Voltammetric analysis of mancozeb and its degradation product ethylenethiourea

The purpose of this work was to develop a reliable alternative method for the determination of the dithiocarbamate pesticide mancozeb (MCZ) in formulations. Furthermore, a method for the analysis of MCZ's major degradation product, ethylenethiourea (ETU), was also proposed. Cyclic voltammetry was used to characterize the electrochemical behavior of MCZ and ETU, and square-wave adsorptive stripping voltammetry (SWAdSV) was employed for MCZ quantification in commercial formulations. It was found that both MCZ and ETU are irreversibly reduced (− 0.6 V and − 0.5 V vs Ag/AgCl, respectively) at the surface of a glassy carbon electrode in a mainly diffusion-controlled process, presenting maximum peak current intensities at pH 7.0 (in phosphate buffered saline electrolyte). Several parameters of the SWAdSV technique were optimized and linear relationships between concentration and peak current intensity were established between 10–90 μmol L− 1 and 10–110 μmol L− 1 for MCZ and ETU, respectively. The limits of detection were 7.0 μmol L− 1 for MCZ and 7.8 μmol L− 1 for ETU. The optimized method for MCZ was successfully applied to the quantification of this pesticide in two commercial formulations. The developed procedures provided accurate and precise results and could be interesting alternatives to the established methods for quality control of the studied products, as well as for analysis of MCZ and ETU in environmental samples.

Effects of Chlorophenoxy Herbicides and Their Main Transformation Products on DNA Damage and Acetylcholinesterase Activity

Persistent pesticide transformation products (TPs) are increasingly being detected among different environmental compartments, including groundwater and surface water. However, there is no sufficient experimental data on their toxicological potential to assess the risk associated with TPs, even if their occurrence is known. In this study, the interaction of chlorophenoxy herbicides (MCPA, mecoprop, 2,4-D and dichlorprop) and their main transformation products with calf thymus DNA by UV-visible absorption spectroscopy has been assessed. Additionally, the toxicity of the chlorophenoxy herbicides and TPs was also assessed evaluating the inhibition of acetylcholinesterase activity. On the basis of the results found, it seems that AChE is not the main target of chlorophenoxy herbicides and their TPs. However, the results found showed that the transformation products displayed a higher inhibitory activity when compared with the parent herbicides. The results obtained in the DNA interaction studies showed, in general, a slight effect on the stability of the double helix. However, the data found for 4-chloro-2-methyl-6-nitrophenol suggest that this transformation product can interact with DNA through a noncovalent mode.

Influence of Hydroxypropyl- β -Cyclodextrin on the Photostability of Fungicide Pyrimethanil

Pesticides continue to play an important role in pest management. However, the intensive pesticide application has triggered several environment negative effects that cannot be disregarded. In this study, the inclusion complex of pyrimethanil with HP- β -CD has been prepared and characterized by proton nuclear magnetic resonance spectroscopy. The formation of the pyrimethanil/HP- β -CD inclusion complex increased the aqueous solubility of this fungicide around five times. To assess the influence of microencapsulation on the environmental photostability of the fungicide, the photochemical degradation of pyrimethanil and pyrimethanil/HP- β -CD inclusion complex has been investigated in different aqueous media such as ultrapure and river water under simulated solar irradiation. The studies allow concluding that pyrimethanil/HP- β -CD inclusion complex increases significantly the photostability of the fungicide in aqueous solutions, especially in natural water. Actually, the half-life of pyrimethanil/HP- β -CD inclusion complex was increased approximately by a factor of four when compared to the free fungicide. The overall results point out that pyrimethanil can be successfully encapsulated by HP- β -CD, a process that can improve its solubility and photostability properties.

