Bioinformática: identificar genes en una interfaz gráfica vía web para la comparación de genomas

Este trabajo desarrolla el proceso de diseño e implementación de una interfaz web que permite la exploración en detalle de las relaciones entre genomas completos. La interfaz permite la comparación simultánea de nueve genomas, representando en cada gráfica las relaciones entre cada par de genomas junto los genes identificados de cada uno de ellos. Es capaz de trabajar con genomas del dominio Eukaryota y se adapta a la capacidad de cómputo de la máquina cliente. La información representada son MUMs (Maximal Unique Matching, secuencia máxima y única encontrada en ambos genomas) y SuperMUMs (agrupación de MUMs mediante Approximate String Matching). Los datos son previamente calculados y accesibles desde un servidor web.

MR MAQ: algorisme de Read Mapping utilitzant la plataforma Hadoop

L’èxit del Projecte Genoma Humà (PGH) l’any 2000 va fer de la “medicina personalitzada” una realitat més propera. Els descobriments del PGH han simplificat les tècniques de seqüenciació de tal manera que actualment qualsevol persona pot aconseguir la seva seqüència d’ADN complerta. La tecnologia de Read Mapping destaca en aquest tipus de tècniques i es caracteritza per manegar una gran quantitat de dades. Hadoop, el framework d’Apache per aplicacions intensives de dades sota el paradigma Map Reduce, resulta un aliat perfecte per aquest tipus de tecnologia i ha sigut l’opció escollida per a realitzar aquest projecte. Durant tot el treball es realitza l’estudi, l’anàlisi i les experimentacions necessàries per aconseguir un Algorisme Genètic innovador que utilitzi tot el potencial de Hadoop.

Impacte del tractament quimioteràpic en terceres línies i posteriors en el mesotelioma pleural maligne

La baixa incidència del mesotelioma maligne dificulta la realització d’estudis clínics que aportin coneixement de la millor seqüència de tractaments a administrar. No existeix consens més enllà de la primera línea de quimioteràpia basada en la combinació de cisplatí i pemetrexed. S’ha recollit una mostra de pacients diagnosticats a l’Hospital Germans Trias i Pujol entre els anys 2003 i 2010. S’han avaluat les característiques dels pacients així com la seva supervivència. S’ha realitzat un subanàlisi en el subgrups de malalts que han rebut tres o més línies de tractament quimioteràpic.

Disseny i desenvolupament d’una aplicació web basada en software lliure per a la gestió d’incidències de les Vies Verdes de Girona

El present document és la memòria descriptiva dels treballs realitzats per la Laura Vergoñós Pascual durant el projecte final del Màster en Tecnologies de la Informació Geogràfica, 12a edició, durant el transcurs del conveni de col·labració entre el Departament de Geografia i el SIGTE (Servei d’Informació Geogràfica i Teledetecció). S’hi exposen la seqüència de tasques realitzades durant el desenvolupament d’una aplicació web basada en software lliure per a la gestió d’incidències de les Vies Verdes de Girona. Processos: construcció de la base de dades, disseny i anàlisi de requeriments de l’aplicació, solució de programació, resultats

Desenvolupament del sistema d’informació geogràfica corporatiu SIG_L

El present document és la memòria descriptiva dels treballs realitzats per Xavier Serra i Sellarès durant el projecte final del Màster en Tecnologies de la Informació Geogràfica, 12a edició, durant el transcurs del conveni de col·laboració entre el Departament de Geografia i Zona Litoral (i la seva marca, Litoral Consult S.L.). S’hi exposen la seqüència de tasques realitzades durant el desenvolupament d’un Sistema d’Informació Geogràfica (SIG) corporatiu que doni resposta als requeriments de l’empresa col·laboradora en el marc de la gestió del litoral català. Processos: construcció de la base de dades, descripció i refinament de la informació, càrrega i resultats

Paper de la quinasa IKKalpha al càncer colorectal

Prèviament havíem identificat la presència d’una forma de l’IKKα de 45kD que s’expressa específicament en el nucli de les cèl.lules de cancer colorectal. A més havíem demostrat que aquesta forma estava fosforilada la qual cosa suggereix que es tracta d’una forma activa d’IKKa. Un dels objectius que ens varem plantejar va ser determinar el mecanisme per el qual es generava aquesta forma de la quinasa. Mitjançant eines bioinformàtiques hem identificat possibles llocs de processament proteolític en la seqüència d’IKKα que podrien ser responsables de generar el fragment de 45kD present en les cèl.lules tumorals. Després, hem demostrat que les proteases identificades in silico són capaces de processar IKKa in vitro, específicament en els llocs predits. S’ha pogut constatar, mitjançant la mutació dels possibles llocs de processament, que només un dels llocs identificats bioinformàticament corresponent a Cathepsin B/L era funcional in vitro, mentre que els altres llocs predits no ho eren. D’igual manera, l’expressió ectòpica de la Cathepsin B o L és capaç de produïr el processament d’IKKα. Pel contrari, la inhibició de l’activitat de la proteasa mitjançant inhibidors específics és capaç de bloquejar el processament d’IKKa en cèl.lules tumorals. Finalment, hem demostrat que els nivells de la Cathepsin B i L, proteases identificades com a responsables de processar IKKa es troben sobre-expressades en la majoria de les mostres humanes de càncer de colon analitzades comparat amb el teixit normal adjacent del mateixos pacients.

