"In vitro" reconstitution of the fragmentation of vacuoles

Résumé La fragmentation des membranes est un processus commun à beaucoup d'organelles dans une cellule. Les mitochondries, le noyau, le réticulum endoplasmique, les phagosomes, les peroxisomes, l'appareil de Golgi et les lysosomes (vacuoles chez la levure) se fragmentent en plusieurs copies en réponse à des sitmulis environnementaux, tels que des stresses, ou dans une situtation normale durant le cycle cellulaire, afin d' être transférer dans les cellules filles. La fragmentation des membranes est également observée pendant le processus d'endocytose, lors de la formation de vésicules endocytiques, mais également dans tout le traffic intracellulaire, lors de la genèse d'une vésicule de transport. Le processus de fragmentation est donc généralement important. La découverte en 1991 d'une dynamin-like GTPase comme protéine impliquée dans la fragmentation de la membrane plasmique durant l'endocytose a ouvert ce domaine de recherche. Dès lors des dynamines ont été découvertes sur la pluspart des organelles, ce qui suggère un processus de fragmentation des membranes commun à l'ensemble de la cellule. Cependant, l'ensemble des protéines impliquées ainsi que le mécanisme de la fragmentation reste encore à élucider. Mon projet de thèse était d'établir un test in vitro de fragmentation des vacuoles utile à la compréhension du mécanisme de ce processus. Le choix de ce système est judicieux pour plusieurs raisons; premièrement les vacuoles fragmentent naturellement durant le cycle cellulaire, deuxièment leur taille permet de visualiser facilement leur morphologie par simple microscopie optique, finalement elles peuvent être isolées en quantité intéressante avec un haut degré de pureté. In vivo, les vacuoles peuvent être facilement fragmentées par un stress osmotique. Un tel test permet d'identifier des protéines impliquées dans le mécanisme comme dans le criblage que j'ai effectué sur l'ensemble de la collection de délétions des gènes non-essentiels chez la levure. Cependant un test in vitro est ensuite indispensable pour jouer avec les protéines découvertes afin d'en élucider le mécanisme. Avec mon test in vitro, j'ai confirmé l'implication des protéines SNAREs dans la fragmentation et j'ai permis de comprendre la régulation de la quantité de vacuoles et de leur taille par le complexe TORC1 dans une situation de stress. 7 Résumé large public Les cellules de chaque organisme sont composées de différents compartiments appelés organelles. Chacun possède une fonction bien définie afin de permettre la vie et la croissance de la cellule. Ils sont entourés de membrane, qui joue le role de barrière spécifiquement perméable, afin de garder l'intégrité de chacun. Dans des conditions de croissance normale, les cellules prolifèrent. Durant la division cellulaire amenant à la formation d'une nouvelle cellule, chaque organelle doit se diviser afin de fournir l'ensemble des organelles à la cellule fille. La division de chaque organelle nécessite la fragmentation de la membrane les entourant. Des protéines dynamine-like GTPase ont été découvertes sur presque l'ensemble des organelles d'une cellule. Elles sont impliquées dans les processus de fragmentation des membranes. Dès lors l'idée d'un mécanisme commun est apparu. Cependant cette réaction, par sa complexité, ne peut pas impliquer une protéine unique. La découverte d'autres facteurs et la compréhension du mécanisme reste à faire. La première étape peut se faire par étude in vivo, c'est-à-dire avec des cellules entières, la deuxième étape, quant à elle, nécessite d'isoler les protéines impliquées et de jouer avec les différents paramètres, ce qui signifie donc un travail in vitro, séparé des cellules. Mon travail a constisté à établir un procédé expérimental in vitro pour étudier la fragmentation des membranes. Je travaille avec des vacuoles de levures pour étudier les réactions membranaires. Les vacuoles sont les plus grandes organelles présentes dans les levures. Elles sont impliquées principalement dans la digestion. Comme toute organelle, elles se fragmentent durant la division cellulaire. Le procédé expérimental comporte une première étape, l'isolation des vacuoles et, deuxièmement, l'incubation de celles-ci avec des composés essentiels à la réaction. En parallèle, j'ai mis en évidence, par un travail in vivo, de nouvelles protéines impliquées dans le processus de fragmentation des membranes. Ceci a été fait en réalisant un criblage par microscopie d'une collection de mutants. Parmi ces mutants, j'ai cherché ceux qui présentaient un défaut dans la fragmentation des vacuoles. Ces deux procédés expérimentaux, in vitro et in vivo, m'ont permis de découvrir de nouvelles protéines impliquées dans cette réaction, ainsi que de mettre en évidence un mécanisme utlilisé par la cellule pour réguler la fragmentation des vacuoles. 8 Summary Fragmentation of membranes is common for many organelles in a cell. Mitochondria, nucleus, endoplasmic reticulum, phagosomes, peroxisomes, Golgi and lysosomes (vacuoles in yeast) fragment into multiple copies in response to environmental stimuli, such as stresses, or in a normal situation during the cell cycle in order to be transferred into the daughter cell. Fragmentation of membrane occurs during endocytosis, at the latest step in endocytic vesicle formation, and also in intracellular trafficking, when traffic vesicles bud. This field of research was opened in 1991 when a dynamin-like GTPase was found to be involved in fragmentation of the plasma membrane during endocytosis. Since dynamin-like GTPases have been found on most organelles, similarities in their mechanisms of fragmentation might exist. However, many proteins involved in the mechanism of fragmentation remain unknown. My thesis project was to establish an in vitro assay for membrane fragmentation in order to create a tool to study the mechanism of this process. I chose vacuoles as a model organelle for several reasons: first of all, vacuoles fragment under physiological conditions during cell cycle, secondly their size makes their morphology easily visible under the light microscope, and finally vacuoles can be isolated in good amounts with relatively high degrees of purity. In vivo, vacuole fragmentation can be induced with an osmotic shock. Such a simple assay facilitates the identification of new proteins involved in the process. I used this tool to screen of the entire knockout collection of non-essential genes in Saccharomyces cerevisiae for mutants defective in vacuole fragmentation. The in vitro system will be useful to characterize the mutants and to study the mechanism of fragmentation in detail. I used my in vitro assay to confirm the involvement of vacuolar SNARE proteins in fragmentation of the organelle and to uncover that number and size of vacuoles in the cell is regulated by the TORC1 complex via selective stimulation of fragmentation activity.

Klassenkampf und Klassenkompromiss : Arbeit, Kapital und Staat in den Niederlanden und der Schweiz

Les Pays-Bas et la Suisse sont souvent décrits comme ayant des relations entre travail et capital similaires, marquées par des négociations et le compromis. La conviction est courante dans les deux pays qu'il y a une tendance constante au consensus et au compromis dans l'histoire nationale. Cette thèse livre une comparaison historique du développement des relations de classe dans la 1ers moitié du 20eme siècle. Une attention particulière est donnée aux confrontations sévères et partiellement violentes entre les classes qui ont eu lieu pendant et juste après la Première Guerre Mondiale. Dans la crise des années trente, les deux pays ont longtemps maintenu l'attachement à une politique de déflation, ce qui a mené à une nouvelle accentuation des tensions sociales. Dans ce contexte, loin d'être prêts à faire des concessions au mouvement ouvrier, d'importantes composantes du patronat néerlandais et suisse sympathisaient avec un corporatisme autoritaire comme il était prôné par les mouvements et régimes fascistes. Des alliances entre le mouvement ouvrier socialiste et des fractions importantes des classes moyennes étaient capables d'arrêter cette dérive autoritaire, sans avoir assez de force pour imposer leurs propres alternatives. C'est seulement après l'affaiblissement de la droite dure entre la deuxième moitié des années trente et l'immédiat après-guerre que des premiers fondements pour un compromis de classe stable ont été établis. Généralement, l'approche comparée de la thèse permet de mieux saisir les histoires nationales dans leur contexte européen et global et permet donc de dépasser une vue de l'histoire nationale comme «cas spécial».¦Die Beziehungen zwischen Arbeit und Kapital in Niederlande und die Schweiz werden oft als âhnlich und stark von Verhandlungen und von Kompromissen geprâgt beschrieben. In beiden Lândern ist die Auffassung weitverbreitet, dass es in der nationalen Geschichte eine konstante Tendenz zum Konsens und zum Kompromiss gebe. Diese Dissertation bietet einen historischen Vergleich der Entwicklung der Klassenbeziehungen in der ersten Hâlfte des 20. Jahrhunderts. Thematisiert werden insbesondere die ernsthaften und teilweise gewalttàtigen Zusammenstôsse zwischen den Klassen, die sich wàhrend und unmittelbar nach dem Ersten Weltkrieg ereigneten. In der Krise der Dreissigerjahre hielten beide Staaten lange an der Deflationspolitik fest, was erneut zu einer Verschârfung der sozialen Spannungen fïïhrte. Vor diesem Hintergrund lehnten weite Teile der schweizerischen und niederlândischen Grossunternehmer Konzessionen gegenuber der Arbeiterbewegung ab. Vielmehr sympathisierten sie mit einem autoritàren Korporatismus, wie er von den faschistischen Bewegungen und Regimes vertreten wurde. Allianzen zwischen der sozialistischen Arbeiterbewegung und Teilen der Mittelschichten gelang es zwar, diese autoritàren Tendenzen aufzuhalten, nicht aber ihre eigenen Alteraativkonzepte durchzusetzen. Erst nach der Schwâchung der radikalen Rechten in der Zeit zwischen der zweiten Hàlfte der 1930er Jahre und der unmittelbaren Nachkriegszeit nach dem Zweiten Weltkrieg fand sich eine¦Grundlage fur einen stabilen Klassenkompromiss. Generell ermôglicht es der vergleichende Ansatz der Dissertation, die nationale Geschichte in ihrem europâischen und globalen Kontext zu sehen und so eine Sicht auf die Geschichte eines einzelnen Landes als ,,Sonderfall" zu uberwinden.

