Argonauta Video Database: Projection and Homography matrices. Homography Left Camera

Description of the Annotation files: Annotation files are supplied for each video, for benchmarking. Annotations correspond to ground truths of peoples' positions in the image plane, and also for their feet positions, when they were visible. Annotations were performed manually, with the aid of a code developed by (Silva et al., 2014; see the Thesis for details). Targets (people or feet) are marked at variable frame intervals and then linearly interpolated.

Deciphering the genome of Desulfovibrio gigas: the role of the hydrogenases

The work presented in this thesis describes the functional characterization of hydrogenases in the overall energy metabolism of the sulfate reducing bacterium Desulfovibrio gigas. With the complete annotation of the D. gigas genome, we were able to verify that only the two previously described hydrogenases are present in this organism, the periplasmic [NiFe] HynAB and the cytoplasmic membrane-bound [NiFe] Ech.(...)

Humor e ficção na produção de conteúdos audiovisuais

O presente relatório de estágio reflete sobre a produção de conteúdos audiovisuais no Canal Q, com base no Humor e na Ficção. A ele adjacente, encontramos uma reflexão teórica sobre o poder do Humor, enquanto instrumento de comunicação, ao longo da história. Este trabalho pondera a relação partilhada entre o riso, Humor e, em última análise, a Comédia. Sendo o primeiro o reflexo físico do segundo e o terceiro, a sua aplicação dramática, tentaremos compreender em que medida podemos caraterizar esse conceito amplo e vago que é o Humor. Mais que um estado de espírito, mais que um género literário ou cinematográfico, o Humor é uma linguagem muito específica, com traços estilísticos próprios e com um poder sociopolítico muito peculiar. Para além da sua faceta lúdica, que permite um enorme poder de agregação de audiência, muito evidenciada na indústria do entretenimento, o Humor revela-­‐se uma verdadeira arma de poder político. Com este entendimento sobre o humor, é mais fácil compreender a importância da produção de conteúdos humorísticos nas plataformas audiovisuais e de que maneira essa produção poderá afetar a sociedade e o Homem.

Behind the Scenes of an Ant Genome Project

Dramatic improvements in DNA sequencing technologies have led to amore than 1,000-fold reduction in sequencing costs over the past five years.Genome-wide research approaches can thus now be applied beyond medicallyrelevant questions to examine the molecular-genetic basis of behavior,development and unique life histories in almost any organism. A first step foran emerging model organism is usually establishing a reference genomesequence. I offer insight gained from the fire ant genome project. First, I detailhow the project came to be and how sequencing, assembly and annotationstrategies were chosen. Subsequently, I describe some of the issues linked toworking with data from recently sequenced genomes. Finally, I discuss anapproach undertaken in a follow-up project based on the fire ant genomesequence.

Expression analysis of the AtPHO1 gene family in Arabidopsis thaliana and the involvement of AtPHO1 in the regulation of stomatal movements

