Mapping quantitative trait loci in Gallus gallus using principal components

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estatística multivariada na discriminação de raças amazônicas de pupunheiras (Bactris gasipaes Kunth) em Manaus (Brasil)

As raças e populações de pupunheiras ao longo dos rios Amazonas e Solimões apresentam grande variabilidade genética ainda não totalmente caracterizada. Neste estudo, foram aplicadas técnicas estatísticas multivariadas a 15 descritores morfológicos numa tentativa de caracterizar, morfometricamente, três raças existentes ao longo da Bacia desses rios. As três análises em conjunto permitiram uma discriminação das raças, mostrando também que os descritores mais importantes nessa seleção foram: número de espigas, comprimento da ráquis, peso do fruto, espessura das cascas, facilidade para descascar os frutos, peso das cascas, sabor dos frutos, espessura da polpa, distância morfológica dos frutos e peso da semente.

Statistical methods applied to the analysis of blasting vibrations in a diabase quarry in the city of Campinas, (SP) Brazil

Statistical methods of multiple regression analysis, trend surface analysis and principal components analysis were applied to seismographic data recorded during production blasting at a diabase quarry in the urban area of Campinas (SP), Brazil. The purpose of these analyses was to determine the influence of the following variables: distance (D), charge weight per delay (W), and scaled distance (SD) associated with properties of the rock body (orientation, frequency and angle of geological discontinuities; depth of bedrock and thickness of the soil overburden) in the variation of the peak particle velocity (PPV). This approach yielded variables with larger influences (loads) on the variation of ground vibration, as well as behavior and space tendency of this variation. The results showed a better relationship between PPV and D, with D being the most important factor in the attenuation of the ground vibrations. The geological joints and the depth to bedrock have a larger influence than the explosive charges in the variation of the vibration levels, but frequencies appear to be more influenced by the amount of soil overburden.

Anatomical and biochemical characterization of the calcium effect on eucalyptus urophylla callus morphogenesis in vitro

Calcium chloride concentrations from 0.0 to 12.12 mM were added to the culture medium and calcium content in calluses were determined directly by X-ray fluorescence spectrometry, a non-destructive method, allowing the processing of the same tissue for histological analysis. A multivariate statistical analysis (PCA - Principal Components Analysis) grouped the treatments into 5 blocks and indicated the most responsive group. Lack of calcium supply caused a complete absence of a morphogenic process and tissue collapse. An increase in calcium concentration gave higher total protein and sugar contents, an increase in peroxidase specific activity and changes in the histological characteristics. It was possible to verify that calcium stimulated globular somatic embryo formation at concentration of 6.62 mM.

Comparative studies of the sample decomposition of green and roasted coffee for determination of nutrients and data exploratory analysis

The contents of some nutrients in 35 Brazilian green and roasted coffee samples were determined by flame atomic absorption spectrometry (Ca, Mg, Fe, Cu, Mn, and Zn), flame atomic emission photometry (Na and K) and Kjeldahl (N) after preparing the samples by wet digestion procedures using i) a digester heating block and ii) a conventional microwave oven system with pressure and temperature control. The accuracy of the procedures was checked using three standard reference materials (National Institute of Standards and Technology, SRM 1573a Tomato Leaves, SRM 1547 Peach Leaves, SRM 1570a Trace Elements in Spinach). Analysis of data after application of t-test showed that results obtained by microwave-assisted digestion were more accurate than those obtained by block digester at 95% confidence level. Additionally to better accuracy, other favorable characteristics found were lower analytical blanks, lower reagent consumption, and shorter digestion time. Exploratory analysis of results using Principal Component Analysis (PCA) and Hierarchical Cluster Analysis (HCA) showed that Na, K, Ca, Cu, Mg, and Fe were the principal elements to discriminate between green and roasted coffee samples. ©2007 Sociedade Brasileira de Química.

The use of principal components and univariate charts to control multivariate processes

In this article, we evaluate the performance of the T2 chart based on the principal components (PC chart) and the simultaneous univariate control charts based on the original variables (SU X̄ charts) or based on the principal components (SUPC charts). The main reason to consider the PC chart lies on the dimensionality reduction. However, depending on the disturbance and on the way the original variables are related, the chart is very slow in signaling, except when all variables are negatively correlated and the principal component is wisely selected. Comparing the SU X̄, the SUPC and the T 2 charts we conclude that the SU X̄ charts (SUPC charts) have a better overall performance when the variables are positively (negatively) correlated. We also develop the expression to obtain the power of two S 2 charts designed for monitoring the covariance matrix. These joint S2 charts are, in the majority of the cases, more efficient than the generalized variance |S| chart.

Mapeando a qualidade de vida em Minas Gerais utilizando dados de 1991 e 2000

Pós-graduação em Geografia - IGCE

Variabilidade da precipitação pluviométrica nas regiões Sudeste e Sul do Brasil

Pós-graduação em Agronomia (Energia na Agricultura) - FCA

Avaliação de laranjeiras doces quanto à qualidade de frutos, períodos de maturação e resistência a Guignardia citricarpa

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Caracterização de germoplasma de pupunha (Bactris gasipaes Kunth) por descritores morfológicos

Pós-graduação em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas) - FCAV

Desenvolvimento de métodos de processamento e inteligência computacional no ECG ambulatorial