Unfolding nature "in silico" : overcoming practical and metodological limitations of species distribution models

Abstract : The existence of a causal relationship between the spatial distribution of living organisms and their environment, in particular climate, has been long recognized and is the central principle of biogeography. In turn, this recognition has led scientists to the idea of using the climatic, topographic, edaphic and biotic characteristics of the environment to predict its potential suitability for a given species or biological community. In this thesis, my objective is to contribute to the development of methodological improvements in the field of species distribution modeling. More precisely, the objectives are to propose solutions to overcome limitations of species distribution models when applied to conservation biology issues, or when .used as an assessment tool of the potential impacts of global change. The first objective of my thesis is to contribute to evidence the potential of species distribution models for conservation-related applications. I present a methodology to generate pseudo-absences in order to overcome the frequent lack of reliable absence data. I also demonstrate, both theoretically (simulation-based) and practically (field-based), how species distribution models can be successfully used to model and sample rare species. Overall, the results of this first part of the thesis demonstrate the strong potential of species distribution models as a tool for practical applications in conservation biology. The second objective this thesis is to contribute to improve .projections of potential climate change impacts on species distributions, and in particular for mountain flora. I develop and a dynamic model, MIGCLIM, that allows the implementation of dispersal limitations into classic species distribution models and present an application of this model to two virtual species. Given that accounting for dispersal limitations requires information on seed dispersal, distances, a general methodology to classify species into broad dispersal types is also developed. Finally, the M~GCLIM model is applied to a large number of species in a study area of the western Swiss Alps. Overall, the results indicate that while dispersal limitations can have an important impact on the outcome of future projections of species distributions under climate change scenarios, estimating species threat levels (e.g. species extinction rates) for a mountainous areas of limited size (i.e. regional scale) can also be successfully achieved when considering dispersal as unlimited (i.e. ignoring dispersal limitations, which is easier from a practical point of view). Finally, I present the largest fine scale assessment of potential climate change impacts on mountain vegetation that has been carried-out to date. This assessment involves vegetation from 12 study areas distributed across all major western and central European mountain ranges. The results highlight that some mountain ranges (the Pyrenees and the Austrian Alps) are expected to be more affected by climate change than others (Norway and the Scottish Highlands). The results I obtain in this study also indicate that the threat levels projected by fine scale models are less severe than those derived from coarse scale models. This result suggests that some species could persist in small refugias that are not detected by coarse scale models. Résumé : L'existence d'une relation causale entre la répartition des espèces animales et végétales et leur environnement, en particulier le climat, a été mis en évidence depuis longtemps et est un des principes centraux en biogéographie. Ce lien a naturellement conduit à l'idée d'utiliser les caractéristiques climatiques, topographiques, édaphiques et biotiques de l'environnement afin d'en prédire la qualité pour une espèce ou une communauté. Dans ce travail de thèse, mon objectif est de contribuer au développement d'améliorations méthodologiques dans le domaine de la modélisation de la distribution d'espèces dans le paysage. Plus précisément, les objectifs sont de proposer des solutions afin de surmonter certaines limitations des modèles de distribution d'espèces dans des applications pratiques de biologie de la conservation ou dans leur utilisation pour évaluer l'impact potentiel des changements climatiques sur l'environnement. Le premier objectif majeur de mon travail est de contribuer à démontrer le potentiel des modèles de distribution d'espèces pour des applications pratiques en biologie de la conservation. Je propose une méthode pour générer des pseudo-absences qui permet de surmonter le problème récurent du manque de données d'absences fiables. Je démontre aussi, de manière théorique (par simulation) et pratique (par échantillonnage de terrain), comment les modèles de distribution d'espèces peuvent être utilisés pour modéliser et améliorer l'échantillonnage des espèces rares. Ces résultats démontrent le potentiel des modèles de distribution d'espèces comme outils pour des applications de biologie de la conservation. Le deuxième objectif majeur de ce travail est de contribuer à améliorer les projections d'impacts potentiels des changements climatiques sur la flore, en particulier dans les zones de montagnes. Je développe un modèle dynamique de distribution appelé MigClim qui permet de tenir compte des limitations de dispersion dans les projections futures de distribution potentielle d'espèces, et teste son application sur deux espèces virtuelles. Vu que le fait de prendre en compte les limitations dues à la dispersion demande des données supplémentaires importantes (p.ex. la distance de dispersion des graines), ce travail propose aussi une méthode de classification simplifiée des espèces végétales dans de grands "types de disperseurs", ce qui permet ainsi de d'obtenir de bonnes approximations de distances de dispersions pour un grand nombre d'espèces. Finalement, j'applique aussi le modèle MIGCLIM à un grand nombre d'espèces de plantes dans une zone d'études des pré-Alpes vaudoises. Les résultats montrent que les limitations de dispersion peuvent avoir un impact considérable sur la distribution potentielle d'espèces prédites sous des scénarios de changements climatiques. Cependant, quand les modèles sont utilisés pour évaluer les taux d'extinction d'espèces dans des zones de montages de taille limitée (évaluation régionale), il est aussi possible d'obtenir de bonnes approximations en considérant la dispersion des espèces comme illimitée, ce qui est nettement plus simple d'un point dé vue pratique. Pour terminer je présente la plus grande évaluation à fine échelle d'impact potentiel des changements climatiques sur la flore des montagnes conduite à ce jour. Cette évaluation englobe 12 zones d'études réparties sur toutes les chaines de montages principales d'Europe occidentale et centrale. Les résultats montrent que certaines chaines de montagnes (les Pyrénées et les Alpes Autrichiennes) sont projetées comme plus sensibles aux changements climatiques que d'autres (les Alpes Scandinaves et les Highlands d'Ecosse). Les résultats obtenus montrent aussi que les modèles à échelle fine projettent des impacts de changement climatiques (p. ex. taux d'extinction d'espèces) moins sévères que les modèles à échelle large. Cela laisse supposer que les modèles a échelle fine sont capables de modéliser des micro-niches climatiques non-détectées par les modèles à échelle large.