Résumé Le transfert du phosphate des racines vers les feuilles s'effectue par la voie du xylème. Il a été précédemment démontré que la protéine AtPHO1 était indispensable au transfert du phosphate dans les vaisseaux du xylème des racines chez la plante modèle Arabidopsis thaliana. Le séquençage et l'annotation du génome d'Arabidopsis ont permis d'identifier dix séquences présentant un niveau de similarité significatif avec le gène AtPHO1 et constituant une nouvelle famille de gène appelé la famille de AtPHO1. Basée sur une étude moléculaire et génétique, cette thèse apporte des éléments de réponse pour déterminer le rôle des membres de ia famille de AtPHO1 chez Arabidopsis, inconnue à ce jour. Dans un premier temps, une analyse bioinformatique des séquences protéiques des membres de la famille de AtPHO1 a révélé la présence dans leur région N-terminale d'un domaine nommé SPX. Ce dernier est conservé parmi de nombreuses protéines impliquées dans l'homéostasie du phosphate chez la levure, renforçant ainsi l'hypothèse que les membres de la famille de AtPHO1 auraient comme AtPHO1 un rôle dans l'équilibre du phosphate dans la plante. En parallèle, la localisation tissulaire de l'expression des gènes AtPHO dans Arabidopsis a été identifiée par l'analyse de plantes transgéniques exprimant le gène rapporteur uidA sous le contrôle des promoteurs respectifs des gènes AtPHO. Un profil d'expression de chaque gène AtPHO au cours du développement de la plante a été obtenu. Une expression prédominante au niveau des tissus vasculaires des racines, des feuilles, des tiges et des fleurs a été observée, suggérant que les gènes AtPHO pourraient avoir des fonctions redondantes au niveau du transfert de phosphate dans le cylindre vasculaire de ces différents organes. Toutefois, plusieurs régions promotrices des gènes AtPHO contrôlent également un profil d'expression GUS non-vasculaire, indiquant un rôle putatif des gènes AtPHO dans l'acquisition ou le recyclage de phosphate dans la plante. Dans un deuxième temps, l'analyse de l'expression des gènes AtPHO durant une carence en phosphate a établi que seule l'expression des gènes AtPHO1, AtPHO1; H1 et AtPHO1; H10 est régulée par cette carence. Une étude approfondie de leur expression en réponse à des traitements affectant l'homéostasie du phosphate dans la plante a ensuite démontré leur régulation par différentes voies de signalisation. Ensuite, une analyse détaillée de la régulation de l'expression du gène AtPHO1; H1O dans des feuilles d'Arabidopsis blessées ou déshydratées a révélé que ce gène constitue le premìer gène marqueur d'une nouvelle voie de signalisation induite par l'OPDA, pas par le JA et dépendante de la protéine COI1. Ces résultats démontrent pour la première fois que l'OPDA et le JA peuvent activer différents gènes via des voies de signalisation dépendantes de COI1. Enfin, cette thèse révèle l'identification d'un nouveau rôle de la protéine AtPHO1 dans la régulation de l'action de l'ABA au cours des processus de fermeture stomatique et de germination des graines chez Arabidopsis. Bien que les fonctions exactes des protéines AtPHO restent à être déterminées, ce travail de thèse suggère leur implication dans la propagation de différents signaux dans la plante via la modulation du potentiel membranaire et/ou l'affectation de la composition en ions des cellules comme le font de nombreux transporteurs ou régulateur du transport d'ions. Summary Phosphate is transferred from the roots to the shoot via the xylem. The requirement for AtPHO1 protein to transfer phosphate to the xylem vessels of the root has been previously demonstrated in Arabidopsis thaliana. The sequencing and the annotation of the Arabidopsis genome had allowed the identification of ten sequences that show a significant level of similarity with the AtPHO1 gene. These 10 genes, of unknown functions, constitute a new gene family called the AtPHO1 gene family. Based on a molecular and genetics study, this thesis reveals some information needed to understand the role of the AtPHO1 family members in the plant Arabidopsis. First, a bioinformatics study revealed that the AtPHO sequences contained, in the N-terminal hydrophilic region, a motif called SPX and conserved among multiple proteins involved in phosphate homeostasis in yeast. This finding reinforces the hypothesis that all AtPHO1 family members have, as AtPHO1, a role in phosphate homeostasis. In parallel, we identified the pattern of expression of AtPHO genes in Arabidopsis via analysis of transgenic plants expressing the uidA reporter gene under the control of respective AtPHO promoter regions. The results exhibit a predominant expression of AtPHO genes in vascular tissues of all organs of the plant, implying that these AtPHO genes could have redundant functions in the transfer of phosphate to the vascular cylinder of various organs. The GUS expression pattern for several AtPHO promoter regions was also detected in non-vascular tissue indicating a broad role of AtPHO genes in the acquisition or in the recycling of phosphate in the plant. In a second step, the analysis of the expression of AtPHO genes during phosphate starvation established that only the expression of the AtPHO1, AtPHO1; H1 and AtPHO1; H10 genes were regulated by Pi starvation. Interestingly, different signalling pathways appeared to regulate these three genes during various treatments affecting Pi homeostasis in the plant. The third chapter presents a detailed analysis of the signalling pathways regulating the expression of the AtPHO1; H10 gene in Arabidopsis leaves during wound and dehydrated stresses. Surprisingly, the expression of AtPHO1; H10 was found to be regulated by OPDA (the precursor of JA) but not by JA itself and via the COI1 protein (the central regulator of the JA signalling pathway). These results demonstrated for the first time that OPDA and JA could activate distinct genes via COI1-dependent pathways. Finally, this thesis presents the identification of a novel role of the AtPHO1 protein in the regulation of ABA action in Arabidopsis guard cells and during seed germination. Although the exact role and function of AtPHO1 still need to be determined, these last findings suggest that AtPHO1 and by extension other AtPHO proteins could mediate the propagation of various signals in the plant by modulating the membrane potential and/or by affecting cellular ion composition, as it is the case for many ion transporters or regulators of ion transport.

