Estudi microgenètic sobre el desenvolupament del coneixement lletrat en alumnes de Primària en relació amb textosmodel d'una base de dades Web: influència del suport digital i del format de presentació

Aquest projecte representa una recerca en les classes basat en l'eficàcia de la combinació entre activitats de lectura i d'escriptura, textos i tecnologia. Presenta un currículum bé dissenyat que ofereix material als professors per a planificar la instrucció en primària i en pre-escolar. Els materials són una selecció de textos considerats com uns mediadors de la instrucció. L’estudi proporciona un model preliminar per a un currículum basat en textos que ajuden en la lectura i escriptura i en les habilitats inicials. Les lectures són llibres tipus àlbum. Dues dècades en el camp dels llibres infantils, il•lustradors, autors, editors han prestat una major atenció a les maneres del procés d'adquisició de la lectura i de l'escriptura. Aquest estudi representa un pas per a incloure aquest tipus de materials de lectura. Tres característiques de text s'han identificat: a) el contingut lingüístic a nivell de la paraula, i a nivell de l'estructura del text (repeticions dels patrons sintàctics i textuals); b) la diversitat de gènere dels llibres (llibres de narració i d'informació); i c) el control de la càrrega cognitiva (densitat de paraules, repetició i predicció del contingut i relació il•lustració-text). Els participants en aquest estudi eren 25 nens de primer curs i 23 nens pre-escolars i els seus professors (CEIP Lavinia de Barcelona). L'escola va ser seleccionada per la seva disposició a l'ús de tecnologies i els seus interessos de participar en aquest projecte experimental. Durant l'any 2007-08 van desenvolupar aquests textos, les activitats i el programa de tecnologia (Veure www.princepsiprinceses.blogspot.com, i www.conills.blogspot.com). Els efectes de la qualitat instruccional, de la selecció de textos i de l'ús de la tecnologia s'han d'observar en les diferències en les pràctiques de les professores, en les habilitats dels nens i en l'ús de tecnologies en les sales de classe.

Hàbits alimentaris en nens de 8 a 12 anys de la comarca d'Osona

Introducció: La dieta mediterrània és considerada un dels patrons alimentaris més saludables ja que diversos estudis epidemiològics mostren que protegeix front diverses malalties cròniques com ara les malalties cardiovasculars, la diabetis i alguns càncers. Malauradament al nostre país els patrons alimentaris estan canviant a conseqüència de la modernització de la societat i estan portant a l’allunyament del patró de dieta mediterrània. Això és especialment crític entre la població infantil i juvenil, fet que predisposa a que en un futur augmenti la prevalença de malalties cròniques entre la població adulta. Objectiu: avaluar els hàbits alimentaris i l’estat nutricional d’escolars de 8 a 12 anys de la comarca d’Osona. Mètodes: estudi de disseny observacional i transversal. La mostra estava constituïda per 191 escolars de 4rt i 5è d’ensenyança primària d’escoles de la comarca d’Osona. La informació sobre la dieta es va recollir a través d’una enquesta alimentària, un recordatori de 24 hores, un qüestionari de freqüència de consum alimentari i el test KIDMED. Les determinacions antropomètriques que es van realitzar van ser talla, pes, IMC (Índex de Massa Corporal), plec tricipital, perímetre braquial i perímetre abdominal. L’anàlisi estadística de totes les dades es va portar a terme mitjançant el programa estadístic SPSS per Windows versió 12.0. Resultats: quan es valora la qualitat de l’esmorzar, s’observa que només en el 16.8% dels casos la qualitat era bona, en el 68.6% dels casos la qualitat havia de millorar i en el 12.6% era de qualitat insuficient i en el 2.1% era de mala qualitat. També s’observa que la dieta que segueixen és desequilibrada quantitativament, concretament és baixa en hidrats de carboni, rica en greixos i lleugerament elevada en proteïnes. L’anàlisi qualitativa mostra que hi ha un molt baix consum de verdures i hortalisses i de fruita, mentre que s’arriba a les racions recomanades de carnis i d’olis i greixos. El test KIDMED mostra una puntuació mitjana de 7.21±1.96 punts, el que indica que la dieta de la població és de qualitat millorable. Pel que fa a l’estat nutricional s’observa que un 24,6% presenta valors de baix pes i un 17,8% sobrepès o obesitat, el que indica que un 42,4% de la població estudiada presenta un estat nutricional incorrecte. Conclusions: La dieta del col·lectiu estudiat s’allunya de les recomanacions de la SENC (Sociedad Española de Nutrición Comunitaria). Els resultats del test KIDMED indiquen que només un 44% de la població segueix un patró òptim de Dieta mediterrània i l’anàlisi de l’estat nutricional mostra que un 42,4% presenta un estat nutricional incorrecte, sigui per excés o per defecte de pes. Per tant, es fa necessari dissenyar estratègies d’educació alimentària adequades per millorar els hàbits alimentaris dels escolars i aconseguir en un futur un estat òptim de salut.

