Atteindre une sécurité alimentaire durable : analyse des solutions de rechange à l’agriculture conventionnelle

Les méthodes agricoles ou les modes de production alimentaire sont guidés par nos besoins en tant que société. Se nourrir reste un besoin vital pour l’être humain et les sphères du développement durable font partie intégrante de cette nécessité. Nos comportements sociétaux ont contribué à dégrader radicalement les conditions environnementales des sols et des enjeux importants en ressortent. L’un des exemples le plus connu est les changements climatiques et son lot de problèmes associés. Le cercle vicieux se poursuit et va jusqu’à toucher nos besoins vitaux, donc se nourrir. La production agricole, en conséquence, fait face à cet enjeu climatique et elle doit y répondre pour survivre. Ainsi, l’objectif de cet essai est d’analyser les autres solutions possibles à l’agriculture conventionnelle qui existent en matière de productions alimentaires, et ce, en réponse aux enjeux de sécurité alimentaire. Le but est de démontrer comment ces solutions promeuvent les aspects du développement durable. Ultimement, des recommandations seront formulées afin que les acteurs du milieu alimentaire et agricole soient prêts à mettre de l’avant de meilleures pratiques pour l’avenir. L’agriculture urbaine, les microfermes, l’agriculture soutenue par la communauté, les marchés publics, l’évitement du gaspillage alimentaire et plusieurs autres solutions existent pour rendre le système agricole québécois plus durable. L’environnement, la société, l’économie et les autres sphères du développement durable doivent être des piliers importants dans la planification de projets en agriculture. La relève agricole doit se tourner vers ces autres options qui existent et qui sont mieux adaptées pour elle. L’implantation d’une microferme est un choix à privilégier pour sa capacité de produire de manière efficace sur une petite surface tout en étant une entreprise profitable. La formation continue permettrait de faire profiter les jeunes et les moins jeunes agriculteurs à de nouvelles initiatives en agriculture durable. L’efficacité énergétique doit être une priorité pour les producteurs et ainsi les énergies renouvelables doivent remplacer le carburant fossile. Les solutions sont à portée de main pour le milieu agricole, ainsi que les consommateurs. Il ne reste qu’à agir concrètement et mettre en place ces pratiques.

Development and application of sensitive genome-wide platforms to study the genetic and epigenetic (DNA methylation) makeup of gametes and early bovine embryos

Pour ce projet, nous avons développé une plateforme pour l’analyse pangénomique de la méthylation de l’ADN chez le bovin qui est compatible avec des échantillons de petites tailles. Cet outil est utilisé pour étudier les caractéristiques génétiques et épigénétiques (méthylation de l’ADN) des gamètes soumis aux procédures de procréation médicalement assisitée et des embryons précoces. Dans un premier temps, une plateforme d’analyse de biopuces spécifiques pour l’étude de la méthylation de l’ADN chez l’espèce bovine a été développée. Cette plateforme a ensuite été optimisée pour produire des analyses pangénomiques de méthylation de l’ADN fiables et reproductibles à partir d’échantillons de très petites tailles telle que les embryons précoces (≥ 10 ng d’ADN a été utilisé, ce qui correspond à 10 blastocystes en expansion). En outre, cet outil a permis d’évaluer de façon simultanée la méthylation de l’ADN et le transcriptome dans le même échantillon, fournissant ainsi une image complète des profils génétiques et épigénétiques (méthylation de l’ADN). Comme preuve de concept, les profils comparatifs de méthylation de l’ADN spermatique et de blastocystes bovins ont été analysés au niveau de l’ensemble du génome. Dans un deuxième temps, grâce à cette plateforme, les profils globaux de méthylation de l’ADN de taureaux jumeaux monozygotes (MZ) ont été analysés. Malgré qu’ils sont génétiquement identiques, les taureaux jumeaux MZ ont des descendants avec des performances différentes. Par conséquent, l’hypothèse que le profil de méthylation de l’ADN spermatique de taureaux jumeaux MZ est différent a été émise. Dans notre étude, des différences significatives entre les jumeaux MZ au niveau des caractéristiques de la semence ainsi que de la méthylation de l’ADN ont été trouvées, chacune pouvant contribuer à l’obtention de performances divergentes incongrues des filles engendrées par ces jumeaux MZ. Dans la troisième partie de ce projet, la même plateforme a été utilisée pour découvrir les impacts d’une supplémentation à forte concentration en donneur de méthyle universel sur les embryons précoces bovins. La supplémentation avec de grandes quantités d’acide folique (AF) a été largement utilisée et recommandée chez les femmes enceintes pour sa capacité bien établie à prévenir les malformations du tube neural chez les enfants. Cependant, plus récemment, plusieurs études ont rapporté des effets indésirables de l’AF utilisé à des concentrations élevées, non seulement sur le développement de l’embryon, mais aussi chez les adultes. Au niveau cellulaire, l’AF entre dans le métabolisme monocarboné, la seule voie de production de S-adénosyl méthionine (SAM), un donneur universel de groupements méthyles pour une grande variété de biomolécules, y compris l’ADN. Par conséquent, pour résoudre cette controverse, une forte dose de SAM a été utilisée pour traiter des embryons produits in vitro chez le bovin. Ceci a non seulement permis d’influencer le phénotype des embryons précoces, mais aussi d’avoir un impact sur le transcriptome et le méthylome de l’ADN. En somme, le projet en cours a permis le développement d’une plateforme d’analyse de la méthylation de l’ADN à l’échelle du génome entier chez le bovin à coût raisonnable et facile à utiliser qui est compatible avec les embryons précoces. De plus, puisque c’est l’une des premières études de ce genre en biologie de la reproduction bovine, ce projet avait trois objectifs qui a donné plusieurs nouveaux résultats, incluant les profils comparatifs de méthylation de l’ADN au niveau : i) blastocystes versus spermatozoïdes ; ii) semence de taureaux jumeaux MZ et iii) embryons précoces traités à de fortes doses de SAM versus des embryons précoces non traités.

