Beta-ionone attracts Euglossa mandibularis(Hymenoptera, Apidae) males in western Paraná forests

ABSTRACTMales of Euglossa mandibularis were consistently captured in scent traps baited with β-ionone in areas of Mixed Ombrophylous Forests or transition between this latter physiognomy and Montane Semideciduous Forest at Parque Nacional do Iguaçu, Paraná state, Brazil. Geographic records for the species and sampling effort (including or not β-ionone among the offered compounds) along Atlantic Forest biome are presented and discussed. We also discuss seasonal and geographic variation in collection of scents by orchid bees.

Química e mineralogia de solos derivados de rochas do Grupo Bambuí no norte de Minas Gerais

Perfis de solos representativos do Distrito Agroindustrial do Jaíba, norte de Minas Gerais, foram descritos morfologicamente, tendo sido suas amostras coletadas e analisadas química, física e mineralogicamente, com o fim de obter informações que contribuam para sua melhor exploração agrícola. Embora provenientes, em sua quase totalidade, de calcário do grupo Bambuí, e com aparente homogeneidade fisiográfica (relevo plano e floresta caducifólia), os solos apresentaram grande diversidade nesses aspectos. Mineralogicamente, observaram-se a ilita e a caulinita como minerais comuns, esta última presente mesmo em Vertissolo e Rendzina, solos com expressiva quantidade de carbonatos livres. A presença de esmectita no Vertissolo, na Rendzina e no Cambissolo de argila de atividade alta indica que a escassez de chuva, a riqueza do material de origem e sua superficialidade em topografia plana dificultam a saída de sílica e bases do sistema, favorecendo a formação de esmectita. Tal mineralogia, associada à sazonalidade climática, parece responsável pelo fendilhamento expressivo desses solos no período seco. Os solos apresentam cores variadas: solos vermelhos e vermelho-amarelados, graças à presença de hematita e goethita, referem-se principalmente aos Latossolos situados em posições ligeiramente mais elevadas na paisagem, dispondo de melhor drenagem; amarelos e bruno-amarelados, normalmente situados em áreas mais deprimidas, que, aliados à superficialidade e massividade do material de origem, restringem a drenagem, favorecendo a gênese da goethita e levando à formação de concreções ferro-manganosas em quantidades expressivas; nestes ambientes, foram constatados Cambissolos de argila de atividade alta (Ta) e baixa (Tb), Vertissolos ou solos com características vérticas, também brunados, e Rendzina. A baixa relação Fe o/Fe d (ferro oxalato/ferro ditionito) revelou predomínio de óxidos mais cristalinos. Os solos eutróficos e epieutróficos (distróficos ou álicos), com baixos teores de Na e relevo dominantemente plano e suave-ondulado, confirmam a grande potencialidade agrícola da área, sobretudo sob irrigação. A diversidadade das características químicas, físicas e mineralógicas dos solos, entretanto, aponta variações de comportamento frente ao uso agrícola, indicando adequações diferenciadas de práticas de manejo.

Atributos micromorfológicos de solos do Projeto Jaíba, norte de Minas Gerais

Amostras indeformadas de horizontes representativos de solos do Projeto Jaíba, norte de Minas Gerais, e camadas compactadas e não compactadas de solos sob uso intensivo foram coletadas e analisadas micromorfologicamente, com vistas em obter maiores informações relativas ao seu grau de evolução e avaliar as alterações causadas nos solos pelo uso agrícola. Foram estudados quatro solos derivados de calcário (P1, P2, P3 e P4) e um originado a partir de sedimentos detríticos (P5), além das camadas com e sem indícios de compactação. A micromorfologia revelou que os solos apresentam características bastante distintas e variáveis, dependendo da classe e do material de origem. O Cambissolo originado de calcário tem como característica marcante o fluxo vertical de sílica e argila, sem, no entanto, caracterizar horizonte B textural, além de maior desenvolvimento de estrutura em blocos. O Cambissolo originado de sedimentos detríticos apresenta fluxo lateral de argila, presença marcante de cutãs de difusão de ferro e estrutura menos desenvolvida tendendo a granular. O Podzólico Vermelho-Escuro apresentou estrutura em blocos e presença de cutãs de deposição, muitos destes incorporados pela matriz, o que pode indicar transição para Latossolo. Os Latossolos apresentam-se com estrutura granular, mas esta é muito menos desenvolvida que a observada para os Latossolos gibbsíticos já analisados no País, o que pode indicar um menor grau de evolução destes solos. A atividade da fauna parece ser o principal agente responsável pelo desenvolvimento da microestrutura do Podzólico e dos Latossolos. Quanto à compactação, a micromorfologia relevou diferenças na organização do plasma e na forma dos poros, quando se compararam camadas compactadas com não compactadas. De maneira geral, o plasma das camadas compactadas é mais denso e os poros se apresentam alterados em razão do esforço físico impingido aos solos.

