PHYLOViZ: phylogenetic inference and data visualization for sequence based typing methods

Background: With the decrease of DNA sequencing costs, sequence-based typing methods are rapidly becoming the gold standard for epidemiological surveillance. These methods provide reproducible and comparable results needed for a global scale bacterial population analysis, while retaining their usefulness for local epidemiological surveys. Online databases that collect the generated allelic profiles and associated epidemiological data are available but this wealth of data remains underused and are frequently poorly annotated since no user-friendly tool exists to analyze and explore it. Results: PHYLOViZ is platform independent Java software that allows the integrated analysis of sequence-based typing methods, including SNP data generated from whole genome sequence approaches, and associated epidemiological data. goeBURST and its Minimum Spanning Tree expansion are used for visualizing the possible evolutionary relationships between isolates. The results can be displayed as an annotated graph overlaying the query results of any other epidemiological data available. Conclusions: PHYLOViZ is a user-friendly software that allows the combined analysis of multiple data sources for microbial epidemiological and population studies. It is freely available at http://www.phyloviz.net.

Influência da actividade do tronco inferior na sequência de activação muscular proximal durante o passo (fase de apoio) - em crianças com quadro motor diplegia

A marcha assegura uma progressão do corpo, compatível com o equilíbrio dinâmico e adaptada a potenciais factores destabilizadores, de um ponto de vista antecipatório, através de sinergias coordenadas entre os MSs, o tronco e os MIs. O tronco inferior tem um papel preponderante na marcha, sobretudo na estabilização necessária durante a fase de apoio. Esta actividade implica mobilidade pélvica e alongamento activo dos abdominais para conseguir a relação comprimento-tensão muscular óptima entre quadricípite e isquiotibiais, permitindo uma correcta sequência, timing e amplitude de activação. Nas crianças com alterações neuromotoras existem alterações no controlo do movimento e na estrutura do próprio movimento, alterando todo este processo. Como tal, este estudo tem como principal objectivo determinar a influência da actividade do tronco inferior na activação muscular proximal durante a fase de apoio da marcha, em crianças com quadro motor de diplegia, caracterizada por uma dificuldade na relação entre os membros e entre estes e o tronco. Para responder a este objectivo realizou-se um estudo de série de casos, com 2 crianças com quadro motor de diplegia. Efectuou-se EMG dos músculos abdominais, quadricípite e isquiotibiais e análise de imagem (para amplitude da CF) durante a marcha, em ambos os membros e em dois momentos de avaliação, separados por 2 meses, nos quais se realizou um protocolo de intervenção terapêutica adequado a cada caso. Os resultados indicam que a variação de amplitude da CF desde a fase de ataque ao solo à fase média de apoio é aproximadamente igual em M0e M1; concretamente, a amplitude inicial é inferior à de referência (pouca flexão) (melhor em M0) e a amplitude final é superior à de referência (pouca extensão) (melhor em M1). Estes resultados são idênticos em ambos os casos. Na EMG verificou-se uma actividade mais global e sincronizada de todos os músculos, mantendo-se aproximadamente a mesma percentagem de activação em M1, sobretudo no caso 1. No caso 2 verificou-se uma maior eficiência na variação da percentagem de activação dos abdominais, em M1, e dos isquiotibiais, à direita. Em conclusão, pode dizer-se que, em crianças com alterações neuromotoras (quadro motor de diplegia), uma actividade mais eficiente e sincronizada no tempo do tronco inferior, nomeadamente dos abdominais, contribui para uma maior capacidade de extensão da CF, durante a fase de apoio.

Dispositional optimism is unidimensional or bidimensional? The Portuguese Revised Life Orientation Test