Una aproximació d'aprenentatge automàtic per a extracció d'informació adaptativa

Les tècniques de clustering poden ajudar a reduir la supervisió en processos d'obtenció de patrons per a Extracció d'Informació. En aquest treball, que abarca un període de 4 anys de recerca, es comença per estudiar la representació de documents més adequada per a la tasca de clustering. Per tal d'evitar els biaixos dels mètodes individuals de clustering, es consideren mètodes de clustering conjunt. S'exploren diversos mètodes de combinació supervisada, i s'hi afegeixen estratègies automàtiques per a determinar el nombre de clusters de la combinació. També es consideren mecanismes per a obtenir clusterings conjunts ponderats, així com estratègies de combinació no supervisada. Finalment, els resultats del clustering s'utilitzen en un sistema d'adquisició de patrons per a substituir els elements de supervisió humana. Totes aquestes estratègies i mètodes s'avaluen en tasques de clustering de documents i adquisició de patrons usant dades reals. Es comprova que els mots com representació de documents superen altres models per a la tasca de clustering, així com que el clustering conjunt supera les limitacions dels clusterings individuals, i que les estratègies no supervisades d'adquisició de patrons obtenen resultats competitius respecte a les estratègies supervisades.

Performance analysis and tuning in multicore environments

Performance analysis is the task of monitor the behavior of a program execution. The main goal is to find out the possible adjustments that might be done in order improve the performance. To be able to get that improvement it is necessary to find the different causes of overhead. Nowadays we are already in the multicore era, but there is a gap between the level of development of the two main divisions of multicore technology (hardware and software). When we talk about multicore we are also speaking of shared memory systems, on this master thesis we talk about the issues involved on the performance analysis and tuning of applications running specifically in a shared Memory system. We move one step ahead to take the performance analysis to another level by analyzing the applications structure and patterns. We also present some tools specifically addressed to the performance analysis of OpenMP multithread application. At the end we present the results of some experiments performed with a set of OpenMP scientific application.

Análisis y sintonización de aplicaciones paralelas/distribuidas de bioinformática: caso de estudio mpiBLAST

