NMR structure and backbone dynamics of a concatemer of epidermal growth factor homology modules of the human low-density lipoprotein receptor

The ligand-binding region of the low-density lipoprotein (LDL) receptor is formed by seven N-terminal, imperfect, cysteine-rich (LB) modules. This segment is followed by an epidermal growth factor precursor homology domain with two N-terminal, tandem, EGF-like modules that are thought to participate in LDL binding and recycling of the endocytosed receptor to the cell surface. EGF-A and the concatemer, EGF-AB, of these modules were expressed in Escherichia coli. Correct protein folding of EGF-A and the concatemer EGF-AB was achieved in the presence or absence of calcium ions, in contrast to the LB modules, which require them for correct folding. Homonuclear and heteronuclear H-1-N-15 NMR spectroscopy at 17.6 T was used to determine the three-dimensional structure of the concatemer. Both modules are formed by two pairs of short, anti-parallel beta -strands. In the concatemer, these modules have a fixed relative orientation, stabilized by calcium ion-binding and hydrophobic interactions at the interface. N-15 longitudinal and transverse relaxation rates, and {H-1}-N-15 heteronuclear NOEs were used to derive a model-free description of the backbone dynamics of the molecule. The concatemer appears relatively rigid, particularly near the calcium ion-binding site at the module interface, with an average generalized order parameter of 0.85 +/- 0.11. Some mutations causing familial hypercholesterolemia may now be rationalized. Mutations of D41, D43 and E44 in the EGF-B calcium ion-binding region may affect the stability of the linker and thus the orientation of the tandem modules. The diminutive core also provides little structural stabilization, necessitating the presence of disulfide bonds. The structure and dynamics of EGF-AB contrast with the N-terminal LB modules, which require calcium ions both for folding to form the correct disulfide connectivities and for maintenance of the folded structure, and are connected by highly mobile linking peptides. (C) 2001 Academic Press.

Individual and societal bases of national identity - A comparative multi-level analysis

In a previous study (Jones and Smith, 1999) we established that much the same core pattern of national identity characterizes many developed countries. Using the national identity module from the 1995 International Social Survey Programme, we identified two dimensions of national identity: an ascriptive dimension resembling the concept of ethnic identity described in the historical and theoretical literature, and a voluntarist dimension closer to the notion of civic identity. Some writers view these dimensions in terms of a historical sequence but we find that both constructs coexist in the minds of individual respondents in the nations we examine (we exclude Bulgaria and the Philippines from the present but not the earlier analysis). The dataset used for the multilevel analyses reported here consists of 28 589 respondents in the remaining 21 countries included in the national identity database for the 1995 round of surveys. The macrosociological literature on national identity does not offer well-defined predictions about what precise patterns of national identification we might expect to find among the masses of the developed countries. There are, however, recurring themes from which one can construct plausible hypotheses about how countries might differ according to their level of development, broadly conceived. Thus, we hypothesize that forces such as post-industrialism and globalization tend to favour the more open voluntaristic form of national identity over the more restrictive ascribed form. We develop different multi-level models in order to evaluate specific hypotheses pertaining to such issues, by simultaneously relating individual and societal characteristics to the relative strength of individual commitment to these different types of national identity.

MUC13, a novel human cell surface mucin expressed by epithelial and hemopoietic cells

Transmembrane mucins are glycoproteins involved in barrier function in epithelial tissues. To identify novel transmembrane mucin genes, we performed a tblastn search of the GenBank(TM) EST data bases with a serine/ threonine-rich search string, and a rodent gene expressed in bone marrow was identified. We determined the cDNA sequence of the human orthologue of this gene, MUC13, which localizes to chromosome band 3q13.3 and generates 3.2-kilobase pair transcripts encoding a 512-amino acid protein comprised of an N-terminal mucin repeat domain, three epidermal growth factor-like sequences, a SEA module, a transmembrane domain, and a cytoplasmic tail (GenBank(TM) accession no. AF286113), MUC13 mRNA is expressed most highly in the large intestine and trachea, and at moderate levels in the kidney, small intestine, appendix, and stomach, In situ hybridization in murine tissues revealed expression in intestinal epithelial and lymphoid cells. Immunohistochemistry demonstrated the human MUC13 protein on the apical membrane of both columnar and goblet cells in the gastrointestinal tract, as well as within goblet cell thecae, indicative of secretion in addition to presence on the cell surface. MUC13 is cleaved, and the beta -subunit containing the cytoplasmic tail undergoes homodimerization, Including MUC13, there are at least five cell surface mucins expressed in the gastrointestinal tract.

