Abordagem bioanalítica e físico-química da qualidade de carne em bovinos Nelore (Bos indicus) selecionados para produção

Pós-graduação em Zootecnia - FMVZ

Uso de modelo de rede no estudo do enovelamento de proteínas

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Bioinformática estrutural aplicada ao estudo de proteínas alvo do genoma do Mycobacterium tuberculosis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Glucoamilases mutantes termoestáveis do fungo Aspergillus awamori expressas em levedura Saccharomyces cerevisiae: Sequenciamento do gene, produção e purificação das enzimas obtidas por fermentação submersa

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Avaliação de farinhas de sangue como fonte de proteína para tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Perfil genotípico de resistência do vírus Influenza A (H1N1) pandêmico aos inibidores da neuraminidase em pacientes procedentes da mesorregião de Belém no período de maio de 2009 a maio de 2012

O vírus Influenza é o responsável pela gripe, uma doença que ocasiona milhões de mortes e hospitalizações todos os anos. Nas infecções severas, especialmente em pessoas com risco para complicações, os antivirais tornam-se os principais meios para o manejo clínico, merecendo especial destaque os inibidores da neuraminidase (INAs). De fato, na pandemia de 2009 a Organização Mundial da Saúde (OMS) recomendou o uso do oseltamivir para o tratamento dos doentes. Porém, devido à evolução genética viral, surgiram cepas com mutações no gene codificador da neuraminidase (NA) responsáveis por substituições aminoacídicas que levam à resistência aos fármacos INAs. Assim, a OMS passou a recomendar a vigilância de resistência genotípica para os vírus Influenza. Este trabalho teve como objetivos verificar a ocorrência de mutações no gene codificador da NA dos vírus Influenza A (H1N1) pandêmico que possam estar relacionadas à resistência aos INAs em cepas circulantes na mesorregião metropolitana de Belém no período de maio de 2009 a maio de 2012 e analisar, através da modelagem de proteínas, as substituições aminoacídicas da NA que possam estar influenciando na conformação protéica. Durante o período de estudo, foram recebidas no Laboratório de Vírus Respiratórios 2619 amostras clínicas de pacientes que apresentavam sinais e sintomas de infecção respiratória aguda com até cinco dias de evolução. Para a detecção do genoma viral foi feita a extração do RNA viral, seguida de RT-PCR em tempo real utilizando marcadores específicos para Influenza A H1N1pdm, resultando em 744 (28,4%) positivas. Parte das amostras positivas foram então inoculadas em células MDCK. Para as amostras isoladas em cultura de células, foi feita uma nova extração do RNA viral seguida de uma RT-PCR e semi-nested (PCR) utilizando iniciadores específicos para o gene NA, e posterior análise em sequenciador automático ABI Prism 3130xl (Applied Biosystems). A modelagem molecular da NA foi realizada através dos softwares SWISS-MODEL, MODELLER 9.10, PROCHECK, VERIFY3D e PYMOL. A análise parcial das sequências da neuraminidase nas amostras sequenciadas mostrou que não houve a circulação de cepas de vírus H1N1pdm com a mutação H275Y, a principal envolvida na resistência ao oseltamivir. Porém, em duas amostras foi identificada a substituição D199N que já foi relatada em vários estudos mostrando uma possível associação com o aumento da resistência ao oseltamivir. As amostras de 2012 apresentaram duas substituições (V241I e N369K) que estão relacionadas com um possível papel na compensação dos efeitos negativos causados pela mutação H275Y. A modelagem molecular mostrou que na mutação D199N houve uma alteração na estrutura da proteína NA próxima ao sítio de ligação ao antiviral. A análise filogenética revelou que as amostras de 2012 formaram um cluster isolado, demonstrando uma variação muito mais temporal do que geográfica. Este representa o primeiro estudo de resistência dos vírus Influenza H1N1pdm na mesorregião metropolitana de Belém, representando um importante instrumento para que os profissionais de saúde adotem estratégias mais eficazes no manejo da doença e no desenvolvimento de novos fármacos anti-influenza.