A monitorização ambulatorial do eletrocardiograma (ECG) permite seguir as atividades cotidianas do paciente durante períodos de 24 horas (ou ainda maiores) possibilitando o estudo de casos que pudessem ter episódios arrítmicos fatais. Entretanto, o maior desafio tecnológico que este tipo de monitorização enfrenta é a perda de informação pela presença de ruídos e artefatos quando o paciente se move. A análise do intervalo QT de despolarização e repolarização ventricular do eletrocardiograma superficial é uma técnica não invasiva com um grande valor para a diagnose e prognósticos de cardiopatias e neuropatias, assim como para a predição da morte cardíaca súbita. A análise do desvio padrão do intervalo QT proporciona informação sobre a dispersão (temporal ou espacial) da repolarização ventricular, entretanto a influencia do ruído provoca erros na detecção do final da onda T que são apreciáveis devido ao fato dos valores pequenos do desvio padrão do QT tanto para sujeitos patológicos e quanto para os sãos. O objetivo geral desta tese é melhorar os métodos de processamento do sinal de ECG ambulatorial usando inteligência computacional, especificamente os métodos relacionados com a detecção do final da onda T, e os de reconhecimento morfológico de batimentos que invalidam a análise da variabilidade do intervalo QT. É proposto e validado (em termos de exatidão e precisão) um novo método e algoritmo para estimar o final da onda T baseado no calculo de áreas de trapézios, empregando sinais da base de dados QT da Physionet. O desempenho do método proposto foi testado e comparado com um dos métodos mais usados para detectar o final da onda T: o método baseado no limiar na primeira derivada. O método de inteligência computacional sugerido combina a extração de características usando o método de análise de componentes principais não lineares e a rede neural de tipo perceptron multicamada. O método de áreas de trapézios teve um bom desempenho em condições ruidosas e não depende de nenhum limiar empírico, sendo adequado para situações com níveis de elevados de ruído de banda larga. O método de reconhecimento morfológico de batimentos foi avaliado com sinais ambulatoriais com e sem artefatos pertencentes a bases de dados de prestigio internacional, e mostrou um bom desempenho.

Caracterização quali-quantitativa do fitoplâncton da zona de arrebentação de uma praia amazônica

A estrutura da comunidade fitoplanctônica da praia da Princesa (Ilha de Maiandeua) foi estudada durante um ciclo nictemeral nos meses de novembro/08, março/09, junho/09 e setembro/09, de modo a verificar os efeitos de algumas variáveis ambientais sobre esta comunidade. O microfitoplâncton da praia da Princesa esteve representado por 98 táxons, com predomínio das diatomáceas, seguidas dos dinoflagelados e cianofíceas. Nas amostras qualitativas, Coscinodiscus perforatus Ehrenberg se destacou como abundante nos meses de março (45,6%) e junho (45,1%), enquanto que a análise quantitativa revelou Dimeregramma minor (Gregory) Ralfs como dominante, principalmente, em novembro (82,0%) e setembro (83,0%). A biomassa fitoplanctônica (clorofila-a) foi significativamente mais elevada em março (U= 0,0; p<0,05). Os valores médios de densidade fitoplanctônica total foram significativamente mais elevados no período chuvoso (F= 6,2; p<0,05), principalmente em junho (1223 ± 110 x 103 céls L-1). As curvas de K-dominância revelaram um declínio gradual na diversidade ao longo do período seco. A análise de ordenação (MDS) evidenciou a formação de três grupos, enquanto que a análise de componentes principais (PCA) mostrou a salinidade e a turbidez como as principais variáveis que definiram os componentes. A praia da Princesa é um ambiente dinâmico, onde os processos de ressuspensão promovem o intercâmbio entre populações fitoplanctônicas e fitobênticas. A elevada precipitação e o maior aporte fluvial, carreando elevadas concentrações de nutrientes, favoreceram o maior desenvolvimento do fitoplâncton, principalmente, durante o período chuvoso.

Indicador multivariado policórico: proposta de indicador para o diagnóstico da aprendizagem organizacional

Pós-graduação em Engenharia Mecânica - FEG

Análise e extração de características de imagens termográficas utilizando componentes principais

Pós-graduação em Engenharia Mecânica - FEIS

Differential distribution of sperm subpopulations and incidence of pleiomorphisms in ejaculates of captive howling monkeys (Alouatta caraya)

The aim of this study was to develop an objective method to determine the incidence of pleiomorphisms and its influence on the distribution of sperm morphometric subpopulations in ejaculates of howling monkeys (Alouatta caraya) by using a combination of computerized analysis system (ASMA) and principal component analysis (PCA) methods. Ejaculates were collected by electroejaculation methods on a regular basis from five individuals maintained under identical captive environmental, nutritional, and management conditions. Each sperm head was measured for dimensional parameters (Area [A, (square micrometers)], Perimeter [P, (micrometers)], Length [L, (micrometers)], and Width [W, (micrometers)]) and shape-derived parameters (Ellipticity [(L/W)], Elongation [(L - W)/(L + W)], and Rugosity [(4 pi A/P-2)]). PCA revealed two principal components explaining more than the 96 % of the variance. Clustering methods and discriminant analyzes were performed and seven separate subpopulations were identified. There were differences (P < 0.001) in the distribution of the seven subpopulations as well as in the incidence of abnormal pleiomorphisms (58.6 %, 49.8 %, 35.1 %, 66.4 %, and 55.1 %, P < 0.05) among the five donors tested. Our results indicated that differences among individuals related to the incidence of pleiomorphisms, and sperm subpopulational structure was not related to the captivity conditions or the sperm collection method, since all individuals were studied under identical conditions. In conclusion, the combination of ASMA and PCA is a useful clinical diagnostic resource for detecting deficiencies in sperm morphology and sperm subpopulations in A. caraya ejaculates that could be used in ex situ conservation programs of threatened species in Alouatta genus or even other endangered neotropical primate species.