Classification of Myopathies on Molecular basis in Drosophila using Raman spectroscopy

Myopathies are muscular diseases in which muscle fibers degenerate due to many factors such as nutrient deficiency, infection and mutations in myofibrillar etc. The objective of this study is to identify the bio-markers to distinguish various muscle mutants in Drosophila (fruit fly) using Raman Spectroscopy. Principal Components based Linear Discriminant Analysis (PC-LDA) classification model yielding >95% accuracy was developed to classify such different mutants representing various myopathies according to their physiopathology.

Phenotypic characters of rice landraces reveal independent lineages of short-grain aromatic indica rice

Rice landraces are lineages developed by farmers through artificial selection during the long-term domestication process. Despite huge potential for crop improvement, they are largely understudied in India. Here, we analyse a suite of phenotypic characters from large numbers of Indian landraces comprised of both aromatic and non-aromatic varieties. Our primary aim was to investigate the major determinants of diversity, the strength of segregation among aromatic and non-aromatic landraces as well as that within aromatic landraces. Using principal component analysis, we found that grain length, width and weight, panicle weight and leaf length have the most substantial contribution. Discriminant analysis can effectively distinguish the majority of aromatic from non-aromatic landraces. More interestingly, within aromatic landraces long-grain traditional Basmati and short-grain non-Basmati aromatics remain morphologically well differentiated. The present research emphasizes the general patterns of phenotypic diversity and finds out the most important characters. It also confirms the existence of very unique short-grain aromatic landraces, perhaps carrying signatures of independent origin of an additional aroma quantitative trait locus in the indica group, unlike introgression of specific alleles of the BADH2 gene from the japonica group as in Basmati. We presume that this parallel origin and evolution of aroma in short-grain indica landraces are linked to the long history of rice domestication that involved inheritance of several traits from Oryza nivara, in addition to O. rufipogon. We conclude with a note that the insights from the phenotypic analysis essentially comprise the first part, which will likely be validated with subsequent molecular analysis.

Development of the 2003 CU-HTK conversational telephone speech transcription system

This paper describes the development of the 2003 CU-HTK large vocabulary speech recognition system for Conversational Telephone Speech (CTS). The system was designed based on a multi-pass, multi-branch structure where the output of all branches is combined using system combination. A number of advanced modelling techniques such as Speaker Adaptive Training, Heteroscedastic Linear Discriminant Analysis, Minimum Phone Error estimation and specially constructed Single Pronunciation dictionaries were employed. The effectiveness of each of these techniques and their potential contribution to the result of system combination was evaluated in the framework of a state-of-the-art LVCSR system with sophisticated adaptation. The final 2003 CU-HTK CTS system constructed from some of these models is described and its performance on the DARPA/NIST 2003 Rich Transcription (RT-03) evaluation test set is discussed.

Automatic transcription of conversational telephone speech

This paper discusses the Cambridge University HTK (CU-HTK) system for the automatic transcription of conversational telephone speech. A detailed discussion of the most important techniques in front-end processing, acoustic modeling and model training, language and pronunciation modeling are presented. These include the use of conversation side based cepstral normalization, vocal tract length normalization, heteroscedastic linear discriminant analysis for feature projection, minimum phone error training and speaker adaptive training, lattice-based model adaptation, confusion network based decoding and confidence score estimation, pronunciation selection, language model interpolation, and class based language models. The transcription system developed for participation in the 2002 NIST Rich Transcription evaluations of English conversational telephone speech data is presented in detail. In this evaluation the CU-HTK system gave an overall word error rate of 23.9%, which was the best performance by a statistically significant margin. Further details on the derivation of faster systems with moderate performance degradation are discussed in the context of the 2002 CU-HTK 10 × RT conversational speech transcription system. © 2005 IEEE.

