GEDI: a user-friendly toolbox for analysis of large-scale gene expression data

Abstract Background Several mathematical and statistical methods have been proposed in the last few years to analyze microarray data. Most of those methods involve complicated formulas, and software implementations that require advanced computer programming skills. Researchers from other areas may experience difficulties when they attempting to use those methods in their research. Here we present an user-friendly toolbox which allows large-scale gene expression analysis to be carried out by biomedical researchers with limited programming skills. Results Here, we introduce an user-friendly toolbox called GEDI (Gene Expression Data Interpreter), an extensible, open-source, and freely-available tool that we believe will be useful to a wide range of laboratories, and to researchers with no background in Mathematics and Computer Science, allowing them to analyze their own data by applying both classical and advanced approaches developed and recently published by Fujita et al. Conclusion GEDI is an integrated user-friendly viewer that combines the state of the art SVR, DVAR and SVAR algorithms, previously developed by us. It facilitates the application of SVR, DVAR and SVAR, further than the mathematical formulas present in the corresponding publications, and allows one to better understand the results by means of available visualizations. Both running the statistical methods and visualizing the results are carried out within the graphical user interface, rendering these algorithms accessible to the broad community of researchers in Molecular Biology.

Gráfico interactivo de las relaciones derivativas entre palabras del español

[ES] La aplicación Gráfico interactivo de las relaciones derivativas entre palabras del español se centra en realizar un tratamiento a la información recabada en la tesis Sistema computacional de la gestión morfológica del español, de toda la información que contiene esta tesis este proyecto hace uso recogiendo cualquier palabra introducida por el usuario, buscando su forma canónica y devolviendo en forma gráfica la familia de palabras relacionada con esta, mediante un grafo. Esta aplicación web tiene como objetivo hacer amena la legibilidad y consulta de la información mencionada. Para lograr este objetivo se ha desarrollado una interfaz muy sencilla para el usuario, en la que éste solo tiene que introducir una palabra y relacionarla mediante un click. Una vez realizada la búsqueda, la aplicación permite al usuario interactuar con el grafo, pudiendo moverlo por la pantalla a su antojo, también tiene la función de mostrar los hijos de un nodo hoja al pasar el puntero por encima de éste y al hacer doble click sobre un nodo hoja, sea hijo o nieto de la raíz, devolviendo un nuevo grafo con el nodo seleccionado como raíz del mismo y mostrando sus hijos y nietos si los tuviera.

Gestión de pacientes de un Servicio de Urgencias Hospitalarias

[ES] Un servicio de urgencias de una zona ofrece asistencia sanitaria y tiene como principal objetivo atender la patología urgente que acude al hospital y el nivel de compromiso que se asume consiste en diagnosticar, tratar y estabilizar, en la medida posible, dicha patología urgente. Otro objetivo es gestionar la demanda de atención urgente por parte del ciudadano a través de un sistema de selección prioritaria inicial (Triaje) que selecciona, prioriza, organiza y gestiona la demanda de atención. Para poder controlar y realizar el trabajo de la forma más eficaz se utilizan herramientas de gestión necesarias para el control de los pacientes, desde que se realiza su ingreso en el servicio de urgencias hasta el alta del mismo. Las aplicaciones desarrolladas son las siguientes: Gestión de Pacientes en Urgencias: Esta aplicación asignará un estado inicial al paciente y permitirá ir cambiando el estado del mismo usando el método del Triaje (valoración), el más difundido en la medicina de urgencias. Además, se podrán solicitar pruebas diagnósticas y la visualización de marcadores de analíticas para comprobar su evolución. Finalmente, se podrá desarrollar un informe de alta para el paciente. Informadores de Urgencias: La aplicación gestiona la localización física del paciente dentro del servicio de urgencias, permitiendo asimismo el cambio entre las distintas localizaciones y el control para la información a los familiares de los mismos, pudiendo almacenar los familiares y teléfonos de contactos para que estos puedan ser informados. El desarrollo se ha realizado utilizando el MVC (modelo - vista - controlador) que es patrón de arquitectura que separa los datos de una aplicación, la interfaz gráfica de usuario y la lógica de control de componentes. El software utilizado para el desarrollo de las aplicaciones es CACHÉ de Intersystems que permite la creación de una base de datos multidimensional. El modelo de objetos de Caché se basa en el estándar ODMG (Object Database Management Group, Grupo de gestión de bases de datos de objetos) y soporta muchas características avanzadas. CACHÉ dispone de Zen, una biblioteca completa de componentes de objetos preconstruidos y herramientas de desarrollo basadas en la tecnología CSP (Caché Server Pages) y de objetos de InterSystems. ZEN es especialmente apropiado para desarrollar una versión Web de las aplicaciones cliente/servidor creadas originalmente con herramientas como Visual Basic o PowerBuilder.

