XML i Web Semàntica

En aquest treball es realitza una descripció dels llenguatges que constitueixen la base de la construcció de la Web Semàntica: l'XML, l'RDF i l'OWL. En concret, es realitza un estudi de la base de dades lèxica WordNet. Finalment, es presenta el disseny i la implementació d'una ontologia per representar les relacions lèxiques dels mots del català. A partir d'aquesta ontologia es crea una petita base de dades basada en la temàtica dels animals de companyia. Aquest cas pràctic permet extreure conclusions sobre els avantatges d'introduir metadades en els documents electrònics, i sobre les facilitats que ofereixen les aplicacions actuals pel desenvolupament d'aquest tipus de documents.

Antibodies to Rickettsia rickettsii, Rickettsia typhi, Coxiella burnetii, Bartonella henselae, Bartonella quintana, and Ehrlichia chaffeensis among healthy population in Minas Gerais, Brazil

Rickettsial diseases except those belonging to spotted fever group rickettsioses are poorly studied in South America particularly in Brazil where few epidemiological reports have been published. We describe a serosurvey for Rickettsia rickettsii, R. typhi, Coxiella burnetii, Bartonella henselae, B. quintana, and Ehrlichia chaffeensis in 437 healthy people from a Brazilian rural community. The serum samples were tested by indirected micro-immunoflourescence technique and a cutoff titer of 1:64 was used. The seroprevalence rates for R. rickettsii, R. typhi, C. burnetii, B. henselae, B. quintana, and E. chaffeensis were respectively 1.6% (7 samples); 1.1% (5 samples); 3.9% (17 samples); 13.7% (60 samples); 12.8% (56 samples), and 10.5% (46 samples). Frequent multiple/cross-reactivity was observed in this study. Age over 40 years old, urban profession, and rural residence were significantly associated with some but not all infections rate. Low seropositivity rates for R. rickettsii, R. typhi, and C. burnetii contrasted with higher rates of seropositivity for B. quintana, B. henselae, and E. chaffeensis. These results show that all tested rickettsial species or antigenically closely related possible exist in this particular region.

Pre-hatching maternal effects and the tasty chick hypothesis

Question: Are maternal effects (i.e. maternal transfer of immune components to their offspring via the placenta or the egg) specifically directed to the offspring on which ectoparasites predictably aggregate? Organisms: The barn owl (Tyto alba) because late-hatched offspring are the main target of the ectoparasitic fly Carnus hemapterus. Hypothesis: Pre-hatching maternal effects enhance parasite resistance of late- compared with early-hatched nestlings. Search method: To disentangle the effect of natal from rearing ranks on parasite intensity, we exchanged hatchlings between nests to allocate early- and late-hatched hatchlings randomly in the within-brood age hierarchy. Result: After controlling for rearing ranks, cross-fostered late-hatched nestlings were less parasitized but lighter than cross-fostered early-hatched nestlings. Conclusion: Pre-hatching maternal effects increase parasite resistance of late-hatched offspring at a growth cost.

Refacció d'Ontologies : creació d'un plugin per a Protégé

El projecte centra els seus esforços en la darrera activitat: el refactoring d'ontologies. En concret, les expressades en OWL, el llenguatge per a ontologies pensat pel W3C. El resultat final del projecte ha estat la implementació en Java d'un plugin per a Protégé que permet l'execució d'operacions de refactoring sobre ontologies OWL. Part principal del plugin és un framework que ofereix el marc d'execució per a les operacions implementades i permet incorporar noves operacions sense haver-lo de modificar.

Implementación de un generador de contenido web semántico con posiciones didácticas de ajedrez

Análisis, diseño y desarrollo de un aplicativo que a partir de un fichero con formato "PGN" genere dos tipos distintos de fichero, el primero será una página HTML con contenido gráfico que represente las posiciones, soluciones y datos complementarios de cada posición, y el segundo fichero contendrá una base de conocimiento en formato OWL, ontología compuesta de clases y propiedades, previamente definidas con Protégé, y de individuos que serán creados dinámicamente a partir de la información contenida en el fichero PGN de entrada.

