Creation and merging of ontology top-levels

We provide a new method for systematically structuring the top-down level of ontologies. It is based on an interactive, top-down knowledge acquisition process, which assures that the knowledge engineer considers all possible cases while avoiding redundant acquisition. The method is suited especially for creating/merging the top part(s) of the ontologies, where high accuracy is required, and for supporting the merging of two (or more) ontologies on that level.

Ontology merging with formal concept analysis

Ontologies have been established for knowledge sharing and are widely used as a means for conceptually structuring domains of interest. With the growing usage of ontologies, the problem of overlapping knowledge in a common domain becomes critical. In this short paper, we address two methods for merging ontologies based on Formal Concept Analysis: FCA-Merge and ONTEX. --- FCA-Merge is a method for merging ontologies following a bottom-up approach which offers a structural description of the merging process. The method is guided by application-specific instances of the given source ontologies. We apply techniques from natural language processing and formal concept analysis to derive a lattice of concepts as a structural result of FCA-Merge. The generated result is then explored and transformed into the merged ontology with human interaction. --- ONTEX is a method for systematically structuring the top-down level of ontologies. It is based on an interactive, top-down- knowledge acquisition process, which assures that the knowledge engineer considers all possible cases while avoiding redundant acquisition. The method is suited especially for creating/merging the top part(s) of the ontologies, where high accuracy is required, and for supporting the merging of two (or more) ontologies on that level.

Lipid Droplets in Dictyostelium discoideum

Lipid Droplets dienen zur Speicherung von Neutrallipiden wie z. B. Triglyceriden und Sterolestern. Im ersten Teil der vorliegenden Arbeit wurde die Bildung dieser zellulären Fettspeicher in D. discoideum untersucht. Es konnte herausgefunden werden, dass Lipid Droplets entstehen, wenn die Zellen entweder in einer Suspension von Bakterien oder in Gegenwart von Palmitinsäure kultiviert werden. Die Bildung der Lipidtröpfchen wird dabei von einem schnelleren Zellwachstum, einem Anstieg des Triglyceridgehalts, einer Reduktion der Phagozytoserate und einer Abnahme des Zellvolumens begleitet. Wurde die Lipid Droplet-Bildung durch Kultivierung der Zellen mit Palmitinsäure angeregt, entsteht neben Triglyceriden noch eine weitere Verbindung, bei der es sich entweder um Fettsäureethylester oder Wachsester handelt. Eine weitere Eigenschaft von Zellen, die in Gegenwart der Palmitinsäure inkubiert wurden, ist die Fähigkeit exogene Fettsäuren schneller aufzunehmen, als normal kultivierte Zellen. Aus der vorliegenden Arbeit wurde gefolgert, dass dies durch eine zusätzliche Aufnahme der Fettsäuren über die Plasmamembran hervorgerufen wird. In Zellen, die ohne Fettsäuren inkubiert wurden, findet hingegen der Fettsäureimport über die Endosomen statt. Ein Protein, das nicht direkt am Prozess der Fettsäureaufnahme beteiligt ist, aber importierte Fettsäuren mit CoA aktiviert, ist die LC-FACS1. Aus Versuchen mit der Knockout-Mutante ging hervor, dass die aktivierten Fettsäuren, in Zellen, die zuvor mit Palmitinsäure oder Bakterien inkubiert wurden, in Triglyceride eingebaut werden. Der reduzierte Triglyceridgehalt im Knockout rief eine Erhöhung der Phagozytoserate hervor. Im zweiten Teil dieser Arbeit wurden die Lipidtröpfchen mit einem Saccharosegradienten aufgereinigt. Mit Hilfe der Massenspektrometrie konnten 281 Proteine in der Lipid Droplet-Fraktion identifiziert werden. Ein Teil dieser Proteine könnte durch die Interaktion der Lipidtröpfchen mit anderen Organellen in die Lipid Droplet-Fraktion gelangt sein und ist ebenso wenig Teil des Lipid Droplet-Proteoms wie die zytoplasmatischen Proteine, die eine Verunreinigung darstellen. Vier der zehn Proteine aus der Lipid Droplet-Fraktion, die in der vorliegenden Arbeit untersucht wurden, konnten nach Kultivierung in palmitinsäurehaltigem Medium tatsächlich auf der Oberfläche der Lipidtröpfchen beobachtet werden. Eines dieser Proteine ist LSD1. Es stellt das einzige PAT-Protein in D. discoideum dar und gehört der Kategorie der CPATs an. Analog zu Perilipin/PLIN1 und Adipophilin/PLIN2 könnte LSD1 eine Schutzfunktion der Lipid Droplets vor zytoplasmatischen Lipasen haben. Neben DdLSD1 konnten auch die Proteine ADH und ALI auf den Lipidtröpfchen lokalisiert werden. Bei beiden handelt es sich um 17beta-Hydroxysteroid-Dehydrogenasen - Proteine, die eine Funktion im Lipid- oder Fettsäuremetabolismus besitzen können. Das Protein SMT katalysiert die C24-Methylierung des Sterolgerüsts in D. discoideum und war nach Inkubation der Zellen mit exogenen Fettsäuren ebenfalls auf den Lipid Droplets zu beobachten.