Remediação Ambiental

A agricultura é uma das atividades mais antigas realizadas pelo Homem, sendo de grande importância para a obtenção tanto de bens alimentares como de bens para outros fins. No entanto desde o início constatou-se que as culturas eram afetadas por pragas e doenças que levavam à perda das colheitas. Este motivo deu origem à necessidade de nesses termos surgiu a aplicação de substâncias com o objetivo de proteger as colheitas. Os pesticidas são substâncias naturais ou sintéticas, aplicadas com o objetivo de proteger as plantas eliminando pragas e doenças. Para além da potencial toxicidade destas substâncias, em alguns casos a sua degradação no meio ambiente por microrganismos, hidrólise, radiação solar, etc. dá origem a produtos de degradação tanto ou mais tóxicos que os próprios pesticidas. A utilização deste tipo de substâncias acarreta problemas, visto a sua aplicação ser feita de forma a compensar perdas que ocorrem por meio de degradação, lixiviação, entre outros processos. Este tipo de aplicação leva a que haja contaminação do meio ambiente por parte dos pesticidas, pondo em risco tanto a saúde humana como os restantes seres vivos. A utilização de ciclodextrinas no encapsulamento destes compostos tem como objetivo aumentar a estabilidade do composto e promover a sua libertação de forma controlada. No presente trabalho pretende-se efetuar um estudo comparativo sobre a fotodegradação do herbicida terbutilazina e do fungicida pirimetanil livres e quando encapsulados com 2- hidroxipropil-β- ciclodextrina. De forma a quantificar os pesticidas ao longo do estudo foi utilizado o método analítico de HPLC de fase reversa. Os resultados permitiram constatar que a terbutilazina é fotoquimicamente estável, nas condições aplicadas, visto que ao fim de 75 dias de as soluções de pesticida livre em água desionizada e em água do rio apresentarem ainda 98% do pesticida inicial e as soluções de pesticida encapsulado em água desionizada e em água do rio apresentarem ainda 98% do pesticida inicial. Neste caso particular não foi possível, no intervalo de tempo considerado, avaliar a influência do encapsulamento no processo de fotodegradação da terbutilazina. Dada a baixa fotodegradação observada optou-se pela adição de peróxido de hidrogénio às soluções de controlo e 35 mM de HP-β-CD e acetona às soluções de 0 mM e 17,5 mM de HP-β-CD, para tentar promover a degradação do pesticida. Através dos resultados obtidos constatou-se que particularmente para as soluções onde foi adicionada acetona houve um aumento da velocidade de degradação no entanto esta ainda ocorria de forma lenta e muito semelhante quer para o pesticida livre quer para o encapsulado. Relativamente ao estudo da fotodegradação do pirimetanil verificou-se que ao fim de 4 dias de irradiação as soluções de pesticida livre apresentavam já alguma degradação do pesticida e tendo o período de irradiação uma duração de 53 dias foi possível para este pesticida determinar os parâmetros cinéticos em algumas das soluções. Quanto as soluções de água desionizada e água do rio com pirimetanil livre ambas apresentaram degradação do pesticida verificando-se uma cinética de reação de 1ª ordem com constantes de 0,0018 dias-1 e de 0,0060 dias-1 respetivamente. Para a solução de água desionizada com pirimetanil encapsulado não foi detetada degradação do pesticida, já para a solução com pirimetanil encapsulado em água do rio verificou-se a existência de degradação que correspondeu a uma cinética de degradação de 1ª ordem com uma constante de 0,0013 dias-1. Através dos resultados obtidos pode-se concluir que o encapsulamento do pirimetanil com 2-hidroxipropil-β-ciclodextrina é vantajoso visto diminuir a quantidade de pesticida utilizado e aumentar a eficácia do controlo das pragas.

Impact of Taraxerol in combination with extract of Euphorbia tirucalli plant on biological parameters of Lymnaea acuminata

The present work was carried out to evaluate the molluscicidal activity of active ingredient Taraxerol with the acetone extract of Euphorbia tirucalli against Lymnaea acuminata snail. The (fecundity, hatchability and survivability) of snail L. acuminata exposed to this extract was studied. The effects of the tested extracts on life-history traits of harmful snail L. acuminata have also been evaluated, and this study also expounds the inhibitory effects of these extracts singly as well as in binary combination (1:1 ratio). It concluded that these herbal products act as a potential source of molluscicides, and that they would also have the advantage of easy availability, low cost, biodegradability and greater acceptance amongst users than synthetic pesticide.

The sense of ending: the closing of a psychiatric hospital in Lisbon - Hospital Miguel Bombarda

RESUMO: Este estudo foi realizado com o objectivo de conhecer os efeitos da desinstitucionalização dos doentes psiquiátricos crónicos durante o processo de encerramento do Hospital Miguel Bombarda (2007-2011). Este processo incluiu a fusão, em 2008, dos dois principais hospitais psiquiátricos de Lisboa- Hospital Miguel Bombarda (HMB) e Hospital Júlio de Matos (HJM), no Centro Psiquiátrico Hospitalar de Lisboa (CHPL). Foi criado um grupo controlo de pacientes ainda hospitalizados no CHPL (n=166) para comparação com o grupo de casos desinstitucionalizados (n=146). Desta amostra inicial (n=312) apenas 142 (76 casos e 66 controlos) foram incluídos, sendo as principais causas de exclusão: diagnóstico (patologia orgânica, demência ou debilidade mental, como diagnóstico primário) e transferência entre hospitais. A desinstitucionalização foi principalmente avaliada em termos de psicopatologia, utilização de serviços, satisfação, crime, condição de “sem abrigo” ou morte. Os resultados mostraram que a maioria dos doentes crónicos pode sair do hospital psiquiátrico para a comunidade sem agravamento da psicopatologia, aumento do crime ou da condição de “sem abrigo”. A satisfação parece estar aumentada na população desinstitucionalizada. A mortalidade, por outro lado, revelou-se uma questão problemática: apesar de não ter sido possível estabelecer uma comparação entre casos e controlos, a Taxa de Mortalidade Standard encontrada neste estudo foi muito superior ao esperado, de acordo com os resultados encontrados na literatura. Um estudo longitudinal da mesma população poderá ser objecto de futura investigação, possivelmente comparada com outra população similar de um programa de desinstitucionalização noutro país.--------- RÉSUMÉ: Cette étude a été menée afin de déterminer les effets de la désinstitutionnalisation des patients chroniques lors de la fermeture de l'hôpital Miguel Bombarda (2007-2011). Ce processus comprenait la fusion en 2008 de deux grands hôpitaux psychiatriques de Lisbonne: À savoir, Hôpital Miguel Bombarda (HMB) et Hôpital Julio de Matos (HJM), maintenant Centre de l'Hôpital Psychiatrique de Lisbonne (CHPL). Il a été créé un groupe contrôle des patients toujours hospitalisés à CHPL (n = 166) pour comparer avec les cas désinstitutionnalisés (n = 146). De cet échantillon initial (n= 312) à peine 142 (76 cas et 66 contrôles) ont été inclus, les principales raisons d'exclusion: diagnostique (maladie organique, démence ou d'arriération mentale comme diagnostic primaire) et les transferts entre hôpitaux. La désinstitutionnalisation a été principalement évaluée en termes de psychopathologie, de l'utilisation des services, la satisfaction, la criminalité, les “sans abri” et de la mort. Les résultats ont montré que la majorité des malades chroniques peuvent quitter l'hôpital psychiatrique et s´intégrer dans la communauté sans aggravation de la psychopathologie, augmentation de la criminalité ou du nombre de “sans-abri”. La satisfaction semble être en hausse dans la population désinstitutionnalisée. Toutefois, la mortalité s'est avéré être une question problématique, même si il n´a pas été possible d'établir une comparaison entre les cas et les contrôles, le Taux de Mortalité Standard estimé dans cette étude fut beaucoup plus élevé que prévu, en tenant compte des résultats établis dans la littérature. Une étude longitudinale de la même population pourra faire l'objet de futures recherches, peut-être comparé à une population similaire d'un programme de désinstitutionnalisation dans un autre pays. ----------- ABSTRACT:This study was conducted to assess the effects of deinstitutionalization of “long-stay” patients during the process of closing Hospital Miguel Bombarda (2007-2011). This process included the fusion, in 2008, of the two main psychiatric hospitals in Lisbon- Hospital Miguel Bombarda (HMB) and Hospital Júlio de Matos (HJM), into Centro Psiquiátrico Hospitalar de Lisboa (CHPL). A control group of still institutionalized patients in CHPL (n=166) was used as a comparison with the deinstitutionalized population (n=146). Of this 312 initial sample only 142 (76 cases and 66 controls) were included, the main causes of exclusion being diagnoses (organic disease, dementia and mental retardation- as first diagnoses) and transference between hospitals. Deinstitutionalization is mainly evaluated in terms of psychopathology, use of services, satisfaction, crime, vagrancy and deaths. The results show that most long-stay patients can successfully leave psychiatric hospitals and be relocated in the community without an increase in psychopathology, crime or vagrancy. Satisfaction seems to be improved in those patients. On the other hand, mortality remains an issue of concern: Although there was no possibility of comparing it between cases and controls, the Standard Mortality Rate (SMR) in our study was found to be much higher than expected judging by other studies results. A longitudinal further study of this same population will be the matter for a future investigation, possibily compared with another similar population from a desinstitutionalization programme in another country.

