Sequenciamento de um fragmento de DNA mitocondrial de Camponotus textor (Forel, 1899) (Hymenoptera, Formicidae)

A grande diversidade das formigas implica na enorme variedade de hábitats de nidificação, preferências alimentares e comportamento social com divisão de trabalho, além da estruturação de seu ninho que por sua vez, podem revelar parte de sua história evolutiva. Camponotus textor é uma espécie tecelã, a qual constrói seu ninho a partir da seda produzida pelas suas próprias larvas, garantindo um dos mais notáveis exemplos de cooperação social. É uma formiga arborícola e de grande importância para a agricultura, já que pode nidificar no cafeeiro (Coffea arabica) e ser usada como agente de controle biológico impedindo o estabelecimento de outras pragas. Atualmente, existem poucos estudos abordando comportamento, fisiologia, genética, endossimbiontes e filogenia desse grupo. Segundo dados da literatura, o DNA mitocondrial tem sido utilizado em análises de filogenia devido ao ótimo número de cópias por célula, altas taxas mutacionais e pouca ou nenhuma recombinação. Sendo assim, o presente trabalho visa realizar o sequenciamento de um fragmento do DNA mitocondrial de populações distintas de Camponotus textor para ser utilizado como marcador molecular, tornandose uma ferramenta para diferenciação de populações e determinação das relações filogenéticas entre outras espécies de formigas relacionadas. Foi feita a extração do DNA em TNES (Tris, NaCl, EDTA, SDS), seguida da amplificação da região COI (citocromo oxidase I) do DNA mitocondrial utilizando-se os primers elaborados para este trabalho e o sequencimento foi realizado no 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems). As seqüências obtidas foram editadas no BioEdit, e posteriormente comparadas com o banco de dados GenBank, utilizando-se a ferramenta BLAST, e assim a construção da análise filogenética através do programa MEGA. Foi possível a separação das cinco populações em duas linhagens distantes geograficamente

Impacto das mutações somáticas pontuais em regiões reguladoras de Splicing em linhagens tumorais de mama

O evento de splicing alternativo tem como resultado a geração de diversos produtos a partir do precursor do RNA mensageiro de um único gene, sendo o responsável, assim, pelo aumento da variedade de transcritos e proteínas existentes em uma célula. Estima-se que cerca de 90% dos genes humanos estejam sujeitos a este tipo de processamento. O funcionamento adequado do processo de splicing depende do reconhecimento correto dos limites entre trechos intrônicos e exônicos pela maquinaria enzimática, que se dá através do reconhecimento de diversos sinais, como os sítios de splicing 3’ e 5’, o trato de polipirimidina, a seqüência “branch”, e pequenas seqüências presentes em exons e introns, próximas aos sítios de splicing, que promovem ou inibem a inclusão de trechos na fita de RNA madura. É fato comprovado por diversos estudos que mutações nas seqüências sinalizadoras de splicing podem modificar o padrão de processamento de um gene. Acreditase que variações genéticas individuais possam modificar a suceptibilidade a diversas doenças, entre elas o câncer, que trata-se, atualmente, da doença que mais gera óbitos no mundo (13% do total). Recentemente, Sjoblom et al. (2006) e Wood et al. (2007) mapearam mutações não silenciosas encontradas em 1718 genes em linhagens de câncer de mama e colorretal. Neste trabalho, investigamos os efeitos dessas mutações somáticas presentes em câncer no padrão de splicing celular. Para tanto, nos focamos nas 201 mutações encontradas em quatro linhagens de câncer de mama (HCC1954, HCC1599, HCC1143 e HCC2157). A partir dos dados obtidos pela técnica de “Exon Array” (Affymetrix) e do mapeamento das mutações, foi realizada uma seleção dos genes aonde haviam mutações e eventos de splicing alternativos específicos a somente uma das linhagens celular, e cuja distância... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Clonagem e caracterização do promotor de um gene com expressão em folha de Eucalipto (Eucalyptus grandis)

Uma das principais estratégias de ação da biotecnologia na área vegetal trata da produção de plantas geneticamente modificadas com transgenes de interesse. Entretanto, para garantir a correta expressão de tais transgenes em plantas de interesse agronômico e florestal, como é o caso do eucalipto, a identificação e caracterização de seqüências promotoras com padrões conhecidos de expressão gênica se fazem necessárias. Nesse contexto, o presente trabalho objetivou clonar e sequenciar a região promotora de um gene com expressão em folha de Eucalyptus grandis. Em seguida, um cassete de expressão contendo o gene repórter GUS sobre controle do referido promotor foi construído e introduzido em vetor binário. O referido cassete foi então inserido em agrobactéria visando a futura transformação de plantas modelo para a realização de estudos funcionais

