Evaluation of a polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism assay for dermatophyte and nondermatophyte identification in onychomycosis.

BACKGROUND: Dermatophytes are the main cause of onychomycoses, but various nondermatophyte filamentous fungi are often isolated from abnormal nails. The correct identification of the aetiological agent of nail infections is necessary in order to recommend appropriate treatment. OBJECTIVE: To evaluate a rapid polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) assay based on 28S rDNA for fungal identification in nails on a large number of samples in comparison with cultures. METHODS: Infectious fungi were analysed using PCR-RFLP in 410 nail samples in which fungal elements were observed in situ by direct mycological examination (positive samples). The results were compared with those previously obtained by culture of fungi on Sabouraud agar from the same nail samples. RESULTS: PCR-RFLP identification of fungi in nails allowed validation of the results obtained in culture when Trichophyton spp. grew from infected samples. In addition, nondermatophyte filamentous fungi could be identified with certainty as the infectious agents in onychomycosis, and discriminated from dermatophytes as well as from transient contaminants. The specificity of the culture results relative to PCR-RFLP appeared to be 81%, 71%, 52% and 63% when Fusarium spp., Scopulariopsis brevicaulis, Aspergillus spp. and Candida spp., respectively, grew on Sabouraud agar. It was also possible to identify the infectious agent when direct nail mycological examination showed fungal elements, but negative results were obtained from fungal culture. CONCLUSIONS: Improved sensitivity for the detection of fungi in nails was obtained using the PCR-RFLP assay. Rapid and reliable molecular identification of the infectious fungus can be used routinely and presents several important advantages compared with culture in expediting the choice of appropriate antifungal therapy.

Redução do mal-do-panamá em bananeira-maçã por inoculação de fungo micorrízico arbuscular

O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da densidade de inóculo de fungo micorrízico arbuscular (FMA) na incidência e severidade do Fusarium oxysporum f. sp. cubense (FOC) na bananeira, variedade 'Maçã', em fase inicial de desenvolvimento vegetativo. O trabalho foi realizado em três etapas, em condições de casa de vegetação, na Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, Cruz das Almas, BA. Foi realizado um teste de ajuste para determinação das densidades de inóculo do FMA a serem utilizadas. Em seguida, o FMA, Gigaspora margarita, foi inoculado nas mudas de banana e, depois de 60 dias foi inoculado o FOC. G. margarita apresentou eficiência simbiótica no crescimento das mudas de bananeira, variedade Maçã, dependendo da densidade de inóculo. A inoculação prévia com o FMA promoveu redução no índice de infecção causado pelo FOC. A pré-colonização das plantas de bananeira pelo FMA resultou em efeito de bioproteção, modulado pela taxa de colonização micorrízica e pela concentração de inóculo do FOC no solo.

UFUS-Imperial: nova cultivar de soja para o Estado de Mato Grosso

A fim de ampliar as opções ao cultivo da soja, a Universidade Federal de Uberlândia lançou a cultivar UFUS-Imperial, proveniente do cruzamento entre (Msoy 8411xMsoy 8914) x (Emgopa 313xTucano). A cultivar apresentou resistência ao acamamento, à deiscência da vagem e aos patógenos: Fusarium solani, Cercospora sojina, Peronospora manshurica, Xanthomonas campestris pv. glycines e Diaporthe phaseolorum f.sp. meridionalis, e resistência parcial a Septoria glycines, Erysiphe diffusa e Phakopsora pachyrhizi. O rendimento dessa cultivar, em ensaios regionais, foi 45% superior ao da testemunha Msoy 6101, e é indicada para o Estado de Mato Grosso.