Optimización de la secuencia de difusión en RM 3T con modelo multifactorial IVIM en el estudio de la próstata.

La utilització de la seqüència de difusió en RM 3T amb un model multifactorial IVIM (Intravoxel Incoherent Motion) ofereix la possibilitat d'estudiar per separat la caiguda del senyal deguda a la difusió pròpiament dita, de la deguda als nuclis d'H de l'aigua lliure que es mouen en la xarxa de microcapil•lars del volum estudiat. Mostrem la nostra experiència en la implementació del model IVIM en l'estudi de la pròstata, demostrant que pot resultar útil en la comparació del teixit prostàtic respecte al teixit patològic amb diferències inicials estadísticament significatives, sent superior al càlcul de l'ADC.

Filtrat de Pàgines Web

Aquesta memòria sintetitza el treball de desenvolupament d¿una aplicació per realitzar el filtrat de pàgines web.Els objectius principals del projecte han estat d¿una banda obtenir una aplicació que permeti realitzar el filtrat i de l¿altra aprofitar el projecte per construir un model complet de desenvolupament de programari per a industrialitzar futurs projectes. En quant a la metodologia, s¿ha emprat el cicle de vida RUP de forma incremental en les tres parts de l¿aplicació, (proxy, filtres i log). En la seqüència de quatre fases s¿executen iterativament una sèrie de processos. Pel que fa al producte obtingut, es tracta d¿un servidor proxy, que realitza la funció de filtrat de pàgines web, mitjançant dues utilitats, ¿llista negra¿ d¿adreces i ¿llista negra¿ de continguts, ames de disposar d¿un registre d¿activitat log.

Diseño de una herramienta para la visualización de moleculas

L'objectiu d'aquest TFC consisteix a desenvolupar i implementar l'eina de visualització molecular opengl: HVM. Aquesta aplicació, que permet la visualització i la inspecció de molècules, és de gran utilitat en àrees com la química, la farmàcia, la docència, etc., i admet definicions de molècules mitjançant un fitxer d'entrada (una variació simplificada del format XMOL XYZ), construint-ne el model, cosa que afavoreix que s'hi pugui navegar, com també la selecció i la identificació dels seus elements i el càlcul de distàncies i angles de torsió entre ells. A més, permet la definició d'un eix sobre el qual es pot generar una rotació del model i gravar una seqüència de sortida.

Sistema gestor d'empresa d'excavacions

El següent document recull la documentació tècnica generada durant el desenvolupament del Sistema gestor d'empresa d'excavacions amb tecnologia J2EE i el conjunt de decisions que s'han pres per a portar-lo a terme en el termini previst.Aquest, es divideix principalment en 9 capítols:El primer, en el que es defineixen les característiques principals per a la gestió del projecte.En el segon recull els requeriments, l'anàlisi i el disseny del mateix projecte,acompanyats dels respectius diagrames de casos d'ús i de seqüència.En el tercer es descriu el model de dades utilitzat.El quart està format pel model físic del sistema on es defineix la arquitectura, lescaracterístiques tècniques principals del sistema i de la seva implementació, i les decisions adoptades durant el desenvolupament.El cinquè és un recull dels canvis realitzats sobre el disseny original.El sisè està dedicat a les proves de testeig realitzades un cop finalitzat el desenvolupament.El setè, és un manual d'instal·lació, on es descriuen les especificacions necessàries i els passos a seguir per a poder-lo desplegar.En el vuitè es fa una breu valoració econòmica de l'aplicació conjuntament amb un estudi d'oportunitat.I el novè, on es descriuen les conclusions sobre la realització d'aquest treball de final de carrera.

The INSIG2 rs7566605 polymorphism is not associated with body mass index and breast cancer risk

Background The single nucleotide polymorphism rs7566605, located in the promoter of the INSIG2 gene, has been the subject of a strong scientific effort aimed to elucidate its possible association with body mass index (BMI). The first report showing that rs7566605 could be associated with body fatness was a genome-wide association study (GWAS) which used BMI as the primary phenotype. Many follow-up studies sought to validate the association of rs7566605 with various markers of obesity, with several publications reporting inconsistent findings. BMI is considered to be one of the measures of choice to evaluate body fatness and there is evidence that body fatness is related with an increased risk of breast cancer (BC). Methods we tested in a large-scale association study (3,973 women, including 1,269 invasive BC cases and 2,194 controls), nested within the EPIC cohort, the involvement of rs7566605 as predictor of BMI and BC risk. Results and Conclusions In this study we were not able to find any statistically significant association between this SNP and BMI, nor did we find any significant association between the SNP and an increased risk of breast cancer overall and by subgroups of age, or menopausal status.

