Hardware paralelo reconfigurável para identificação de alinhamentos de sequências de DNA.

Amostras de DNA são encontradas em fragmentos, obtidos em vestígios de uma cena de crime, ou coletados de amostras de cabelo ou sangue, para testes genéticos ou de paternidade. Para identificar se esse fragmento pertence ou não a uma sequência de DNA, é necessário compará-los com uma sequência determinada, que pode estar armazenada em um banco de dados para, por exemplo, apontar um suspeito. Para tal, é preciso uma ferramenta eficiente para realizar o alinhamento da sequência de DNA encontrada com a armazenada no banco de dados. O alinhamento de sequências de DNA, em inglês DNA matching, é o campo da bioinformática que tenta entender a relação entre as sequências genéticas e suas relações funcionais e parentais. Essa tarefa é frequentemente realizada através de softwares que varrem clusters de base de dados, demandando alto poder computacional, o que encarece o custo de um projeto de alinhamento de sequências de DNA. Esta dissertação apresenta uma arquitetura de hardware paralela, para o algoritmo BLAST, que permite o alinhamento de um par de sequências de DNA. O algoritmo BLAST é um método heurístico e atualmente é o mais rápido. A estratégia do BLAST é dividir as sequências originais em subsequências menores de tamanho w. Após realizar as comparações nessas pequenas subsequências, as etapas do BLAST analisam apenas as subsequências que forem idênticas. Com isso, o algoritmo diminui o número de testes e combinações necessárias para realizar o alinhamento. Para cada sequência idêntica há três etapas, a serem realizadas pelo algoritmo: semeadura, extensão e avaliação. A solução proposta se inspira nas características do algoritmo para implementar um hardware totalmente paralelo e com pipeline entre as etapas básicas do BLAST. A arquitetura de hardware proposta foi implementada em FPGA e os resultados obtidos mostram a comparação entre área ocupada, número de ciclos e máxima frequência de operação permitida, em função dos parâmetros de alinhamento. O resultado é uma arquitetura de hardware em lógica reconfigurável, escalável, eficiente e de baixo custo, capaz de alinhar pares de sequências utilizando o algoritmo BLAST.

Comparison of Standard Length, Fork Length, and Total Length for Measuring West Coast Marine Fishes

Measurements of adult marine fishes on the U.S. west coast are usually made using one of three methods: standard length, fork length, or total length. Each method has advantages and disadvantages. In this paper we attempt to determine whether one method is faster and/or more reliable than the other methods. We found that all three methods were comparable. There was no appreciable difference in the time it took to measure fish using the different methods. Fork length had the most reproducible results; however, it had the highest level of bias between researchers. We therefore suggest that selection of measurement type be based on what other researchers have used for the species under study. The best improvement in measurement reliability probably occurs by adequate training of personnel and not type of measurement used.

Prevalência do polimorfismo -1031 T>C do gene TNFA em um grupo de diabéticos tipo I e sua relação com a periodontite severa