Estratégias para eficiência da seleção de feijoeiro quanto à resistência à murcha-de-fusário

O objetivo deste trabalho foi melhorar a eficiência de seleção de linhagens de feijoeiro, para a resistência ao Fusarium oxysporum f.sp. phaseoli. Foram comparados sete métodos de inoculação do patógeno, em quatro linhagens de feijoeiro, em delineamento inteiramente ao acaso, em esquema fatorial 4x7, com cinco repetições. A reação das linhagens foi avaliada aos 21 dias após a inoculação. Para identificar a melhor época de avaliação da severidade do patógeno, 18 linhagens de feijoeiro foram submetidas à inoculação do patógeno, pela imersão de raízes na suspensão de esporos, com corte do sistema radicular, em delineamento inteiramente ao acaso, com 15 repetições. O progresso da doença foi acompanhado aos 7, 14, 21 e 28 dias após a inoculação. Com dados de experimento de 20 linhagens de feijoeiro com 15 repetições, foi simulado o efeito do número de repetições, que variou de 5 a 15. Os métodos que melhor discriminaram as linhagens foram os de imersão de raízes na suspensão de conídios - com ou sem o corte do sistema radicular. As avaliações da reação à doença devem ser realizadas com pelo menos 21 dias após a inoculação. Cinco repetições são suficientes para classificar as linhagens de feijoeiro, quanto à resistência à murcha-de-fusário.

Sistemas de cultivo, sucessões de culturas, densidade do solo e sobrevivência de patógenos de solo

O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de sistemas de manejo do solo e de cultivos prévios ao plantio do feijoeiro (Phaseolus vulgaris L.) sobre a densidade do solo e as populações de Rhizoctonia spp. e de Fusarium spp. Os cultivos prévios incluíram as leguminosas: guandu-anão (Cajanus cajan), estilosantes (Stylosanthes guianensis cv. Mineirão) e crotalária (Crotalaria spectabilis); e as gramíneas: milheto (Pennisetum glaucum cv. BN-2), sorgo granífero (Sorghum bicolor cv. BR 304), capim-mombaça (Panicum maximum cv. Mombaça), braquiária (Brachiaria brizantha cv. Marandu) e milho (Zea mays) consorciado com braquiária. As culturas utilizadas no cultivo prévio foram semeadas nos verões de 2002, 2003 e 2004, e os plantios de feijoeiro, cultivar BRS Valente, foram realizados nos invernos subseqüentes de 2003, 2004 e 2005, com irrigação por pivô central. Os restos culturais dos cultivos eram incorporados ao solo, no plantio convencional, e ficavam à superfície, no plantio direto. De modo geral, as maiores populações de Fusarium spp. e Rhizoctonia spp. e as maiores densidades de solo foram encontradas no solo cultivado em plantio direto. As maiores populações de Rhizoctonia spp. foram observadas em solos mais adensados. As leguminosas geralmente aumentaram populações desses patógenos e devem ser evitadas como culturas prévias ao cultivo do feijoeiro, em ambos os sistemas de cultivo. Plantios prévios de gramíneas, em geral, são supressores das populações de Rhizoctonia spp. e de Fusarium spp. no solo.

Inoculation methods under greenhouse conditions for evaluating soybean resistance to sudden death syndrome

The objectives of this work were to evaluate two greenhouse screening methods for sudden death syndrome (SDS) and to determine which one is best correlated with field resistance of soybean genotypes. The evaluations were done with three sets of genotypes that were classified as partially resistant, intermediate, and susceptible to SDS based on previous field evaluations. These three sets were independently evaluated for greenhouse SDS reactions using cone and tray inoculation methods. Plants were infected using grains of white sorghum [Sorghum bicolor (L.) Moench] infested with Fusarium solani f. sp. glycines. Foliar symptom severity was rated 21 days after emergence. The cone and field SDS ratings were significantly correlated and ranged from 0.69 for set 1 to 0.51 for set 3. Correlations of SDS ratings of genotypes between field and greenhouse tray ratings were significant for set 1 and not significant for set 2. The cone method showed the highest correlation with field results and is recommended to screen soybean genotypes for SDS resistance.

Detection of metabolite induction in fungal co-cultures on solid media by high-throughput differential ultra-high pressure liquid chromatography-time-of-flight mass spectrometry fingerprinting.