Propriedades do solo e sistema radicular do feijoeiro irrigado em rotação de culturas

O crescimento do sistema radicular do feijoeiro irrigado, cultivar IAC-Carioca, sob pivô central, em rotação com pousio, milho, aveia preta, Crotalaria juncea L., guandu (Cajanus cajan (L.) Millsp.) e mucuna preta (Mucuna aterrima), no período não-convencional de cultivo no outono-inverno, foi avaliado de 1993 a 1995, em Latossolo Vermelho eutroférrico típico, em área experimental do Instituto Agronômico, em Ribeirão Preto, São Paulo. A rotação de culturas do feijoeiro com milho e adubos verdes favoreceu a redução da resistência do solo à penetração na camada arável, garantiu a manutenção do teor de matéria orgânica do solo, bem como possibilitou a redução da acidez e o aumento do índice de saturação por bases (V%) em profundidade em relação ao teor inicial. A velocidade de infiltração básica da água no solo foi favorecida pela inclusão da mucuna preta, da Crotalaria juncea L. e do milho, no esquema de rotações. A profundidade efetiva observada do seu sistema radicular foi de 0,35 a 0,40 m.

Caracterização de concreções ferro-manganosas de solos de calcário no norte do estado de Minas Gerais

As concreções ferro-manganosas, variáveis quanto ao diâmetro e formato, são comuns em solos desenvolvidos de calcário no norte de Minas Gerais. Normalmente, tendem a aumentar de tamanho com a profundidade nos Cambissolos e Vertissolos e a permanecer pequenas nos Latossolos, onde são mais lisas (menos corroídas) e mais arredondadas (lembrando chumbinho de caça). Com o objetivo de estudá-las, foram coletadas concreções (C) nos horizontes B de Latossolos Vermelhos; B e BC de Cambissolo e C de Vertissolo, agrupadas de acordo com o diâmetro médio (C1-Φ = 0,18 cm; C2-Φ = 0,53 cm; C3-Φ = 0,90 cm; C4-Φ = 1,75 cm), sendo C1 as concreções dos Latossolos e C2, C3 e C4 separações das concreções do Cambissolo e do Vertissolo. Tais concreções, após trituradas, foram caracterizadas química (extração de Fe e Mn com oxalato e DCB; ataque sulfúrico e ataque triácido) e mineralogicamente (difração de raios-X). Também foram coletadas amostras indeformadas dos solos que apresentavam concreções, as quais foram impregnadas para análise micromorfológica. A caracterização química das concreções revelou o ferro, a sílica e o manganês como os principais constituintes. Houve correlação significativa e negativa entre o diâmetro das concreções e o teor de ferro (r = -0,88), o que concorda com a literatura, bem como maior acúmulo de ferro nas concreções de menor diâmetro. Também houve correlação positiva entre o diâmetro e o teor de sílica (r = 0,96), fato explicado pelos teores de sílica encontrados nos solos e horizontes onde as concreções ocorrem. Para o manganês nenhuma correlação foi observada, o que contradiz dados de literatura, que revelam normalmente aumento do teor de manganês com o diâmetro. Observou-se, ainda, nas concreções, alguns elementos traços (Ba, Co, Ni, Pb). A quantificação de elementos traços demonstrou elevadas concentrações de manganês, com valores médios 40 vezes maiores que os encontrados nos solos, valores elevados de bário (em média 20 vezes maiores que nos solos) e que tendem a acompanhar o manganês (r = 0,99), o que também foi verificado para o Co (r = 0,99), Ni (r = 0,94), Pb (r = 0,99). A difração de raios-X revelou a presença de goethita como único óxido de ferro presente. Também foi detectada a presença de quartzo, caulinita, lithiophorita e traços de minerais 2:1 (possivelmente interestratificados ilita/esmectita). A micromorfologia revelou a presença de concreções (com organização interna concêntrica) e de nódulos ferro-manganosos. Observando do centro para a periferia, as camadas concêntricas das concreções variaram do preto ao amarelo-avermelhado, evidenciando a contribuição do manganês e a possível transformação dos óxidos de ferro, talvez de hematita para goethita. Alguns fragmentos de concreções presentes nos solos encontravam-se recapeados por novos aportes de ferro, indicando que o processo de difusão e concentração do ferro continuava ativo.

Establishment of the epithelial-specific transcriptome of normal and malignant human breast cells based on MPSS and array expression data.