The aim of the study is to adapt and then discuss the appropriateness of the Life Orientation Test as a one or two dimension scale. The research includes two studies; one is composed of a sequential sample of 280 people with multiple sclerosis, 71% female, and another includes a convenience sample of 615 individuals from the community, 51.1% female. Because the construct is built upon a theoretical assumption that has one dimension, we examine the hypothesis of one or two factor solutions through confirmatory factor analysis, and the two-dimension solution premise demonstrates better adjustment for both samples. The other psychometric properties explored show appropriate results for the Portuguese sample, and similar to the original ones; the Test therefore seems appropriate for use in cross cultural studies. Based on our results, we discuss whether the questionnaire is a one or two dimension instrument, concluding that it appears appropriate to accept the recommendations of the original authors to use it as a one-dimensional tool and, when necessary, to use both dimensions. - RESUMO: El objetivo del estudio es adaptar y discutir la adecuación de la prueba de Orientación de la Vida en una o dos escalas de dimensión. La investigación engloba dos estudios, uno constituido por una muestra secuencial de 280 personas con esclerosis múltiple, 71% mujeres y otro con una muestra de conveniencia de la comunidad de 615 individuos, 51,1% del sexo femenino. Como el constructo se asienta sobre la presunción teórica de que tiene una dimensión, inspeccionamos la hipótesis de una o dos soluciones de factor a través del análisis factorial confirmatorio y la hipótesis de dos dimensiones manifiesta un mejor ajuste para ambas muestras. Las otras propiedades psicométricas exploradas muestran los resultados apropiados para la muestra portuguesa, y semejantes a los originales. Parece apropiado para los estudios culturales transversales. Basándonos en nuestros resultados, discutimos si el cuestionario es un instrumento de una o dos dimensiones, concluyéndose que parece conveniente seguir las recomendaciones de los autores originales, para utilizarlo como un instrumento unidimensional y, si fuera necesario necesario, utilizar cada una de las dimensiones.

Identificação de compostos que modulam a patogénese da doença de Machado-Joseph em C.elegans: autofagia como alvo terapêutico: identification of small compounds that modulate pathogenesis of Machado-Joseph disease in a C.elegans model: targeting autophagy

A doença de Machado-Joseph (DMJ) ou ataxia espinocerebelosa do tipo 3 (SCA3), conhecida por ser a mais comum das ataxias hereditárias dominantes em todo o mundo, é uma doença neurodegenerativa autossómica dominante que leva a uma grande incapacidade motora, embora sem alterar o intelecto, culminando com a morte do doente. Atualmente não existe nenhum tratamento eficaz para esta doença. A DMJ é resultado de uma alteração genética causada pela expansão de uma sequência poliglutamínica (poliQ), na região C-terminal do gene que codifica a proteína ataxina-3 (ATXN3). Os mecanismos celulares das doenças de poliglutaminas que provocam toxicidade, bem como a função da ATXN3, não são ainda totalmente conhecidos. Neste trabalho, usamos, pela sua simplicidade e potencial genético, um pequeno animal invertebrado, o nemátode C. elegans, com o objetivo de identificar fármacos eficazes para o combate contra a patogénese da DMJ, analisando simultaneamente o seu efeito na agregação da ATXN3 mutante nas células neuronais in vivo e o seu impacto no comportamento motor dos animais. Este pequeno invertebrado proporciona grandes vantagens no estudo dos efeitos tóxicos de proteínas poliQ nos neurónios, uma vez que a transparência das suas 959 células (das quais 302 são neurónios) facilita a deteção de proteínas fluorescentes in vivo. Para além disso, esta espécie tem um ciclo de vida curto, é económica e de fácil manutenção. Neste trabalho testámos no nosso modelo transgénico da DMJ com 130Qs em C.elegans dois compostos potencialmente moduladores da agregação da ATXN3 mutante e da resultante disfunção neurológica, atuando pela via da autofagia. De modo a validar a possível importância terapêutica da ativação da autofagia os compostos candidatos escolhidos foram o Litío e o análogo da Rapamicina CCI-779, testados independentemente e em combinação. A neuroproteção conferida pelo Litío e pelo CCI-779 independentemente sugere que o uso destes fármacos possa ser considerado uma boa estratégia como terapia para a DMJ, a testar em organismos evolutivamente mais próximos do humano. A manipulação da autofagia, segundo vários autores, parece ser benéfica e pode ser a chave para o desenvolvimento de novos tratamentos para várias doenças relacionadas com a agregação proteica e o envelhecimento.

Performance of an immunochromatography test for vivax malaria in the Amazon region, Brazil

The study was carried out to evaluate the diagnostic performance of the ICT malaria Pf/PvTM test for vivax malaria diagnosis in Belém, Amazon region, Brazil. The results of blood malaria parasites examination using an immunochromatography test were compared with thick blood film (TBF) examination. It was also evaluated the performance of this test storaged at three different temperatures (25°C, 30°C, and 37°C) for 24 hours before use. Overall sensitivity of ICT Pf/PvTM was 61.8% with a specificity of 100%, positive and negative predictive value of 100% and 71.8%, respectively and accuracy of 80.6%. The test sensitivity was independent of the parasite density. This test needs to be further reviewed in order to have better performance for P. vivax malaria diagnosis.