Aplicación en tiempo real para el control de señales en empotrados

[ES] Este software pretende dar soporte a la monitorización y control de señales provenientes de distintos dispositivos electrónicos a través de un sistema empotrado con un sistema operativo en tiempo real que proporcione las herramientas necesarias para cumplir con los requisitos de tiempo que se plantean. Para ello la aplicación se divide en varios procesos encargados de la lectura y configuración de las distintas señales, control de eventos anómalos (interrupciones, fallos del sistema, etc),  almacenamiento en una base de datos de la información generada y una interfaz de usuario vía web que permita la monitorización del sistema en su conjunto.

Connect2, Launcher Android configurable desde una interfaz web

[ES] Este proyecto se ha orientado a crear un Launcher que permite la configuración remota a través de una web, se puede cambiaren tiempo real la pantalla de inicio del teléfono, puesto que desde la web se puede : enviar mensajes, añadir aplicaciones y contactos. La pantalla de inicio ha sido simplificada, Además la aplicación elimina de la vista del usuario los elementos que no son importantes. En resumen se puede adaptar la pantalla de inicio de manera fácil a cada usuario.

Development and optimization of graphic user interfaces (GUIs) for infrared spectrometers at the Telescopio Nazionale Galileo

This Phd thesis was entirely developed at the Telescopio Nazionale Galileo (TNG, Roque de los Muchachos, La Palma Canary Islands) with the aim of designing, developing and implementing a new Graphical User Interface (GUI) for the Near Infrared Camera Spectrometer (NICS) installed on the Nasmyth A of the telescope. The idea of a new GUI for NICS has risen for optimizing the astronomers work through a set of powerful tools not present in the existing GUI, such as the possibility to move automatically, an object on the slit or do a very preliminary images analysis and spectra extraction. The new GUI also provides a wide and versatile image display, an automatic procedure to find out the astronomical objects and a facility for the automatic image crosstalk correction. In order to test the overall correct functioning of the new GUI for NICS, and providing some information on the atmospheric extinction at the TNG site, two telluric standard stars have been spectroscopically observed within some engineering time, namely Hip031303 and Hip031567. The used NICS set-up is as follows: Large Field (0.25'' /pixel) mode, 0.5'' slit and spectral dispersion through the AMICI prism (R~100), and the higher resolution (R~1000) JH and HK grisms.

Requirements definition and testing of the new version of multi-mission generic monitoring system (GEMS) v 4.4 for operations at Eumetsat

EUMETSAT (www.eumetsat.int) e’ l’agenzia europea per operazioni su satelliti per monitorare clima, meteo e ambiente terrestre. Dal centro operativo situato a Darmstadt (Germania), si controllano satelliti meteorologici su orbite geostazionarie e polari che raccolgono dati per l’osservazione dell’atmosfera, degli oceani e della superficie terrestre per un servizio continuo di 24/7. Un sistema di monitoraggio centralizzato per programmi diversi all’interno dell’ambiente operazionale di EUMETSAT, e’ dato da GEMS (Generic Event Monitoring System). Il software garantisce il controllo di diverse piattaforme, cross-monitoring di diverse sezioni operative, ed ha le caratteristiche per potere essere esteso a future missioni. L’attuale versione della GEMS MMI (Multi Media Interface), v. 3.6, utilizza standard Java Server Pages (JSP) e fa uso pesante di codici Java; utilizza inoltre files ASCII per filtri e display dei dati. Conseguenza diretta e’ ad esempio, il fatto che le informazioni non sono automaticamente aggiornate, ma hanno bisogno di ricaricare la pagina. Ulteriori inputs per una nuova versione della GEMS MMI vengono da diversi comportamenti anomali riportati durante l’uso quotidiano del software. La tesi si concentra sulla definizione di nuovi requisiti per una nuova versione della GEMS MMI (v. 4.4) da parte della divisione ingegneristica e di manutenzione di operazioni di EUMETSAT. Per le attivita’ di supporto, i test sono stati condotti presso Solenix. Il nuovo software permettera’ una migliore applicazione web, con tempi di risposta piu’ rapidi, aggiornamento delle informazioni automatico, utilizzo totale del database di GEMS e le capacita’ di filtri, insieme ad applicazioni per telefoni cellulari per il supporto delle attivita’ di reperibilita’. La nuova versione di GEMS avra’ una nuova Graphical User Interface (GUI) che utilizza tecnologie moderne. Per un ambiente di operazioni come e’ quello di EUMETSAT, dove l’affidabilita’ delle tecnologie e la longevita’ dell’approccio scelto sono di vitale importanza, non tutti gli attuali strumenti a disposizione sono adatti e hanno bisogno di essere migliorati. Allo stesso tempo, un’ interfaccia moderna, in termini di visual design, interattivita’ e funzionalita’, e’ importante per la nuova GEMS MMI.