Evaluación perceptivo auditiva de voces degradas y su correlación con medidas acústicas

Resumen: El objetivo es determinar utilizando las mediciones acústicas, qué información es más relevante para el oyente al momento de categorizar el grado general de disfonía. Se eligieron 8 (4 voces femeninas y 4 voces masculinas. Cada emisión fue evaluada auditivo perceptualmente a través del item G de la escala GRBAS por 10 oyentes experimentados y acústicamente mediante medidas de aperiodicidad, ruido y caos. El estudio estadístico de análisis discriminante señala la importancia de GNE, Jit y Jitter_cc y Lyapunov como parámetros predictores del grado general de disfonía. La aplicación del método k-means evidencia que existen rasgos en los parámetros acústicos empleados que permiten agrupar objetivamente las voces estudiadas con 100% de precisión para la clase 0, 96% a la clase 2 y 79% a la clase 3. Un mayor número y variabilidad de casos se necesita a fin de verificar los resultados preliminares.

Patrones de innovación en las empresas hosteleras: el caso español

[ES] El objetivo de este trabajo es contribuir a la mejora del conocimiento existente sobre los patrones de innovación en las empresas hosteleras. Para ello, se ha utilizado una muestra representativa de 443 empresas hosteleras españolas pertenecientes al CNAE-55, que forman parte de la Tercera Encuesta de Innovación Tecnológica elaborada por la Comisión Europea (CIS-3) la cual se basa en una versión revisada del Manual de Oslo.

Biologically-inspired data decorrelation for hyper-spectral imaging

Hyper-spectral data allows the construction of more robust statistical models to sample the material properties than the standard tri-chromatic color representation. However, because of the large dimensionality and complexity of the hyper-spectral data, the extraction of robust features (image descriptors) is not a trivial issue. Thus, to facilitate efficient feature extraction, decorrelation techniques are commonly applied to reduce the dimensionality of the hyper-spectral data with the aim of generating compact and highly discriminative image descriptors. Current methodologies for data decorrelation such as principal component analysis (PCA), linear discriminant analysis (LDA), wavelet decomposition (WD), or band selection methods require complex and subjective training procedures and in addition the compressed spectral information is not directly related to the physical (spectral) characteristics associated with the analyzed materials. The major objective of this article is to introduce and evaluate a new data decorrelation methodology using an approach that closely emulates the human vision. The proposed data decorrelation scheme has been employed to optimally minimize the amount of redundant information contained in the highly correlated hyper-spectral bands and has been comprehensively evaluated in the context of non-ferrous material classification

O uso do boto-cinza (Sotalia guianensis) como sentinela da poluição continental por compostos organoclorados (DDT, PCB, HCH, HCB e Mirex) em baías costeiras do Estado do Rio de Janeiro

Concentrações de compostos organoclorados (DDTs, PCBs, HCHs, Mirex e HCB) foram determinadas em camadas externas e internas do tecido adiposo subcutâneo de 17 botos-cinza (Sotalia guianensis) da região Sudeste do Brasil. Não houve diferenças estatísticas significativas entre os estratos, relativo aos 37 compostos determinados, assim como ΣDDT, ΣPCB, ΣHCH, e as razões p,p-DDE/ΣDDT e ΣDDT/ΣPCB. Entretanto, foram observadas diferenças significativas nas concentrações de alguns compostos organoclorados de animais encalhados ou capturados acidentalmente quando comparados com animais biopsiados remotamente, sendo assim as comparações entre esses dois conjuntos de dados, devem ser vistas com cuidado. No presente estudo, as concentrações dos compostos organoclorados foram determinadas em biópsias de botos-cinza obtidas de 2007 a 2009, nas baías de Sepetiba (n=13) e Ilha Grande (n=11), Sudeste do Brasil. As concentrações (ng/g de lipídio) variaram de discriminante, os dados dos machos capturados acidentalmente gerados no presente estudo foram analisados juntamente com dados dos machos de um estudo recente que utilizou amostras do tecido adiposo subcutâneo de botos-cinza capturados acidentalmente. Através dessa análise, foi possível verificar que as populações de boto-cinza de 2 baías costeiras vizinhas (Sepetiba e Guanabara), bem como da Baía de Paranaguá, apresentaram padrões distintos de acumulação dos compostos organoclorados. O último achado demonstra a existência de separações ecológicas entre os botoscinza a partir de diferentes áreas, o que constitui informação de grande importância para a conservação e o manejo da espécie

Análise das mudanças na extensão do gelo marinho antártico e ártico entre 1979 e 2007 e sua relação com a variabilidade climática global.

