In silico analysis of mitochondrial proteins

Le rôle important joué par la mitochondrie dans la cellule eucaryote est admis depuis longtemps. Cependant, la composition exacte des mitochondries, ainsi que les processus biologiques qui sy déroulent restent encore largement inconnus. Deux facteurs principaux permettent dexpliquer pourquoi létude des mitochondries progresse si lentement : le manque defficacité des méthodes didentification des protéines mitochondriales et le manque de précision dans lannotation de ces protéines. En conséquence, nous avons développé un nouvel outil informatique, YimLoc, qui permet de prédire avec succès les protéines mitochondriales à partir des séquences génomiques. Cet outil intègre plusieurs indicateurs existants, et sa performance est supérieure à celle des indicateurs considérés individuellement. Nous avons analysé environ 60 génomes fongiques avec YimLoc afin de lever la controverse concernant la localisation de la bêta-oxydation dans ces organismes. Contrairement à ce qui était généralement admis, nos résultats montrent que la plupart des groupes de Fungi possèdent une bêta-oxydation mitochondriale. Ce travail met également en évidence la diversité des processus de bêta-oxydation chez les champignons, en corrélation avec leur utilisation des acides gras comme source dénergie et de carbone. De plus, nous avons étudié le composant clef de la voie de bêta-oxydation mitochondriale, lacyl-CoA déshydrogénase (ACAD), dans 250 espèces, couvrant les 3 domaines de la vie, en combinant la prédiction de la localisation subcellulaire avec la classification en sous-familles et linférence phylogénétique. Notre étude suggère que les gènes ACAD font partie dune ancienne famille qui a adopté des stratégies évolutionnaires innovatrices afin de générer un large ensemble denzymes susceptibles dutiliser la plupart des acides gras et des acides aminés. Finalement, afin de permettre la prédiction de protéines mitochondriales à partir de données autres que les séquences génomiques, nous avons développé le logiciel TESTLoc qui utilise comme données des Expressed Sequence Tags (ESTs). La performance de TESTLoc est significativement supérieure à celle de tout autre outil de prédiction connu. En plus de fournir deux nouveaux outils de prédiction de la localisation subcellulaire utilisant différents types de données, nos travaux démontrent comment lassociation de la prédiction de la localisation subcellulaire à dautres méthodes danalyse in silico permet daméliorer la connaissance des protéines mitochondriales. De plus, ces travaux proposent des hypothèses claires et faciles à vérifier par des expériences, ce qui présente un grand potentiel pour faire progresser nos connaissances des métabolismes mitochondriaux.

La régulation génique chez Solanum chacoense : de la pollinisation jusqu’à l’embryogenèse

Chez les végétaux supérieurs, l’embryogenèse est une phase clé du développement au cours de laquelle l’embryon établit les principales structures qui formeront la future plante et synthétise et accumule des réserves définissant le rendement et la qualité nutritionnelle des graines. Ainsi, la compréhension des évènements moléculaires et physiologiques menant à la formation de la graine représente un intérêt agronomique majeur. Toutefois, l'analyse des premiers stades de développement est souvent difficile parce que l'embryon est petit et intégré à l'intérieur du tissu maternel. Solanum chacoense qui présente des fleurs relativement grande facilitant l’isolation des ovules, a été utilisée pour l’étude de la biologie de la reproduction plus précisément la formation des gamètes femelles, la pollinisation, la fécondation et le développement des embryons. Afin d'analyser le programme transcriptionnel induit au cours de la structuration de ces étapes de la reproduction sexuée, nous avons mis à profit un projet de séquençage de 7741 ESTs (6700 unigènes) exprimés dans l’ovule à différents stades du développement embryonnaire. L’ADN de ces ESTs a été utilisé pour la fabrication de biopuces d’ADN. Dans un premier temps, ces biopuces ont été utilisé pour comparer des ADNc issus des ovules de chaque stade de développement embryonnaire (depuis le zygote jusqu’au embryon mature) versus un ovule non fécondé. Trois profils d’expression correspondant au stade précoce, intermédiaire et tardive ont été trouvés. Une analyse plus approfondie entre chaque point étudié (de 0 à 22 jours après pollinisation), a permis d'identifier des gènes spécifiques caractérisant des phases de transition spécifiques. Les annotations Fonctionnelles des gènes differentiellement exprimés nous ont permis d'identifier les principales fonctions cellulaires impliquées à chaque stade de développement, révélant que les embryons sont engagés dans des actifs processus de différenciation. Ces biopuces d’ADN ont été par la suite utilisé pour comparer différent types de pollinisation (compatible, incompatible, semi-compatible et inter-espèce) afin d’identifier les gènes répondants à plusieurs stimuli avant l'arrivé du tube pollinique aux ovules (activation à distance). Nous avons pu démontrer que le signal perçu par l’ovaire était différent et dépend de plusieurs facteurs, incluant le type de pollen et la distance parcourue par le pollen dans le style. Une autre analyse permettant la comparaison des différentes pollinisations et la blessure du style nous a permis d’identifier que les programmes génétiques de la pollinisation chevauchent en partie avec ceux du stress. Cela était confirmé en traitant les fleurs par une hormone de stress, méthyle jasmonate. Dans le dernier chapitre, nous avons utilisé ces biopuces pour étudier le changement transcriptionnel d’un mutant sur exprimant une protéine kinase FRK2 impliqué dans l’identité des ovules. Nous avons pu sélectionner plusieurs gènes candidat touchés par la surexpression de cette kinase pour mieux comprendre la voie se signalisation. Ces biopuces ont ainsi servi à déterminer la variation au niveau transcriptionnelle des gènes impliqués lors de différents stades de la reproduction sexuée chez les plantes et nous a permis de mieux comprendre ces étapes.

