Outlier effects on robust joint modelling of longitudinal and survival data

Robust joint modelling is an emerging field of research. Through the advancements in electronic patient healthcare records, the popularly of joint modelling approaches has grown rapidly in recent years providing simultaneous analysis of longitudinal and survival data. This research advances previous work through the development of a novel robust joint modelling methodology for one of the most common types of standard joint models, that which links a linear mixed model with a Cox proportional hazards model. Through t-distributional assumptions, longitudinal outliers are accommodated with their detrimental impact being down weighed and thus providing more efficient and reliable estimates. The robust joint modelling technique and its major benefits are showcased through the analysis of Northern Irish end stage renal disease patients. With an ageing population and growing prevalence of chronic kidney disease within the United Kingdom, there is a pressing demand to investigate the detrimental relationship between the changing haemoglobin levels of haemodialysis patients and their survival. As outliers within the NI renal data were found to have significantly worse survival, identification of outlying individuals through robust joint modelling may aid nephrologists to improve patient's survival. A simulation study was also undertaken to explore the difference between robust and standard joint models in the presence of increasing proportions and extremity of longitudinal outliers. More efficient and reliable estimates were obtained by robust joint models with increasing contrast between the robust and standard joint models when a greater proportion of more extreme outliers are present. Through illustration of the gains in efficiency and reliability of parameters when outliers exist, the potential of robust joint modelling is evident. The research presented in this thesis highlights the benefits and stresses the need to utilise a more robust approach to joint modelling in the presence of longitudinal outliers.

Presence of antibodies against Leishmania chagasi in haemodialysed patients

SOUZA,Roberto Mascarenhas et al.Presence of antibodies against Leishmania chagasi in haemodialysed patients.Transactions of the Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene,v. 103, p.749-751, 2009.

Presence of antibodies against Leishmania chagasi in haemodialysed patients

SOUZA, R. M. et al. Presence of antibodies against Leishmania chagasi in haemodialysed patients. Transactions of the Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene, v. 103, n.7, p. 749—751. ISSN 0035-9203.

Presence of antibodies against Leishmania chagasi in haemodialysed patients

SOUZA,Roberto Mascarenhas et al.Presence of antibodies against Leishmania chagasi in haemodialysed patients.Transactions of the Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene,v. 103, p.749-751, 2009.

Presence of antibodies against Leishmania chagasi in haemodialysed patients

SOUZA, R. M. et al. Presence of antibodies against Leishmania chagasi in haemodialysed patients. Transactions of the Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene, v. 103, n.7, p. 749—751. ISSN 0035-9203.

Estimating glomerular filtration rate in kidney transplantation: Still searching for the best marker

Kidney transplantation is the treatment of choice for end-stage renal disease. The evaluation of graft function is mandatory in the management of renal transplant recipients. Glomerular filtration rate (GFR), is generally considered the best index of graft function and also a predictor of graft and patient survival. However GFR measurement using inulin clearance, the gold standard for its measurement and exogenous markers such as radiolabeled isotopes ((51)Cr EDTA, (99m)Tc DTPA or (125)I Iothalamate) and non-radioactive contrast agents (Iothalamate or Iohexol), is laborious as well as expensive, being rarely used in clinical practice. Therefore, endogenous markers, such as serum creatinine or cystatin C, are used to estimate kidney function, and equations using these markers adjusted to other variables, mainly demographic, are an attempt to improve accuracy in estimation of GFR (eGFR). Nevertheless, there is some concern about the inability of the available eGFR equations to accurately identify changes in GFR, in kidney transplant recipients. This article will review and discuss the performance and limitations of these endogenous markers and their equations as estimators of GFR in the kidney transplant recipients, and their ability in predicting significant clinical outcomes.

Transforming Growth Factor-b1 polymorphism is not associated with chronic graft disease: evidence from a meta-analysis

Kidney transplantation has been recognised as the optimal treatment choice for most end stage renal disease patients and the increase of allograft survival rates is achieved through the refinement of novel immunosuppressive agents. Chronic Graft Disease (CGD) is a multifactorial process that likely includes a combination of immunological, apoptotic and inflammatory factors. The application of individualised immunosuppressive therapies will also depend on the identification of risk factors that can influence chronic disease. Despite being the subject of several independent studies, investigations of the relationship between transforming growth factor-b1 (TGF-b1) polymorphisms and kidney graft outcome continue to be plagued by contradictory conclusions.