Recentes observações satelitais têm demonstrado um aumento na extensão total do gelo marinho Antártico e redução do gelo marinho no Ártico. Apesar destas constatações, no Oceano Sul análises regionais apontam tendências negativas nos mares de Bellingshausen-Amundsen e positivas no mar de Ross, enquanto que para o Ártico ocorrer uma redução uniforme do gelo marinho. Neste estudo, foi realizada uma análise multivariada para identificar as mudanças na extensão do gelo marinho Antártico e Ártico em resposta à variabilidade de um conjunto de forçantes/parâmetros/índices climáticos de reconhecida importância em escala global. Especificamente, as associações entre o gelo marinho e os parâmetros e forçantes climáticos foram examinadas através da correlação linear e da análise de agrupamento. Diferentes respostas em diferentes setores foram examinadas e discutidas. Os resultados indicam que a variabilidade do gelo marinho Antártico e Ártico é um fenômeno multivariado e que a extensão de gelo marinho mínima, média e máxima podem apresentar diferentes padrões espaciais e responderem a diferentes conjuntos de parâmetros e forçantes climáticos. Foi identificado um significativo impacto de forçantes/parâmetros/índices climáticos sobre o gelo marinho no Oeste Antártico. No hemisfério Norte o aumento da temperatura média global e do CO2 atmosférico são os principais responsáveis pela redução na extensão do gelo marinho.

Segmentación de los e-consumidores: un estudio aplicado a partir de las perspectivas de uso de Internet

[ES] La segmentación de mercados se ha utilizado con bastante frecuencia en las investigaciones de marketing tradicionales pero todavía aparece como una materia relativamente novedosa si se busca su aplicación en el uso de las Tecnologías de la Comunicación y de la Información (TIC) en general y de Internet en particular. La presente investigación tiene como objetivo principal analizar el comportamiento del internauta según los principales usos que piensa hacer, en un futuro próximo, de las diferentes aplicaciones de Internet. A partir de una muestra de 700 individuos, se realizó un análisis factorial y cluster para clasificar a los usuarios en tres colectivos. Junto con la información demográfica y las perspectivas de uso de la Red, se hizo posible la elaboración de un perfil diferenciado para cada segmento. El análisis también permite extraer los principales factores en los que se recogen las diferentes actitudes frente al uso de la Red. En las conclusiones se presentan las reflexiones más significativas sobre los segmentos obtenidos y su implicación en la gestión, las limitaciones del estudio y las futuras líneas de investigación.

Assobios de delfinídeos na costa do Estado do Rio de Janeiro: caracterização e comparação interespecífica

Os delfinídeos possuem um variado repertório de emissões sonoras, que são produzidos em diferentes contextos comportamentais e são importantes para as relações entre os indivíduos. As emissões sonoras dos delfinídeos são predominantemente utilizadas para a comunicação e são divididas em duas categorias: os sons pulsantes e os assobios. O presente estudo apresenta comparações entre os repertórios de assobios de três espécies de delfinídeos encontrados na costa do Estado do Rio de Janeiro: Stenella frontalis, Steno bredanensis e Sotalia guianensis. Três sistemas de gravação foram utilizados. Estes foram compostos por hidrofones HTI-96-MIN e C54XRS, e gravadores PMD 671 Marantz, FOSTEX (taxa de amostragem de 96 kHz) e SONY TCD-T8 (taxa de amostragem de 48 kHz). As análises dos espectrogramas foram realizadas no software Raven 1.4. Os assobios foram classificados em categorias de formas de contorno e 15 parâmetros acústicos foram mensurados em cada um destes sinais. A estatística descritiva foi realizada para os assobios de cada espécie, e estes foram comparados a partir de testes de comparação de médias e análise discriminante. Um total de 838 assobios foi analisado. Assobios com forma de contorno ascendente de S. frontalis, S. bredanensis, S. guianensis da Baía de Guanabara, da Baía de Ilha Grande e da Baía de Sepetiba corresponderam a 48,1% (N=63), 40,8% (N=47), 49,8% (N=98), 63,9% (N=126) e 58,1% (N=115) do repertório de cada grupo, respectivamente. Diferenças foram encontradas em praticamente todos os parâmetros entre assobios de S. bredanensis e S. guianensis. O maior número de semelhanças ocorreu entre assobios das populações distintas de S. guianensis. A taxa de classificação correta geral foi de 52,4%. Assobios de S. bredanensis apresentaram a maior classificação correta (84,3%). Assobios de S. frontalis apresentaram taxa de classificação correta de 55,7% e os de S. guianensis da Baía de Guanabara, Baía de Ilha Grande e Baía de Sepetiba apresentaram taxas de 57,9%, 48,7% e 29,8%, respectivamente. A análise discriminante realizada entre assobios ascendentes resultou em uma taxa de classificação correta menor (49%). As variáveis consideradas mais importantes para a discriminação entre espécies foram: FF, 3Q, 1Q, MOD e FM. Por meio de parâmetros acústicos foi possível discriminar grande parte dos assobios de espécies simpátricas, apesar de haver ainda sobreposições entre variáveis acústicas dos assobios das espécies comparadas neste estudo.