Access to new biological sources is a key element of natural product research. A particularly large number of biologically active molecules have been found to originate from microorganisms. Very recently, the use of fungal co-culture to activate the silent genes involved in metabolite biosynthesis was found to be a successful method for the induction of new compounds. However, the detection and identification of the induced metabolites in the confrontation zone where fungi interact remain very challenging. To tackle this issue, a high-throughput UHPLC-TOF-MS-based metabolomic approach has been developed for the screening of fungal co-cultures in solid media at the petri dish level. The metabolites that were overexpressed because of fungal interactions were highlighted by comparing the LC-MS data obtained from the co-cultures and their corresponding mono-cultures. This comparison was achieved by subjecting automatically generated peak lists to statistical treatments. This strategy has been applied to more than 600 co-culture experiments that mainly involved fungal strains from the Fusarium genera, although experiments were also completed with a selection of several other filamentous fungi. This strategy was found to provide satisfactory repeatability and was used to detect the biomarkers of fungal induction in a large panel of filamentous fungi. This study demonstrates that co-culture results in consistent induction of potentially new metabolites.

GacS sensor domains pertinent to the regulation of exoproduct formation and to the biocontrol potential of Pseudomonas fluorescens CHA0.

In the root-colonizing biocontrol strain CHA0 of Pseudomonas fluorescens, cell density-dependent synthesis of extracellular, plant-beneficial secondary metabolites and enzymes is positively regulated by the GacS/GacA two-component system. Mutational analysis of the GacS sensor kinase using improved single-copy vectors showed that inactivation of each of the three conserved phosphate acceptor sites caused an exoproduct null phenotype (GacS-), whereas deletion of the periplasmic loop domain had no significant effect on the expression of exoproduct genes. Strain CHA0 is known to synthesize a solvent-extractable extracellular signal that advances and enhances the expression of exoproduct genes during the transition from exponential to stationary growth phase when maximal exoproduct formation occurs. Mutational inactivation of either GacS or its cognate response regulator GacA abolished the strain's response to added signal. Deletion of the linker domain of the GacS sensor kinase caused signal-independent, strongly elevated expression of exoproduct genes at low cell densities. In contrast to the wild-type strain CHA0, the gacS linker mutant and a gacS null mutant were unable to protect tomato plants from crown and root rot caused by Fusarium oxysporum f. sp. radicis-lycopersici in a soil-less microcosm, indicating that, at least in this plant-pathogen system, there is no advantage in using a signal-independent biocontrol strain.

Micorrização e indução de quitinases e β-1,3-glucanases e resistência à fusariose em porta-enxerto de videira

O objetivo deste trabalho foi avaliar os níveis de expressão de β-1,3-glucanases e quitinases nos porta-enxertos de videira SO4 e R110, respectivamente suscetível e resistente a Fusarium oxysporum f. sp. herbemontis, bem como avaliar o efeito do fungo micorrízico arbuscular Glomus intraradices no crescimento, na expressão dessas enzimas e na supressão do patógeno no porta-enxerto suscetível. Foram quantificadas as atividades enzimáticas de β-1,3-glucanases e quitinases nas raízes dos porta-enxertos. Mudas do porta-enxerto SO4 receberam inóculos de G. intraradices e F. oxysporum, e foram avaliadas quanto ao crescimento, atividade das duas enzimas e sintomas de doença. As atividades das enzimas nas raízes do porta-enxerto resistente aumentaram entre 0 e 5 dias após a inoculação do patógeno. A atividade de quitinases nas raízes do porta-enxerto suscetível aumentou com a inoculação do fungo micorrízico e do patógeno. A atividade de β-1,3-glucanases foi maior somente com a presença do fungo micorrízico e do patógeno. Videiras com inoculação de G. intraradices apresentaram diminuição nos sintomas de infecção por Fusarium spp., o que indica que o fungo micorrízico promove a indução de quitinases e β-1,3-glucanases especificamente na supressão ou inibição do patógeno.

