Identificação taxonômica e análise conexionista de bactérias heterotróficas e fatores abióticos de ambientes lóticos sob influência de efluentes do refino no petróleo

This study used a multi-analytical approach based on traditional microbiological methods for cultivation and isolation of heterotrophic bacteria in the laboratory associated with the molecular identification of the isolates and physicochemical analysis of environmental samples. The model chosen for data integration was supported by knowledge from computational neuroscience, and composed by three modules: (i) microbiological parameters, contemplating taxonomic data obtained from the partial sequencing of the 16S rRNA gene from 80 colonies of heterotrophic bacteria isolated by plating method in PCA media. For bacterial colonies isolation were used water samples from Atibaia and Jaguarí rivers collected at the site of water captation for use in effluent treatment, upstream from the entrance of treated effluent from the Paulínia refinery (REPLAN/Petrobras) located in the Paulínia-SP municipality, from the output of the biological treatment plant with stabilization pond and from the raw refinery wastewater; (ii) chemical parameters, ending measures of dissolved oxygen (DO), chemical oxygen demand (COD), biochemical oxygen demand (BOD), chloride, acidity CaCO3, alkalinity, ammonia, nitrite, nitrate, dissolved ions, sulfides, oils and greases; and (iii) physical parameters, comprising the pH determination, conductivity, temperature, transparency, settleable solids, suspended and soluble solids, volatile material, remaining fixing material (RFM), apparent color and turbidity. The results revealed interesting theoretical relationships involving two families of bacteria (Carnobacteriaceae and Aeromonadaceae). Carnobacteriaceae revealed positive theoretical relationships with COD, BOD, nitrate, chloride, temperature, conductivity and apparent color and negative theoretical relationships with the OD. Positive theoretical relationships were shown between Aeromonadaceae and OD and nitrate, while this bacterial family showed negative theoretical...

Identificação taxonômica e análise conexionista de bactérias heterotróficas e fatores abióticos de ambientes lóticos sob influência de efluentes do refino no petróleo

This study used a multi-analytical approach based on traditional microbiological methods for cultivation and isolation of heterotrophic bacteria in the laboratory associated with the molecular identification of the isolates and physicochemical analysis of environmental samples. The model chosen for data integration was supported by knowledge from computational neuroscience, and composed by three modules: (i) microbiological parameters, contemplating taxonomic data obtained from the partial sequencing of the 16S rRNA gene from 80 colonies of heterotrophic bacteria isolated by plating method in PCA media. For bacterial colonies isolation were used water samples from Atibaia and Jaguarí rivers collected at the site of water captation for use in effluent treatment, upstream from the entrance of treated effluent from the Paulínia refinery (REPLAN/Petrobras) located in the Paulínia-SP municipality, from the output of the biological treatment plant with stabilization pond and from the raw refinery wastewater; (ii) chemical parameters, ending measures of dissolved oxygen (DO), chemical oxygen demand (COD), biochemical oxygen demand (BOD), chloride, acidity CaCO3, alkalinity, ammonia, nitrite, nitrate, dissolved ions, sulfides, oils and greases; and (iii) physical parameters, comprising the pH determination, conductivity, temperature, transparency, settleable solids, suspended and soluble solids, volatile material, remaining fixing material (RFM), apparent color and turbidity. The results revealed interesting theoretical relationships involving two families of bacteria (Carnobacteriaceae and Aeromonadaceae). Carnobacteriaceae revealed positive theoretical relationships with COD, BOD, nitrate, chloride, temperature, conductivity and apparent color and negative theoretical relationships with the OD. Positive theoretical relationships were shown between Aeromonadaceae and OD and nitrate, while this bacterial family showed negative theoretical...

Resistência de bactérias ácido-láticas a bacteriófagos provenientes de unidades de processamento de queijo Coalho