En termes de temps d'execució i ús de dades, les aplicacions paral·leles/distribuïdes poden tenir execucions variables, fins i tot quan s'empra el mateix conjunt de dades d'entrada. Existeixen certs aspectes de rendiment relacionats amb l'entorn que poden afectar dinàmicament el comportament de l'aplicació, tals com: la capacitat de la memòria, latència de la xarxa, el nombre de nodes, l'heterogeneïtat dels nodes, entre d'altres. És important considerar que l'aplicació pot executar-se en diferents configuracions de maquinari i el desenvolupador d'aplicacions no port garantir que els ajustaments de rendiment per a un sistema en particular continuïn essent vàlids per a d'altres configuracions. L'anàlisi dinàmica de les aplicacions ha demostrat ser el millor enfocament per a l'anàlisi del rendiment per dues raons principals. En primer lloc, ofereix una solució molt còmoda des del punt de vista dels desenvolupadors mentre que aquests dissenyen i evaluen les seves aplicacions paral·leles. En segon lloc, perquè s'adapta millor a l'aplicació durant l'execució. Aquest enfocament no requereix la intervenció de desenvolupadors o fins i tot l'accés al codi font de l'aplicació. S'analitza l'aplicació en temps real d'execució i es considra i analitza la recerca dels possibles colls d'ampolla i optimitzacions. Per a optimitzar l'execució de l'aplicació bioinformàtica mpiBLAST, vam analitzar el seu comportament per a identificar els paràmetres que intervenen en el rendiment d'ella, com ara: l'ús de la memòria, l'ús de la xarxa, patrons d'E/S, el sistema de fitxers emprat, l'arquitectura del processador, la grandària de la base de dades biològica, la grandària de la seqüència de consulta, la distribució de les seqüències dintre d'elles, el nombre de fragments de la base de dades i/o la granularitat dels treballs assignats a cada procés. El nostre objectiu és determinar quins d'aquests paràmetres tenen major impacte en el rendiment de les aplicacions i com ajustar-los dinàmicament per a millorar el rendiment de l'aplicació. Analitzant el rendiment de l'aplicació mpiBLAST hem trobat un conjunt de dades que identifiquen cert nivell de serial·lització dintre l'execució. Reconeixent l'impacte de la caracterització de les seqüències dintre de les diferents bases de dades i una relació entre la capacitat dels workers i la granularitat de la càrrega de treball actual, aquestes podrien ser sintonitzades dinàmicament. Altres millores també inclouen optimitzacions relacionades amb el sistema de fitxers paral·lel i la possibilitat d'execució en múltiples multinucli. La grandària de gra de treball està influenciat per factors com el tipus de base de dades, la grandària de la base de dades, i la relació entre grandària de la càrrega de treball i la capacitat dels treballadors.

Characterisation of microbial communities colonising the hyphal surfaces of arbuscular mycorrhizal fungi.

Arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) are symbiotic soil fungi that are intimately associated with the roots of the majority of land plants. They colonise the interior of the roots and the hyphae extend into the soil. It is well known that bacterial colonisation of the rhizosphere can be crucial for many pathogenic as well as symbiotic plant-microbe interactions. However, although bacteria colonising the extraradical AMF hyphae (the hyphosphere) might be equally important for AMF symbiosis, little is known regarding which bacterial species would colonise AMF hyphae. In this study, we investigated which bacterial communities might be associated with AMF hyphae. As bacterial-hyphal attachment is extremely difficult to study in situ, we designed a system to grow AMF hyphae of Glomus intraradices and Glomus proliferum and studied which bacteria separated from an agricultural soil specifically attach to the hyphae. Characterisation of attached and non-attached bacterial communities was performed using terminal restriction fragment length polymorphism and clone library sequencing of 16S ribosomal RNA (rRNA) gene fragments. For all experiments, the composition of hyphal attached bacterial communities was different from the non-attached communities, and was also different from bacterial communities that had attached to glass wool (a non-living substratum). Analysis of amplified 16S rRNA genes indicated that in particular bacteria from the family of Oxalobacteraceae were highly abundant on AMF hyphae, suggesting that they may have developed specific interactions with the fungi.

Climate change in the Atlantic Ocean since the 1940's and the effects on the global climate

En aquest projecte s’ha estudiat la relació entre els canvis en les temperatures superficials de l’Oceà Atlàntic i els canvis en la circulació atmosfèrica en el segle XX. Concretament s’han analitzat dos períodes de estudi: el primer des del 1940 al 1960 i el segon des del 1980 fins al 2000. S’ha posat especial interès en les anomalies en les temperatures superficials del mar en la regió tropical de l’Oceà Atlàntic i la possible interconnexió amb els canvis climàtics observats i predits. Per a la realització de l’estudi s’han dut a terme una sèrie d’experiments utilitzant el model climàtic elaborat a la universitat d’UCLA (UCLA‐AGCM model). Els resultats obtinguts han estat analitzats en forma de mapes i figures per a cada variable d’estudi. També s’ha fet una comparació entre els resultats obtinguts i altres trobats en altres treballs publicats sobre el mateix tema de recerca. Els resultats obtinguts són molt amplis i poden tenir diverses interpretacions. Tot i així algunes de les conclusions a les quals s’ha arribat són: les diferències més significatives per a les variables estudiades i trobades a partir dels resultats obtinguts del model per als dos períodes d’estudi són en els mesos d’hivern i a la zona dels tròpics; concretament a parts del nord de sud Amèrica i a parts del nord d’Àfrica. S’han trobat també canvis significatius en els patrons de precipitació sobre aquestes mateixes zones. També s’ha observant un moviment cap al nord de la zona d’interconvergència tropical i pot ser degut a l’anòmal gradient trobat a la zona equatorial en les temperatures superficial de l’Oceà. Tot i així per a una definitiva discussió i conclusions sobre els resultats dels experiments, seria necessari un estudi més ampli i profund.