Larvicidal activity of the methanol extract and fractions of the green fruits of Solanum lycocarpum(Solanaceae) against the vector Culex quinquefasciatus (Diptera: Culicidae)

IntroductionThe larvicidal activity of Solanum lycocarpumagainst Culex quinquefasciatus is unknown.MethodsWe evaluated the larvicidal activity of extracts of the green fruits of Solanum lycocarpum against third and fourth instar larvae of C. quinquefasciatus.ResultsDichloromethane and ethyl acetate fractions showed the greatest larvicidal effect at 200mg/L (83.3% and 86.7%, respectively). The methanol and dichloromethane, ethyl acetate, and hydromethanolic fractions demonstrated larvicidal effects against C. quinquefasciatus, with LC50 values of 126.24, 75.13, 83.15, and 207.05mg/L, respectively.ConclusionsThus, when considering new drugs with larvicidal activity from natural products, S. lycocarpum fruits may be good candidate sources.

Larvicidal activity of oils, fatty acids, and methyl esters from ripe and unripe fruit of Solanum lycocarpum (Solanaceae) against the vector Culex quinquefasciatus (Diptera: Culicidae)

ABSTRACTINTRODUCTION:The larvicidal activity of oils, fatty acids, and methyl esters of Solanum lycocarpum fruit against Culex quinquefasciatus is unknown.METHODS:The larvicidal activity of samples of ripe and unripe fruit from S. lycocarpum was evaluated against third and fourth instar larvae of C. quinquefasciatus .RESULTS:The oils, fatty acids, and methyl esters of S. lycocarpum showed the greatest larvicidal effect (57.1-95.0%) at a concentration of 100mg/L (LC 50values between 0.70 and 27.54mg/L).CONCLUSIONS:Solanum lycocarpum fruit may be a good source of new natural products with larvicidal activity.

Percepción del riesgo de los agroquímicos en la localidad de Basavilbaso, Entre Ríos

El modelo agrario argentino actual se basa en el monocultivo de la soja para la exportación. Este cultivo aumentó de forma masiva a partir de la entrada de la soja transgénica resistente al herbicida glifosato, en los 90. Los plaguicidas han representado el gran sostén del crecimiento de la producción agropecuaria argentina. Debido al uso creciente que están teniendo y a la proximidad de los cultivos a los pueblos, los habitantes empiezan a percibir las prácticas de manejo y aplicación de plaguicidas como un riesgo para su salud y el medio ambiente de la zona. El clima de incertidumbre acerca de los impactos de los agroquímicos se percibe en las áreas productoras de soja, convirtiéndose en un conflicto entre expertos y población local. Con el estudio de este riesgo, del modo en que es percibido por la población y de los factores que causan dicha percepción, se ha observado que los problemas que generan la elevada percepción son principalmente las malas prácticas en la aplicación de los agroquímicos, la ausencia de regulación del organismo de control y la incertidumbre sobre los efectos que dichos productos pueden causar.