Seeking transparency on allocation of kidneys from deceased donors

Kidney transplantation is the preferred treatment for many end stage renal disease patients; however, the small number of organs for transplantation does not allow all patients to have access to this scarce resource. An allocation system for deceased donor kidneys should be anchored to transparent policies and rules. It should take into account the relationship between supply and demand, hence seeking a balance between the higher net benefit of survival that can be provided by a particular organ and the transplant candidates’ waiting time (as well as the probability of being transplanted).

A study of asymptomatic bacteriuria in Egyptian school-going children.

Background: Urinary tract infections (UTI) are a common and important clinical problem in childhood. Upper urinary tract infections (i.e., acute pyelonephritis) may lead to renal scarring, hypertension, and end-stage renal disease. Despite the presence of simple and reliable methods of preliminary screening of children's urine, urinary tract infection continues to be under diagnosed. Objectives: The aim of this study was to establish prevalence rates of significant bacteriuria in asymptomatic school children by simple urine tests in comparison to standard urine culture techniques in Giza, Egypt. Patients and methods: A total of 1000 apparently healthy school going children (6-12) years, 552 boys (55.2%) and 448 girls (44.8%), were enrolled in this cross-sectional prevalence survey. Results: Overall prevalence of significant bacteriuria was 6%. Higher prevalence occurred in girls (11.4%) than boys (1.6%). Escherichia coli was isolated in 35(58%) cases (3 boys and 32 girls), Staph. aureus in 13 (22%) cases (3 boys and 10 girls), Enterobacter in 6 girls (10%), Kelbsiella pneumoniae in 3 boys (5%) and Proteus vulgaris in 3 girls (5%) Conclusion: Asymptomatic bacteriurea could be detected by urine screening program at school age. Overall prevalence of significant bacteriuria was 6%, with predominance in girls than boys.

Malnutrition in pre-dialysis chronic kidney disease patients in a teaching hospital in Southern Nigeria.

Background: Malnutrition is a complication in chronic kidney disease (CKD) known to affect quality of life and prognosis although not often diagnosed. It is associated with rapid progression to end stage renal disease (ESRD) and mortality. Early identification and treatment will slow down progression to ESRD and mortality. Objective: To determine the prevalence and pattern of malnutrition in pre-dialysis CKD patients in Southern Nigeria. Methods: One hundred and twenty consecutive pre-dialysis CKD and 40 control subjects without CKD were studied. Data obtained from participants were demographics, body mass index (BMI), and aetiology of CKD. Indices used to assess presence of malnutrition were low BMI, hypocholesterolaemia and hypoalbuminaemia. Statistical significance was taken at 0.05 level. Results: The mean age of the CKD subjects was 48.8±16.6years with a male: female ratio of 1.7:1. Prevalence of malnutrition in the CKD subjects was 46.7%, higher than 27.5% observed in the controls (p=0.033). Prevalence of malnutrition increased significantly across CKD stages 2 to 5 (p=0.020). It was significantly commoner in elderly patients (p=0.047) but not significantly different between males and females(p=0.188). Conclusion: Malnutrition is common in pre-dialysis CKD patients even in early CKD stages. Prevalence of malnutrition increases with worsening kidney function and increasing age.

Dialyse à domicile : évaluation du modèle de dialyse à domicile intégrée

Les modalités de dialyse à domicile, soit la dialyse péritonéale (DP) et l’hémodialyse à domicile (HDD), offrent plusieurs avantages aux patients avec insuffisance rénale terminale (IRT), que ce soit par rapport à la qualité de vie ou à une diminution des complications liées à l’IRT. Peu de données sont toutefois disponibles quant aux répercussions cliniques de l’initiation de la thérapie de suppléance rénale via la DP ou l’HDD et de l’optimisation subséquente du traitement à domicile. Le présent mémoire visait donc à répondre aux trois questions suivantes soit (1) la comparaison entre la survie des patients débutant la thérapie de suppléance rénale par une ou l’autre des modalités à domicile, (2) l’évaluation du modèle de dialyse à domicile intégrée (c’est la dire l’initiation de la suppléance rénale en DP avec un transfert subséquent en HDD) et (3) l’évaluation des prédicteurs dudit modèle de dialyse à domicile intégrée. L’évaluation de 11 416 patients ayant débuté la suppléance rénale en Australie et Nouvelle-Zélande entre 2000 et 2012 a montré une association entre une mortalité globale inférieure chez les patients traités par HDD comparativement à ceux traités par DP (rapport des risques [hazard ratio - HR] 0.47, intervalle de confiance [IC] de 95%, 0.38-0.59). Par contre, les patients ayant débuté la suppléance rénale en DP et ayant ensuite été transférés en HDD (modèle de dialyse à domicile intégrée) avaintt une survie en dialyse à domicile similaire à ceux directement traités par l’HDD (HR 0.92, IC de 95%, 0.52-1.62). Finalement, les caractéristiques démographiques de base (jeune âge, sexe masculin, ethnie), les comorbidités, la cause de l’insuffisance rénale terminale, la durée du traitement et la raison de l’arrêt de la DP étaient des prédicteurs du modèle de dialyse à domicile intégrée.