Podridão‑vermelha‑da‑raiz da soja em cultivos com diferentes sistemas de manejo e coberturas do solo

O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito dos sistemas de manejo do solo e de coberturas de inverno sobre o número de propágulos de Fusarium spp. no solo, a incidência da podridão‑vermelha‑da‑raiz (PVR) e a produtividade das cultivares de soja CD 206 e FT Fênix. Foram realizados dois experimentos nos anos agrícolas de 2006/2007 e 2007/2008. Utilizou-se o delineamento experimental de blocos ao acaso, em parcelas subsubdivididas, com três repetições. Foram avaliados dois sistemas de preparo do solo: plantio direto e revolvimento do solo na profundidade de 25 cm. As coberturas de inverno utilizadas foram: aveia‑preta, com duas densidades de plantio; aveia‑preta + ervilhaca; azevém; e pousio. A incidência da doença, na safra de 2006/2007, na cultivar FT Fênix, foi menor que na CD 206. Na safra 2007/2008, não houve diferença significativa. Houve incremento na produtividade, de 125 kg ha‑1, com o solo revolvido, em comparação ao plantio direto. A cobertura com aveia‑preta + ervilhaca apresentou maior número de propágulos de Fusarium spp. no solo, na safra de 2006/2007. No entanto, no segundo ano, essa diferença não foi observada. Os sistemas de preparo do solo e as coberturas de inverno utilizadas não influenciam a incidência da PVR em cultivares de soja ou o número de propágulos de Fusarium spp. no solo. O sistema com solo revolvido proporciona aumento de produtividade da soja, no segundo ano de manejo.

Validação de marcadores moleculares para resistência à giberela em genótipos brasileiros de trigo

O objetivo deste trabalho foi validar 19 marcadores microssatélites para resistência do trigo à giberela, em uma população não estruturada. Foram utilizados marcadores moleculares descritos na literatura como flanqueando QTLs de resistência à giberela em trigo, nos cromossomos 3B, 5A e 6B. Foram avaliadas 96 linhagens e cultivares de trigo quanto à severidade da infecção por giberela, em dois anos de avaliação. As linhagens e as cultivares foram genotipadas com 19 marcadores microssatélites. Os dados obtidos foram analisados pelo teste de Tukey e pelas análises de correlação, regressão linear simples e regressão múltipla; também foi estimada a eficiência de seleção dos marcadores moleculares. A severidade da doença variou de 1,95 a 41,3%, na média dos dois anos. Foram validados os QTLs nos três cromossomos avaliados. Os marcadores Xgwm389, Xgwm533, Xbarc180, Xbarc24, Wmc397, Xbarc101 e Wmc398 foram associados significativamente à resistência do trigo à giberela, tendo sido identificados alelos de resistência e de suscetibilidade. Os marcadores Wmc397, Xbarc101 (cromossomo 6B) e Xbarc180 (cromossomo 5A) têm potencial para uso na seleção assistida por marcadores moleculares, para resistência do trigo à giberela.

Análise de trilha da contaminação por aflatoxinas em grãos de milho armazenados

O objetivo deste trabalho foi determinar a magnitude dos efeitos diretos e indiretos de parâmetros físico-químicos e microbiológicos sobre a ocorrência de aflatoxinas em grãos de milho armazenados, por meio da análise de trilha. Os dados foram coletados em dois experimentos: um cultivo de inverno (colheita do milho em julho de 2012) e um cultivo de verão (colheita em fevereiro de 2013). Os grãos foram armazenados por 12 meses, em dois tipos de acondicionamentos: em sacarias convencionais de polipropileno e a granel em silo metálico. Avaliaram-se 14 características dos grãos. Calculou-se a matriz de correlações de Pearson entre todos os parâmetros, realizou-se o diagnóstico de multicolinearidade e, posteriormente, aplicou-se a análise de trilha com regressão em crista. Observou-se forte influência das condições ambientais entre as safras de inverno e de verão, e entre época e tipo de armazenagem, nos coeficientes de análise de trilha. As variáveis teor de umidade, conteúdo de cinzas, proteínas, lipídios, grãos sem defeitos, massa volumétrica, incidência de Penicillium sp., Aspergillus sp. e Fusarium sp. devem ser consideradas conjuntamente na definição da possibilidade de ocorrência de aflatoxinas na massa de grãos armazenados.