Increasing lactate turnover rate during exercise by means of altitude training and fructose ingestion : effects on substrate metabolism and endurance performance

Summary : With regard to exercise metabolism, lactate was long considered as a dead-end waste product responsible for muscle fatigue and a limiting factor for motor performance. However, a large body of evidence clearly indicates that lactate is an energy efficient metabolite able to link the glycolytic pathway with aerobic metabolism and has endocrine-like actions, rather than to be a dead-end waste product. Lactate metabolism is also known to be quickly upregulated by regular endurance training and is thought to be related to exercise performance. However, to what extent its modulation can increase exercise performance in already endurance-trained subjects is unknown. The general hypothesis of this work was therefore that increasing either lactate metabolic clearance rate or lactate availability could, in turn, increase endurance performance. The first study (Study I) aimed at increasing the lactate clearance rate by means of assumed interaction effects of endurance training and hypoxia on lactate metabolism and endurance performance. Although this study did not demonstrate any interaction of training and hypoxia on both lactate metabolism and endurance performance, a significant deleterious effect of endurance training in hypoxia was shown on glucose homeostasis. The methods used to determine lactate kinetics during exercise exhibited some limitations, and the second study did delineate some of the issues raised (Study 2). The third study (Study 3) investigated the metabolic and performance effects of increasing plasma lactate production and availability during prolonged exercise in the fed state. A nutritional intervention was used for this purpose: part of glucose feedings ingested during the control condition was substituted by fructose. The results of this study showed a significant increase of lactate turnover rate, quantified the metabolic fate of fructose; and demonstrated a significant decrease of lipid oxidation and glycogen breakdown. In contrast, endurance performance appeared to be unmodified by this dietary intervention, being at odds with recent reports. Altogether the results of this thesis suggest that in endurance athletes the relationship between endurance performance and lactate turnover rate remains unclear. Nonetheless, the result of the present study raises questions and opens perspectives on the rationale of using hypoxia as a therapeutic aid for the treatment of insulin resistance. Moreover, the results of the second study open perspectives on the role of lactate as an intermediate metabolite and its modulatory effects on substrate metabolism during exercise. Additionally it is suggested that the simple nutritional intervention used in the third study can be of interest in the investigation on the aforementioned roles of lactate. Résumé : Lorsque le lactate est évoqué en rapport avec l'exercice, il est souvent considéré comme un déchet métabolique responsable de l'acidose métabolique, de la fatigue musculaire ou encore comme un facteur limitant de la performance. Or la littérature montre clairement que le lactate se révèle être plutôt un métabolite utilisé efficacement par de nombreux tissus par les voies oxydatives et, ainsi, il peut être considéré comme un lien entre le métabolisme glycolytique et le métabolisme oxydatif. De plus on lui prête des propriétés endocrines. Il est connu que l'entraînement d'endurance accroît rapidement le métabolisme du lactate, et il est suggéré que la performance d'endurance est liée à son métabolisme. Toutefois la relation entre le taux de renouvellement du lactate et la performance d'endurance est peu claire, et, de même, de quelle manière la modulation de son métabolisme peut influencer cette dernière. Le but de cette thèse était en conséquence d'investiguer de quelle manière et à quel degré l'augmentation du métabolisme du lactate, par l'augmentation de sa clearance et de son turnover, pouvait à son tour améliorer la performance d'endurance de sujets entraînés. L'objectif de la première étude a été d'augmenter la clearance du lactate par le biais d'un entraînement en conditions hypoxiques chez des cyclistes d'endurance. Basé sur la littérature scientifique existante, on a fait l'hypothèse que l'entraînement d'endurance et l'hypoxie exerceraient un effet synergétique sur le métabolisme du lactate et sur la performance, ce qui permettrait de montrer des relations entre performance et métabolisme du lactate. Les résultats de cette étude n'ont montré aucun effet synergique sur la performance ou le métabolisme du lactate. Toutefois, un effet délétère sur le métabolisme du glucose a été démontré. Quelques limitations de la méthode employée pour la mesure du métabolisme du lactate ont été soulevées, et partiellement résolues dans la seconde étude de ce travail, qui avait pour but d'évaluer la sensibilité du modèle pharmacodynamique utilisé pour le calcul du turnover du lactate. La troisième étude a investigué l'effet d'une augmentation de la lactatémie sur le métabolisme des substrats et sur la performance par une intervention nutritionnelle substituant une partie de glucose ingéré pendant l'exercice par du fructose. Les résultats montrent que les composants dynamiques du métabolisme du lactate sont significativement augmentés en présence de fructose, et que les oxydations de graisse et de glycogène sont significativement diminuées. Toutefois aucun effet sur la performance n'a été démontré. Les résultats de ces études montrent que la relation entre le métabolisme du lactate et la performance reste peu claire. Les résultats délétères de la première étude laissent envisager des pistes de travail, étant donné que l'entraînement en hypoxie est considéré comme outil thérapeutique dans le traitement de pathologies liées à la résistance à l'insuline. De plus les résultats de la troisième étude ouvrent des perspectives de travail quant au rôle du lactate comme intermédiaire métabolique durant l'exercice ainsi que sur ses effets directs sur le métabolisme. Ils suggèrent de plus que la manipulation nutritionnelle simple qui a été utilisée se révèle être un outil prometteur dans l'étude des rôles et effets métaboliques que peut revêtir le lactate durant l'exercice.

Servir au restaurant : sociologie d'un métier (mé)connu

Métier de service, féminin, dévalorisé, peu qualifié et mal payé, voici le registre le plus fréquent sur lequel est évoqué le travail de service en restauration. Sans aucun doute, ces éléments caractérisent en partie l'activité professionnelle des serveuses et des serveurs de restaurant, mais ils ne suffisent pas à en cerner la spécificité et ne rendent que partiellement compte des différentes facettes du métier et du travail réalisé. La présente étude s'applique à repérer les ressorts de cette « entreprise humaine organisée » (Freidson, 1986) qu'est le métier de serveur/serveuse en restauration traditionnelle, mais dont l'organisation n'apparaît pas d'emblée, tant elle est peu formelle et formalisée. À partir d'une démarche empirique, et en croisant différentes approches - sociologie du travail, sociologie des groupes professionnels, sociologie des services et études genre -, elle donne à comprendre ce qui fait le métier de serveur et de serveuse en restauration commerciale traditionnelle et la spécificité du travail effectué par ces petites mains du service. La première partie de l'analyse cerne les multiples facettes du contenu du travail des serveuses et des serveurs en restauration et la particularité des relations de service entre la clientèle et le personnel. La seconde traite plus spécifiquement des relations sociales dans l'entreprise, tant horizontales - avec les collègues -, que verticales - avec le patron. Enfin la troisième partie met en évidence les principaux mécanismes de différenciation de la main-d'oeuvre, par l'analyse de la répartition des horaires de travail et l'examen des parcours professionnels des personnes interviewées. Au final, cette thèse dresse le profil sociologique d'un métier qui a, jusqu'ici, peu retenu l'attention des chercheur?e?s. Elle cerne finement la profonde ambivalence qui caractérise le métier de serveur/serveuse, tant au plan du travail effectué, des relations de travail, du rapport au client, des parcours professionnels et du rapport subjectif que les personnes entretiennent à l'égard de leur travail. Service marchand marqué par la combinaison d'une domesticité ancillaire et d'une forme de domesticité familiale ; activité manuelle et relationnelle, individuelle et collective, physique et psychique ; combinaison de routine et d'événement ; travail dont il faut effacer le caractère laborieux ; personnalisation de relations entre anonymes, sont un aperçu des résultats qui concourent à montrer que le métier de serveur/serveuse recouvre des réalités contrastées et combine des logiques qui peuvent apparaître comme fort éloignées, voire contradictoires. En réalité, ce métier est à l'interface entre l'univers salarial, artisanal et domestique et présente simultanément des caractéristiques propres aux différentes formes de mise au travail que sont le salariat, l'artisanat et le travail domestique. En étayant ce résultat, ma recherche plaide pour la nécessité d'une approche transversale et globalisante qui ne fonctionne pas sur des catégories d'analyse figées et hermétiques, définies a priori en fonction de l'objet étudié, mais reste ouverte pour permettre de saisir la complexité et l'hybridation des logiques à l'oeuvre dans toute activité professionnelle. Ainsi, outre la contribution qu'apporte cette recherche aux connaissances existantes sur un segment professionnel peu investigué jusqu'ici, elle contribue aussi à enrichir les analyses contemporaines du travail en suscitant une réflexion de plus large portée sur les approches et les conceptualisations possibles pour appréhender les activités de service.

