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Les Arenavirus sont une famille de virus à ARN très diversifiée avec plus de 23 espèces recensées dans le monde, divisées en deux Clades majeures (Emonet et al., 2009). Ils sont classifiés en Arenavirus du Nouveau Monde versus de l'Ancien Monde (Buchmeier, de la Torre, and Peters, 2007) (Fig. 1). Parmi les Arenavirus, sept sont connus pour être les agents causales de fièvres hémorragiques foudroyantes : Les virus Lassa, Junin, Machupo, Guanarito, Sabia, Chapare et Lujo. Les Arenavirus infectent, de façon spécifique, des espèces de rongeurs qui sont le réservoir naturel déterminant ainsi leur distribution géographique (Clegg, 2002). On retrouve le virus de la chorioméningite lymphocytaire (LCMV) à la fois en Europe et aux Amériques. Le rongeur infecté est le vecteur de transmission à l'Homme. Les maladies associées aux infections par les Arenavirus hémorragiques ont un haut taux de mortalité allant de 15 à 30% et sont à haut risque épidémiologique en raison de l'absence de vaccin et de traitement efficace. Pour ces raisons, ces Arenavirus sont classifiés comme pathogènes à haut risque par le centre pour le contrôle des maladies (CDC) (Borio et al., 2002).
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Afin d'étudier l'influence du nombre de reines par colonie sur les processus de reconnaissance, nous avons effectué des tests d'attraction d'ouvrières envers des reines homo et hétérocoloniales. Ces tests ont démontré que le niveau d'attraction des ouvrières était plus élevé envers les reines homocoloniales qu'envers les reines hétérocoloniales, ce qui démontre que les ouvrières sont capables de discriminer entre les deux types de reines. Cette discrimination résulte de l'apprentissage par les ouvrières de l'odeur coloniale probablement juste après l'émergence ou même peut-être avant. Dans nos expériences, les reines étaient vraisemblablement une source importante de cette odeur coloniale. La comparaison entre des sociétés expérimentales monogynes et polygynes a montré que les processus de reconnaissance étaient perturbés en sociétés polygynes. Ces résultats nous amènent à formuler l'hypothèse qu'en sociétés polygynes, le mélange de plusieurs complexes phéromonaux produits par chacune des reines entraîne une odeur coloniale moins spécifique qu'en société monogyne où il y a production d'un complexe phéromonal royal unique. Ces résultats sont discutés par rapport aux autres implications de la polygynie et tout particulièrement la perte d'agressivité entre individus de différentes colonies chez I. humilis et d'autres espèces de fourmis polygynes.
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Résumé La diminution de la biodiversité, à toutes les échelles spatiales et sur l'ensemble de la planète, compte parmi les problèmes les plus préoccupants de notre époque. En terme de conservation, il est aujourd'hui primordial de mieux comprendre les mécanismes qui créent et maintiennent la biodiversité dans les écosystèmes naturels ou anthropiques. La présente étude a pour principal objectif d'améliorer notre compréhension des patrons de biodiversité végétale et des mécanismes sous jacents, dans un écosystème complexe, riche en espèces et à forte valeur patrimoniale, les pâturages boisés jurassiens. Structure et échelle spatiales sont progressivement reconnues comme des dimensions incontournables dans l'étude des patrons de biodiversité. De plus, ces deux éléments jouent un rôle central dans plusieurs théories écologiques. Toutefois, peu d'hypothèses issues de simulations ou d'études théoriques concernant le lien entre structure spatiale du paysage et biodiversité ont été testées de façon empirique. De même, l'influence des différentes composantes de l'échelle spatiale sur les patrons de biodiversité est méconnue. Cette étude vise donc à tester quelques-unes de ces hypothèses et à explorer les patrons spatiaux de biodiversité dans un contexte multi-échelle, pour différentes mesures de biodiversité (richesse et composition en espèces) à l'aide de données de terrain. Ces données ont été collectées selon un plan d'échantillonnage hiérarchique. Dans un premier temps, nous avons testé l'hypothèse élémentaire selon laquelle la richesse spécifique (le nombre d'espèces sur une surface donnée) est liée à l'hétérogénéité environnementale quelque soit l'échelle. Nous avons décomposé l'hétérogénéité environnementale en deux parties, la variabilité des conditions environnementales et sa configuration spatiale. Nous avons montré que, en général, la richesse spécifique augmentait avec l'hétérogénéité de l'environnement : elle augmentait avec le nombre de types d'habitats et diminuait avec l'agrégation spatiale de ces habitats. Ces effets ont été observés à toutes les échelles mais leur nature variait en fonction de l'échelle, suggérant une modification des mécanismes. Dans un deuxième temps, la structure spatiale de la composition en espèces a été décomposée en relation avec 20 variables environnementales et 11 traits d'espèces. Nous avons utilisé la technique de partition de la variation et un descripteur spatial, récemment développé, donnant accès à une large gamme d'échelles spatiales. Nos résultats ont montré que la structure spatiale de la composition en espèces végétales était principalement liée à la topographie, aux échelles les plus grossières, et à la disponibilité en lumière, aux échelles les plus fines. La fraction non-environnementale de la variation spatiale de la composition spécifique avait une relation complexe avec plusieurs traits d'espèces suggérant un lien avec des processus biologiques tels que la dispersion, dépendant de l'échelle spatiale. Dans un dernier temps, nous avons testé, à plusieurs échelles spatiales, les relations entre trois composantes de la biodiversité : la richesse spécifique totale d'un échantillon (diversité gamma), la richesse spécifique moyenne (diversité alpha), mesurée sur des sous-échantillons, et les différences de composition spécifique entre les sous-échantillons (diversité beta). Les relations deux à deux entre les diversités alpha, beta et gamma ne suivaient pas les relations attendues, tout du moins à certaines échelles spatiales. Plusieurs de ces relations étaient fortement dépendantes de l'échelle. Nos résultats ont mis en évidence l'importance du rapport d'échelle (rapport entre la taille de l'échantillon et du sous-échantillon) lors de l'étude des patrons spatiaux de biodiversité. Ainsi, cette étude offre un nouvel aperçu des patrons spatiaux de biodiversité végétale et des mécanismes potentiels permettant la coexistence des espèces. Nos résultats suggèrent que les patrons de biodiversité ne peuvent être expliqués par une seule théorie, mais plutôt par une combinaison de théories. Ils ont également mis en évidence le rôle essentiel joué par la structure spatiale dans la détermination de la biodiversité, quelque soit le composant de la biodiversité considéré. Enfin, cette étude souligne l'importance de prendre en compte plusieurs échelles spatiales et différents constituants de l'échelle spatiale pour toute étude relative à la diversité spécifique. Abstract The world-wide loss of biodiversity at all scales has become a matter of urgent concern, and improving our understanding of local drivers of biodiversity in natural and anthropogenic ecosystems is now crucial for conservation. The main objective of this study was to further our comprehension of the driving forces controlling biodiversity patterns in a complex and diverse ecosystem of high conservation value, wooded pastures. Spatial pattern and scale are central to several ecological theories, and it is increasingly recognized that they must be taken -into consideration when studying biodiversity patterns. However, few hypotheses developed from simulations or theoretical studies have been tested using field data, and the evolution of biodiversity patterns with different scale components remains largely unknown. We test several such hypotheses and explore spatial patterns of biodiversity in a multi-scale context and using different measures of biodiversity (species richness and composition), with field data. Data were collected using a hierarchical sampling design. We first tested the simple hypothesis that species richness, the number of species in a given area, is related to environmental heterogeneity at all scales. We decomposed environmental heterogeneity into two parts: the variability of environmental conditions and its spatial configuration. We showed that species richness generally increased with environmental heterogeneity: species richness increased with increasing number of habitat types and with decreasing spatial aggregation of those habitats. Effects occurred at all scales but the nature of the effect changed with scale, suggesting a change in underlying mechanisms. We then decomposed the spatial structure of species composition in relation to environmental variables and species traits using variation partitioning and a recently developed spatial descriptor, allowing us to capture a wide range of spatial scales. We showed that the spatial structure of plant species composition was related to topography at the coarsest scales and insolation at finer scales. The non-environmental fraction of the spatial variation in species composition had a complex relationship with several species traits, suggesting a scale-dependent link to biological processes, particularly dispersal. Finally, we tested, at different spatial scales, the relationships between different components of biodiversity: total sample species richness (gamma diversity), mean species .richness (alpha diversity), measured in nested subsamples, and differences in species composition between subsamples (beta diversity). The pairwise relationships between alpha, beta and gamma diversity did not follow the expected patterns, at least at certain scales. Our result indicated a strong scale-dependency of several relationships, and highlighted the importance of the scale ratio when studying biodiversity patterns. Thus, our results bring new insights on the spatial patterns of biodiversity and the possible mechanisms allowing species coexistence. They suggest that biodiversity patterns cannot be explained by any single theory proposed in the literature, but a combination of theories is sufficient. Spatial structure plays a crucial role for all components of biodiversity. Results emphasize the importance of considering multiple spatial scales and multiple scale components when studying species diversity.
