Optimization of a microplate-based assay to assess esterase activity in the alga Pseudokirchneriella subcapitata

The present work describes the optimization of a short-term assay, based on the inhibition of the esterase activity of the alga Pseudokirchneriella subcapitata, in a microplate format. The optimization of the staining procedure showed that the incubation of the algal cells with 20 μmolL−1 fluorescein diacetate (FDA) for 40 min allowed discrimination between metabolic active and inactive cells. The shortterm assay was tested using Cu as toxicant. For this purpose, algal cells, in the exponential or stationary phase of growth, were exposed to the heavy metal in growing conditions. After 3 or 6 h, cells were subsequently stained with FDA, using the optimized procedure. For Cu, the 3- and 6-h EC50 values, based on the inhibition of the esterase activity of algal cells in the exponential phase of growth, were 209 and 130 μg L−1, respectively. P. subcapitata cells, in the stationary phase of growth, displayed higher effective concentration values than those observed in the exponential phase. The 3- and 6-h EC50 values for Cu, for cells in the stationary phase, were 443 and 268 μgL−1, respectively. This short-term microplate assay showed to be a rapid endpoint for testing toxicity using the alga P. subcapitata. The small volume required, the simplicity of the assay (no washing steps), and the automatic reading of the fluorescence make the assay particularly well suited for the evaluation of the toxicity of a high number of environmental samples.

Análise de risco e inspeções de segurança em elevadores, escadas mecânicas e tapetes rolantes

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Mecânica

O valor da privacidade: o caso das audiências da Casa dos Segredos

Dissertação apresentada à Escola Superior de Comunicação Social como parte dos requisitos para obtenção de grau de mestre em Audiovisual e Multimédia.

A influência do acompanhamento em suporte digital na motivação dos alunos de saxofone: relatório de estágio

I (Prática pedagógica)- Esta secção do Relatório de Estágio pretende apresentar elementos referentes ao Estágio do Ensino Especializado da Música no ensino do saxofone, efectuado na Escola de Música Luís António Maldonado Rodrigues, no ano lectivo 2012/2013. Neste estágio foram envolvidos e analisados três alunos, em níveis distintos de desenvolvimento, mas com orientações semelhantes no que respeita à organização do trabalho. Para cada aluno foram realizados trinta planos de aula, uma planificação anual e três gravações vídeo/áudio em contexto de sala de aula, permitindo uma análise e reflexão mais profunda do trabalho docente. A secção é composta pela caracterização da escola onde se realizou o estágio, através da sua contextualização/funcionamento, dos seus espaços e equipamentos, recursos humanos existentes e organização pedagógica. Posteriormente é efectuada a caracterização dos três alunos envolvidos no estágio, baseada na experiência docente e nos conhecimentos fornecidos pelas Unidades Curriculares do Mestrado em Ensino da Música. Seguidamente descrevem-se as práticas lectivas desenvolvidas ao longo do ano lectivo por parte do docente, incorporando linhas orientadoras da docência aplicadas na prática pedagógica. É feita uma análise crítica da actividade docente no âmbito do estágio do Ensino Especializado da Música, e, por último, uma conclusão desta primeira secção. .

A Java expression evaluator for nonlinear programming

Finding the optimal value for a problem is usual in many areas of knowledge where in many cases it is needed to solve Nonlinear Optimization Problems. For some of those problems it is not possible to determine the expression for its objective function and/or its constraints, they are the result of experimental procedures, might be non-smooth, among other reasons. To solve such problems it was implemented an API contained methods to solve both constrained and unconstrained problems. This API was developed to be used either locally on the computer where the application is being executed or remotely on a server. To obtain the maximum flexibility both from the programmers’ and users’ points of view, problems can be defined as a Java class (because this API was developed in Java) or as a simple text input that is sent to the API. For this last one to be possible it was also implemented on the API an expression evaluator. One of the drawbacks of this expression evaluator is that it is slower than the Java native code. In this paper it is presented a solution that combines both options: the problem can be expressed at run-time as a string of chars that are converted to Java code, compiled and loaded dynamically. To wide the target audience of the API, this new expression evaluator is also compatible with the AMPL format.