The European dimension for the mouse genome mutagenesis program.

The European Mouse Mutagenesis Consortium is the European initiative contributing to the international effort on functional annotation of the mouse genome. Its objectives are to establish and integrate mutagenesis platforms, gene expression resources, phenotyping units, storage and distribution centers and bioinformatics resources. The combined efforts will accelerate our understanding of gene function and of human health and disease.

Impact of a cis-associated gene expression SNP on chromosome 20q11.22 on bipolar disorder susceptibility, hippocampal structure and cognitive performance.

BackgroundBipolar disorder is a highly heritable polygenic disorder. Recent enrichment analyses suggest that there may be true risk variants for bipolar disorder in the expression quantitative trait loci (eQTL) in the brain.AimsWe sought to assess the impact of eQTL variants on bipolar disorder risk by combining data from both bipolar disorder genome-wide association studies (GWAS) and brain eQTL.MethodTo detect single nucleotide polymorphisms (SNPs) that influence expression levels of genes associated with bipolar disorder, we jointly analysed data from a bipolar disorder GWAS (7481 cases and 9250 controls) and a genome-wide brain (cortical) eQTL (193 healthy controls) using a Bayesian statistical method, with independent follow-up replications. The identified risk SNP was then further tested for association with hippocampal volume (n = 5775) and cognitive performance (n = 342) among healthy individuals.ResultsIntegrative analysis revealed a significant association between a brain eQTL rs6088662 on chromosome 20q11.22 and bipolar disorder (log Bayes factor = 5.48; bipolar disorder P = 5.85×10(-5)). Follow-up studies across multiple independent samples confirmed the association of the risk SNP (rs6088662) with gene expression and bipolar disorder susceptibility (P = 3.54×10(-8)). Further exploratory analysis revealed that rs6088662 is also associated with hippocampal volume and cognitive performance in healthy individuals.ConclusionsOur findings suggest that 20q11.22 is likely a risk region for bipolar disorder; they also highlight the informative value of integrating functional annotation of genetic variants for gene expression in advancing our understanding of the biological basis underlying complex disorders, such as bipolar disorder.

Genomic and transcriptomic analysis of the streptomycin-dependent Mycobacterium tuberculosis strain 18b.

The ability of Mycobacterium tuberculosis to establish a latent infection (LTBI) in humans confounds the treatment of tuberculosis. Consequently, there is a need to discover new therapeutic agents that can kill M. tuberculosis both during active disease and LTBI. The streptomycin-dependent strain of M. tuberculosis, 18b, provides a useful tool for this purpose since upon removal of streptomycin (STR) it enters a non-replicating state that mimics latency both in vitro and in animal models. The 4.41 Mb genome sequence of M. tuberculosis 18b was determined and this revealed the strain to belong to clade 3 of the ancient ancestral lineage of the Beijing family. STR-dependence was attributable to insertion of a single cytosine in the 530 loop of the 16S rRNA and to a single amino acid insertion in the N-terminal domain of initiation factor 3. RNA-seq was used to understand the genetic programme activated upon STR-withdrawal and hence to gain insight into LTBI. This revealed reconfiguration of gene expression and metabolic pathways showing strong similarities between non-replicating 18b and M. tuberculosis residing within macrophages, and with the core stationary phase and microaerophilic responses. The findings of this investigation confirm the validity of 18b as a model for LTBI, and provide insight into both the evolution of tubercle bacilli and the functioning of the ribosome.

Homeliarum (partie d'hiver)

F. I. Fragments d'un temporal d'hiver. Extraits d'Isaïe, LV, LVI, LX-LXII : « Omnes sitientes... », « Surge illuminare... », « Gaudens gaudebo... » F. 1-7. Le premier cahier contenant des homélies liées à la fête de l'Ascension, provient certainement d'un homéliaire d'été : sermons sur Matth., XIX, 21 et VIII, 5 (f. 1-2) ; sermons de s. Augustin et de s. Léon sur l'Ascension (f. 3-7). F. 8-224. Partie primitive du manuscrit : temporal d'hiver suivi de la fête de s. André. — Vers sibyllins (Carmen de die Judicii) (40) ; — Oratio Jeremiae (214v)F. 218v, début du sanctoral (9 leçons).