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RESUME : Les dermatophytes sont les agents infectieux les plus fréquents responsables de la plupart des mycoses superficielles chez les humains et chez les animaux. Ces infections, dermatophytoses, également appelées tineas ou teignes, sont fréquentes et causent des problèmes de santé publique au niveau mondial. La capacité d'envahir et de progresser au sein des structures kératinisées est probablement liée à la sécrétion de différentes enzymes kératinolytiques, qui sont considérées comme la principale caractéristique liée à la pathogénicité de ces champignons. L'objectif de ma thèse a été premièrement de progresser dans l'identification et la caractérisation des nouvelles protéines sécrétées, afin de mieux comprendre a) la capacité globale des dermatophytes à envahir les structures kératinisées, et b) les différences dans la virulence et la spécificité d'hôte que présentent les espèces étudiées .Pour progresser dans l'identification et la caractérisation de ces nouvelles protéines, les secretomes de six espèces de dermatophytes (Trichophyton rubrum, Trichophyton violaceum, Trichophyton soudanense, Trichophyton equinum, Arthroderma vanbreuseghemii et Trichophyton tonsurans) ont été étudiés. Bien qu'il y ait un niveau globalement élevé de similitude entre les protéases sécrétées, les différentes espèces de dermatophytes sécrètent des profiles protéiques distincts lorsqu'elles sont cultivées dans les mêmes conditions de culture, et donc une signature spécifique a pu être associé à chaque espèce. Ces profiles ont été un outil avantageux pour identifier et cartographier les protéines orthologues aux six espèces et ont aussi permit la discrimination d'espèces très proches comme T. tonsurans et T. equinum qui ne peuvent pas être différenciées par l'ADN ribosomal. Ce travail également présente ce que l'on croit être la première identification global des protéines sécrétées par les dermatophytes dans des conditions de culture que incitent l'activité protéolytique extracellulaire. Ce catalogue de protéines, comprenant des endo- and exo- proteases, autres hydrolases, oxydoreductases et des protéines avec fonction inconnue, représente probablement le spectre d'enzymes qui permettent la dégradation des tissus kératinisés en composés qui peuvent être assimilés par le champignon. Les résultats suggèrent qu'un changement écologique pourrait être associé à une expression différentielle des gènes codant les protéines sécrétées, en particulier, les protéases, plutôt qu'à des divergences génétiques au niveau des gènes codant les protéines orthologues. Une sécrétion différentielle des protéines par les dermatophytes pourrait également être responsable de la variabilité inflammatoire qui causent ces agents infectieux chez les différents hôtes. Par conséquent, les protéines identifiées ici sont également importantes pour faire la lumière sur la réponse immunitaire de l'hôte au cours du processus infectieux. SUMMARY : Dermatophytes are the most common infectious agents responsible for superficial mycosis in humans and animals. Dermatophytoses, also called tineas or ringworm, are frequent and cause public health problems worldwide. The secretion of different keratinolytic enzymes is believed to be a key pathogenicity-related characteristic of these fungi. The aim of this work was first to progress in the identification and characterization of novel secreted proteins, in order to better understand a) the overall capability of dermatophytes to invade keratinised structures, and b) differences in virulence and host-specificity of the investigated species. To progress in the identification and characterization of novel proteins, the secretomes from Trichophyton rubrum, Trichophyton violaceum, Trichophyton soudanense, Trichophyton equinum, Arthroderma vanbreuseghemii and Trichophyton tonsurans were studied. Although there is a high global level of similarity among the secreted proteases, different dermatophyte species produce distinct patterns of proteins when grown in the same culture medium, and so a specific signature could be associated to each species. These patterns were useful to identify and map orthologous proteins among the six species, as well as to discriminate the closely related species T. tonsurans and T. equinum, which cannot be differentiated by ribosomal DNA. This work also presents the first in-depth identification of the major proteins secreted by dermatophytes growing under conditions promoting extracellular proteolytic activity. This catalogue of proteins, which include several endo- and exo- proteases, other hydrolases, oxydoreductases, and proteins of unknown function, probably represents the spectrum of enzymes that allow the degradation of keratinized tissues into compounds which can be assimilated by the fungus. The results suggest that ecological switching could be related to a differential expression of genes encoding secreted proteins, particularly, proteases, rather than genetic divergences of the genes encoding orthologous proteins. Differential secretion of proteins by Dermatophyte species could also be responsible for the variable inflammation caused by the infectious agent within the host. Therefore, the proteins here identified are also important to shed light into the immune response of the host during the infection process.