The impact of bariatric surgery on estimated glomerular filtration rate in patients with type 2 diabetes:a retrospective cohort study

Background: Diabetes mellitus is the most common cause of end-stage renal disease, which is associated with increased morbidity and mortality. The impact of bariatric surgery on chronic kidney disease is unclear. Objectives: Our primary aim was to assess the impact of bariatric surgery on estimated glomerular filtration rate (eGFR) in type 2 diabetes (T2D) patients. Our secondary aim was to compare the impact of bariatric surgery versus routine care on eGFR in patients with T2D. Setting: University Hospital, United Kingdom. Methods: A retrospective cohort analysis of adults with T2D who underwent bariatric surgery at a single center between January 2005 and December 2012. Data regarding eGFR were obtained from electronic patients records. eGFR was calculated using the Modification of Diet in Renal Disease formula. Data regarding patients with T2D who did not undergo bariatric surgery ("routine care") were obtained from patients attending the diabetes clinic at the same center from 2009 to 2011. Results: One hundred sixty-three patients were included (mean age 48.5±8.8 yr; baseline body mass index 50.8±9.1 kg/m2) and were followed for 3.0±2.3 years. Bariatric surgery resulted in an improvement in eGFR (median [interquartile range] 86.0 [73.0-100.0] versus 92.0 [77.0-101.0] mL/min/1.73 m2 for baseline versus follow-up, respectively; P = .003), particularly in patients with baseline eGFR≤60 mL/min/1.73 m2 (48.0 [42.0-57.0] versus 61.0 [55.0-63.0] mL/min/1.73 m2; P = .004). After adjusting for baseline eGFR, glycated hemoglobin (HbA1C), body mass index, age, and gender, bariatric surgery was associated with higher study-end eGFR compared with routine care (B = 7.787; P< .001). Conclusion: Bariatric surgery results in significant improvements in eGFR in T2D patients, particularly those with an eGFR≤60 mL/min/1.73 m2, while routine care was associated with a decline in eGFR.

Dialyse à domicile : évaluation du modèle de dialyse à domicile intégrée

Les modalités de dialyse à domicile, soit la dialyse péritonéale (DP) et l’hémodialyse à domicile (HDD), offrent plusieurs avantages aux patients avec insuffisance rénale terminale (IRT), que ce soit par rapport à la qualité de vie ou à une diminution des complications liées à l’IRT. Peu de données sont toutefois disponibles quant aux répercussions cliniques de l’initiation de la thérapie de suppléance rénale via la DP ou l’HDD et de l’optimisation subséquente du traitement à domicile. Le présent mémoire visait donc à répondre aux trois questions suivantes soit (1) la comparaison entre la survie des patients débutant la thérapie de suppléance rénale par une ou l’autre des modalités à domicile, (2) l’évaluation du modèle de dialyse à domicile intégrée (c’est la dire l’initiation de la suppléance rénale en DP avec un transfert subséquent en HDD) et (3) l’évaluation des prédicteurs dudit modèle de dialyse à domicile intégrée. L’évaluation de 11 416 patients ayant débuté la suppléance rénale en Australie et Nouvelle-Zélande entre 2000 et 2012 a montré une association entre une mortalité globale inférieure chez les patients traités par HDD comparativement à ceux traités par DP (rapport des risques [hazard ratio - HR] 0.47, intervalle de confiance [IC] de 95%, 0.38-0.59). Par contre, les patients ayant débuté la suppléance rénale en DP et ayant ensuite été transférés en HDD (modèle de dialyse à domicile intégrée) avaintt une survie en dialyse à domicile similaire à ceux directement traités par l’HDD (HR 0.92, IC de 95%, 0.52-1.62). Finalement, les caractéristiques démographiques de base (jeune âge, sexe masculin, ethnie), les comorbidités, la cause de l’insuffisance rénale terminale, la durée du traitement et la raison de l’arrêt de la DP étaient des prédicteurs du modèle de dialyse à domicile intégrée.