Effects of dietary lipid source on growth, digestibility and tissue fatty acid composition of Heterobranchus longifilis fingerlings

One of the major problems facing aquaculture is the inadequate supply of fish oil mostly used for fish feed manufacturing. The continued growth in aquaculture production cannot depend on this finite feed resources, therefore, it is imperative that cheap and readily available substitutes that do not compromise fish growth and fillet quality be found. To achieve this, a 12-week feeding trial with Heterobranchus longifilis fed diets differing in lipid source was conducted. Diets were supplemented with 6% lipid as fish oil, soybean oil, palm oil, coconut oil, groundnut oil and melon seed oil. Triplicate groups of 20 H. longifilis were fed the experimental diets two times a day to apparent satiation, over 84 days. Growth, digestibility, and muscle fatty acid profile were measured to assess diet effects. At the end of the study, survival, feed intake and hepatosomatic index were similar for fish fed experimental diets. However, weight gain, SGR and FCR of fish fed soybean oil-based diet was significantly reduced. Apparent nutrient digestibility coefficients were significantly lower in fish fed soybean, coconut and groundnut oil-based diets. Fillet and hepatic fatty acid compositions differed and reflected the fatty acid compositions of the diets. Docosahexaenoic acid (22:6n-3), 20:5n-3 and 20:4n-6 were conserved in vegetable oils-based diets fed fish possibly due to synthesis of HUFA from 18:3n-3 and 18:4n-6. Palm oil diet was the least expensive, and had the best economic conversion ratio. The use of vegetable oils in the diets had positive effect on growth and fillet composition of H. longifilis.

Characterization of Lipid Droplets and Functional Analysis of Lipid Droplet-Associated Proteins in Dictyostelium discoideum

Lipid droplets (LDs) are the universal storage form of fat as a reservoir of metabolic energy in animals, plants, bacteria and single celled eukaryotes. Dictyostelium LD formation was investigated in response to the addition of different nutrients to the growth medium. LDs were induced by adding exogenous cholesterol, palmitic acid (PA) as well as growth in bacterial suspension, while glucose addition fails to form LDs. Among these nutrients, PA addition is most effective to stimulate LD formation, and depletion of PA from the medium caused LD degradation. The neutral lipids incorporated into the LD-core are composed of triacylglycerol (TAG), steryl esters, and an unknown neutral lipid (UKL) species when the cells were loaded simultaneously with cholesterol and PA. In order to avoid the contamination with other cellular organelles, the LD-purification method was modified. The isolated LD fraction was analysed by mass spectrometry and 100 proteins were identified. Nineteen of these appear to be directly involved in lipid metabolism or function in regulating LD morphology. Together with a previous study, a total of 13 proteins from the LD-proteome were confirmed to localize to LDs after the induction with PA. Among the identified LD-proteins, the localization of Ldp (lipid droplet membrane protein), GPAT3 (glycerol-3-phosphate acyltransferase 3) and AGPAT3 (1-acylglycerol-3-phosphate-acyltransferase 3) were further verified by GFP-tagging at the N-termini or C-termini of the respective proteins. Fluorescence microscopy demonstrated that PA-treatment stimulated the translocation of the three proteins from the ER to LDs. In order to clarify DGAT (diacylglycerol acyltransferase) function in Dictyostelium, the localization of DGAT1, that is not present in LD-proteome, was also investigated. GFP-tagged DGAT1 localized to the ER both, in the presence and absence of PA, which is different from the previously observed localization of GFP-tagged DGAT2, which almost exclusively binds to LDs. The investigation of the cellular neutral lipid level helps to elucidate the mechanism responsible for LD-formation in Dictyostelium cells. Ldp and two short-chain dehydrogenases, ADH (alcohol dehydrogenase) and Ali (ADH-like protein), are not involved in neutral lipid biosynthesis. GPAT, AGPAT and DGAT are three transferases responsible for the three acylation steps of de novo TAG synthesis. Knock-out (KO) of AGPAT3 and DGAT2 did not affect storage-fat formation significantly, whereas cells lacking GPAT3 or DGAT1 decreased TAG and LD accumulation dramatically. Furthermore, DGAT1 is responsible for the accumulation of the unknown lipid UKL. Overexpression of DGAT2 can rescue the reduced TAG content of the DGAT1-KO mutant, but fails to restore UKL content in these cells, indicating that of DGAT1 and DGAT2 have overlapping functions in TAG synthesis, but the role in UKL formation is unique to DGAT1. Both GPAT3 and DGAT1 affect phagocytic activity. Mutation of GPAT3 increases it but a DGAT1-KO decreases phagocytosis. The double knockout of DGAT1 and 2 also impairs the ability to grow on a bacterial lawn, which again can be rescued by overexpression of DGAT2. These and other results are incorporated into a new model, which proposes that up-regulation of phagocytosis serves to replenish precursor molecules of membrane lipid synthesis, whereas phagocytosis is down-regulated when excess fatty acids are used for storage-fat formation.  

