La conception de schémas relationnels en analyse criminelle: au-delà de la maîtrise des outils

Des techniques de visualisation sont exploitées dans les enquêtes judiciaires afin de faciliter le traitement d'affaires d'envergure. Les éléments pertinents de l'enquête sont représentés par des schémas décrivant les relations entre les évènements et les entités d'intérêt. Les exploitations classiques de ces techniques qui s'apparentent à la construction de graphes sont par exemple : la représentation de réseaux criminels, de trafics de marchandises, de chronologies d'évènements, ainsi que la visualisation de relations téléphoniques et financières. Dans ce contexte, la visualisation soutient un nombre important d'objectifs, tels qu'analyser les traces et les informations collectées, évaluer à posteriori une investigation, aider à qualifier les infractions, faciliter l'appréhension d'un dossier et la prise de décisions au cours d'une enquête, voire soutenir une argumentation lors du procès. La pratique intègre des outils logiciels simples qui produisent des graphiques élégants et souvent percutants. Cette recherche tend à montrer qu'il existe des disparités étonnantes lors de l'exploitation de ces techniques. Des biais de raisonnement et de perception peuvent être induits, allant jusqu'à provoquer des décisions aux conséquences parfois désastreuses. Pour mettre en évidence ces difficultés, des évaluations ont été effectuées avec des praticiens et des étudiants. Elles ont permis d'établir une image empirique de l'étendue des variations de conception et d'interprétation des représentations, ainsi que de leurs impacts sur la prise de décision. La nature et la diversité des concepts à représenter, l'absence de consensus sur la manière de représenter les données, la diversité des solutions visuelles envisageables, les contraintes imposées par les outils exploités et l'absence d'une formalisation claire du langage, sont autant de causes supposées des difficultés. Ce constat révèle la nécessiter de consolider les méthodes pratiquées.

Les fortifications du territoire d'Érétrie : étude sur la défense de la Chôra aux époques classique et hellénistique

La présente thèse se propose d'étudier les fortifications connues dans le territoire d'Erétrie (île d'Eubée, Grèce), essentiellement aux époques classique et hellénistique (Ve-IIe siècles av. J.-C.). La plupart de ces constructions (forteresses de grand appareil, habitats fortifiés, enceintes de pierres sèches et tours) sont connues depuis le 19e siècle, mais ce travail constitue la première étude archéologique et historique d'ensemble qui leur est consacrée exclusivement. Bien que décrites depuis longtemps, les fortifications des campagnes grecques ont surtout été étudiées d'un point de vue architectural et historique. Cette approche a privilégié une interprétation militaire et stratégique, reliant les fortifications au sein de réseaux défensifs conçus à grande échelle et destinés à bloquer les accès et les frontières du territoire. Notre perspective est différente, puisqu'elle s'efforce de replacer chaque fortification dans la géographie antique en étudiant son interaction avec les plaines et les reliefs, les frontières, l'habitat, les voies de communication, les terres cultivables et la répartition de la population. Pour ce faire, nous avons établi une carte archéologique de l'Erétriade, conduit des prospections extensives autour des fortifications, ainsi que dans de nombreuses régions du territoire. Cette méthode permet d'aborder l'étude des fortifications rurales en adoptant des angles d'analyse différents : le premier, macro-géographique, met ainsi en valeur des caractéristiques générales, telles que la relation entre les fortifications et la capitale d'une part, les fortifications et les terres cultivables de l'autre ; au plan régional, ou micro-géographique, elle analyse la répartition des fortifications au sein de chaque district de l'Erétriade, voire des vallées ou des cantons, mettant en évidence le rôle local des ouvrages fortifiés. Au terme de cette recherche, il est apparu qu'une approche purement stratégique ou militaire ne permettait pas d'expliquer la répartition géographique des fortifications, puisque ces dernières se trouvent pour la plupart à l'intérieur du territoire et non à ses frontières. Elles ne sont pas non plus disposées de manière à pouvoir exercer une surveillance étroite sur les routes pénétrant dans la chôra ; aussi leur fonctionnement au sein d'un «réseau défensif frontalier ne peut pas être démontré. Dans l'Erétriade, la colonne vertébrale de la sécurité publique est formée par les habitats fortifiés, dèmes et kômai, complétée par l'existence de deux forteresses militaires ayant accueilli des garnisons. Placés toujours à bonne distance de la ville, puis à intervalles plus ou moins réguliers au sein du territoire, les habitats fortifiés jouent sur le plan régional le rôle de la ville : en cas d'invasion ou de danger, la population du dème ou des dèmes environnants pouvait y trouver refuge, mettant ainsi à l'abri récoltes, biens et animaux. L'apparition des fortifications territoriales correspond à l'extension maximale de l'occupation humaine, agricole et économique du territoire. Les communautés rurales qui en avaient la possibilité se dotèrent alors de fortifications, souvent sommaires, pour faire face à des menaces variées, mais surtout pour assurer leur propre sécurité et protéger un équilibre autarcique fragile. Il ne faut donc pas nécessairement attribuer la construction de fortifications à un événement historique précis, interprétation abusive courante dans l'étude des fortifications, en Grèce comme ailleurs. La fortification des habitats ruraux s'est réalisée de manière progressive, en réponse aux sentiments d'insécurité d'une population rurale toujours plus nombreuse. Faute de références littéraires et d'inscriptions, en particulier de décrets honorifiques, les forteresses et les habitats fortifiés de l'Erétriade constituent les derniers témoins de l'insécurité publique et des violences auxquelles fut confronté le territoire d'Erétrie aux époques classique et hellénistique.