Unified transform architecture for AVC, AVS, VC-1 and HEVC high-performance codecs

A unified architecture for fast and efficient computation of the set of two-dimensional (2-D) transforms adopted by the most recent state-of-the-art digital video standards is presented in this paper. Contrasting to other designs with similar functionality, the presented architecture is supported on a scalable, modular and completely configurable processing structure. This flexible structure not only allows to easily reconfigure the architecture to support different transform kernels, but it also permits its resizing to efficiently support transforms of different orders (e. g. order-4, order-8, order-16 and order-32). Consequently, not only is it highly suitable to realize high-performance multi-standard transform cores, but it also offers highly efficient implementations of specialized processing structures addressing only a reduced subset of transforms that are used by a specific video standard. The experimental results that were obtained by prototyping several configurations of this processing structure in a Xilinx Virtex-7 FPGA show the superior performance and hardware efficiency levels provided by the proposed unified architecture for the implementation of transform cores for the Advanced Video Coding (AVC), Audio Video coding Standard (AVS), VC-1 and High Efficiency Video Coding (HEVC) standards. In addition, such results also demonstrate the ability of this processing structure to realize multi-standard transform cores supporting all the standards mentioned above and that are capable of processing the 8k Ultra High Definition Television (UHDTV) video format (7,680 x 4,320 at 30 fps) in real time.

Extensible metadata repository for information systems

Thesis submitted to Faculdade de Ciências e Tecnologia of the Universidade Nova de Lisboa, in partial fulfillment of the requirements for the degree of Master in Computer Science

INbreast: Toward a Full-field Digital Mammographic Database

Rationale and Objectives Computer-aided detection and diagnosis (CAD) systems have been developed in the past two decades to assist radiologists in the detection and diagnosis of lesions seen on breast imaging exams, thus providing a second opinion. Mammographic databases play an important role in the development of algorithms aiming at the detection and diagnosis of mammary lesions. However, available databases often do not take into consideration all the requirements needed for research and study purposes. This article aims to present and detail a new mammographic database. Materials and Methods Images were acquired at a breast center located in a university hospital (Centro Hospitalar de S. João [CHSJ], Breast Centre, Porto) with the permission of the Portuguese National Committee of Data Protection and Hospital's Ethics Committee. MammoNovation Siemens full-field digital mammography, with a solid-state detector of amorphous selenium was used. Results The new database—INbreast—has a total of 115 cases (410 images) from which 90 cases are from women with both breasts affected (four images per case) and 25 cases are from mastectomy patients (two images per case). Several types of lesions (masses, calcifications, asymmetries, and distortions) were included. Accurate contours made by specialists are also provided in XML format. Conclusion The strengths of the actually presented database—INbreast—relies on the fact that it was built with full-field digital mammograms (in opposition to digitized mammograms), it presents a wide variability of cases, and is made publicly available together with precise annotations. We believe that this database can be a reference for future works centered or related to breast cancer imaging.

SmART: an application reconfiguration framework

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática.

Development of an interface for ontology‐based transformation between features of different types

Dissertation submitted in partial fulfilment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies

The intersection of people, technology and local space. PPGIS and Web in practice for participatory planning

Dissertation submitted in partial fulfilment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies

Bridging the gap between closed and open data. System proposal for the Portuguese Legislation