A partial velocity approach to subcycling structural dynamics

Subcycling, or the use of different timesteps at different nodes, can be an effective way of improving the computational efficiency of explicit transient dynamic structural solutions. The method that has been most widely adopted uses a nodal partition. extending the central difference method, in which small timestep updates are performed interpolating on the displacement at neighbouring large timestep nodes. This approach leads to narrow bands of unstable timesteps or statistical stability. It also can be in error due to lack of momentum conservation on the timestep interface. The author has previously proposed energy conserving algorithms that avoid the first problem of statistical stability. However, these sacrifice accuracy to achieve stability. An approach to conserve momentum on an element interface by adding partial velocities is considered here. Applied to extend the central difference method. this approach is simple. and has accuracy advantages. The method can be programmed by summing impulses of internal forces, evaluated using local element timesteps, in order to predict a velocity change at a node. However, it is still only statistically stable, so an adaptive timestep size is needed to monitor accuracy and to be adjusted if necessary. By replacing the central difference method with the explicit generalized alpha method. it is possible to gain stability by dissipating the high frequency response that leads to stability problems. However. coding the algorithm is less elegant, as the response depends on previous partial accelerations. Extension to implicit integration, is shown to be impractical due to the neglect of remote effects of internal forces acting across a timestep interface. (C) 2002 Elsevier Science B.V. All rights reserved.

Estudo de algumas propriedades mecânicas da madeira de um híbrido clonal de Eucalyptus urophylla X Eucalyptus grandis

A procura por madeiras oriundas de reflorestamentos destinadas à serraria é uma realidade já há muitos anos, principalmente aquelas das espécies do gênero Eucalyptus. Visando buscar novas informações importantes para esse mercado, este trabalho objetivou determinar algumas propriedades mecânicas da madeira de um híbrido clonal de Eucalyptus urophylla x Eucalyptus grandis de duas idades e provenientes de talhadia simples e de reforma. Os resultados indicaram que a madeira desse híbrido apresenta boas características tecnológicas, destacando-se a segunda tora (a partir de 3 m) com as melhores propriedades de flexão estática (Módulo de Elasticidade - MOE e Módulo de Ruptura - MOR) e Compressão Axial das fibras. As árvores de maior idade (166 meses) e que sofreram dois desbastes apresentaram as melhores propriedades de flexão estática e compressão axial.

Ciclo de vida empresarial e qualidade da informação contábil das companhias abertas brasileiras

Esta dissertação busca identificar se os diferentes Estágios de Ciclo de Vida (ECVs) estão relacionados com a qualidade da informação contábil nas empresas brasileiras. Segundo pesquisas internacionais, os diferentes ECVs influenciam a qualidade da informação contábil. Aqui, foram empregadas as métricas de relevância, tempestividade e conservadorismo, de maneira semelhante às utilizadas por Lopes (2009) para verificar a qualidade da informação contábil. Para identificar os Estágios de Ciclo de Vida, foi utilizada a forma de identificação orgânica elaborada por Dickinson (2011), fundamentada nos sinais dos fluxos de caixa da empresa. A amostra deste trabalho é composta por empresas brasileiras que negociaram ações na BM&FBovespa, no período de 2008 à 2013, sendo excluídas as empresas do setor financeiro. O total de empresas que compõem a amostra é de 330, sendo 1.163 observações para o modelo de relevância, 1.163 para o modelo de tempestividade e 1.167 observações para o modelo de conservadorismo. Para verificar os efeitos dos ECVs na qualidade da informação contábil foram utilizados dados em painel desbalanceado e regressões robustas, com a correção de White, identificando os ECVs através de dummies. Os resultados encontrados indicam que os ECVs afetam a qualidade da informação contábil e que nos estágios de Crescimento e Maturidade as informações contábeis apresentam maior relevância e tempestividade. Não foi possível identificar os efeitos dos diferentes ECVs no conservadorismo, pois as variáveis de interesse não foram estatisticamente significantes.