Economic threshold levels for the velvetbean caterpillar on soybeans in Brazil: the social and the private perspectives

Pest Control is treated as a economic problem. The social and the private perspectives differ due to the consideration of the environmental and social impacts as well as technical aspects such as resistance, resurgence and secondary pests. A mathematical model is developed to determine and compare the social and the private optimum control strategies (which define the Economic Thereshold Levels) for the velvetbean caterpillar on soybeans in Brazil. The crop/pest system incorporates effects of predators and parasites, the soybean natural capacity to compensate for injury and the pesticide effects on both pests and its natural enemies; in the social case, the environmental and social impacts and the effects of pest resistance to the pesticide are incorporated. Consideration of density dependence, weather effects, randomnes of pest attack and risk aversion are discussed. The results can be compared with current control practices and IPM programme recomendations.

On the use of reporter bacteria for measuring availability of organic contaminants

Natural environments are constantly challenged by the release of hydrophobic organic contaminants, which represent a threat for both the ecosystem and human health. Despite a substantial degradation by naturally occurring micro-organisms, a non negligible fraction of these pollutants tend to persist in soil and sediments due to their reduced accessibility to microbial degraders. This lack of 'bioavailability' is acknowledged as a key parameter for the natural and stimulated clean-up (bioremediation) of contaminated sites. We developed a bacterial bioreporter that responds to the presence of polyaromatic hydrocarbons (PAHs) by the production of the green fluorescent protein (GFP), based on the PAH-degrading bacterium Burkholderia sartisoli. We showed in this study that the bacterial biosensor B. sartisoli strain RP037 was faithfully reporting the degradation of naphthalene and phenanthrene (two PAHs of low molecular weight) via the production of GFP. What is more, the magnitude of GFP induction was influenced by change in the PAH flux triggered by a variety of physico-chemical parameters, such as the contact surface between the pollutant and the aqueous suspension. Further experiments permitted to test the influence of dissolved organic matter, which is an important component of natural habitats and can interact with organic pollutants. In addition, we tested the influence of two types of biosurfactants (tensio-active agents produced by living organisms) on phenanthrene's degradation by RP037. Interestingly, the surfactant's effects on the biodegradation rate appeared to depend on the type of biosurfactant and probably on the type of bacterial strain. Finally, we tagged B. sartisoli strain RP037 with a constitutively expressed mCherry fluorescent protein. The presence of mCherry allowed us to visualize the bacteria in complex samples even when GFP production was not induced. The new strain RP037-mChe embedded in a gel patch was used to detect PAH fluxes from a point source, such as a non-aqueous liquid or particles of contaminated soil. In parallel, we also developed and tested a so-called multiwell bacterial biosensor platform, which permitted the simultaneous use of four different reporter strains for the detection of major crude oil components (e.g., saturated hydrocarbons, mono- and polyaromatics) in aqueous samples. We specifically constructed the strain B. sartisoli RP007 (pPROBE-phn-luxAB) for the detection of naphthalene and phenanthrene. It was equipped with a reporter plasmid similar to the one in strain RP037, except that the gfp gene was replaced by the genes luxAB, which encoded the bacterial luciferase. The strain was implemented in the biosensor platform and detected an equivalent naphthalene concentration in oil spilled-sea water. We also cloned the gene for the transcriptional activator AlkS and the operator/promoter region of the operon alkSB1GHJ from the alkane-degrader bacterium Alcanivorax borkumensis strain SK2 in order to construct a new bacterial biosensor with higher sensitivity towards long-chain alkanes. However, the resulting strain showed no increased light emission in presence of tetradecane (C14), while it still efficiently reported low concentrations of octane (C8). RÉSUMÉ : Les écosystèmes naturels sont constamment exposés à nombre de contaminants organiques hydrophobes (COHs) d'origine industrielle, agricole ou même naturelle. Les COHs menacent à la fois l'environnement, le bien-être des espèces animales et végétales et la santé humaine, mais ils peuvent être dégradés par des micro-organismes tels que les bactéries et les champignons, qui peuvent être capables des les transformer en produits inoffensifs comme le gaz carbonique et l'eau. La biodégradation des COHs est cependant fréquemment limitée par leur pauvre disponibilité envers les organismes qui les dégradent. Ainsi, bien que la biodégradation opère partiellement, les COHs persistent dans l'environnement à de faibles concentrations qui potentiellement peuvent encore causer des effets toxiques chroniques. Puisque la plupart des COHs peuvent être métabolisés par l'activité microbienne, leur persistance a généralement pour origine des contraintes physico-chimiques plutôt que biologiques. Par exemple, leur solubilité dans l'eau très limitée réduit leur prise par des consommateurs potentiels. De plus, l'adsorption à la matière organique et la séquestration dans les micropores du sol participent à réduire leur disponibilité envers les microbes. Les processus de biodisponibilité, c'est-à-dire les processus qui gouvernent la dissolution et la prise de polluants par les organismes vivants, sont généralement perçus comme des paramètres clés pour la dépollution (bioremédiation) naturelle et stimulée des sites contaminés. Les hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAPs) sont un modèle de COH produits par les activités aussi bien humaines que naturelles, et listés comme des contaminants