Solving ambiguities in contig assembly of Idiomarina loihiensis L2TR chromosome by in silico analyses.

Nucleotide composition analyses of bacterial genomes such as cumulative GC skew highlight the atypical, strongly asymmetric architecture of the recently published chromosome of Idiomarina loihiensis L2TR, suggesting that an inversion of a 600-kb chromosomal segment occurred. The presence of 3.4-kb inverted repeated sequences at the borders of the putative rearrangement supports this hypothesis. Reverting in silico this segment restores (1) a symmetric chromosome architecture; (2) the co-orientation of transcription of all rRNA operons with DNA replication; and (3) a better conservation of gene order between this chromosome and other gamma-proteobacterial ones. Finally, long-range PCRs encompassing the ends of the 600-kb segment reveal the existence of the reverted configuration but not of the published one. This demonstrates how cumulative nucleotide-skew analyses can validate genome assemblies.

Extraits divers.

Contient : Extraits de chartes et de manuscrits, parmi lesquels on remarque les suivants : ; Chartes de Saint-Crépin de Soissons (VIIIe-IXe siècle) ; Charte de Philippe-Auguste pour l'abbaye de Sarlat, 1181 (Delisle, Actes de Philippe-Auguste, n° 19) ; Lettres de Philippe-Auguste aux nobles de Poitou, pour les mander à l'expédition d'Angleterre, d'après un ms. de l'abbaye du Jard ; Lettres relatives aux affaires d'Avignon (1470-1472) ; Notice de la fondation da l'église de Nogaro, en 1061-1062 (Bréquigny, Table chronologique, t. II, p. 83) ; Acte d'émancipation de Raoul, fils de Raoul de Cournand (1245), d'après un vidimus de 1259 ; Visio Wettini, d'après un ms. de Cl. Dupuy collationné avec un ms. de Besly ; Notes concernant sainte Wilgeforte ; Lettre de M. Boileau, doyen de Sens [à Baluze] (21 juin 1684) ; Extraits de mss. liturgiques du chapitre de Sens ; Lettre de Raban Maur au chorévêque Regimbaldus ; collation d'un ms. d'Ant. Faure ; Extraits des « Constitutiones episcopatus Sutrini », ms. appartenant au cardinal Casanata ; Extrait d'un ms. d'Orléans (aujourd'hui Bibl. nat., nouv. acq. lat. 1632 ; cf. (Delisle, Cat. des fonds Libri et Barrois, p. 111) ; Extraits d'un sacramentaire de l'église de Lyon, faits par Baluze en novembre 1673 ; Extraits d'un pontifical de l'église de Reims ; Extraits d'un pontifical de l'église de Reims, de la main d'Adrien de Valois ; Autres extraits d'un pontifical de Sens ; Formules de serments « ex veteri codice Remensi Nicolai Fabri. » ; Extraits d'un pontifical de l'église de Reims ; Extraits d'un ms. de Saint-Gall (sans doute ms. 446), collationnés par Baluze en 1674 ; Ordo romanus, extraits faits d'après deux mss. de Saint-Gall ; Ordo romanus, extraits faits d'après un ms. de Cahors ; « Benedictiones, » tirées d'un ms. de Saint-Hilaire-en-Carcassès ; Extraits du De confessione verae fidei [Liber precum], de Marcellinus et Faustinus, faits par Baluze en décembre 1673, d'après un ms. de Saint-Gall (ms. 190) ; « Ex homiliis incerti auctoris qui aevo Karoli M. floruit, » d'après un ms. de Saint-Gall ; Homélies tirées d'un ms. de l'église de Lyon ; Poenitentia laicorum, de Fulbert de Chartres (Migne, Patr. lat., t. CXLI, col. 339) ; Extraits d'un pénitentiel, d'après un ms. de Saint-Arnoul de Metz ; Extraits d'un ms. de l'Oratoire de Troyes, contenant un recueil de canons ; Extraits des Decrétales du Pseudo-Isidore, d'après un ms. de Saint-Gall (ms. 670) ; Copie de deux martyrologes, envoyée par Baluze à d'Achery (cf. note au f. 185) ; le second (f. 210), tiré d'un ms. de Saint-Gall (sans doute le ms. 914), de la main de Baluze, en juin 1674 ; Extraits du De