Littératie en santé : élaboration d'un outil de dépistage pour les médecins de famille

La littératie en santé est un concept prenant en compte les compétences et les ressources que chacun doit posséder pour gérer l'information nécessaire au maintien d'un bon état de santé. Néanmoins, il n'y pas de consensus sur une définition unique, ce qui complique une intégration adéquate de cette thématique dans le domaine de la santé. Un faible niveau de littératie en santé est un problème fréquent et concernerait près de 50% de la population Suisse (OCDE 2005). Cette problématique est d'une importance majeure car les individus avec un niveau de littératie insuffisant sont plus à risque d'un mauvais état de santé (AMA 1999) et ce phénomène représenterait 3 à 6% des coûts de la santé en Suisse selon une estimation basée sur les chiffres d'études américaines. (Spycher 2006). Les médecins de famille, considérés comme l'une des principales sources d'information en santé pour la population en Suisse, jouent un rôle central dans la promotion d'un bon niveau de santé. L'idée de ce travail vient à la suite des résultats du travail de Maîtrise de de Lara Van Leckwyck qui s'est intéressée à la perception que les médecins de famille de la région lausannoise ont du niveau de littératie de leurs patients. Ces derniers considèrent posséder les ressources nécessaires pour prendre en charge leurs patients avec un faible niveau de littératie mais ils sont ouverts à de nouveaux outils. Nous avons alors voulu tenter l'expérience et créer un outil sous la forme d'une brochure A6 contenant quatre faces dans le but d'aider ces médecins. Les objectifs sont les suivants : 1) sensibiliser et informer les médecins de famille à la problématique de la littératie en santé ; 2) offrir une aide au dépistage du niveau de littératie en santé de leurs patients ; 3) proposer une aide à la prise en charge des patients avec un faible niveau de littératie en fournissant une liste de moyens pratiques basés sur une revue de la littérature pour aider les médecins généralistes internistes dans leur prise en charge et 4) proposer une sélection d'adresses internet utiles en lien avec la problématique de la littératie en santé. Cet outil a été présenté à 15 assistants et chefs de clinique de la Policlinique médicale universitaire (PMU) de Lausanne ainsi qu'à 30 médecins internistes généralistes installés dans la région de Lausanne qui évalueront son utilité dans le cadre d'un prochain travail de Maîtrise. Les limites principales concernant un tel projet sont le format choisi pour l'outil et le fait de récolter et de transcrire des informations sur un sujet principalement étudié dans les pays anglo-saxons. Nous pouvons déjà prévoir que des adaptations sur la traduction de certains éléments de l'outil (notamment les questions de dépistage) seront certainement relevées par les médecins qui auront testé l'outil. Un travail supplémentaire mené de manière différente pourra également faire l'objet d'un futur travail.

Interruptions de grossesse dans le canton de Vaud en 2007

En 2007, un total de 1439 interruptions de grossesse ont été pratiquées dans le canton de Vaud, dont 89% concernaient des femmes domiciliées dans le canton. Rapporté à la population féminine en âge de procréer (15-49 ans), le taux d'interruption de grossesse est estimé à 7,6 pour mille (15-44 ans : 9,4 pour mille). Le taux d'interruptions de grossesses pour 1000 résidentes âgée de 15 à 49 ans marque une légère progression, passant de 6,8 pour mille en 2004 à 7,6 pour mille en 2007. Un écart important se maintient entre les femmes de nationalité étrangère (2007 : 13,1pour mille) et les Suissesses (4,6 pour mille). Dans les deux groupes, néanmoins, l'augmentation des interruptions de grossesse parmi les adolescentes (15-19 ans), observée au cours des trois dernières années, s'est interrompue en 2007. Le ratio des interruptions de grossesse par rapport aux nombre de naissances vivantes (exprimé en %) marque une très légère progression depuis 2003, passant de 15.2 à 16.7. Comme lors des années précédentes, on n'observe pas d'évolution particulière au niveau de l'âge gestationnel au moment de l'interruption. Dans leur très grande majorité, les interruptions de grossesse sont pratiquées avant la douzième semaine suivant l'arrêt des règles. En outre, l'âge gestationnel ne varie quasiment pas selon l'âge et la nationalité. Le pourcentage d'interruptions de grossesse par voie médicamenteuse continue d'augmenter. Il est passé de 31% en 2005 à 41% en 2007. Cette valeur reste encore nettement inférieure à la moyenne suisse (56%). Le recours à la méthode médicamenteuse demeure fortement associé au niveau de formation de la patiente (formation supérieure) et au type d'établissement dans lequel l'intervention est pratiquée. La probabilité d'une intervention médicamenteuse est ainsi trois fois plus élevée dans un hôpital régional qu'au CHUV. On observe peu d'évolution au niveau des caractéristiques sociodémographiques et des caractéristiques de la carrière reproductive. Le pourcentage de femmes ayant déjà interrompu une grossesse par le passé demeure élevé (31 %) en particulier dans certains groupes de nationalité (Afrique, Amérique du Sud). On note également, parmi les femmes ayant déjà eu un/des enfant/s, qu'un laps de temps relativement court sépare l'interruption de grossesse du dernier accouchement : 20% ont recouru à l'interruption de grossesse dans l'année ou dans l'année précédant l'interruption de grossesse.

Prédictibilité, incidence et prise en charge chez 3600 patients adultes et pédiatriques anesthésiés hors du bloc opératoire en 2010

L'intubation endotrachéale reste la méthode de premier choix pour assurer la ventilation et la protection des voies aériennes supérieures. Ce geste fait partie intégrante du savoir-faire des équipes d'anesthésiologie, dans un contexte de chirurgie élective, de réanimation ou de soins intensifs. En règle générale, l'intubation s'avère rapide, sûre et efficace. Un apprentissage et une pratique régulière sont néanmoins nécessaires pour acquérir et maintenir les habilités requises pour gérer les situations standards et d'urgences usuelles, et pour minimiser le risque de complication, notamment iatrogènes. De nombreuses techniques ont été conçues pour faciliter l'intubation ou palier aux éventuelles difficultés. De nouveaux outils ne cessent d'être mis au point. La place qu'ils seront amenés à prendre dans la pratique quotidienne reste à définir. Ils font néanmoins désormais partie du paysage anesthésique. Il existe un certain nombre de conditions morphologiques ou pathologiques qui peuvent entraver l'intubation et risquer de converger pour aboutir à une situation d'intubation difficile. Afin de minimiser les risques de prise en charge des voies aériennes, il importe de détecter ces conditions et de pouvoir s'y adapter, notamment par le choix d'un matériel et d'un protocole adaptés. Les voies aériennes difficiles représentent en ce sens une interaction complexe entre les facteurs propres au patient, le contexte clinique et les capacités de l'anesthésiste. Les intubations trachéales difficiles restent une source majeure de morbidité et de mortalité dans la pratique clinique, particulièrement lorsqu'elles ne sont pas anticipées et dans les situations d'urgence. Même si la pharmacologie, les méthodes de travail et les moyens techniques ont évolués et garantissent une meilleure gestion du risque et une meilleure prise en charge des situations complexes, la gestion des voies aériennes et la prédiction des voies aériennes difficiles restent un défi central de la prise en charge anesthésiologique. La gestion des voies aériennes difficiles reste donc une composante importante de la pratique anesthésique, de part l'incidence d'événements potentiellement graves pour le patient qu'elle génère. La nécessité d'évaluer le risque d'ID est désormais ancrée dans les préceptes de la prise en charge anesthésique. Lors de l'évaluation préopératoire, le dépistage des facteurs de risque d'ID doit être systématique et correctement documenté. L'anticipation d'un risque trop élevé ou d'une situation potentiellement compliquée permet d'adapter sa planification, de compléter les examens préopératoires, d'orienter le choix de la technique et de se préparer à pouvoir répondre de manière rapide et efficace à une situation urgente. Même si les situations d'ID ne pourront probablement jamais êtres toutes anticipées, il importe donc de définir les facteurs de risque significatifs et de les intégrer dans la prise en charge des voies aériennes. L'accent a notamment été mis sur la recherche de critères prédictifs efficaces. Ces stratégies ont toutes pour but de stratifier le risque de difficultés intubatoires afin de minimiser l'incidence d'événements délétères, par une préparation optimale et la prise en charge adéquate des situations difficiles. L'absence de recommandations internationales standardisées d'identification et de prise en charge de l'ID sont principalement liées à l'absence de définitions standardisées, au manque de critères suffisamment sensibles et spécifiques, au caractère subjectif de certains critères cliniques utilisés et à la kyrielle de techniques et d'outils alternatifs à l'intubation orotrachéale laryngoscopique standard à disposition. Aucune anomalie anatomo-pathologique usuelle ni aucune de leurs combinaisons n'est strictement associée à l'intubation difficile. Certains examens sont en outre difficilement justifiables pour une consultation pré-anesthésique usuelle. Dans le cadre de cette problématique, l'objectif fondamental de ce travail est de participer à l'amélioration la prédictibilité de l'intubation difficile dans la pratique anesthésique. L'étude portera sur l'analyse rétrospective de dossiers anesthésiques de 3600 patients, adultes et pédiatriques, pris en charge par le service d'anesthésiologie dans le secteur hors bloc opératoire au CHUV, entre le 1er janvier et le 31 décembre 2010. L'analyse des résultats devrait permettre de déterminer l'incidence et le taux de prédictibilité de l'intubation difficile prévue et non prévue, ainsi que de citer les techniques actuelles de prise en charge dans une institution hospitalière universitaire telle que le CHUV. Un analyse critique des stratégies de prédiction employées, de leur mise en pratique et des techniques de travail privilégiées dans la prise en charge des situations d'intubations difficiles pourrait permettre l'élaboration de pistes réflexives dans le but de les optimiser et d'améliorer la prise en charge du patient et la gestion du risque anesthésique. Cette étude pourrait déboucher sur la proposition d'un score simple de prédiction de l'intubation difficile à intégrer sur la feuille de consultation pré- anesthésique. Le but est est d'améliorer les recommandations de prise en charge préopératoire et d'améliorer la transmission interprofessionnelle des informations liées aux voies aériennes, afin de minimiser le risque d'intubation difficile non prévue ainsi que l'incidence et la sévérité des complications liées aux ID.