Recueil de lettres et de pièces originales, et de copie de pièces indiquées comme telles dans le dépouillemen qui suit.

Contient : 1 Traité entre le duc d'Alençon et les États généraux des Pays-Bas. « Faict à Bourdeaulx, le XXIIIe jour de jan vier, l'an mil V.C.. quatre vingts ung » ; 2 Lettre de « FRANÇOYS [duc D'ALENÇON]... à monseigneur Des Pruneaux,... Escrit à Evreulx, le premier jour de juin 1581 » ; 3 Lettre de « FRANÇOIS [duc D'ALENÇON]... à monseigneur Des Pruneaulx,... A Mante, le IXe jour de juillet 1581 » ; 4 Lettre de « GUILLAUME DE NASSAU,... à monsieur Des Pruneaulx,... Escript à Amsterledam, ce XIe jour de juing 1581 » ; 5 Lettre de « GUILLAUME DE NASSAU,... à monsieur Des Pruneaulx,... Escript à La Haye, ce premier jour de juillet 1581 » ; 6 Lettre de « FRANÇOYS », duc D'ALENÇON, à « messieurs de Meaulx... A Montereau Faut Ionne, le XXIIe jour de juillet 1581 » ; 7 Lettre de « FRANÇOYS », duc D'ALENÇON, à « messieurs de Vertus,... A Montereau Fault Yonne, le XXIIe jour de juillet 1581 » ; 8 Interrogatoire de NICOLAS SALCEDE. « Du mercredy XXIXe jour d'aoust 1582, au chasteau du boys de Vinceynes » ; 9 Lettre de « GUILLAUME DE NASSAU,... à monsieur Des Pruneaulx » ; 10 « Instruction de... FRANÇOYS [duc D'ALENÇON]... à monsieur Des Pruneaux, depesché de Son Altesse vers messieurs les Estatz generaux des Païs Bas et monsieur le prince d'Orenge,... Faict à Londres, le XXIIe decembre 1581 » ; 11 Lettre de « FRANÇOYS [duc D'ALENÇON]... à monseigneur de Trellon, admiral et gouverneur de Dunquerque... A Londres, le XVIIIe jour de decbre 1581 » ; 12 Lettre de « FRANÇOYS [duc D'ALENÇON]... à messieurs du conseil d'Estat des Bas Païs... A Londres, le XVIIIe jour de decembre 1581 » ; 13 Lettre de « FRANÇOYS [duc D'ALENÇON]... à messieurs les quatre membres des Estatz de Flandre... A Londre, le XVIIIe jour de decbre 1581 » ; 14 Lettre de « FRANÇOYS [duc D'ALENÇON]... à messieurs les bourguemestres et eschevins de Gan... A Londres, le XVIIIe jour de decbre 1581 » ; 15 Lettre de « FRANÇOYS [duc D'ALENÇON]... à messrs les bourgmes et eschevins de Bruxelles... A Londres, le XVIIIe jour de decbre 1581 » ; 16 Lettre de « FRANÇOYS [duc D'ALENÇON]... à messieurs les Estatz generaux des Bas Païs... A Londres, le XVIIIe jour de decembre 1581 » ; 17 « Estat des vivres... faict à Mante, le premier jour de juillet 1581 ». Signé : « FRANÇOYS », duc D'ALENÇON ; 18 « Articles qui sont couchés au pied de la requeste presentée à Son Alteze [le duc d'Alençon]. 1581 » ; 19 Lettre de « LA NOUE,... à monseigneur Des Pruneaux,... De Bruxelles, ce 26 de janvier 1582 » ; 20 Lettre de « FRANÇOYS [duc D'ALENÇON]... à monseigneur Des Pruneaulx,... Le XIIIe jour de feuvrier 1582 » ; 21 « Moyens pour empescher que soubz le nom et tiltre des vins de La Rochelle et de Ré aultres vins ne puissent couller ou passer » ; 22 « Copie des fres fes pour le port des blés et farines par... Loïs Marescal et Estienne de Beaulieu, marchans munitionnaires de l'armée » du duc d'Alençon. « 1581 » ; 23 « Liste contenant la contribucion des artilleries accordée par les Estatz generaulx, le 5e de juillet 1581, assamblez à La Haye, pour le service de Son Alteze » le duc d'Alençon ; 24 « Liste contenant declaration particuliere des pieches d'artillerie, pouldres, maisches et balles, appartenans à Son Alteze [le