Selective DMSO-induced conformational changes in proteins from Raman optical activity

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Análise e expressão de genes de PKS II e de carboidrases provenientes de bibliotecas metagenômicas

Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV

Bioanalytical methods for the metalloproteomics study of bovine longissimus thoracis muscle tissue with different grades of meat tenderness in the Nellore breed (Bos indicus)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Structural characterization of novel chemotactic and mastoparan peptides from the venom of the social wasp Agelaia pallipes pallipes by high-performance liquid chromatography/electrospray ionization tandem mass spectrometry

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Análise de inflamassoma induzido por urato monossódico em monócitos de gestantes portadoras de pré-eclampsia

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Purificação, imobilização e caracterização bioquímica de lipase produzida por Penicillium sect. Gracilenta CBMAI 1583 em cultivo submerso

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Peptide fingerprinting of the neurotoxic fractions isolated from the secretions of sea anemones Stichodactyla helianthus and Bunodosoma granulifera. New members of the APETx-like family identified by a 454 pyrosequencing approach

Sea anemones are known to contain a wide diversity of biologically active peptides, mostly unexplored according to recent peptidomic and transcriptomic studies. In the present work, the neurotoxic fractions from the exudates of Stichodactyla helianthus and Bunodosoma granulifera were analyzed by reversed-phase chromatography and mass spectrometry. The first peptide fingerprints of these sea anemones were assessed, revealing the largest number of peptide components (156) so far found in sea anemone species, as well as the richer peptide diversity of B. granulifera in relation to S. helianthus. The transcriptomic analysis of B. granulifera, performed by massive cDNA sequencing with 454 pyrosequencing approach allowed the discovery of five new APETx-like peptides (U-AITX-Bg1a-e - including the full sequences of their precursors for four of them), which together with type 1 sea anemone sodium channel toxins constitute a very distinguishable feature of studied sea anemone species belonging to genus Bunodosoma. The molecular modeling of these new APETx-like peptides showed a distribution of positively charged and aromatic residues in putative contact surfaces as observed in other animal toxins. On the other hand, they also showed variable electrostatic potentials, thus suggesting a docking onto their targeted channels in different spatial orientations. Moreover several crab paralyzing toxins (other than U-AITX-Bg1a-e), which induce a variety of symptoms in crabs, were isolated. Some of them presumably belong to new classes of crab-paralyzing peptide toxins, especially those with molecular masses below 2 kDa, which represent the smallest peptide toxins found in sea anemones. (C) 2011 Elsevier Inc. All rights reserved.

The Diversity of Polyketide Synthase Genes from Sugarcane-Derived Fungi

The chemical ecology and biotechnological potential of metabolites from endophytic and rhizosphere fungi are receiving much attention. A collection of 17 sugarcane-derived fungi were identified and assessed by PCR for the presence of polyketide synthase (PKS) genes. The fungi were all various genera of ascomycetes, the genomes of which encoded 36 putative PKS sequences, 26 shared sequence homology with beta-ketoacyl synthase domains, while 10 sequences showed homology to known fungal C-methyltransferase domains. A neighbour-joining phylogenetic analysis of the translated sequences could group the domains into previously established chemistry-based clades that represented non-reducing, partially reducing and highly reducing fungal PKSs. We observed that, in many cases, the membership of each clade also reflected the taxonomy of the fungal isolates. The functional assignment of the domains was further confirmed by in silico secondary and tertiary protein structure predictions. This genome mining study reveals, for the first time, the genetic potential of specific taxonomic groups of sugarcane-derived fungi to produce specific types of polyketides. Future work will focus on isolating these compounds with a view to understanding their chemical ecology and likely biotechnological potential.

Relationship between global structural parameters and Enzyme Commission hierarchy: Implications for function prediction

In protein databases there is a substantial number of proteins structurally determined but without function annotation. Understanding the relationship between function and structure can be useful to predict function on a large scale. We have analyzed the similarities in global physicochemical parameters for a set of enzymes which were classified according to the four Enzyme Commission (EC) hierarchical levels. Using relevance theory we introduced a distance between proteins in the space of physicochemical characteristics. This was done by minimizing a cost function of the metric tensor built to reflect the EC classification system. Using an unsupervised clustering method on a set of 1025 enzymes, we obtained no relevant clustering formation compatible with EC classification. The distance distributions between enzymes from the same EC group and from different EC groups were compared by histograms. Such analysis was also performed using sequence alignment similarity as a distance. Our results suggest that global structure parameters are not sufficient to segregate enzymes according to EC hierarchy. This indicates that features essential for function are rather local than global. Consequently, methods for predicting function based on global attributes should not obtain high accuracy in main EC classes prediction without relying on similarities between enzymes from training and validation datasets. Furthermore, these results are consistent with a substantial number of studies suggesting that function evolves fundamentally by recruitment, i.e., a same protein motif or fold can be used to perform different enzymatic functions and a few specific amino acids (AAs) are actually responsible for enzyme activity. These essential amino acids should belong to active sites and an effective method for predicting function should be able to recognize them. (C) 2012 Elsevier Ltd. All rights reserved.