La gestion des lisiers par les grands producteurs porcins aux États-Unis : quelles sont les alternatives durables?

Les dernières décennies ont apporté de grandes transformations à l'élevage porcin, qui est dorénavant considérée comme une agro-industrie composée de quelques grands joueurs à l’échelle internationale. Ces changements structurels ont contribué à l’apparition de problèmes associés à la quantité croissante de lisier produite par le secteur porcin aux États-Unis. Certaines préoccupations environnementales telles que les impacts sur les eaux de surface et souterraine, les effets sur la qualité de l’air et des sols sont notamment soulevées. Par contre, lorsque la gestion et l’épandage du lisier sont faits de manière adéquate en prenant soin d’éviter toute forme de pollution, le lisier est un excellent engrais, riche en nutriments essentiels aux cultures. Actuellement, deux méthodes d’entreposage sont généralisées aux États-Unis : les fosses souterraines pour entreposer le lisier non-dilué et les lagunes ouvertes pour le lisier liquide. La majorité des producteurs valorisent toujours leur lisier par épandage aux champs. Malheureusement, les méthodes actuelles de gestion utilisées ne sont pas jugées durables, ni du point de vue environnemental, social ou économique. Pourtant, plusieurs pratiques durables et efficaces existent et peuvent être introduites de façon relativement simple comme entre autres, l’implantation de bandes riveraines et l’épandage du lisier en post-levée avec des engrais verts. De plus, la valorisation énergétique grâce à un digesteur anaérobie est une option forte intéressante en raison des avantages économiques qui peuvent découler de son utilisation. Pour le moment, ces méthodes restent toujours très marginales. Certains freins sont possiblement responsables de l’inaction face aux problèmes environnementaux causés par le lisier. Entre autres, le fait que les producteurs porcins soient maintenant sous contrats avec des firmes intégratrices, le monopole de certaines compagnies agroalimentaire et les emplois précaires offerts par les industries. Ainsi, après l’analyse de la gestion des lisiers aux États-Unis, plusieurs constats et recommandations ont pu être formulés : la nécessité de mettre en place une loi sur la qualité de l’air, les changements nécessaires au Clean Water Act, l’abolition des lagunes dans le but de mettre en place des méthodes plus durables telles les digesteurs anaérobies, la mise en place de moratoire pour les cheptels dans les régions avec des surplus d’éléments nutritifs dans le sol et enfin le retour graduel à une agriculture à plus petite échelle et locale.