duc d'Alençon], avec declaration sommiere des pieches d'artillerie, lesquelz aulcunes villes possedent sans estre inventoriez par le contrerolleur de ladicte artillerie » ; 25 « Instructions aux Srs Girard et Troyan, commissaires generaux des vivres de l'armée de Son Altesse [le duc d'Alençon]... Faict à Anvers, le Xme jung 1582 » ; 26 Lettre des Srs « GIRARD » et « TROYAN,... à monsieur Des Prunaulx,... Du Castellet, ce IXe de juillet 1582 » ; 27 Lettre des Srs « GIRARD » et « TROYAN,... à monsieur Des Pruneaulx,... De St Quentin, le XIIe jullet 1582 » ; 28 Contrat passé entre « Jehan de Girard, Sr de Valpiane, et Jullien Troyen », d'une part, et « Loys Marescal » et « Inocent de Harbes », d'autre part, pour la fourniture des vivres de l'armée du duc d'Alençon. « Faict et passé à St Quintin, en l'hostel dudict Troyan, le douziesme jour de juillet, l'an mil cinq cens quatre vingtz deux » ; 29 Double copie de deux pièces relatives à l'achat d'un cabinet précieux par le duc d'Alençon. Juillet 1582 ; 30 « Actes fais en presence de Son Altesse [le duc d'Alençon] pour les etablisemens des conseilz d'Estat et privé... En Anvers, le XXIIe d'octobre XV.C. quatre vingtz deux » ; 31 « Raisons pour lesquelz la vente des biens ecclesiastiques doibt estre retardée. 1582... » ; 32 Articles arrêtés entre le duc d'Alençon et les Etats généraux des Pays-Bas. « Faict en l'assemblée des Estatz generaulx, le XIIe jour d'aoust M.V.C.IIII.XX » ; 33 « Articles tirés hors les instructions des finances decretées par Son Alze [le duc d'Alençon], demonstrantz les poinctz reservés à icelle ». 1582 ; 34 « Pour demonstrer à Son Alteize [le duc d'Alençon] en quoy consiste le faict du demaine en finance du roy nostre sire, et quelles matieres se traictent au colleige d'icelles... Delivré par ceux des finances au feu le Sr Don Jehan, au mois de may 1577 » ; 35 Copie d'une lettre du duc D'ALENÇON aux États généraux des Pays-Bas. « Escrit à Mons » ; 36 Remontrances adressées par les États généraux des Pays-Bas à M. le comte de Lalain, à l'occasion de lettres interceptées. « Faict en Anvers, le XVme de juing 1578 » ; 37 Mémoire sur les finauces des Pays-Bas ; 38 Requête de « la compaignie de chevaulx de monsieur de Ryhoué » au duc d'Alençon, pour réclamer deux mois de gage ; 39 Lettre de « GUILLAUME LOUYS, conte DE NASSAU,... à monsieur de Prouneault,... De Franicker, le 17e jour de octobre, anno 48 stilo vieu » ; 40 « Memoire pour monseigneur [le duc d'Alençon], sur la resolution qu'il semble à quoy Sa Grandeur se doibt arrester sur l'entreprise qu'il peult faire aux Pays Bas, envoyé par le Sr Des Pruneaux » ; 41 Lettre de M. DE « CASTELNAU,... à monsieur Des Pruneaux » ; 42 Lettre de « P. DE DAMPMARTIN,... à monsieur Des Pruneaus à Mons... D'Anvers, ce XXIIIIme juin » ; 43 « Brief Esclarcissement des raisons pour quoy il n'est conseillable que le prince d'Orange vienne pour le present en la ville de Gand » ; 44 « Annotation sur le fond et subject des finances exhibé à feu le Sr Don Jehan » ; 45 Lettre de « FRANÇOIS BOUCHART,... à monsieur Des Pruneaux,... De Nerac, ce 16 novembre 1582 » ; 46 Lettre de « CANJAY,... à monseigneur le prince d'Orange,... De Colledin, ce XVIe jour de decembre 1582 » ; 47 Lettre de « CANJAY,... à monsieur Des Pruneaux,... De Colledin, ce XVIe jour de decembre 1582 »