La valutazione della sicurezza delle strade esistenti: Il contributo del mobile eye detector.

L’incidente stradale è la conseguenza di uno o più errori all'interno di un sistema complesso, in cui l'uomo rappresenta la principale causa d’incidentalità. Spesso ciò che può apparire a una prima analisi un errore dell’utente, in realtà può essere collegato a problemi di progettazione e gestione dell’infrastruttura. Per massimizzare i risultati nel campo della sicurezza stradale, occorre valutare il “sistema strada” in ogni suo elemento. Per raggiungere questi obiettivi le analisi di sicurezza giocano un ruolo fondamentale. Il Road Safety Review consente di individuare nel tracciato la presenza di situazioni di rischio, in modo tale da eliminarli o attenuarli prima che diano luogo ad incidenti. Il Ministero delle Infrastrutture e dei Trasporti ha emanato le "Linee guida per la gestione della sicurezza delle infrastrutture stradali". Secondo queste Linee Guida l'uomo detiene un ruolo centrale nel sistema. L'uomo deve adattare il suo comportamento, in funzione del veicolo condotto e delle condizioni ambientali. Diventa indispensabile integrare le analisi di sicurezza con il fattore uomo. Obiettivo della tesi è analizzare la sicurezza di un’infrastruttura viaria esistente integrando i risultati ottenuti dal Road Safety Review con metodologie innovative che tengano conto del comportamento degli utenti durante la guida. È stata realizzata una sperimentazione in sito che ha coinvolto un campione formato da 6 soggetti. Ognuno di essi ha percorso il tronco stradale, della SP26 "Valle del Lavino", in provincia di Bologna. La strada, richiede interventi di adeguamento e messa in sicurezza poiché risulta la terza tratta stradale a maggior costo sociale di tutta la rete provinciale. La sperimentazione ha previsto due fasi: la prima, in cui è stato condotto il Road Safety Review . La seconda, in cui ogni soggetto ha guidato lungo il tronco stradale, indossando il Mobile Eye-XG, un'innovativa strumentazione eye tracking in grado di tracciare l’occhio umano e i suoi movimenti.

Tradurre per le aziende: localizzazione parziale del sito internet di Remedia nell'ottica della fruibilità dei contenuti web