Caracterização do estado trófico e da qualidade da água de um sistema lagunar costeiro urbano: estudo de caso da Lagoa Rodrigo de Freitas, RJ.

O estudo da dinâmica dos parâmetros físicos, químicos e biológicos da água em lagoas costeiras é essencial para entender o funcionamento destes ecossistemas; o que por sua vez permite o desenvolvimento de estratégias adequadas de gerenciamento e conservação de seus recursos. Neste estudo, analisou-se a qualidade da água da Lagoa Rodrigo de Freitas (Rio de Janeiro/RJ) e dos seus principais tributários. Foram utilizados os dados oriundos do projeto de monitoramento da qualidade da água realizado pela SMAC/RJ, entre dezembro de 2011 e dezembro de 2012. O objetivo precípuo foi compreender a dinâmica espacial e temporal da variação do estado trófico e da qualidade da água, assim como avaliar a exequibilidade e aplicabilidade de índices multimétricos (IQA, IET, ICE, IC, TRIX) ao projeto de monitoramento ambiental da LRF. Para tanto, foram realizadas coletas mensais e semanais da água superficial em cinco pontos amostrais, na LRF, e cinco pontos nos rios/canais. Em seguida, análises físico-químicas e biológicas foram realizadas. Os resultados obtidos mostraram relativa homogeneidade espacial e elevada variação sazonal da qualidade da água superficial. Os índices aplicados aos dados indicaram uma variação temporal representativa do estado trófico e da qualidade da água, sendo as classificações para os rios e canais diferentes às verificadas na LRF. Esta apresentou variação entre supereutrófica e hipereutrófica, já os primeiros foram mesotróficos. A qualidade da água da LRF apresentou majoritariamente entre moderada a boa. Os rios e canais foram classificados ruins e médios. Concluiu-se que diferentes modelos podem resultar em diferentes classificações de níveis de trofia e qualidade da água. Análises estatísticas de tendência indicaram estabilidade da qualidade da água, sem uma projeção representativa de melhoria da qualidade hídrica. Já análises multivariadas (RDA, PCA BEST, SIMPER, ANOSIM, MDS e CLUSTER) mostraram um elevado dinamismo da comunidade fitoplanctônica com nítida resposta às oscilações de variáveis físico-químicas específicas, apesar da dominância recorrente por cianobactérias.

Análise morfométrica das estruturas maxilo-mandibulares de indivíduos pré-colombianos e contemporâneos da Costa Central do Peru