Untersuchungen zur Dynamik des Lipid-Metabolismus von Dictyostelium discoideum

Die soziale Waldamöbe Dictystelium discoideum ist ein etablierter Modellorganismus zur Erforschung grundlegender zellbiologischer Prozesse. Innerhalb der letzten Jahre konnte dabei insbesondere das Wissen zum Lipidmetabolismus umfassend erweitert werden. In diesem Zusammenhang spielt besonders eine Enzymgruppe eine wichtige Rolle: die LC/VLC-Acyl-CoA-Synthetasen. Diese übernehmen dabei die Aufgabe Fettsäuren zu aktivieren, um sie so dem Zellmetabolismus überhaupt erst zugänglich zu machen. D. discoideum verfügt über insgesamt vier dieser Enzyme: FcsA, FcsB, FcsC und das Bubblegum-Enzym Acsbg1. Während die FcsA und FcsB bereits in vorangegangenen Arbeiten untersucht wurden, werden die FcsC und die Acsbg1 in dieser Arbeit erstmals biologisch charakterisiert. Untersuchungen zur subzellulären Lokalisation der Proteine zeigen, dass die meisten LC/VLC-Acyl-CoA-Synthetase auf Endosomen und im Cytoplasma gefunden werden können (FcsA, FcsC und Acsbg1), während die FcsB als Transmembranprotein über das ER zu den Peroxisomen transportiert wird. Die Acsbg1 akkumuliert dabei zusätzlich an der Plasmamembran. Funktionell konnte gezeigt werden, dass neben der FcsA auch die Acsbg1 an der Bereitstellung von Acyl-CoA für Triacylglyceridsynthese beteiligt ist. Dabei besitzt die FcsA die Hauptenzymaktivität und kompensiert den Verlust der Acsbg1 in acsbg1- Zellen. In fcsA-/acsbg1- Zellen dagegen kommt der Verlust der Acsbg1 durch eine zusätzliche Verringerung des TAG-Gehaltes der Doppel-KOs im Vergleich zu fcsA- Zellen zum tragen. Alle vier Enzyme beeinflussen die Phagozytose. Dabei zeigen fcsA- und fcsC- Zellen eine gesteigerte Phagozytose in Gegenwart von der gesättigten Fettsäure Palmitinsäure im Kulturmedium. Auch der knockout der Acsbg1 wirkt sich positiv auf die Phagozytoserate aus, jedoch kommt auch nur dieser zum tragen, wenn neben der Acsbg1 auch die FcsA ausgeschaltet wird. Die FcsB dagegen zeigt eine dramatische Reduktion der Partikelaufnahme in nicht Fettsäure gefütterten Zellen. Durch die Zugabe einer exogenen Fettsäure kann dieser Effekt nicht kompensiert werden. Auch der zusätzliche Verlust der FcsA-Enzymaktivität verändert dieses Verhalten in Palmitinsäure inkubierten Zellen nicht. In fcsA-/fcsB- konnte zudem ein Defekt beim Abbau von Triacylglyceriden gefunden werden. Dieser Defekt liefert erste Hinweise für ein Modell, das den Abbau von LD gespeicherten Lipiden durch Autophagozytose in D. discoideum beschreibt. Peroxisomen sind wichtige Organellen für die Detoxifikation und die Oxidation von Fettsäuren. Durch das Ausschalten der Acaa1, der Thiolase, die den letzten Schritt der β-Oxidation in Peroxisomen katalysiert, zeigte sich ein verlangsamter Triacylglycerol-Abbau sowie eine verringerte Degradation des Etherlipids UKL und von Sterolestern, was auf eine Beteiligung der Peroxisomen beim Abbau von langkettigen Fettsäuren schließen lässt. Bei dem Versuch durch das Ausschalten des pex19-Gens eine Zelllinie zu generieren, die keine Peroxisomen besitzt, wurde die Organelle überraschender Weise, wenn auch mit