Manifestació dels canvis en la interacció entre el medi natural i la societat: la influència del despoblament a Alins i Farrera

L’objectiu principal d’aquest projecte és analitzar les manifestacions dels canvis produïts en els medis natural i social influenciats pel despoblament (a la segona meitat del s.XX), als municipis d’Alins i Farrera, situats al Pallars Sobirà, i fer-ne una comparació, ja que es tracta de municipis de característiques diferents. Per dur a terme l’estudi, es fa un anàlisi de l’evolució del poblament, un anàlisi dels canvis físics, mitjançant l’avaluació dels canvis en les cobertes del sòl i de la transformació del paisatge amb les fotografies, i un anàlisi dels canvis en les activitats i comportaments socials mitjançant la realització d’entrevistes per elaborar un retrat social de cada època, distingint entre les aportacions de la població autòctona respecte de la nouvinguda. Amb tot, es pretén la realització d’una diagnosi transversal que permeti integrar les diferents temàtiques, i definir unes conclusions generals per mitjà d’uns patrons detectats. Finalment, la conclusió que millor permet recollir tota la informació és la que en resulta d’acceptar el fenomen de despoblament generalitzat, combinat amb el d’un canvi de l’estil de vida global, no només local, que és eina de justificació de moltes de les dinàmiques de canvi observades.

Early antibiotic administration affects the gut barrier function and the immune response to oral antigen in suckling rats