Este trabalho teve como objetivos isolar bacteriófagos de amostras de leite, soro e queijo de Coalho e avaliar a resistência de cepas de Lactobacillus paracasei, pertencentes à Coleção de Micro-organismos de Interesse para a Agroindústria Tropical da Embrapa Agroindústria Tropical, aos fagos isolados. Posteriormente, a resistência destas cepas a fagos específicos para L. paracasei, da Coleção do Instituto de Lactología Industrial - INLAIN (Santa Fe, Argentina), também foi avaliada. As amostras para isolamento dos fagos foram obtidas em quatro unidades de processamento de queijo de Coalho, sendo duas artesanais e duas industriais, localizadas no Estado do Ceará. Para o isolamento dos bacteriófagos, foi empregado o teste de lise celular (spot), enquanto que a resistência das culturas aos fagos foi avaliada pelos testes de capacidade de produção de ácido e avaliação da turbidez. As cepas avaliadas foram resistentes aos bacteriófagos provenientes das unidades de processamento de queijo de Coalho e aos bacteriófagos da Coleção do INLAIN. Os resultados obtidos indicaram que as culturas láticas testadas, resistentes aos bacteriófagos, podem ser utilizadas na composição de fermento lático destinado à elaboração de queijo de Coalho, a partir de leite pasteurizado.

Infecções de corrente sanguínea por bactérias multirresistentes em UTI de tratamento de queimados: experiência de 4 anos

INTRODUÇÃO: O conhecimento do perfil de resistência aos antibióticos das bactérias de um nosocômio é essencial para orientar tratamento adequado dos pacientes. Isso é especialmente importante para os pacientes mais graves, já que o tratamento deve ser instituído antes do resultado das culturas. O objetivo deste estudo foi analisar o perfil das bactérias multirresistentes encontradas nas hemoculturas de pacientes admitidos na Unidade de Tratamento Intensivo (UTI) da Unidade de Queimados do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. MÉTODO: Foram analisados 178 pacientes internados na UTI para tratamento de queimados, no período de 2009 a 2011, sendo 131 do sexo masculino, com média de idade de 29,2 anos. RESULTADOS: Entre os pacientes analisados, 80 (44,9%) apresentaram hemocultura periférica positiva, sendo 66 (82,5%) casos com bactérias multirresistentes. Em 48 pacientes, foram isoladas Staphylococcus sp., que se apresentaram resistentes à oxacilina em 33 deles. Em 11 pacientes, foram isoladas Acinetobacter baumanii, que se apresentaram resistentes a imipenem em 8 casos. Em 19 pacientes, foram isoladas Pseudomonas sp., resistentes a imipenem em 16 casos. Em 10 pacientes foram isoladas Enterobacter sp., resistentes a amicacina e ciprofloxacina em 2 casos. A presença de bactérias multirresistentes não foi associada a maior ocorrência de óbitos, porém foi verificado maior tempo de internação (52,6 dias vs. 36,3 dias para os grupos com e sem bactérias multirresistentes, respectivamente; P = 0,0306). Não foi encontrada interação significante entre superfície corpórea queimada e presença de bactérias MR. CONCLUSÕES: A presença de bactérias multirresistentes é um problema grave, tanto pela prevalência como pela morbidade e mortalidade associadas.

Detecção e genotipagem de astrovírus em amostras fecais de aves de produção procedentes de diferentes criações comerciais brasileiras

Os astrovírus são agentes virais associados com enteropatias e infecções extra-intestinais em aves, ocasionando prejuízos no desenvolvimento produtivo e saúde animal. Porém, são escassos os estudos no Brasil que visem a detecção e caracterização deste vírus com maior amplitude. Nesse contexto, detectaram-se e caracterizaram-se cepas de astrovírus a partir de 60 amostras fecais de aves procedentes de diferentes criações comerciais brasileiras (postura, corte e matrizes), mediante o emprego de uma reação PanAstrovírus como triagem inicial, que consistiu numa reação de RT-hemi-nested-PCR, visando a amplificação e posterior sequenciamento de um segmento parcial do gene RdRp (RNA polimerase dependente de RNA) do gene ORF1b, uma região gênica conservada entre todos os astrovírus. Subsequentemente, nas amostras positivas na triagem, realizou-se a amplificação, clonagem e sequenciamento do gene ORF2 codificante do capsídeo viral, analisado mediante análise filogenética. Os dados obtidos demonstraram uma frequência de infecção por astrovírus em 48,3% (29/60) das amostras analisadas. As espécies virais detectadas foram as seguintes: Avastrovírus 2 (Avian Nephritis Virus, ANV) em 72,4% (21/29), Chicken Astrovírus (CAstV) em 6,8% (2/29) e Avastrovírus 1 (Turkey Astrovírus tipo 1, TAstV-1) em 20,8% (6/29) das amostras positivas. O sequenciamento total do gene ORF2 foi possível em oito amostras (8/21) positivas a ANV, em uma amostra (1/6) positiva a TAstV-1 e uma amostra (1/2) positiva para CAstV. A análise deste gene revelou, nas sequências ANV, a presença de três genótipos bem diferenciados, segundo critérios do Astroviridae Study Group, sendo que um deles, agrupou-se dentro do genótipo 5. Além disso, quando analisado com sequências procedentes de outras regiões, as sequências deste estudo formaram seis clusters, dois deles, relacionados com sequências procedentes de Austrália e Reino Unido. O análise do ORF2 em CAstV, revelou também um agrupamento com cepas procedentes do Reino Unido. Já o análise da ORF2 de TAstV-1, revelou divergência genética com cepas isoladas em Estados Unidos, que foram as únicas sequências disponíveis no GenBank. O presente estudo traz a luz vários dados epidemiológicos concernentes aos astrovírus aviário de origem brasileira o que permitirá a realização de outros estudos relacionados a epidemiologia deste vírus, seus possíveis riscos potenciais em saúde pública e a adoção de medidas de controle direcionadas a este agente