Avaliação da qualidade de vida em crianças e adolescentes com câncer

Trata-se de um estudo sobre avaliação da qualidade de vida de crianças e adolescentes com câncer que objetivou-se a produção de duas propostas de artigo. A primeira proposta de artigo teve como objetivo conhecer as médias dos escores geral ou por dimensões encontrados nos estudos realizados os quais utilizaram o Pediatric Quality of Life Inventory 3.0 Cancer Module. Aplicou-se a estratégia de busca nas bases Scopus, Web of Science, Bireme, PsycoInfo e a EBSCO host. Encontrou-se 210 resumos e títulos, excluiu-se 189 por duplicidade e por não atender aos critérios de inclusão. Analisou-se e elegeu-se 21 para compor o estudo. Todos os artigos publicados na língua inglesa, em sua maioria na América (47,6%) e no período de 2011 a 2013 (61,9%), utilizaram-se do questionário para a coleta de dados tanto para criança e adolescentes quanto para seus pais na maioria dos artigos (61,9%). A variação dos escores por dimensões e geral provavelmente esteve relacionada com a seleção dos grupos de comparação pois, pode-se perceber a diversidade dos critérios de inclusão e das variáveis para a análise em cada estudo. Concluiu-se que as médias dos escores por dimensões e geral não alcançaram valores abaixo de 30 e os maiores escores por dimensões estão acima de 80. Sugere-se que a dimensão ansiedade frente ao tratamento, no relato das crianças, pode ter obtido os maiores escores dentro de cada estudo. A segunda proposta de artigo objetivou-se avaliar a qualidade de vida de crianças e adolescentes com câncer em tratamento ou em acompanhamento e verificar associações com as variáveis socioeconômicas e clínicas. Realizou-se um estudo transversal com 98 crianças e adolescentes com diagnóstico de câncer de uma unidade de referência em oncologia pediátrica no estado do Espírito Santo - Brasil. Aplicou-se o questionário PedsQLTM e coletou-se informações sociodemográficas e clínicas. A amostra caracterizou-se com predominância do sexo masculino, de faixa etária de 08 a 12 anos, de classe econômica C e com diagnóstico de leucemia. Houve associação entre a faixa etária nas médias escores de 5 das 8 dimensões da avaliação da qualidade de vida. Não houveram diferenças estatisticamente significante em nenhuma das dimensões nem no escore total da qualidade de vida com as variáveis sexo da criança e adolescente, tipo de tumor, classe econômica e a escolaridade da mãe. Concluiu-se que faixa etária, o status do tratamento e frequentar a escola são fatores que modificam a avaliação qualidade de vida no relato das crianças e adolescentes, aumentando ou diminuindo as dificuldades frente ao tratamento e a doença.

Estudos de impacte ambiental em infraestruturas rodoviárias com recurso a tecnologia SIG e avaliação multicritério

O Estudo de Impacte Ambiental (EIA) é uma peça fundamental no processo de Avaliação Ambiental a que têm de ser submetidos alguns projetos de engenharia. Este é o resultado de atividades e avaliações metodológicas conducentes a identificar/avaliar possíveis impactes, apresentando medidas de minimização e o plano de monitorização. Se existirem múltiplas alternativas, o EIA deve indicar a “ambientalmente mais favorável”. O presente trabalho apresenta uma proposta metodológica para apoio dessas atividades/avaliações, tendo como estrutura integradora um SIG ligado a modelos externos específicos, constituindo -se assim como uma contribuição para o desenvolvimento de um SADE -MC, no domínio ambiental. Essa proposta engloba a conceção duma rotina interativa, em Visual Basic® para suportar os processos de Screening/Scoping, Avaliação da Significância e Seleção dos Indicadores Ambientais. As funcionalidades do SIG, associadas aos módulos externos, são usadas para prever/quantificar os impactes e os indicadores ambientais. Estes indicadores são então utilizados como critérios, no módulo de avaliação multicritério que utiliza, nesta aplicação, o método ELECTRE III. Isso permite apresentar uma preordenação final das alternativas, desde a “ambientalmente mais favorável” até à mais adversa. Como caso de estudo, essa proposta metodológica é aplicada a um EIA referente ao projeto de um troço de autoestrada no Centro de Portugal.

