ICGE: an R package for detecting relevant clusters and atypical units in gene expression

Background: Gene expression technologies have opened up new ways to diagnose and treat cancer and other diseases. Clustering algorithms are a useful approach with which to analyze genome expression data. They attempt to partition the genes into groups exhibiting similar patterns of variation in expression level. An important problem associated with gene classification is to discern whether the clustering process can find a relevant partition as well as the identification of new genes classes. There are two key aspects to classification: the estimation of the number of clusters, and the decision as to whether a new unit (gene, tumor sample ... ) belongs to one of these previously identified clusters or to a new group. Results: ICGE is a user-friendly R package which provides many functions related to this problem: identify the number of clusters using mixed variables, usually found by applied biomedical researchers; detect whether the data have a cluster structure; identify whether a new unit belongs to one of the pre-identified clusters or to a novel group, and classify new units into the corresponding cluster. The functions in the ICGE package are accompanied by help files and easy examples to facilitate its use. Conclusions: We demonstrate the utility of ICGE by analyzing simulated and real data sets. The results show that ICGE could be very useful to a broad research community.

Kalman Filtering in R

Support in R for state space estimation via Kalman filtering was limited to one package, until fairly recently. In the last five years, the situation has changed with no less than four additional packages offering general implementations of the Kalman filter, including in some cases smoothing, simulation smoothing and other functionality. This paper reviews some of the offerings in R to help the prospective user to make an informed choice.

Cartas enviadas por Francisco R. de Arbulu a Justo Garate en 1970

12 cartas y 2 notas (manuscritas) ; entre 160x215mm y 240x350mm. Ubicación: Caja 1 - Carpeta 41

Cartas enviadas por Francisco R. de Arbulu a Justo Garate entre 1972 y 1973

12 cartas (manuscritas) ; entre 215x230mm y 210x2970mm. Ubicación: Caja 1 - Carpeta 41

Alvará de declaração com força de Lei, pelo qual V.A.R. ha por bem ordenar, que os Ministros, quando despacharem o levantamento dos depositos feitos no Banco Nacional, o fação por precatorios expedidos na conformidade do que se acha determinado para a Junta da Administração dos depositos de Lisboa no Alvará de seis de julho de mil setecentos cincoenta e quatro, na forma acima exposta : para Vossa Alteza Real ver

Variação do Título : Obrigação de precatorias para levantamento de depositos no Banco do Brasil.

Alvará, pelo qual V.A.R. ha por bem estabelecer hum methodo de Thesourarias Geraes para o Exercito, em que se reuna exactidão na fiscalização da Fazenda Real como prompto pagamento das tropas, extinguindo as Thesourarias, e Pagadorias, que agora existem, tudo como acima se declara : para Vossa Alteza Real ver

Variação do Título : Regulamento das Tesourarias Gerais do Exercito.

Tarjeta enviada por R. Azkue a Justo Garate en 1925

1 tarjeta (manuscrita) ; 136x92mm. Ubicación: Caja 1 - Carpeta 83

Toxicity of Gramoxone super(R) and detergent to nile tilapia (Oreochromis niloticus) L. fingerlings

Acute toxicity tests on the effects of Gramoxone and detergent (both applied as a single dose) to nile tilapia, Oreochromis niloticus, fingerlings (mean weight 2.7~c1 g) were conducted using static bioassay. The 96-h LC sub(50) of Gramoxone and detergent applied were 0.08ml/l and 0.004 g/l, respectively. The fingerlings showed increased hyperactivities exemplified by erratic movement, loss of reflex, and hyperventilation during the period of exposure. These effects increased with increasing concentrations of Gramoxone or detergent throughout the duration of exposure. Tilapia fingerlings of the same size showed different levels of tolerance to the same concentration of both pollutants

Excreção urinária de glicosaminoglicanos em crianças com bexiga neurogênica secundária a mielomeningocele