Livre des Morts de Nésyménou. Egyptien 127

Fragment 4 :Col. 1 : scène du champ des souchets.Col. 2 + vignette : chapitre 111 (formule pour connaître les bas des Occidentaux). La vignette montre le défunt en adoration devant Horus.Col. 3 + vignette : chapitre 113 (formule pour connaître les bas de Nekhen). Le défunt est en adoration devant une divinité à tête de chacal.Col. 4 + vignette : chapitre 115 (?) (formule pour connaître les bas d'Hermopolis). La vignette montre le défunt debout devant une divinité.Fragment 2 :Col. 1 + vignette (fragmentaires) : chapitre 116 avec titre "formule pour connaître les bas d'Héliopolis". La vignette montre le défunt devant deux divinités.Col. 2 + vignette : chapitre 117 (formule pour prendre les chemins de Rosetjaou). La vignette montre une divinité à tête de chacal devant une tombe.Col. 3 (très fragmentaire) : chapitre 124 (?) (formule pour faire une transformation en phénix). Fragment 3 : Col. 1 + vignette : ? La vignette montre le défunt incliné.Col. 2 : chapitre 125.Fragment 1 :Col. 1 (fragmentaire).Col. 2 (fragmentaire) : la vignette correspond au chapitre 126 et montre quatre babouins au bord d'un lac.

Modulation de l’expression du gène CFTR par le produit du gène FIC1 responsable de la cholestase familiale intra-hépatique progressive de type 1 : Identification des mécanismes moléculaires impliqués

Réalisé en cotutelle avec l'Université de Cergy-Pontoise

Les gènes et protéines BSP chez la souris et l’humain : clonage, caractérisation, expression sous forme recombinante et étude des fonctions biologiques

L’infertilité affecte environ 15% des couples en âge de se reproduire. Dans près de la moitié des cas, des facteurs masculins sont à la base de l’infertilité, quoique les causes exactes demeurent souvent inconnues. Les spermatozoïdes de mammifères subissent une série d’étapes de maturation avant d’acquérir la capacité de féconder un ovocyte. Les premiers changements ont lieu à l’intérieur de l’épididyme, où les spermatozoïdes gagnent la capacité de se mouvoir ainsi que de reconnaître et d’interagir avec l’ovocyte. Suite à l’éjaculation, ils doivent subir une seconde série de modifications à l’intérieur du tractus génital femelle, nommée capacitation. Nous avons préalablement démontré que chez le bovin, la famille de protéines BSP (Binder of SPerm) est essentielle à la capacitation. Des homologues des BSP ont aussi été isolés du fluide séminal de porc, de bouc, de bélier, de bison et d’étalon. Malgré la détection d’antigènes apparentés aux BSP dans le fluide séminal de souris et d’humain, les homologues des BSP n’ont jamais été caractérisés chez ces espèces. Nous avons émis l’hypothèse que des homologues des BSP seraient exprimés chez la souris et l’humain et joueraient un rôle dans la maturation des spermatozoïdes. Nous avons démontré que des séquences homologues aux BSP sont présentes dans les génomes murin et humain. Le génome murin contient trois séquences; Bsph1, Bsph2a et Bsph2b, tandis qu’une seule séquence (BSPH1) a été identifée chez l’humain. Les séquences d’ADNc de Bsph1, Bsph2a et BSPH1 ont été clonées, tandis que Bsph2b serait probablement un pseudogène. Les trois gènes sont exprimés uniquement dans l’épididyme et font partie d’une sous-famille distincte à l’intérieur de la famille des BSP. Chez les ongulés, les BSP sont exprimées par les vésicules séminales, sont ajoutées aux spermatozoïdes lors de l’éjaculation et représentent une proportion significative des protéines du plasma séminal. Au contraire, les BSP épididymaires ne sont retrouvées qu’en faibles quantités dans le fluide séminal. L’étude de leur rôle dans les fonctions spermatiques était donc plus difficile que chez les ongulés, où l’isolement des protéines natives du plasma séminal à l’aide de techniques de chromatographie était possible. Afin d’étudier sa fonction, nous avons exprimé BSPH1 recombinante dans E. coli. Les ponts disulfure des domaines de type-II caractéristiques de ces protéines ont fait en sorte que l’expression de BSPH1 fusionnée à une étiquette hexahistidine ou glutathion-S-transférase a donné lieu à des protéines insolubles dans les corps d’inclusion. La production de BSPH1 soluble a été possible grâce à l’ajout d’une étiquette thiorédoxine et l’expression dans une souche au cytoplasme oxidatif. BSPH1 a été purifiée par affinité et sa liaison aux partenaires connus des BSP, la phosphatidylcholine, les lipoprotéines de faible densité et la membrane des spermatozoïdes, suggérait que la protéine recombinante possédait sa conformation native et pouvait être utilisée pour des essais fonctionnels. La forme native de BSPH1 a été détectée dans le plasma séminal humain suite au fractionnement par gel filtration. La liaison de BSPH1 native à une colonne d’affinité à l’héparine a indiqué qu’elle partage aussi cette propriété de liaison avec la famille des BSP, et pourrait lier les GAGs semblables à l’héparine du tractus génital féminin. Une colonne d’immunoaffinité anti-BSPH1 a été préparée à l’aide d’anticorps générés contre des protéines recombinantes, et a permis d’isoler BSPH1 native à partir d’extraits de spermatozoïdes humains. Nos résultats montrent que BSPH1 native serait localisée dans les microdomaines « rafts » de la membrane. Sa masse moléculaire apparente était de 32 kDa, ce qui est supérieur à la masse prédite selon sa séquence en acides aminés, indiquant la présence probable de modifications post-traductionnelles, ou d’une migration anormale. L’effet de BSPH1 recombinante et des anticorps anti-BSPH1 sur la motilité, la viabilité et la capacitation a aussi été étudié. Les deux dernières variables ont été mesurées par un essai de cytométrie en flux, optimisé dans cette étude. Aucun effet des protéines recombinantes ou des anticorps sur la motilité et la viabilité des spermatozoïdes n’a été noté. Quoiqu’une stimulation modeste, quoique significative, de la capacitation ait été observée à la plus faible concentration de BSPH1, les concentrations plus élevées n’ont pas montré d’effet. De la même manière, les anticorps anti-BSPH1 n’ont pas eu d’effet significatif sur la capacitation. Ces résultats suggèrent que BSPH1 produite dans E. coli n’affecte pas la capacitation de façon marquée. Cependant, puisque BSPH1 native possède probablement des modifications post-traductionnelles, une protéine recombinante produite dans des cellules de mammifères pourrait affecter les fonctions spermatiques. De manière alternative, les BSP épididymaires remplissent peut-être un rôle différent dans les fonctions spermatiques que celles sécrétées par les vésicules séminales des ongulés. Les résultats décrits dans cette thèse pourraient contribuer à améliorer le diagnostic de l’infertilité masculine, ainsi que les techniques de reproduction assistée et éventuellement, pourraient mener au développement de contraceptifs masculins.