chroniques de l'air, des sols et des sédiments. Ils peuvent être dégradés par un vaste nombre d'espèces bactériennes mais leur taux de biodégradation est souvent limité par les contraintes mentionnées ci-dessus. Afin de comprendre les processus de biodisponibilité pour les cellules bactériennes, nous avons décidé d'utiliser les bactéries elles-mêmes pour détecter et rapporter les flux de COH. Ceci a été réalisé par l'application d'une stratégie de conception visant à produire des bactéries `biocapteurs-rapporteurs', qui littéralement s'allument lorsqu'elles détectent un composé cible pour lequel elles ont été conçues. En premier lieu, nous nous sommes concentrés sur Burkholderia sartisoli (souche RP007), une bactérie isolée du sol et consommatrice de HAP .Cette souche a servi de base à la construction d'un circuit génétique permettant la formation de la protéine autofluorescente GFP dès que les cellules détectent le naphtalène ou le phénanthrène, deux HAP de faible masse moléculaire. En effet, nous avons pu montrer que la bactérie obtenue, la souche RP037 de B. sartisoli, produit une fluorescence GFP grandissante lors d'une exposition en culture liquide à du phénanthrène sous forme cristalline (0.5 mg par ml de milieu de culture). Nous avons découvert que pour une induction optimale il était nécessaire de fournir aux cellules une source additionnelle de carbone sous la forme d'acétate, ou sinon seul un nombre limité de cellules deviennent induites. Malgré cela, le phénanthrène a induit une réponse très hétérogène au sein de la population de cellules, avec quelques cellules pauvrement induites tandis que d'autres l'étaient très fortement. La raison de cette hétérogénéité extrême, même dans des cultures liquides mélangées, reste pour le moment incertaine. Plus important, nous avons pu montrer que l'amplitude de l'induction de GFP dépendait de paramètres physiques affectant le flux de phénanthrène aux cellules, tels que : la surface de contact entre le phénanthrène solide et la phase aqueuse ; l'ajout de surfactant ; le scellement de phénanthrène à l'intérieur de billes de polymères (Model Polymer Release System) ; la dissolution du phénanthrène dans un fluide gras immiscible à l'eau. Nous en avons conclu que la souche RP037 détecte convenablement des flux de phénantrène et nous avons proposé une relation entre le transfert de masse de phénanthrène et la production de GFP. Nous avons par la suite utilisé la souche afin d'examiner l'effet de plusieurs paramètres chimiques connus dans la littérature pour influencer la biodisponibilité des HAP. Premièrement, les acides humiques. Quelques rapports font état que la disponibilité des HAP pourrait être augmentée par la présence de matière organique dissoute. Nous avons mesuré l'induction de GFP comme fonction de l'exposition des cellules RP037 au phénanthrène ou au naphtalène en présence ou absence d'acides humiques dans la culture. Nous avons testé des concentrations d'acides humiques de 0.1 et 10 mg/L, tandis que le phénanthrène était ajouté via l'heptamethylnonane (HMN), un liquide non aqueux, ce qui au préalable avait produit le plus haut flux constant de phénanthrène aux cellules. De plus, nous avons utilisé des tests en phase gazeuse avec des concentrations d'acides humiques de 0.1, 10 et 1000 mg/L mais avec du naphtalène. Contrairement à ce que décrit la littérature, nos résultats ont indiqué que dans ces conditions l'expression de GFP en fonction de l'exposition au phénanthrène dans des cultures en croissance de la souche RP037 n'était pas modifiée par la présence d'acides humiques. D'un autre côté, le test en phase gazeuse avec du naphtalène a montré que 1000 mg/L d'acides humiques abaissent légèrement mais significativement la production de GFP dans les cellules de RP037. Nous avons conclu qu'il n'y a pas d'effet général des acides humiques sur la disponibilité des HAP pour les bactéries. Par la suite, nous nous sommes demandé si des biosurfactants modifieraient la disponibilité du phénanthrène pour les bactéries. Les surfactants sont souvent décrits dans la littérature comme des moyens d'accroître la biodisponibilité des COHs. Les surfactants sont des agents tensio-actifs qui augmentent la solubilité apparente de COH en les dissolvant à l'intérieur de micelles. Nous avons ainsi testé si des biosurfactants (des surfactants produits par des organismes vivants) peuvent être utilisé pour augmenter la biodisponibilité du phénanthrène pour la souche B. sartisoli RP037. Premièrement, nous avons tenté d'obtenir des biosurfactants produits par une autre bactérie vivant en co-culture avec les biocapteurs bactériens. Deuxièmement, nous avons utilisé des biosurfactants purifiés. La co-cultivation en présence de la bactérie productrice de lipopeptide Pseudomonas putida souche PCL1445 a augmenté l'expression de GFP induite par le phénanthrène chez B. sartisoli en comparaison des cultures simples, mais cet effet n'était pas significativement différent lorsque la souche RP037 était co-cultivée avec un mutant de P. putida ne produisant pas de lipopeptides. L'ajout de lipopeptides partiellement purifiés dans la culture de RP037 a résulté en une réduction de la tension de surface, mais n'a pas provoqué de changement dans l'expression de GFP. D'un autre côté, l'ajout d'une solution commerciale de rhamnolipides (un autre type de biosurfactants produits par Pseudomonas spp.) a facilité la dégradation du phénanthrène par la souche RP037 et induit une expression de GFP élevée dans une plus grande proportion de cellules. Nous avons ainsi conclu que les effets des biosurfactants sont mesurables à l'aide de la souche biocapteur, mais que ceux-ci sont dépendants du type de surfactant utilisé conjointement avec le phénanthrène. La question suivante que nous avons abordée était si les tests utilisant des biocapteurs peuvent être améliorés de manière à ce que les flux de HAP provenant de matériel contaminé soient détectés. Les tests en milieu liquide avec des échantillons de sol ne fournissant pas de mesures, et sachant que les concentrations de HAP dans l'eau sont en général extrêmement basses, nous avons conçu