miseria humanae conditionis, d'Innocent III ; Dédicace, par Calixte II, de l'église du Ronceray d'Angers (Hist. de France, t. XIV, p. 199) ; Lettre de Charlemagne relative aux travaux de Paul Diacre (Migne, Patr. lat., t. XCV, col. 1159) ; Bulles et actes pontificaux divers : ; Bulles d'Eugène III (24 avril 1146) et d'Anastase IV (25 avril 1154) pour les églises de la province de Bordeaux (Jaffé, Regesta, nos 8910 et 9876) ; Bulle de Benoit XI portant révocation des collations de bénéfices faites par Boniface VIII (6 novembre 1303) ; Bulle d'Innocent VI pour la prédication d'une croisade contre les Grandes Compagnies (1361), d'après un ms. de Saint-Victor ; Bulle de Clément VII pour le monastère de Coiroux (6 juillet 1393) ; Lettres de Julien [de la Rovere], cardinalévêque d'Ostie, pour Antoine Galvan, seigneur de « Chausenejoulx » (15 février 1486) ; Bulle de Pie V pour Hugues de Vermondot, abbé de La Valette (23 avril 1571) ; Signature en cour de Rome pour Jean du Peyron, sacristain du monastère d'Obazine (17 février 1587) ; Bulle de Clément VIII pour Pierre Pandinhe, abbé de Bonneval (4 janvier 1596) ; Bulle du même pour Léger, abbé de Dalon (12 juin 1600) ; Bulles du même pour Jean de Montroux, abbé de Bonaigue (1601) ; Bulle d'Alexandre III pour l'église de Toulouse, 8 juillet 1162 [Jaffé, n° 10739) ; Bref de N. S. P. le pape Alexandre VII, envoyé à M. l'abbé comte de Richelieu, au sujet de son voyage d'Allemagne (23 mars 1664) ; imprimé de 4 pages in-fol ; Lettres de Philippe le Bel portant convocation d'Etats à Tours (25 mars 1307) ; Lettre de Dom Claude Estiennot à Baluze (Rome, 1er mai 1696) ; Lettre de l'empereur Léopold Ier à Charles II, roi d'Espagne (Vienne, 20 janvier 1696) ; Lettres de l'inquisiteur général de Portugal, portant condamnation des Acta sanctorum des Bollandistes (24 janvier 1696) ; Lettres des inquisiteurs d'Aragon portant même condamnation (19 novembre 1695) ; Extraits de la vie de saint Géraud d'Aurillac ; Instructions données à ceux qui visitent des églises ; Extraits d'un évengéliaire donné par la comtesse. Mathilde à l'abbaye de Padolirone ; Extrait du récit de la translation des reliques de saint Thomas d'Aquin à Toulouse, en 1368, par Raimond Hugues (Bibl. hag. lat. n° 8161), d'après un ms. des Dominicains de Toulouse ; Extraits d'un recueil de formules appartenant à Fr. Pithou (cf. Zeumer, Formulae, p. 597) ; Note sur la fuite d'Ant. Muret à Toulouse, en 1554 ; Sommaire des thèses d'Et. Baluze pour le grade de bachelier en droit canon (3 septembre 1665) ; « Harangue de M. Talon, avocat général, au lit de justice du Roy, tenu au Parlement de Paris, le mecredi XVe janvier 1648. » ; Notes sur l'histoire d'Espagne, envoyées à Baluze ; Lettres (1380-1383), relatives à Simon de Cramaud, plus tard évêque de Carcassonne ; Mémoire sur les affaires d'Italie (26 mars 1669), en italien ; Eloge de Louis XIV : paraphrase, en vers latins, du Psaume CXLIII ; Eloge de Colbert, par M. Boyer ; original ; Lettres de Pierre de Saint-Martial, archevêque de Toulouse, pour l'Hôpital Saint-Jacques de ladite ville (1391) ; Extraits d'un bréviaire ms. de Limoges ; Extraits des registres du Parlement de Toulouse ; Notes pour l'établissement du texte des lettres de Pierre de Blois ; Note sur les affaires de Roussillon ; Instructions données par Henri d'Orléans, [marquis de Rothelin], à ses fils ; « Sirventes de Arnaud Maziere, 1283 », et pièces relatives à Frothaire, archevêque de Bourges ; Notes extraites des archives de Carcassonne, envoyées à Baluze par Guillaume Besse ; Anagramme sur le nom de famille [Ruspiliosus] du pape Clément IX ; placard gravé de 1668

Extraits de manuscrits de COLBERT.

