Activities report of the initiative group of the working group on environmental statistics

Includes bibliography

A high-resolution radiation hybrid map of the river buffalo major histocompatibility complex and comparison with BoLA

The major histocompatibility complex (MHC) in mammals codes for antigen-presenting proteins. For this reason, the MHC is of great importance for immune function and animal health. Previous studies revealed this gene-dense and polymorphic region in river buffalo to be on the short arm of chromosome 2, which is homologous to cattle chromosome 23. Using cattle-derived STS markers and a river buffalo radiation hybrid (RH) panel (BBURH5000), we generated a high-resolution RH map of the river buffalo MHC region. The buffalo MHC RH map (cR5000) was aligned with the cattle MHC RH map (cR 12000) to compare gene order. The buffalo MHC had similar organization to the cattle MHC, with class II genes distributed in two segments, class IIa and class IIb. Class IIa was closely associated with the class I and class III regions, and class IIb was a separate cluster. A total of 53 markers were distributed into two linkage groups based on a two-point LOD score threshold of ≥8. The first linkage group included 32 markers from class IIa, class I and class III. The second linkage group included 21 markers from class IIb. Bacterial artificial chromosome clones for seven loci were mapped by fluorescence in situ hybridization on metaphase chromosomes using single- and double-color hybridizations. The order of cytogenetically mapped markers in the region corroborated the physical order of markers obtained from the RH map and served as anchor points to align and orient the linkage groups. © 2012 The Authors, Animal Genetics © 2012 Stichting International Foundation for Animal Genetics.

Henneguya nagelii n. sp. (Myxozoa: Myxobolidae) in Cyphocharax nagelii (Steindachner, 1881) (Teleostei: Characiformes: Curimatidae) from the Peixe's River, São Paulo State, Brazil

A new species of Myxosporea, Henneguya nagelii n. sp., is described parasitizing the gills of Cyphocharax nagelii collected from Peixe's River, São Paulo State, Brazil. Among the fish examined, 16.7 % had gills parasitized by myxosporeans. The plasmodia were white, round, or oval and measured 150-250 μm. The mature spores were fusiform and had smooth wall. The spores measurements were the following: total length, 34.5 ± 4.2 (26.4-39.9) μm; body length, 12.0 ± 0.5 (11.2-11.9) μm; body width, 4.9 ± 0.3 (4.4-5.5) μm; and caudal process length, 22.4 ± 4.0 (14.7-27.3) μm. The polar capsules were elongated and of unequal size, with lengths of 4.9 ± 0.4 (4.0-5.9) μm and 5.2 ± 0.4 (4.6-6.0) μm for the longest and shortest axes, respectively. Capsule width was 1.8 ± 0.2 (1.5-2.2) μm. Each capsule contained a polar filament with six to eight turns. There was no mucous envelope or iodinophilous vacuole. Morphometric differences between this parasite and other species of the genus Henneguya indicated that the parasite observed in C. nagelii is a new species. This is the first species of Myxosporea described in Peixe's River. © 2013 Springer-Verlag Berlin Heidelberg.

Sciaenidae fish of the Caeté River estuary, Northern Brazil: mitochondrial DNA suggests explosive radiation for the Western Atlantic assemblage

Sciaenids are fish which are normally abundant in tropical estuaries of the western Atlantic. Studies on the Caeté river estuary in the northern Brazilian state of Pará have revealed that in this area Sciaenidae is the dominant family, comprising almost 50% of all teleosts sampled. In this paper we present the results of the first phylogenetic study on South American estuarine sciaenids, during which we obtained mitochondrial gene 16S sequences from 15 species belonging to eight genera occurring in the Caeté estuary. Intergeneric nucleotide divergences varied from 5 to 15%, Lonchurus and Menticirrhus being the most divergent lineages. Nucleotide divergences were quite variable amongst species of the same genus, ranging from 1.2% (Stellifer microps x Stellifer naso) to 8.4% (Menticirrhus americanus x Menticirrhus littoralis). Cladograms based on maximum parsimony, minimum evolution and maximum likelihood depicted an explosive diversification pattern for the western Atlantic sciaenid assemblage. Our analysis further reveals a very close relationship between Bairdiella and Stellifer, a monophyletic clade which emerged during the more recent diversification events of the Sciaenidae family. The phylogenetic reconstruction suggests the need for a revision of the taxonomy and nomenclature of the Bairdiella/Stellifer group.

Revisão taxonômica do complexo Gonatodes concinnatus (Reptilia: Sphaerodactylidae)

O complexo Gonatodes concinnatus, conforme estabelecido aqui, consiste nas espécies caracterizadas por uma mancha suprahumeral branca com margens pretas; vermiculações no dorso; e escamas alargadas sob a cauda, apresentando a seqüência 1’1’1” e, em alguns casos, 1’1’2” (na porção anterior). Duas espécies são atualmente reconhecidas neste grupo amazônico, G. concinnatus e G. tapajonicus. Novos materiais encontrados no leste da Amazônia (nos estados do Pará e Amapá, Brasil) fizeram necessária a revisão dessas espécies. Analisamos diversas populações dentro deste complexo, provenientes do Peru, Equador, Colômbia e Brasil (mas não da Venezuela), incluindo os novos registros. Os espécimes foram separados em grupos definidos com base no padrão de coloração. Análises discriminantes, utilizando o método por passos (stepwise), foram realizadas para comparar a morfologia externa (representada por medições e contagens de escama, separadamente) nestes grupos. Os resultados apóiam o reconhecimento de quatro táxons, correspondendo a G. concinnatus, da Amazônia Ocidental, no nordeste do Equador e do Peru; G. tapajonicus, da bacia do Rio Tapajós, no Pará, Brasil; e duas novas espécies, uma do leste da Amazônia, nos estados do Pará e Amapá, Brasil, e outra da região cisandina central da Colômbia. As diagnoses e descrições de todas as espécies são apresentadas.

