HPC) i les hemo-d catalases (com la de Penicillium vitale, PVC). Experimentalment s'observa que les hemo-b catalases formen Cpd II més fàcilment que les hemo-d. La formació del Cpd II consta de dos processos: la reducció del catió radical porfirínic i la protonació del grup oxoferril. Durant l'estada, es va estudiar el procès de transferència electrònica a la porfirina utilitzant una metodologia desenvolupada recentment. Els resultats mostren que per PVC la reducció és més fàcil que per HPC. Posteriorment hem realitzat una sèrie de optimitzacions de geometria CPMD QM/MM al llarg del camí per la transferència de protó (PT) de la histidina distal a l'oxoferril. Mentre que per HPC aquesta PT és espontània, per PVC l'isòmer hidroxoferrílic és menys estable que el catió imidazoli.

Directed integration of new insulated lentiviral vectors to heterochromatin towards safer gene transfer to stem cells

The need for better gene transfer systems towards improved risk=benefit balance for patients remains a major challenge in the clinical translation of gene therapy (GT). We have investigated the improvement of integrating vectors safety in combining (i) new short synthetic genetic insulator elements (GIE) and (ii) directing genetic integration to heterochromatin. We have designed SIN-insulated retrovectors with two candidate GIEs and could identify a specific combination of insulator 2 repeats which translates into best functional activity, high titers and boundary effect in both gammaretro (p20) and lentivectors (DCaro4) (see Duros et al, abstract ibid). Since GIEs are believed to shield the transgenic cassette from inhibitory effects and silencing, DCaro4 has been further tested with chimeric HIV-1 derived integrases which comprise C-ter chromodomains targeting heterochromatin through either histone H3 (ML6chimera) or methylatedCpGislands (ML10). With DCaro4 only and both chimeras, a homogeneous expression is evidenced in over 20% of the cells which is sustained over time. With control lentivectors, less than 2% of cells express GFP as compared to background using a control double-mutant in both catalytic and ledgf binding-sites; in addition, a two-times increase of expression can be induced with histone deacetylase inhibitors. Our approach could significantly reduce integration into open chromatin sensitive sites in stem cells at the time of transduction, a feature which might significantly decrease subsequent genotoxicity, according to X-SCIDs patients data.Work performed with the support of EC-DG research within the FP6-Network of Excellence, CLINIGENE: LSHB-CT-2006-018933

Fear of model misspecifcation and the robustness premium

Robust decision making implies welfare costs or robustness premia when the approximating model is the true data generating process. To examine the importance of these premia at the aggregate level we employ a simple two-sector dynamic general equilibrium model with human capital and introduce an additional form of precautionary behavior. The latter arises from the robust decision maker s ability to reduce the effects of model misspecification through allocating time and existing human capital to this end. We find that the extent of the robustness premia critically depends on the productivity of time relative to that of human capital. When the relative efficiency of time is low, despite transitory welfare costs, there are gains from following robust policies in the long-run. In contrast, high relative productivity of time implies misallocation costs that remain even in the long-run. Finally, depending on the technology used to reduce model uncertainty, we fi nd that while increasing the fear of model misspecfi cation leads to a net increase in precautionary behavior, investment and output can fall.

On Identification of Bayesian DSGE Models

In recent years there has been increasing concern about the identification of parameters in dynamic stochastic general equilibrium (DSGE) models. Given the structure of DSGE models it may be difficult to determine whether a parameter is identified. For the researcher using Bayesian methods, a lack of identification may not be evident since the posterior of a parameter of interest may differ from its prior even if the parameter is unidentified. We show that this can even be the case even if the priors assumed on the structural parameters are independent. We suggest two Bayesian identification indicators that do not suffer from this difficulty and are relatively easy to compute. The first applies to DSGE models where the parameters can be partitioned into those that are known to be identified and the rest where it is not known whether they are identified. In such cases the marginal posterior of an unidentified parameter will equal the posterior expectation of the prior for that parameter conditional on the identified parameters. The second indicator is more generally applicable and considers the rate at which the posterior precision gets updated as the sample size (T) is increased. For identified parameters the posterior precision rises with T, whilst for an unidentified parameter its posterior precision may be updated but its rate of update will be slower than T. This result assumes that the identified parameters are pT-consistent, but similar differential rates of updates for identified and unidentified parameters can be established in the case of super consistent estimators. These results are illustrated by means of simple DSGE models.

Estimating Phillips Curves in Turbulent Times using the ECB’s Survey of Professional Forecasters

This paper uses forecasts from the European Central Bank's Survey of Professional Forecasters to investigate the relationship between inflation and inflation expectations in the euro area. We use theoretical structures based on the New Keynesian and Neoclassical Phillips curves to inform our empirical work. Given the relatively short data span of the Survey of Professional Forecasters and the need to control for many explanatory variables, we use dynamic model averaging in order to ensure a parsimonious econometric speci cation. We use both regression-based and VAR-based methods. We find no support for the backward looking behavior embedded in the Neo-classical Phillips curve. Much more support is found for the forward looking behavior of the New Keynesian Phillips curve, but most of this support is found after the beginning of the financial crisis.