Design of a new test chamber for evaluation of the toxicity of rubber infill

A test chamber was projected and built (according to ISO 16000-9 Standard) to simulate atmospheric conditions experienced by rubber infill (when applied in synthetic turf pitches) and measure accurately the airborne emissions of pollutants such as dusts and volatile organic compounds (VOC), as well as pollutants present in leachates. It should be pointed out that standard ISO 16000-9 is only concerned with the determination of the emission of VOC from building products and furnishing (not specific of synthetic turf materials), whereas other standards are concerned with the emission of leachates only. This procedure is to be considered as a technical option to the lysimeter "global turf system evaluation" when the rubber infill alone is to be evaluated. The advantage of the proposed option considering this "test chamber" is its simplicity and economy. This test chamber is actually installed and being used for tests in LAIST.

Direct multisearch for multiobjective optimization

In practical applications of optimization it is common to have several conflicting objective functions to optimize. Frequently, these functions are subject to noise or can be of black-box type, preventing the use of derivative-based techniques. We propose a novel multiobjective derivative-free methodology, calling it direct multisearch (DMS), which does not aggregate any of the objective functions. Our framework is inspired by the search/poll paradigm of direct-search methods of directional type and uses the concept of Pareto dominance to maintain a list of nondominated points (from which the new iterates or poll centers are chosen). The aim of our method is to generate as many points in the Pareto front as possible from the polling procedure itself, while keeping the whole framework general enough to accommodate other disseminating strategies, in particular, when using the (here also) optional search step. DMS generalizes to multiobjective optimization (MOO) all direct-search methods of directional type. We prove under the common assumptions used in direct search for single objective optimization that at least one limit point of the sequence of iterates generated by DMS lies in (a stationary form of) the Pareto front. However, extensive computational experience has shown that our methodology has an impressive capability of generating the whole Pareto front, even without using a search step. Two by-products of this paper are (i) the development of a collection of test problems for MOO and (ii) the extension of performance and data profiles to MOO, allowing a comparison of several solvers on a large set of test problems, in terms of their efficiency and robustness to determine Pareto fronts.

Soleus activity in post-stroke subjects: movement sequence from standing to sitting

O documento em anexo encontra-se na versão post-print (versão corrigida pelo editor).

Electric vehicles in urban areas: test cases using a scenario simulator

Electric vehicles introduction will affect cities environment and urban mobility policies. Network system operators will have to consider the electric vehicles in planning and operation activities due to electric vehicles’ dependency on the electricity grid. The present paper presents test cases using an Electric Vehicle Scenario Simulator (EVeSSi) being developed by the authors. The test cases include two scenarios considering a 33 bus network with up to 2000 electric vehicles in the urban area. The scenarios consider a penetration of 10% of electric vehicles (200 of 2000), 30% (600) and 100% (2000). The first scenario will evaluate network impacts and the second scenario will evaluate CO2 emissions and fuel consumption.

Predicted VO2 on 6 minutes walk test for FAP liver transplanted patients

Physical function is limited post-liver transplantation and exercise training can improve exercise capacity following transplantation but previously assessment of functional capacity is necessary. The 6 minute walk test (6MWT) is routinely used for studying patient’s exercise capacity and is less expensive and time consuming than a Cardiopulmonary Exercise Test (CPXT). There have been some studies looking at the relationship between 6MWT and peak VO2 in patients but few presented an adequate equation for predicted peak VO2 from 6MWT to transplanted patients and none for Familial Amyloidotic Polyneuropathy (FAP) liver transplanted patients (FAPTx). The aim of this study was to compare the validity of 6 equations as predictors of VO2 from the 6MWT and compare it with directly measured VO2 in patients FAPTx.