Un rôle pour les protéines de la famille Whirly dans le maintien de la stabilité du génome des organelles chez Arabidopsis thaliana

Le maintien de la stabilité du génome est essentiel pour la propagation de l’information génétique et pour la croissance et la survie des cellules. Tous les organismes possèdent des systèmes de prévention des dommages et des réarrangements de l’ADN et nos connaissances sur ces processus découlent principalement de l’étude des génomes bactériens et nucléaires. Comparativement peu de choses sont connues sur les systèmes de protection des génomes d’organelles. Cette étude révèle l’importance des protéines liant l’ADN simple-brin de la famille Whirly dans le maintien de la stabilité du génome des organelles de plantes. Nous rapportons que les Whirlies sont requis pour la stabilité du génome plastidique chez Arabidopsis thaliana et Zea mays. L’absence des Whirlies plastidiques favorise une accumulation de molécules rearrangées produites par recombinaison non-homologue médiée par des régions de microhomologie. Ce mécanisme est similaire au “microhomology-mediated break-induced replication” (MMBIR) retrouvé chez les bactéries, la levure et l’humain. Nous montrons également que les organelles de plantes peuvent réparer les bris double-brin en utilisant une voie semblable au MMBIR. La délétion de différents membres de la famille Whirly entraîne une accumulation importante de réarrangements dans le génome des organelles suite à l’induction de bris double-brin. Ces résultats indiquent que les Whirlies sont aussi importants pour la réparation fidèle des génomes d’organelles. En se basant sur des données biologiques et structurales, nous proposons un modèle où les Whirlies modulent la disponibilité de l’ADN simple-brin, régulant ainsi le choix des voies de réparation et permettant le maintien de la stabilité du génome des organelles. Les divers aspects de ce modèle seront testés au cours d’expériences futures ce qui mènera à une meilleure compréhension du maintien de la stabilité du génome des organelles.