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IntroductionLe lymphome primaire de l'os (LPO) représente moins de 1% de tous les lymphomes malins. Dans cette étude, nous avons évalué le profil de la maladie, les résultats thérapeutiques, et les facteurs pronostiques d'une série consécutive de patients atteints de LPO de stade I et II. Matériel et méthodeDans treize institutions du Réseau des Cancers Rares (Rare Cancer Network), 116 patients ont été traités pour un LPO entre 1987 et 2008, et sont l'objet de cette étude rétrospective. Quatre-vingt-sept patients ont subi une chimioradiothérapie (CXRT) sans (78), ou avec (9) une chirurgie, 15 ont bénéficié de radiothérapie (RT) sans (13), ou avec (2) chirurgie, 14 d'une chimiothérapie (CXT) sans (9), ou avec (5) chirurgie. La dose médiane de RT était de 40 Gy (4-60). Le nombre médian de cycles de CXT était de 6 (2-8). Le suivi médian était de 41 mois (6-242). RésultatsLe taux de réponse global à la fin du traitement était de 91% (74% de réponses complètes et 17% de réponses partielles). Une récidive locale ou une progression ont été observées chez 12 (10%) patients et une récidive systémique chez 17 (15%) patients. La survie globale, la survie spécifique, et le contrôle local à 5 ans ont été de 76%, 78% et 92%, respectivement. En analyse univariée (log-rank test), les facteurs pronostiques favorables pour la survie globale et la survie spécifique étaient: un indice pronostique international (IPI) inférieur ou égale à 1 (P = 0.009), un grade histologique élevé (P = 0.04), une CXRT (P = 0.05), une CXT (P = 0.0004), une réponse complète (P <0.0001), et une dose de supérieure à 40 Gy (p = 0.005). Concernant le contrôle local, seules la rémission complète et stade I ont été des facteurs favorables. En analyse multivariée, le score IPI, la dose de RT, la rémission complète, et la CXT ont influencé le résultat de façon indépendante en ce qui concerne la survie globale et la survie spécifique. La rémission complète a été le seul facteur prédictif pour le contrôle local. ConclusionCette étude multicentrique rétrospective confirme le bon pronostic du LPO de stade précoce traité par une combinaison de chimio-radiothérapie. Une dose de suffisant de radiothérapie et un nombre adéquat de cycles de chimiothérapie ont été suivis des résultats les plus favorables.
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RAPPORT DE SYNTHÈSE : Les profils des granules cytotoxiques des cellules T CD8 mémoires sont corrélés à la fonction, à leur état de différentiation et à l'exposition à l'antigène. Les lymphocytes T-CD8 cytotoxiques exercent leur fonction antivirale et antitumorale surtout par la sécrétion des granules cytotoxiques. En général, ce sont l'activité de dégranulation et les granules cytotoxiques (contenant perforine et différentes granzymes) qui définissent les lymphocytes T-CD8 cytotoxiques. Dans cette étude, nous avons investigué l'expression de granzyme K par cytométrie en flux, en comparaison avec l'expression de granzyme A, granzyme B et de perforine. L'expression des granules cytotoxiques a été déterminée dans lymphocytes T-CD8 qui étaient spécifiques pour des différents virus, en particulier spécifique pour le virus d'influenza (flu), le virus Ebstein Barr (EBV), le virus de cytomégalie (CMV) et le virus de l'immunodéficience humaine (HIV). Nous avons observé une dichotomie entre l'expression du granzyme K et de la perforine dans les lymphocytes T-CD8 qui étaient spécifiques aux virus mentionnés. Les profils des lymphocytes T-CD8 spécifiques à flu étaient positifs soit pour granzyme A et granzyme K soit pour le granzyme K seul, mais dans l'ensemble négatifs pour perforine et granzyme B. Les cellules spécifiques à CMV étaient dans la plupart positives pour perforine, granzyme B et A, mais négatives pour le granzyme K. Les cellules spécifiques à EBV et HIV étaient dans la majorité positives pour granzyme A, B et K, et dans la moitié des cas négatives pour la perforine. Nous avons également analysé, selon les marqueurs de mémoire de CD45 et CD127, les profils de différentiation cellulaire: Les cellules avec les granules cytotoxiques contenant exclusivement le granzyme K, étaient associées à un état de différentiation précoce. Au contraire, les protéines cytolytiques perforine, granzyme A et B, correspondent à une différentiation avancée. En outre, les protéines perforine et granzyme B, mais pas les granzymes A et K, sont corrélées à une activité cytotoxique. Finalement, des changements dans l'exposition d'antigène in vitro et in vivo suivant une infection primaire d' HIV ou une vaccination modulent le profil de granules cytotoxiques. Ces résultats nous permettent d'étendre la compréhension de la relation entre les différents profils de granules cytotoxiques des lymphocytes T-CD8 et leur fonction, leur état de différentiation et l'exposition à l'antigène.
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Résumé : Dans le modèle murin d'infection avec le parasite protozoaire Leishmania major (L. major), la souche de souris C57BL/6 est résistante a |'infection et développe une réponse protectrice Thelper (Th) 1. Inversement, les souris de la souche BALB/c développent une réponse Th2 et sont sensibles a cette infection. A la suite d'une infection avec ce parasite, les neutrophiles sont les premières cellules présentes au site d'infection et sont recrutées de manière égale dans les souches résistantes et sensibles à L. major, Néanmoins, trois jours après l'infection, la majorité des neutrophiles disparaissent du site d'infection chez les souris C57BL/6, tandis que ils restent jusqu'a dix jours chez les souris BALB/c. Un rôle crucial des neutrophiles a été démontré durant l'infection avec L. major. En effet, la déplétion de ces cellules avant |'infection dans les souris BALB/c, conduit a une réduction du développement des lésions, associée à une baisse de la charge parasitaire et a une modification de la réponse immunitaire vers une réponse Th1 dans des souris normalement sensibles a |'infection, suggérant un rôle immunorégulateur de ces neutrophiles durant les premiers jours de l'infection. Dans la première partie de cette thèse, nous avons étudié le rôle des neutrophiles suite à l'infection avec L. major. Nous avons démontré que le parasite induisait des phénotypes de neutrophiles distincts chez les souris résistantes ou sensibles à L. major. Suite à l'exposition au parasite, les neutrophiles de souris C57BL/6 ont montré une expression élevée des récepteurs Toll-like 2, 7 et 9 ainsi que la sécrétion d'lL-12p7O et d'lL-10, alors que ceux de souris BALB/c sécrétaient de l'IL-12p40 et du TGFB. Nous avons ensuite démontré qu'en réponse à L. major, au contraire des neutrophiles de BALB/c, les neutrophiles de souris résistantes C57BL/6, libéraient la chimiokine CCL3 attirant les cellules dendritiques. Le rôle crucial de cette chimiokine dans la migration de la première de vague de cellules dendritiques au site d'infection ainsi que son rôle dans le développement de la réponse immunitaire subséquente a été établi. Ces résultats démontrent que les neutrophiles, suite a |'infection avec le parasite L. major, créent un microenvironnement capable de déterminer le développement d'une réponse immunitaire spécifique a un antigène. Dans un second temps, nous nous sommes intéressés au rôle des neutrophiles suite a l'infection avec d'autres espèces de Leishmania: L, doriovani et L. mexicaria, agents responsables de leishmaniose viscérale et cutanée chronique respectivement. Un rôle crucial des neutrophiles a été démontré dans la réponse protectrice