Ontologies turístiques geogràfiques

En els propers anys, la Web semàntica i les tecnologies que porta associades sembla que constituiran els eixos vertebradors d'una nova manera d'entendre la Xarxa. Aquesta deixarà de ser un mer repositori d'informació per a convertir-se en un ens capaç de generar coneixement per si sol, on màquines i usuaris treballin de manera col·laborativa. En aquest treball s'analitzarà l'evolució que ha sofert el mitjà i el significat d'una Web semàntica, passant per algunes de les tecnologies que hi donen suport. Per a entendre com es confereix significat a l'estructura d'una web, s'estudiaran de manera incremental els diferents llenguatges que permeten construir-la: XML, RDF i OWL. L'estructura conceptual que pren la informació, la representació de la qual és codificada amb els llenguatges mencionats anteriorment, es tractarà tant en un vessant teòric com en un de pràctic. Així, s'analitzarà el concepte i el procés de creació d'una ontologia i, mitjançant el programari Protégé, es crearà una taxonomia adequada en l'àmbit del turisme o lleure de muntanya. Un altre aspecte que s'analitzarà en el document és la nova generació de bases de dades que ha sorgit com a conseqüència del nou suport de la informació, on preval la relació que s'estableix entre les dades per sobre d'aquestes. Així doncs, s'estudiaran les característiques bàsiques de les bases de dades XML natives i es farà una breu introducció als llenguatges de modificació i consulta que suporten. Aquests aspectes s'aplicaran de manera pràctica sobre la base de dades eXist, mitjançant l'ús de les instàncies de l'ontologia creada. Finalment es desenvoluparà una aplicació web que permeti portar a la pràctica algunes de les tecnologies estudiades. El context en què se centrarà el cas pràctic serà el mateix que s'ha representat mitjançant l'ontologia i permetrà comprovar el funcionament d'una web explotada de manera semàntica.

petraCAT

Creació d'una ontologia sobre el món de l'escalada i una aplicació Android per a consultar-la.

TFC: Ontología turística geográfica

Este trabajo muestra una ontología de carácter turístico que relaciona puntos de interés turístico con documentos digitales en Internet. El proyecto también incluye un prototipo de buscador para mostrar el funcionamiento de la ontología

Generación de metadatos semánticos mediante juegos on-line

Actualmente se pretende que los ordenadores puedan entender la semántica de la información que hay en la Web y que sea posible integrar diversas fuentes de información independientemente de la procedencia y formato de éstas, haciendo así una Web Semántica. Uno de los mayores problemas que tiene la Web Semántica es la falta de contenidos semánticos, principalmente debido a la falta de métodos de anotación automáticos existentes. Una forma de resolver este problema se basa en esconder tras aplicaciones que la gente usa diariamente, como los juegos on-line, estos procesos de generación de metadatos semánticos. El objetivo de este proyecto es estudiar diferentes iniciativas que tratan de enmascarar la generación de metadatos semánticos a través de los juegos on-line y el desarrollo de un prototipo de casual game para anotar semánticamente recursos. Se trata de un juego sencillo de pregunta-respuesta, donde dos usuarios concurrentes contestan a preguntas preestablecidas y definidas dentro de una ontología de dominio, obteniendo puntos en aquellas preguntas donde hayan dado la misma respuesta.

Rickettsia infection in five areas of the state of São Paulo, Brazil

This study investigated rickettsial infection in animals, humans, ticks, and fleas collected in five areas of the state of São Paulo. Eight flea species (Adoratopsylla antiquorum antiquorum, Ctenocephalides felis felis, Polygenis atopus, Polygenis rimatus, Polygenis roberti roberti, Polygenis tripus, Rhopalopsyllus lugubris, and Rhopalopsyllus lutzi lutzi), and five tick species (Amblyomma aureolatum, Amblyomma cajennense, Amblyomma dubitatum, Ixodes loricatus, and Rhipicephalus sanguineus) were collected from dogs, cats, and opossums. Rickettsia felis was the only rickettsia found infecting fleas, whereas Rickettsia bellii was the only agent infecting ticks, but no animal or human blood was shown to contain rickettsial DNA. Testing animal and human sera by indirect immunofluorescence assay against four rickettsia antigens (R. rickettsii, R. parkeri, R. felis, and R. bellii), some opossum, dog, horse, and human sera reacted to R. rickettsii with titers at least four-fold higher than to the other three rickettsial antigens. These sera were considered to have a predominant antibody response to R. rickettsii. Using the same criteria, opossum, dog, and horse sera showed predominant antibody response to R. parkeri or a very closely related genotype. Our serological results suggest that both R. rickettsii and R. parkeri infected animals and/or humans in the studied areas.

An Ontology for Open Rubric Exchange on the Web

While the Internet has given educators access to a steady supply of Open Educational Resources, the educational rubrics commonly shared on the Web are generally in the form of static, non-semantic presentational documents or in the proprietary data structures of commercial content and learning management systems.With the advent of Semantic Web Standards, producers of online resources have a new framework to support the open exchange of software-readable datasets. Despite these advances, the state of the art of digital representation of rubrics as sharable documents has not progressed.This paper proposes an ontological model for digital rubrics. This model is built upon the Semantic Web Standards of the World Wide Web Consortium (W3C), principally the Resource Description Framework (RDF) and Web Ontology Language (OWL).

