In silico screening of HIV-1 non-nucleoside reverse transcriptase and protease inhibitors

Two targets, reverse transcriptase (RT) and protease from HIV-1, were used during the past two decades to the discovery of non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTI) and protease inhibitors (PI) that belong to the arsenal of the antiretroviral therapy. Herein these enzymes were chosen as templates for conducting a computer-aided ligand design. Ligand and structure-based drug designs were the starting points to select compounds from a database bearing more than five million compounds by means of cheminformatic tools. New promising lead structures are retrieved from the database, which are open to acquisition and test. Classes of molecules already described as NNRTI or PI in the literature also came out and were useful to prove the reliability of the workflow, and thus validating the work carried out so far. (c) 2007 Elsevier Masson SAS. All rights reserved.

Elementary Petri net inside RFID distributed database (PNRD)

Usually, a Petri net is applied as an RFID model tool. This paper, otherwise, presents another approach to the Petri net concerning RFID systems. This approach, called elementary Petri net inside an RFID distributed database, or PNRD, is the first step to improve RFID and control systems integration, based on a formal data structure to identify and update the product state in real-time process execution, allowing automatic discovery of unexpected events during tag data capture. There are two main features in this approach: to use RFID tags as the object process expected database and last product state identification; and to apply Petri net analysis to automatically update the last product state registry during reader data capture. RFID reader data capture can be viewed, in Petri nets, as a direct analysis of locality for a specific transition that holds in a specific workflow. Following this direction, RFID readers storage Petri net control vector list related to each tag id is expected to be perceived. This paper presents PNRD cornerstones and a PNRD implementation example in software called DEMIS Distributed Environment in Manufacturing Information Systems.

A photographic journey through Vietnam

This degree project consists of “A photographic journey through Vietnam”. One month was spent in Vietnam where the different aspects of the Vietnamese life were documented in images. The journey began in Hanoi and descended down the country to Ho Chi Minh City.The report describes the compositional elements of photography and makes an attempt to describe what a “good” image is. Furthermore it explains what equipment that is necessary for such a journey and how you can interact with the local population.When the journey came to an end, a photographic book consisting of 200 images was created. The report details the used workflow step by step. Finally the author has commented 20 of the selected images regarding their photographic composition.

Provtryck på skärm

This Degree Project is carried through in association with Fototext in Guthenburg. The firmsees benefits using”Soft Proof” technology for both economic and time-saving. The reasonfor ”Soft Proofing” for internal/ external production is to estimate and controll documentswithout using digital or chemical printing output.The different technical solutions to ”Soft Proof”, knowledges and facts aboutColorManagement together with PDF-workflow is going to pattern for a correct succesfull”Soft Proofing” on the monitor.Acrobat 5 in association with Photoshop 6 are effectively used in ”Soft Proofing” technic.The advance and capacity of the graphical softwares which are explained in this reporthelps the users to begin to experiment with ”Soft Proof”. Graphical firms which are interestedto begin working with ”Soft Proof” need to allready have knowledge in ICC-profilingand a practical ColorManaged workflow.

Granskning av kvalitetssäkringsarbetet vid en ICC-profilbaserad trycksaksproduktion

To make your company change from a conventional workflow to an ICC-based workflow you need tomake investments in time and money. On the other hand you get your reward in terms of a stable andquality safe production. To choose this way of adjusting your company to new routines requires accuracyas well as a great deal of commitment. It is not only about having the right equipment. There area lot of factors that affect the quality of production.Our ambition with this report is to bring out the importance of general thinking when it comes toICC-profiling and to discuss on which basis printing profiles should be created. Quality parameters asfor example roughness and whiteness of paper are also discussed. To be able to investigate these mattersin detail we have taken a closer look at two companies, which have chosen to commit themselvesto achive better quality through color management but still feel that they have some problems withtheir workflow.One of the conclusions that are made in this report is that both companies should extend their investmentsin education of employees to become less independent of consultants, but also to increase theinterest in changes within the company. It is also stressed that an ICC-profile only can be efficient if acompany commits itself to accuracy regarding routines, control and calibration.