Implication des peptides RALFs dans les communications cellulaires lors du développement du gamétophyte femelle chez Solanum chacoense et Arabidopsis thaliana.

Chez les angiospermes, la reproduction passe par la double fécondation. Le tube pollinique délivre deux cellules spermatiques au sein du gamétophyte femelle. Une cellule féconde la cellule œuf pour produire un zygote; l’autre féconde la cellule centrale pour produire l’endosperme. Pour assurer un succès reproductif, le développement du gamétophyte femelle au sein de l’ovule doit établir un patron cellulaire qui favorise les interactions avec le tube pollinique et les cellules spermatiques. Pour ce faire, un dialogue doit s’établir entre les différentes cellules de l’ovule lors de son développement, de même que lors de la fécondation. D’ailleurs, plusieurs types de communications intercellulaires sont supposées suite à la caractérisation de plusieurs mutants développementaux. De même, ces communications semblent persister au sein du zygote et de l’endosperme pour permettre la formation d’un embryon viable au sein de la graine. Malgré les développements récents qui ont permis de trouver des molécules de signalisation supportant les modèles d’interactions cellulaires avancés par la communauté scientifique, les voies de signalisation sont de loin très incomplètes. Dans le but de caractériser des gènes encodant des protéines de signalisation potentiellement impliqués dans la reproduction chez Solanum chacoense, l’analyse d’expression des gènes de type RALF présents dans une banque d’ESTs (Expressed Sequence Tags) spécifiques à l’ovule après fécondation a été entreprise. RALF, Rapid Alcalinization Factor, est un peptide de 5 kDa qui fait partie de la superfamille des «protéines riches en cystéines (CRPs)», dont les rôles physiologiques au sein de la plante sont multiples. Cette analyse d’expression a conduit à une analyse approfondie de ScRALF3, dont l’expression au sein de la plante se limite essentiellement à l’ovule. L’analyse de plantes transgéniques d’interférence pour le gène ScRALF3 a révélé un rôle particulier lors de la mégagamétogénèse. Les plantes transgéniques présentent des divisions mitotiques anormales qui empêchent le développement complet du sac embryonnaire. Le positionnement des noyaux, de même que la synchronisation des divisions au sein du syncytium, semblent responsables de cette perte de progression lors de la mégagamétogénèse. L’isolement du promoteur de même que l’analyse plus précise d’expression au sein de l’ovule révèle une localisation sporophytique du transcrit. La voie de signalisation de l’auxine régule également la transcription de ScRALF3. De surcroît, ScRALF3 est un peptide empruntant la voie de sécrétion médiée par le réticulum endoplasmique et l’appareil de Golgi. En somme, ScRALF3 est un important facteur facilitant la communication entre le sporophyte et le gamétophyte pour amener à maturité le sac embryonnaire. L’identification d’un orthologue potentiel chez Arabidopsis thaliana a conduit à la caractérisation de AtRALF34. L’absence de phénotype lors du développement du sac embryonnaire suggère, cependant, de la redondance génétique au sein de la grande famille des gènes de type RALF. Néanmoins, les peptides RALFs apparaissent comme d’importants régulateurs lors de la reproduction chez Solanum chacoense et Arabidopsis thaliana.