Développement des compétences et des cerlces sociaux à l'adolescence : conséquances des interactions médiatisées par ordinateur

Ce travail porte sur le développement des compétences sociales et des cercles sociaux à l'adolescence. Il s'intéresse plus particulièrement à l'effet au cours du temps que peuvent avoir les nouveaux moyens de communication électronique (MCE) sur ces deux aspects de la socialisation. Trois parties principales se dégagent de ce travail. La première partie présente le développement d'un outil multidimensionnel destiné à l'évaluation des compétences sociales et permettant de les distinguer en fonction du contexte d'interaction (online vs. offline). La seconde partie porte sur la comparaison des compétences sociales et de la taille du cercle social de 329 adolescents de 7e et de 8e année primaire, en fonction de leur utilisation, ou non, des MCE. Elle met en évidence que ces deux aspects diffèrent de manière statistiquement significative entre les deux groupes, en faveur des utilisateurs de MCE. La troisième partie se centre sur l'utilisation de différents MCE et sur les effets différentiels qu'ils peuvent avoir au cours du temps sur ces deux aspects de la socialisation. Les analyses des données longitudinales mettent en évidence que l'utilisation de sites de réseaux sociaux (SRS) est particulièrement susceptible d'améliorer les compétences sociales et d'augmenter la taille du cercle social. Un modèle dans lequel les compétences sociales jouent un rôle de médiateur entre l'utilisation de SRS et la taille du cercle social est finalement postulé. - This work's topic concerns the development of social skills and social network size during adolescence. It examines more particularly the effects that new online communication media (OCM) may have on these two aspects of adolescent socialization. It is subdivided in three distinct parts. The first part presents the development of a multidimensional tool designed to assess social skills in two different contexts of interaction (online vs. offline). The second part compares the social skills and social network size of 329 adolescents depending on their use, or not, of OCM. It highlights significant differences on these two aspects between users and non-users, in favor of OCM users. The third part focuses on the differential effects that six OCM may have over time on these two aspects of socialization. Longitudinal data analyses highlight that the use of social network sites (SNS) is particularly likely to improve social skills and to increase social network size. A model in which social skills mediate the relationship between SNS use and social network size is finally postulated.

Réseau social et inégalités de réinsertion

Le réseau social d'un individu joue un rôle important dans sa réinsertion. En Suisse, entre 30 et 40% des postes sont obtenus grâce à l'entourage (famille, amis, anciens collègues de travail, etc.). Nouvellement constituée, une base de données permet d'analyser les caractéristiques et le fonctionnement des réseaux sociaux.

System-level Support for Mobile Ad hoc Communications: an Algorithmic & Practical Approach

A mobile ad hoc network (MANET) is a decentralized and infrastructure-less network. This thesis aims to provide support at the system-level for developers of applications or protocols in such networks. To do this, we propose contributions in both the algorithmic realm and in the practical realm. In the algorithmic realm, we contribute to the field by proposing different context-aware broadcast and multicast algorithms in MANETs, namely six-shot broadcast, six-shot multicast, PLAN-B and ageneric algorithmic approach to optimize the power consumption of existing algorithms. For each algorithm we propose, we compare it to existing algorithms that are either probabilistic or context-aware, and then we evaluate their performance based on simulations. We demonstrate that in some cases, context-aware information, such as location or signal-strength, can improve the effciency. In the practical realm, we propose a testbed framework, namely ManetLab, to implement and to deploy MANET-specific protocols, and to evaluate their performance. This testbed framework aims to increase the accuracy of performance evaluation compared to simulations, while keeping the ease of use offered by the simulators to reproduce a performance evaluation. By evaluating the performance of different probabilistic algorithms with ManetLab, we observe that both simulations and testbeds should be used in a complementary way. In addition to the above original contributions, we also provide two surveys about system-level support for ad hoc communications in order to establish a state of the art. The first is about existing broadcast algorithms and the second is about existing middleware solutions and the way they deal with privacy and especially with location privacy. - Un réseau mobile ad hoc (MANET) est un réseau avec une architecture décentralisée et sans infrastructure. Cette thèse vise à fournir un support adéquat, au niveau système, aux développeurs d'applications ou de protocoles dans de tels réseaux. Dans ce but, nous proposons des contributions à la fois dans le domaine de l'algorithmique et dans celui de la pratique. Nous contribuons au domaine algorithmique en proposant différents algorithmes de diffusion dans les MANETs, algorithmes qui sont sensibles au contexte, à savoir six-shot broadcast,six-shot multicast, PLAN-B ainsi qu'une approche générique permettant d'optimiser la consommation d'énergie de ces algorithmes. Pour chaque algorithme que nous proposons, nous le comparons à des algorithmes existants qui sont soit probabilistes, soit sensibles au contexte, puis nous évaluons leurs performances sur la base de simulations. Nous montrons que, dans certains cas, des informations liées au contexte, telles que la localisation ou l'intensité du signal, peuvent améliorer l'efficience de ces algorithmes. Sur le plan pratique, nous proposons une plateforme logicielle pour la création de bancs d'essai, intitulé ManetLab, permettant d'implémenter, et de déployer des protocoles spécifiques aux MANETs, de sorte à évaluer leur performance. Cet outil logiciel vise à accroître la précision desévaluations de performance comparativement à celles fournies par des simulations, tout en conservant la facilité d'utilisation offerte par les simulateurs pour reproduire uneévaluation de performance. En évaluant les performances de différents algorithmes probabilistes avec ManetLab, nous observons que simulateurs et bancs d'essai doivent être utilisés de manière complémentaire. En plus de ces contributions principales, nous fournissons également deux états de l'art au sujet du support nécessaire pour les communications ad hoc. Le premier porte sur les algorithmes de diffusion existants et le second sur les solutions de type middleware existantes et la façon dont elles traitent de la confidentialité, en particulier celle de la localisation.

