Automatización de sistemas de desarrollo ágil - Scrum: Team & Role

Este proyecto ha sido realizado en una empresa mediante un convenio entre la UAB y la sede UNIT4 de Barberá del Vallés. En él se estudia la evolución de la implementación de un proyecto desarrollado mediante la metodología Scrum. Para realizar el seguimiento, el autor ha participado en un equipo de desarrollo formado por un conjunto de proyectistas de la UAB. El proyecto desarrollado consta de cuatro módulos que, en su conjunto, constituyen una aplicación capaz de gestionar los recursos de la metodología. Cada proyectista es responsable de un módulo. En este documento se recogen tanto las partes relacionadas con el módulo desarrollado, como con la evolución del proyecto.

White matter maturation reshapes structural connectivity in the late developing human brain.

From toddler to late teenager, the macroscopic pattern of axonal projections in the human brain remains largely unchanged while undergoing dramatic functional modifications that lead to network refinement. These functional modifications are mediated by increasing myelination and changes in axonal diameter and synaptic density, as well as changes in neurochemical mediators. Here we explore the contribution of white matter maturation to the development of connectivity between ages 2 and 18 y using high b-value diffusion MRI tractography and connectivity analysis. We measured changes in connection efficacy as the inverse of the average diffusivity along a fiber tract. We observed significant refinement in specific metrics of network topology, including a significant increase in node strength and efficiency along with a decrease in clustering. Major structural modules and hubs were in place by 2 y of age, and they continued to strengthen their profile during subsequent development. Recording resting-state functional MRI from a subset of subjects, we confirmed a positive correlation between structural and functional connectivity, and in addition observed that this relationship strengthened with age. Continuously increasing integration and decreasing segregation of structural connectivity with age suggests that network refinement mediated by white matter maturation promotes increased global efficiency. In addition, the strengthening of the correlation between structural and functional connectivity with age suggests that white matter connectivity in combination with other factors, such as differential modulation of axonal diameter and myelin thickness, that are partially captured by inverse average diffusivity, play an increasingly important role in creating brain-wide coherence and synchrony.

Dihydroaeruginoic acid synthetase and pyochelin synthetase, products of the pchEF genes, are induced by extracellular pyochelin in Pseudomonas aeruginosa.

The siderophore pyochelin of Pseudomonas aeruginosa is derived from one molecule of salicylate and two molecules of cysteine. Two cotranscribed genes, pchEF, encoding peptide synthetases have been identified and characterized. pchE was required for the conversion of salicylate to dihydroaeruginoate (Dha), the condensation product of salicylate and one cysteine residue and pchF was essential for the synthesis of pyochelin from Dha. The deduced PchE (156 kDa) and PchF (197 kDa) proteins had adenylation, thiolation and condensation/cyclization motifs arranged as modules which are typical of those peptide synthetases forming thiazoline rings. The pchEF genes were coregulated with the pchDCBA operon, which provides enzymes for the synthesis (PchBA) and activation (PchD) of salicylate as well as a putative thioesterase (PchC). Expression of a translational pchE'-'lacZ fusion was strictly dependent on the PchR regulator and was induced by extracellular pyochelin, the end product of the pathway. Iron replete conditions led to Fur (ferric uptake regulator)-dependent repression of the pchE'-'lacZ fusion. A translational pchD'-'lacZ fusion was also positively regulated by PchR and pyochelin and repressed by Fur and iron. Thus, autoinduction by pyochelin (or ferric pyochelin) and repression by iron ensure a sensitive control of the pyochelin pathway in P. aeruginosa.

3D gait assessment in young and elderly subjects using foot-worn inertial sensors.