DNA methylation in Dictyostelium discoideum

DNA methyltransferases of type Dnmt2 are a highly conserved protein family with enigmatic function. The aim of this work was to characterize DnmA, the Dnmt2 methyltransferase in Dictyostelium discoideum, and further to investigate its implication in DNA methylation and transcriptional gene silencing. The genome of the social amoeba Dictyostelium encodes DnmA as the sole DNA methyltransferase. The enzyme bears all ten characteristic DNA methyltransferase motifs in its catalytic domain. The DnmA mRNA was found by RT-PCR to be expressed during vegetative growth and down regulated during development. Investigations using fluorescence microscopy showed that both DnmA-myc and DnmA-GFP fusions predominantly localised to the nucleus. The function of DnmA remained initially unclear, but later experiment revealed that the enzyme is an active DNA methyltransferase responsible for all DNA (cytosine) methylation in Dictyostelium. Neither in gel retardation assays, nor by the yeast two hybrid system, clues on the functionality of DnmA could be obtained. However, immunological detection of the methylation mark with an α - 5mC antibody gave initial evidence that the DNA of Dictyostelium was methylated. Furthermore, addition of 5-aza-cytidine as demethylating agent to the Dictyostelium medium and subsequent in vitro incubation of the DNA isolated from these cells with recombinant DnmA showed that the enzyme binds slightly better to this target DNA. In order to investigate further the function of the protein, a gene knock-out for dnmA was generated. The gene was successfully disrupted by homologous recombination, the knock-out strain, however, did not show any obvious phenotype under normal laboratory conditions. To identify specific target sequences for DNA methylation, a microarray analysis was carried out. Setting a threshold of at least 1.5 fold for differences in the strength of gene expression, several such genes in the knock-out strain were chosen for further investigation. Among the up-regulated genes were the ESTs representing the gag and the RT genes respectively of the retrotransposon skipper. In addition Northern blot analysis confirmed the up-regulation of skipper in the DnmA knock-out strain. Bisufite treatment and sequencing of specific DNA stretches from skipper revealed that DnmA is responsible for methylation of mostly asymmetric cytosines. Together with skipper, DIRS-1 retrotransposon was found later also to be methylated but was not present on the microarray. Furthermore, skipper transcription was also up-regulated in strains that had genes disrupted encoding components of the RNA interference pathway. In contrast, DIRS 1 expression was not affected by a loss of DnmA but was strongly increased in the strain that had the RNA directed RNA polymerase gene rrpC disrupted. Strains generated by propagating the usual wild type Ax2 and the DnmA knock-out cells over 16 rounds in development were analyzed for transposon activity. Northern blot analysis revealed activation for skipper expression, but not for DIRS-1. A large number of siRNAs were found to be correspondent to the DIRS-1 sequence, suggesting concerted regulation of DIRS-1 expression by RNAi and DNA methylation. In contrast, no siRNAs corresponding to the standard skipper element were found. The data show that DNA methylation plays a crucial role in epigenetic gene regulation in Dictyostelium and that different, partially overlapping mechanisms control transposon silencing for skipper and DIRS-1. To elucidate the mechanism of targeting the protein to particular genes in the Dictyostelium genome, some more genes which were up-regulated in the DnmA knock-out strain were analyzed by bisulfite sequencing. The chosen genes are involved in the multidrug response in other species, but their function in Dictyostelium is uncertain. Bisulfite data showed that two of these genes were methylated at asymmetrical C-residues in the wild type, but not in DnmA knock-out cells. This suggested that DNA methylation in Dictyostelium is involved not only in transposon regulation but also in transcriptional silencing of specific genes.