Lesões da substância branca por ressonância magnética: uma avaliação entre as ponderações DWI e T2 FLAIR

RESUMO: Objetivos – Determinar a sensibilidade e especificidade das ponderações Difusão (DWI) e T2 Fluid-Attenuated Inversion Recovery (FLAIR) na avaliação de lesões da substância branca (SB) e verificar em que medida se complementam, por forma a criar um conjunto de boas práticas na RM cranioencefálica de rotina. Metodologia – Recorrendo-se a uma metodologia quantitativa, efetuou-se uma análise retrospetiva da qual foram selecionados 30 pacientes, 10 sem patologia e 20 com patologia (2 com EM, 7 com Leucoencefalopatia, 6 com doença microangiopática e 5 com patologia da substância branca indefinida). Obteve-se uma amostra de 60 imagens, nomeadamente: 30 imagens ponderadas em DWI e 30 em T2 FLAIR. Recorrendo ao programa Viewdex®, três observadores avaliaram um conjunto de imagens segundo sete critérios: visibilidade, deteção, homogeneidade, localização, margens e dimensões da lesão e capacidade de diagnóstico. Com os resultados obtidos recorreu-se ao cálculo de sensibilidade e especificidade pelas Curvas ROC, bem como à análise estatística, nomeadamente, Teste-T, Índice de Concordância Kappa e coeficiente de correlação de Pearson entre as variáveis em estudo. Resultados – Os resultados de sensibilidade e de especificidade obtidos para a ponderação T2 FLAIR foram superiores (0,915 e 0,038, respetivamente) aos da ponderação DWI (0,08 e 0,100, respetivamente). Não se verificaram variâncias populacionais significativas. Obteve-se uma elevada correlação linear entre as variáveis com um valor r situado entre 0,8 e 0,99. Verificou-se também uma variabilidade considerável entre os observadores. Conclusões – Dados os baixos valores de sensibilidade e especificidade obtidos para a DWI, sugere-se que esta deva ser incluída no protocolo de rotina de crânio como auxiliar no diagnóstico diferencial com outras patologias.

The darmstadt challenge (the turing test revisited)

Significant work has been done in the areas of Pervcomp/Ubicomp Smart Environments with advances on making proactive systems, but those advances have not made these type of systems accurately proactive. On the other hand a great deal is needed to make systems more sensible/sensitive and trustable (both in terms of reliability and privacy). We put forward the thesis that a more integral and social-aware sort of intelligence is needed to effectively interact, decide and act on behalf of people’s interest and that a way to test how effective systems are achieving these desirable behaviour is needed as a consequence. We support our thesis by providing examples on how to measure effectiveness in variety of different environments.

An application of structural equation modeling of test dispositional optimism as mediator or moderator in quality of life in patients with chronic disease

The aim of the present study was to test a hypothetical model to examine if dispositional optimism exerts a moderating or a mediating effect between personality traits and quality of life, in Portuguese patients with chronic diseases. A sample of 540 patients was recruited from central hospitals in various districts of Portugal. All patients completed self-reported questionnaires assessing socio-demographic and clinical variables, personality, dispositional optimism, and quality of life. Structural equation modeling (SEM) was used to analyze the moderating and mediating effects. Results suggest that dispositional optimism exerts a mediator rather than a moderator role between personality traits and quality of life, suggesting that “the expectation that good things will happen” contributes to a better general well-being and better mental functioning.

A hybrid MLS technique for room impulse response estimation

The measurement of room impulse response (RIR) when there are high background noise levels frequently means one must deal with very low signal-to-noise ratios (SNR). if such is the case, the measurement might yield unreliable results, even when synchronous averaging techniques are used. Furthermore, if there are non-linearities in the apparatus or system time variances, the final SNR can be severely degraded. The test signals used in RIR measurement are often disturbed by non-stationary ambient noise components. A novel approach based on the energy analysis of ambient noise - both in the time and in frequency - was considered. A modified maximum length sequence (MLS) measurement technique. referred to herein as the hybrid MLS technique, was developed for use in room acoustics. The technique consists of reducing the noise energy of the captured sequences before applying the averaging technique in order to improve the overall SNRs and frequency response accuracy. Experiments were conducted under real conditions with different types of underlying ambient noises. Results are shown and discussed. Advantages and disadvantages of the hybrid MLS technique over standard MLS technique are evaluated and discussed. Our findings show that the new technique leads to a significant increase in the overall SNR. (C) 2008 Elsevier Ltd. All rights reserved.

The complete sequence of a 9000 bp fragment of the right arm of Saccharomyces cerevisiae chromosome VII contains four previously unknown open reading frames

We report the sequence of a 9000 bp fragment from the right arm of Saccharomyces cerevisiae chromosome VII. Analysis of the sequence revealed four complete previously unknown open reading frames, which were named G7587, G7589, G7591 and G7594 following standard rules for provisional nomenclature. Outstanding features of some of these proteins were the homology of the putative protein coded by G7589 with proteins involved in transcription regulation and the transmembrane domains predicted in the putative protein coded by G7591.