Controlo tolerante a falhas de um canal de rega

A presente dissertação pretende conceber e implementar um sistema de controlo tolerante a falhas, no canal experimental de rega da Universidade de Évora, utilizando um modelo implementado em MATLAB/SIMULINK®. Como forma de responder a este desafio, analisaram-se várias técnicas de diagnóstico de falhas, tendo-se optado por técnicas baseadas em redes neuronais para o desenvolvimento de um sistema de detecção e isolamento de falhas no canal de rega, sem ter em conta o tipo de sistema de controlo utilizado. As redes neuronais foram, assim, os processadores não lineares utilizados e mais aconselhados em situações onde exista uma abundância de dados do processo, porque aprendem por exemplos e são suportadas por teorias estatísticas e de optimização, focando não somente o processamento de sinais, como também expandindo os horizontes desse processamento. A ênfase dos modelos das redes neuronais está na sua dinâmica, na sua estabilidade e no seu comportamento. Portanto, o trabalho de investigação do qual resultou esta Dissertação teve como principais objectivos o desenvolvimento de modelos de redes neuronais que representassem da melhor forma a dinâmica do canal de rega, de modo a obter um sistema de detecção de falhas que faça uma comparação entre os valores obtidos nos modelos e no processo. Com esta diferença de valores, da qual resultará um resíduo, é possível desenvolver tanto o sistema de detecção como de isolamento de falhas baseados nas redes neuronais, possibilitando assim o desenvolvimento dum sistema de controlo tolerante a falhas, que engloba os módulos de detecção, de isolamento/diagnóstico e de reconfiguração do canal de rega. Em síntese, na Dissertação realizada desenvolveu-se um sistema que permite reconfigurar o processo em caso de ocorrência de falhas, melhorando significativamente o desempenho do canal de rega.

Cork processing wastewater treatment/valorisation by nanofiltration

Nanofiltration process for the treatment/valorisation of cork processing wastewaters was studied. A DS-5 DK 20/40 (GE Water Technologies) nanofiltration membrane/module was used, having 2.09 m(2) of surface area. Hydraulic permeability was determined with pure water and the result was 5.2 L.h(-1).m(-2).bar(-1). The membrane presents a rejection of 51% and 99% for NaCl and MgSO4 salts, respectively. Two different types of regimes were used in the wastewaters filtration process, total recycling mode and concentration mode. The first filtration regime showed that the most favourable working transmembrane pressure was 7 bar working at 25 degrees C. For the concentration mode experiments it was observed a 30% decline of the permeate fluxes when a volumetric concentration factor of 5 was reached. The permeate COD, BOD5, colour and TOC rejection values remained well above the 90% value, which allows, therefore, the concentration of organic matter (namely the tannin fraction) in the concentrate stream that can be further used by other industries. The permeate characterization showed that it cannot be directly discharged to the environment as it does not fulfil the values of the Portuguese discharge legislation. However, the permeate stream can be recycled to the process (boiling tanks) as it presents no colour and low TOC (< 60 ppm) or if wastewater discharge is envisaged we have observed that the permeate biodegradability is higher than 0.5, which renders conventional wastewater treatments feasible.