Plate tectonics of the Altaids

Abstract: The Altaids consist in a huge accretionary-type belt extending from Siberia through Mon-golia, northern China, Kyrgyzstan and Kazakhstan. They were formed from the Vendian through the Jurassic by the accretion of numerous displaced and exotic terranes (e.g. island arc, ribbon microcontinent, seamount, basaltic plateau, back-arc basin). The number, nature and origin of the terranes differ according to the palaeotectonic models of the different authors. Thanks to a geo- dynamic study (i.e. definition of tectonic settings and elaboration of geodynamic scenarios) and plate tectonics modelling, this work aims to present an alternative model explaining the Palaeozoic palaeotectonic evolution of the Altaids. Based on a large set of compiled geological data related to palaeogeography and geodyna¬mic (e.g. sedimentology, stratigraphy, palaeobiogeography, palaeomagnetism, magmatism, me- tamorphism, tectonic...), a partly new classification of the terranes and sutures implicated in the formation of the Altaids is proposed. In the aim to elaborate plate tectonics reconstructions, it is necessary to fragment the present arrangement of continents into consistent geological units. To avoid confusion with existing terminology (e.g. tectonic units, tectono-stratigraphic units, micro- continents, terranes, blocks...), the new concept of "Geodynamic Units (GDU)" was introduced. A terrane may be formed by a set of GDUs. It consists of a continental and/or oceanic fragment which has its own kinematic and geodynamic evolution for a given period. With the same ap-proach, the life span and type of the disappeared oceans is inferred thanks to the study of the mate-rial contained in suture zones. The interpretation of the tectonic settings within the GDUs comple-ted by the restoration of oceans leads to the elaboration of geodynamic scenarios. Since the Wilson cycle was presented in 1967, numerous works demonstrated that the continental growth is more complex and results from diverse geodynamic scenarios. The identification of these scenarios and their exploitation enable to elaborate plate tectonics models. The models are self-constraining (i.e. space and time constraints) and contest or confirm in turn the geodynamic scenarios which were initially proposed. The Altaids can be divided into three domains: (1) the Peri-Siberian, (2) the Kazakhstan, and (3) the Tarim-North China domains. The Peri-Siberian Domain consists of displaced (i.e. Sayan Terrane Tuva-Mongolian, Lake-Khamsara Terrane) and exotic terranes (i.e. Altai-Mongolian and Khangai-Argunsky Terrane) accreted to Siberia from the Vendian through the Ordovician. Fol-lowing the accretion of these terranes, the newly formed Siberia active margin remained active un-til its part collision with the Kazakhstan Superterrane in the Carboniferous. The eastern part of the active margin (i.e. East Mongolia) continued to act until the Permian when the North-China Tarim Superterrane collided with it. The geodynamic evolution of the eastern part of the Peri-Siberian Domain (i.e. Eastern Mongolia and Siberia) is complicated by the opening of the Mongol-Okhotsk Ocean in the Silurian. The Kazakhstan Domain is composed of several continental terranes of East Gondwana origin amalgamated together during the Ordovician-Silurian time. After these different orogenic events, the Kazakhstan Superterrane evolved as a single superterrane until its collision with a Tarim-North China related-terrane (i.e. Tianshan-Hanshan Terrane) and Siberian Continent during the Devonian. This new organisation of the continents imply a continued active margin from Siberia, to North China through the Kazakhstan Superterrane and the closure of the Junggar- Balkash Ocean which implied the oroclinal bending of the Kazakhstan Superterrane during the entire Carboniferous. The formation history of the Tarim-North China Domain is less complex. The Cambrian northern passive margin became active in the Ordovician. In the Silurian, the South Tianshan back-arc Ocean was open and led to the formation of the Tianshan-Hanshan Terrane which collided with the Kazakhstan Superterrane during the Devonian. The collision between Siberia and the eastern part of the Tarim-North China continents (i.e. Inner Mongolia), implied by the closure of the Solonker Ocean, took place in the Permian. Since this time, the major part of the Altaids was formed, the Mongol-Okhotsk Ocean only was still open and closed during the Jurassic. Résumé: La chaîne des Altaïdes est une importante chaîne d'accrétion qui s'étend en Sibérie, Mon-golie, Chine du Nord, Kirghizstan et Kazakhstan. Elle s'est formée durant la période du Vendian au Jurassique par l'accrétion de nombreux terranes déplacés ou exotiques (par exemple arc océa-nique, microcontinent, guyot, plateau basaltique, basin d'arrière-arc...). Le nombre, la nature ou encore l'origine diffèrent selon les modèles paléo-tectoniques proposés par les différents auteurs. Grâce à une étude géodynamique (c'est-à-dire définition des environnements tectoniques et éla-boration de scénarios géodynamiques) et à la modélisation de la tectonique des plaques, ce travail propose un modèle alternatif expliquant l'évolution paléo-tectonique des Altaïdes. Basé sur une large compilation de données géologiques pertinentes en termes de paléo-géographie et de géodynamique (par exemple sédimentologie, stratigraphie, paléo-biogéographie, paléomagnétisme, magmatisme, métamorphisme, tectonique...), une nouvelle classification des terranes et des sutures impliqués dans la formation des Altaïdes est proposée. Dans le but d'élabo¬rer des reconstructions de plaques tectoniques, il est nécessaire de fragmenter l'arrangement actuel des continents en unités tectoniques cohérentes. Afin d'éviter les confusions avec la terminolo¬gie existante (par exemple unité tectonique, unité tectono-stratigraphique, microcontinent, block, terrane...), le nouveau concept d' "Unité Géodynamique (UGD)" a été introduit. Un terrane est formé d'une ou plusieurs UGD et représente un fragment océanique ou continental défini pas sa propre cinétique et évolution géodynamique pour une période donnée. Parallèlement, la durée de vie et le type des océans disparus (c'est-à-dire principal ou secondaire) est déduite grâce à l'étude du matériel contenu dans les zones de sutures. L'interprétation des environnements tectoniques des UGD associés à la restauration des océans mène à l'élaboration de scénarios géodynamiques. Depuis que le Cycle de Wilson a été présenté en 1967, de nombreux travaux ont démontré que la croissance continentale peut résulter de divers scénarios géodynamiques. L'identification et l'ex-ploitation de ces scénarios permet finalement l'élaboration de modèles de tectonique des plaques. Les modèles sont auto-contraignants (c'est-à-dire contraintes spatiales et temporelles) et peuvent soit contester ou confirmer les scénarios géodynamiques initialement proposés. Les Altaïdes peuvent être divisées en trois domaines : (1) le Domaine Péri-Sibérien, (2) le Domaine Kazakh, et (3) le Domaine Tarim-Nord Chinois. Le Domaine Péri-Sibérien est composé de terranes déplacés (c'est-à-dire Terrane du Sayan, Tuva-Mongol et Lake-Khamsara) et exotiques (c'est-à-dire Terrane Altai-Mongol et Khangai-Argunsky) qui ont été accrétés au craton Sibérien durant la période du Vendien à l'Ordovicien. Suite à l'accrétion de ces terranes, la marge sud-est de la Sibérie nouvellement formée reste active jusqu'à sa collision partielle avec le Superterrane Ka-zakh au Carbonifère. La partie est de la marge active (c'est-à-dire Mongolie de l'est) continue son activité jusqu'au Permien lors de sa collision avec le Superterrane Tarim-Nord Chinois. L'évolu¬tion géodynamique de la partie est du Domaine Sibérien est compliquée par l'ouverture Silurienne de l'Océan Mongol-Okhotsk qui disparaîtra seulement au Jurassique. Le Domaine Kazakh est composé de plusieurs terranes d'origine est-Gondwanienne accrétés les uns avec les autres avant ou pendant le Silurien inférieur et leurs evolution successive sous la forme d'un seul superterrane. Le Superterrane Kazakh collisione avec un terrane Tarim-Nord Chinois (c'est-à-dire Terrane du Tianshan-Hanshan) durant le Dévonien et le continent Sibérien au Dévonien supérieur. Ce nouvel agencement des plaques induit une marge active continue le long des continents Sibérien, Kazakh et Nord Chinois et la fermeture de l'Océan Junggar-Balkash qui provoque le plissement oroclinal du Superterrane Kazakh durant le Carbonifère. L'histoire de la formation du Domaine Tarim-Nord Chinois est moins complexe. La marge passive nord Cambrienne devient active à l'Ordovicien et l'ouverture Silurienne du bassin d'arrière-arc du Tianshan sud mène à la formation du terrane du Tianshan-Hanshan. La collision Dévonienne entre ce dernier et le Superterrane Kazakh provoque la fermerture de l'Océan Tianshan sud. Finalement, la collision entre la Sibérie et la partie est du continent Tarim-Nord Chinois (c'est-à-dire Mongolie Intérieure) prend place durant le Permien suite à la fermeture de l'Océan Solonker. La majeure partie des Altaïdes est alors formée, seul l'Océan Mongol-Okhotsk est encore ouvert. Ce dernier se fermera seulement au Jurassique.