Detecção de Enterococcus resistentes a vancomicina em criações comerciais de ovinos e caprinos das regiões centro-leste e nordeste do Estado de São Paulo

As exigências das condições higiênico-sanitárias na produção de animais de interesse zootécnico vêm aumentando progressivamente dada à necessidade de aliar-se produtividade a produtos de alta qualidade para atender a mercados consumidores cada vez mais exigentes. Nesse sentido, a utilização de antimicrobianos, tanto na profilaxia como na terapêutica, permanece como estratégia de controle para vários microrganismos patogênicos, de importância não apenas para a produção animal como também para a saúde humana, ainda que restrições ao uso indiscriminado desses produtos têm se intensificado. Não obstante, o uso excessivo desses produtos está associado à seleção de microrganismos resistentes nas áreas de produção. Por outro lado, investigações sobre circulação de cepas resistentes em rebanhos animais, até então restritas a populações humanas, ainda permanecem limitadas no Brasil. Bactérias do gênero Enterococcus, integrantes usuais da microbiota gastrointestinal animal e humana, são indicadoras ambientais de contaminação fecal e tem-se tornado objeto de preocupação em saúde pública e veterinária dada a ocorrência de cepas resistentes à vancomicina (VRE). O presente trabalho teve como objetivo isolar, quantificar e caracterizar VRE presentes em amostras fecais de ovinos oriundos de pequenas propriedades das regiões centro-leste e nordeste do estado de São Paulo. Para tanto, 132 amostras fecais foram coletadas diretamente do reto dos animais ou do piso das instalações. As amostras foram semeadas em ágar m-Enterococcus e subcultivadas em Ágar Bile Esculina acrescido de 6 µg/mL de vancomicina (ABEV), para confirmação de Enterococcus spp e detecção de cepas resistentes. Procedeu-se igualmente a observação da morfologia, características tintoriais, bioquímicas e moleculares. O número máximo de Enterococcus spp. encontrado foi de 2,6 × 105 e 1,70 × 105 UFC/g de fezes do ambiente e dos animais, respectivamente. Na caracterização bioquímica espécies mais prevalentes foram: Enterococcus faecalis e Vagococcus fluvialis. No ABEV, houve crescimento de colônias VRE em 33 das 84 amostras de ovinos-caprinos e em 21 das 48 amostras ambientais, representando, respectivamente 46,7% e 29,3% das amostras analisadas. A análise por multiplex PCR das 54 cepas VRE obtidas indicaram que 23 (43%), 22 (41%), 2 (3,5%) e 2 (3,5%) foram positivas, respectivamente, para os genes vanC2/C3, vanC1, vanA e vanB, sendo que para 5,3% dos isolados nenhum produto foi amplificado, sugerindo a possível ocorrência de genes dos demais grupos van conhecidos entre os isolados. Os resultados obtidos indicam, de forma inédita no país, a circulação de VRE em propriedades produtoras de ovinos e caprinos, sem ocorrência de manifestações clínicas aparentes nos animais, porém com possíveis riscos à saúde dos produtores e profissionais envolvidos, bem como a eventuais consumidores.