Teknik för en flerskiktadwebbapplikation

The report analyses if some common problems can be avoided by using modern technology. As a reference system “Fartygsrapporteringssystemet” is used. It is an n-tier web application built with modern technology at time, 2003-2004. The aim is to examine whether ASP.Net MVC, Windows Communication Foundation, Workflow Foundation and SQL Server 2005 Service Broker can be used to create an n-tier web application which also communicate with other systems and facilitate automated testing. The report describes the construction of a prototype in which the presentation layer uses ASP.Net MVC to separate presentation and business logic. Communication with the business layer is done through the Windows Communication Foundation. Hard coded processes are broken out and dealt with by Workflow Foundation. Asynchronous communication with other systems is done by using Microsoft SQL Server 2005 Service Broker. The results of the analysis is that these techniques can be used to create a n-tier web application, but that ASP.Net MVC, which at present only available in a preview release, is not sufficiently developed yet.

Retuschörens arbetsprocess : Djupintervjuer med professionella retuschörer

Föreliggande studie har syftat till att, genom semistrukturerade djupintervjuer med professionella retuschörer aktiva i branschen, undersöka om gemensamma steg kunde urskiljas genom respondenternas beskrivningar av arbetsprocessen.Genom studien framkom det att respondenterna beskrev likartade processer samt att samarbete med medarbetare var en viktig faktor för ett utvecklande arbete. Beskrivningarna av arbetsprocessen tydde på att samtliga respondenter hade ett personligt intresse för arbetet och branschen.Respondenterna ansåg även att retuschörens tidigare erfarenhet var betydande och till stor del påverkar tidsåtgången för arbeten. De menade också att tidsåtgången även påverkas av hur utförlig arbetsordern är vid uppstart av projektet. Det framkom även att respondenterna själva inte genomför någon utförlig uppföljning och granskning av hur det slutliga materialet används.

Ökad insikt i den 3D-grafiska arbetsprocessen : Visualisering av interiörmiljöer i stillbilder

Föreliggande studie har haft för avsikt att genom enkäter undersöka likheter och skillnader mellan branschaktiva 3D-grafikers arbetsprocesser. Målet har varit att öka insikten i den 3D-grafiska arbetsprocessen för visualisering av interiörmiljöer. Studien är tänkt att identifiera vilka arbetsmoment som är mest tidskrävande och varför. En ökad insikt i denna process kan leda till förbättrad kommunikation och förståelse mellan kund och byrå. Respondenternas beskrivningar av arbetsprocessen liknade varandra och stämmer till stor del även med beskrivningar i litteraturen. De flesta av respondenterna upplevde modellering som det mest tidskrävande tekniska momentet. God kommunikation med kunden ansåg respondenterna vara viktigt för att undvika onödig korrektur, vilket beskrevs som problematiskt och tidskrävande. Respondenterna hade erfarenhet från referensmaterial av varierande kvalitet, vilket kan påverka ett projekts tidsåtgång.

Passive MVC och MVVM designmönster i Android : En jämförelse av kodkomplexitet mellan Passive MVC och MVVM

Det mobila operativsystemet Android är idag ett ganska dominerande operativsystem på den mobila marknaden dels på grund av sin öppenhet men också på grund av att tillgängligheten är stor i och med både billiga och dyra telefoner finns att tillgå. Men idag har Android inget fördefinierat designmönster vilket leder till att varje utvecklare får bestämma själv vad som ska användas, vilket ibland kan leda till onödigt komplex kod i applikationerna som sen blir svårtestad och svårhanterlig. Detta arbete ämnar jämföra två designmönster, Passive Model View Controller (PMVC) och Model View View-Model (MVVM), för att se vilket designmönster som blir minst komplext med hjälp av att räkna fram mätvärden med hjälp av Cyclomatic Complexity Number (CCN). Studien är gjord utifrån arbetssättet Design & Creation och ämnar bidra med: kunskap om vilket mönster man bör välja, samt om CCN kan peka ut vilka delar i en applikation som kommer att ta mer eller mindre lång tid att testa. Under studiens gång tog vi även fram skillnader på om man anväder sig av den så kallade Single Responsibilyt Principle (SRP) eller inte. Detta för att se om separerade vyer gör någon skillnad i applikationernas komplexitet. I slutändan så visar studien på att komplexiteten i små applikationer är väldigt likvärdig, men att man även på små applikationer kan se skillnad på hur komplex koden är men också att kodkomplexitet på metodnivå kan ge riktlinjer för testfall.