Analysis, modelling and visualisation of spatiotemporal data for urban studies

The proportion of population living in or around cites is more important than ever. Urban sprawl and car dependence have taken over the pedestrian-friendly compact city. Environmental problems like air pollution, land waste or noise, and health problems are the result of this still continuing process. The urban planners have to find solutions to these complex problems, and at the same time insure the economic performance of the city and its surroundings. At the same time, an increasing quantity of socio-economic and environmental data is acquired. In order to get a better understanding of the processes and phenomena taking place in the complex urban environment, these data should be analysed. Numerous methods for modelling and simulating such a system exist and are still under development and can be exploited by the urban geographers for improving our understanding of the urban metabolism. Modern and innovative visualisation techniques help in communicating the results of such models and simulations. This thesis covers several methods for analysis, modelling, simulation and visualisation of problems related to urban geography. The analysis of high dimensional socio-economic data using artificial neural network techniques, especially self-organising maps, is showed using two examples at different scales. The problem of spatiotemporal modelling and data representation is treated and some possible solutions are shown. The simulation of urban dynamics and more specifically the traffic due to commuting to work is illustrated using multi-agent micro-simulation techniques. A section on visualisation methods presents cartograms for transforming the geographic space into a feature space, and the distance circle map, a centre-based map representation particularly useful for urban agglomerations. Some issues on the importance of scale in urban analysis and clustering of urban phenomena are exposed. A new approach on how to define urban areas at different scales is developed, and the link with percolation theory established. Fractal statistics, especially the lacunarity measure, and scale laws are used for characterising urban clusters. In a last section, the population evolution is modelled using a model close to the well-established gravity model. The work covers quite a wide range of methods useful in urban geography. Methods should still be developed further and at the same time find their way into the daily work and decision process of urban planners. La part de personnes vivant dans une région urbaine est plus élevé que jamais et continue à croître. L'étalement urbain et la dépendance automobile ont supplanté la ville compacte adaptée aux piétons. La pollution de l'air, le gaspillage du sol, le bruit, et des problèmes de santé pour les habitants en sont la conséquence. Les urbanistes doivent trouver, ensemble avec toute la société, des solutions à ces problèmes complexes. En même temps, il faut assurer la performance économique de la ville et de sa région. Actuellement, une quantité grandissante de données socio-économiques et environnementales est récoltée. Pour mieux comprendre les processus et phénomènes du système complexe "ville", ces données doivent être traitées et analysées. Des nombreuses méthodes pour modéliser et simuler un tel système existent et sont continuellement en développement. Elles peuvent être exploitées par le géographe urbain pour améliorer sa connaissance du métabolisme urbain. Des techniques modernes et innovatrices de visualisation aident dans la communication des résultats de tels modèles et simulations. Cette thèse décrit plusieurs méthodes permettant d'analyser, de modéliser, de simuler et de visualiser des phénomènes urbains. L'analyse de données socio-économiques à très haute dimension à l'aide de réseaux de neurones artificiels, notamment des cartes auto-organisatrices, est montré à travers deux exemples aux échelles différentes. Le problème de modélisation spatio-temporelle et de représentation des données est discuté et quelques ébauches de solutions esquissées. La simulation de la dynamique urbaine, et plus spécifiquement du trafic automobile engendré par les pendulaires est illustrée à l'aide d'une simulation multi-agents. Une section sur les méthodes de visualisation montre des cartes en anamorphoses permettant de transformer l'espace géographique en espace fonctionnel. Un autre type de carte, les cartes circulaires, est présenté. Ce type de carte est particulièrement utile pour les agglomérations urbaines. Quelques questions liées à l'importance de l'échelle dans l'analyse urbaine sont également discutées. Une nouvelle approche pour définir des clusters urbains à des échelles différentes est développée, et le lien avec la théorie de la percolation est établi. Des statistiques fractales, notamment la lacunarité, sont utilisées pour caractériser ces clusters urbains. L'évolution de la population est modélisée à l'aide d'un modèle proche du modèle gravitaire bien connu. Le travail couvre une large panoplie de méthodes utiles en géographie urbaine. Toutefois, il est toujours nécessaire de développer plus loin ces méthodes et en même temps, elles doivent trouver leur chemin dans la vie quotidienne des urbanistes et planificateurs.

La construction des identités politiques des reines séleucides

Apamè, Stratonice et Laodice(s) sont les différents protagonistes de cette thèse qui s'attache à saisir comment les souveraines séleucides participent au pouvoir. Principalement centré sur les identités politiques des reines que l'épigraphie grecque et akkadienne nous permet de re-construire, ce travail se développe chronologiquement. Il débute en 324, lors des noces Suse - qui virent Séleucos épouser la bactrienne Apamè, pour se terminer en 177 par la mention de la reine Laodice, la mère du roi Séleucos IV. Nous avons, par ce travail, démontré que les reines séleucides participent pleinement au pouvoir et ce dès le début de la constitution du royaume. Les souveraines mobilisent l'administration, écrivent aux cités, possèdent une autonomie financière grâce aux domaines qu'elles détiennent et disposent de réseaux d'influence personnels. Les identités qu'elles se construisent les lient notamment à la fécondité et leur permettent d'avoir un domaine d'action politique particulier inaccessible au roi. Elles sont en ce sens des partenaires politiques indispensables qui soutiennent à la fois la perpétuation du pouvoir royal et le maintien du territoire séleucide. Si par ce travail nous avons focalisé notre attention sur les basilissai, le cas de la première épouse d'Antiochos II nous a permis de mettre en évidence la polygamie des souverains, l'organisation « hiérarchique » des différentes épouses du roi ainsi que les stratégies développées par le pouvoir séleucide pour désigner celle dont sera issus le successeur. Enfin, le pouvoir séleucide, tel que nous l'avons décrit, ne permet plus de défendre les hypothèses de répudiation ou de régence des souveraines séleucides avancées pour les cas des épouses d'Antiochos II et d'Antiochos III.