Abstract: The increasingly high hygienic standards characterizing westernized societies correlate with an increasingly high prevalence of allergic disease. Initially based on these observations, the hygiene hypothesis postulates that reduced microbial stimulation during infancy impairs the immune system development and increases the risk of allergy. Moreover, there is increasing evidence that the crosstalk existing between the intestine and the resident microbiota is crucial for gut homeostasis. In particular, bacterial colonization of the gut affects the integrity of the gut barrier and stimulates the development of the gut associated immune tissue, both phenomena being essential for the immune system to mount a controlled response to food antigens. Therefore, alterations in the microbial colonization process, by compromising the barrier homeostasis, may increase the risk of food allergy. In this context, antibiotic treatment, frequently prescribed during infancy, affects gut colonization by bacteria. However, little is known about the impact of alterations in the colonization process on the maturation of the gut barrier and on the immunological response to oral antigens. The objective of this work was to determine the impact of a commercial antibiotic preparation employed in pediatric settings on the gut barrier status at the critical period of the suckling/weaning transition and to evaluate the physiological consequences of this treatment in terms of immune response to food antigens. We established an antibiotic-treated suckling rat model relevant to the pediatric population in terms of type, dose and route of administration of the antibiotic and of changes in the patterns of microbial colonization. Oral tolerance to a novel luminal antigen (ovalbumin) was impaired when the antigen was introduced during antibiotic treatment. These results paralleled to alterations in the intestinal permeability to macromolecules and reduced intestinal expression of genes coding for the major histocomptatibility complex II molecules, which suggest a reduced capacity of antigen handling and presentation in the intestine of the antibiotic-treated animals. In addition, low luminal IgA levels and reduced intestinal expression of genes coding for antimicrobial proteins suggest that protection against pathogens was reduced under antibiotic treatment. In conclusion, we observed in suckling rats that treatment with abroad-spectrum antibiotic commonly used in pediatric practices reduced the capacity of the immune system to develop tolerance. The impact of the antibiotic treatment on the immune response to the antigen-was likely mediated by the alterations of the gut microbiota, through impairment in the mechanisms of antigen handling and presentation. This work reinforces the body of data supporting a key role of the intestinal microbiota modulating the risk of allergy development and leads us to propose that the introduction of new food antigens should be avoided during antibiotic treatment in infants. Résumé: L'augmentation du niveau d'hygiène caractérisant les sociétés occidentales semble être fortement corrélée avec l'augmentation des cas d'allergie dans ces pays. De cette observation est née l'hypothèse qu'une diminution des stimuli microbiens pendant l'enfance modifie le développement du système immunitaire augmentant ainsi le risque d'allergie. En ce sens, un nombre croissant de données indiquent que les interactions existant entre l'intestin et les bactéries résidantes sont cruciales pour l'équilibre du système. En effet, la présence de bactéries dans l'intestin affecte l'intégrité de sa fonction de barrière et stimule le développement du système immunitaire intestinal. Ces deux paramètres étant essentiels à la mise en place d'une réponse contrôlée vis à vis d'un antigène reçu oralement, toute modification du processus naturel de colonisation compromettant l'équilibre intestinal pourrait augmenter le risque d'allergie. Les traitements aux antibiotiques, fréquemment prescrits en pédiatrie, modifient de façon conséquente le processus de colonisation bactérienne. Cependant peu de données existent concernant l'impact d'une altération du processus de colonisation sur la maturation de la barrière intestinale et de la réponse immunitaire dirigée contre un antigène. L'objectif de ce travail était de déterminer l'impact d'un antibiotique commercial et employé en pédiatrie sur l'état de la barrière intestinale au moment critique du sevrage et d'évaluer les conséquences physiologiques d'un tel traitement sur la réponse immune à un antigène alimentaire. Nous avons mis en place un modèle de rats allaités, traités à l'antibiotique, le plus proche possible des pratiques pédiatriques, en terme de nature, dose et voie d'administration de l'antibiotique. Nous avons constaté que l'établissement de la tolérance orale à un nouvel antigène (l'ovalbumine) est altéré quand celui-ci est donné pour la première fois au cours du traitement antibiotique. Ces résultats coïncident avec une diminution de la perméabilité intestinale aux macromolécules, ainsi qu'avec une diminution de l'expression des gènes codant pour les molécules du complexe majeur d'histocomptatibilité de classe II, suggérant une modification de l'apprêtement et de la présentation de l'antigène au niveau intestinal chez les rats traités à l'antibiotique. De plus, un faible taux d'IgA et une diminution de l'expression des gènes codant pour des protéines antimicrobiennes, observés après l'administration d'antibiotique, laissent à penser que la protection contre un pathogène est diminuée lors d'un traitement antibiotique. En conclusion, nous avons observé qu'un traitement antibiotique à large spectre d'activité, couramment utilisé en pédiatrie, réduit la capacité d'induction de la tolérance orale chez le rat allaité. L'impact du traitement antibiotique sur la réponse immune semble induite par l'altération de la flore intestinale via son effet sur les mécanismes d'apprêtement et de présentation de l'antigène. Ce travail renforce l'ensemble des données existantes qui accorde à la flore intestinale un rôle clef dans la modulation du risque de développement d'allergie et nous amène à recommander d'éviter l'introduction d'un nouvel aliment lorsqu'un enfant est traité aux antibiotiques.

Sacred Music, Sacred Journeys : What Makes an Event Postcolonial?

Fanon, Senghor, and Ela took a radical stance in criticising the structures and mechanisms of power in hegemonic situations and relations between colonial subjects and colonial masters. They aimed to liberate African societies by decolonising the mind, culture and religion of colonial subjects. In this respect, we are concerned with the continuities and ruptures of the colonial encounter and its unequal relationships. Switzerland does not have an official colonial history and yet, Swiss companies and migrants were and are part of the world's colonies. In our contribution, we question what makes an event postcolonial : in other words, how are postcolonial relations negotiated in Switzerland? We discuss this question by analysing two annual sacred journeys in Switzerland that have been invented for and by African Christians (clerics and laity) together with the leaders of the Swiss Catholic church : one to the relics of African saints in St. Maurice, canton Valais and the other to the Black Madonna, the Virgin Mary of Einsiedeln, in the canton Schwyz. These events are empowered by the performance of African choirs - their music, dance, and costumes - but to which end and in which way?