Caractérisation de différents mécanismes immunologiques conduisant au dommage glomérulaire chez le greffé rénal avec rejet humoral; les effets des anticorps anti-HLA sur l’expression endothéliale et les niveaux sériques de thrombomoduline chez les patients transplantés

La greffe rénale est le meilleur traitement de l’insuffisance rénale terminale. Par contre, la perte prématurée du greffon est un problème majeur chez les greffés qui est due majoritairement au rejet. La classification de Banff reconnait 2 catégories de rejets : une réaction médiée par les anticorps (ABMR) et/ou une réaction cellulaire (TCMR). L’ABMR est caractérisé par le développement de novo d’anticorps contre le donneur (DSA) en circulation et des dommages histologiques, comme la glomérulopathie du transplant. De novo, les DSA anti-HLA-II sont plus fréquemment associés à la glomérulopathie du transplant que les anti-HLA-I et sont associés à un moins bon pronostic clinique. Toutefois, le mécanisme par lequel les anti-HLA-II sont plus dommageables demeure mal connu. Mon hypothèse est que les anticorps anti-HLA sont suffisants pour perturber l’hémostase de l’endothélium glomérulaire. Plus particulièrement, nous croyons que les anticorps anti-HLA-II, diminuent l’expression de la thrombomoduline (TBM), ce qui pourrait mener aux lésions endothéliales glomérulaires associées à la glomérulopathie du transplant. Pour évaluer cette hypothèse, j’ai utilisé un modèle in vitro d’endothélium glomérulaire humain et du sérum de patients transplantés rénaux. Nous avons observé que l’expression membranaire de la TBM augmentait de manière dosedépendante en présence d‘anti-HLA-I, mais pas anti-HLA-II. Toutefois, lors de la mesure intracellulaire nous avons observé une accumulation cytosolique en réponse à une stimulation par les anti-HLA-II. De plus, nous avons observé une association significative entre la présence de DSA circulants anti-HLA-II dans les patients transplantés rénaux et un faible taux de TBM sérique. Ces résultats indiquent que la liaison des anticorps anti-HLA-I et II produit des effets différents sur l’expression endothéliale de la TBM. Les anticorps anti-HLA-II pourraient être associés à un état prothrombotique qui pourrait expliquer l’occurrence plus élevée de lésions microangiopathiques dans l’allogreffe et la moins bonne condition observée chez les patients ayant ces anticorps.

Impacto de la implementación de un modelo de gestión integral de atención de la enfermedad y cuidado coordinado en la población en diálisis en Colombia

La atención hospitalaria en el costo global de la atención de los pacientes en diálisis es muy importante. Este estudio se realizó con el fin de evaluar resultados posteriores a la implementación de un modelo de gestión de la enfermedad y cuidado coordinado en una red de diálisis en Colombia, evaluando los cambios específicos en las tasas de hospitalización de una cohorte de pacientes renales con dos años de seguimiento. El modelo se enfoca básicamente en mejorar la atención de los pacientes en diálisis protocolizando en el manejo de comorbilidades (diabetes, riesgo cardiovascular, patologías infecciosas) y en el cuidado coordinado entre el tratamiento ambulatorio y hospitalario de los pacientes en diálisis asegurando la continuidad en el proceso de atención de los pacientes. El Estudio observacional analítico de cohortes compuesto por 2 fases una primera cohorte histórica retrospectiva y una segunda con dos cohortes prospectivas, incluyó pacientes mayores de 18 años, con más de 90 días en diálisis, con al menos tres meses de intervención con el modelo de gestión de enfermedad en la red Renal Therapy Services (RTS®). En conclusión, la realización de este estudio, se pudo asociar a la reducción en la atención hospitalaria de pacientes en diálisis y a una menor mortalidad, modelos como este y otras soluciones para mejorar los desenlaces en salud en los pacientes en diálisis deben seguir siendo implementados para aliviar la carga de la enfermedad y reducir los costos de la atención en salud de esta población.