Die vorliegende Masterarbeit entstand im Rahmen des vom Department Traduzione e Interpretazione (Übersetzen und Dolmetschen) der Universität Bologna in Zusammenarbeit mit der Handelskammer Forlì ins Leben gerufenen Projekts Language Toolkit, das unter anderem die Durchführung von Lokalisierungsarbeiten für Unternehmen der Provinz Forlì-Cesena vorsieht. In meinem Fall ging es dabei um das Unternehmen Remedia, welches mich mit der Lokalisierung von Teilen seiner Website (www.remediaerbe.it) ins Deutsche beauftragte. Insbesondere ging es dabei um die Beschreibungen der Hauptprodukte der Abteilung Kräuterheilmittel, bei denen die Werbefunktion und die Verständlichkeit der Webinhalte eine besondere Rolle spielten. Auf ausdrücklichen Wunsch des Unternehmens sollte jedoch die emotionale und evokative Sprache der Ausgangstexte in der Übersetzung nachempfunden werden. Dies führte allerdings zu einer stilistisch treuen Übersetzung, die als Werbetext nicht effizient genug war, weshalb sie vor allem unter dem Gesichtspunkt der Struktur und der Prägnanz verbessert werden musste. Im ersten Kapitel dieser Masterarbeit werden das Unternehmen Remedia, die Palette seines Angebots an natürlichen Produkten und das Lokalisierungsprojekt vorgestellt. Das zweite Kapitel enthält eine Einführung in die Lokalisierung und thematisiert die Rolle des Übersetzers in dieser Branche. Darüber hinaus wird das Thema der Web Usability im Zusammenhang mit der Anordnung der Inhalte in einer Website behandelt und die Abteilung Kräuterheilmittel der Website von Remedia beschrieben. Im dritten Kapitel gehe ich auf die Besonderheiten von Werbetexten in der Kommunikation zwischen Unternehmen und Kunden unter besonderer Berücksichtigung der die Verständlichkeit von Webtexten beeinflussenden Faktoren wie Layout, Textgestaltung und Prägnanz ein. Das vierte Kapitel enthält die vollständige Übersetzung, die der lokalisierten Website entspricht. Im fünften Kapitel schließlich werden die Phasen des Lokalisierungsverfahrens vorgestellt und die wichtigsten Verbesserungen besprochen, die bei der Überarbeitung der stilistisch treuen Übersetzung vorgenommen wurden.

Tradurre per le aziende: localizzazione del sito web di Tecnopress S.a.s.

La presente tesi magistrale si inserisce nell’ambito del progetto Language Toolkit e nasce in particolare dalla collaborazione tra il presente autore e l’azienda Tecnopress S.a.s. Nell’ottica dell’internazionalizzazione della propria attività l’azienda ha richiesto che il proprio sito web venisse sottoposto ad un processo di localizzazione dall’italiano verso l’inglese. Sulla base di queste premesse si è deciso di dividere il lavoro in tre parti: una fase teorica, una fase preparatoria e una fase pratica. La prima fase si è occupata di gettare le basi teoriche necessarie per affrontare consapevolmente l’incarico assegnato. Alla luce delle conclusioni della fase teorica è stata constatata l’esigenza di modificare la natura dell’intervento che si era preventivato di effettuare sul sito web. Fulcro della localizzazione è infatti il locale, ovvero la combinazione di regione socioculturale e lingua presa a riferimento per un processo di localizzazione web. Nelle richieste avanzate dall’azienda figuravano esclusivamente indicazioni relative alla lingua (l’inglese), non già alla regione socioculturale su cui modellare l’intervento di localizzazione del sito. Si è rivelato pertanto necessario procedere autonomamente alla definizione di un locale per il presente progetto, che è stato fatto coincidere con la macrozona europea e cui è stato associato un modello ibrido di English Lingua Franca e Simplified Technical English. Il focus dell’intervento non è stato dunque una regione geografica circoscritta ma una realtà socioculturale molto più ampia e variegata: l’adozione di un locale così ampio e il rispetto dell’indicazione sulla lingua hanno portato il presente autore a optare per un intervento di standardizzazione web. Chiude il presente lavoro una fase operativa, durante la quale sono state create le risorse necessarie al progetto (si segnala in particolare un corpus su misura) e sono state effettuate la standardizzazione e una serie di considerazioni traduttive.

Tags in the Catalogue: Insights From a Usability Study of LibraryThing for Libraries

Library of Congress Subject Headings (LCSH), the standard subject language used in library catalogues, are often criticized for their lack of currency, biased language, and atypical syndetic structure. Conversely, folksonomies (or tags), which rely on the natural language of their users, offer a flexibility often lacking in controlled vocabularies and may offer a means of augmenting more rigid controlled vocabularies such as LCSH. Content analysis studies have demonstrated the potential for folksonomies to be used as a means of enhancing subject access to materials, and libraries are beginning to integrate tagging systems into their catalogues. This study examines the utility of tags as a means of enhancing subject access to materials in library online public access catalogues (OPACs) through usability testing with the LibraryThing for Libraries catalogue enhancements. Findings indicate that while they cannot replace LCSH, tags do show promise for aiding information seeking in OPACs. In the context of information systems design, the study revealed that while folksonomies have the potential to enhance subject access to materials, that potential is severely limited by the current inability of catalogue interfaces to support tag-based searches alongside standard catalogue searches.