This study describes the validation of a new wearable system for assessment of 3D spatial parameters of gait. The new method is based on the detection of temporal parameters, coupled to optimized fusion and de-drifted integration of inertial signals. Composed of two wirelesses inertial modules attached on feet, the system provides stride length, stride velocity, foot clearance, and turning angle parameters at each gait cycle, based on the computation of 3D foot kinematics. Accuracy and precision of the proposed system were compared to an optical motion capture system as reference. Its repeatability across measurements (test-retest reliability) was also evaluated. Measurements were performed in 10 young (mean age 26.1±2.8 years) and 10 elderly volunteers (mean age 71.6±4.6 years) who were asked to perform U-shaped and 8-shaped walking trials, and then a 6-min walking test (6MWT). A total of 974 gait cycles were used to compare gait parameters with the reference system. Mean accuracy±precision was 1.5±6.8cm for stride length, 1.4±5.6cm/s for stride velocity, 1.9±2.0cm for foot clearance, and 1.6±6.1° for turning angle. Difference in gait performance was observed between young and elderly volunteers during the 6MWT particularly in foot clearance. The proposed method allows to analyze various aspects of gait, including turns, gait initiation and termination, or inter-cycle variability. The system is lightweight, easy to wear and use, and suitable for clinical application requiring objective evaluation of gait outside of the lab environment.

Aplicación de la ingeniería del software sobre la herramienta MATE: Common y DMLib

Aquest projecte intenta implantar una metodologia de treball sobre MATE. MATE es una eina de sintonització d'aplicacions paral·leles sorgida de la tesis doctoral d'Anna Sikora a 2003. Vistos els resultats obtinguts, es va decidir donar un pas endavant i convertir-la en un producte software Open Source. Per fer-ho ha sigut necessari aplicar una serie d'estàndards i fer un proces de tests. En aquest treball s'ha creat part de la metodologia i s'han modificat dos dels mòduls principals.

A modular approach for integrative analysis of large-scale gene-expression and drug-response data

High-throughput technologies are now used to generate more than one type of data from the same biological samples. To properly integrate such data, we propose using co-modules, which describe coherent patterns across paired data sets, and conceive several modular methods for their identification. We first test these methods using in silico data, demonstrating that the integrative scheme of our Ping-Pong Algorithm uncovers drug-gene associations more accurately when considering noisy or complex data. Second, we provide an extensive comparative study using the gene-expression and drug-response data from the NCI-60 cell lines. Using information from the DrugBank and the Connectivity Map databases we show that the Ping-Pong Algorithm predicts drug-gene associations significantly better than other methods. Co-modules provide insights into possible mechanisms of action for a wide range of drugs and suggest new targets for therapy

Evaluation de l'efficacité d'un entraînement métacognitif chez des adolescents souffrant de psychose

Contexte :¦La formation et le maintien d'idées délirantes et des hallucinations, qui sont des symptômes clé de la psychose, s'expliquent en partie par la présence de biais cognitifs. La faisabilité, l'adhérence au traitement, l'utilité subjective et également l'efficacité d'un entraînement métacognitif (EMC) permettant de corriger ces biais cognitifs ont été démontrées chez des adultes schizophrènes. Par contre, aucune étude ne s'est intéressée à ces aspects dans une population adolescente atteinte de psychose.¦Objectifs : Déterminer la faisabilité d'un EMC et son effet bénéfique présumé sur les symptômes psychotiques et dépressifs, le fonctionnement social et l'estime de soi chez des adolescents psychotiques.¦Méthode :¦La présente étude porte sur 5 adolescents fréquentant le Centre Thérapeutique de Jour pour Adolescents de Lausanne (CTJA), âgés de 16 à 18 ans, souffrant de psychose. L'intervention effectuée est un EMC correspondant à 2x8 modules en groupe, d'une durée de 45 à 60 minutes, à une fréquence d'une fois par semaine. La mesure de l'efficacité des modules emploie l'échelle Positive And Negative Syndrome Scale (PANSS), l'Echelle Globale de Fonctionnement Social (SOFAS), l'estime de soi de Rosenberg, l'échelle de dépression de Calgary et le Health of Nation Outcome Scale for Children and Adolescent (HoNOSCA). Le groupe contrôle (GC) est formé de 9 adolescents de 13 à 17 ans du CTJA atteints de psychose et ayant suivi un programme de remédiation cognitive sans participation à l'EMC.¦Résultats :¦L'EMC est praticable sur des adolescents atteints de psychose. L'adhérence est mitigée et mérite une souplesse dans l'adaptation du calendrier des séances selon la disponibilité des participants. L'EMC possède globalement la même efficacité que la remédiation cognitive dans le domaine des symptômes psychotiques et dépressifs, le fonctionnement social et l'estime de soi.¦Conclusions :¦L'EMC représente une alternative intéressante et/ou un bon complément de traitement, permettant de réduire les symptômes psychotiques et dépressifs et d'améliorer le fonctionnement social et l'estime de soi. De futures études à plus large échelle devraient être entreprises afin de confirmer cette conclusion et étoffer les données spécifiques à cette population.