Expressão gênica dos receptores nicotínicos de acetilcolina (nAChR) e caracterização morfológica das junções neuromusculares em músculo esquelético de ratos com insuficiência cardíaca

A insuficiência cardíaca (IC) está associada à miopatia dos músculos esqueléticos com aumento da expressão das isoformas rápidas da cadeia pesada de miosina e alterações na matriz extracelular. Os fatores de regulação miogência(MRF),como a MyoD e MRF4, pertecem a uma família de fatores transcricionais que controlam vários genes músculo-específicos.Esses fatores forma heterodímeros com proteínas HLH e ligam-se a seqüências de DNA conhecidas como Ebox, presentes na região promotora de vários genes músculo–específicos, incluindo todos aqueles que codificam as subunidades dos receptores nicotínicos de acetilcolina (nAChR) da junção neuromuscular (JNM). Baseado no fato de que na IC há uma diminuição na expressão da MyoD e MRF4 no músculo sóleo de ratos com IC induzida por monocrotalina, o objetivo do presente trabalho é verificar possíveis alterações na expressão dos receptores de acetilcolina, bem como realizar uma análise morfológica e morfométrica das JNMs. Neste estudo foram utilizados ratos Wistar, machos, divididos em grupos controle e experimental e a Insuficiência cardíaca (IC) foi induzida pela injeção de monocrotalina intra-peritoneal.Quando os sintomas de IC foram visualizados (após 22 dias) os animais foram sacrificados pentobarbital sódico i.p. (50 mg/Kg). A seguir foram mensurados o peso corporal (PC) dos ratos, bem como outros parâmetros. O músculo sóleo de ambos os antímeros foram dissecados e preparados para: avaliação da expressão gênica das subunidades ε, γ e α dos receptores de acetilcolina por PCR em Tempo Real; para análise morfológica e morfométrica da Junção Neuromuscular através da técnica de Esterase inespecífica; para análise ultra-estrutural da JN. Os resultados indicam que não houveram alterações morfológicas e morfométricas na JN, mas houve um aumento... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Atributos físicos e químicos do solo e desempenho agronômico da cultura da soja submetido a sistemas de manejos e residual de gesso

Pós-graduação em Agronomia - FEIS

A cobweb e recursão

Pós-graduação em Matemática - IBILCE

Contexto deposicional da sequência Balbuena III (Maastrichtiano/ Daniano) da formação Yacoraite na sub-bacia metán-alemania, na região de Salta, Argentina

Pós-graduação em Geologia Regional - IGCE

Concepções de alunos do ensino médio sobre o tema água: subsídios para o planejamento de atividades investigativas interdisciplinares

Meaningful learning occurs when new knowledge to be aggregated are grounded in other students already possess. In preparing didactic sequences for teaching concepts, one should take into account these concepts and knowledge to produce more effective and lasting learning, and build new concepts that will become subsumes for subsequent learning. This research was developed in a subproject linked to institutional Scholarship Program Initiation to Teaching (PIBID) of a Universidade Estadual Paulista. The proposal is based on the articulation of the Public School and the University, strengthening the initial training of undergraduates, and continued teacher network, improving the quality of education. The proposed work is based on interdisciplinary research and teaching by investigation. Undergraduates in Biology, Physics, Mathematics and Chemistry jointly propose interdisciplinary teaching activities and investigative applied to high school students of Public School partner. To survey the views of these students on the theme Water, they were asked to draw up an essay entitled "The importance of water", with the aim of organizing information for planning a teaching strategy that articulates the disciplines of training of undergraduates. In this paper we present a qualitative analysis of these essays, performed based on content analysis. The analysis allowed to identify existing concepts in students' cognitive structure and classify them into adequate and inadequate compared to scientifically accepted concepts. Several misconceptions were raised indicating the need to produce didactic sequences that in addition to working the concepts presented in the curriculum of disciplines take into consideration the possibility of more meaningful learning. This research produced the elucidation of existing concepts, indicating where deficiencies were larger. One major contribution was the realization that concepts that may be considered by teachers as simple and already acquired by the students often come so misguided in their explanations. From the results obtained, integrated activities have been planned and implemented, and more relevant to the needs of students aiming to recover and enrich the knowledge they possessed, encouraging the use of scientific concepts and their application to daily living situations.