des tests de diffusion dans lesquels nous pouvons étudier l'induction par les HAPs en fonction de la distance aux cellules. Le biocapteur bactérien B. sartisoli souche RP037 a été marqué avec une seconde protéine fluorescente (mCherry), qui est constitutivement exprimée dans les cellules et leur confère une fluorescence rouge/rose. La souche résultante RP037-mChe témoigne d'une fluorescence rouge constitutive mais n'induit la fluorescence verte qu'en présence de naphtalène ou de phénanthrène. La présence d'un marqueur fluorescent constitutif nous permet de visualiser les biocapteurs bactériens plus facilement parmi des particules de sol. Un test de diffusion a été conçu en préparant un gel fait d'une suspension de cellules mélangées à 0.5 % d'agarose. Des bandes de gel de dimensions 0.5 x 2 cm x 1 mm ont été montées dans des chambres d'incubation et exposées à des sources de HAP (soit dissouts dans du HMN ou en tant que matériel solide, puis appliqués à une extrémité de la bande). En utilisant ce montage expérimental, le naphtalène ou le phénanthrène (dissouts dans du HMN à une concentration de 2.5 µg/µl) ont induit un gradient d'intensité de fluorescence GFP après 24 heures d'incubation, tandis que la fluorescence mCherry demeurait comparable. Un sol contaminé par des HAPs (provenant d'un ancien site de production de gaz) a induit la production de GFP à un niveau comparable à celui du naphtalène. Des biocapteurs bactériens individuels ont également détecté un flux de phénanthrène dans un gel contenant des particules de sol amendées avec 1 et 10 mg/g de phénanthrène. Ceci a montré que le test de diffusion peut être utilisé pour mesurer des flux de HAP provenant de matériel contaminé. D'un autre côté, la sensibilité est encore très basse pour plusieurs sols contaminés, et l'autofluorescence de certains échantillons rend difficile l'identification de la réponse de la GFP chez les cellules. Pour terminer, un des points majeurs de ce travail a été la production et la validation d'une plateforme multi-puits de biocapteurs bactériens, qui a permis l'emploi simultané de plusieurs souches différentes de biocapteurs pour la détection des constituants principaux du pétrole. Pour cela nous avons choisi les alcanes linéaires, les composés mono-aromatiques, les biphényls et les composés poly-aromatiques. De plus, nous avons utilisé un capteur pour la génotoxicité afin de détecter la `toxicité globale' dans des échantillons aqueux. Plusieurs efforts d'ingénierie ont été investis de manière à compléter ce set. En premier lieu, chaque souche a été équipée avec soit gfp, soit luxAB en tant que signal rapporteur. Deuxièmement, puisqu'aucune souche de biocapteur n'était disponible pour les HAP ou pour les alcanes à longues chaînes, nous avons spécifiquement construit deux nouveaux biocapteurs. L'un d'eux est également basé sur B. sartisoli RP007, que nous avons équipé avec le plasmide pPROBE-phn-luxAB pour la détection du naphtalène et du phénanthrène mais avec production de luciférase bactérienne. Un autre est un nouveau biocapteur bactérien pour les alcanes. Bien que nous possédions une souche Escherichia coli DHS α (pGEc74, pJAMA7) détectant les alcanes courts de manière satisfaisante, la présence des alcanes à longues chaînes n'était pas rapportée efficacement. Nous avons cloné le gène de l'activateur transcriptionnel A1kS ainsi que la région opérateur/promoteur de l'opéron alkSB1GHJ chez la bactérie dégradant les alcanes Alcanivorax borkumensis souche SK2, afin de construire un nouveau biocapteur bactérien bénéficiant d'une sensibilité accrue envers les alcanes à longues chaînes. Cependant, la souche résultante E. coli DHSα (pAlk3} n'a pas montré d'émission de lumière augmentée en présence de tétradécane (C14), tandis qu'elle rapportait toujours efficacement de basses concentrations d'octane (C8). De manière surprenante, l'utilisation de A. borkumensis en tant que souche hôte pour le nouveau plasmide rapporteur basé sur la GFP a totalement supprimé la sensibilité pour l'octane, tandis que la détection de tétradécane n'était pas accrue. Cet aspect devra être résolu dans de futurs travaux. Pour calibrer la plateforme de biocapteurs, nous avons simulé une fuite de pétrole en mer dans une bouteille en verre ouverte de 5L contenant 2L d'eau de mer contaminée avec 20 ml (1%) de pétrole brut. La phase aqueuse a été échantillonée à intervalles réguliers après la fuite durant une période allant jusqu'à une semaine tandis que les principaux contaminants pétroliers étaient mesurés via les biocapteurs. L'émission de bioluminescence a été mesurée de manière à déterminer la réponse des biocapteurs et une calibration intégrée faite avec des inducteurs types a servi à calculer des concentrations d'équivalents inducteurs dans l'échantillon. E. coli a été utilisée en tant que souche hôte pour la plupart des spécificités des biocapteurs, à l'exception de la détection du naphtalène et du phénanthrène pour lesquels nous avons utilisé B. sartisoli. Cette souche, cependant, peut être employée plus ou moins selon la même procédure. Il est intéressant de noter que le pétrole répandu a produit une apparition séquentielle de composés dissouts dans la phase aqueuse, ceux-ci .étant détectables par les biocapteurs. Ce profil contenait d'abord les alcanes à courtes chaînes et les BTEX (c'est-à dire benzène, toluène, éthylbenzène et xylènes), apparaissant entre des minutes et des heures après que le pétrole a été versé. Leurs concentrations aqueuses ont par la suite fortement décru dans l'eau échantillonnée après 24 heures, à cause de la volatilisation ou de la biodégradation. Après quelques jours d'incubation, ces composés sont devenus indétectables. Les HAPs, en revanche, sont apparus plus tard que les alcanes et les BTEX, et leur concentration a augmenté de pair avec un temps d'incubation prolongé. Aucun signal significatif n'a été mis en évidence avec le biocapteur pour le biphényl ou pour la génotoxicité. Ceci démontre l'utilité de ces biocapteurs, spécifiquement pour la détection des composés pétroliers, comprenant les alcanes à courtes chaînes, les BTEX et les HAPs légers.