Mise en évidence de dysfonctions liées au développement de l'endométriose péritonérale Contributions angio-inflammatoires des cytokines et prostaglandines

L’endométriose est une maladie gynécologique, touchant les femmes en âge de procréer. Cette pathologie est caractérisée par la présence de tissu endométrial ectopique, c’est-à-dire en dehors de la cavité utérine. Des dysfonctions du système immunitaire sont de plus en plus souvent suspectées comme étant un des éléments responsables de la pathogenèse de cette maladie. L’objectif général de ce projet a donc été d’étudier les mécanismes cellulaires de molécules pro-inflammatoires aux propriétés variées et à l’expression anormalement élevée dans cette pathologie, que sont MIF et les prostaglandines PGE2 et PGF2α, dans les anomalies inflammatoires et invasives en cause dans cette pathologie. La première partie de nos travaux a porté sur l’étude d’un modèle murin de l’endométriose déficient du gène MIF. Le nombre et le volume des lésions collectées à partir des souris déficientes pour le gène MIF sont significativement inférieurs à ceux mesurés dans des souris sauvages utilisées comme contrôle. L’analyse par PCR des cellules isolées des lésions de souris déficientes du gène MIF a révélé une expression réprimée des protéines d’adhésion, d’inflammation et d’angiogenèse. Ces données démontrent pour la première fois que le MIF agit directement sur la croissance et la progression de lésions d’endométriose in vivo. Une partie de nos travaux a porté sur les molécules nécessaires au métabolisme de PGE2 et PGF2α dans l’endomètre eutopique des femmes normales et l’endomètre eutopique et ectopique des femmes atteintes d’endométriose. Selon nos données, l’expression de certains de ces facteurs est perturbée durant cette maladie, ce qui peut avoir des effets délétères sur la physiologie de la procréation. La stimulation des cellules ectopiques par PGF2α entraîne une libération accrue de VEGF et CXCL-8, ceci via l’induction de COX-2 et des deux variants d’épissage du récepteur FP. De plus, la PKC joue un rôle dans ce phénomène, dépendamment et indépendamment de la PLC. Par son effet inducteur sur la libération de VEGF et CXCL-8, PGF2α pourrait favoriser l’aspect inflammatoire et le développement ectopique des lésions d’endométriose, notamment par des phénomènes d’angiogenèse et de prolifération cellulaire accrus. L’effet de PGF2α sur la libération de VEGF et CXCL-8 par les cellules endométriales ectopiques pourrait également expliquer les quantités élevées de ces cytokines dans le liquide péritonéal des femmes atteintes d’endométriose, un phénomène suspecté dans l’infertilité et les douleurs associées à cette maladie. Nos derniers résultats obtenus à partir du liquide péritonéal montrent un profil cytokinique en faveur de l’angiogenèse et la prolifération des lésions d’endométriose, avec une forte augmentation des facteurs suivants : EGF, FGF-2, IL-1α, MIP-1β, TGFα, PDGF-AA, PDGF-BB, MCP-3, sCD40L, Gro Pan, IL-17α, MDC et Rantes, confortant nos observations préalables redéfinissant la maladie comme étant d’origine angio-inflammatoire. L’endométriose et ses symptômes sont des phénomènes complexes ayant probablement plus qu’une seule origine. Parmi les nombreux facteurs à l’expression altérée dans l’endométriose, notre étude montre que MIF, PGE2 et PGF2α, ainsi qu’une pléthore de facteurs pro-angiogéniques pourraient être de ceux jouant un rôle dans l’infertilité et les douleurs reliées à cette maladie.

Revitalisation de la résilience urbaine de la Ville de Sherbrooke via une transformation de sa mobilité citoyenne