einer vom Wildtyp abweichenden Morphologie, weiterhin vorgefunden. Dieser Befund korrelierte mit dem Resultat, dass trotzdem das pex19-Gen erfolgreich unterbrochen wurde, dennoch eine intakte Kopie des Gens nachgewiesen werden konnte. Dementsprechend sollte die erschaffene pex19- Zelllinie als knockdown und nicht als knockout gewertet werden. Der pex19 knockdown zeigte beim Abbau von Triacylglyceriden eine ähnliche Verlangsamung wie acaa1- Zellen. Zusätzlich wurde eine Verringerung der Synthese des Etherlipids UKL beobachtet, was darauf hindeutet, dass dieses Lipid im Peroxisom gebildet wird. Auch die Phagozytose und das Wachstum auf Bakterienrasen waren im pex19 knockdown dramatisch reduziert. Durch die Überexpression von Pex19-GFP im knockdown Hintergrund konnten die physiologischen Defekte in den meisten so generierten Zelllinien ausgeglichen werden. Lipid Droplets sind Organellen, die in Eukaryoten und Prokaryoten als Speicher für Neutralfette dienen und ebenfalls als Ort der Lipidsynthese fungieren. Um diese Aufgaben erfüllen zu können, besitzen sie auf ihrer Oberfläche Proteine, die für die Regulierung dieser Prozesse notwendig sind. Durch die weiterführende Analyse von Kandidatenproteinen, die durch eine proteomische Analyse von aufgereinigten LDs identifiziert wurden, konnte für vier weitere Proteine (Plsc1, Net4, Lip5 und Nsdhl) die LD-Assoziation durch GFP-Fusionsproteine bestätigt werden. Bei der Charakterisierung von plsc1 knockouts zeigte sich eine verminderte Fähigkeit beim Wachstum auf Bakterienrasen sowie eine erhöhte Phagozytoserate in Gegenwart einer exogenen Fettsäure, was auf eine Involvierung des Proteins in die Phospholipidsynthese hindeutet. Die bisher einzige identifizierte LD-assoziierte Lipase Lip5 nimmt nur eine untergeordnete Rolle bei der Hydrolyse von Triacylglycerolen und Sterolestern ein, da in KO-Mutanten nur ein milder Defekt beim Abbau beider Substanzen beobachtet werden konnte. Die LD-Lokalisation von Net4 ist evolutionär konserviert und kann nicht nur in D. discoideum beobachtet werden, sondern auch in humanen Zellen. Welche Funktion das Protein auf der LD-Oberfläche ausübt, konnte nicht geklärt werden. Allerdings kann ein direkter Einfluss auf den TAG- und Sterolaufbau ausgeschlossen werden. LDs stehen in engem Kontakt mit anderen Organellen, die in den Lipidmetabolismus involviert sind, wie mit den Mitochondrien oder dem ER. Durch Perilipin-Hybridproteine können künstliche, stabile Verbindungen zwischen LDs und diesen Organellen hergestellt werden. Dabei zeigte Perilipin ein sehr starkes Targeting-Potenzial, durch welches es notwendig war, als zweite Hybridhälfte ein Transmembranprotein zu wählen. Die Analyse eines Hybrids, das eine dauerhafte Verbindung von LDs und dem ER herstellt, wies dabeieine Reduktion der LD-Größe auf, wobei der Gesamt-TAG-Gehalt der Zellen unbeeinflusst blieb. Durch die starke Affinität von Perilipin für die Assoziation an LDs konnten durch die Generierung von Hybriden andere Proteine an die LD-Oberfläche dirigiert werden. Auf diese Weise konnte erfolgreich die LC-Acyl-CoA-Synthetase FcsA auf das LD transplantiert werden.