Avaliação da fidedignidade dos ensaios de esteróides fecais realizados no Laboratório de Medidas Hormonais do Departamento de Fisiologia da UFRN

NASCIMENTO, H. G. ; FERNANDES, L. C. ; SOUSA, M. B. C. . Avaliação da fidedignidade dos ensaios de esteróides fecais realizados no Laboratório de Medidas Hormonais do Departamento de Fisiologia da UFRN. Publica , v. 2, p. 39-48, 2006.

Avaliação da fidedignidade dos ensaios de esteróides fecais realizados no Laboratório de Medidas Hormonais do Departamento de Fisiologia da UFRN

NASCIMENTO, H. G. ; FERNANDES, L. C. ; SOUSA, M. B. C. . Avaliação da fidedignidade dos ensaios de esteróides fecais realizados no Laboratório de Medidas Hormonais do Departamento de Fisiologia da UFRN. Publica , v. 2, p. 39-48, 2006.

Estudo da atividade biológica de líquidos iónicos baseados em bis-piridínios em bactérias Gram-positivas e Gram-negativas

As resistências aos antibióticos estão a tornar-se um problema de saúde pública, estando a preocupar as várias entidades mundiais. Assim sendo, a descoberta de novas alternativas para combater infeções microbianas é crítica. Os líquidos iónicos (LIs) surgem, neste contexto, como um recurso a ser utilizado na indústria farmacêutica, nomeadamente na síntese de novos antibióticos. LIs demonstram a capacidade de melhorar as características dos ingredientes farmacêuticos ativos (API). No entanto, esta não é apenas a relevância destes compostos: propriedades antimicrobianas também têm sido descritas. LIs combinados com APIs ou LI como um API estão a dar uma nova perspetiva aos antibióticos. Os bis-piridínios estão, agora, a ser alvo de estudos também nesta área. Propriedades antimicrobianas de bis-piridinio têm sido descritas. O objetivo deste estudo foi avaliar a atividade de sais bis-piridínios como antimicrobianos. Os LIs derivados de bis-piridínio foram sintetizados e purificados pelo grupo Luís C. Branco da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa, e usado após a confirmação das estruturas e pureza por ressonância magnética nuclear e espectrometria de massa. As bactérias utilizadas pertencem à coleção de Química e Biomoléculas da ESTSP. Para avaliar a atividade biológica dos compostos foram determinados os valores de concentração mínima inibitória (MIC), pelo método de microdiluição, de acordo com a metodologia do Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI). A determinação das taxas de crescimento também foi feita pelo método de microdiluição. Foram estudados 12 LIs contra 9 estirpes bacterianas, muitas das quais resistentes aos antibióticos. Apenas três dos compostos não mostraram nenhuma atividade antimicrobiana para as concentrações estudadas (<5 mM). Dois LIs mostraram atividade biológica contra todas as bactérias estudadas, incluindo o S.aureaus MRSA ATCC 43300. Seis dos sete restantes compostos demonstraram atividade biológica contra a maioria das bactérias estudadas. Só um composto mostrou atividade contra uma única bactéria. Os LIs bis-piridínios têm atividade biológica contra bactérias Gram-positivas e Gram- negativas, incluindo bactérias resistentes. Assim, estes compostos devem ser tidos em conta na busca de novas moléculas antibacterianas (síntese de novos antibióticos ou desinfetantes).

Teor de fenólicos totais e crescimento radicular em soja (Glycine max (L.) Merr.) inoculada com as bactérias endofítica e epifítica e sua exposição à ferrugem.

Os compostos fenólicos são formados no metabolismo secundário dos vegetais e estão envolvidos no mecanismo de defesa. O objetivo do trabalho foi avaliar o efeito dos isolados 0G e EN78 na produção de fenólicos totais na soja, frente à exposição à ferrugem da soja (Phakospora pachyrhizi), e no crescimento radicular. O isolado EN78 induziu um aumento no teor de fenólicos totais quando exposto à ferrugem, mesmo antes da manifestação do sintoma. Esse mesmo isolado apresentou eficiência simbiótica com o Biorhizo 10 (Bradyrhizobium elkanii e japonicum), promovendo o desenvolvimento radicular, enquanto que o isolado 0G não influiu no teor de fenólicos totais, mas induziu aumento da biomassa radicular.

Efeito de bactérias isoladas do filoplano de abobrinhas pulverizadas com leite sobre o oídio.

