Uppermost Miocene Lamniform Selachians (Pisces) from the Alvalade basin (Portugal)

This paper deals with Lamniform teeth collected in deposits from the Esbarrondadoiro Formation, Alvalade Basin in Southern Portugal. The following genera were recognized: Carcharias, Pseudocarcharias, Alopias, Isurus and Carcharocles. The species Carcharias acutissima is by far the most predominant, all other taxa being rare or very rare. This situation points to neritic, tropical to subtropical, rather shallow waters not far away from the coast. This is corroborated by the rarity of the associated, mainly pelagic, taxa. The ratio between C. acutissima and the remaining Lamniforms as a whole is markedly uneven between Esbarrondadoiro and the localities of Santa Margarida and Vale de Zebro. This suggests quite different environmental conditions, a matter that will require a more thorough examination taking into account all palaeontologic and geologic data.

Miocene marine-continental correlations in the Lisbon area and some discussion related to personnal experience

Sandpit exploitation near Lisbon allowed collecting of many Miocene, non marine fossils. These sands are part of the mostly marine Miocene series in the Lower Tagus basin. The particularly favourable situation led several researchers to deal with marine-continental correlations. Difficulties often concern methodologic aspects. Some poorly based interpretations exerced a lasting influence. A critical approach is presented. Analysis requires data. Methods based upon models often lead to the temptation of fitting data in order to confirm a priori conclusions, or of mixing up data as if of equal statistic value while they have not at all the same weight. Erroneous interpretations' uncritical repetition for many years "upgraded" them into absolute truth. Another point is endemism vs. europeism. Miocene mammals from Lisbon compared well with corresponding French, contemporaneous taxa, while this was apparently not true for Spanish ones. Too much accent had been put on the endemic character of Spanish, or even regional, mammalian faunas. Nationalist bias and sensationalism also weigh, albeit negatively. Meanwhile nearly all the more evident examples as the rhinoceros Hispanotherium are discredited as Iberian endemisms. Taxa may appear as endemic just because they have not yet been found elsewhere. At least for the medium to large-sized mammals, with their huge geographic distribution, faunal differences depend much more on ecology, climate and environmental conditions. Emphasis on differences may also result from researchers that are often in a precarious situation and need very much to achieve short-term, preferably sensational results. Overvalued differences may mask real similarities. Unethic and not scientific behaviour are further enhanced by "nomina nuda" tricks that may simply be a way to circunvent or cheat the Priority Rule. On the other hand, access to communication networks may present as sensational novelties items that are not new at all, misleading the audience. A new class of "science people" arose, created by the media and not by the value of their real achievements. Discussion is presented on sedimentation processes and discontinuities that are often regarded as absolute precision dating tools, as well as on some geochemical and paleomagnetic interpretations. A very good chronologie frame has been obtained for the basin under study on the basis of an impressive set of data, providing a rather detailed and accurate frame for Miocene marine-continental correlations.

The Sinemurian ammonites of the Lusitanian Basin (Portugal): an example of complex endemic evolutioin

Palaeodiversity 3: 59–87; Stuttgart 30 December 2010

Paracoccidioidomycosis in children in the state of Rio de Janeiro (Brazil): Geographic distribution and the study of a "reservarea"

Thirty six cases of acute disseminated paracoccidioidomycosis in 3 to 12 year-old children, natives of the state of Rio de Janeiro, were seen in the period 1981-1996. All patients were residents in the rural region of 15 counties, scattered on the Southwestern part of this state. The rural region of two neighboring counties, where 16 cases (44.4%) occurred, was visited. It exhibited the environmental conditions that are considered favorable to the survival of P. brasiliensis. The most important of these conditions, abundant watercourses and autochthonous forest, are distributed on well defined and limited areas, in which the dwellings are also localized. Probably, a careful epidemiological study of forthcoming cases of the disease in children may facilitate the search for the micro-niche of the fungus.