Les édifices de spectacle des Maurétanies romaines

Les monuments des jeux visibles dans toutes les provinces de l'Empire romain impressionnent touj us le visiteur. Sur la rive sud de la Méditerranée, honnis les sites de la Tunisie comme Carthage on Dougga facilement accessibles au public, les villes romaines d'Algérie on du Maroc sont souvent moïas bien connues.Dans le cadre de notre thèse de doctorat, nous avons étudié chaque édifice de spectacle (théâtre, amphithéâtre, cirque et stade) connu dans les Manrétanïes, ainsi que les spectacles et les cérémonies qui s'y déroulaient. L'implication des jeux dans l'adoption des moeurs romaines par la population était essentielle. Noos avons aussi recensé toutes les inscriptions et les objets (lampes à huile, statuettes, mosaïques) liés aux divertissements retrouvés dans ces provinces. La majeure partie de notre travail a consisté en une analyse des données publiées sur les monuments et les spectacles romains dans les Manrétanies. Nous les avons mises en regard de nos recherches sur le terrain et nous avons proposé de nouvelles interprétations lorsque cela était possible.Nous avons choisi de limiter notre travail aux Maurétanies romaines, car il n'existe aucune étude d'ensemble concernant les spectacles pour ces provinces. Elles formaient une entité particulière, comme royaume maurétanien avant la colonisation romaine, puis réunies à plusieurs reprises sous l'autorité d'un seul gouverneur sous l'Empire. Se concentrer sur un territoire permet de mieux saisir dans sa totalité le phénomène des spectacles et surtout les particularités architecturales. De plus, les Mauiétanies césarienne et tingitane posent souvent un problème d'intégration à l'Empire. L'implantation sur ces territoires s'est peu développée en profondeur, les légions protégeant une longue bande de terre située entre le limes et la Méditerranée qu'il n'était pas toujours simple de contrôler. Cependant les cités pré-romaines ont largement adopté les us et coutumes du nouveau pouvoir. Les raines, l'épigraphie et les fouilles archéologiques ne laissent aucun doute. Les éléments liés au divertissements et (dus particulièrement aux spectacles symbolisent le rayonnement culturel romain.À la fin de cette étude, nous avons accordé une place particulière aux monuments des jeux d'Afrique pour comparer et mieux comprendre les spécificités des édifices mauiétaniens à l'échelle de ce continent. La réflexion a été poursuivie à l'échelle de l'Empire romain, certaines caractéristiques mauritaniennes se retrouvant à des milliers de kilomètres. Nous avons essayé d'appréhender quelles relations les Maurétanies entretenaient avec le reste de l'Empire par le biais des spectacles et comment ces jeux ont fini par disparaître du territoire maurétanien.Cet ouvrage est divisé en deux parties : un volume de texte et un volume d'annexes. Dans le volume de texte, le premier chapitre est l'introduction générale. Nous détaillons les raisons de notre étude, les problématiques de cette recherche et les méthodes de travail utilisées. Le chapitre deux présente les cadres géographique, historique et sociologique. Le chapitre trois propose un lexique architectural savant à décrire chaque partie des monuments. Π retrace aussi l'origine et l'évolution des jeux romains et présente la répartition du public ainsi que le prix des bâtiments et des spectacles. Le répertoire des sites et des monuments des jeux maurétaniens constitue le chapitre quatre. 11 est subdivisé par provinces (Maurétanie césarienne, Maurétanie sit îenne et Maurétanie tîngitane), puisque la construction des monuments est liée à l'histoire provinciale. Les mosaïques et les objets reprenant les thèmes ludiques sont présentés selon loir lieu de découverte. Dans le chapitre dnq, nous étudions l'évolution historique et fonctionnelle des édifices de spectacle. Nous essayons de comprendre quels sont leurs sources ou leurs modèles architecturaux et comment ils ont influencé les populations locales. À la suite de la conclusion générale nous avons placé la liste des abréviations et la bibliographie.Au début du volume d'annexes se trouvent plusieurs catalogues : ceux des chapiteaux du théâtre et du cirque de Caesarea et ceux des lampes romaines à thèmes ludiques d'Algérie et du Maroc. Ensuite nous avons placé la restitution de plusieurs inscriptions, toutes les figures mentionnées dans le texte du premier volume, puis les listes des tableaux et des figures.