A excreção urinária de glicosaminoglicanos (GAG) está alterada em várias patologias do trato urinário; o padrão de excreção pode estar associado com o estado da doença. A excreção urinária de GAG em crianças com bexiga neurogênica (BN) secundária a mielomeningocele (MMC) pode também estar alterada, mas até a presente data não há detalhamento epidemiológico dos pacientes e não se correlacionou o padrão de excreção com grau de disfunção vesical. Analisamos a excreção urinária de um grupo bem definido de crianças com MMC e correlacionamos os resultados com escore cistométrico. As amostras de urina de 17 pacientes com MMC, 10 meninos e 7 meninas (média de idade DP de 4,6 2,9 anos) foram obtidas durante o exame cistométrico. As amostras do grupo controle foram obtidas de 18 crianças normais, 13 meninos e 5 meninas (6,9 2,2 anos). Todas as crianças não estavam com infecção urinária, tinham função renal normal e não estavam sob tratamento farmacológico. A quantificação do GAG urinário total foi expressa em μg de ácido hexurônico / mg de creatinina e a proporção dos diferentes tipos de GAGs sulfatados foi obtida por eletroforese em gel de agarose. A avaliação cistométrica foi realizada utilizando aparelho de urodinâmica Dynapack modelo MPX816 (Dynamed, São Paulo, Brasil), a partir da qual o escore cistométrico foi calculado de acordo com procedimento recente publicado. [14]. Não observamos diferença significativa na excreção urinária de GAG total entre meninos e meninas tanto no grupo com MMC ( 0,913 0,528 vs 0,867 0,434, p>0,05) como no grupo controle (0,546 0,240 vs 0,699 0,296, p>0,05). Os resultados mostraram também que a excreção de GAG urinário não se correlacionou com a idade tanto no grupo com MMC ( r = -0,28, p> 0,05) como no grupo controle (r = -0,40, p> 0,05). Entretanto, a comparação dos dois grupos mostrou que o grupo com MMC excretava 52% a mais de GAG total que o grupo controle (0,894 0,477 vs 0,588 0,257, p <0,04). Nesses pacientes a excreção de GAG total não se correlacionou com a complacência vesical isoladamente (r = -0,18, p> 0,05) mas foi significativa e negativamente correlacionada ao escore cistométrico (r= -0,56, p<0,05). Em média, os pacientes com piores escores (<9) excretaram 81% a mais de GAG que os pacientes com melhor escore (>9) (1,157 0,467 vs 0,639 0,133, p<0,04). O sulfato de condroitin foi o GAG sulfatado predominante nos grupos neurogênico e controles (92,5 7,6% vs 96,4 4,8%, respectivamente, p> 0,05), enquanto o sulfato do heparan estava presente em quantidades marcadamente menores; o dermatam sulfato não foi detectado. A excreção urinária de GAG em pacientes com MMC é significativamente maior que a excreção das crianças normais e os altos valores encontrados estão correlacionados a um maior compromentimento da função vesical. Evidências em modelos animais com MMC induzida sugerem que alterações no detrusor estão associadas a um elevado turnover da matriz extra celular (MEC) vesical, o que pode explicar a elevada excreção de GAG nos pacientes com MMC. Além disso, esses resultados indicam que a excreção urinária de GAG pode ser usada como fator adjuvante para a caracterização da disfunção vesical em pacientes com MMC.

Influência do sistema de cimentação e do modo de ativação na resistência ao push-out de pinos de fibra de vidro