Implamantació de SAP R/3 en un entorn logístic

Aquest treball és un projecte d'implementació dels mòduls de logística i moviment de materials de l'ERP SAP R/3 en un centre de distribució de peces de recanvi d'una marca d'automòbils.

Gestió de Centres en J2EE

Veurem el desenvolupament del projecte pas a pas, des de l¿estudi dels marcs de treballs més importants que es poden incorporar en projectes J2EE, passant per un anàlisi i disseny acurat, fins arribar a la implementació dels mòduls bàsics que inclouria el sistema de gestió dels centres intentant aprofitar totes les avantatges que ens ofereixen els marcs de treball més adients i tecnologies de darrera generació con AJAX per a fer un sistema flexible i robust capaç d¿assolir totes les necessitats de gestió de la informació dels centres. També veurem com apliquen diversos patrons en aquesta arquitectura client-servidor de tres capes aconseguint, entre altres aspectes, que cada component s¿assigni a una capa a un cert nivell d¿abstracció.

Modular analysis of gene expression data with R.

SUMMARY: Large sets of data, such as expression profiles from many samples, require analytic tools to reduce their complexity. The Iterative Signature Algorithm (ISA) is a biclustering algorithm. It was designed to decompose a large set of data into so-called 'modules'. In the context of gene expression data, these modules consist of subsets of genes that exhibit a coherent expression profile only over a subset of microarray experiments. Genes and arrays may be attributed to multiple modules and the level of required coherence can be varied resulting in different 'resolutions' of the modular mapping. In this short note, we introduce two BioConductor software packages written in GNU R: The isa2 package includes an optimized implementation of the ISA and the eisa package provides a convenient interface to run the ISA, visualize its output and put the biclusters into biological context. Potential users of these packages are all R and BioConductor users dealing with tabular (e.g. gene expression) data. AVAILABILITY: http://www.unil.ch/cbg/ISA CONTACT: sven.bergmann@unil.ch

New Horizons

New Horizons includes strong elements of and modules on horticulture, nutrition and cookery skills. The project is based in an outdoor pursuits centre in Drumshanbo Co. Leitrim and the participants are young people who have left school early or who are at risk for a variety of reasons. The participants spend a year on the programme and they take a range of FETAC modules and also engage in a work placement. Funding: FAS (Local Training Initiative), Dept Social Protection, Co. Leitrim VEC, Leitrim Development Co Contact: Lynn Thompson Address: Church, St Drumshanbo, Co. Leitrim County: Leitrim Phone number: 071 9641770 Email: info@ldco.ie Website: www.ldco.ie Partner organisation(s): FAS (Local Training Initiative), Dept Social Protection, Co. Leitrim VEC