suite a l'infection avec L. donovani, l'absence de ces cellules amenant à une susceptibilité au parasite accrue, associée avec une induction préférentielle d'une réponse Th2. Inversement, la déplétion des neutrophiles lors de l'infection avec L. mexicaria aboutit a une résistance accrue, comme constaté par la baisse dela charge parasitaire, la hausse de la réponse Th1 ainsi la baisse de la réponse Th2 dans les souris déplétées en neutrophiles. Néanmoins, malgré le rôle délétère des neutrophiles sur le développement d'une réponse protectrice suite à |'infection avec L. mexicana, ces cellules sont nécessaires pour une résolution correcte dela réponse inflammatoire. En résumé, cette étude révèle un rôle majeur des neutrophiles lors de |'infection avec plusieurs especes de Leishmania. Résumé pour un large public : Les neutrophiles font partie de la famille des globules blancs. A la suite d'une infection, ces cellules sont les premières a être recrutées au site d'infection et sont impliquées dans |'élimination des pathogènes. Dans cette thèse, nous nous somme donc intéressés au rôle que pouvaient jouer ces neutrophiles durant l'infection avec le parasite protozoaire Leishmania major (L. major). Dans le modèle murin d'infection avec L. major, la majorité des souches de souris utilisées dans la recherche, dont les souris de la souche C57BL/6, développent de petites lésions qui guérissent spontanément après quelques semaines (souris résistantes). ll existe néanmoins, quelques souches de souris, dont la souche de souris BALB/c, qui développent des lésions qui ne guérissent pas (souris sensibles). Il a été observé que lors de l'lnfection avec ce parasites les neutrophiles étaient les premières cellules recrutées au site de l'lnfection dans toutes les souches de souris, toutefois trois jours après le début dela réaction immunitaire, la majorité des neutrophiles disparaissent chez les souris C57BL/6, tandis qu'ils restent jusqu'à dix jours chez les souris BALB/c. De plus, un rôle crucial des neutrophiles a été démontré durant l'infection avec L. major. En effet, l'absence de neutrophiles durant les trois premiers jours de l'infection chez les souris sensibles à |'infection, rend ces souris résistantes. Ces résultats suggèrent donc un rôle régulateur de la réponse immunitaire des neutrophiles durant les premiers jours de l'infection. Dans la première partie de cette thèse, nous avons étudié le rôle des neutrophiles suite à l'infection avec L. major. Nous avons donc analysé la sécrétion des cytokines, molécules essentielles qui déterminent la réponse immunitaire, par les neutrophiles. Nous avons démontré que le parasite induisait une sécrétion de cytokines différente entre les souris résistantes ou sensibles a L. major. Nous avons ensuite démontré que seule la souche de souris résistante sécrétait la chimiokine CCL3, connue pour être impliquée dans le recrutement de différentes cellules au site d'infecti0n, dont les cellules dendritiques. Les cellules dendritiques sont un élément fondamental pour un bon déroulement d'une réponse immunitaire, de par leur rôle décisif de liaison entre une réponse précoce non-spécifique au pathogène et une réponse plus tardive spécifique au pathogène et nécessaire pour |'élimination de dernier. Nous avons démontré que les neutrophiles de souris résistantes sécrétaient CCL3 et recrutaient les cellules dendritiques au site d'infecti0n, jouant de ce fait un rôle essentiel dans le développement de la réponse immunitaire. Ces résultats démontrent que les neutrophiles, suite à l'infection avec le parasite L. major, créent un microenvironnement capable de déterminer le développement d'une réponse immunitaire. Dans un second temps, nous nous sommes intéressés au rôle des neutrophiles suite à l'lnfection avec d'autres espèces de Leishmania, L. donovani et L. mexicana. Nous avons pu montrer un rôle crucial de ces cellules dans la réponse à ces deux parasites. En effet, suite à |'infection avec L. donovani, un rôle protecteur des neutrophiles a été observé, leur absence menant à une susceptibilité accrue aux parasites. Dans le cas de l'infection avec L. mexicana, une réduction de |'infection a été observée en absence de neutrophiles, avec néanmoins une augmentation de la lésion, suggérant un rôle important de ces cellules dans le développement de la réponse immunitaire ainsi que dans le contrôle de la réponse inflammatoire. En résumé, cette étude révèle un rôle majeur des neutrophiles lors de l'lnfection avec plusieurs membres de la famille Leishrnania. Summary : Upon infection with the protozoan parasite Leishmania major (L. major), C57BL/6 mice show a resistant phenotype, developing a protective Thelper (Th) 1 response. ln contrast, BALB/c mice develop a Th2 response and are susceptible to infection. Following inoculation with the parasite, neutrophils are the first cells migrating at the site of infection and are equally recruited in both L. major- resistant and susceptible mouse strains. However, after three days of infection, almost all neutrophils disappear from the site of infection in C57BL/6 mice, while they persist until ten days in BALB/c mice. Neutrophils were shown to play a crucial role during infection with L. major. indeed, depletion of these cells in BALB/c mice prior to infection with the parasite led to a lower Iesion development, associated with a lower parasite burden and a modification in the immune response towards a Th1 response in these otherwise susceptible mice, suggesting an immunomodulatory role for neutrophils during the first days of infection. ln the first part of this thesis, we were interested in better understanding the role of neutrophils in infection with L. major. \/\/e found that this parasite was inducing distinct neutrophil phenotypes in L. major-resistant and susceptible mice. Upon exposition with L. major, C57BL/6 neutrophils were reported to express high level of Toll-like receptors 2, 7, 9 mRNA and secrete IL-12p70 and IL-10, while BALB/c neutrophils secreted homodimers of IL-12p40, and TGFB. We then demonstrated that in response to L. major, neutrophils from L. major-resistant C57BL/6 mice release the CCL3 dendritic cell attracting chemokine, which is critical for the first wave of dendritic cell migration to the site of infection and in the development of the subsequent immune response. Altogether, these results demonstrated that upon infection with L. major, neutrophils create a microenvironment that can determine the development of an antigen-specific immune response. ln the second part of the thesis we were interested in understanding the role of neutrophils upon infection with of other species of Leishmania: L. donovani causing visceral leishmaniasis and L. mexicana, agent of chronic cutaneous leishmaniasis. Upon infection with L. donovani, neutrophils were found to play a crucial role in the early protective response, their absence leading to an increased susceptibility to the parasite, associated with the preferential induction of a Th2 response. ln contrast, depletion of these cells early in infection with L. mexicana was leading to an increased resistance, as observed by a decreased parasite burden, increased Th1 and decreased Th2 response in neutrophil-depleted mice. However, despite the deleterious role of neutrophils on the development of a protective immune response upon L. mexicana infection, these cells were required for the proper resolution of the inflammatory response. Altogether, these results highlight a major immunomodulatory role for neutrophils in infection with several species of Leishmania.