Experimental infection of dogs with a Brazilian strain of Rickettsia rickettsii: clinical and laboratory findings

The bacterium Rickettsia rickettsii is the etiological agent of an acute, severe disease called Rocky Mountain spotted fever in the United States or Brazilian spotted fever (BSF) in Brazil. In addition to these two countries, the disease has also been reported to affect humans in Mexico, Costa Rica, Panama, Colombia and Argentina. Like humans, dogs are also susceptible to R. rickettsii infection. However, despite the wide distribution of R. rickettsii in the Western Hemisphere, reports of R. rickettsii-induced illness in dogs has been restricted to the United States. The present study evaluated the pathogenicity for dogs of a South American strain of R. rickettsii. Three groups of dogs were evaluated: group 1 (G1) was inoculated ip with R. rickettsii; group 2 (G2) was infested by R. rickettsii-infected ticks; and the control group (G3) was infested by uninfected ticks. During the study, no clinical abnormalities, Rickettsia DNA or R. rickettsii-reactive antibodies were detected in G3. In contrast, all G1 and G2 dogs developed signs of rickettsial infection, i.e., fever, lethargy, anorexia, ocular lesions, thrombocytopenia, anemia and detectable levels of Rickettsia DNA and R. rickettsii-reactive antibodies in their blood. Rickettsemia started 3-8 days after inoculation or tick infestation and lasted for 3-13 days. Our results indicate that a Brazilian strain of R. rickettsii is pathogenic for dogs, suggesting that canine clinical illness due to R. rickettsii has been unreported in Brazil and possibly in the other South American countries where BSF has been reported among humans.

The predation cost of being a male: implications for sex-specific rates of ageing

Evolutionary theory predicts that the rate of extrinsic (i.e. age- and condition-independent) mortality should affect important life history traits such as the rate of ageing and maximum lifespan. Sex-specific differences in mortality rates due to predation may therefore result in the evolution of important differences in life history traits between males and females. However, quantifying the role of predators as a factor of extrinsic mortality is notoriously difficult in natural populations. We took advantage of the unusual prey caching behaviour of the barn owl Tyto alba and the tawny owl Strix aluco to estimate the sex ratio of their five most common preys. For all prey species, there was a significant bias in the sex ratio of remains found in nests of both these owls. A survey of literature revealed that sex-biased predation is a common phenomenon. These results demonstrate that predation, a chief source of extrinsic mortality, was strongly sex-biased. This may select for alternate life history strategies between males and females, and account for a male life span being frequently lower than female lifespan in many animal species.

Regulation of free corticosterone and CBG capacity under different environmental conditions in altricial nestlings.

The concentration of circulating glucocorticoids is regulated in response to environmental and endogenous conditions. Total circulating corticosterone, the main glucocorticoid in birds, consists of a fraction which is bound to corticosterone-binding globulins (CBG) and a free fraction. There is increasing evidence that the environment modulates free corticosterone levels through varying the concentration of CBG, but experimental evidence is lacking. To test the hypothesis that the regulation of chronic stress in response to endogenous and environmental conditions involves variation in both corticosterone release and CBG capacity, we performed an experiment with barn owl (Tyto alba) nestlings in two different years with pronounced differences in environmental conditions and in nestlings experimentally fed ad libitum. In half of the individuals we implanted a corticosterone-releasing pellet to artificially increase corticosterone levels and in the other half we implanted a placebo pellet. We then repeatedly collected blood samples to measure the change in total and free corticosterone levels as well as CBG capacity. The increase in circulating total corticosterone after artificial corticosterone administration varied with environmental conditions and with the food regime of the nestlings. The highest total corticosterone levels were found in nestlings growing up in poor environmental conditions and the lowest in ad libitum fed nestlings. CBG was highest in the year with poor environmental conditions, so that, contrary to total corticosterone, free corticosterone levels were low under poor environmental conditions. When nestlings were fed ad libitum total corticosterone, CBG and free corticosterone did not increase when administering corticosterone. These results suggest that depending on the individual history an animal experienced during development the HPA-axis is regulated differently.

Sistema de representació per una web 3.0.

En la web, hi ha una gran quantitat de coneixement desorganitzat i molt heterogeni. Tal com està construïda ara mateix la web, es possible que el coneixement sobre un camp estigui dispers per varis recursos de la web. Una forma d'intentar inferir coneixement de recursos diferents sense intervenció humana, seria creant programes intel·ligents que interpretessin la informació de les diferents fonts. Aquesta solució seria costosa i seria tot un repte fer-ho. D'altra banda, també hi ha la idea, d'acompanyar els continguts amb representació d'ells mateixos, (una representació estandarditzada), que permetés crear autentiques xarxes de coneixement per les quals un programa intel·ligent podria inferir coneixement molt mes fàcilment. El propòsit d'aquest projecte és aprofundir sobre aquesta última proposta, que afegeix coneixement a la web. Per fer-ho coneixerem una eina proposada per afegir significat a la web, l'OWL. Investigarem les seves característiques, i la seva base i entendrem perquè i com s'utilitza. També es presentaran diferents eines per treballar amb OWL. Finalment es presentarà una web semàntica a mode d'exemple.