Lipid metabolism in women

Differences in whole-body lipid metabolism between men and women are indicated by lower-body fat accumulation in women but more marked accumulation of fat in the intra-abdominal visceral fat depots of men. Circulating blood lipid concentrations also show gender-related differences. These differences are most marked in premenopausal women, in whom total cholesterol, LDL-cholesterol and triacylglycerol concentrations are lower and HDL-cholesterol concentration is higher than in men. Tendency to accumulate body fat in intra-abdominal fat stores is linked to increased risk of CVD, metabolic syndrome, diabetes and other insulin-resistant states. Differential regional regulation of adipose tissue lipolysis and lipogenesis must underlie gender-related differences in the tendency to accumulate fat in specific fat depots. However, empirical data to support current hypotheses remain limited at the present time because of the demanding and specialist nature of the methods used to study adipose tissue metabolism in human subjects. In vitro and in vivo data show greater lipolytic sensitivity of abdominal subcutaneous fat and lesser lipolytic sensitivity of femoral and gluteal subcutaneous fat in women than in men. These differences appear to be due to fewer inhibitory alpha adrenergic receptors in abdominal regions and greater a adrenergic receptors in gluteal and femoral regions in women than in men. There do not appear to be major gender-related differences in rates of fatty acid uptake (lipogenesis) in different subcutaneous adipose tissue regions. In visceral fat rates of both lipolysis and lipogenesis appear to be greater in men than in women; higher rates of lipolysis may be due to fewer alpha adrenergic receptors in this fat depot in men. Fatty acid uptake into this depot in the postprandial period is approximately 7-fold higher in men than in women. Triacylglycerol concentrations appear to be a stronger cardiovascular risk factor in women than in men, with particular implications for cardiovascular risk in diabetic women. The increased triacylglycerol concentrations observed in women taking hormone-replacement therapy (HRT) may explain the paradoxical findings of increased rates of CVD in women taking HRT that have been reported from recent primary and secondary prevention trials of HRT.

The nutritional and clinical significance of lipid rafts

Purpose of review Lipid rafts are potentially modifiable by diet, particularly (but not exclusively) by dietary fatty acids. This review examines the potential for dietary modification of raft structure and function in the immune system, brain and retinal tissue, the gut, and in cancer cells. Recent findings In-vitro and ex-vivo studies suggest that dietary n-3 polyunsaturated fatty acids (PUFAs) may exert immunosuppressive and anticancer effects through changes in lipid raft organization. In addition, gangliosides and cholesterol may modulate lipid raft organization in a number of tissues, and recent work has highlighted sphingolipids in membrane microdomains as potential targets for inhibition of tumor growth. The roles of fatty acids and gangliosides, especially in relation to lipid rafts, in cognitive development, age-related cognitive decline, psychiatric disorders, and Alzheimer’s disease are poorly understood and require further investigation. The roles of lipid rafts in cancer, in microbial pathogenesis, and in insulin resistance are starting to emerge, and indicate compelling evidence for the growing importance of membrane microdomains in health and disease. Summary In-vitro and animal studies show that n-3 PUFAs, cholesterol, and gangliosides modulate the structure and composition of lipid rafts, potentially influencing a wide range of biological processes, including immune function, neuronal signaling, cancer cell growth, entry of pathogens through the gut barrier, and insulin resistance in metabolic disorders. The physiological, clinical, and nutritional relevance of these observations remains to be determined.

Puroindoline-b mutations control the lipid binding interactions in mixed puroindoline-a: puroindoline-b systems

The interactions have been investigated of puroindoline-a (Pin-a) and mixed protein systems of Pin-a and wild-type puroindoline-b (Pin-b+) or puroindoline-b mutants (G46S mutation (Pin bH) or W44R mutation (Pin-bS)) with condensed phase monolayers of an anionic phospholipid (L-α-dipalmitoylphosphatidyl-dl-glycerol (DPPG)) at the air/water interface. The interactions of the mixed systems were studied at three different concentration ratios of Pin-a:Pin-b, namely 3:1, 1:1 and 1:3 in order to establish any synergism in relation to lipid binding properties. Surface pressure measurements revealed that Pin-a interaction with DPPG monolayers led to an equilibrium surface pressure increase of 8.7 ± 0.6 mN m-1. This was less than was measured for Pin-a:Pin-b+ (9.6 to 13.4 mN m-1), but was significantly more than was measured for Pin-a:Pin-bH (4.0 to 6.2 mN m-1) or Pin-a:Pin-bS (3.8 to 6.3 mN m-1) over the complete range of concentration ratio. Consequently, surface pressure increases were shown to correlate to endosperm hardness phenotype, with puroindolines present in hard-textured wheat varieties yielding lower equilibrium surface pressure changes. Integrated amide I peak areas from corresponding external reflectance Fourier-transform infrared (ER-FTIR) spectra, used to indicate levels of protein adsorption to the lipid monolayers, showed that differences in adsorbed amount were less significant. The data therefore suggest that Pin-b mutants having single residue substitutions within their tryptophan-rich loop that are expressed in some hard-textured wheat varieties influence the degree of penetration of Pin-a and Pin-b into anionic phospholipid films. These findings highlight the key role of the tryptophan-rich loop in puroindoline-lipid interactions.