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Mycobacterium tuberculosis (Mtb) infection is known to have two main outcomes: latent infection (LTBI) where the pathogen is in a dormant form or active tuberculosis disease (TB), which is, most of the time, highly transmissible. Over one-third of the world's population asymptomatically harbours a latent form of Mtb with a 10% risk of disease reactivation. Efficient vaccine strategies remain unknown and the existing BCG vaccine is believed to protect against only some forms of TB (extra-pulmonary TB in children). Moreover, timely identification of TB remains complex with the actual diagnosis based on clinical observations associated to low efficient tests. Furthermore, current therapies are expensive, heavy and long for patients, and present lesser and lesser efficiency against new drug-resistant strains of Mtb. It is thus important to develop our knowledge on host -Mtb relationship to propose new vaccines, diagnosis tools and medications for the future. This thesis aims at improving our understanding of human immunology in the field of TB. All along this work, the same algorithm has been used and points towards the discovery of new correlates of protection through the comparison of T-cell immune responses in patients with LTBI or TB. We performed a comprehensive analysis of T-cell immune responses to Mtb using polychromatic flow cytometiy to study the functional profile of Μ/ό-specific CD4 Τ cells. We observed a polyfunctional profile in LTBI where CD4 Τ cells mainly co-produced IFN-γ, TNF-α and IL-2. In contrast, in TB, Mtó-specific CD4 Τ cells were mostly single TNF-a positive. Thus, analysis of the cytokine profiles was a strong immunological measure discriminating TB and LTBI. We next analyzed Thl7 cells. Mtò-specific Thl7 cells lacked immediate {i.e. ex vivo) IL-17A effector function in both LTBI and TB individuals. Moreover, they were also absent in bronchoalveolar lavages (BALs). Interestingly, we noticed that Mtb- specific Thl7 cells from LTBI but not from TB subjects acquired the ability to produce IL- 17A following Mtb-specific T-cell expansion. We finally performed a comprehensive characterization of Mfè-specific CD8 Τ cells that were detected in most (60%) TB patients and few (15%) LTBI subjects. We observed differences in the phenotype, the cytotoxicity and the proliferative capacities but not in the cytokine profile of Mtò-specific CD8 Τ cells between LTBI and TB. We concluded that the activity of Mtb infection (i.e. latent versus active) and the clinical presentation were associated to distinct profiles of Mtó-specific CD8 T-cell responses. To conclude, a multiparametric analysis including both CD4 and CD8 T-cell responses to Mtb lead to the development of a significantly improved diagnostic test discriminating between LTBI and TB. All together, these results provide new insights into the interaction between Mtb and the host immune response and expand upon our prior knowledge of tuberculosis. - L'infection par Mycobacterium tuberculosis peut résulter en une infection tuberculeuse latente et asymptomatique ou encore en une forme active et la plupart du temps contagieuse, la tuberculose. Un tiers de la population mondiale serait infectée de manière chronique avec 10 % de risques de développer la maladie durant la vie. Il n'existe actuellement aucun vaccin efficace, le BCG ne conférant qu'une protection partielle contre certaines formes extrapulmonaires de la maladie chez l'enfant. D'autre part, il n'existe pas de méthode diagnostique fiable et rapide, celle-ci se basant dans un premier temps sur l'analyse de la situation clinique des patients. Enfin, les thérapies actuelles sont couteuses et contraignantes pour les patients et tendent à ne plus être efficaces contre les souches émergentes de mycobactérie multi-résistantes. Aussi, il est important de bien comprendre la relation hôte-pathogène de manière à pouvoir proposer de nouveaux outils vaccinaux, diagnostiques et thérapeutiques. Ce manuscrit s'inscrit dans cette direction et vise à améliorer nos connaissances de la réponse immunitaire humaine dans le cadre de la tuberculose. Nous avons suivi un algorithme similaire tout au long des études proposées en comparant les réponses immunes des patients latents à celles des patients actifs, et ce, dans le but de mettre en évidence de potentiels corrélats de protection. Nous avons réalisé par cytométrie en flux une analyse du profil fonctionnel des cellules lymphocytaires CD4 dans la réponse au pathogène. Dans le cas de la tuberculose active, les cellules CD4 sécrètent majoritairement du TNF-α quand, au contraire, elles sécrètent à la fois du TNF-α, de l'IFN-γ et de l'IL-2 (poly-fonctionnalité) dans l'infection latente. Cette observation nous a permis de proposer un nouveau test diagnostique de la maladie active. Nous avons aussi étudié les cellules CD4 Thl7, impliquées dans la réponse immunitaire cellulaire contre les pathogènes extracellulaires et les champignons. Nous avons souligné une variation dans la production d'IL-17 entre infection latente et tuberculose active qui pourrait être impliquée dans la protection de l'individu contre le pathogène. D'autre part, ce manuscrit propose une caractérisation des cellules Τ CD8 dites cytotoxiques dans la tuberculose. Des divergences dans la fréquence des réponses observées, le phénotype mais aussi les capacités prolifératives et cytotoxiques ont pu être mises en évidence entre latence et tuberculose active. Ces observations soulignent le rôle important de ce groupe cellulaire dans l'évolution de la maladie et permettent de proposer une amélioration de l'outil diagnostic précédemment proposé et se basant à la fois sur le profil fonctionnel des cellules Τ CD4 ainsi que sur la présence potentielle d'une réponse CD8 spécifique au pathogène. Ces diverses études réalisées sur les cellules Τ humaines répondant spécifiquement à Mtb nous permettent de faire un pas supplémentaire dans la compréhension de notre réponse immunitaire face à ce pathogène particulièrement dangereux qui continue à l'heure actuelle à tuer chaque année des millions de personnes. - La tuberculose (TB) résulte d'une infection bactérienne par Mycobacterium tuberculosis (Mtb) et existe sous deux formes majeures: une forme latente, lorsque la bactérie est en phase de dormance ainsi qu'une forme active durant laquelle la bactérie se divise activement, entraînant les symptômes de la maladie. La personne infectée devient alors contagieuse dans la plupart des cas. Aujourd'hui des études épidémiologiques assument que plus d'un tiers de la population mondiale serait infectée par la forme latente de la bactérie et que 10% des cas réactiveront donnant lieu à diverses présentations de la maladie. Il n'existe actuellement aucun vaccin réellement efficace chez l'adulte. D'autre part, les traitements antibiotiques utilisés sont très lourds pour les patients et les cliniciens doivent faire face à l'émergence de nouvelles souches bactériennes multi-résistantes non affectées par les thérapies existantes. Les autorités sanitaires sont, d'autre part, confrontées à l'absence d'un outil diagnostique rapide, fiable et efficace. En effet, la méthode de référence reste la culture microbiologique du pathogène qui prend généralement plusieurs semaines, pendant lesquelles le patient pourra contaminer d'autres personnes. En résumé, la lutte contre la tuberculose doit passer par l'élaboration d'un vaccin efficace, de nouvelles thérapies, mais aussi par la mise en place de nouveaux tests diagnostics plus rapides afin d'éviter la dissémination de la maladie. Aussi, la relation hôte-bactérie qui n'est actuellement que peu comprise doit être investiguée. Ce travail de thèse a pour but d'étudier la réponse immunitaire chez l'homme infecté par Mtb et vise plus particulièrement l'étude d'une population clé de cellules immunitaires: les lymphocytes T. L'étude des cellules Τ CD4 nous a permis dans un premier temps de proposer un nouveau test diagnostic de la maladie active. Nous avons aussi analysé plus en détail une population spécifique des cellules Τ CD4 (les cellules Thl7), nous permettant d'associer leur fonction avec un possible état physiologique de protection contre le pathogène. En second lieu nous avons réalisé une caractérisation des cellules Τ CD8, à la fois chez les personnes avec des infections latentes et chez les personnes malades. Nous avons mis en évidence des différences fonctionnelles chez les deux groupes de patients, nous permettant ainsi une meilleure compréhension de l'immunité contre Mtb. Enfin, nous avons combiné les différents profils immunologiques obtenus pour développer un test diagnostic plus performant et sensible que celui proposé antérieurement. Ces diverses études réalisées sur les cellules Τ humaines nous permettent de faire un pas supplémentaire dans la compréhension de la réponse immunitaire face à ce pathogène particulièrement dangereux qui continue à tuer chaque année des millions de personnes.