Exposition aux bactéries aéroportées dans, et autour des élevages de porcs

En France, il y a plus de 30 000 exploitations élevant près de 15 millions de porcs. De nos jours, l'élevage du porc s'est intensifié et la densité de bêtes par m2 a fortement augmenté. Cette forte densité d'animaux, souvent confinés dans des locaux clos, génère une quantité importante de déchets et de poussière organique. Cette poussière, contenant beaucoup de microorganismes (bactéries, champignons) et d'endotoxines est facilement mise en suspension lors des différentes activités des animaux et des travailleurs. A cela s'ajoute des dégagements de gaz tels que l'ammoniac et l'hydrogène sulfuré qui contribuent aussi à la détérioration de la qualité de l'air. L'augmentation de la taille des exploitations implique une présence plus importante de l'éleveur et donc une exposition de plus longue durée à ces nuisances aéroportées. Plusieurs études ont montré que les éleveurs de porcs avaient significativement plus de symptômes de bronchite chronique, d'inflammation des voies respiratoires et d'asthme que des personnes ne travaillant pas dans des élevages ou dans des fermes (Cole et al., 2000). Le premier article analysé (Ko et al., 2008) traite de la caractérisation microbiologique des bioaérosols émis dans l'environnement immédiat des élevages de porcs. La seconde étude (Nehme et al., 2008) s'attache à montrer la pertinence des méthodes moléculaires pour quantifier et caractériser les bactéries dans l'air des porcheries. [Auteur]

Bacillus and Serratia species for Scarab control

Few microorganisms are commercially available for use against white grubs (larvae of Scarabaeidae). Entomopathogenic bacteria, particularly Bacillus popilliae, have been used the longest for white grub suppression. Other bacteria, namely B. thuringiensis and Serratia spp. offer promise for future control. This papes examines two genera of bacteria (Bacillus and Serratia) from the historical and current perspective. Bacillus popilliae, the firs microbial control agent registered in the United States, has a long history of use in suppressing populations of the Japanese beetle, Popillia japonica. However, lack of in vitro production and the slow and sporadic nature of its activity, severely limits its utilization. B. thuringiensis, the most widely used microbial pesticide, has not been used for scarab, control. However, strains with scarab activity have recently been discovered. Scarab larvae have been collected in the United States with signs and symptoms similar to those characteristic of amber disease (caused by Serratia entomophila) in the New Zealand grass grub, Costelytra zealandica. A total of 147 bacteria have been obtained from the digestive tracts of larvae of the Japanese beetle and masked chafers, Cyclocephala spp., as well as from larvae and soil collected in Japan and China. Seventy five of these have been identified as Serratia spp. Most (40) of the remaining bacteria are in the genus Enterobacter. A majority of the bacteria (73) and of the Serratia (38) came from P. japonica.

The snail hosts of schistosomiasis: some evolutionary and ecological perspectives in relation to control

Despite opportunities for radiation provided by spatio-temporal isolation, the basic morphological plan of pulmonate snails has remained conservative. In consequence of the resulting dearth of morphological characters and their plasticity, there is a case for using biochemical characters such as exogenous chemicals released by the snails (e.g. amino acids) and their chemoreception niche as taxonomic aids to classify snails of medical importance. As these same chemicals are used by snails to distinguish conspecifics they could also be used as "environmental antibodies" in controlled release formulations (CRF's) designed to remove target snails in a specific, cost-effective and ecologically acceptable manner. The snails, surface-living bacteria, algae and macrophytic plants are considered as co-evolved, interactive modular systems with strong mutualistic elements. Recently, anthropogenic perturbations such as deforestation, and damming of flowing waters, have benefited these modules whereas others such as river canalization, acid deposition, accumulation of pesticide residues and eutrophication have harmed them. Research is needed to elucidate the factors which limit the growth of snails in primitive habitats, uninfluenced by man, as well as in those subject to harmful anthropogenic factors. The understanding thus gained could be applied to develop cost-effective primary health care strategies to reduce or prevent transmission of schistosomiasis and other water related diseases.