INTRODUCTION: Diverse microarray and sequencing technologies have been widely used to characterise the molecular changes in malignant epithelial cells in breast cancers. Such gene expression studies to identify markers and targets in tumour cells are, however, compromised by the cellular heterogeneity of solid breast tumours and by the lack of appropriate counterparts representing normal breast epithelial cells. METHODS: Malignant neoplastic epithelial cells from primary breast cancers and luminal and myoepithelial cells isolated from normal human breast tissue were isolated by immunomagnetic separation methods. Pools of RNA from highly enriched preparations of these cell types were subjected to expression profiling using massively parallel signature sequencing (MPSS) and four different genome wide microarray platforms. Functional related transcripts of the differential tumour epithelial transcriptome were used for gene set enrichment analysis to identify enrichment of luminal and myoepithelial type genes. Clinical pathological validation of a small number of genes was performed on tissue microarrays. RESULTS: MPSS identified 6,553 differentially expressed genes between the pool of normal luminal cells and that of primary tumours substantially enriched for epithelial cells, of which 98% were represented and 60% were confirmed by microarray profiling. Significant expression level changes between these two samples detected only by microarray technology were shown by 4,149 transcripts, resulting in a combined differential tumour epithelial transcriptome of 8,051 genes. Microarray gene signatures identified a comprehensive list of 907 and 955 transcripts whose expression differed between luminal epithelial cells and myoepithelial cells, respectively. Functional annotation and gene set enrichment analysis highlighted a group of genes related to skeletal development that were associated with the myoepithelial/basal cells and upregulated in the tumour sample. One of the most highly overexpressed genes in this category, that encoding periostin, was analysed immunohistochemically on breast cancer tissue microarrays and its expression in neoplastic cells correlated with poor outcome in a cohort of poor prognosis estrogen receptor-positive tumours. CONCLUSION: Using highly enriched cell populations in combination with multiplatform gene expression profiling studies, a comprehensive analysis of molecular changes between the normal and malignant breast tissue was established. This study provides a basis for the identification of novel and potentially important targets for diagnosis, prognosis and therapy in breast cancer.

Identification of CT46/HORMAD1, an immunogenic cancer/testis antigen encoding a putative meiosis-related protein.

Transcripts with ESTs derived exclusively or predominantly from testis, and not from other normal tissues, are likely to be products of genes with testis-restricted expression, and are thus potential cancer/testis (CT) antigen genes. A list of 371 genes with such characteristics was compiled by analyzing publicly available EST databases. RT-PCR analysis of normal and tumor tissues was performed to validate an initial selection of 20 of these genes. Several new CT and CT-like genes were identified. One of these, CT46/HORMAD1, is expressed strongly in testis and weakly in placenta; the highest level of expression in other tissues is <1% of testicular expression. The CT46/HORMAD1 gene was expressed in 31% (34/109) of the carcinomas examined, with 11% (12/109) showing expression levels >10% of the testicular level of expression. CT46/HORMAD1 is a single-copy gene on chromosome 1q21.3, encoding a putative protein of 394 aa. Conserved protein domain analysis identified a HORMA domain involved in chromatin binding. The CT46/HORMAD1 protein was found to be homologous to the prototype HORMA domain-containing protein, Hop1, a yeast meiosis-specific protein, as well as to asy1, a meiotic synaptic mutant protein in Arabidopsis thaliana.

An overview of how rubisco and carbohydrate metabolism may be regulated at elevated atmospheric [CO2] and temperature

Selostus: Hiilihydraatti- ja proteiiniaineenvaihdunnan säätely kohonneen hiilidioksidipitoisuuden ja lämpötilan vallitessa

eVOC: a controlled vocabulary for unifying gene expression data.

Expression data contribute significantly to the biological value of the sequenced human genome, providing extensive information about gene structure and the pattern of gene expression. ESTs, together with SAGE libraries and microarray experiment information, provide a broad and rich view of the transcriptome. However, it is difficult to perform large-scale expression mining of the data generated by these diverse experimental approaches. Not only is the data stored in disparate locations, but there is frequent ambiguity in the meaning of terms used to describe the source of the material used in the experiment. Untangling semantic differences between the data provided by different resources is therefore largely reliant on the domain knowledge of a human expert. We present here eVOC, a system which associates labelled target cDNAs for microarray experiments, or cDNA libraries and their associated transcripts with controlled terms in a set of hierarchical vocabularies. eVOC consists of four orthogonal controlled vocabularies suitable for describing the domains of human gene expression data including Anatomical System, Cell Type, Pathology and Developmental Stage. We have curated and annotated 7016 cDNA libraries represented in dbEST, as well as 104 SAGE libraries,with expression information,and provide this as an integrated, public resource that allows the linking of transcripts and libraries with expression terms. Both the vocabularies and the vocabulary-annotated libraries can be retrieved from http://www.sanbi.ac.za/evoc/. Several groups are involved in developing this resource with the aim of unifying transcript expression information.