Modulation of fructose metabolism by dietary factors

High fructose consumption is associated with obesity and characteristics of metabolic syndrome. This includes insulin resistance, dyslipidemia, type II diabetes and hepatic steatosis, the hepatic component of metabolic syndrome. Short term high fructose consumption in healthy humans is considered as a study model to increase intrahepatocellular lipids (IHCL). Protein supplementation added to a short term high fructose diet exerts a protective role on hepatic fat accumulation. Fructose disposal after an acute fructose load is well established. However, fructose disposal is usually studied when a high intake of fructose is ingested. Interaction of fructose with other macronutrients on fructose disposal is not clearly established. We wanted to assess how fructose disposal is modulated with nutritional factors. For the first study, we addressed the question of how would essential amino acid (EAA) supplemented to a high fructose diet have an impact on hepatic fat accumulation? We tried to distinguish which metabolic pathways were responsible for the increase in IHCL induced by high fructose intake and how those pathways would be modulated by EAA. After 6 days of hypercaloric high fructose diet, we observed, as expected an increase in IHCL modulated by an increase in VLDL-triglycerides and an increase in VLDL-13C-palmitate production. When adding a supplementation in EAA, we observed a decrease in IHCL but we could not define which mechanism was responsible for this process. With the second study, we were interested to observe fructose disposal after a test meal that contained lipid, protein and a physiologic dose of fructose co-ingested or not with glucose. When ingested with other macronutrients, hepatic fructose disposal is similar as when ingested as pure fructose. It induced oxidation, gluconeogenesis followed by glycogen synthesis, conversion into lactate and to a minor extent by de novo lipogenesis. When co- ingested with glucose decreased fructose oxidation as well as gluconeogenesis and an increased glycogen synthesis without affecting de novo lipogenesis or lactate. We were also able to observe induction of intestinal de novo lipogenesis with both fructose and fructose co- ingested with glucose. In summary, essential amino acids supplementation blunted increase in hepatic fat content induced by a short term chronic fructose overfeeding. However, EAA failed to improve other cardiovascular risk factors. Under isocaloric condition and in the frame of an acute test meal, physiologic dose of fructose associated with other macronutrients led to the same fructose disposal as when fructose is ingested alone. When co-ingested with glucose, we observed a decrease in fructose oxidation and gluconeogenesis as well as an increased in glycogen storage without affecting other metabolic pathways. - Une consommation élevée en fructose est associée à l'obésité et aux caractéristiques du syndrome métabolique. Ces dernières incluent une résistance à l'insuline, une dyslipidémie, un diabète de type II et la stéatose hépatique, composant hépatique du syndrome métabolique. À court terme une forte consommation en fructose chez l'homme sain est considérée comme un modèle d'étude pour augmenter la teneur en graisse hépatique. Une supplémentation en protéines ajoutée à une alimentation riche en fructose de courte durée a un effet protecteur sur l'accumulation des graisses au niveau du foie. Le métabolisme du fructose après une charge de fructose aiguë est bien établi. Toutefois, ce dernier est généralement étudié quand une consommation élevée de fructose est donnée. L'interaction du fructose avec d'autres macronutriments sur le métabolisme du fructose n'est pas connue. Nous voulions évaluer la modulation du métabolisme du fructose par des facteurs nutritionnels. Pour la première étude, nous avons abordé la question de savoir quel impact aurait une supplémentation en acides aminés essentiels (AEE) associé à une alimentation riche en fructose sur l'accumulation des graisses hépatiques. Nous avons essayé de distinguer les voies métaboliques responsables de l'augmentation des graisses hépatiques induite par l'alimentation riche en fructose et comment ces voies étaient modulées par les AEE. Après 6 jours d'une alimentation hypercalorique riche en fructose, nous avons observé, comme attendu, une augmentation des graisses hépatiques modulée par une augmentation des triglycérides-VLDL et une augmentation de la production de VLDL-13C-palmitate. Lors de la supplémentation en AEE, nous avons observé une diminution des graisses hépatiques mais les mécanismes responsables de ce processus n'ont pas pu être mis en évidence. Avec la seconde étude, nous nous sommes intéressés à observer le métabolisme du fructose après un repas test contenant des lipides, des protéines et une dose physiologique de fructose co-ingéré ou non avec du glucose. Lorsque le fructose était ingéré avec les autres macronutriments, le devenir hépatique du fructose était similaire à celui induit par du fructose pur. Il a induit une oxydation, suivie d'une néoglucogenèses, une synthèse de glycogène, une conversion en lactate et dans une moindre mesure une lipogenèse de novo. Lors de la co-ngestion avec du glucose, nous avons observé une diminution de l'oxydation du fructose et de la néoglucogenèse et une augmentation de la synthèse du glycogène, sans effet sur la lipogenèse de novo ni sur le lactate. Nous avons également pu mettre en évidence que le fructose et le fructose ingéré de façon conjointe avec du glucose ont induit une lipogenèse de novo au niveau de l'intestin. En résumé, la supplémentation en acides aminés essentiels a contrecarré l'augmentation de la teneur en graisse hépatique induite par une suralimentation en fructose sur le court terme. Cependant, la supplémentation en AEE a échoué à améliorer d'autres facteurs de risque cardiovasculaires. Dans la condition isocalorique et dans le cadre d'un repas test aiguë, la dose physiologique de fructose associée à d'autres macronutriments a conduit aux mêmes aboutissants du métabolisme du fructose que lorsque le fructose est ingéré seul. Lors de la co-ngestion avec le glucose, une diminution de l'oxydation du fructose est de la néoglucogenèse est observée en parallèle à une augmentation de la synthèse de glycogène sans affecter les autres voies métaboliques.