L’objectif de cet essai est de déterminer comment la mobilité des citoyens de la Ville de Sherbrooke pourrait être transformée pour réduire la dépendance aux combustibles fossiles tout en améliorant le potentiel de résilience urbaine de sa communauté. La résilience urbaine est un concept gagnant en popularité dans le discours qui accompagne le développement durable. Elle permet aux sociétés de mieux s’adapter et se transformer face aux crises qu’elles sont vouées à vivre dans un contexte environnemental, social et économique changeant. La poursuite d’une résilience urbaine plus forte est d’autant plus pertinente face aux enjeux énergétiques et climatiques pressants. La récolte de pistes de solution menant à une plus faible dépendance au pétrole par l’expérimentation d’une approche participative conviant des parties prenantes intéressées par les transports urbains de Sherbrooke est un sous-objectif de l’essai. Les méthodes de planification participative sont d’ailleurs réputées pour favoriser la mise en œuvre de projets au sein des communautés par l’engagement citoyen qu’elles suscitent, en plus d’adopter une approche plus systémique face aux problématiques environnementales. L’analyse des pistes de solutions récoltées démontre que la résilience urbaine de Sherbrooke peut être revitalisée via la mise en œuvre conjointe de celles-ci. Effectivement, l’idée de développer un système de transport collectif basé sur des énergies alternatives au pétrole complète les trois autres pistes de solution. Ces dernières étant de mettre en place des mesures incitatives au sein des organisations sherbrookoises pour la promotion du transport actif chez les employés, de prioriser la marche et le vélo sur l’ensemble des rues de la ville et de densifier l’aménagement urbain au profit des transports actifs et des commerces de proximité. Trois grandes recommandations peuvent donc être faites pour la communauté sherbrookoise afin de faciliter la mise en œuvre de ces solutions et augmenter son potentiel de résilience urbaine. Premièrement, la Ville de Sherbrooke pourrait mettre en place un programme de soutien à la création d’éco-quartiers afin de faciliter la priorisation des transports actifs et la densification urbaine. Deuxièmement, les décideurs sont invités à utiliser davantage des approches de planification participative au sein de leurs processus décisionnels afin d’adopter une approche plus systémique et prendre plus en considération les opinions citoyennes. Finalement, la ville pourrait joindre le mouvement « vélosympathique » de Vélo Québec et récompenser les organisations sherbrookoises qui mettent en place des incitatifs pour encourager le transport actif chez leurs employés.

Adenylate cyclase activity in ob/ob mice: Discriminating alterations in adipose tissue and liver.

info:eu-repo/semantics/published

Fatty acid synthesis from U-14C glucose, U-14C fructose, L-U-14C alanine and 3H2O in liver slices and adipose tissue from Bar-Harbor obese-hyperglycemic mice.

info:eu-repo/semantics/published

Antilipolytic activity of suloctidil in rat adipose tissue

info:eu-repo/semantics/published

Characterization of the glial scar tissue in a murine model of spinal cord compression, with focus on hyaluronan

Spinal cord injury (SCI) is a devastating neurological disorder that affects thousands of people each year. Although in recent decades significant progress has been made in relation to understanding the molecular and cellular events underlying the nervous damage, spinal cord injury is still a highly disabling condition for which there is no curative therapy. People affected by spinal cord injuries manifested dysfunction or loss, temporary or permanent, of motor, sensory and / or autonomic functions depending on the spinal lesion damaged. Currently, the incidence rate of this type of injury is approximately 15-40 cases per million people worldwide. At the origin of these lesions are: road accidents, falls, interpersonal violence and the practice of sports. In this work we placed the hypothesis that HA is one of the component of the scar tissue formed after a compressive SCI, that it is likely synthetised by the perilesional glial cells and that it might support the permeation of the glial scar during the late phase of SCI. Nowadays, much focus is drawn on the recovery of CNS function, made impossible after SCI due to the high content of sulfated proteoglycans in the extracellular matrix. Counterbalancing the ratio between these proteoglycans and hyaluronic acid could be one of the experimental therapy to re-permeate the glial scar tissue formed after SCI, making possible axonal regrowth and functional recovery. Therefore, we established a model of spinal cord compression in mice and studied the glial scar tissue, particularly through the characterization of the expression of enzymes related to the metabolism of HA and the subsequent concentration thereof at different distances of the lesion epicenter. Our results show that the lesion induced in mice shows results similar to those produced in human lesions, in terms of histologic similarities and behavioral results. but these animals demonstrate an impressive spontaneous reorganization mechanism of the spinal cord tissue that occurs after injury and allows for partial recovery of the functions of the CNS. As regards the study of the glial scar, changes were recorded at the level of mRNA expression of enzymes metabolizing HA i.e., after injury there was a decreased expression of HA synthases 1-2 (HAS 1-2) and an increase of the expression HAS3 synthase mRNA, as well as the enzymes responsible for the HA catabolism, HYAL 1-2. But the amount of HA measured through the ELISA test was found unchanged after injury, it is not possible to explain this fact only with the change of expression of enzymes. At two weeks and in response to SCI, we found synthesized HA by reactive astrocytes and probably by others like microglial cells as it was advanced by the HA/GFAP+ and HA/IBA1+ cells co-location.