Contient : Colb. 1548 [lat. 3858 B] : collection de canons ; Colb. 1562 [lat. 4172] : formulaire de lettres pontificales, XIVe-XVe siècle ; Colb. 1701 [lat. 4863] : catalogue en vers des archevêques de Rouen ; Colb. 1713 [lat. 937] : formulaire de la chancellerie des papes d'Avignon ; Colb. 1995 [lat. 4667] : catalogue des rois goths ; Colb. 2052 [lat. 2259] : bulles et diplômes du XIIIe siècle ; Colb. 2089 [lat. 4241] : traité de Jean Schadlant sur les cardinaux ; Colb. 2104 [lat. 5990] : bulles en faveur des rois de France ; Colb. 2262. [lat. 5244] : martyrologe de l'église du Puy ; Colb. 2275 [lat. 9996] : registre de la sénéchaussée de Carcassonne ; Colb. 2446 [lat. 8567] : Etienne de Saint-Georges ; Colb. 2479 [lat. 1772] : « planctus in obitum Constantii Luxoviensis » ; Colb. 2509 [lat. 5294] : miracles de saint Mansuy ; Colb. 2546 [lat. 5373 A] : procès de canonisation de Philippe, archevêque de Bourges ; Colb. 2576 [lat. 1458] : « Gesta Romanorum pontificum » ; Colb. 2578 [lat. 4955] : catalogues épiscopaux ; Colb. 2607 [lat. 673] : extrait de Guibert de Nogent ; Colb. 2835 [lat. 4991 A] : Aimeri de Peyrat ; Colb. 2958 [lat. 5302] : lettre de Jésus-Christ tombée du ciel ; Colb. 3126 [lat. 5954] : traités entre les rois de France et d'Angleterre ; Colb. 3280 [lat. 1745] : « Herberti, De hereticis » ; Colb. 3352 [lat. 8121 A] : satire de Garnier de Rouen ; Colb. 3969 [lat. 6042] : catalogues épiscopaux de la province de Reims ; Colb. 4001 [lat. 7185] : « Arithmomachia » ; Colb. 4047 [lat. 3881] : recueil de canons ; Colb. 4064 [lat. 1682] : recueil de décrétales ; Colb. 4085 [lat. 2731 A] : lettre d'Alcuin ; Colb. 4305 et 4309 [lat. 4280 AA et 2240] : traité contre les hérétiques ; Colb. 4374 [lat. 4889] : chronique d'Ekkehard ; Colb. 4467 [lat. 4350] : lettres de Boniface VIII ; Colb. 4799 [lat. 3555] : recueil d'Exempla ; Colb. 4822 [lat. 8654] : formulaire de Boncompagni ; Colb. 4967 [fr. 5909] : pièces relatives au règne de Charles III ; Colb. 5016 [lat. 2498] : vie de sainte Hélène ; Colb. 5080 [lat. 11015] : chartes de Narbonne ; Colb. 5222 [lat. 2858] : pièces concernant la marche d'Espagne ; Notes écrites par François Bohier, évêque de Saint-Malo [1535-1569] sur les feuillets blancs d'un pontifical ; Chartes de Philippe-Auguste pour Baudouin, comte de Flandre, 1195 et 1200 [Delisle, nos 447 et 579], d'après les originaux ; Bulle de Jean XXII, 7 juillet 1316, relative à la division du diocèse de Toulouse ; Fragment de synode sénonais de la fin du Xe siècle, d'après l'original ; Lettre d'Alcuin, feuillet mutilé d'un ms. du IXe siècle, avec transcription (cf. Bibl. de l'Ecole des chartes, t. XLII, p. 8-10)

Ma république. Tome 12 / . Auteur, Platon. Éditeur, J. de Sales... Ouvrage destiné à être publié en 1800

[La république (français). 1791]

Ma république. Tome 9 / . Auteur, Platon. Éditeur, J. de Sales... Ouvrage destiné à être publié en 1800

[La république (français). 1791]

Ma république. Tome 1 / . Auteur, Platon. Éditeur, J. de Sales... Ouvrage destiné à être publié en 1800

[La république (français). 1791]

Clinical review: Update on neurally adjusted ventilatory assist - report of a round-table conference.