O objetivo deste trabalho foi avaliar morfometricamente as modificações ocorridas ao longo de 500 anos nas estruturas maxilo-mandibulares de indivíduos da Costa Central do Peru. Foram utilizadas telerradiografias laterais de 30 crânios secos, sem deformidades esqueléticas e em normoclusão, do período Pré-colombiano (grupo Pré-colombiano) e de 30 peruanos nativos contemporâneos, com características esqueléticas e oclusais semelhantes, provenientes da mesma região geográfica (grupo Contemporâneo). Estas telerradiografias foram digitalizadas e 14 pontos cefalométricos foram marcados e utilizados como marcos anatômicos homólogos para a análise morfométrica. O tamanho do centróide, a forma e a alometria foram comparados entre os grupos para a amostra total, para homens e para mulheres, pelos testes de one-way ANOVA, função discriminante e regressão multivariada, respectivamente. As mesmas avaliações foram realizadas para homens e mulheres do mesmo grupo. O tamanho do centróide foi significativamente maior para o grupo Contemporâneo tanto para a amostra total, quanto para homens e mulheres, demonstrando que as estruturas maxilo-mandibulares dos indivíduos contemporâneos é maior do que de seus ancestrais. Quando homens e mulheres foram comparados intra-grupos o tamanho do centróide foi significativamente maior para os homens do grupo Contemporâneo, com a mesma tendência para os homens pré-colombianos, porém sem significância estatística. Observou-se diferenças significativas entre os grupos para a forma das estruturas maxilo-mandibulares indicando que ao longo do tempo houve um deslocamento posterior da região da pré-maxila e um deslocamento considerável para cima e para trás da apófise coronóide, uma abertura do ângulo na região goníaca e um alongamento no sentido vertical da região da sínfise mandibular. Essas mudanças morfológicas foram mais evidentes nas mulheres do que nos homens, parecendo haver maior efeito das tendências seculares nas mulheres. Não houve diferenças morfológicas entre homens e mulheres quando comparados intra-grupos, demonstrando que os resultados observados não foram influenciados pelo dimorfismo sexual. As diferenças de tamanho existentes intra-grupos foram responsáveis por apenas 6% das diferenças de forma, e portanto não há efeito causal do tamanho sobre as diferenças de forma observadas entre os grupos. Pode-se concluir que as diferenças morfológicas das estruturas maxilo-mandibulares encontradas neste estudo sugerem mudanças nas condições ambientais da população da Costa Central do Peru ao longo de 500 anos e podem contribuir para o melhor esclarecimento dos fatores etiológicos das más oclusões.

Diversidade de morcegos (Mammalia, Chiroptera) em um mosaico de paisagens na Reserva Ecológica de Guapiaçu, RJ, Sudeste do Brasil

A Mata Atlântica brasileira é um dos biomas mais ameaçados do planeta e abriga uma das maiores biodiversidades conhecidas dentre os ecossistemas terrestres. Este bioma apresenta uma mastofauna diversificada e em algumas áreas as taxocenoses de morcegos podem representar mais da metade de toda a riqueza local de mamíferos. Diante da variedade de hábitos alimentares, suas interações ecológicas e abundância na Mata Atlântica fluminense, a análise da comunidade de morcegos torna-se crucial para subsidiar planos de manejo. Apesar do Rio de Janeiro ser um dos estados mais bem amostrados para morcegos, muitos locais ainda não foram amostrados satisfatoriamente e ainda sabemos pouco sobre a dinâmica das comunidades de morcegos em paisagens fragmentadas. De maio de 2011 a julho de 2014, realizamos 72 noites de amostragens em seis diferentes usos de solo numa paisagem fragmentada na Reserva Ecológica de Guapiaçu, município de Cachoeiras de Macacu, região metropolitana do estado do Rio de Janeiro, Sudeste do Brasil. Utilizamos 10 redes de neblina de 9 x 3m, abertas durante toda a noite (média de 12 horas por noite), totalizando um esforço de captura de 233280 m.h. Esta dissertação está dividida em dois capítulos. No primeiro, baseando-se nos dados obtidos e na literatura, sugerimos algumas diretrizes para o desenho amostral de inventários de morcegos, apresentando a importância de cada diretriz para maximizar o sucesso na amostragem de morcegos na Mata Atlântica do Sudeste do Brasil. No segundo capítulo, investigamos as diferenças na riqueza de espécies, abundância e guildas tróficas entre os seis usos de solo amostrados e discuto a distribuição das espécies entre elas. Nós capturamos 1821 morcegos distribuídos em três famílias: Phyllostomidae (25 espécies), Molossidae (3 espécies) e Vespertilionidae (6 espécies). Outras duas espécies de duas famílias, Noctilionidae e Thyropteridae, foram registradas por observações diretas (sem capturas), totalizando 36 espécies de morcegos para a Reserva Ecológica de Guapiaçu. Os morcegos frugívoros representaram 82,7% das capturas. As maiores riquezas de espécies foram registradas na área antropizada (22 espécies) e borda de floresta contínua (21 espécies) enquanto as menores foram na floresta contínua (13 espécies) e no fragmento pequeno (10 espécies). A mesma tendência foi encontrada para as guildas tróficas. Sete guildas foram registradas na área antropizada e na borda de floresta, enquanto apenas cinco na floresta contínua e três no fragmento pequeno. O escalonamento multidimensional não-métrico (NMDS) e análise de Cluster, ambos com a dissimilaridade de Bray-Curtis, mostraram a separação dos usos de solo em grupos distintos dependendo do grau de alteração dos mesmos.