Estruturas flexíveis multicamada para gestão de humidade

O conforto é uma necessidade para a maioria das pessoas. A busca de vestuário que se adapte às condições ambientais tornou-se essencial. Queremos materiais que nos mantenham quentes ou frescos, em condições de frio ou calor, e sejam capazes de nos manter secos se chover, ou se transpirarmos, devido a actividade intensa, ou simplesmente porque está quente. O objectivo principal deste trabalho era desenvolver uma estrutura multicamada respirável, para posterior aplicação num sapato perfurado, tornando-o respirável e impermeável. São já aplicados em peças de roupa e calçado, materiais que permitem essa gestão de calor e humidade – as membranas. Neste trabalho, foram apresentadas algumas membranas, de fabricantes e materiais diferentes, que foram testadas de modo a obter valores para a transmissão de vapor de água e classificá-las quanto à sua respirabilidade, relativamente a uma membrana de referência. Foram feitos testes com as membranas isoladas, laminadas e com sobreposição de duas membranas laminadas. Verificou-se que a laminagem não diminuía, substancialmente, a respirabilidade das membranas. Já a sobreposição de membranas, demonstrou diminuir em 35 % a respirabilidade das membranas. A membrana com melhor desempenho é constituída por um polímero de base éter e blocos de amida (PEBA). Ainda pouco aplicado em vestuário e calçado, mas com algum potencial, são os não-tecidos impregnados com polímeros super absorventes (SAP’s). Estes podem absorver até 500 vezes o seu peso em água, dependendo da quantidade de SAP’s com que o não tecido é impregnado e da aplicação final. Esta capacidade de adsorção seria uma mais-valia, em condições de chuva intensa, mas por outro lado, se atingir a saturação, não permite a entrada ou saída de ar, o que poderia levar a desconforto no utilizador. Por fim, foi utilizado um manequim térmico (pé), onde se testaram diferentes calçados, verificando-se que só é possível perder calor e vapor de água pela sola do sapato se esta se encontrar perfurada e utilizar um sistema respirável. Futuramente, pretende-se aplicar uma outra camada de não-tecido, na outra face das membranas já testadas, de modo a criar um sistema de 3 camadas, e testar a sua respirabilidade. Sugere-se, também, criar uma estrutura sólida e arejada para utilizar os não-tecidos impregnados em SAPs. Posteriormente, deve-se aplicar estas estruturas num sapato com a sola perfurada e testá-las no manequim térmico.

Modelling of the kinetics of municipal solid waste composting in full-scale mechanical-biological treatment plants

A thesis submitted in fulfilment of the requirements for the Degree of Doctor of Philosophy in Sanitary Engineering in the Faculty of Sciences and Technology of the New University of Lisbon