Caractérisation des effets de l’hyperglycémie chronique dans la choroïde d’yeux diabétiques

But: Le diabète est un problème important de santé publique et la complication oculaire la plus commune est la rétinopathie diabétique (RD). Certaines études indiquent que la choroïde des patients diabétiques est affectée sans signe apparent de RD. Notre hypothèse est que l’élévation du stress oxydant liée à l’hyperglycémie chronique affecte la fonction choroïdienne à un stade précoce de la RD. Nous proposons d’étudier la glycolyse, le métabolisme mitochondrial, le stress nitrosatif et la méthylation de l’ADN ainsi que de caractériser les modifications histologiques dans la choroïde diabétique. Méthodes: L’expression des gènes/protéines associés à la glycolyse, au métabolisme mitochondrial et à la production de l’oxyde nitrique a été comparée par profilage génique et immunobuvardage Western entre les choroïdes saines et diabétiques. Les niveaux globaux de méthylation et d’hydroxyméthylation de l’ADN ont été quantifiés par immunoslot blot et HPLC-MS/MS dans ces tissus. Enfin, des coupes tissulaires d’yeux de donneurs sains ou diabétiques avec RD non proliférante (RDNP) ou proliférante (RDP) ont été colorées au trichrome de Masson et au Weigert. L’épaisseur de la choroïde et de la membrane de Bruch, ainsi que la densité et le diamètre des vaisseaux sanguins choroïdiens ont été analysés. Résultats: Nos résultats montrent une dérégulation de l’expression de certains transcrits de la choroïde diabétique, mais peu de différences au niveau de l’expression protéique des cibles validées. Le niveau global de méthylation de l’ADN est similaire entre les donneurs sains et diabétiques. Nos analyses histologiques démontrent une diminution de l’épaisseur de la choroïde et une dégénérescence des choriocapillaires et des veines/veinules chez les donneurs diabétiques atteints de RDP. Conclusions: L’étude de la choroïde est importante, car l’atteinte de ce tissu a de graves répercussions sur la fonction rétinienne. L’identification de cibles dans la choroïde ouvre de nouvelles perspectives pour un traitement préventif de la RD.

Ecophysiologie de la maturation sexuelle et de la ponte de l'huître creuse Crassostrea gigas : réponses métaboliques (respiration) et alimentaires (filtration, absorption) en fonction des différents stades de maturation

The study of maturation and spawning of the oyster is part of a research program to investigate the summer mortalities of the oysters, Crassostrea gigas in Marennes-Oléron Bay. Four maturity stages were simultaneously obtained by diet and thermal conditioning (immature, low maturation, mature and post-spawning stages). Measurements of clearance, filtration, absorption and respiration rates allowed a calculation of the scope for growth and hence an estimation of the oyster's energetic budget at various maturity stages. Male and female oysters had similar physiological responses. The filtration rate ranged from 2.4 to 2.6 1.h(-1) at the early stages of maturation and decreased to 1.8 1.h.' during the maturity stage. Growth rate resulting from gonad development did not induce filtration rate changes. Mature 2.5 and 1.5-year-old oysters showed a negative energy budget reaching -15 and -90 J.h(-1) respectively. By contrast, non-ripe oysters had scope for growth in the range 110 to 170 J.h(-1). A negative energy budget during the high maturation stage resulted from a reduced absorption efficiency. A new allometric relationship for the respiration model of C. gigas was defined during vitellogenesis with a 0.574 coefficient value. Based on Our results, the oyster's physiological weakness during vitellogenesis should be considered as a part of explanation for spring and summer mortalities of cultured oysters in Marennes-Oléron Bay.