Diabetes mellitus e doenças periodontais são altamente prevalentes na população mundial. Doenças periodontais (DPs) compreendem um grupo de condições crônicas inflamatórias induzidas por microorganismos que levam à inflamação gengival, à destruição tecidual periodontal e à perda óssea alveolar. Diabetes mellitus (DM) é o termo utilizado para descrever um grupo de desordens metabólicas associadas à intolerância à glicose e ao metabolismo inadequado de carboidratos. Uma vez que DPs poderiam agir de forma similar a outros estados infecciosos sistêmicos, aumentando a severidade do diabetes, uma possível relação entre ambas tem sido considerada em todo o mundo. Polimorfismos genéticos de um único nucleotídeo (SNPs) têm sido estudados em diversas doenças. Nas periodontites, acredita-se que possam estar envolvidos na exacerbação da resposta inflamatória frente ao desafio bacteriano, modificando a susceptibilidade do hospedeiro. Neste estudo, a prevalência de periodontite foi avaliada em portadores de diabetes mellitus tipo I. Posteriormente, o SNP localizado na região promotora do gene TNFA (-1031T>C) foi analisado e sua importância para a doença periodontal destrutiva foi avaliada. O grupo teste foi constituído por diabéticos tipo I (DGT, n=113) enquanto o grupo controle por indivíduos não diabéticos (ND, n=73). Para as análises dos polimorfismos genéticos, um subgrupo foi retirado do grupo teste (DG, n=58) e comparado ao grupo ND. Os seguintes parâmetros clínicos e demográficos foram avaliados: percentual de sítios com profundidade de bolsa  6,0 mm (%PBS6,0 mm); índice gengival (IG); perda óssea radiográfica (POR); fumo; duração do diabetes ; idade; índice de massa corpórea (IMC), n de internações e n de dentes presentes. Amostras de sangue e/ou esfregaço bucal foram colhidas de 58 pacientes do grupo teste e de 73 controles. Após a extração do DNA genômico e amplificação da região genômica de interesse por PCR (Polymerase Chain Reaction), o polimorfismo TNFA 1031T>C foi analisado por BbsI RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism). A análise dos produtos de digestão foi feita por eletroforese em gel de poliacrilamida 8%. A análise estatística das freqüências alélica e genotípica juntamente com os dados clínicos e epidemiológicos entre os 2 grupos foi feita através do teste do Mann-Whitney e do Qui-quadrado. Os grupos de estudo obedecem ao princípio de Hardy-Weinberg. No grupo ND, as seguintes freqüências genotípicas foram encontradas: 78,1% (T/T); 20,5% (T/C) e 1,4% (C/C) enquanto no grupo D foram: 42,4%(T/T); 37,3% (T/C) e 20,3% (C/C). A frequência do alelo T no grupo diabético (D) foi de 0,610 ao passo que no grupo ND foi de 0,883. Não foi possível encontrar uma relação entre o polimorfismo -1031 T>C do gene TNFA e a presença de periodontite em diabéticos tipo I. Entretanto, o polimorfismo estudado se mostrou significativamente relacionado (p<0,0001 e OR= 4.85 95%IC 2,271-10,338) à presença do diabetes tipo I.

Da crítica à relação sociedadenatureza no ensino de Geografia à crítica da questão ambiental na mídia

O ensino de Geografia defrontase com inúmeros desafios no que compete à formação de cidadãos com efetiva atuação social. Neste estudo, apontase, como um destes desafios, o raciocínio espacial, tendo como ponto de partida a compreensão multiescalar e multifacetada da questão ambiental por meio do reconhecimento dos diversos discursos e significados que permeiam essa questão. A mídia constituise, nos últimos tempos, em expressiva instância para a produção de sentidos e de representações acerca do que vem a constituir esse debate, tendo o docente um papel indispensável na mediação da prática educativa e na problematização dos processos que se pretendem hegemônicos. Considerando essas questões, este estudo discute o movimento a ser estabelecido da crítica à relação sociedadenatureza no ensino de Geografia à crítica da questão ambiental apresentada pela mídia. Para tal, desenvolveuse uma metodologia de pesquisa que, envolvendo professores e alunos, buscou confrontar as concepções e práticas enunciadas como as responsáveis pelo debate ambiental em sala de aula com a questão ambiental difundida pela mídia, sendo observados como principais aspectos: a persistente dicotomia sociedade versus natureza como a principal responsável pela dificuldade de professores e alunos na análise da questão ambiental; o não reconhecimento, por parte dos professores, de que essa dicotomia ainda se faz latente no pensar e no fazer geográfico na escola; a carência de uma mediação pedagógica entre o material da mídia e o conhecimento geográfico incorrendo na não problematização de importantes elementos concernentes à questão ambiental; as informações ambientais da mídia têmse sobreposto ao conhecimento geográfico do ambiente a ser pautado na relação sociedadenatureza; o reprodutivismo dos discursos e representações mediáticos sobre a natureza, o ambiente e o espaço pelos alunos. Portanto, a partir dessas constatações, concluise que as percepções da questão ambiental, deslocadas da compreensão analítica e crítica da relação sociedadenatureza na contemporaneidade, podem conduzir a interpretações fragmentárias e simplificadoras do espaço. Como contrapontos a essa perspectiva, são apresentados aspectos das teorias da complexidade (Edgar Morin) e da totalidade (na concepção geográfica de Milton Santos) como importantes alternativas analíticas para o combate da visão dicotômica homem (sociedade) versus meio (natureza) e, por conseguinte, para o fortalecimento da compreensão do espaço enquanto uma totalidade dialética.

