Simulations numériques de la dynamique des protéines : translation de ligands, flexibilité et dynamique des boucles

La flexibilité est une caractéristique intrinsèque des protéines qui doivent, dès le mo- ment de leur synthèse, passer d’un état de chaîne linéaire à un état de structure tridimen- sionnelle repliée et enzymatiquement active. Certaines protéines restent flexibles une fois repliées et subissent des changements de conformation de grande amplitude lors de leur cycle enzymatique. D’autres contiennent des segments si flexibles que leur structure ne peut être résolue par des méthodes expérimentales. Dans cette thèse, nous présentons notre application de méthodes in silico d’analyse de la flexibilité des protéines : • À l’aide des méthodes de dynamique moléculaire dirigée et d’échantillonnage pa- rapluie, nous avons caractérisé les trajectoires de liaison de l’inhibiteur Z-pro- prolinal à la protéine Prolyl oligopeptidase et identifié la trajectoire la plus pro- bable. Nos simulations ont aussi identifié un mode probable de recrutement des ligands utilisant une boucle flexible de 19 acides aminés à l’interface des deux domaines de la protéine. • En utilisant les méthodes de dynamique moléculaire traditionnelle et dirigée, nous avons examiné la stabilité de la protéine SAV1866 dans sa forme fermée insérée dans une membrane lipidique et étudié un des modes d’ouverture possibles par la séparation de ses domaines liant le nucléotide. • Nous avons adapté auproblème de la prédiction de la structure des longues boucles flexibles la méthode d’activation et de relaxation ART-nouveau précédemment uti- lisée dans l’étude du repliement et de l’agrégation de protéines. Appliqué au replie- ment de boucles de 8 à 20 acides aminés, la méthode démontre une dépendance quadratique du temps d’exécution sur la longueur des boucles, rendant possible l’étude de boucles encore plus longues.

"A Most Weird Dialectic of Inversion" : revolutionary fraternity, sexuality and translation in Pierre Vallières and Eldridge Cleaver

Dans ce mémoire de maîtrise, il s'agit d'examiner le rôle du genre, de la sexualité et de la traduction dans les rapports entre deux mouvements nationalistes. D'abord, nous examinerons les représentations de la famille véchiulées dans l'autobiographie du membre du Front de libération du Québec Pierre Vallières (1938-1998), Les Nègres blancs d'Amérique. Ensuite, nous nous pencherons sur l'analyse du genre et de la sexualité contenue dans Soul on Ice, un recueil de textes écrits par le nationaliste noir Eldridge Cleaver (1933-1998). Dans les deux cas, la question de la violence révolutionnaire tiendra lieu de fil conducteur. Enfin, dans le troisième chapitre, nous relirons la traduction anglaise de Vallières, White Niggers of America, signée par Joan Pinkham. Cette relecture nous fournira l'occasion à la fois de comprendre et de critiquer, à partir de la perspective établie par la pensée de Cleaver au sujet de la masculinité noire dans une société régie par la suprématie blanche, comment Vallières essaie de bâtir des réseaux de solidarité internationaux et interraciaux entre les hommes. Dans notre conclusion, nous réunirons ces trois textes par le biais du sujet de l'internationalisme, en nous servant de la théorie queer, de la traductologie et des données biographiques pour résumer les résultats de nos recherches.