Ecophysiologie de la maturation sexuelle et de la ponte de l'huître creuse Crassostrea gigas : réponses métaboliques (respiration) et alimentaires (filtration, absorption) en fonction des différents stades de maturation

The study of sexual maturation and spawning in the Pacific oyster (Crassostrea gigas) is part of a vast research programme that endeavours to understand the causes of mortality that occur sporadically during the spring and summer seasons in the Marennes-Oléron Bay. Thermal and diet conditioning were used to obtain oysters at each stage of maturity simultaneously. Using the measured rates of clearance, consumption, absorption and respiration provided estimates of growth potential and gave the energetic budget of oysters at different stages of sexual maturity. Physiological responses were similar for males and females. Filtration decreased from 2.4 to 2.6 l.h (-1) to 1.8 l.h (-1) with increasing maturity. Weight gain was associated with gonad development and did not appear to have an effect on the clearance rate. Oysters 2.5 years old showed a negative energy budget (-15 J h (-1)) at later maturity stages. This deficit was confirmed (90 J.h (-1)) in oysters 1.5 years old at the same stage of maturity. On the contrary, immature oysters, in the early stages of maturity or post-spawning, had a growth potential of 110 to 170 J.h (-1). The energy deficit observed at later stages of maturity was primarily due to absorption, which decreased sharply during peak gametogenesis. Using measured respiration rates, an allometric relationship specific to gonad growth was determined with a coefficient of 0.574. Low physiological performance of oysters, observed at later stages of sexual maturity, must be taken into account in research on the factors responsible for spring and summer mortalities affecting oyster farms in Marennes-Oléron.

Caractérisation d'IGFBP-2 comme biomarqueur intégrateur de la santé cardiométabolique

La protéine de liaison aux facteurs de croissance analogues à l’insuline (IGFBP)-2 est une protéine circulante fortement associée à la résistance à l’insuline qui module les effets métaboliques d’IGF-I et IGF-II en s’y associant directement, et qui exerce aussi des actions IGF-indépendantes via sa liaison à la matrice extracellulaire et aux intégrines. Chez l’homme, de faibles niveaux d’IGFBP-2 sont associés à un profil lipidique délétère, ainsi qu’à une augmentation de la masse grasse et de la résistance à l’insuline. Les travaux décrits dans cette thèse montrent chez l’humain et la souris que les niveaux d’IGFBP-2 sont associés de manière indépendante aux composantes du risque cardiométabolique. Chez l’homme, de faibles niveaux d’IGFBP-2 sont associés à la dyslipidémie athérogène. Une valeur seuil d’IGFBP-2 de 221.5 ng/mL a permis de discriminer entre les sujets métaboliquement sains et ceux répondant aux critères du syndrome métabolique. En plus de son association avec la résistance à l’insuline et les composantes du profil lipidique, de faibles niveaux d’IGFBP-2 sont associés à une fonction cardiaque diminuée chez les patients atteints de sténose aortique, tel qu’évaluée par le volume d’éjection indexé, un indice de fonction global du ventricule gauche qui intègre la fonction pompe et le remodelage du tissu. Chez l’homme, des niveaux d’IGFBP-2 élevés sont associés à un tissu adipeux brun plus volumineux ainsi qu’à une activité métabolique plus importante de ce dernier. Ces observations, telles qu’évaluées par PET/CT, sont aussi validées chez les souris surexprimant la forme humaine d’IGFBP-2. Nos travaux démontrent que les niveaux d’IGFBP-2 sont fortement associés au métabolisme des lipoprotéines et des lipides, à la fonction cardiaque ainsi qu’à l’activité du tissu adipeux brun. L’influence des niveaux d’IGFBP-2 par différentes altérations métaboliques menant à l’augmentation du risque cardiométabolique pourrait faire de ce dernier un biomarqueur précoce et intégrateur. Les travaux exposés dans la présente thèse soulignent aussi un rôle mécanistique potentiel pour IGFBP-2 dans la protection contre certaines altérations du métabolisme.

Implication de la leptine et du glucose maternel dans le développement de l’adiposité chez le nouveau-né