Étude du polymorphisme du gène majeur d’histocompatibilité de classe IIb (MHIIb) chez l’omble de fontaine (Salvelinus fontinalis)

Les molécules classiques du complexe majeur d’histocompatibilité de classe II (CMHII) sont des glycoprotéines de surface spécialisées dans la présentation de peptides, principalement dérivés de pathogènes extracellulaires, aux récepteurs des lymphocytes T CD4+ afin d’initier la réponse immunitaire adaptative. Elles sont encodées, avec celles du CMH de classe I, par les gènes les plus polymorphiques identifiés jusqu’à maintenant, avec plusieurs loci et une grande diversité allélique à chacun d’eux. De plus, le polymorphisme des gènes du CMHII n’est pas limité qu’aux séquences codantes. Il est également observé dans les promoteurs où on a démontré ses effets sur le niveau d’expression des gènes. La variation de la régulation d’un gène est considérée comme un facteur important et pour laquelle des modifications morphologiques, physiologiques et comportementales sont observées chez tous les organismes. Des séquences d’ADN répétées impliquées dans cette régulation ont été identifiées dans les régions non-codantes des génomes. D’un autre côté, la sélection par les pathogènes permettrait l’évolution et le maintien du polymorphisme des gènes du CMH chez les vertébrés. À ce sujet, plusieurs études ont montré l’implication de différents allèles du CMH dans la résistance ou la susceptibilité aux maladies. Cette étude avait pour objectifs de caractériser le polymorphisme du gène MHIIb chez l’omble de fontaine (Salvelinus fontinalis) et de documenter ses effets au niveau de la survie conférée par des allèles et/ou génotypes particuliers lors d’une infection, ainsi que sur la variation du niveau d’expression du gène dans différentes conditions. Dans une première partie, nous avons identifié un total de 6 allèles du gène MHIIb, désignés Safo-DAB*0101 à Safo-DAB*0601, qui montrent une grande similarité avec les séquences codantes provenant de poissons téléostéens et de l’humain. L’analyse des séquences du domaine b1 a permis de détecter l’effet d’une pression sélective positive pour maintenir le polymorphisme dans cette région de la molécule. Quatre de ces allèles ont été testés lors d’une expérience d’infection avec le pathogène Aeromonas salmonicida afin d’évaluer l’effet qu’ils pouvaient avoir sur la survie des poissons. Nous avons trouvé que l’allèle DAB*0101 était significativement associé à la résistance à la furonculose. En plus d’avoir été identifié chez les individus homozygotes pour cet allèle, l’effet a également été remarqué au niveau de la survie les poissons de génotype DAB*0101/*0201. À l’opposé, les facteurs de risque élevé obtenus pour les génotypes DAB*0201/*0301 et DAB*0301/*0401 suggèrent plutôt une association à la susceptibilité. Étant donné la faible fréquence à laquelle l’allèle DAB*0101 a été retrouvé dans la population, le modèle de la sélection dépendante de la fréquence pourrait expliquer l’avantage conféré par ce dernier et souligne l’importance de ce mécanisme pour le maintien du polymorphisme du gène MHIIb chez l’omble de fontaine. Dans une seconde partie, nous avons rapporté la présence d’un minisatellite polymorphique formé d’un motif de 32 nucléotides dans le second intron du gène MHIIb, et pour lequel un nombre exclusif de répétitions du motif a été associé à chaque allèle (69, 27, 20, 40, 19 et 25 répétitions pour les allèles DAB*0101 à DAB*0601 respectivement). L’expression relative de quatre allèles a été évaluée dans des poissons hétérozygotes aux températures de 6 ºC et 18 ºC. Les résultats indiquent que les allèles possédant un long minisatellite montrent une réduction de l’expression du gène d’un facteur 1,67 à 2,56 par rapport aux allèles qui en contiennent un court. De même, des allèles qui incluent des minisatellites de tailles similaires n’affichent pas de différence significative au niveau de l’abondance du transcrit aux deux températures. De plus, l’effet répressif associé aux longs minisatellites est amplifié à la température de 18 ºC dans des poissons de trois génotypes différents. Nous avons finalement observé une augmentation significative par un facteur 2,08 de l’expression totale du gène MHIIb à la température de 6 ºC. Ces résultats appuient l’implication des séquences d’ADN répétées dans la régulation de l’activité transcriptionnelle d’un gène et suggèrent qu’un minisatellite sensible aux différences de températures pourrait être soumis aux forces sélectives et jouer un rôle important dans l’expression de gènes et l’évolution des organismes poïkilothermes.