Esta dissertação apresenta uma proposta de sistema capaz de preencher a lacuna entre documentos legislativos em formato PDF e documentos legislativos em formato aberto. O objetivo principal é mapear o conhecimento presente nesses documentos de maneira a representar essa coleção como informação interligada. O sistema é composto por vários componentes responsáveis pela execução de três fases propostas: extração de dados, organização de conhecimento, acesso à informação. A primeira fase propõe uma abordagem à extração de estrutura, texto e entidades de documentos PDF de maneira a obter a informação desejada, de acordo com a parametrização do utilizador. Esta abordagem usa dois métodos de extração diferentes, de acordo com as duas fases de processamento de documentos – análise de documento e compreensão de documento. O critério utilizado para agrupar objetos de texto é a fonte usada nos objetos de texto de acordo com a sua definição no código de fonte (Content Stream) do PDF. A abordagem está dividida em três partes: análise de documento, compreensão de documento e conjunção. A primeira parte da abordagem trata da extração de segmentos de texto, adotando uma abordagem geométrica. O resultado é uma lista de linhas do texto do documento; a segunda parte trata de agrupar os objetos de texto de acordo com o critério estipulado, produzindo um documento XML com o resultado dessa extração; a terceira e última fase junta os resultados das duas fases anteriores e aplica regras estruturais e lógicas no sentido de obter o documento XML final. A segunda fase propõe uma ontologia no domínio legal capaz de organizar a informação extraída pelo processo de extração da primeira fase. Também é responsável pelo processo de indexação do texto dos documentos. A ontologia proposta apresenta três características: pequena, interoperável e partilhável. A primeira característica está relacionada com o facto da ontologia não estar focada na descrição pormenorizada dos conceitos presentes, propondo uma descrição mais abstrata das entidades presentes; a segunda característica é incorporada devido à necessidade de interoperabilidade com outras ontologias do domínio legal, mas também com as ontologias padrão que são utilizadas geralmente; a terceira característica é definida no sentido de permitir que o conhecimento traduzido, segundo a ontologia proposta, seja independente de vários fatores, tais como o país, a língua ou a jurisdição. A terceira fase corresponde a uma resposta à questão do acesso e reutilização do conhecimento por utilizadores externos ao sistema através do desenvolvimento dum Web Service. Este componente permite o acesso à informação através da disponibilização de um grupo de recursos disponíveis a atores externos que desejem aceder à informação. O Web Service desenvolvido utiliza a arquitetura REST. Uma aplicação móvel Android também foi desenvolvida de maneira a providenciar visualizações dos pedidos de informação. O resultado final é então o desenvolvimento de um sistema capaz de transformar coleções de documentos em formato PDF para coleções em formato aberto de maneira a permitir o acesso e reutilização por outros utilizadores. Este sistema responde diretamente às questões da comunidade de dados abertos e de Governos, que possuem muitas coleções deste tipo, para as quais não existe a capacidade de raciocinar sobre a informação contida, e transformá-la em dados que os cidadãos e os profissionais possam visualizar e utilizar.

ALSMon: sistema para monitorizar ALS

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática e de Computadores

CardioML: integrating personal cardiac information for ubiquous diagnosis and analysis

The latest medical diagnosis devices enable the performance of e-diagnosis making the access to these services easier, faster and available in remote areas. However this imposes new communications and data interchange challenges. In this paper a new XML based format for storing cardiac signals and related information is presented. The proposed structure encompasses data acquisition devices, patient information, data description, pathological diagnosis and waveform annotation. When compared with similar purpose formats several advantages arise. Besides the full integrated data model it may also be noted the available geographical references for e-diagnosis, the multi stream data description, the ability to handle several simultaneous devices, the possibility of independent waveform annotation and a HL7 compliant structure for common contents. These features represent an enhanced integration with existent systems and an improved flexibility for cardiac data representation.

Tecnologias multimédia no apoio ao ensino aprendizagem de suporte básico de vida

A sociedade moderna encontra-se numa evolução progressiva e vertiginosa nomeadamente no que respeita às novas tecnologias. Independentemente da área de conhecimento, é de senso comum que cada vez mais é necessária uma formação sólida, sendo fundamental a preparação e a consolidação das futuras gerações na utilização das novas tecnologias. As plataformas de e-learning são hoje em dia uma realidade mais que afirmada e com aplicação em todos os setores de atividade. Na área da saúde, e mais concretamente no que diz respeito ao tema de Suporte Básico de Vida (SBV), foi-nos possível verificar que a maioria das pessoas revela falta de conhecimentos sobre o tema e, não obstante existirem cursos sobre este tema, a disponibilidade para a sua frequência nem sempre é possível pela distância, falta de tempo e disponibilidade para a sua frequência, bem como pelos custos envolvidos. O presente estudo pretende contribuir para uma análise e investigação sobre o potencial de utilização das novas Tecnologias Multimédia, aplicando-as ao ensino concreto de primeiros socorros e especialmente de Suporte Básico de Vida, num recurso educativo digital com o formato de Objeto de Aprendizagem. Para o efeito, será construído um Objeto de Aprendizagem temático, focalizando o tema de SBV. O repositório MERLOT foi utilizado como meio de distribuição global, no sentido de aferir o potencial e facilidade de distribuição e catalogação com metadados. Foi ainda colocado on-line o “SBVOA” (Objeto de Aprendizagem desenvolvido no presente estudo), numa página criada apenas para o efeito. Esta dissertação apresenta o estudo desenvolvido para investigação do potencial de aprendizagem proporcionado pelo Objeto de Aprendizagem desenvolvido, validando se pode ser uma alternativa interativa de educação em SBV, contribuindo deste modo para a diminuição de eventuais perdas de vida.