Projektarbete i praktiken : Hur kan oförutsedda problem vid projektöverlämningen minimeras

Projektarbete förekommer på många företag och trots att det ofta finns tydligt beskrivna rutiner för hur projektarbetet skall ske händer det att parterna inte är helt överens då projektet ska avslutas. Ibland är det ändringar under projektets gång som ligger till grund för kommande tvister, men i grunden är det oftast kommunikationen som brister mellan parterna. Genom att intervjua några olika företag och analyserat hur de arbetar i projekt har vi i detta arbete kunnat se en röd tråd som består av den viktiga kommunikationen för att skapa och bibehålla sunda relationer. För att hantera de förändringar som kan ske under projektresans gång ser vi i vår analys av de företag som ingått i vår studie att det är av fördel att ha ett nära samarbete med kunder eller leverantörer och helst starta samarbetet tidigt för att möjliggöra justeringar som annars i ett senare skede blir svårare att genomföra. Ett tillvägagångssätt att arbeta med ett projekts interna problem kan vara plattformar som möjliggör en delning av information mellan projektets olika medlemmar. Angreppsvinkeln är då att det ska bli lättare för att samtliga projektdeltagare att kunna ta del av informationen med en förhoppning att minimera missförstånd inom projektet.

Kreativitet under stress : En studie i att vara kreativ på beställning

En grafisk designer måste kunna producera oavsett vilka förhållanden som råder. Rapporten behandlar vad korta och långa deadlines har för inverkan på denna förmåga och hur kreativiteten kan främjas vid stressiga situationer. Semistrukturerade djupintervjuer utfördes med åtta Art- och Creative directors i Gävledala-regionen för att undersöka hur de upplevde att vara kreativa under stressiga förhållanden. Resultatet visade att det generellt inte var ett problem för studiens respondenter att vara kreativa på beställning men att de inte heller följde några specifika metoder för att underlätta arbetsflödet. Det visade sig även att det snarare var arbetsbördan och mängden arbetsuppgifter som påverkade stressfaktorn än en specifik tidsram.

On the Use of Agents in a Bioinformatics Grid

MyGrid is an e-Science Grid project that aims to help biologists and bioinformaticians to perform workflow-based in silico experiments, and help them to automate the management of such workflows through personalisation, notification of change and publication of experiments. In this paper, we describe the architecture of myGrid and how it will be used by the scientist. We then show how myGrid can benefit from agents technologies. We have identified three key uses of agent technologies in myGrid: user agents, able to customize and personalise data, agent communication languages offering a generic and portable communication medium, and negotiation allowing multiple distributed entities to reach service level agreements.

Describing Web Service Architectures through Design-by-Contract

Architectural description languages (ADLs) are used to specify a high-level, compositional view of a software application, specifying how a system is to be composed from coarse-grain components. ADLs usually come equipped with a formal dynamic semantics, facilitating specification and analysis of distributed and event-based systems. In this paper, we describe the TrustME, an ADL framework that provides both a process and a structural view of web service-based systems. We use Petri-net descriptions to give a dynamic view of business workflow for web service collaboration. We adapt the approach of Schmidt to define a form of Meyer's design-by-contract for configuring workflow architectures. This serves as a configuration-level means of constructing safer, more robust systems.

Connecting Scientific Data to Scientific Experiments with Provenance

As scientific workflows and the data they operate on, grow in size and complexity, the task of defining how those workflows should execute (which resources to use, where the resources must be in readiness for processing etc.) becomes proportionally more difficult. While "workflow compilers", such as Pegasus, reduce this burden, a further problem arises: since specifying details of execution is now automatic, a workflow's results are harder to interpret, as they are partly due to specifics of execution. By automating steps between the experiment design and its results, we lose the connection between them, hindering interpretation of results. To reconnect the scientific data with the original experiment, we argue that scientists should have access to the full provenance of their data, including not only parameters, inputs and intermediary data, but also the abstract experiment, refined into a concrete execution by the "workflow compiler". In this paper, we describe preliminary work on adapting Pegasus to capture the process of workflow refinement in the PASOA provenance system.

Extracting Causal Graphs from an Open Provenance Data Model

The open provenance architecture (OPA) approach to the challenge was distinct in several regards. In particular, it is based on an open, well-defined data model and architecture, allowing different components of the challenge workflow to independently record documentation, and for the workflow to be executed in any environment. Another noticeable feature is that we distinguish between the data recorded about what has occurred, emphprocess documentation, and the emphprovenance of a data item, which is all that caused the data item to be as it is and is obtained as the result of a query over process documentation. This distinction allows us to tailor the system to separately best address the requirements of recording and querying documentation. Other notable features include the explicit recording of causal relationships between both events and data items, an interaction-based world model, intensional definition of data items in queries rather than relying on explicit naming mechanisms, and emphstyling of documentation to support non-functional application requirements such as reducing storage costs or ensuring privacy of data. In this paper we describe how each of these features aid us in answering the challenge provenance queries.