L'essence relationnelle. Fonctionnement neurobiologique et relations humaines

Dans une perspective phénoménologique, le corps, les fonctions vitales, le mouvement déterminent un échange constant entre le sujet et le monde, entre soi et l'autre. La neurobiologie, de son côté, s'intéresse aux transformations biologiques liées à ces expériences, mais sa méthode est fort différente. Les auteurs proposent une réflexion sur la manière dont les découvertes de la neurobiologie interviennent pour mieux "comprendre" la dimension de la rencontre. La relation intersubjective est façonnée non seulement par les structures du fonctionnement mental, par le vécu du sujet, mais encore par la "danse" des postures et le mouvement des corps ; elle est enfin portée par le milieu culturel et social, par la nature de l'environnement. La construction des liens entre le patient et le thérapeute permet à chacun d'eux de cheminer vers un accomplissement de sa propre existence. In a phenomenological perspective, the body, the vital functions, the movements determine a constant exchange between the subject and the world, between self and the others. The neurobiology on its part, is interested in the biological transformations connected to these experiences but its method is quite different. The authors suggest to consider how the neurobiological discoveries help to get a better understanding of the dimension of the encounter. The intersubjective relationship is not only shaped by the structures of the mental functioning, by the subject's experiences, but also by the « dance » of the postures and movements of the body; it is nonetheless influenced by the cultural and social environment, as well as by the type of environment. The build-up of relationships between the therapist and the patient allows both of them to find a way to fulfillment of their own existence.

Pauvreté et mise à l'écart : quelles politiques de lutte contre la pauvreté ?

Ce texte vise à mettre en évidence les problèmes d'insertion que connaissent les personnes en situation de pauvreté. Les programmes qui oeuvrent à leur intégration s'avèrent complexes à mettre sur pied. Leurs résultats sont d'ailleurs délicats à mesurer. Lorsqu'il est question d'insertion de personnes en marge, leur motivation à se sortir de leur situation est souvent mise en évidence. Pourtant, pour qu'une intégration puisse aboutir, il est nécessaire qu'il y ait convergence d'intérêts entre, d'une part, les personnes ou les groupes à intégrer et, de l'autre, le groupe intégrant, à savoir la grande majorité de la population ou encore les employeurs potentiels. Dans une première partie, ces pages décrivent les problèmes conceptuels qui se posent lorsque l'on décrit le statut des pauvres dans les sociétés développées. Au travers du statut de pauvreté, conféré au personnes concernées, il est surtout question d'une régulation sociales. Dans une seconde partie, ce texte présente les résultats de l'observation d'une vingtaine de trajectoires de bénéficiaires de mesures d'insertion sociale dites "bas seuil" dans le canton de Vaud. Ces personnes se caractérisent par une situation de mise en marge des réseaux économiques et sociaux.

Social and temporal organization in an ant colony

Ant colonies are known for their complex and efficient social organization that com-pletely lacks hierarchical structure. However, due to methodological difficulties in follow¬ing all ants of a colony, it was until now impossible to investigate the social and temporal organization of colonies. We developed a tracking system that allows tracking the posi¬tions and orientations of several hundred individually labeled ants continuously, providing for the first time quantitative long term data on all individuals of a colony. These data permit reconstructing trajectories, activity patterns and social networks of all ants in a colony and enable us to investigate ant behavior quantitatively in previously unpreceded ways. By analyzing the spatial positions and social interactions of all ants in six colonies for 41 days we show that ant colonies are organized in groups of nurses, nest patrollers and foragers. Workers of each group were highly interconnected and occupied similar spa¬tial locations in the nest. Groups strongly segregated spatially, and were characterized by unique behavioral signatures. Nurses spent most of their time on the brood. Nest patrollers frequently visited the rubbish pile, and foragers frequently visited the forag¬ing arena. In addition nurses were on average younger than nest patrollers who were, in turn, younger than foragers. We further show that workers had a preferred behav¬ioral trajectory and moved from nursing to nest patrolling, and from nest patrolling to foraging. By analyzing the activity patterns of all ants we show that only a third of all workers in a colony exhibit circadian rhythms and that these rhythms shortened by on av¬erage 42 minutes in constant darkness, thereby demonstrating the presence of a functional endogenous clock. Most rhythmic workers were foragers suggesting that rhythmicity is tightly associated with task. Nurses and nest patrollers were arrhythmic which most likely reflects plasticity of the circadian clock, as isolated workers in many species exhibit circadian rhythmicity. Altogether our results emphasize that ant colonies, despite their chaotic appearance, repose on a strong underlying social and temporal organization. - Les colonies de fourmis sont connues pour leur organisation sociale complexe et effi-cace, charactérisée par un manque absolu de structure hiérarchique. Cependant, puisqu'il est techniquement très difficile de suivre toutes les fourmis d'une colonie, il a été jusqu'à maintenant impossible d'étudier l'organisation sociale et temporelle des colonies de four-mis. Nous avons développé un système qui permet d'extraire en temps réel à partir d'images vidéo les positions et orientations de plusieurs centaines de fourmis marquées individuellement. Nous avons pu ainsi générer pour la première fois des données quanti-tatives et longitudinales relatives à des fourmis appartenant à une colonie. Ces données nous ont permis de reconstruire la trajectoire et l'activité de chaque fourmi ainsi que ses réseaux sociaux. Ceci nous a permis d'étudier de manière exhaustive et objective le com-portement de tous les individus d'une colonie. En analysant les données spatiales et les interactions sociales de toutes les fourmis de six colonies qui ont été filmées pendant 41 jours, nous montrons que les fourmis d'une même colonie se répartissent en trois groupes: nourrices, patrouilleuses et approvisionneuses. Les fourmis d'un même groupe interagis-sent fréquemment et occupent le même espace à l'intérieur du nid. L'espace propre à un groupe se recoupe très peu avec celui des autres. Chaque groupe est caractérisé par un comportement typique. Les nourrices s'affairent surtout autour du couvain. Les pa-trouilleuses font de fréquents déplacements vers le tas d'ordures, et les approvisionneuses sortent souvent du nid. Les nourrices sont en moyenne plus jeunes que les patrouilleuses qui, à leur tour, sont plus jeunes que les approvisionneuses. De plus, nous montrons que les ouvrières changent de tâche au cours de leur vie, passant de nourrice à patrouilleuse puis à approvisionneuse. En analysant l'activité de chaque fourmi, nous montrons que seulement un tiers des ouvrières d'une colonie présente des rythmes circadiens et que ces rythmes diminuent en moyenne de 42 minutes lorsqu'il y a obscurité constante, ce qui démontre ainsi la présence d'une horloge endogène. De plus, la plupart des approvi¬sionneuses ont une activité rythmique alors que les nourrices et patrouilleuses présentent une activité arythmique, ce qui suggère que la rythmicité est étroitement associée à la tâche. L'arythmie des nourrices et patrouilleuses repose probablement sur une plasticité de l'horloge endogène car des ouvrières de nombreuses espèces font preuve d'une ryth¬micité circadienne lorsqu'elles sont isolées de la colonie. Dans l'ensemble nos résultats révèlent qu'une colonie de fourmis se fonde sur une solide organisation sociale et tem¬porelle malgré son apparence chaotique.