Integrated solar energy and absorption cooling model for HVAC (heating, ventilating, and air conditioning) applications in buildings

The demands in production and associate costs at power generation through non renewable resources are increasing at an alarming rate. Solar energy is one of the renewable resource that has the potential to minimize this increase. Utilization of solar energy have been concentrated mainly on heating application. The use of solar energy in cooling systems in building would benefit greatly achieving the goal of non-renewable energy minimization. The approaches of solar energy heating system research done by initiation such as University of Wisconsin at Madison and building heat flow model research conducted by Oklahoma State University can be used to develop and optimize solar cooling building system. The research uses two approaches to develop a Graphical User Interface (GUI) software for an integrated solar absorption cooling building model, which is capable of simulating and optimizing the absorption cooling system using solar energy as the main energy source to drive the cycle. The software was then put through a number of litmus test to verify its integrity. The litmus test was conducted on various building cooling system data sets of similar applications around the world. The output obtained from the software developed were identical with established experimental results from the data sets used. Software developed by other research are catered for advanced users. The software developed by this research is not only reliable in its code integrity but also through its integrated approach which is catered for new entry users. Hence, this dissertation aims to correctly model a complete building with the absorption cooling system in appropriate climate as a cost effective alternative to conventional vapor compression system.

Semi-Automated Creation of Converged iTV Services: From Macromedia Director Simulations to Services Ready for Broadcast

While sound and video may capture viewers' attention, interaction can captivate them. This has not been available prior to the advent of Digital Television. In fact, what lies at the heart of the Digital Television revolution is this new type of interactive content, offered in the form of interactive Television (iTV) services. On top of that, the new world of converged networks has created a demand for a new type of converged services on a range of mobile terminals (Tablet PCs, PDAs and mobile phones). This paper aims at presenting a new approach to service creation that allows for the semi-automatic translation of simulations and rapid prototypes created in the accessible desktop multimedia authoring package Macromedia Director into services ready for broadcast. This is achieved by a series of tools that de-skill and speed-up the process of creating digital TV user interfaces (UI) and applications for mobile terminals. The benefits of rapid prototyping are essential for the production of these new types of services, and are therefore discussed in the first section of this paper. In the following sections, an overview of the operation of content, service, creation and management sub-systems is presented, which illustrates why these tools compose an important and integral part of a system responsible of creating, delivering and managing converged broadcast and telecommunications services. The next section examines a number of metadata languages candidates for describing the iTV services user interface and the schema language adopted in this project. A detailed description of the operation of the two tools is provided to offer an insight of how they can be used to de-skill and speed-up the process of creating digital TV user interfaces and applications for mobile terminals. Finally, representative broadcast oriented and telecommunication oriented converged service components are also introduced, demonstrating how these tools have been used to generate different types of services.

Integrating structured and unstructured data in a business-intelligence-system

The recent liberalization of the German energy market has forced the energy industry to develop and install new information systems to support agents on the energy trading floors in their analytical tasks. Besides classical approaches of building a data warehouse giving insight into the time series to understand market and pricing mechanisms, it is crucial to provide a variety of external data from the web. Weather information as well as political news or market rumors are relevant to give the appropriate interpretation to the variables of a volatile energy market. Starting from a multidimensional data model and a collection of buy and sell transactions a data warehouse is built that gives analytical support to the agents. Following the idea of web farming we harvest the web, match the external information sources after a filtering and evaluation process to the data warehouse objects, and present this qualified information on a user interface where market values are correlated with those external sources over the time axis.

Evaluation of Binocular Eye Trackers and Algorithms for 3D Gaze Interaction in Virtual Reality Environments

Tracking user’s visual attention is a fundamental aspect in novel human-computer interaction paradigms found in Virtual Reality. For example, multimodal interfaces or dialogue-based communications with virtual and real agents greatly benefit from the analysis of the user’s visual attention as a vital source for deictic references or turn-taking signals. Current approaches to determine visual attention rely primarily on monocular eye trackers. Hence they are restricted to the interpretation of two-dimensional fixations relative to a defined area of projection. The study presented in this article compares precision, accuracy and application performance of two binocular eye tracking devices. Two algorithms are compared which derive depth information as required for visual attention-based 3D interfaces. This information is further applied to an improved VR selection task in which a binocular eye tracker and an adaptive neural network algorithm is used during the disambiguation of partly occluded objects.