Les savants et les livres : autour d'Albrecht von Haller (1708-1777) et Samuel Auguste Tissot (1728-1797)

Cette thèse décrit de quelle manière les hommes travaillant dans les sciences de la vie durant la seconde moitié du XVIIIe siècle s'insèrent et jonglent au quotidien dans l'univers de la librairie d'Ancien Régime. Plus précisément dans celui que l'historien du livre Robert Damton a défini le circuit de la communication. Un circuit complexe qui va de l'auteur à l'éditeur, en passant par l'imprimeur, le transporteur, le libraire, le lecteur ou encore par le relieur et le copiste.Marchander le prix d'une page manuscrite avec un éditeur, s'assurer de rester au courant des nouveautés de la librairie, prendre des notes, trouver un bon copiste, juger de la qualité d'un ouvrage ou d'une traduction, se protéger des contrefaçons, se créer un fonds de bibliothèque: voici le quotidien du savant au travail abordé dans cette thèse dont le but est de comprendre de quelle manière fonctionnent les mécanismes d'acquisition, de mise en forme et de mise en circulation du savoir - bref, les coulisses de la communication scientifique. Cela à une période où les hommes de science sont de plus en plus confrontés à un "déluge" de nouvelles publications en toutes langues. La seconde moitié du XVIIIe siècle, correspond en fait à celui qu'a été défini par les historiens du livre un "apogée" de l'imprimé scientifique. Caractérisée par un changement dans le milieu de la production imprimée, cette seconde partie du siècle marque une césure, une situation nouvelle à laquelle le savant doit s'adapter afin de ne pas être dépassé par les événements et afin de pouvoir tirer le plus large bénéfice de toutes les formes d'expression et d'intervention qui sont mises à sa disposition. Afin d'analyser les stratégies mises en place par les savants pour gérer la masse de l'information et afin de reconstruire les pratiques ordinaires du travail savant, pratiques qui accompagnent le savoir dans son devenir et sont susceptible de l'influencer, cette thèse s'appuie sur la riche correspondance que le médecin lausannois Samuel Auguste Tissot et son collègue bernois Albrecht von Haller, deux savants et écrivains de renom parmi les plus célèbres des Lumières helvétiques, échangent pendant plus de vingt ans. Ce couple pourrait être défini comme antinomique. Le représentant d'une culture humaniste, formé à l'école iatromécanique de Leyde et insatiable lecteur qu'est Haller et un partisan de la vulgarisation, formé au vitalisme à Montpellier tel que Tissot, d'une génération plus jeune, se sont démontrés avoir une conception parfois différente de ce qu'est un livre de science, en particulier un livre de médecine, de la forme qu'il doit avoir, du prix auquel il doit être vendu ou encore de la langue dans laquelle il doit être écrit. L'un, Haller, médecin de cabinet et professeur à Gôttingen pendant dix-sept ans, l'autre, Tissot, praticien et médecin des pauvres ayant enseigné seulement quatre semestres à Pavie, pratiquent et conçoivent en partie différemment la communication du savoir scientifique et le public de celle-ci. L'étude prend également en compte les lettres échangées avec un réseau d'amis communs, surtout le médecin argovien Johann Georg Zimmermann et le naturaliste genevois Charles Bonnet. Les correspondances des professionnels du livre représentent un autre pan incontournable du corpus documentaire de la thèse. C'est grâce à ces hommes que le texte du savant sort du cabinet et prend sa forme matérielle, voire il acquiert du sens. Des documents tels des essais ou des notes de lecture et les pièces liminaires des livres (préfaces, dédicaces, avis aux lecteurs, notes) se sont aussi révélées être des documents précieux: ils témoignent des pratiques de travail des savants et ils renseignent aussi bien sur les intentions poursuivies par l'auteur que sur les pratiques d'édition, contrefaçon et traduction.Basée sur une démarche micro-historique qui croise l'histoire sociale des sciences et l'histoire sociale du livre à la française, cette thèse s'articule autour de 5 chapitres et un intermède. La disposition des parties suit en quelques sortes les étapes du travail savant: lecture, écriture, mise sous presse, mise en circulation, réception.

Les mots du corps : l'expérience de la maladie dans les consultations épistolaires adressées au Dr Samuel Auguste Tissot (1728-1797)

Résumé de la thèse: Cette thèse vise à analyser l'expérience de la maladie telle qu'elle se donne à lire dans les consultations épistolaires de la seconde moitié du 18e siècle, en particulier dans la correspondance adressée au médecin suisse Samuel Auguste Tissot (1758-1797), qui contient plus d'un millier de documents rendant compte de la situation d'un malade et soumis au praticien en vue de solliciter un diagnostic et des traitements. Il s'agit plus précisément d'étudier les modes de représentation et de réaction face à la maladie du point de vue des patient-e-s et de la communauté des profanes, en inscrivant les récits envoyés au praticien dans le contexte à la fois des conventions d'écriture relatives à la médecine par lettres et des schémas d'appréhension du corps ou de la santé au siècle des Lumières, ainsi que dans le cadre de l'offre thérapeutique disponible à cette époque. La thèse cherche principalement à défendre l'idée de mises en intrigue des maux qui, tout en étant informées par des catégories lexico-sémantiques culturelles et historiques, ne ménagent pas moins une certaine marge interprétative et narrative aux auteur-e-s des consultations épistolaires, révélant de leur part des appropriations complexes et sélectives par rapport à la culture médicale.

Suicide par sulfure d'hydrogène et délai post mortem long : à propos d'un cas. [Suicide by hydrogen sulfide inhalation and significant post mortem delay: A case report].