The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock

RESUMO:Os microrganismos reagem à súbita descida de temperatura através de uma resposta adaptativa específica que assegura a sua sobrevivência em condições desfavoráveis. Esta adaptação inclui alterações na composição da membrana, na maquinaria de tradução e transcrição. A resposta ao choque térmico pelo frio induz uma repressão da transcrição. No entanto, a descida de temperatura induz a produção de um grupo de proteínas específicas que ajudam a ajustar/re-ajustar o metabolismo celular às novas condições ambientais. Em E. coli o processo de adaptação demora apenas quatro horas, no qual um grupo de proteínas específicas são induzidas. Depois desde período recomeça lentamente a produção de proteínas.A ribonuclease R, uma das proteínas induzidas durante o choque térmico pelo frio, é uma das principais ribonucleases em E. coli envolvidas na degradação do RNA. É uma exoribonuclease que degrada RNA de cadeia dupla, possui funções importantes na maturação e “turnover” do RNA, libertação de ribossomas e controlo de qualidade de proteínas e RNAs. O nível celular desta enzima aumenta até dez vezes após exposição ao frio e estabiliza em células na fase estacionária. A capacidade de degradar RNA de dupla cadeia é importante a baixas temperaturas quando as estruturas de RNA estão mais estáveis. No entanto, este mecanismo é desconhecido. Embora a resposta específica ao “cold shock” tenha sido descoberta há mais de duas décadas e o número de proteínas envolvidas sugerirem que esta adaptação é rápida e simples, continuamos longe de compreender este processo. No nosso trabalho pretendemos descobrir proteínas que interactuem com a RNase R em condições ambientais diferentes através do método “TAP-tag” e espectrometria de massa. A informação obtida pode ser utilizada para deduzir algumas das novas funções da RNase R durante a adaptação bacteriana ao frio e durante a fase estacionária. Mais importante ainda, RNase R poderá ser recrutada para um complexo de proteínas de elevado peso molecular durante o “cold-shock”.------------ABSTRACT:Microorganisms react to the rapid temperature downshift with a specific adaptative response that ensures their survival in unfavorable conditions. Adaptation includes changes in membrane composition, in translation and transcription machinery. Cold shock response leads to overall repression of translation. However, temperature downshift induces production of a set of specific proteins that help to tune cell metabolism and readjust it to the new environmental conditions. For Escherichia coli the adaptation process takes only about four hours with a relatively small set of specifically induced proteins involved. After this time, protein production resumes, although at a slower rate. One of the cold inducible proteins is RNase R, one of the main E. coli ribonucleases involved in RNA degradation. RNase R is an exoribonuclease that digest double stranded RNA, serves important functions in RNA maturation and turnover, release of stalled ribosomes by trans-translation, and RNA and protein quality control. The level of this enzyme increases about ten-fold after cold induction, and it is also stabilised in cells growing in stationary phase. The RNase R ability to digest structured RNA is important at low temperatures where RNA structures are stabilized but the exact role of this mechanism remains unclear. Although specific bacterial cold shock response was discovered over two decades ago and the number of proteins involved suggests that this adaptation is fast and simple, we are still far from understanding this process. In our work we aimed to discover the proteins interacting with RNase R in different environmental conditions using TAP tag method and mass spectrometry analysis. The information obtained can be used to deduce some of the new functions of RNase R during adaptation of bacteria to cold and in stationary growth phase. Most importantly RNase R can be recruited into a high molecular mass complex of protein in cold shock.

New strategies to detect and understand genotype-by-environment interactions and QTL-by-environment interactions

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Estatística e Gestão do Risco, especialidade em Estatística

THE COPPER INTERFERENCE WITH THE MELANOGENESIS OF Cryptococcus neoformans

Melanin is a pigment produced by laccase, a phenoloxydase enzyme, and is related to the virulence of Cryptococcus neoformans as it is also considered an adaption mechanism to environmental conditions and protection against UV radiation, phagocytic system attack and antifungal drugs. Laccase synthesis is stimulated by several factors, including copper metabolism. The current study shows C. neoformans strains with higher melanization intensity when grown in L-dopa medium supplemented with different concentrations of copper sulfate. This increase shows that melanization rates may be enhanced in the presence of copper ions and may also enhance the virulence of C. neoformans in infected patients that present increasing copper concentrations in serum, such as those with HIV. The virulence of these strains may also be increased in the environment, where this metal is available as CuSO4 in algicidal and fungicidal compounds.

Contaminantes emergentes em cemitérios: avaliação exploratória

A constituição dos solos, as condições que reúnem e o seu conteúdo microbiológico permitem que a matéria orgânica enterrada se degrade, sendo estas várias das muitas razões para a utilização dos solos como cemitério. Com o desenvolvimento tecnológico, o crescente número de unidades cemiteriais e o aumento da preocupação ambiental e da saúde pública, realizaram-se estudos com o objetivo de caraterizar e quantificar quais os poluentes existentes e avaliar o seu impacto no meio ambiente. Este trabalho, que vem no seguimento dessa crescente preocupação visa caraterizar e quantificar tanto em amostras de solo como em amostras de águas, quais os elementos poluentes existentes no cemitério de Paranhos. De maneira a identificar estes elementos poluentes realizou-se uma campanha de amostragem no cemitério onde se retiraram tanto amostras de solo como amostras de água, procedendo ao seu tratamento e à sua análise em laboratório, utilizando os métodos de fluorescência de raios X e espectrometria de massa respetivamente. Após o tratamento e a análise concluiu-se que nas amostras de solo, todos os metais detetados estão em maior quantidade no solo do cemitério excetuando o ferro sendo que ainda se aferiu a existência de fármacos nas amostras de água, nomeadamente a sertraline e carbamazepina.