Organisation and role of actin microfilaments during cellular growth and morphogenesis in the moss Physcomitrella patens

ABSTRACT The network of actin cytoskeleton is composed of actin filaments (F-actin) that are made by polymerisation of actin monomers and actin binding proteins. It is required for growth and morphogenesis of eukaryotic cells. The labelling of F-actin with constitutively expressed GFP-Talin (Kost et al., 1998) reveals the organisation of cellular actin networks in plants. Due to the lack of information on actin cytoskeleton through gametophytic development of the model moss plant Physcornitrella patens, stable transgenic lines overexpressing GFP-Talin were generated to detect F-actin structures. It is shown that the 35S promoter driven expression is not suitable for F-actin labelling in all cells. When it is replaced by the inducible heat-shock promoter Gmhsp17.3 from soybean, one hour mild heat stress at 37°C followed by recovery at 25°C is enough to induce efficient and transient labelling in all tissues without altering cellular morphology. The optimal observations of F-actin structures at different stages of moss development can be done between 12-18 hours after the induction. By using confocal microscopy, we demonstrate that stellated actin arrays were densely accumulated at the growing tip in regenerating protoplasts, apical protonemal cells and rhizoids and connected with a fine dispersed F-actin mesh. Following three-dimensional growth, the cortical star-like structures are widespread in the meristematic cells of developing bud and young gametophores. On the contrary, undulating networks of actin cables are found at the final stage of cell differentiation. During redifferentiation of mature leaf cells into protonemal filaments the rather stagnant web of actin cables is replaced by diffuse actin meshwork. In eukaryotes, nucleation of the actin monomers prior to their polymerization is driven by the seven-subunit ARP2/3 complex and formins. We cloned the gene encoding the ARP3 subunit of P. patens and generated arp3 mutants of the moss through gene disruption. The knockout of ARP3 affects the elongation of chloronemal cells and blocks further differentiation of caulonemal cells and rhizoids, and the gametophores are slightly stunted compared to wild-type. The arp mutants were created in the heat-shock inducible GFP-Talin strains allowing us to visualise a disorganised actin network and a lack of star-like actin cytoskeleton arrays. We conclude that ARP2/3 dependent nucleation of actin filaments is critical for the growth of filamentous cells, which in turn influences moss colonization. In complementation assays, the overexpression of Physcomitrella and Arab idopsis ARP3 genes in the moss arp3 mutant results in full recovery of wild type phenotype. In contrast the ARP3 subunit of fission yeast is not able to complement the moss arp3 mutant of moss indicating that regulation of the ARP2/3 dependent actin nucleation diverged in different kingdoms. RESUME Le réseau d'actine est composé de filaments de F-actine et d'un ensemble de protéines s'y attachant (Actin binding proteins). Le réseau d'actine est nécessaire à la croissance et à la morphogenèse de toutes les cellules eucaryotes. Chez les plantes, le marquage ainsi que l'étude de l'organisation du réseau d'actine ont été réalisés en utilisant une fusion GFP-Talin (Kost et al., 1998) exprimée sous le control d'un promoteur constitutif. Afin d'étudier les structures F-actine dans les cellules de Physcomitrella Patens et pour combler le manque d'information sur le développement des gamétophores, des lignées transgéniques stables surexprimant GFP-Talin ont été crées. Nous avons démontré que l'utilisation du promoteur 35S est inadéquate pour le marquage complet et homogène des filaments d'actine dans toutes les cellules de P. patens. Par contre, l'utilisation du promoteur inductible Gmhsp17.3 nous a permis de réaliser un marquage transitoire et général dans tous les tissus de la mousse. Une heure de choc thermique à 37°C suivis d'un temps de récupération de 12-18h à 25°C sont les conditions optimales (sans dommages cellulaires) pour l'observation des structures F-actine à différentes étapes de développement de la mousse. En utilisant la microscopie confocale, nous avons observé l'existence de structures F-actine accumulées en forme d'étoiles. Ces structures, qui sont liées au réseau de microfilaments d'actine, ont été observées dans les protoplastes en régénération, les cellules des protonema apicales ainsi que dans les rhizoïdes. En suivant la croissance tridimensionnelle, ces structures en étoiles ont été observées dans les cellules meristématiques des bourgeons et des jeunes gamétophores. Par contre, dans les cellules différentiées ces structures laissent place à des réseaux de câbles épais. Nous avons également remarqué que durant la redifferentiation des cellules foliaires le réseau de câbles de F-actine est remplacé par un réseau de F-actine diffus. Dans les cellules eucaryotes, la nucléation des filaments d'actirie précédant leur polymérisation est contrôlé par sept sous unités du complexe ARP2/3 et par des formines. Nous avons isolé le gène codant pour la sous unité ARP3 de P. patens et nous avons crée des mutants arp3 par intégration ciblée (Knockout). L'élongation des cellules chloronema est clairement affectée dans les mutants arp3. La différentiation des caulonemata et des rhizoïdes est bloquée et les gametophores sont légèrement plus courts comparé au type sauvage. A fin d'étudier l'organisation des filaments d'actines dans les mutants arp3, nous avons aussi réalisé un arp3-knockout dans la lignée Hsp-GFP-Talin. La nouvelle lignée générée nous a permis de visualiser une désorganisation du réseau d'actine et une absence complète de structures de F-actine accumulée en forme d'étoiles. Les résultats obtenus nous amènent à conclure que la nucléation (ARP2/3 dépendante) des filaments d'actine est indispensable à la croissance des cellules filamenteuses. Par conséquent, les filaments d'actine semblent avoir un rôle dans la colonisation des milieux par les mousses. Nous avons également procédé à des essais de complémentation du mutant arp3. La surexpression des gènes ARP3 de Physcomitrella et d'Arabidopsis dans les cellules du mutant arp3 rétabli complètement le phénotype WT. Par contre, le gène ARP3 des levures n'est pas suffisant pour complémenter la même mutation dans les cellules de mousses. Ce résultat démontre que les mécanismes de régulation de la nucléation des filaments d'actine (ARP2/3 dépendante) sont différents entre les différents groupes d'eucaryotes.