Utilização de descarte de resíduos têxtil (poliamida/poliester), como agregado, em concreto

Neste trabalho são apresentadas algumas características físicas, vantagens e viabilidade do uso do pó de tecido, proveniente do processamento de resíduos têxteis que são descartados em confecções em geral. A produção e utilização desse tipo de pó diminui o impacto ambiental e se mostra viável economicamente, pois é produzido facilmente a partir do processamento de resíduos, que seriam descartados na natureza. O presente trabalho mostra o estudo da produção do pó de tecido e a sua substituição parcial do agregado miúdo natural na produção de concretos de cimento Portland convencionais. Para comprovar a viabilidade técnica e econômica do uso do pó de tecido foram analisadas características do agregado como sua composição granulométrica, e seu comportamento nos ensaios de abatimento tronco de cone (Slump Test). Uma relação água-cimento também foi convencionada a um concreto usual com resistência esperada de 27MPa. Com estes dados foi definido um traço para o concreto utilizando 5% e 15% de agregado pó de tecido, substituindo a areia. A pesquisa apresenta os resultados de resistência à compressão simples dos corpos de prova cilíndricos de concreto aos 28 dias. Verificou-se que as amostras não apresentaram diferenças significativas de resistência entre si, tão pouco com relação às resistências de um concreto convencional produzido somente com agregado miúdo natural. Entretanto, houve uma melhora nos resultados dos ensaios à compressão, principalmente no concreto com 15% de pó de tecido.

Aproximação fisionômica pericial através de função de base radial hermitiana

A aproximação fisionômica é o método que busca, a partir do crânio, simular a fotografia de um indivíduo quando em vida. Deve ser empregada como último recurso, na busca de desaparecidos, quando não houver possibilidade de aplicação de um método válido de identificação. O objetivo deste estudo foi obter a aproximação fisionômica, a partir de um crânio seco e de tomografia computadorizada multislice de indivíduos vivos, através da função de base radial hermitiana (FBRH). Constituiu-se também em avaliar o resultado da mesma quanto ao reconhecimento. Na primeira etapa do estudo, foi utilizada a imagem escaneada de um crânio seco, de origem desconhecida, com o intuito de avaliar se a quantidade de pontos obtidos seria suficiente para aplicação da FBRH e consequente reconstrução da superfície facial. Na segunda fase, foram utilizadas três tomografias de indivíduos vivos, para análise da semelhança alcançada entre a face escaneada e as aproximações faciais. Nesta etapa, foi aplicada uma associação de diferentes metodologias já publicadas, para reconstrução de uma mesma região da face, a partir de um mesmo crânio. Na última etapa, foram simuladas situações de reconhecimento com familiares e amigos dos indivíduos doadores das tomografias. Observou-se que a metodologia de FBRH pode ser empregada em aproximação fisionômica. Houve reconhecimento positivo nos três sujeitos estudados, sendo que, em dois deles, os resultados foram ainda mais significativos. Desta forma, conclui-se que a metodologia é rápida, objetiva e proporciona o reconhecimento. Esta permite a criação de múltiplas versões de aproximações fisionômicas a partir do mesmo crânio, o que amplia as possibilidades de reconhecimento. Observou-se ainda que a técnica não exige habilidade artística do profissional.

Estudio regional sobre las dimensiones sociales en el manejo de areas marinas protegidas: casos en Costa Rica, Nicaragua, Honduras y Panama

Explora la percepción de las personas residentes en las comunidades costeras vinculadas a los espacios marinos protegidos en Honduras, Nicaragua, Costa Rica y Panamá. Profundiza, a partir de estudios de caso y el análisis comparativo, los temas de gobernanza, derechos humanos y distribución justa y equitativa de beneficios derivados de la conservación. Los resultados destacan que los esfuerzos de conservación marina no han logrado establecer puentes que permitan satisfacer las necesidades sociales. Las comunidades han sido excluidas de los procesos de toma de decisiones, y los costos de la conservación han recaído en las pueblos costeros. Se plantean recomendaciones orientadas hacia el desarrollo de procesos de conservación marina y desarrollo local en aras de tender puentes en la búsqueda de formas y modelos de conservación marina que sean respetuosos de los derechos humanos y promuevan “el buen vivir” de las comunidades en territorios marino-costeros.