Le remplacement des reines dans les colonies orphelines de la fourmi d 'Argentine Iridomyrmex humilis (Mayr). Mécanismes et conséquences

Chez de nombreuses espèces, comme la fourmi d'Argentine Iridomyrmex humils (Mayr), les ouvrières sont totalement stériles. Quel est le devenir d'une colonie en cas de mort de la reine? Afin de répondre à cette question, nous avons orpheliné des colonies de fourmis d'Argentine. Environ 70 jours après l'orhelinage, ces colonies ont produits des mâles et des sexués femelles qui se sont accouplés dans le nid, ce qui a permis le remplacement des reines. Cette production de sexués est probablement possible grâce à la présence constante de couvain mâle dans les colonies et à la levée de l'inhibition des reines sur la production de sexués femelles après l'orphelinage. La possiblilité de produire de nouvelles reines fécondées joue vraisemblablement un rôle primordial dans l'introduction de cette espèce dans de nouveaux habitats.

Mycoplasma hominis in mid-trimester amniotic fluid : relation to pregnangy outcome

RESUME Introduction : Les naissances prématurées compliquent 6-10 % des grossesses dans les pays industrialisés et contribuent de façon notable aux taux de mortalité périnatale et de morbidité néonatale. Il a été démontré que la colonisation bactérienne du liquide amniotique joue un rôle dans l'étiologie des accouchements prématurés spontanés et des ruptures prématurées des membranes. Le but de ce travail était d'évaluer la présence de Mycoplasma hominis dans le liquide amniotique prélevé au 2eme trimestre de grossesse chez des patientes asymptomatiques et de déterminer son association avec une issue défavorable de la grossesse. Matériels et méthodes : Les échantillons de liquide amniotique de 456 patientes ayant subi une amniocentèse trans-abdominale entre les 15eme et I7eme semaines de grossesse pour diverses indications ont été testés par PCR (Polymerase Chain Reaction) afin d'identifier Mycoplasma hominis. Les produits ainsi amplifiés étaient ensuite détectés par ELISA (Enzyme-Linked Immunosorbent Assay). Les données cliniques étaient obtenues après l'accouchement. Résultats : Mycoplasma hominis a été identifié dans 29 (6,4%) des échantillons de liquide amniotique. Le taux de menace d'accouchement prématuré chez les patientes positives pour Mycoplasma hominis (14,3%) était plus élevé que chez les patientes négatives (3,3 %) (p=0,01). De même, les naissances prématurées spontanées avec membranes intactes étaient plus fréquentes chez les patientes positives (10,7%) que chez les patientes négatives (1,9 %) (p=0,02). Le taux de menace d'accouchement prématuré lors d'une grossesse antérieure était plus de trois fois plus élevé chez les patientes positives, cependant ce résultat n'était pas statistiquement significatif. Finalement, la présence du mycoplasme n'était pas corrélée à la gestose, au retard de croissance intra-utérin ou aux anomalies chromosomiques foetales. Conclusions : Les résultats montrent que la présence de Mycoplasma hominis dans le liquide amniotique prélevé entre les 15eme et I7eme semaines d' aménorrhée chez des patientes asymptomatiques est associée à un taux plus élevé de menace d'accouchement prématuré et de naissances prématurées spontanées. La détection de ce microorganisme au 2eme trimestre de la grossesse peut donc identifier les patientes à risque de menace d'accouchement et de naissance prématurées. Abstract Objective: The relationship between detection of Mycoplasma hominis in mid-trimester amniotic fluid and subsequent pregnancy outcome was investigated. Study design: Amniotic fluids from 456 women of European background who underwent a transabdominal amniocentesis at weeks 15-17 of pregnancy were tested for M. hominis by polymerase chain reaction (PCR). The amplicons were hybridized to an internal probe and detected by ELISA. Pregnancy outcomes and clinical data were subsequently obtained. Results: M. hominis were identified in 29 (6.4%) of the amniotic fluids. The rate of preterm labor in women positive for M. hominis (14.3%) was higher than in the negative women (3.3%) (p = 0.01). Similarly, a spontaneous preterm birth with intact membranes occurred in 10.7% of the M. hominis-posltive women as opposed to only 1.9% of the negative women (p = 0.02). The presence of this mycoplasma was not correlated with fetal chromosomal aberrations, intrauterine growth restriction or preeclampsia. Conclusions: Detection of M. hominis in second-trimester amniotic fluids can identify women at increased risk for subsequent preterm labor and delivery.