L'hydrogène sulfuré (H2S) est un gaz toxique retrouvé à l'état naturel et dans certains milieux industriels, à l'origine d'intoxication accidentelle, mais pouvant être également et facilement synthétisé de manière domestique. Des cas de suicide par hydrogène sulfuré ont ainsi été décrits à partir de produits ménagers dans la littérature depuis 2009, aux États-Unis et au Japon. La plupart présentait des délais post mortem (DPM) courts (moins de 72 heures). En France, les intoxications aiguës à l'H2S demeurent rares et sont le plus souvent liées à des accidents du travail. Nous rapportons ici le cas d'un homme âgé de 37 ans découvert à son domicile, en état de décomposition avancée avec un DPM de deux mois. Compte tenu de la présence d'une importante signalétique avisant du danger potentiel d'exposition à l'H2S, des mesures de précaution ont été mises en oeuvre dès la découverte du corps et poursuivies jusqu'aux opérations d'autopsie. Les analyses toxicologiques ont confirmé la présence d'H2S au niveau des prélèvements de cerveau et de muscle. Le cas présenté constitue le premier cas de suicide avec un délai post mortem long à l'H2S rapporté en France. Dans la littérature, les constatations macroscopiques à l'autopsie ne sont pas spécifiques tandis que les analyses toxicologiques reposent essentiellement sur la recherche et la quantification d'H2S. En raison de leur redistribution post mortem, les résultats de ces analyses doivent être interprétés avec prudence, et encore plus en cas de délai post mortem long et de phénomènes de putréfaction qui peuvent également être une source de génération d'H2S post mortem. Hydrogen sulfide (H2S) which is a poisonous gas found either in the natural state or in industrial environments and potentially linked with accidental intoxication, can also be easily handmade. Several cases of suicide by inhaling H2S produced by mixing household products have been reported in the literature since 2009 in USA and Japan. Most of them involved short post mortem delays up to 72 hours. In France, acute H2S poisoning remains rare and mostly accidental. We report the case of a 37-year-old man found at home, in an advanced stage of decomposition with a 2-month post mortem delay. As numerous warning signs about a high risk of H2S exposure were present, some precautionary measures were taken from the discovery of the cadaver to the autopsy. Toxicological analyses confirmed the presence of H2S in brain and muscle samples. This observation is the first French case with a long post mortem delay. As macroscopic findings in such cases are described to be unspecific in literature, toxicological analysis must focus on the detection and the quantification of H2S. However, due to the phenomena of post mortem drug redistribution and neo-formation, their results should be interpreted with much more caution when the post mortem delay is long. The potential increase in such voluntary-intoxication-related-deaths in France, similar to the recent Japanese and American waves of suicides, requires for forensic scientists, a good knowledge of both thanatological and toxicological pictures, and precautionary measures to adopt in such situations.

Functional impact of genetic variation on gene expression

Numerous links between genetic variants and phenotypes are known and genome-wide association studies dramatically increased the number of genetic variants associated with traits during the last decade. However, how changes in the DNA perturb the molecular mechanisms and impact on the phenotype of an organism remains elusive. Studies suggest that many traitassociated variants are in the non-coding region of the genome and probably act through regulation of gene expression. During my thesis I investigated how genetic variants affect gene expression through gene regulatory mechanisms. The first chapter was a collaborative project with a pharmaceutical company, where we investigated genome-wide copy number variation (CNVs) among Cynomolgus monkeys (Macaca fascicularis) used in pharmaceutical studies, and associated them to changes in gene expression. We found substantial copy number variation and identified CNVs linked to tissue-specific expression changes of proximal genes. The second and third chapters focus on genetic variation in humans and its effects on gene regulatory mechanisms and gene expression. The second chapter studies two human trios, where the allelic effects of genetic variation on genome-wide gene expression, protein-DNA binding and chromatin modifications were investigated. We found abundant allele specific activity across all measured molecular phenotypes and show extended coordinated behavior among them. In the third chapter, we investigated the impact of genetic variation on these phenotypes in 47 unrelated individuals. We found that chromatin phenotypes are organized into local variable modules, often linked to genetic variation and gene expression. Our results suggest that chromatin variation emerges as a result of perturbations of cis-regulatory elements by genetic variants, leading to gene expression changes. The work of this thesis provides novel insights into how genetic variation impacts gene expression by perturbing regulatory mechanisms. -- De nombreux liens entre variations génétiques et phénotypes sont connus. Les études d'association pangénomique ont considérablement permis d'augmenter le nombre de variations génétiques associées à des phénotypes au cours de la dernière décennie. Cependant, comprendre comment ces changements perturbent les mécanismes moléculaires et affectent le phénotype d'un organisme nous échappe encore. Des études suggèrent que de nombreuses variations, associées à des phénotypes, sont situées dans les régions non codantes du génome et sont susceptibles d'agir en modifiant la régulation d'expression des gènes. Au cours de ma thèse, j'ai étudié comment les variations génétiques affectent les niveaux d'expression des gènes en perturbant les mécanismes de régulation de leur expression. Le travail présenté dans le premier chapitre est un projet en collaboration avec une société pharmaceutique. Nous avons étudié les variations en nombre de copies (CNV) présentes chez le macaque crabier (Macaca fascicularis) qui est utilisé dans les études pharmaceutiques, et nous les avons associées avec des changements d'expression des gènes. Nous avons découvert qu'il existe une variabilité substantielle du nombre de copies et nous avons identifié des CNVs liées aux changements d'expression des gènes situés dans leur voisinage. Ces associations sont présentes ou absentes de manière spécifique dans certains tissus. Les deuxième et troisième chapitres se concentrent sur les variations génétiques dans les populations humaines et leurs effets sur les mécanismes de régulation des gènes et leur expression. Le premier se penche sur deux trios humains, père, mère, enfant, au sein duquel nous avons étudié les effets alléliques des variations génétiques sur l'expression des gènes, les liaisons protéine-ADN et les modifications de la chromatine. Nous avons découvert que l'activité spécifique des allèles est abondante abonde dans tous ces phénotypes moléculaires et nous avons démontré que ces derniers ont un comportement coordonné entre eux. Dans le second, nous avons examiné l'impact des variations génétiques de ces phénotypes moléculaires chez 47 individus, sans lien de parenté. Nous avons observé que les phénotypes de la chromatine sont organisés en modules locaux, qui sont liés aux variations génétiques et à l'expression des gènes. Nos résultats suggèrent que la variabilité de la chromatine est due à des variations génétiques qui perturbent des éléments cis-régulateurs, et peut conduire à des changements dans l'expression des gènes. Le travail présenté dans cette thèse fournit de nouvelles pistes pour comprendre l'impact des différentes variations génétiques sur l'expression des gènes à travers les mécanismes de régulation.

Sciences politiques (Paris)

Périodicité : Bimestriel

Recueil de lettres et de pièces originales, et de copies de pièces indiquées comme telles dans le dépouillement qui suit.