Fitoplâncton da Reserva de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá – AM

O ambiente amazônico é caracterizado por uma grande sazonalidade no nível da água, o que provoca uma flutuação anual, regular e de grande amplitude, no nível do rio Amazonas e seus tributários. Essas variações decorrentes dos alagamentos típicos de várzea foram denominadas como pulsos de inundação. Dentro da diversidade encontrada na várzea está o fitoplâncton, sendo que o estudo taxonômico e da diversidade desses organismos pode ser utilizado para avaliar o ambiente e inferir sobre as prováveis causas de danos ecológicos, tornando-se imprescindível para uma adequada compreensão da estrutura e funcionamento dos ecossistemas aquáticos. Além disso, a flora planctônica do estado do Amazonas com seus inúmeros ambientes aquáticos é ainda pouco conhecida. Este estudo teve como objetivo descrever e comparar a estrutura da comunidade fitoplanctônica em canais de várzea da Reserva de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá (RDSM) e em trechos dos rios Japurá e Solimões, determinada pelos atributos: riqueza, composição e densidade, e verificar sua relação com as variáveis: temperatura, pH, oxigênio dissolvido, transparência e condutividade, nos períodos de seca (novembro/2008) e de cheia (julho/2009) do ciclo hidrológico. O estudo baseou-se em 14 amostras coletadas com rede de plâncton com malha de 20 μm, na subsuperfície da água. A comunidade fitoplanctônica esteve composta por 150 taxa, classificados em oito classes taxonômicas. A classe Chlorophyceae foi a mais representativa nos canais de várzea e a classe Bacillariophyceae nos rios, no período de seca, sendo que a classe Zygnemaphyceae predominou no período de cheia nos dois tipos de ambientes. A maior riqueza de espécies observada nas áreas de várzea está, provavelmente, associada à maior disponibilidade de nutrientes devido ao maior tempo de residência da água. O oxigênio dissolvido e a transparência foram os principais fatores determinantes da variação da riqueza e composição do fitoplâncton. Em relação à composição das espécies, através da Análise de Correspondência Destendenciada (DCA), verificou-se a separação das amostras, entre os dois períodos e entre ambientes. Esse resultado foi confirmado pela análise de similaridade (ANOSIM), mostrando que existe uma diferença significativa de composições de espécies entre os períodos e entre os tipos de ambientes. Já a composição de espécies, avaliada pelo teste de Mantel parcial, evidenciou similaridade entre amostras coletadas no período de cheia e, no de seca, a formação de um grupo de espécie para cada ambiente. Portanto, o pulso de inundação foi o principal estruturador dos parâmetros ambientais, da composição e da riqueza desta comunidade nos diferentes ambientes, determinando as variações encontradas no fitoplâncton das águas brancas desta região da Amazônia Central.

Mithracinae (Decapoda: Brachyura) from the Brazilian coast: review of the geographical distribution and comments on the biogeography of the group

The geographical distribution of marine organisms, as a result of complex natural processes through geological time, has been changed, sometimes drastically, by species introductions. Instances of species introduction have been recorded worldwide, and the Brazilian coast is no exception. The present review provides an update of the geographical distribution of members of the brachyuran subfamily Mithracinae along the Brazilian coast. Of the 30 species of this subfamily recorded from Brazilian waters, the known geographical limits of more than 17 have been extended in recent decades. The records compiled here demonstrate the great importance of the Amazon River outflow on the geographical distribution of members of Mithracinae, acting as a biogeographical barrier for some species.

DNA barcode of Parodontidae species from the La Plata river basin - applying new data to clarify taxonomic problems

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Phylogeny, ultrastructure and histopathology of Myxobolus lomi sp nov., a parasite of Prochilodus lineatus (Valenciennes, 1836) (Characiformes: Prochilodontidae) from the Peixes River, Sao Paulo State, Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Helminths of Steindachnerina insculpta in two distinct stretches of the Taquari River, state of Sao Paulo, Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Effect of tank colour on larval performance of the Amazon River prawn Macrobrachium amazonicum

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Trends in planktonic copepod diversity in reservoirs and lotic stretches in a large river basin in South America

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Apistogramma ortegai (Teleostei: Cichlidae), a new species of cichlid fish from the Ampyiacu River in the Peruvian Amazon basin

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

The stream fish fauna from three regions of the Upper Paraná River basin

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Identification guide to some Diaptomid species (Crustacea, Copepoda, Calanoida, Diaptomidae) of "de la Plata" River Basin (South America)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)