Simulación de modelos orientados al individuo

Los bancos de peces es un grupo social organizado sin la presencia de un líder. Esta organización se atribuye a dos patrones de comportamiento: atracción biosocial y orientación paralela. Este sistema puede modelarse mediante la aproximación del Modelo orientado al Individuo, donde la conducta de cada individuo por separado define el comportamiento grupal de todos los individuos. El objetivo del trabajo es mejorar el rendimiento del simulador mediante una programación híbrida que aproveche las alternativas de paralelismo en el cómputo que ofrecen las recientes arquitecturas multicore en sistemas de altas prestaciones.

THE USE OF SIMULATIONS IN EVOLUTIONARY POPULATION GENETICS: APPLICATIONS ON HUMANS, OWLS AND VIRTUAL ORGANISMS

Summary (in English) Computer simulations provide a practical way to address scientific questions that would be otherwise intractable. In evolutionary biology, and in population genetics in particular, the investigation of evolutionary processes frequently involves the implementation of complex models, making simulations a particularly valuable tool in the area. In this thesis work, I explored three questions involving the geographical range expansion of populations, taking advantage of spatially explicit simulations coupled with approximate Bayesian computation. First, the neutral evolutionary history of the human spread around the world was investigated, leading to a surprisingly simple model: A straightforward diffusion process of migrations from east Africa throughout a world map with homogeneous landmasses replicated to very large extent the complex patterns observed in real human populations, suggesting a more continuous (as opposed to structured) view of the distribution of modern human genetic diversity, which may play a better role as a base model for further studies. Second, the postglacial evolution of the European barn owl, with the formation of a remarkable coat-color cline, was inspected with two rounds of simulations: (i) determine the demographic background history and (ii) test the probability of a phenotypic cline, like the one observed in the natural populations, to appear without natural selection. We verified that the modern barn owl population originated from a single Iberian refugium and that they formed their color cline, not due to neutral evolution, but with the necessary participation of selection. The third and last part of this thesis refers to a simulation-only study inspired by the barn owl case above. In this chapter, we showed that selection is, indeed, effective during range expansions and that it leaves a distinguished signature, which can then be used to detect and measure natural selection in range-expanding populations. Résumé (en français) Les simulations fournissent un moyen pratique pour répondre à des questions scientifiques qui seraient inabordable autrement. En génétique des populations, l'étude des processus évolutifs implique souvent la mise en oeuvre de modèles complexes, et les simulations sont un outil particulièrement précieux dans ce domaine. Dans cette thèse, j'ai exploré trois questions en utilisant des simulations spatialement explicites dans un cadre de calculs Bayésiens approximés (approximate Bayesian computation : ABC). Tout d'abord, l'histoire de la colonisation humaine mondiale et de l'évolution de parties neutres du génome a été étudiée grâce à un modèle étonnement simple. Un processus de diffusion des migrants de l'Afrique orientale à travers un monde avec des masses terrestres homogènes a reproduit, dans une très large mesure, les signatures génétiques complexes observées dans les populations humaines réelles. Un tel modèle continu (opposé à un modèle structuré en populations) pourrait être très utile comme modèle de base dans l'étude de génétique humaine à l'avenir. Deuxièmement, l'évolution postglaciaire d'un gradient de couleur chez l'Effraie des clocher (Tyto alba) Européenne, a été examiné avec deux séries de simulations pour : (i) déterminer l'histoire démographique de base et (ii) tester la probabilité qu'un gradient phénotypique, tel qu'observé dans les populations naturelles puisse apparaître sans sélection naturelle. Nous avons montré que la population actuelle des chouettes est sortie d'un unique refuge ibérique et que le gradient de couleur ne peux pas s'être formé de manière neutre (sans l'action de la sélection naturelle). La troisième partie de cette thèse se réfère à une étude par simulations inspirée par l'étude de l'Effraie. Dans ce dernier chapitre, nous avons montré que la sélection est, en effet, aussi efficace dans les cas d'expansion d'aire de distribution et qu'elle laisse une signature unique, qui peut être utilisée pour la détecter et estimer sa force.