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Cette communication s'appuie sur une recherche qualitative et s'articule autour d'une étude de cas, le cas d'Angelo, adolescent de 16 ans rencontré en foyer d'éducation (Suisse). Elle vise à interroger les enjeux psychiques du recours, du renforcement et du renoncement aux agirs transgressifs. La proposition du terme agir transgressif permettra d'explorer les contours de la problématique des pathologies de l'agir dans une perspective psychodynamique, au plan intrapsychique et intersubjectif. Dans ce cadre, les épreuves projectives (Hand-Test, Rorschach, TAT) constitueront, associés à l'entretien, des analyseurs privilégiés, au regard de leur potentialité à mettre à l'épreuve notamment les processus de symbolisation propres à rendre compte de l'engagement dans ce type d'agirs. Au-delà, la proposition d'appréhender les agirs de la latence à l'adolescence du point de vue de l'engagement, du renforcement et du renoncement peut ouvrir des perspectives d'accompagnement spécifique pour l'accueil de ces adolescents et de travail à des propositions singulières de prise en charge afin de contribuer à l'amélioration des modalités d'accompagnement et de soins.
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Background: One third of hospitalized older-adults who developed a delirium are discharged prior to complete resolution of their symptoms. Others may develop symptoms shortly after their hospital discharge or an acute illness. Therefore, strategies for early detection and prevention of delirium at home must be created and implemented. Aims: The aim of the pilot study was two-fold. First, to develop and test the effectiveness of a nursing intervention to detect and prevent delirium among older- adults who were recently hospitalized or had an acute illness. Second, we assessed the feasibility and acceptability of this nursing intervention strategy with this specific population. Methods: A total of 114 patients age 65 and older were recruited in a home health service to participate between February and November 2012. Participants were randomized into an experimental group (n=56) or a control group (n=58). In addition to the control group which only receives standard home care, nursing interventions tailored to detect/prevent delirium were delivered to the experimental group at 5 time points following discharge (at 48 hours, 72 hours, 7 days, 14 days, and 21 days). Socio-demographic characteristics, body mass index, medications, comorbidities, delirium symptoms (Confusion Assessment Method), cognitive impairment (Mini- Mental State Examination) and functional status (Activities of Daily Living) were assessed at study entry (TT). Outcomes of delirium symptoms, cognitive impairment and functional status were assessed after one month (T2). Descriptive and bivariate methods were used to analyse the data. Results: The two groups were similar at baseline. At one month following discharge no statistical differences were observed between groups in terms of symptoms of delirium (p= 0.085), cognitive impairment (p= 0.151) and functional status (p= 0.235). However in the nursing intervention group, significant improvements in cognitive functioning (p= 0,005) and functional status (p= 0,000) as well as decreased delirium symptoms (p=0,003) were observed. The nursing intervention strategy was feasible and well received by the participants. Conclusion: Nursing intervention strategy to detect/prevent delirium appears to be effective but a larger clinical study is needed to confirm these preliminary findings. - Introduction : Un tiers des personnes âgées hospitalisées développent un état confusionnel aigu (ECA) et quittent l'hôpital sans que les symptômes ne soient résolus. D'autres peuvent développer des symptômes d'ECA à domicile après une hospitalisation ou une maladie aiguë. Pour ces raisons, des stratégies de détection et prévention précoces d'ECA doivent être développées, implantées et évaluées. But : Cette étude pilote avait pour but de développer et tester les effets d'une stratégie d'interventions infirmières pour détecter et prévenir l'ECA chez des personnes âgées à domicile après une hospitalisation ou une maladie récente. Dans un deuxième temps, la faisabilité et l'acceptabilité de l'implantation de cette stratégie auprès de cette population spécifique ainsi que de l'étude ont été évaluées. Méthode : Au total 114 personnes 65 ans) ont été recrutées entre février et novembre 2012. Les participants ont été randomisés, soit dans le groupe expérimental (GE, n=56), soit dans le groupe témoin (GT, n=58). En complément des soins usuels, une stratégie d'interventions de détection/prévention d'ECA a été dispensée au GE à 48 heures, 72 heures, 7 jours, 14 jours et 21 jours après le retour à domicile ou une maladie récente. Des données sociodémographiques et de santé (Indice de Masse Corporelle, relevé de la médication, comorbidités), la présence de symptômes d'ECA (Confusion Assessment Method), de troubles cognitifs (Mini évaluation de l'état mental) et de déficit fonctionnel (Activités de la vie quotidienne et instrumentales) ont été évalués à l'entrée de l'étude (T,). L'effet de la stratégie d'interventions a été mesuré sur le nombre de symptômes d'ECA, du déficit/état cognitif (Mini évaluation de l'état mental) et du déficit/état fonctionnel (Activités de la vie quotidienne) après un mois (T2). Des analyses descriptives et bivariées ont été effectuées. Résultats : Les deux groupes étaient équivalents au début de l'étude. Aucune différence significative n'a été retrouvée après un mois entre le GE et le GT par rapport au nombre de symptômes d'ECA (p= 0,085), au déficit cognitif (p= 0,151) et fonctionnel (p= 0,235). Toutefois, une amélioration significative a été observée dans le GE par rapport aux symptômes d'ECA (p= 0,003), aux déficits cognitifs (p= 0,005) et fonctionnels (p= 0,000) à un mois. La stratégie d'interventions s'avère faisable et a été bien acceptée par les participants. Conclusion : La stratégie d'interventions infirmières de détection/prévention d'ECA à domicile semble prometteuse, mais des études cliniques à large échelle sont nécessaires pour confirmer ces résultats préliminaires.