ABSTRACT: Conventional mechanical ventilators rely on pneumatic pressure and flow sensors and controllers to detect breaths. New modes of mechanical ventilation have been developed to better match the assistance delivered by the ventilator to the patient's needs. Among these modes, neurally adjusted ventilatory assist (NAVA) delivers a pressure that is directly proportional to the integral of the electrical activity of the diaphragm recorded continuously through an esophageal probe. In clinical settings, NAVA has been chiefly compared with pressure-support ventilation, one of the most popular modes used during the weaning phase, which delivers a constant pressure from breath to breath. Comparisons with proportional-assist ventilation, which has numerous similarities, are lacking. Because of the constant level of assistance, pressure-support ventilation reduces the natural variability of the breathing pattern and can be associated with asynchrony and/or overinflation. The ability of NAVA to circumvent these limitations has been addressed in clinical studies and is discussed in this report. Although the underlying concept is fascinating, several important questions regarding the clinical applications of NAVA remain unanswered. Among these questions, determining the optimal NAVA settings according to the patient's ventilatory needs and/or acceptable level of work of breathing is a key issue. In this report, based on an investigator-initiated round table, we review the most recent literature on this topic and discuss the theoretical advantages and disadvantages of NAVA compared with other modes, as well as the risks and limitations of NAVA.

Photometric and Spectroscopic Observations of the Cluster of Galaxies Abell 2390

Spectroscopic and photometric observations in a 6 arcmin x 6 arcmin field centered on the rich cluster of galaxies Abell 2390 are presented. The photometry concerns 700 objects and the spectroscopy 72 objects. The redshift survey shows that the mean redshift of the cluster is 0.232. An original method for automatic determination of the spectral type of galaxies is presented.

Two component Emden sphere

The theory of a self-gravitating gas sphere is given. The gravitational field is generated by two components, each of which is an independent isothermal gas. Various quantities of interest, such as density profiles, core radii of both components, masses, free-free luminosity, surface brightness, central surface density, and overestimate of central mass density, are given for different values of both parameters which arise naturally (ratio of central densities, ratio of rms velocities). Fundamental changes appear when comparison is made with a theory in which the second component is a 'test component'. Procedures are given for the complete analysis of real astrophysical configurations such as clusters of galaxies or globular clusters.

Somatosensory motor bodily representation cortical thinning in Tourette : effects of tic severity, age and gender

Introduction: Tourette syndrome (TS) implicates the disinhibition of the cortico-striatal-thalamic-cortical circuitry (CSTC). Previous studies used a volumetric approach to investigate this circuitry with inconsistent findings. Cortical thickness may represent a more reliable measure than volume due to the low variability in the cytoarchitectural structure of the grey matter. Methods: 66 magnetic resonance imaging scans were acquired from 34 TS (age range 10-25, mean 17.19±4.1) and 32 normal controls (NC) (age range 10-20, mean 16.33±3.56). Brain morphology was assessed using the fully automated Civet pipeline at the Montreal Neurological Institute. Results: We report (1) significant cortical thinning in the fronto-parietal and somatosensory-motor cortices in TS relative to NC (p<0.05); (2) TS boys showed thinner cortex relative to TS girls in the fronto-parietal cortical regions (p<0.05); (3) significant decrease in the fronto-parietal mean cortical thickness in TS with age relative to NC and in the pre-central cortex in TS boys relative to TS girls; (4) significant negative correlations between tic severity and the somatosensory-motor cortical thickness. Conclusions: TS revealed important thinning in brain regions particularly involved in the somatosensory/motor bodily representations which may play an important role in tics. Our findings are in agreement with Leckman et al. (1991) hypothesis stating that facial tics would be associated with dysfunction in an orofacial subset of the motor circuit, eye blinking with the occulo-motor circuit, whereas lack of inhibition to a dysfunction in the prefrontal cortex. Gender and age differences may reflect differential etiological factors, which have significant clinical relevance in TS and should be considered in developing and using diagnostic and therapeutic interventions.

A vaccine against nicotine for smoking cessation: a randomized controlled trial.