Eficiência e concentração na indústria bancária

O objectivo deste trabalho é a análise da eficiência produtiva e dos efeitos da concentração sobre os custos bancários, tendo por base a indústria bancária portuguesa. O carácter multiproduto da empresa bancária sugere a necessidade de se adoptar formas multiproduto da função custo (tipo Fourier). Introduzimos variáveis de homogeneidade e de estrutura que permitem o recurso a formas funcionais uniproduto (Cobb-Douglas) à banca. A amostra corresponde a 22 bancos que operavam em Portugal entre 1995-2001, base não consolidada e dados em painel. Para o estudo da ineficiência recorreu-se ao modelo estocástico da curva fronteira (SFA), para as duas especificações. Na análise da concentração, introduziram-se variáveis binárias que pretendem captar os efeitos durante quatro anos após a concentração. Tanto no caso da SFA como no da concentração, os resultados encontrados são sensíveis à especificação funcional adoptada. Concluindo, o processo de concentração bancário parece justificar-se pela possibilidade da diminuição da ineficiência-X. This study addresses the productive efficiency and the effects of concentration over the banking costs, stressing its focus on the Portuguese banking market. The multiproduct character of the banking firm suggests the use of functional forms as Fourier. The introduction of variables of structure and of homogeneity allows the association of the banking activity (multiproduct) with a single product function (Cobb-Douglas type). The sample covers 22 banks which operated in Portugal from 1995-2001, non consolidated base with a panel data structure. The study about inefficiency is elaborated through the stochastic frontier model (SFA), for the two specifications selected. As a methodology to analyze the concentration, we introduced binary variables, which intend to catch the effects through four years after the concentration process. The results obtained, through SFA and concentration approach, are influenced by the kind of specifications selected. Summing up, the concentration process of the Banking Industry sounds to be justified by the possibility of the X-inefficiency.

Balancing market integration in MASCEM electricity market simulator

With the restructuring of the energy sector in industrialized countries there is an increased complexity in market players’ interactions along with emerging problems and new issues to be addressed. Decision support tools that facilitate the study and understanding of these markets are extremely useful to provide players with competitive advantage. In this context arises MASCEM, a multi-agent simulator for competitive electricity markets. It is essential to reinforce MASCEM with the ability to recreate electricity markets reality in the fullest possible extent, making it able to simulate as many types of markets models and players as possible. This paper presents the development of the Balancing Market in MASCEM. A key module to the study of competitive electricity markets, as it has well defined and distinct characteristics previously implemented.

A user-centered interface for scheduling problem definition

In this paper we present a user-centered interface for a scheduling system. The purpose of this interface is to provide graphical and interactive ways of defining a scheduling problem. To create such user interface an evaluation-centered user interaction development method was adopted: the star life cycle. The created prototype comprises the Task Module and the Scheduling Problem Module. The first one allows users to define a sequence of operations, i.e., a task. The second one enables a scheduling problem definition, which consists in a set of tasks. Both modules are equipped with a set of real time validations to assure the correct definition of the necessary data input for the scheduling module of the system. The usability evaluation allowed us to measure the ease of interaction and observe the different forms of interaction provided by each participant, namely the reactions to the real time validation mechanism.

Intelligent supervisory control system for home devices using a cyber physical approach

Although we have many electric devices at home, there are just few systems to evaluate, monitor and control them. Sometimes users go out and leave their electric devices turned on what can cause energy wasting and dangerous situations. Therefore most of the users may want to know the using states of their electrical appliances through their mobile devices in a pervasive way. In this paper, we propose an Intelligent Supervisory Control System to evaluate, monitor and control the use of electric devices in home, from outside. Because of the transferring data to evaluate, monitor and control user's location and state of home (ex. nobody at home) may be opened to attacks leading to dangerous situations. In our model we include a location privacy module and encryption module to provide security to user location and data. Intelligent Supervising Control System gives to the user the ability to manage electricity loads by means of a multi-agent system involving evaluation, monitoring, control and energy resource agents.

Complex market integration in MASCEM electricity market simulator

The restructuring that the energy sector has suffered in industrialized countries originated a greater complexity in market players’ interactions, and thus new problems and issues to be addressed. Decision support tools that facilitate the study and understanding of these markets become extremely useful to provide players with competitive advantage. In this context arises MASCEM, a multi-agent system for simulating competitive electricity markets. To provide MASCEM with the capacity to recreate the electricity markets reality in the fullest possible extent, it is essential to make it able to simulate as many market models and player types as possible. This paper presents the development of the Complex Market in MASCEM. This module is fundamental to study competitive electricity markets, as it exhibits different characteristics from the already implemented market types.