Secretory IgA and intestinal epithelial cells at the interface between homeostasis regulation and protection against infection

RESUME DESTINE A UN LARGE PUBLICL'intestin est le siège d'intenses agressions de la part de l'ensemble des aliments ingérés, de bactéries agressives dites pathogènes mais également de bactéries dites commensales peuplant naturellement les surfaces intestinales muqueuses. Pour faire face, notre organisme arbore de nombreux niveaux de protections tant physiques, chimiques, mécaniques mais aussi immunitaires. La présence d'un type particulier de cellules, les cellules épithéliales (IEC) assurant une protection physique, ainsi que la production d'anticorps spécialisés par le système immunitaire appelés immunoglobulines sécrétoires A (SlgA) servent conjointement de première ligne de défense contre ces agressions externes. Néanmoins, comment le dialogue s'articule entre ces deux partenaires reste incomplet.Nous avons donc décidé de mimer ces interactions en modélisant les surfaces muqueuses par une monocouche de cellules différenciées en laboratoire. Des souches bactériennes isolées de l'intestin humain seules ou associées à des SlgA non-spécifiques ont été mises au contact de ce modèle cellulaire nous permettant de conclure quant à la présence effective d'une modulation du dialogue bactérie/lEC impliquant une activation de la réponse cellulaire vers un état de tolérance mutuelle. De façon surprenante, nous avons par ailleurs mis en évidence un type d'interaction nouveau entre ces anticorps et ces bactéries. Une étude biochimique nous a permis de détailler un nouveau rôle des SlgA médié par les sucres présents à leur surface dans le maintien d'une relation pacifique avec les commensaux perpétuellement présents, relations qualifiées d'homésostase intestinale.Le rôle protecteur des SlgA a par ailleurs été abordé pour avoir une meilleure appréhension de leur impact au niveau cellulaire lors d'infection par Shigella flexneri, bactérie causant la Shigellose, diarrhée sanglante responsable de la mort de plus d'un million de personnes chaque année. Basée sur le même modèle cellulaire, cette étude nous a permis de démontrer une nouvelle entrée de ce pathogène directement via les IEC. La présence d'anticorps spécifiques à la surface des bactéries restreint leur champs d'action contre les cibles intracellulaires identifiées que sont les filaments soutenant le squelette de la cellule, les fibres d'actine ainsi que les jonctions serrées, réseaux de protéines clés des interactions entre cellules. Cette ouverture au niveau cellulaire apporte un nouvel élan quant à la compréhension du rôle protecteur des SlgA lors d'attaques de l'intestin, protection semblant dépendante d'une agrégation des bactéries.Pour finir, nous avons mis en évidence la détection directe par les cellules de la présence d'anticorps libres dans l'intestin ajoutant une nouvelle réplique dans le dialogue complexe entre ces deux piliers de l'équilibre intestinal que sont les SlgA et les cellules épithéliales.RESUMELa muqueuse intestinale est dotée d'un réseau complexe de protections physico-chimiques, mécaniques ou immunologiques. Associées à un système immunitaire omniprésent, les cellules épithéliales intestinales {IEC) bordant la lumière intestinale ont la double tâche de protéger l'intérieur de l'organisme stérile contre l'invasion et la dissémination d'agents pathogènes, et de maintenir une relation pacifique avec la flore intestinale, rôles également joués par les immunoglobulines sécrétoires A (SlgA), anticorps les plus abondamment présents à la surface des muqueuses. Tant les IEC que les SlgA sont ainsi décrites comme convergeant vers le même objectif ; néanmoins, les rouages de leurs interactions restent largement inconnus.Pour répondre à cette question, des monocouches épithéliales reconstituées in vitro ont été incubées avec des souches commensales telles que des Lactobacillus ou des Bifodobacteria, seules ou complexées avec des SlgA non-spécifiques, nous permettant de décrypter l'influence des SlgA sur la détection des bactéries par les IEC, favorisant l'adhésion bactérienne et la cohésion cellulaire, augmentant l'activation de la voie NF-κΒ ainsi que la sécrétion de la cytokine thymic stromal lymphopoietin contrairement à celle de médiateurs pro-inflammatoires qui reste inchangée. Par ailleurs, une interaction Fab-indépendante est suggérée dans l'interaction SlgA/bactéries. Comme une interaction de faible affinité a été décrite comme prenant naturellement place au niveau de l'intestin, nous avons donc disséqué les mécanismes sous- jacents en utilisant un large spectre de bactérie associés à des protéines soit recombinantes soit isolées à partir de colostrum, mettant en évidence un rôle crucial des N-glycanes présents sur la pièce sécrétoire et soulignant une nouvelle propriété des SlgA dans l'homéostase intestinale.Intrinsèquement liés aux caractéristiques des SlgA, nous nous sommes également focalisés sur leur rôle protecteur lors d'infection par l'enteropathogène Shigella flexneri reproduites in vitro sur des monocouches polarisées. Nous avons tout d'abord démontré une nouvelle porte d'entrée pour ce pathogène directement via les IEC. L'agrégation des bactéries par les SlgA confère aux cellules une meilleure résistance à l'infection, retardant croissance bactérienne et entrée cellulaire, affectant par ailleurs leur capacité à cibler le cytosquelette et les jonctions serrées. La formation de tels cargos détectés de façon biaisée par les IEC apparaît comme une explication plausible au maintien de la cohésion cellulaire médiée par les SlgA.Enfin, le retrotransport des SlgA à travers les IEC a été abordé soulignant une participation active de ces cellules dans la détection de l'environnement