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RÉSUMÉ: Le génome de toute cellule est susceptible d'être attaqué par des agents endogènes et exogènes. Afin de préserver l'intégrité génomique, les cellules ont développé des multitudes de mécanismes. La réplication de l'ADN, une étape importante durant le cycle cellulaire, constitue un stress et présente un danger important pour l'intégrité du génome. L'anémie de Fanconi est une maladie héréditaire rare dont les protéines impliquées semblent jouer un rôle crucial dans la réponse au stress réplicatif. La maladie est associée à une instabilité chromosomique ainsi qu'à une forte probabilité de développer des cancers. Les cellules des patients souffrant de l'anémie de Fanconi sont sensibles à des agents interférant avec la réplication de l'ADN, et plus particulièrement àdes agents qui fient les deux brins d'ADN d'une manière covalente. L'anémie de Fanconi est une maladie génétiquement hétérogène. Treize protéines ont pu être identifiées. Elles semblent figurer dans une même voie de signalisation qui est aussi connue sous le nom de « FA/BRCA pathway », car un des gènes est identique au gène BRCA2 (breast cancer susceptibility gene 2). Huit protéines forment un complexe nucléaire dont l'intégrité est nécessaire à la monoubiquitination de deux autres protéines, FANCD2 et FANCI, en réponse à un stress réplicatif. A ce jour, la fonction moléculaire des protéines du « FA/BRCA pathway »reste encore mal décrite. Au début de mon travail de thèse, nous avons donc décidé de purifier les protéines du complexe nucléaire et d'étudier leurs propriétés biochimiques. Nous avons tout d'abord étudié les cinq protéines connues à l'époque qui sont FANCA, FANCC, FANCE, FANCF et FANCG. Par la suite, nous avons étendu notre étude à des protéines découvertes plus récemment, FANCL, FANCM et FAAP24, en concentrant finalement notre travail sur la caractérisation de FANCM. FANCM, contrairement aux autres protéines du complexe, est constituée de deux domaines conservés suggérant un rôle important dans le métabolisme de l'ADN. Il s'agit d'un domaine « DEAH box hélicase »situé dans la partie N-terminale et d'un domaine « ERCC4 nuclease »situé dans la partie C-terminale de la protéine. Dans cette étude, nous avons purifié avec succès la protéine FANCM entière à partir d'un système hétérologue. Nous montrons que FANCM s'attache de manière spécifique à des jonctions de Holliday et des fourches de réplication. De plus, nous démontrons que FANCM peut déplacer le point de jonction de ces structures via son domaine hélicase de manière dépendante de l'ATP. FANCM est aussi capable de dissocier de grands intermédiaires de la recombinaison, via la migration de jonctions de Holliday à travers une région d'homologie de 2.6 kb. Tous ces résultats suggèrent que FANCM peut s'attacher spécifiquement à des fourches de réplication et à des jonctions de Holliday in vitro et que son domaine hélicase est associé à une activité migratoire efficace. Nous pensons que FANCM peut avoir un rôle direct sur les intermédiaires de réplication. Ceci est en accord avec l'idée que les protéines de l'anémie de Fanconi coordonnent la réparation de l'ADN au niveau des fourches de réplication arrêtées. Nos résultats donnent une première indication quant au rôle de FANCM dans la cellule et peuvent contribuer à élucider la fonction de cette voie de signalisation peu comprise jusqu'à présent. SUMMARY: The genome of every cell is subject to a constant offence by endogenous and exogenous agents. Not surprisingly; cells have evolved a multitude of mechanisms which aim at preserving genomic integrity. A key step during the life cycle of a cell, DNA replication itself, constitutes a special danger to the integrity of the genome. The proteins defective in the rare hereditary disease Fanconi anemia (FA) are suspected to play a crucial role in the cellular response to DNA replication stress. The disease is associated with chromosomal instability and pronounced cancer susceptibility. Cells from Fanconi anemia patients are sensitive to a variety of agents which interfere with DNA replication, DNA interstrand cross-linking agents being particularly threatening to their survival. Fanconi anemia is a genetically heterogeneous disease with 13 different proteins identified, which seem to work together in a common pathway. Since one of the FA genes is identical to the breast cancer susceptibility gene BRCA2, it is also referred to as the FA/BRCA pathway. Eight proteins form a nuclear complex, whose integriry is required for the monoubiquitination of two other FA proteins, FANCD2 and FANCI, in response to DNA replication stress. Despite intensive research, the function of the FA/BRCA pathway at a molecular level has remained largely elusive so far. At the beginning of my thesis, we therefore decided to purify the proteins of the FA core complex and to investigate their biochemical properties. We started with the five proteins which were known at that time, FANCA, FANCC, FANCE, FANCF, and FACG. Later on, we extended our studies to the newly discovered proteins FANCL, FANCM, and FAAP24, and eventually focused our work on the characterisation of FANCM. In contrast to the other core complex proteins, FANCM contains two conserved domains, which point to a role in DNA metabolism: an N-terminal DEAH box helicase domain and a C-terminal ERCC4 nuclease domain. In this study, we have successfully purified full-length FANCM from a recombinant source. We show that purified FANCM binds to branched DNA molecules, such as Holliday junctions and replication forks, with high specificity and affinity. In addition, we demonstrate that FANCM can translocate the junction point of branched DNA molecules due to its helicase domain in an ATPase-dependent manner. FANCM can even dissociate large recombination intermediates, via branch migration of Holliday junctions through a 2.6 kb region of homology. Taken together, our data suggest that FANCM can specifically bind to replication forks and Holliday junctions in vitro, and that its DEAH box helicase domain is associated with a potent branch migration activity. We propose that FANCM might have a direct role in the processing of DNA replication intermediates. This is consistent with the current view that FA proteins coordinate DNA repair at stalled replication forks. Our findings provide a first hint as to the context in which FANCM might play a role in the cell. We are optimistic that they might be key to further elucidate the function of a pathway which is far from being understood.
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Résumé Le débat sur la migration des professionnels de santé issus des pays pauvres, et particulièrement des pays africains, date principalement des années 90. La mise sur agenda international du problème est liée d'une part aux inquiétudes vis-à-vis de la détérioration globale des conditions de santé en Afrique et à la péjoration du ratio personnel qualifié/population et d'autre part aux effets des politiques volontaristes d'appel aux spécialistes des pays en développement de la part de plusieurs pays du nord. Les experts soulignent le contraste entre le recrutement croissant de personnels de santé qualifiés (infirmières, médecins) par les pays riches et le déficit de personnels de santé dans les pays du sud et principalement en Afrique subsaharienne. Le discours dominant s'écrit sous le mode de la dramatisation. L'ampleur de l'exode du personnel de santé et ses conséquences pour l'Afrique suscitent un nouvel intérêt pour la recherche sur le « brain drain » dans le secteur de la santé. Un grand nombre d'analyse cherche à mieux comprendre les rapports entre le « push » (les motifs qui poussent les professionnels de santé à vouloir partir) et le « pull » (la demande des pays développés). Notre travail de recherche, suscité par les interrogations internationales vise également à mesurer et à comprendre les facteurs de la migration des médecins africains. Toutefois, il se distingue de la littérature dominante en accordant une place particulière aux arrangements institutionnels des pays d'accueil et à la manière dont ils régulent l'accueil des médecins africains. Après avoir analysé d'un point de vue statistique les flux migratoires des médecins et avoir approfondi par des entretiens les raisons qui poussent au départ, notre thèse vise à mettre en évidence l'importance considérable de l'héritage et des arrangements institutionnels dans la place accordée aux médecins africains dans la profession médicale des pays d'accueil. Pour approfondir le second aspect, notre thèse a opté pour la comparaison de trois cas de figures nationaux offrant des contrastes importants: le Royaume-Uni, la France et la Suisse. Les trois pays diffèrent de manière flagrante par la place qu'occupent les médecins étrangers dans le secteur de la santé et plus spécifiquement des médecins d'origine africaine. L'analyse des conditions de recrutement et de la place qui est accordé aux médecins africains dans les pays européens révèle que les migrations des professionnels de santé et l'insertion professionnelle des médecins africains sont avant tout déterminées par les arrangements institutionnels instaurés par les différents pays au cours de leur histoire. Chacun des trois pays a construit de manière spécifique sa relation avec les médecins formés à l'étranger et avec les médecins africains. Les trois pays choisis illustrent trois modèles d'emploi des médecins africains : un modèle libéral de recrutement (UK), un modèle corporatiste (France) et un modèle « conservateur » (Suisse). L'européanisation exerce des effets différents dans les trois systèmes. Le recrutement européen devient la règle privilégiée du recrutement qui renforce les tendances à l' « exclusion » en France et en Suisse et conforte un retournement de politiques publiques amorcé depuis plusieurs années au Royaume-Uni. L'analyse des trajectoires globales et des spécificités nationales d'emploi révèle également le caractère fortement réducteur du discours global sur les migrations internationales des médecins et les possibles contradictions entre une éthique dite du développement (« hostile aux migrations des médecins en provenance des pays pauvres ») et une éthique du droit de la personne (« le droit universel de migrer »).