Educació, seducció, tedi

En la societat actual, la seducció s'ha estès a àmbits que no són estrictament els de la publicitat, com ara el de l'educació i la política

El Projecte Rossinyol. Mentoria per a una societat inclusiva

El projecte Rossinyol és un programa de mentoria que clava les arrels a Israel i que amb el temps s'ha estès a diverses ciutats europees. La proposta es basa a aplegar joves estudiants de la universitat i fer que es relacionin amb nens i nenes immigrants, d'entre vuit i dotze anys, perquè passin una estona junts, perquè es diverteixin, perquè s'enriqueixin mútuament, tenint per objectiu aconseguir la integració dels infants en la societat d'acollida

Discurs del Dr. Eric J. Hobsbawm com a doctor honoris causa per la Universitat de Girona

Eric J. Hobsbawm rep el títol de doctor honoris causa per la seva condició d’historiador compromès amb el present, a partir de la interpretació crítica dels esdeveniments que han configurat la societat contemporània, i pel seu mestratge, estès arreu del món i en el si de la UdG, a través d’una extensa producció bibliogràfica i d’una docència impartida des de posicions ideològiques progressistes, segons acord del Consell de Govern de la Universitat de Girona, en la sessió 7/08 del dia 25 de setembre de 2008, a proposta de la Facultat de Lletres de la Universitat de Girona

Van al metge perquè són pobres

El Grup de Recerca en Estadística, Economia Aplicada i Salut (GRECS) de la Universitat de Girona ha fet una investigació sobre la utilització que fa el col·lectiu d’immigrants dels Serveis d’Atenció Primària a la Regió Sanitària Girona. Els resultats que han obtingut desfan el tòpic molt estès que diu que la població immigrada els fa servir més que l’autòctona

Descripción de las pruebas de función hepática en el control médico anual en un grupo de aviadores de Colombia

El objetivo de este estudio es describir los resultados de las diferentes pruebas de la función hepática y la asociación que estás guardan con la exposición a horas de vuelo de los aviadores. Métodos: Se realizo revisión de 1716 historias clínicas correspondientes al control médico anual de esta población, realizados entre el 1 junio del 2010 y el 1 de junio del 2011, observando los valores de transaminasas, bilirrubinas, edad, horas de vuelo y antecedentes médicos. Resultados: Se encontraron valores anormales para todas las pruebas de función hepática disponibles para el estudio (AST, ALT, Bilirubinas); se encontró relación estadísticamente significativa entre el número de horas de vuelo y la alteración de las transaminasas. Discusión: No hay estudios específicos relacionados con estas alteraciones en el campo de la aviación militar o comercial, pero se conoce que la exposición a vapores de hidrocarburos, el consumo de drogas hepatotóxicas y consumo de alcohol, sufrir enfermedades virales, cardiacas, neoplasias primarias o metastásicas del hígado, así como el síndrome metabólico, entre otras patologías, alteran la función hepática. Conclusiones: Hay asociación entre el número de horas de vuelo y la elevación de la AST y la ALT. Para establecer una relación específica se requiere la aplicación de estudios de seguimiento y la inclusión de otros factores que alteran las pruebas función hepática.

Análisis de la necesidad de crear una estrategia diplomática bilateral fortalecida Colombia - India para el desarrollo de sinergias competitivas - sector BPO (procesos de negocio tercerizado a distancia) periodo 2002-2008

En el presente trabajo se realiza un análisis sobre la necesidad de crear una Estrategia Diplomática Fortalecida Colombia - India en el sector del BPO(Procesos de Negocio Tercerizado a Distancia),mostrando que existen oportunidades de crecimiento potencial en las relaciones bilaterales entre los dos países, pero para que estás lleguen a ser concretadas se necesitan llevar a cabo sinergias competitivas que además tengan como plataforma una Estrategia Diplomática que integre todos los ámbitos necesarios para que a nivel legal, logístico, laboral y demás aspectos se logre llevar a la práctica de una forma rápida y efectiva beneficiando a los dos países y llevándolos hacia unas relaciones más cercanas y provechosas.

Retos del Puerto de Santa Marta con los TLC

El presente trabajo es un trabajo de investigación en el sector de transporte marítimo de la ciudad de Santa Marta en el departamento del Magdalena, abarcando también los otras regiones de la Región Caribe colombiana, con el objetivo de analizar la competitividad de estás entre sí, específicamente en estos momentos que están entrando en vigencia varios Tratados de Libre Comercio TLC con diferentes países. De esta manera, analizando la información, se generarán estrategias que permitan hacer del sector portuario un actividad económica más efectiva y aprovechando los recursos, capacidades y oportunidades de progreso, crecimiento e inversión tecnológica y ocupacional, articulando los programas de gobierno con una transformación de la visión sobre la industria para lograr hacerla competitiva internacionalmente. Para esto, se lleva a cabo una investigación exhaustiva del manejo del puerto en Santa Marta que en este caso es la Sociedad Portuaria de Santa Marta, un análisis de estadísticas e indicadores que reflejan la situación actual del sector. Sucede los otros puertos situados en la Región Caribe, de tal manera que se conviertan en la base, junto con la normatividad del sector, para atender y enlazar la inversión que está haciendo tanto el gobierno como empresas privadas, junto con la creciente demanda del sector.