Trace-element and phosphorus contents in sediment associated with Cretaceous oceanic anoxic events

ABSTRACT : During my SNSF-funded Ph.D. thesis project, I studied the evolution of redox conditions and organic-carbon preservation in the western Tethyan realm during three major positive excursions in the Cretaceous δ13C record, corresponding to the Valanginian, Early Aptian and Late Cenomanian. These periods were characterized by important global environmental and climate change, which was associated with perturbations in the carbon cycle. For the period of the Valanginian δ13C excursion, total organic carbon (TOC) contents and the quality of preserved organic matter are typical of oxic pelagic settings in the western Tethys. This is confirmed by the absence of major excursions in the stratigraphic distribution of RSTE during the δ13C shift. Published TOC data from other parts of the Valanginian oceans indicate that dys- to anaerobic zones were restricted to marginal seas within the Atlantic and Southern Ocean, and to the Pacific. Phosphorus (P) and mineralogical contents suggest a stepwise climatic evolution during the Valanginian, with a humid and warm climate prior to the δ13C shift leading to an increase in continental runoff. During the δ13C shift, a decrease in detrital input and P contents suggests a change in the climate towards more and conditions. During the early Aptian oceanic anoxic event (OAE 1a), a general increase followed by a rapid decrease in P contents suggests enhanced nutrient input at the beginning of OAE 1a. The return to lower values during OAE 1 a, associated with an increase in RSTE contents, may have been related to the weakened capacity to retain P in the sedimentary reservoir due to bottom-water oxygen depletion. In basinal settings, the RSTE distribution indicates well-developed anoxic conditions during OAE la, whereas in the shallower-water environments, conditions were oxic to suboxic, rather than anoxic. Furthermore, in the deeper part of the Tethys, two distinct enrichments have been observed, indicating fluctuations in the intensity of water column anoxia during the δ73C excursion. We also studied the effect of the end-Cenomanian oceanic anoxic event (OAE 2) on an expanded section in the Chrummflueschlucht (E of Euthal, Ct Switzerland). The goal here was to identify paleoceanographic and paleoenvironmental conditions during OAE 2 in this part of the northern Tethyan margin. The results show that this section is one of the most complete sections for the Cenomanian-Turonian boundary interval known from the Helvetic realm, despite a small hiatus between sediments corresponding to peaks 1 and 2 in the δ13C record. The evolution of P contents points to an increase in the input of this nutrient at the onset of OAE 2. The trends in RSTE contents show, however, that this part of the Helvetic realm was not affected by a strong depletion in oxygen conditions during OAE 2, despite its hemipelagic position. A further goal of this project was to submit the samples to a total extraction method (a combined HF/HNO3/HCI acid digestion) and compare the results obtained by the partial HNO3 acid extraction in order to standardize the analytical prócedures in the extraction of RSTE. The obtained results for samples of OAE 1 a suggest that RSTE trends using the partial HNO3 digestion are very comparable to those obtained by the total digestion method and subsequently normalized with regards to AI contents. RÉSUMÉ : Durant ce projet de thèse, financé par le Swiss National Science Funding (SNSF), j'ai étudié l'évolution des conditions redox et de la préservation de carbone organique dans le domnaine ouesttéthysien pendant trois excursions majeures du δ13C au Crétacé correspondant au Valanginien, à l'Aptien inférieur et à la limite Cénomanien-Turonien. Ces périodes sont caractérisées par des changements climatiques et environnementaux globaux associés à des perturbations dans le cylce du carbone. Pour L'excursion positive en δ13C du Valanginien, les analyses du carbone organique total (COT) et les observations palynologiques du domaine téthysien ont présenté des indications d'environnement pélagique relativementbienoxygéné. L'absence d'enrichissements en éléments traces sensibles aux conditions redox (TE) pendant l'excursion positive en δ13C confirme ces interprétations. Les données publiées de COT dans d'autres partie du globe indiquent cependant l'existence de conditions dys- à anaérobiques dans certains bassins restreints de l'Atlantique, l'Océan Austral et du Pacifique. L'évolution du phosphore (P) et la composition minéralogique des sédiments semblent indiquer un climat relativement chaud et humide avant l'excursion en δ13C entraînant une augmentation de l'altération continentale. Pendant le shift isotopique, une diminution des apports détritiques et du P suggèrent une transition vers des conditions plus arides. À l'Aptien Inférieur, le début de l'événement anoxique (OAE 1a) est marqué par une augmentation générale du P dans les sédiments indiquant une augmentation du niveau trophique à la base de l'excursion isotopique. Durant l'événement anoxique, les sédiments sont relativement appauvris en P. Cette diminution rapide associée à des enrichissements en TE est probablement liée à une remobilisation plus importante du P lors de la mise en place de conditions anoxiques dans les eaux de fond. Dans les environnements de bassin, le comportement des TE (enrichissements bien marqués) attestent de conditions réductrices bien marquées alors que dans les environnements moins profonds, les conditions semblent plutôt oxiques à dysoxiques. De plus, deux niveaux d'enrichissement en TE ont été observés dans la partie plus profonde de la Téthys, indiquant des fluctuations assez rapides dans l'intensité de l'anoxie de la colonne d'eau. Nous avons ensuite étudié les effets de l'événement anoxique de la fin du Cenomanien (OAE 2) dans un basin marginal de la marge nord de la Téthys avec la coupe de Chrummflueschlucht (à l'est de Euthal, Ct Schwyz). Les résultats ont montré que cette coupe présente un des enregistrements sédimentaires des plus complets de l'OAE 2 dans le domaine helvétique malgré un hiatus entre le pic 1 et 2 de l'excursion en δ13C. L'évolution du P montre une augmentation au début de l'OAE 2. Cependant, la distribution des TE indique que cette région n'a pas été affectée par des conditions réductrices trop importantes. Un second aspect de ce travail a été l'étude des différentes méthodes sur l'analyse de la distribution des TE. Des échantillons de l'OAE 1a ont été soumis à deux types d'extractions, l'une dite «totale » (attaque combinée d'acides HF/HNO3/HCI) et l'autre dite partielle » (HNO3). Les résultats obtenus suggèrent que les courbes de tendances des TE acquises par extraction partielle sont semblables à celle obtenues par extraction totale et normalisées par l'AI.