BACKGROUND: Tobacco dependence is the leading cause of preventable death and disabilities worldwide and nicotine is the main substance responsible for the addiction to tobacco. A vaccine against nicotine was tested in a 6-month randomized, double blind phase II smoking cessation study in 341 smokers with a subsequent 6-month follow-up period. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: 229 subjects were randomized to receive five intramuscular injections of the nicotine vaccine and 112 to receive placebo at monthly intervals. All subjects received individual behavioral smoking cessation counseling. The vaccine was safe, generally well tolerated and highly immunogenic, inducing a 100% antibody responder rate after the first injection. Point prevalence of abstinence at month 2 showed a statistically significant difference between subjects treated with Nicotine-Qbeta (47.2%) and placebo (35.1%) (P = 0.036), but continuous abstinence between months 2 and 6 was not significantly different. However, in subgroup analysis of the per-protocol population, the third of subjects with highest antibody levels showed higher continuous abstinence from month 2 until month 6 (56.6%) than placebo treated participants (31.3%) (OR 2.9; P = 0.004) while medium and low antibody levels did not increase abstinence rates. After 12 month, the difference in continuous abstinence rate between subjects on placebo and those with high antibody response was maintained (difference 20.2%, P = 0.012). CONCLUSIONS: Whereas Nicotine-Qbeta did not significantly increase continuous abstinence rates in the intention-to-treat population, subgroup analyses of the per-protocol population suggest that such a vaccination against nicotine can significantly increase continuous abstinence rates in smokers when sufficiently high antibody levels are achieved. Immunotherapy might open a new avenue to the treatment of nicotine addiction. TRIAL REGISTRATION: Swiss Medical Registry 2003DR2327; ClinicalTrials.gov NCT00369616.

An index of 5-HT synthesis changes during early antidepressant treatment: α-[11C]methyl-l-tryptophan PET study

The antidepressant selective serotonin transporter inhibitors (SSRIs) are clinically active after a delay of several weeks. Indeed, the rapid increase of serotonin (5-HT) caused by SSRIs, stimulates the 5-HT1A autoreceptors, which exert a negative feedback on the 5-HT neurotransmission. Only when autoreceptors are desensitized, can SSRIs exert their therapeutic activity. The 5-HT1A receptor antagonist pindolol has been used to accelerate the clinical effects of antidepressant by preventing the negative feedback. Using the a-[11C]methyl-L-tryptophan/positron emission tomography (PET), the goal of the present double-blind, randomized study was to compare the changes in a-[11C]methyl-L-tryptophan trapping, an index of serotonin synthesis, in patients suffering from unipolar depression treated with the SSRI citalopram (20 mg/day) plus placebo versus patients treated with citalopram plus pindol (7.5 mg/day). PET and Hamilton depression rating scale (HDRS-17) were performed at baseline, and after 10 and 24 days of antidepressant treatment. Results show that the combination citalopram plus pindol, compared to citalopram alone shows a more rapid and greater increase of an index of 5-HT synthesis in prefrontal cortex (BA 9). This research is the first human PET study demonstrating that, after 24 days, the combination SSRIs plus pindolol produces a greater increase of the metabolism of serotonin in the prefrontal cortex, an area associated to depressive symptoms.

Antibody-dependent cell-mediated cytolysis of human colon carcinoma cells induced by specific antisera against carcinoembryonic antigen.

Antibody-dependent lymphocyte cytotoxicity against human colon carcinoma cells grown in vitro was demonstrated with rabbit anti-carcinoembryonic antigen (CEA) antisera and normal human lymphocytes. The same antisera produced no tumor cell lysis in a complement-dependent cytotoxicity test. The specificity of the reaction was demonstrated by the inhibition of antibody-dependent lymphocyte cytotoxicity after the addition of increasing amounts of purified CEA to the antiserum and by the fact that only tumor cell lines expressing CEA on their surface were lysed. Antibody-dependent lymphocyte cytotoxicity was also observed against two colon carcinoma cell lines that expressed Blood Group A antigen, using a human serum containing anti-Blood Group A antibodies of the immunoglobulin G class. This reaction was specifically inhibited by absorption with Blood Group A red cells, whereas the anti-CEA-dependent cytotoxicity was not inhibited by absorption with red cells of different blood groups.