O objetivo deste estudo foi avaliar a influência do tipo de sistema de cimentação (condicionamento ácido total ou autoadesivo), do modo de ativação (autoativado ou dual), do terço do conduto radicular (cervical, médio ou apical) e da espessura do filme de cimento sobre a resistência de união de pinos de fibra de vidro cimentados em dentes humanos. Quarenta raízes foram incluídas em resina epóxi, submetidas a tratamento endodôntico e obturadas com guta percha e cimento endodôntico sem eugenol. Decorridos sete dias, os condutos foram preparados a uma profundidade de 10mm com brocas padronizadas do sistema dos pinos de fibra (WhitePost DC #2) e aleatoriamente divididos em 4 grupos, conforme o sistema de cimentação e o modo de ativação: (G1) RelyX ARC/Adper Scotchbond Multi-Purpose Plus (condicionamento ácido total), ativação dual, (G2) RelyX ARC/Adper Scotchbond Multi-Purpose Plus, autoativado, (G3) RelyX U100 (autoadesivo), dual e (G4) RelyX U100, autoativado. Após uma semana, cada raiz foi seccionada em máquina de corte, originando 6 fatias de 1 mm de espessura (n=60). Antes do ensaio de push-out cada fatia foi fotografada em ambas as faces, para determinação do raio dos pinos e da espessura do filme de cimento. Após o ensaio mecânico, novas imagens foram capturadas para determinação do modo de falha. Para automatizar a determinação da espessura de cimento, foi desenvolvida uma macro no software KS 400. Os dados foram estatisticamente analisados com ANOVA 3 fatores (resistência de união) e teste de Kruskall-Wallis (espessura do cimento). Comparações múltiplas foram realizadas com o teste Student-Newman-Keuls. Análise de regressão, modelo linear, foi empregada para verificar a correlação entre espessura do cimento e resistência de união. Todos os testes foram aplicados com α = 0,05. O fator cimento exerceu influência significativa para a resistência de união (p = 0,0402): o RelyX U100 apresentou a maior média. A ativação dual elevou os valores de resistência de união em comparação ao modo quimicamente ativado (p < 0,0001). Houve diferenças significantes entre os grupos, sendo G1 (22,4 4,0 MPa) > G3 (20,4 3,6 MPa) > G4 (17,8 5,2 MPa) > G2 (13,5 4,3 MPa). O terço do conduto não exerceu influência significativa sobre a resistência adesiva (p = 0,4749). As espessuras dos filmes de cimento foram estatisticamente diferentes nos diferentes terços: cervical (102 45 m) > médio (75 29 m) > apical (52 28m). Não foi observada forte correlação entre os valores de espessura e os de resistência ao push-out (r = - 0,2016, p = 0,0033). O tipo de falha predominante foi a mista, exceto para o G2, que apresentou 74% das falhas na interface cimento-pino. Dessa forma, o cimento autoadesivo apresentou melhor desempenho que o convencional, e ambos os sistemas duais, sobretudo o RelyX ARC, apresentaram dependência da fotoativação para atingirem maiores valores de resistência de união.

Doença periodontal é fator de risco para parto prematuro e bebê de baixo peso?: revisão sistemática

O objetivo desta revisão sistemática foi analisar os estudos que relacionam doença periodontal e nascimento prematuro e baixo peso, verificando o efeito da doença periodontal materna no desfecho da gestação. Foi realizada pesquisa nas seguintes bases de dados: PubMed, Scielo e LILACS até Dezembro de 2007. A revisão sistemática foi conduzida de forma a identificar os estudos capazes de preencher os critérios de inclusão, apresentando aspectos clínicos, microbiológicos e radiográficos da doença periodontal, assim como os desfechos da gestação, ou seja, nascimento prematuro e baixo peso. Foram então selecionados 35 (trinta e cinco) artigos, sendo 9 (nove) coorte, 16 (dezesseis) casos controles, e 10 (dez) ensaios clínicos. A associação entre a doença periodontal materna e o nascimento de bebê prematuro com baixo peso foi encontrada em 26 (vinte e seis) estudos: 7 (sete) coorte, 11 (onze) casos controles e 8 (oito) ensaios clínicos. Não foi possível realizar uma meta-análise devido à grande heterogeneidade entre os estudos, particularmente no que se refere aos métodos de mensuração da doença periodontal. Um melhor controle em relação aos fatores de confusão também permitiria uma confiança maior nos resultados e conclusões apresentadas. Ainda não é possível ter conclusões adequadas do real efeito da doença periodontal sobre os desfechos da gestação devido a limitações nas metodologias dos presentes estudos. Portanto, a evidência da relação da doença periodontal com o nascimento de bebê prematuro e baixo peso é limitada. Ainda existe a necessidade de novos e bem desenhados estudos observacionais e de intervenção, que possam confirmar o que até agora é visto apenas como uma possível associação, explorando a validade dessas possíveis associações em diferentes populações e controlando adequadamente as variáveis de confusão.

Fundamental aspects of the feeding of the amphipod Gammarus (R.) balcanicus (Crustacea, Amphipoda). [Translation from: Nauchn.Dokl.vyssh.Shkoly (Biol.Nauk) 1970(7) 12-16, 1970]

The amphipods are major food items for many commercial fishes, and they are used as protein food for agricultural animals. In the present paper are presented the results of four-year observations on the feeding of Gammarus balcanicus in nature and in an aquarium. Among the studied aspects were the dependence of daily food ration on sex and physiological state (with and without eggs) and feeding on different kinds of plant food. The study concludes that Gammarus balcanicus willingly feed on soft half-decayed plant residues; into their ration also enters food of animal origin. In contrast to other amphipods, G. balcanicus eats representatives of its own species very rarely, and only dead or immobile ones.