Estratigrafia do Andar Alagoas na sub-bacia do Tucano Norte, Bahia

Pós-graduação em Geociências e Meio Ambiente - IGCE

Efeitos de regras com diferentes extensões sobre o comportamento humano

Para investigar se a extensão de uma regra interfere no seguir regras, dezesseis estudantes universitários foram expostos a um procedimento de escolha segundo o modelo. Em cada tentativa, um estímulo modelo e três de comparação eram apresentados ao participante, que deveria apontar para os estímulos de comparação em seqüência. As seqüências corretas eram reforçadas. Cada condição era constituída de três sessões de trinta tentativas. As Sessões 1, 2 e 3 eram iniciadas por: Instruções mínimas na Condição I; Regras R1, R2 e R1, respectivamente, na Condição II; R2, R1 e R2, respectivamente, na Condição III, e R3, R1 e R3, respectivamente, na Condição IV. R3 era mais extensa que R2 e R2 mais extensa que R1. Os resultados mostraram que R1 e R2 foram sempre seguidas. R3 foi seguida apenas na terceira sessão da Condição IV. Sugere-se que a extensão e a complexidade de uma regra pode interferir no seguir regras.

Estratigrafia do Andar Alagoas na sub-bacia do Tucano Norte, Bahia

Pós-graduação em Geociências e Meio Ambiente - IGCE

Identificação e caracterização de RNA mensageiros candidatos a alvo das proteínas PUMILHO de Arabidopsis através do sistema triplo-híbrido de levedura

Proteínas PUF regulam a estabilidade e a tradução através da ligação a seqüências específicas nas regiões 3\' não traduzidas (3\' UTR) dos mensageiros. A ligação é mediada por um domínio de ligação conservado constituído por 8 repetições de aproximadamente 36 aminoácidos cada. Experimentos realizados no sistema triplo-híbrido de levedura mostraram que os homólogos PUF de Arabidopsis APUM-1, APUM-2 e APUM-3 são capazes de ligar especificamente à seqüência chamada de Elemento de Resposta a NANOS (NRE) reconhecida pelo homólogo PUF de Drosophila. A utilização de bibliotecas de expressão de RNA em ensaios no sistema triplo-híbrido permitiu a identificação de seqüências de ligação consenso para as três proteínas APUM. Análises computacionais identificaram elementos de ligação a APUM em regiões 3\' UTR de importantes transcritos relacionados ao controle do meristema do caule e à manutenção das células totipotentes. Nós mostramos que os homólogos APUM-l, APUM-2 e APUM-3 reconhecem elementos de ligação a APUM nas regiões 3\' UTR dos transcritos WUSCHEL, CLAVATA-1, ZWILLE e FASCIATA-2. Ensaios de RT-PCR e Western blot semiquantitativos mostraram que a quantidade dos transcritos WUSHEL e CLAVATA-1 é alterada em plantas antisenso induzíveis para APUM-l, APUM-2 e APUM-3. A relevância biológica dessas interações foi observada através de ensaios de coimunoprecipitação, confirmando, portanto, o primeiro caso de regulação traducional descrito para os mensageiros WUSCHEL e CLAVATA-1. Análises computacionais adicionais para a identificação de outros homólogos PUF em Arabidopsis encontraram vinte e cinco proteínas possuindo repetições PUF. Entre elas, os homólogos APUM-4, APUM-S e APUM-6 apresentam alta similaridade com as proteínas APUM-l, APUM-2 e APUM-3, sendo capazes de ligar especificamente à seqüência NRE e aos elementos de ligação a APUM presentes nas regiões 3\' UTR dos transcritos WUSCHEL, CLAVATA-1, ZWILLE e FASCIATA-ts resultados indicam que vários homólogos PUF podem agir como reguladores traducionais em Arabidopsis através de um mecanismo molecular conservado entre as espécies, podendo abrir uma nova área de investigação da regulação de mRNA em plantas.