O controle do oídio da abobrinha é baseado no uso de fungicidas e devido aos problemas causados por esses produtos, há a necessidade de desenvolver produtos alternativos para seu controle. Dentre os produtos alternativos, o leite encontra-se entre os mais efetivos. Apesar de seu uso em escala crescente, não só no Brasil, mas em diversos países, não se conhece exatamente o seu mecanismo de ação. Assim, o presente estudo teve por objetivo avaliar o efeito de bactérias isoladas do filoplano de plantas de abobrinha pulverizadas com leite no controle do oídio. Os isolados foram testados quanto à eficiência em controlar a doença em plantas desenvolvidas em casa de vegetação com alto potencial de inóculo do patógeno. Os cinco isolados mais eficientes foram misturados 2 a 2, 3 a 3, 4 a 4 e 5 a 5. Além das misturas dos isolados bacterianos foram avaliados os tratamentos com fungicida, leite a 10% e água. A avaliação foi realizada semanalmente estimando a área foliar atacada pelo patógeno. Com os dados foi calculada a área abaixo da curva de progresso da doença para cada mistura, sendo que a mistura dos isolados 1 e 5, bem como a dos isolados 2 e 4 apresentaram severidade da doença próxima à do leite a 10%.

Diversidade de bactérias de solo sob vegetação natural e cultivo de hortaliças.

Os microrganismos do solo são componentes essenciais na manutenção do equilíbrio físico-químico e biológico do mesmo e exercem importante função que inclui a degradação de resíduos de plantas e animais e a liberação de nutrientes na cadeia alimentar. Este trabalho teve como objetivo comparar a microbiota de um solo com cobertura de mata (SMS) e outro cultivado com hortaliças (SHC), supressivos ou não a Rhizoctonia solani. Foram feitas extrações do DNA total dos solos e a partir dos mesmos, amplificação por PCR dos genes 16S rDNA, clonagem dos fragmentos e seqüenciamento dos genes do RNA ribossomal. A análise dos resultados demonstrou que essa metodologia foi eficiente para avaliação de bactérias. No solo supressivo de mata os filos mais encontrados pertencem aos das Acidobactérias, Verrucomicrobia e Actinobactérias e no solo conducente cultivado com hortaliças a maioria pertence aos filos das Proteobactérias, Firmicutes e Bacteroidetes.

Efeito da utilização do Kit Embrapa de Ordenha Manual® para caprinos leiteiros na Contagem Total de Bactérias do leite.

Resumo: A produção de leite de cabra no Brasil destaca-se no Nordeste, onde as condições de criação e os programas governamentais favorecem a produção. A qualidade higiênico-sanitária do leite de cabra, além de ser uma característica indispensável ao produto, exigida pela legislação Brasileira, contribui para diminuição nas perdas econômicas decorrentes da mastite e para a manutenção dos produtores na atividade. O Kit Embrapa de Ordenha Manual® para caprinos leiteiros é um conjunto de utensílios e práticas indispensáveis para a obtenção higiênica do leite de cabra, o qual apresenta-se como uma alternativa viável aos agricultores familiares devido à sua facilidade na utilização e baixo custo de aquisição. O Kit foi implantado e validado em 41 propriedades familiares, localizadas nos estados do Rio Grande do Norte, Paraíba e Ceará. Procedeu-se a coleta de leite de cabra 3 dias antes e 3 dias após a utilização do Kit, para a realização da Contagem Total de Bactérias (CTB). Observou-se uma redução média de 72% da CTB no leite produzido, e, 95% das propriedades adequaram-se à CTB exigida pela legislação Brasileira. [Effect of the use of the Milking Manual® EMBRAPA Kit for dairy goats total count in milk bacteria]. Abstract: The goat milk production in Brazil stands out in the Northeast, where the breeding conditions and government programs favor the production. The sanitary hygienic quality of goat milk as well as being an indispensable feature to the product, required by Brazilian law, contributes to decrease in economic losses resulting from mastitis and to the maintenance of the producers in the activity. The Embrapa manual milking kit® for dairy goats is an essential set of tools and practices for obtaining hygienic goat milk, which presents itself as a viable alternative to farmers due to its ease of use and low cost. The Kit has been deployed and validated in 41 family farms in the states of Rio Grande do Norte, Paraíba and Ceará. The goat milking practice was carried out both three days before and three days after using the kit for the realization of Total Bacteria Count (CTB). There was an average reduction of 72 % CTB on the milk, and 95 % of the properties have adapted to the CTB required by Brazilian law.