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Malignant gliomas, including the most common and fatal form glioblastoma (GBM, WHO grade IV astrocytoma), remain a challenge to treat. In the United States and Europe, more than 30,000 patients per year are newly diagnosed with GBM. Despite ongoing trials, the best currently available multimodal treatment approaches include surgical resection followed by concomitant and adjuvant radiation (RT) and temozolomide (TMZ) therapy, resulting in a low median overall survival (OS) rate ranging from 12.2 - 15.9 months. The important role of genetic and epigenetic changes in DNA, RNA, and protein alteration as well as epigenetic changes secondary to the tumor microenvironment and outside selection pressure (therapeutic interventions), are increasingly being recognized. In GBM treatment, the focus is shifting toward a more patient-centered (personalized) therapy. In this regard, in particular, microRNAs are being increasingly studied. MicroRNAs are non¬protein coding small RNAs that serve as negative gene regulators by binding to a specific sequence in the promoter region of a target gene, thus regulating gene expression. A single microRNA potentially targets hundreds of genes; thus, microRNAs and their cognate target genes have important roles as tumor suppressors and oncogenes as well as regulators of various cancer- specific cellular features, such as proliferation, apoptosis, invasion, and metastasis. The identification of distinct microRNA-gene regulatory networks in GBM patients can be expected to provide novel therapeutic insights by identifying candidate patients for targeted therapies. To this end, in this work we identified and validated clinically relevant and meaningful novel gene- microRNA regulatory networks that correlated with MR tumor phenotypes, histopathology, and patient survival and response rates to therapy. - Le traitement des gliomes malins, y compris sous leur forme la plus commune et meurtrière, le glioblastome (GBM, ou astrocytome de grade IV selon l'OMS), demeure à ce jour un défi. Aux États-Unis et en Europe, un nouveau diagnostic de GBM est prononcé dans plus de 30Ό00 cas par an. En dépit de tests en cours, les meilleures approches thérapeutiques combinées actuellement disponibles comprennent la résection chirurgicale de la tumeur, suivie d'une radiothérapie adjuvante ainsi que d'un traitement au temozolomide (RT/TMZ), thérapies dont résulte une médiane de survie globale basse (overall survival, OS), comprise entre 12.2 et 15.9 mois. On reconnaît de plus en plus le rôle majeur de l'ADN, de l'ARN et de l'altération des protéines ainsi que des modifications épigénétiques, secondaires par rapport au microenvironnement de la tumeur et à la pression de sélection extérieure (les interventions thérapeutiques). Dans le traitement du GBM, le centre d'intérêt se déplace vers une thérapie centrée sur le cas individuel du patient. Dans ce but, en particulier les microARN sont de plus en plus analysés. Les microARN sont de petits ARN non-codants (les protéines) qui servent de régulateurs négatifs de gènes en s'attachant à une séquence spécifique dans la région promotrice d'un gène-cible, régulant ainsi l'expression du gène. Un seul microARN cible potentiellement des centaines de gènes; on a ainsi découvert que les microARN et leurs gènes-cibles apparentés ont une fonction importante en tant que suppresseurs de tumeurs et d'oncogènes, ainsi que comme régulateurs de diverses caractéristiques cellulaires spécifiques du cancer, comme la prolifération, l'apoptose, l'invasion et la métastase. On peut s'attendre à ce que l'identification de réseaux microARN régulateurs de gènes, distincts selon les patients de GBM, fournisse une approche thérapeutique inédite par la détermination des patients susceptibles de réagir favorablement à des thérapies ciblées.
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La place de l'imagerie est essentielle au cours des infections pulmonaires. La TDM doit être effectuée en cas de forte suspicion clinique de pneumonie avec aspect radiographique normal, équivoque ou non spécifique, ce qui concerne particulièrement les sujets immunodéprimés. Elle permet de détecter les anomalies associées ou une affection sous-jacente, d'orienter un lavage broncho-alvéolaire ou de guider une biopsie pulmonaire percutanée ou transbronchique. Les expressions d'un germe peuvent varier selon le degré d'immunodépression. Il en est ainsi pour la tuberculose au cours du sida. Les germes impliqués varient selon le type d'immunodépression, certaines infections pouvant engager rapidement le pronostic vital. Le spectre radiologique de l'aspergillose pulmonaire, complexe, doit être connu, ce diagnostic devant être proposé dans des conditions particulières.
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Le neuroblastome (NB), tumeur spécifique de l'enfant, se situe au second rang en terme de¦fréquence des tumeurs solides dans la population pédiatrique (1). Il dérive des cellules¦primitives de la crête neurale, une population de cellules embryonnaires dotées d'une¦capacité de différentiation en une panoplie de tissus très variés, dont le système nerveux¦sympathique (2). Cette origine explique la très grande hétérogénéité du NB, tant du point de¦vue biologique que clinique (3). Malgré un traitement intensif et multimodal (chirurgie,¦chimiothérapie à haute dose, greffe de moelle osseuse et immunothérapie), seuls 30 % des¦patients de haut risque (stade IV) survivent sans rechute. La forte résistance du¦neuroblastome de haut grade aux diverses thérapies est une des causes probable du¦pronostic sombre de cette tumeur. Les thérapies actuelles étant insuffisamment efficaces, il¦est primordial de comprendre les mécanismes impliqués dans le processus de résistance¦afin d'élaborer de nouveaux traitements, mieux ciblés, capables de contrer toute résistance¦(4).¦Il a été démontré que certains cancers, tels que les tumeurs du poumon, du sein, de la¦prostate ou du colon, possédaient des cellules souches cancéreuses (CSCs) (5). Ces¦dernières, définies comme étant une petite sous-population de cellules malignes, jouent un¦rôle prépondérant dans l'initiation et la progression tumorale. Elles partagent certaines¦propriétés avec les cellules souches physiologiques, telles que la capacité d'autorenouvellement,¦un potentiel de prolifération indéfini, une dépendance à un¦microenvironnement spécifique, une faculté de pluripotence et une résistance accrue aux¦drogues (6). Ce modèle de CSCs a également été étudié pour le NB (7), permettant ainsi¦d'avancer l'hypothèse selon laquelle cette population de CSCs serait responsable de la¦résistance aux chimiothérapies des cellules tumorales du NB.¦Afin de tenter d'éclaircir le caractère résistant aux drogues des CSCs du NB, nous avons¦sélectionné des sous-populations cellulaires résistantes, en traitant par divers agents¦cytotoxiques (cisplatine, doxorubicine, rapamycine et vincristine) cinq lignées différentes de¦neuroblastes. Dans le but d'établir un potentiel enrichissement en CSCs au sein de ces¦sous-populations par rapport aux populations contrôles non traitées, nous avons testé leurs¦fonctions d'auto-renouvellement et de clonogénicité. Ces propriétés ont été respectivement¦mises en évidence par la capacité des cellules à former des sphères de plusieurs¦générations dans des conditions de culture inhibant l'adhésion cellulaire et par la mesure de¦la croissance cellulaire en milieu semi-solide (soft agar assay). Une analyse d'expression¦génique effectuée préalablement par microarray (Human Genome U133Plus 2.0 Affymetrix¦GeneChip oligonucleotide) dans le laboratoire avait révélé une liste de gènes surexprimés¦dans les CSCs, dont fait partie mdr1 (8). Ce gène code la protéine de transport Pgp (Pglycoprotein),¦impliquée dans le mécanisme de résistance (9,10). Une étude par cytométrie¦en flux de l'expression de MDR1 dans nos diverses populations a également été réalisée¦afin de mettre en évidence une potentielle surexpression de ce gène au sein des cellules¦résistantes aux chimiothérapies.