Química de l'espín prohibit: la importà ncia dels intermedis a capa oberta en l'activació d'enllaços C-H

Estudi realitzat a partir d’una estada a la School of Chemistry de la University of Bristol, Gran Bretanya, entre 2006 i 2008. La reacció d’activació del pre-catalitzador CH3-Fe(P(iPr)2CH2)3B-Ph, que es dóna en presència de H2 i P(CH3)3, és una reacció spin-prohibida ja que els reactius i els productes tenen diferents estat d’espín en el seu estat fonamental: el pre-catalitzador és quintet, mentre que el producte format després de l’eliminació de metà, PMe3(H3)-Fe[(P(iPr)2CH2)3B-Ph, és singlet. Un dels intermedis d’aquesta reacció és d’especial interès ja que catalitza la hidrogenació d’olefines. Intermedi que experimentalment s’ha proposat com a H-Fe[(P(iPr)2CH2)3B-Ph] o el Hx-Fe[(P(iPr)2CH2)3B-Ph]. Aquestes espècies han estat estudiades computacionalment, mitjançant la combinació de mètodes del funcional de la densitat calibrats mitjançant càlculs ab initio. Els resultats obtinguts mostren que les superfícies d’energia potencial singlet, triplet i quintet es creuen al llarg de les reaccions descrites. La reacció d’activació del pre-catalitzador és una reacció multi spin-prohibida (més d’un canvi d’espín), en la que el mecanisme preferit addiciona primer hidrogen i després la fosfina, el pas determinant de la velocitat és el creuament de la superfície d’energia potencial quintet a la triplet a la geometria del reactiu, que es produeix amb una barrera d’aproximadament 18 kcal/mol. La reacció d’hidrogenació d’olefines en canvi pot ser o no una reacció espín prohibida depenent de les condicions en que es dugui a terme. En cas de que la reacció es dugui a terme en un excés d’hidrogen, en el mecanisme principal l’espècie activa seria el (H2)H-Fe[(P(iPr)2CH2)3B-Ph] singlet en el seu estat fonamental que hidrogenaria l’olefina sense cap pas espín prohibit. Aquest mecanisme és el de barrera més baixa però s’espera que estigui més desafavorit entropicament. Si les condicions no són d’un important excés d’hidrogen, llavors l’espècie activa s’espera que sigui H-Fe[(P(iPr)2CH2)3B-Ph], la reacció llavors seria multi espín prohibida amb una barrera de unes 13 kcal/mol corresponents al creuament entre la superfície quintet i triplet a la geometria del H-Fe[(P(iPr)2CH2)3B-Ph].

Identificació de noves dianes terapèutiques en neoplà sies limfoides

El limfoma de cèl•lules de mantell (LCM) és un limfoma de cèl•lules B incurable que presenta sobreexpressió de ciclina D1. Això fa necessari el desenvolupament de noves teràpies. Els gens supressors de tumors estan alterats en càncer pel silenciament epigenètic aberrant, com a conseqüència de la desacetilació de les histones dels seus promotors. Els inhibidors de les desacetilases d'histones (HDACi) són nous compostos amb resultats prometedors per al tractament de tumors. L'objectiu principal, i que ha durat 7 mesos, va ser analitzar l'activitat antitumoral de l'àcid hidroxàmic suberoilanílid (SAHA, vorinostat), un HDACi en fase d'assajos clínics per al tractament de varis tumors, en cèl•lules de LCM. Es va analitzar la sensibilitat al SAHA (Merck Pharmaceuticals) en nou línies cel•lulars humanes de LCM, que es diferenciaven en les alteracions genètiques, les característiques replicatives i la sensibilitat als fàrmacs; i cèl•lules primàries de 6 pacients. El SAHA va presentar un efecte citotòxic heterogeni amb DL50 (Dosi Letal 50) de 3.25 μM a &25 μM amb 24 d'incubació. Aquest efecte citotòxic s'incrementava notablement després de 48 hores d'incubació assolint una DL50 de 0.34 a 5.69 μM. Cal destacar que 5 dels 6 casos de les mostres primàries de LCM van mostrar una elevada sensibilitat (DL50 & 8.07 μM). A nivell mecanistic, el SAHA va augmentar l'acetilació de les histones H3 i H4, i va disminuir els nivells de proteïna de la ciclina D1 i c-Flip. La citometria de flux i els anàlisis per Western Blot van posar de manifest que l'efecte citotòxic del SAHA es dóna a través de l'activació de la via mitocondrial de mort cel•lular i la cascada de caspases. El SAHA indueix l'expressió transcripcional de la proteïna proapoptòtica Bmf. Aquests resultats suggereixen que el SAHA podria ser una nova teràpia prometedora per al tractament del LCM.