Variación de la violencia sexual en tiempos de guerra: la violación en la guerra no es inevitable

La violencia sexual varía dramáticamente de una guerra a otra, y, en ocasiones, de un grupo armado a otro dentro de una misma guerra. Sin embargo, en algunos conflictos la violencia sexual perpetrada por determinados grupos armados es especialmente limitada, pese aque estos cometen otro tipo de violencia contra civiles. Ciertos grupos cometen actos de violencia sexual solo contra mujeres, mientras que otros también lo hacen contra hombres. Los científicos sociales están documentando y analizando con una frecuencia cada vez mayor esta variación en los patrones de violencia sexual en tiempos de guerra, particularmente en cuanto a las distintas dimensiones de violencia (su forma, frecuencia, blancos ypropósitos), así como en lo referente a los cambios en estos cuatro patrones a través del tiempo. Por tal razón, en este texto, en primer lugar, introduzco conceptos clave, incluyendo estas cuatro dimensiones y el concepto de violencia sexual como práctica (un patrón que no es ordenado pero sí tolerado por los comandantes, y que ocurretanto en casos en los que hay beneficios estratégicos como en los que no los hay). Después, resumo brevemente las investigaciones recientes que documentan patronesde violencia sexual en tiempos de guerra. Tras mostrar que muchos abordajes presentes en la literatura publicada no dan cuenta de la variación observada –dehecho, muchos predicen más violencia sexual que los trágicos niveles observados–,propongo un marco teórico centrado en las dinámicas internas de los grupos armados. Luego, analizo las condiciones en las cuales los grupos armados no llevan a cabo violaciones, aquellas en las que realizan violaciones estratégicas y aquellas en las que las violaciones se cometen como práctica. A lo largo del artículo, me valgo de hallazgos recientes en la literatura de las ciencias sociales, algunos de ellos todavía no publicados. Concluyo con la implicación de este análisis para la formulación de políticas públicas: la variación observada en la violencia sexual en tiempos de guerra, particularmente la ausencia relativa de este tipo de violencia por parte de muchos grupos armados, indica que la violación no es inevitable en la guerra.

Conduir el temps de lleure dels escolars : un repte per a pares i educadors. 'Conducir el tiempo libre de los escolares : un reto para padres y educadores'.

Durante el último siglo, el ocio ha sido un importante objeto de estudio en los tratados de sociología, hasta el punto de habérsele asignado un papel protagonista en la sociedad contemporánea. Desde principios del siglo XX, el ocio ha sido considerado como una conquista social que tenían que conseguir los trabajadores y que ha sido considerado como un aspecto más de la sociedad de consumo. Pero en los últimos años, estás reivindicaciones parece que han desaparecido. La autora ofrece su visión ante esta situación.

Sin coeducación no hay calidad.

El documento 'Una educación de calidad para todos y entre todos. Propuestas para el debate', elaborado por el Ministerio de Educación para reformar la LOCE, apenas hace referencia a aspectos relativos a la enseñanza coeducativa. En el capítulo 9, titulado 'Qué valores y cómo educar en ellos', se apuesta por la educación en valores y su carácter transversal. Además, en el epígrafe 9.3, que desarrolla los contenidos de una nueva área de Educación para la ciudadanía, se cita el principio de 'la igualdad entre hombres y mujeres y la prevención de la violencia contra estás últimas'. Sin embargo, en el citado documento no se hace referencia ni a la igualdad de sexos ni se reconoce la existencia de discriminaciones sexistas. Entre otras medidas, se propone el carácter laico de la enseñanza; la obligación de que todos los centros sostenidos con fondos públicos sean mixtos; la necesidad de que los claustros cuenten con un profesor o profesora con disponiblidad horaria, idoneidad y sensibilidad para impulsar en los centros medidas educativas que fomenten la igualdad real y efectiva entre hombres y mujeres; o la importancia de la formación para la prevención de conflictos y para su resolución pacífica.

Estrategias para la inclusión y la cohesión social en Europa desde la educación.

Resumen basado en el de la publicación