Uma técnica automática baseada em morfologia matemática para a medida de sinal de imagens de cDNA

O objetivo deste trabalho é apresentar uma técnica automática baseada em morfologia matemática para medida de sinal em imagens de cDNA desenvolvida no BIOINFO,em parceria com o Instituto Ludwig de Pesquisa contra o Câncer. A tecnologia de lâminas de cDNA é um processo baseado em hibridização que possibilita observar a concentração relativa de mRNA de amostras de tecidos analisando a luminosidade de sinais fluorescentes ou radioativos. Hibridização é o processo bioquímico onde duas fitas de ácido nucleico com seqüências complementares se combinam. A técnica apresentada permite o cálculo da expressão gênica com alto grau de automação, podendo o usuário corrigir com facilidade eventuais erros de segmentação. O usuário interage com o programa apenas para selecionar as imagens e inserir os dados de geometria da lâmina. A estratégia de solução usada tem três fases: gradeamento dos blocos, gradeamento dos spots e segmentação dos spots. Todas as fases utilizam filtros morfológicos e as fases de gradeamento possuem um passo final de correção baseado nos dados de geometria da lâmina o que aumenta a robustez do processo, que funciona bem mesmo em imagens ruidosas.

Uma investigação das sequências de fase Hebbianas descritas como grafos de assembleias neuronais

Hebb proposed that synapses between neurons that fire synchronously are strengthened, forming cell assemblies and phase sequences. The former, on a shorter scale, are ensembles of synchronized cells that function transiently as a closed processing system; the latter, on a larger scale, correspond to the sequential activation of cell assemblies able to represent percepts and behaviors. Nowadays, the recording of large neuronal populations allows for the detection of multiple cell assemblies. Within Hebb’s theory, the next logical step is the analysis of phase sequences. Here we detected phase sequences as consecutive assembly activation patterns, and then analyzed their graph attributes in relation to behavior. We investigated action potentials recorded from the adult rat hippocampus and neocortex before, during and after novel object exploration (experimental periods). Within assembly graphs, each assembly corresponded to a node, and each edge corresponded to the temporal sequence of consecutive node activations. The sum of all assembly activations was proportional to firing rates, but the activity of individual assemblies was not. Assembly repertoire was stable across experimental periods, suggesting that novel experience does not create new assemblies in the adult rat. Assembly graph attributes, on the other hand, varied significantly across behavioral states and experimental periods, and were separable enough to correctly classify experimental periods (Naïve Bayes classifier; maximum AUROCs ranging from 0.55 to 0.99) and behavioral states (waking, slow wave sleep, and rapid eye movement sleep; maximum AUROCs ranging from 0.64 to 0.98). Our findings agree with Hebb’s view that neuronal assemblies correspond to primitive building blocks of representation, nearly unchanged in 10 the adult, while phase sequences are labile across behavioral states and change after novel experience. The results are compatible with a role for phase sequences in behavior and cognition

Petrologia das fraturas associadas a feições típicas de dissolução hipogênica na Formação Salitre, Bacia de Irecê, Bahia, Brasil

The recognition of karst reservoirs in carbonate rocks has become increasingly common. However, most karst features are small to be recognized in seismic sections or larger than expected to be investigated with borehole data. One way forward has been the study of analogue outcrops and caves. The present study investigates lithofacies and karst processes, which lead to the generation of the largest system of caves in South America. The study area is located in the Neoproterozoic Una Group in central-eastern Brazil. This province comprises several systems of carbonate caves (Karmann and Sanchéz, 1979), which include the Toca da Boa Vista and Barriguda caves, considered the largest caves in South America (Auler and Smart, 2003). These caves were formed mainly in dolomites of the Salitre Formation, which was deposited in a shallow marine environment in an epicontinental sea (Medeiros and Pereira, 1994). The Salitre Formation in the cave area comprises laminated mud/wakestones, intraclastic grainstones, oncolitic grainstones, oolitic grainstones, microbial laminites, colunar stromatolites, trombolites and fine siliciclastic rocks (marls, shales, and siltites). A thin layer and chert nodules also occur at the top of the carbonate unit. Phosphate deposits are also found. Our preliminary data indicate that folds and associated joints control the main karstification event at the end of the Brasiliano orogeny (740-540 Ma). We recognized five lithofacies in the cave system: (1) Bottom layers of grainstone with cross bedding comprise the main unit affected by speleogenesis, (2) thin grainstone layers with thin siltite layers, (3) microbial laminites layers, (4) layers of columnar stromatolites, and a (5) top layer of siltite. Levels (1) to (3) are affected by intense fracturing, whereas levels (4) and (5) seal the caves and have little fracturing. Chert, calcite and gipsite veins cut across the carbonate units and play a major role in diagenesis. Our preliminary study indicate that hypogenic spelogenesis is the main process of karst development and contributed significantly to the generation of secondary porosity and permeability in the carbonate units.