Steady-state expression of self-regulated genes.

MOTIVATION: Regulatory gene networks contain generic modules such as feedback loops that are essential for the regulation of many biological functions. The study of the stochastic mechanisms of gene regulation is instrumental for the understanding of how cells maintain their expression at levels commensurate with their biological role, as well as to engineer gene expression switches of appropriate behavior. The lack of precise knowledge on the steady-state distribution of gene expression requires the use of Gillespie algorithms and Monte-Carlo approximations. METHODOLOGY: In this study, we provide new exact formulas and efficient numerical algorithms for computing/modeling the steady-state of a class of self-regulated genes, and we use it to model/compute the stochastic expression of a gene of interest in an engineered network introduced in mammalian cells. The behavior of the genetic network is then analyzed experimentally in living cells. RESULTS: Stochastic models often reveal counter-intuitive experimental behaviors, and we find that this genetic architecture displays a unimodal behavior in mammalian cells, which was unexpected given its known bimodal response in unicellular organisms. We provide a molecular rationale for this behavior, and we implement it in the mathematical picture to explain the experimental results obtained from this network.

Psychoped, un programme d'entraînement des compétences sociales pour patients psychiatriques chroniques

Dans le domaine de la réhabilitation psycho-sociale de patients psychiatriques chroniques, l'utilité de l'entraînement des compétences sociales est bien connue. Elaboré et expérimenté dans le cadre de l'Unité de réhabilitation du Département universitaire de psychiatrie adulte de Lausanne, le programme de thérapie cognitive et comportementale intitulé Psychoped est une tentative d'intégration face à un champ qui tend à se diversifier. Psychoped comprend six modules thérapeutiques indépendants, pratiqués en groupe, sélectionnés dans l'offre actuelle des modules de réhabilitation, en particulier ceux développés par Libermann et Brenner. Sa modularité permet de le coordonner à l'éventail des soins déjà existants et d'en individualiser les contenus selon les caractéristiques des patients. La structure et le contenu de ce programme sont présentés de manière synthétique. <Auteurs>

Emulador del Microcontrolador : Texas Instruments MSP430

Implementació d'un emulador del microcontrolador MSP430 de Texas Instruments. S'implementa l'emulació no només de la CPU, sinó també d'una part dels mòduls i els perifèrics integrats en el microcontrolador.