Comprehensive analysis of RET common and rare variant patientsin a series of Spanish Hirschsprung patients confirms a synergistic effect of both kinds of events

Background. RET is the major gene associated to Hirschsprung disease (HSCR) with differential contributions of its rare and common, coding and noncoding mutations to the multifactorial nature of this pathology. In the present study, we have performed a comprehensive study of our HSCR series evaluating the involvement of both RET rare variants (RVs) and common variants (CVs) in the context of the disease. Methods. RET mutational screening was performed by dHPLC and direct sequencing for the identification of RVs. In addition Taqman technology was applied for the genotyping of 3 RET CVs previously associated to HSCR, including a variant lying in an enhancer domain within RET intron 1 (rs2435357). Statistical analyses were performed using the SPSS v.17.0 to analyze the distribution of the variants. Results. Our results confirm the strongest association to HSCR for the "enhancer" variant, and demonstrate a significantly higher impact of it in male versus female patients. Integration of the RET RVs and CVs analysis showed that in 91.66% of cases with both kinds of mutational events, the enhancer allele is in trans with the allele bearing the RET RV. Conclusions. A gender effect exists on both the transmission and distribution of rare coding and common HSCR causing mutations. In addition, these RET CVs and RVs seem to act in a synergistic way leading to HSCR phenotype.

Association analysis of urotensin II gene (UTS2) and flanking regions with biochemical parameters related to insulin resistance.

Background. Urotensin II (UII) is a potent vasoconstrictor peptide, which signals through a G-protein coupled receptor (GPCR) known as GPR14 or urotensin receptor (UTR). UII exerts a broad spectrum of actions in several systems such as vascular cell, heart muscle or pancreas, where it inhibits insulin release. Objective. Given the reported role of UII in insulin secretion, we have performed a genetic association analysis of the UTS2 gene and flanking regions with biochemical parameters related to insulin resistance (fasting glucose, glucose 2 hours after a glucose overload, fasting insulin and insulin resistance estimated as HOMA). Results and Conclusions. We have identified several polymorphisms associated with the analysed clinical traits, not only at the UTS2 gene, but also in thePER3 gene, located upstream from UTS2. Our results are compatible with a role for UII in glucose homeostasis and diabetes although we cannot rule out the possibility that PER3 gene may underlie the reported associations.

TRAIL/TRAIL Receptor System and Susceptibility to Multiple Sclerosis

The TNF-related apoptosis inducing ligand (TRAIL)/TRAIL receptor system participates in crucial steps in immune cell activation or differentiation. It is able to inhibit proliferation and activation of T cells and to induce apoptosis of neurons and oligodendrocytes, and seems to be implicated in autoimmune diseases. Thus, TRAIL and TRAIL receptor genes are potential candidates for involvement in susceptibility to multiple sclerosis (MS). To test whether single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in the human genes encoding TRAIL, TRAILR-1, TRAILR-2, TRAILR-3 and TRAILR-4 are associated with MS susceptibility, we performed a candidate gene case-control study in the Spanish population. 59 SNPs in the TRAIL and TRAIL receptor genes were analysed in 628 MS patients and 660 controls, and validated in an additional cohort of 295 MS patients and 233 controls. Despite none of the SNPs withstood the highly conservative Bonferroni correction, three SNPs showing uncorrected p values<0.05 were successfully replicated: rs4894559 in TRAIL gene, p = 9.8×10(-4), OR = 1.34; rs4872077, in TRAILR-1 gene, p = 0.005, OR = 1.72; and rs1001793 in TRAILR-2 gene, p = 0.012, OR = 0.84. The combination of the alleles G/T/A in these SNPs appears to be associated with a reduced risk of developing MS (p = 2.12×10(-5), OR = 0.59). These results suggest that genes of the TRAIL/TRAIL receptor system exerts a genetic influence on MS.

ELOVL6 Genetic Variation Is Related to Insulin Sensitivity: A New Candidate Gene in Energy Metabolism

BACKGROUND: The elongase of long chain fatty acids family 6 (ELOVL6) is an enzyme that specifically catalyzes the elongation of saturated and monounsaturated fatty acids with 12, 14 and 16 carbons. ELOVL6 is expressed in lipogenic tissues and it is regulated by sterol regulatory element binding protein 1 (SREBP-1). OBJECTIVE: We investigated whether ELOVL6 genetic variation is associated with insulin sensitivity in a population from southern Spain. DESIGN: We undertook a prospective, population-based study collecting phenotypic, metabolic, nutritional and genetic information. Measurements were made of weight and height and the body mass index (BMI) was calculated. Insulin resistance was measured by homeostasis model assessment. The type of dietary fat was assessed from samples of cooking oil taken from the participants' kitchens and analyzed by gas chromatography. Five SNPs of the ELOVL6 gene were analyzed by SNPlex. RESULTS: Carriers of the minor alleles of the SNPs rs9997926 and rs6824447 had a lower risk of having high HOMA_IR, whereas carriers of the minor allele rs17041272 had a higher risk of being insulin resistant. An interaction was detected between the rs6824447 polymorphism and the intake of oil in relation with insulin resistance, such that carriers of this minor allele who consumed sunflower oil had lower HOMA_IR than those who did not have this allele (P = 0.001). CONCLUSIONS: Genetic variations in the ELOVL6 gene were associated with insulin sensitivity in this population-based study.