Résumé: Le surpoids et l’obésité dans la population pédiatrique sont des préoccupations grandissantes à l’échelle mondiale. Actuellement, au Canada, près de 21 % des jeunes Canadiens âgés de 2 à 5 ans présentent un surpoids et malheureusement, 6 % d’entre eux souffrent d’obésité. De plus, 80 % de ces enfants risquent d’être obèses à l’âge adulte, ce qui mène à plusieurs impacts sur la santé. Afin de prévenir l’obésité infantile, il est important d’identifier des facteurs de risques, notamment ceux se produisant tôt dans la vie. Plusieurs études ont démontré l’importance de l’environnement fœtal dans l’établissement de la santé métabolique à long terme. Le poids à la naissance a souvent été utilisé comme marqueur de l’exposition prénatale. Cependant, le poids à la naissance n’est qu’un marqueur grossier. L’adiposité à la naissance a été identifiée comme un facteur de risque plus important puisqu’elle permet de prédire de l’adiposité durant l’enfance. Les deux déterminants maternels majeurs de la croissance fœtale sont le statut pondéral et la glycémie maternelle. Récemment, une adipokine a été suggérée comme un déterminant potentiel dans la programmation fœtale de l’obésité. La leptine, qui est produite par les adipocytes, joue un rôle important dans la balance énergétique, mais elle semble aussi importante dans le développement de l’obésité postnatale. Durant la grossesse, le placenta produit une large quantité de leptine et la majorité est sécrétée du côté maternel. Appuyés par le fait que la leptine maternelle circulante est le reflet de la sécrétion placentaire de leptine, nous avons émis l’hypothèse que la leptine maternelle serait associée à l’adiposité du nouveau-né, et ce, indépendamment de la glycémie maternelle. Nous avons étudié la leptine durant l’hyperglycémie provoquée par voie orale (HGPO) chez les femmes enceintes au 2e trimestre. Nous avons montré, chez les femmes en surpoids ou obèse, qu’une plus haute leptine maternelle était lié à une adiposité néonatale augmentée à la naissance. D’un autre côté, chez les femmes minces, une glycémie élevée était liée à une adiposité néonatale augmentée. Ces associations sont indépendantes de la parité, du statut tabagique, du gain de poids durant la grossesse, des triglycérides maternels, du mode d’accouchement, du sexe du nouveau-né et de l’âge gestationnel à la naissance. Ces résultats suggèrent une régulation différentielle entre ces deux marqueurs métaboliques maternels et l’adiposité néonatale, selon le statut pondéral pré-grossesse.

Développement, validation et nouvelles applications d’un modèle d’analyse des modes normaux basé sur la séquence et la structure de protéines

Les protéines existent sous différents états fonctionnels régulés de façon précise par leur environnement afin de maintenir l‘homéostasie de la cellule et de l‘organisme vivant. La prévalence de ces états protéiques est dictée par leur énergie libre de Gibbs alors que la vitesse de transition entre ces états biologiquement pertinents est déterminée par le paysage d‘énergie libre. Ces paramètres sont particulièrement intéressants dans un contexte thérapeutique et biotechnologique, où leur perturbation par la modulation de la séquence protéique par des mutations affecte leur fonction. Bien que des nouvelles approches expérimentales permettent d‘étudier l‘effet de mutations en haut débit pour une protéine, ces méthodes sont laborieuses et ne couvrent qu‘une fraction de l‘ensemble des structures primaires d‘intérêt. L‘utilisation de modèles bio-informatiques permet de tester et générer in silico différentes hypothèses afin d‘orienter les approches expérimentales. Cependant, ces méthodes basées sur la structure se concentrent principalement sur la prédiction de l‘enthalpie d‘un état, alors que plusieurs évidences expérimentales ont démontré l‘importance de la contribution de l‘entropie. De plus, ces approches ignorent l‘importance de l‘espace conformationnel protéique dicté par le paysage énergétique cruciale à son fonctionnement. Une analyse des modes normaux peut être effectuée afin d‘explorer cet espace par l‘approximation que la protéine est dans une conformation d‘équilibre où chaque acide aminé est représenté par une masse régie par un potentiel harmonique. Les approches actuelles ignorent l‘identité des résidus et ne peuvent prédire l‘effet de mutations sur les propriétés dynamiques. Nous avons développé un nouveau modèle appelé ENCoM qui pallie à cette lacune en intégrant de l‘information physique et spécifique sur les contacts entre les atomes des chaînes latérales. Cet ajout permet une meilleure description de changements conformationnels d‘enzymes, la prédiction de l‘effet d‘une mutation allostérique dans la protéine DHFR et également la prédiction de l‘effet de mutations sur la stabilité protéique par une valeur entropique. Comparativement à des approches spécifiquement développées pour cette application, ENCoM est plus constant et prédit mieux l‘effet de mutations stabilisantes. Notre approche a également été en mesure de capturer la pression évolutive qui confère aux protéines d‘organismes thermophiles une thermorésistance accrue.