Escolas do concelho de Matosinhos com estrutura de betão armado

O presente trabalho pretende contribuir para a gestão das intervenções de reparação e de reforço das escolas do concelho de Matosinhos com estrutura de betão armado. Apresenta-se uma síntese sobre a história do edifício escolar e do seu desenvolvimento em território nacional. Desenvolve-se uma pesquisa bibliográfica sobre metodologias de inspeção adotadas em território nacional e internacionalmente. Identificaram-se diferentes tipologias estruturais e arquitetónicas das escolas de Matosinhos, selecionou-se a mais representativa e, aparentemente, a que envolve casos com estados de conservação mais deficientes, definiu-se uma metodologia de inspeção estrutural e desenvolveram-se as respetivas fichas de inspeção. Selecionou-se e inspecionou-se visualmente um corpo da Escola Básica da Portela, de tipologia P3 e realizaram-se diferentes ensaios de diagnóstico. Comparam-se os respetivos resultados com os obtidos na inspeção da Escola da Amieira, do mesmo concelho e com a mesma tipologia. Propõem-se soluções de reparação com base no resultado da inspeção visual, nos ensaios de diagnóstico e na norma NP EN 1504-9. Estima-se o respetivo custo e sugere-se uma metodologia de extrapolação das conclusões e do estabelecimento de uma estimativa orçamental das intervenções de reparação das restantes escolas tipo P3 deste concelho e de outras com idênticas tipologias, localizações e condições ambientais envolventes.

ASSESSMENT OF THE PRESENCE OF Toxocara EGGS IN SOILS OF AN ARID AREA IN CENTRAL-WESTERN ARGENTINA

With the aim of studying the contamination of soils with eggs of Toxocara spp. in an arid area in the central-western region of Argentina, 76 soil samples were collected from 18 towns belonging to six provinces of central-western Argentina. They were processed by the centrifugal flotation method. No eggs of Toxocara spp. were found. It can be concluded that the negative results are directly related to the characteristics of the environment and climate present in the studied area. The finding of eggs in soils depends on several factors: the presence of canine or feline feces, the hygienic behavior of pet owners, the presence of stray animals without veterinary supervision, the weather and environmental conditions, and laboratory techniques used; and all these circumstances must be considered when comparing the results found in different geographical regions. In order to accurately define the importance of public spaces in the transmission of infection to humans, it is important to consider the role of backyards or green spaces around housing in small towns, where the population is not used to walking pets in public spaces, and in such cases a significant fraction of the population may acquire the infection within households.

TOXOPLASMOSIS IN MEXICO: EPIDEMIOLOGICAL SITUATION IN HUMANS AND ANIMALS

Toxoplasmosis is a parasitic disease widely distributed throughout the world, infecting a wide variety of animal species including humans. In Mexico, this parasite has been detected in different parts of the country, particularly in the tropical areas where the parasite can remain infective for long periods of time due to the environmental conditions (i.e. high temperature and humidity over the whole year). Several epidemiological studies have been conducted in both human and animal populations, but despite the wide distribution of the agent in the country, there is a significant lack of knowledge on the parasite transmission, treatment alternatives and control measures. The lack of feral cat populations and control measures in sites of meat production for human consumption are playing a role that has led to the wide spread of the disease in the country, particularly in tropical areas of Southeastern Mexico. For these reasons, this manuscript aims to review the published information on relevant epidemiological aspects of infection with T. gondii in humans and animals from Mexico.

Novel transcription factors regulating the expression of the rice gene OsDREB1B

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biology

Molybdenum Induces the expression of a protein containing a new heterometallic Mo-Fe cluster in desulfoVibrio alaskensis

Biochemistry. 2009 Feb 10;48(5):873-82. doi: 10.1021/bi801773t.