Similarities and differences of polyadenylation signals in human and fly.

BACKGROUND: Cleavage of messenger RNA (mRNA) precursors is an essential step in mRNA maturation. The signal recognized by the cleavage enzyme complex has been characterized as an A rich region upstream of the cleavage site containing a motif with consensus AAUAAA, followed by a U or UG rich region downstream of the cleavage site. RESULTS: We studied these signals using exhaustive databases of cleavage sites obtained from aligning raw expressed sequence tags (EST) sequences to genomic sequences in Homo sapiens and Drosophila melanogaster. These data show that the polyadenylation signal is highly conserved in human and fly. In addition, de novo motif searches generated a refined description of the U-rich downstream sequence (DSE) element, which shows more divergence between the two species. These refined motifs are applied, within a Hidden Markov Model (HMM) framework, to predict mRNA cleavage sites. CONCLUSION: We demonstrate that the DSE is a specific motif in both human and Drosophila. These findings shed light on the sequence correlates of a highly conserved biological process, and improve in silico prediction of 3' mRNA cleavage and polyadenylation sites.

Identification and validation of copy number variants using SNP genotyping arrays from a large clinical cohort.

BACKGROUND: Genotypes obtained with commercial SNP arrays have been extensively used in many large case-control or population-based cohorts for SNP-based genome-wide association studies for a multitude of traits. Yet, these genotypes capture only a small fraction of the variance of the studied traits. Genomic structural variants (GSV) such as Copy Number Variation (CNV) may account for part of the missing heritability, but their comprehensive detection requires either next-generation arrays or sequencing. Sophisticated algorithms that infer CNVs by combining the intensities from SNP-probes for the two alleles can already be used to extract a partial view of such GSV from existing data sets. RESULTS: Here we present several advances to facilitate the latter approach. First, we introduce a novel CNV detection method based on a Gaussian Mixture Model. Second, we propose a new algorithm, PCA merge, for combining copy-number profiles from many individuals into consensus regions. We applied both our new methods as well as existing ones to data from 5612 individuals from the CoLaus study who were genotyped on Affymetrix 500K arrays. We developed a number of procedures in order to evaluate the performance of the different methods. This includes comparison with previously published CNVs as well as using a replication sample of 239 individuals, genotyped with Illumina 550K arrays. We also established a new evaluation procedure that employs the fact that related individuals are expected to share their CNVs more frequently than randomly selected individuals. The ability to detect both rare and common CNVs provides a valuable resource that will facilitate association studies exploring potential phenotypic associations with CNVs. CONCLUSION: Our new methodologies for CNV detection and their evaluation will help in extracting additional information from the large amount of SNP-genotyping data on various cohorts and use this to explore structural variants and their impact on complex traits.

Rapid and selective surveillance of Arabidopsis thaliana genome annotations with Centrifuge.

Centrifuge is a user-friendly system to simultaneously access Arabidopsis gene annotations and intra- and inter-organism sequence comparison data. The tool allows rapid retrieval of user-selected data for each annotated Arabidopsis gene providing, in any combination, data on the following features: predicted protein properties such as mass, pI, cellular location and transmembrane domains; SWISS-PROT annotations; Interpro domains; Gene Ontology records; verified transcription; BLAST matches to the proteomes of A.thaliana, Oryza sativa (rice), Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster and Homo sapiens. The tool lends itself particularly well to the rapid analysis of contigs or of tens or hundreds of genes identified by high-throughput gene expression experiments. In these cases, a summary table of principal predicted protein features for all genes is given followed by more detailed reports for each individual gene. Centrifuge can also be used for single gene analysis or in a word search mode. AVAILABILITY: http://centrifuge.unil.ch/ CONTACT: edward.farmer@unil.ch.

trome, trEST and trGEN: databases of predicted protein sequences.

We previously introduced two new protein databases (trEST and trGEN) of hypothetical protein sequences predicted from EST and HTG sequences, respectively. Here, we present the updates made on these two databases plus a new database (trome), which uses alignments of EST data to HTG or full genomes to generate virtual transcripts and coding sequences. This new database is of higher quality and since it contains the information in a much denser format it is of much smaller size. These new databases are in a Swiss-Prot-like format and are updated on a weekly basis (trEST and trGEN) or every 3 months (trome). They can be downloaded by anonymous ftp from ftp://ftp.isrec.isb-sib.ch/pub/databases.