Foraminíferos como indicadores paleoecológicos do Holoceno no Manguezal de Guaratiba, Baía de Sepetiba, Rio de Janeiro

Os manguezais são ecossistemas estuarinos, representando a transição entre os ambientes continentais e marinhos, e tendo sua formação relacionada com as flutuações do nível do mar no Quaternário. No Manguezal de Guaratiba, diversos estudos sobre as variações do nível do mar, mais precisamente no Holoceno, têm sido realizados, sob os enfoques sedimentológicos, geoquímicos, palinológicos e micropaleontológicos. Entre os estudos micropaleontológicos, destacam-se os que utilizam os foraminíferos bentônicos, micro-organismos amplamente utilizados como indicadores paleoecológicos e paleoambientais do Holoceno. No presente trabalho, foi coletado, através de um amostrador do tipo trado russo, um testemunho (T1) no Manguezal de Guaratiba, no qual foram realizadas análises de parâmetros como granulometria, teores de matéria orgânica (MO), carbonato, carbono orgânico total (COT) e enxofre (S) (abióticos) e da fauna de foraminíferos bentônicos (bióticos). Foram utilizadas também índices ecológicos e análises de agrupamento, através das quais foi possível estabelecer quatro associações faunísticas (I,II,III e IV), assim como os fatores ambientais que mais influenciaram a distribuição da fauna. A correlação com assembleias de foraminíferos de outros testemunhos que possuem datação por Carbono 14 (C14), assim como outros trabalhos que versam sobre a evolução da Baía de Sepetiba, permitiu o estabelecimento de três ciclos de emersão-submersão para a área da planície de maré estudada: 1)Fase transgressiva: nível de concentração de conchas em depósitos lagunares formados por sedimentos finos, sem foraminíferos; provavelmente posterior a uma regressão; 2) Fase transgressiva: formação de uma baía, com presença exclusiva de espécies de foraminíferos calcários (Associação III) com maiores valores de riqueza e queda nos valores de COT; ocorrida há cerca de 3.800 anos A.P 3) Fase transgressiva: período de submersão, presença de espécies de foraminíferos tipicamente estuarinos (Associação IV), com duração entre 3.500 anos A.P. e 2.700 anos A.P.; 4)Fase transgressiva: caracterizada pela alternância entre a formação de baías rasas e lagunas marinhas (maiores índices de riqueza nas associações faunísticas), menores valores de MO e COT e aumento na proporção de sedimentos finos; evento iniciado há cerca de 2.700 anos A.P.; e 5)Fase regressiva: fauna de foraminíferos aglutinantes, resistente às condições de salinidade e acidez características de ambientes confinados como os manguezais, além do incremento nos teores de areia, evidenciando a fase final de confinamento da Baía de Sepetiba pela Restinga da Marambaia; evento iniciado por volta de 2.400 anos A.P., estendendo-se até o presente. Os resultados obtidos mostram a importância da correlação lateral entre testemunhos na interpretação paleoambiental da Baía de Sepetiba, além da identificação de estágios de transgressão e regressão que se aproximam da curva de variação do nível do mar proposta por SUGUIO et al.(1985) para o litoral do Estado do Rio de Janeiro