Produção, nutrição e incidência do mal do Panamá em bananeira 'Prata Anã' adubada com potássio

Resumo:O objetivo deste trabalho foi estimar a dose de K necessária para obter a máxima eficiência física de produção e o nível crítico foliar para o nutriente, bem como verificar a relação da aplicação de K no solo com o equilíbrio nutricional e a incidência do mal do Panamá (Fusarium oxysporum) na bananeira 'Prata Anã' (AAB). O experimento foi realizado por quatro ciclos de produção, na região semiárida de Minas Gerais, em Latossolo Vermelho eutrófico com 69 mg dm-3 de K disponível. Os tratamentos foram distribuídos em blocos ao acaso, em arranjo fatorial 4×4, com quatro doses de K (0, 250, 500 e 1.000 kg ha-1 por ano de K2O), quatro ciclos de produção e seis repetições. A aplicação de K no solo não influenciou a produção da bananeira no primeiro ciclo. A dose média de K2O para alcançar a máxima eficiência física de produção da 'Prata Anã' no segundo, no terceiro e no quarto ciclos foi de 880 kg ha-1. Os valores médios dos teores foliares de N, K, Ca e Mg foram semelhantes entre os ciclos de produção. O nível crítico médio de K foliar, estimado nos três ciclos de produção, foi de 28,9 g kg-1. A adubação potássica aumenta a produção e a tolerância da bananeira 'Prata Anã' ao mal do Panamá, em solo com médio teor de K.

Fungos fitopatogênicos para biocontrole de Sagittaria montevidensis e seletividade para a cultura do arroz irrigado

Resumo:O objetivo deste trabalho foi identificar, na micobiota de Sagittaria montevidensis, espécies de fungos fitopatogênicos com potencial bioherbicida, bem como avaliar sua seletividade para a cultura do arroz irrigado. Foram avaliadas as espécies de fungos Fusarium oxysporum e F. semitectum da micobiota de S. montevidensis e seis níveis de concentração de esporos (0, 1x103, 1x104, 1x105, 1x106 e 1x107 esporos mL-1), aplicados sobre plantas de S. montevidensis em estádio de uma folha sagitada e sobre plantas de arroz no estádio de desenvolvimento R4. Avaliou-se a progênie da cultura. Os isolados de F. oxysporum e F. semitectum apresentaram maior incidência sobre as plantas de S. montevidensis; porém, não foram eficazes no controle da espécie quando aplicados no estádio de plântula com uma folha sagitada. A aplicação de F. oxysporum e F. semitectum na fase de floração das plantas de arroz irrigado causa perdas no rendimento, redução no vigor das sementes produzidas e redução no comprimento radicular e da parte área.

Adaptabilidade, estabilidade e resistência a patógenos em genótipos de feijoeiro

Resumo:O objetivo deste trabalho foi avaliar a resistência de genótipos de feijoeiro aos principais patógenos da cultura, bem como a adaptabilidade e a estabilidade de produção de grãos desses genótipos. Avaliaram-se 26 genótipos de feijoeiro quanto à resistência a Colletotrichum lindemuthianum, Fusarium oxysporum f. sp. phaseolie Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli, por meio de inoculação, em laboratório, e em 19 ensaios de valor de cultivo e uso (VCU), em diferentes locais do Estado de São Paulo, nas safras das "águas", "seca" e "inverno", durante os anos agrícolas 2011, 2012 e 2013. Dezoito genótipos foram considerados resistentes: sete deles a C. lindemuthianum, sete a F. oxysporumf. sp. phaseolie quatro a X. axonopodispv. phaseoli. A reação de resistência aos patógenos está associada à estabilidade dos genótipos. Por meio das análises GGE biplot, foi possível identificar genótipos com adaptabilidade e estabilidade superiores às das testemunhas, nos dois grupos de tegumento avaliados, em todas as épocas de semeadura.