Contient : 1 Lettre de « CATERINE [DE MEDICIS]... à mon cousin le prince de Portian,... Escript à Thoulouse, le VIIIe jour de mars 1565 » ; 2 Lettre de « C[HARLES], cardinal DE BOURBON,... à monsieur... le duc de Nyvernois,... De Paris, ce XXe de janvier » ; 3 Lettre de « C[HARLES], cardinal DE BOURBON,... à monseigneur... le duc de Nivernoys,... De Pariz, ce XI de feubryer... 1573 » ; 4 Lettre de « CHARLES, cardinal DE BOURBON,... à monsieur... le duc de Nevers,... De Roye, ce derrenier de decembre » ; 5 Lettre de « C[HARLES], cardinal DE BOURBON,... à monsieur... le duc de Nivernois,... De Fontainnebleau, ce premier de may... 1573 » ; 6 Lettre de « C[HARLES], cardinal DE BOURBON,... à monsieur... le duc de Nivernoys,... De Monceau, ce IXe de juing » ; 7 Lettre de « CHARLES, cardinal DE BOURBON,... à monsieur... le duc de Nyvernois,... De Pariz, ce XI decembre » ; 8 Lettre de « LODOVICO GONZAGA [duc DE NEVERS]... à mademoyselle... de Nevers » ; 9 Lettré de « la duchesse [DE NEVERS] au roy de Pollogne, le 19 de juillet 1573 » ; 10 Lettre de « CATERINE DE [MEDICIS]... à... monseigneur le prince de Portien,... Escript à Paris, le XIXe jour de may 1563 » ; 11 « Copia della sostanza della bolla mandata si in Francia per l'alienatione havuta dal Sr cardinale de Sans ». En latin ; 12 Lettre du roi « CHARLES [IX]... à mon cousin le duc de Guise,... gouverneur et mon lieutenant general en Champagne... Escrit au chasteau de Boullongne... aoust 1568 » ; 13 Lettre de « R[ENE] DE BIRAGUE,... à monsieur... de Mattignon,... lieutenant general pour Sa Majesté en Normandye... De Fontainebleau, ce XXVIe jour d'avril 1573 » ; 14 Lettre de « HENRY [DE FRANCE, duc D'ANJOU]... à... monseigneur le duc de Nemours,... Escript à Provins, le XIe jour de fevrier 1568 » ; 15 Lettre du roi « CHARLES [IX]... à mon cousin le duc de Nevers,... gouverneur et mon lieutenant general en Piedmont... Escript au chasteau de Boullongne, le XXme jour de fevrier 1571 » ; 16 « Lectre de la royne mere... CATERINE [DE MEDICIS]... à monseigneur de Mattignon,... Escript à Monceaulx, le XIe jour de juing 1573 » ; 17 « Lectres patentes du roy... CHARLES [IX]... par lesquelles il a promis paier aux heritiers du feu Sr... Jehan Philippe, conte sauvaige du Rhin... en la ville de Confluens, le jour de Noël M.V.C.LXX, en especes d'or et d'argent, la somme de IIII.C.LXX.M.IXC.I. L. T.... Donné à Coulonges, le derrenier jour de decembre, l'an de grace mil cinq cens soixante neuf ». Copie ; 18 Lettre de compromis de « LUDOVICO, duca DI NEVERES, principe de Manthoue », concernant la succession de Mantoue. « Data in Mantova, a 27 d'agosto 1569 ». En italien. Copie ; 19 « Coppie de la lectre du roy [CHARLES IX]... à monseigneur [Charles d'Angennes de Rambouillet, évêque] du Mans... Du Xme juillet 1569 » ; 20 « Coppie de la lectre que monseigneur DE BIRAGUE a escritte à messieurs le president de Portis, et procureur general du roy à Grenoble... De Pinerol, le XIXme fevrier 1569 » ; 21 Lettre de « HENRY [DE FRANCE, duc D'ANJOU]... à... monseigneur le duc de Nemoux,... Escript au camp de Meleun, le XVme jour de fevrier 1568 » ; 22 Lettre de « gens tenant la court de parlement de Daulphiné... à monseigneur de Birague,... De Grenoble, le XIIIIme janvier 1569 » ; 23 Extrait des « despesches du Sr DE LA MOTHE FENNELON,... ambassadeur en Angleterre » ; 24 Mémoire contre « Me Claude de Sainct Felix, procureur general » à Toulouse ; 25 « Brevet par lequel le roy permect à monseigneur de Nemours commectre tel qu'il luy plaira pour capitaine. A Seurre... XXe jour de decembre mil cinq cens soixante six » ; 26 Lettre de « HENRY [DE FRANCE, duc D'ANJOU]... à... monseigneur le duc de Nemoux,... Escript à Paris, ce dernier jour de mars 1568 » ; 27 Lettre de « GUY DE DAILLON,... De Sainct Germain en Laye, ce XIIe septembre 1562 » ; 28 Lettre de « la princesse DE LA ROCHE SUR YON,... P[HILIPPE] DE MONTESPEDON,... à monsieur... le duc de Montpensier,... De Paris, ce XXIe jour de novembre-1577 » ; 29 Lettre de PHILIPPES HURAULT, comte DE « CHEVERNY,... à monseigneur... le duc de Montpensier,... De Blois, ce XVIe mars... M.D.XXCI » ; 30 Lettre d'« ANTHOINETTE DE BOURBON, [duchesse DE] GUYSE,... à monsieur... le duc de Mompencier,... De Joinville, ce XVme de febvrier 1581 » ; 31 Lettre de « J. D'AUMONT,... à monseigneur... le duc de Mompencier,... De Dun, ce XXIXe mars 1581 » ; 32 « Memoyre pour dresser lectres patentes adresçantes à monseigneur de Nevers, gouverneur et lieuteuant general du roy deça les montz, et en son absence au seigneur Ludovic de Birague, aussi son lieutenant general audict pays, en l'absence dudict seigneur duc, pour l'augmentation et accroissement de la gabelle du sel dudict gouvernement ». Copie ; 33 Édit du roi « HENRY » III relatif aux juridictions financières dans les provinces, et portant création de charges de procureurs en titre d'office en chacune des élections du royaume. Copie ; 34 Lettre de « D'ESCARS,... à monseigneur... de Montpansier,... D'Exidueil, ce XXVII decembre 1594 » ; 35 Lettre de « D'ESCARS,... à monseigneur... le duch de Montpencier,... De vostre Exidueil, ce XXe febvrier 1595 » ; 36 Lettre de « D'ESCARS,... à monseigneur... le duch de Montpencier,... De vostre Exidueil, ce XIIIIe febvrier 1595 » ; 37 Lettre de « ST GELAYS » à « monseigr le duc de Mompencier,... A St Gelays, ce 4° de janvier 1578 » ; 38 Lettre de « CHARLES DE LORRAINE [duc DE MAYENNE]... à monsieur... le duc de Montpensier,... De Dijon, ce II juillet... M.D.XXC » ; 39 Lettre de « FRANÇOISE DE BOURBON », duchesse DE BOUILLON, à « monseigneur... le duc de Montpancier,... De Sedan, XIIIIe mars 1582 » ; 40 Lettre d'ARMAND DE GONTAUT, baron DE « BIRON,... à monsegnieur... le duc de Monpansier,... De Bordeus, se XVII de mars... M.D.XXCI » ; 41 Lettre de « DE FORNIER,... à monseigneur [Sébastien de L'Aubespine, évêque] de Limoges, embassadeur pour le roy... De Sainct Jacques, ce IVe jour de apvril mil cinq cens soixante ung » ; 42 Lettre de « R[OBERT] DE LA MARCK » et de « JEAN DE LA MARCK,... De Paris, ce IIIe jour d'avril 1581 » ; 43 Lettre de « LE JEUNE CHANTEMELLE,... à la royne... De Lisbone, ce VIe jour de mai 1561 » ; 44 Lettre de « FRANCESE D'ORLEANS [duc DE LONGUEVILLE]... à monsieur... de Monpensier » ; 45 « Pouvoir de monseigneur le prince de Dombes de gouverneur et lieutenant general pour le roy en Bretaigne... et interdiction de celle du duc de Mercuer, pour sa rebellion et desobeissance... Donné à Tours, le VIIe jour de juing, l'an de grace mil V.C. quatre vingtz neuf ». Copie ; 46 Lettre de « N. COMPAING » et « GIRARD » à la reine. « De Cahors, ce XXIIe jour de feubvrier 1561 » ; 47 Lettre de « HIEROSME DE CARNE,... à la royne... De Brest, ce XVme febvrier 1562 » ; 48 Lettre de « P[IERRE] D'ESPINAC, archevesque de Lyon,... à monseigneur... le duc de Monpensier,... A Lyon, ce XXIII de novembre 1580 » ; 49 Lettre de « FRANÇOYS » DE FRANCE, duc D'ALENÇON et D'ANJOU, à « monsieur de Fontaines,... A Anvers, le XIXe jour de febvrier 1582 ». Copie ; 50 Lettre de « LOYSE DE BOURBON [abbesse de Fontevrault]... A Juerre, ce 10e janvier 1581 » ; 51 Lettre de « DIANE, b[atarde] de France... à monsieur... le duc de Montpencier,... De Paris, ce XVe septembre 1579 » ; 52 « Mynutte originalle des conventions passées entre monseigneur... Loys de Bourbon,... duc de Montpancier,... et feue madame la duchesse sa femme, touchant la seureté des deniers dotaulx et douaire de ladicte dame, du XXVIe janvier M.V.C. quarante sept » ; 53 Lettre de « FLANDRINE DE NASSAU,... XXVII febvrier M.D.XCII » ; 54 Fragment d'une lettre ayant trait au « baron d'Aussonville » ; 55 « Pouvoir... de lieutenant general en Champagne », donné par le roi « CHARLES » IX à « Claude de Loraine, duc d'Aumale,... durant le bas eage de Mr de Guise,... Donné à Amboise, le quatriesme jour d'avril, l'an de grace mil cinq cens soixante et deus, avant Pasques ». Copie collationnée ; 56 « Discours des nouvelles de l'armée du roy » ; 57 Procès-verbal de l'assemblée de la noblesse du Berry pour procéder à l'élection de ses députés aux états généraux. 1614. Copie collationnée ; 58 « Cayer contenant par chapitres ce que la noblesse du pays et duché de Berry entend estre dict et remonstré par les sieurs deputez de sa part en l'assemblée generalle des estats de ce royaume qu'il a pleu au roy et à la reine regente convoquer en la ville de Sens ». 22 aoust 1614. Copie