extérieur, les impliquant possiblement dans l'activation d'un état muqueux stable.Conjointement, ces résultats indiquent que les SlgA représentent l'un des éléments-clés à la surface de la muqueuse et soulignent la complexité du dialogue établi avec l'épithélium en vue du maintien d'un fragile équilibre intestinal.ABSTRACTThe intestinal mucosa is endowed with a complex protective network melting physiochemical, mechanical and immunological features. Beyond the ubiquitous intestinal immune system, intestinal epithelial cells (IEC) lying the mucosal surfaces have also the dual task to protect the sterile core against invasion and dissemination of pathogens, and maintain a peaceful relationship with commensal microorganisms, aims also achieved by the presence of high amounts of secretory immunoglobulins A (SlgA), the most abundant immunoglobulin present at mucosal surfaces. Both IEC and SlgA are thus described to converge toward the same goal but how their interplay is orchestrated is largely unknown.To address this question, in vitro reconstituted IEC monolayers were first apically incubated with commensal bacteria such as Lactobacillus or Bifodobacteria strains either alone or in complexes with non-specific SlgA. Favoring the bacterial adhesion and cellular cohesion, SlgA impacts on the cellular sensing of bacteria, increasing NF-κΒ activation, and leading to cytokine releases restricted to the thymic stromal lymphopoietin and unaffected expression of pro-inflammatory mediators. Of main interest, bacterial recognition by SlgA suggested a Fab-independent interaction. As this low affinity, called natural coating occurs in the intestine, we further dissected the underlying mechanisms using a larger spectrum of commensal strains associated with recombinant as well as colostrum-derived proteins and pinpointed a crucial role of N-glycans of the secretory component, emphasizing an underestimated role of carbohydrates and another properties of SlgA in mediating intestinal homeostasis.As mucosal protection is also anchored in SlgA and IEC features, we focused on the cellular role of SlgA. Using IEC apical infection by the enteropathogen Shigella flexneri, we have first demonstrated a new gate of entry for this pathogen directly via IEC. Specific SlgA bacterial aggregation conferred to the cells a better resistance to infection, delaying bacterial growth and cellular entry, affecting their ability to damage both the cytoskeleton and the tight junctions. Formation of such big cargos differentially detected by IEC appears as a plausible explanation sustaining at the cellular level the antibody-mediated mucosal protection.Finally, SlgA retrotransport across IEC has been tackled stressing an active IEC sensing of the external environment possibly involved in the steady-state mucosal activation.All together, these results indicate that SlgA represents one of the pivotal elements at mucosal surfaces highlighting the complexity of the dialogue established with the epithelium sustaining the fragile intestinal balance.The Intestinal mucosa is endowed with a complex protective network melting physiochemical, mechanical and immunological features. Beyond the ubiquitous intestinal immune system, intestinal epithelial cells (IEC) lying the mucosal surfaces have also the dual task to protect the sterile core against invasion and dissemination of pathogens, and maintain a peaceful relationship with commensal microorganisms, aims also achieved by the presence of high amounts of secretory immunoglobulins A (SlgA), the most abundant immunoglobulin present at mucosal surfaces. Both IEC and SlgA are thus described to converge toward the same goal but how their interplay is orchestrated is largely unknown.To address this question, in vitro reconstituted IEC monolayers were first apically incubated with commensal bacteria such as Lactobacillus or Bifodobacteria strains either alone or in complexes with non-specific SlgA. Favoring the bacterial adhesion and cellular cohesion, SlgA impacts on the cellular sensing of bacteria, increasing NF-κΒ activation, and leading to cytokine releases restricted to the thymic stromal lymphopoietin and unaffected expression of pro-inflammatory mediators. Of main interest, bacterial recognition by SlgA suggested a Fab-independent interaction. As this low affinity, called natural coating occurs in the intestine, we further dissected the underlying mechanisms using a larger spectrum of commensal strains associated with recombinant as well as colostrum-derived proteins and pinpointed a crucial role of N-glycans of the secretory component, emphasizing an underestimated role of carbohydrates and another properties of SlgA in mediating intestinal homeostasis.As mucosal protection is also anchored in SlgA and IEC features, we focused on the cellular role of SlgA. Using IEC apical infection by the enteropathogen Shigella flexneri, we have first demonstrated a new gate of entry for this pathogen directly via IEC. Specific SlgA bacterial aggregation conferred to the cells a better resistance to infection, delaying bacterial growth and cellular entry, affecting their ability to damage both the cytoskeleton and the tight junctions. Formation of such big cargos differentially detected by IEC appears as a plausible explanation sustaining at the cellular level the antibody-mediated mucosal protection.Finally, SlgA retrotransport across IEC has been tackled stressing an active IEC sensing of the external environment possibly involved in the steady-state mucosal activation.All together, these results indicate that SlgA represents one of the pivotal elements at mucosal surfaces highlighting the complexity of the dialogue established with the epithelium sustaining the fragile intestinal balance.