Single amino acid substitutions in puroindoline-b mutants influence lipid binding properties

External reflectance Fourier transform infrared (ER-FTIR) spectroscopy and surface pressure measurements have been used to characterize the interaction of wild-type puroindoline-b (Pin-b) and two mutant forms featuring single residue substitutions-namely, Gly-46 to Ser-46 (Pin-bH) and Trp-44 to Arg-44 (Pin-bS)-with condensed-phase monolayers of zwitterionic (L-alpha-dipalmitoylphosphatidylcholine, DPPC) and anionic (L-alpha-dipalmitoylphosphatidyl-dl-glycerol, DPPG) phospholipids. The interaction with anionic DPPG monolayers, monitored by surface pressure isotherms, was influenced significantly by mutations in Pin-b (p < 0.05); wild-type Pin-b showed the highest surface pressure change of 10.6 +/- 1.0 mN m(-1), followed by Pin-bH (7.9 +/- 1.6 mN m(-1)) and Pin-bS (6.3 +/- 1.0 mN m(-1)), and the surface pressure isotherm kinetics were also different in each case. Integrated Amide I peak areas from corresponding ER-FTIR spectra confirmed the differences in adsorption kinetics, but also showed that differences in adsorbed amount were less significant, suggesting that mutations influence the degree of penetration into DPPG films. All Pin-b types showed evidence of interaction with DPPC films, detected as changes in surface pressure (5.6 +/- 1.1 mN m(-1)); however, no protein peaks were detected in the ER-FTIR spectra, which indicated that the interaction was via penetration with limited adsorption at the lipid/water interface. The expression of Pin-b mutants is linked to wheat endosperm hardness; therefore, the data presented here suggest that the lipid binding properties may be pivotal within the mechanism for this quality trait. In addition, the data suggest antimicrobial activities of Pin-b mutants would be lower than those of the wild-type Pin-b, because of decreased selectivity toward anionic phospholipids.

A novel method for production of lipid hydroperoxide- or oxysterol-rich low-density lipoprotein

LDL oxidation may be important in atherosclerosis. Extensive oxidation of LDL by copper induces increased uptake by macrophages, but results in decomposition of hydroperoxides, making it more difficult to investigate the effects of hydroperoxides in oxidised LDL on cell function. We describe here a simple method of oxidising LDL by dialysis against copper ions at 4 degrees C, which inhibits the decomposition of hydroperoxides, and allows the production of LDL rich in hydroperoxides (626 +/- 98 nmol/mg LDL protein) but low in oxysterols (3 +/- 1 nmol 7-ketocholesterol/mg LDL protein), whilst allowing sufficient modification (2.6 +/- 0.5 relative electrophoretic mobility) for rapid uptake by macrophages (5.49 +/- 0.75 mu g I-125-labelled hydroperoxide-rich LDL vs. 0.46 +/- 0.04 mu g protein/mg cell protein in 18 h for native LDL). By dialysing under the same conditions, but at 37 degrees C, the hydroperoxides are decomposed extensively and the LDL becomes rich in oxysterols. This novel method of oxidising LDL with high yield to either a hydroperoxide- or oxysterol-rich form by simply altering the temperature of dialysis may provide a useful tool for determining the effects of these different oxidation products on cell function. (C) 2007 Elsevier Ireland Ltd. All rights reserved.

Polymorphisms in the apolipoprotein L1 gene and their effects on blood lipid and glucose levels in middle age males

Apolipoprotein L1 in plasma is associated with high- density lipoprotein. Novel APOL1 polymorphisms are investigated along with the association of two common haplotypes (Lys166Glu, Ile244Met, Lys271Arg) with circulating lipid and glucose levels. Although the amino acid substitutions occur in the amphipathic alpha helices region involved in lipid binding, these substitutions were found not to independently account for variability in circulating lipid and glucose levels in 149 middle age males.