Analyse de contrefaçons de médicaments et renseignement forensique

La contrefaçon de médicaments est un phénomène qui s'est amplifié ces dernières années et touche désormais toutes les régions du monde. Les réseaux de production et de distribution impliqués constituent de véritables industries. Malgré les répercussions dramatiques au niveau sanitaire et économique, les sanctions légales sont souvent inappropriées, non appliquées ou inapplicables. Les méthodes traditionnelles d'investigation, souffrant d'une absence de stratégie et de démarche structurée, sont partiellement désarmées face à ce problème. En tant que principales cibles économiques, les entreprises pharmaceutiques ont développé des mesures de protection de leurs produits ainsi que des méthodes analytiques pour différencier les contrefaçons des médicaments authentiques. Davantage d'informations peuvent néanmoins être révélées pour le renseignement à partir des données analytiques. Les saisies de contrefaçon représentent en effet les seules traces tangibles, les seuls témoins du problème. Dans cette optique le profilage des saisies, qui constitue le coeur de ce travail, est le meilleur moyen de détecter les productions organisées et industrialisées de cette forme de criminalité. L'étude porte sur plusieurs saisies d'un type de gélules Roche régulièrement visé par les contrefacteurs. Des éléments pertinents des gélules et de l'emballage contrefaits, intégrés à une banque de données organisée, ont permis de révéler de pertinentes informations. De nombreux liens, à l'origine inconnus, ont en effet pu être dévoilés et observés entre les saisies à différents niveaux de la production, soutenant l'hypothèse d'un réseau principal de contrefacteurs dominant le marché, alors même que le nombre de saisies à disposition était limité. L'interprétation des liens grâce aux informations circonstancielles a permis de fournir des indications sur la fabrication et la distribution des contrefaçons provenant de ce réseau. Cette approche, généralisable à d'autres types de médicament, est un témoignage du fort potentiel que possède le renseignement provenant des données analytiques pour la compréhension du crime organisé.

Lymphoid stroma in health and disease

Summary Secondary lymphoid organs (SLOB), such as lymph nodes and spleen, are the sites where primary immune responses are initiated. T lymphocytes patrol through the blood and SLOs on the search for pathogens which are presented to them as antigens by dendritic cells. Stromal cells in the Tzone - so called T zone fibroblastic reticular cells (TRCs) -are critical in organizing the migration of T cells and dendritic cells by producing the chemoattractants CCL19 and CCL21 and by forming a network which T cells use as a guidance system. They also form a system of small channels or conduits that allow rapid transport of small antigen molecules or cytokines from the subcapsular sinus to high endothelial venules. The phenotype and function of TRCs have otherwise remained largely unknown. We found a critical role for lymph node access in CD4+ and CD8+ T cell homeostasis and identified TRCs within these organs as the major source of interleukin-7 (IL-7). IL-7 is an essential survival factor for naïve T lymphocytes of which the cellular source in the periphery had been poorly defined. In vitro, TRC were able to prevent the death of naïve T but not of B lymphocytes by secreting IL-7 and the CCR7 ligand CCL 19. Using gene-targeted mice, we show anon-redundant function of CCL19 in T cell homeostasis. The data suggest that TRCs regulate T cell numbers by providing a limited reservoir of survival factors for which T cells have to compete. They help to maintain a diverse T cell repertoire granting full immunocompetence. To determine whether TRCs also play a role in pathology, we characterized so-called tertiary lymphoid organs (TLOs) that often develop at sites of chronic inflammation. We show that TLOs resemble lymph nodes or Peyer's patches not only with regard to lymphoid cells. TLOs formed extensive TRC networks and a functional conduit system in all three marine inflammation models tested. In one model we dissected the cells and signals leading to the formation of these structures. We showed that they critically depend on the presence of lymphotoxin and lymphoid tissue inducer cells. TRCs in TLOs also produce CCL19, GCL21 and possibly IL-7 which are all involved in the development of TLOs. Stromal cells therefore play a central role in the onset and perpetuation of chronic inflammatory diseases and could be an interesting target for therapy. Résumé Le système immunitaire est la défense de notre corps contre toutes sortes d'infections et de tumeurs. II est constitué de différentes populations de lymphocytes qui patrouillent constamment le corps à la recherche de pathogène. Parmi eux, les lymphocytes T et B passent régulièrement dans les organes lymphoïdes secondaires (SLO) qui sont les sites d'initiation de la réponse immunitaire. Les lymphocytes T sont recrutés du sang aux SLO où ils cherchent leur antigène respectif présenté par des cellules dendritiques. Des cellules stromales dans la zone T -nommées fibroblastic reticular cells' (TRC) -sécrètent des chimiokines CCL19 et CCL21 et ainsi facilitent les rencontres entre lymphocytes T et cellules dendritiques. De plus, elles forment un réseau que les lymphocytes T utilisent comme système de guidage. Ce réseau forme des petits canaux (ou conduits) qui permettent le transport rapide, d'antigène soluble ou de cytokines, de la lymphe aux veinules à endothelium épais (HEV). Le phénotype ainsi que les autres fonctions des TRCs demeurent encore à ce jour inconnus. Nous avons trouvé que l'accès des lymphocytes T CD4+ et CD8+ aux ganglions joue un rôle central pour l'homéostasie. Interleukin-7 (IL-7) est un facteur de survie essentiel pour les lymphocytes T naïfs dont la source cellulaire dans la périphérie était mal définie. Nous avons identifié les TRCs dans les ganglions comme source principale d'interleukin-7 (IL-7). In vitro, les TRCs étaient capable de prévenir la mort des lymphocytes T mais pas celle de lymphocytes B grâce à la sécrétion d'IL-7 et de CCL19. En utilisant des souris déficientes du gène CCL19, nous avons observé que l'homéostasie des lymphocytes T dépend aussi de CCL19 in vivo. Les données suggèrent que les TRCs aident à maintenir un répertoire large et diversifié de cellules T et ainsi l'immunocompétence. Pour déterminer si les TRCs pourraient jouer un rote également dans la pathologie, nous avons caractérisé des organes lymphoïdes tertiaires (TLOs) souvent associés avec l'inflammation chronique. Les TLOs ressemblent à des ganglions ou des plaques de Peyer pas seulement en ce qui concerne la présence de lymphocytes. Nous avons constaté que les TLOs forment des réseaux de TRC et un système fonctionnel de conduits. La formation de ces structures est fortement diminuée dans l'absence du signal lymphotoxin ou des cellules connues comme ymphoid tissue-inducer tells: Les TRCs dans les TLOs produisent les chimiokines CCL19, CCL21 et possiblement aussi IL-7 qui sont impliquées dans le développement des TLOs. Les cellules stromales jouent donc un rôle central dans l'initation et la perpétuation des maladies inflamatoires chroniques et pourraient être une cible intéressante pour la thérapie.