Ὁ ἐν οὐρανῷ Ἅιδης : la naissance du purgatoire dans l'Antiquité

Le but de la présente thèse est d’étudier les témoignages sur la doctrine de l’« Hadès ouranien » du IVe siècle avant J.-C. au VIe siècle après J.-C. et de dégager les éléments essentiels. L’« Hadès ouranien », traduction de l’expression ὁ ἐν τῷ οὐρανῷ ᾍδης, est un thème de pensée qui caractérise tout un millénaire de la philosophie et de la religion de l’Antiquité païenne. En traitant ce thème historico-religieux, on se veut le plus complet possible mais tout en étant prudent envers nos sources, qui sont fragmentaires et qui proviennent, pour la majorité, de la tradition platonico-péripatéticienne et de ses commentateurs. Aussi, s’efforce-t-on de montrer que l’Hadès ouranien est un lieu de purification pour l’âme et donc, un purgatoire. D’une manière générale, notre recherche est la première entièrement consacrée au sujet de l’Hadès ouranien et à son évolution durant l’Antiquité. Pour ce faire, sur la base d’une approche contextualisée, nous croyons devoir distinguer en réalité trois lieux où l’Hadès céleste a été situé : il y a d’un côté l’emplacement dans la Voie Lactée (Héraclide du Pont) ; il y a aussi un effort, assez divers en ses formes, de situer ce Purgatoire entre la Lune et la terre ou aux alentours de la Lune (les académiciens, les stoïciens, Cicéron, Virgile, Plutarque, les écrits hermétiques) ; finalement, Numénius et les néoplatoniciens latins l’ont situé entre la sphère des fixes et la terre. Quant à l’évolution des éléments qui constituent notre thème, la thèse montre que le platonisme et le néoplatonisme ont fourni un milieu propice pour le développement et la propagation dans l’empire gréco-romain des doctrines sur l’Hadès céleste. De plus, ces mouvements ont aidé à la spiritualisation progressive de cet espace purgatoire. Par ailleurs, on établira certaines caractéristiques de notre thème : l’échappée de l’âme hors du corps, l’allégorie physique et la division, ontologique et physique, entre les mondes sublunaire et supralunaire. Dans une première partie, on traitera de la doctrine de l’Hadès ouranien dans l’ancienne Académie platonicienne (Héraclide, Xénocrate, Philippe d’Oponte) et dans le stoïcisme. La deuxième partie est consacrée à l’analyse du Purgatoire chez Plutarque de Chéronée. La doctrine du Purgatoire selon Cicéron et Virgile et chez leurs interprètes néoplatoniciens, ainsi que dans l’hermétisme et le gnosticisme sera traitée dans la troisième partie. Dans la quatrième et dernière partie, on explorera la doctrine du Purgatoire dans le Oracles chaldaïques et dans les écrits de Proclus, particulièrement dans son Commentaire sur la République de Platon.

Mechanisms of translation regulation in long-term synaptic plasticity

Les souvenirs sont encodés dans le cerveau grâce aux configurations uniques de vastes réseaux neuronaux. Chaque connexion dans ces circuits est apte à être modifiée. Ces changements durables s’opèrent au niveau des synapses grâce à une synthèse de protéines de novo et génèrent ce qu’on nomme des traces mnésiques. Plusieurs preuves indiquent que, dans certaines formes de plasticité synaptique à long terme, cette synthèse a lieu dans les dendrites près des synapses activées plutôt que dans le corps cellulaire. Cependant, les mécanismes qui régulent cette traduction de protéines demeurent encore nébuleux. La phase d’initiation de la traduction est une étape limitante et hautement régulée qui, selon plusieurs chercheurs, constitue la cible principale des mécanismes de régulation de la traduction dans la plasticité synaptique à long terme. Le présent projet de recherche infirme cette hypothèse dans une certaine forme de plasticité synaptique, la dépression à long terme dépendante des récepteurs métabotropiques du glutamate (mGluR-LTD). À l’aide d’enregistrements électrophysiologiques de neurones hippocampiques en culture couplés à des inhibiteurs pharmacologiques, nous montrons que la régulation de la traduction implique les étapes de l’élongation et de la terminaison et non celle de l’initiation. De plus, nous démontrons grâce à des stratégies de knockdown d’expression d’ARN que la protéine de liaison d’ARNm Staufen 2 joue un rôle déterminant dans la mGluR-LTD induite en cultures. Dans leur ensemble, les résultats de la présente étude viennent appuyer un modèle de régulation de la traduction locale de protéines qui est indépendante de l’initiation.

Arab Women in Translation : the Dynamics of Representation and the Construction of Alterity

Cette recherche examine la traduction et la réception en France, en Grande Bretagne et aux États-Unis de la littérature contemporaine d’expression arabe écrite par des femmes, afin de répondre à deux questions principales: comment les écrivaines provenant de pays arabes perdent-elles leur agentivité dans les processus de traduction et de réception? Et comment la traduction et la réception de leurs textes contribuent-elles à la construction d’une altérité arabe? Pour y répondre, l’auteure examine trois romans présentant des traits thématiques et formels très différents, à savoir Fawḍā al-Ḥawāss (1997) par Ahlem Mosteghanemi, Innahā Lundun Yā ‘Azīzī (2001) par Hanan al-Shaykh et Banāt al-Riyāḍ (2005) par Rajaa Alsanea. L’analyse, basée sur le modèle à trois dimensions de Norman Fairclough, vise à découvrir comment les écrivaines expriment leur agentivité à travers l’écriture, et quelles images elles projettent d’elles-mêmes et plus généralement des femmes dans leurs sociétés respectives. L’auteure se penche ensuite sur les traductions anglaise et française de chaque roman. Elle examine les déplacements qui s’opèrent principalement sur le plan de la texture et le plan pragma-sémiotique, et interroge en quoi ces déplacements ébranlent l’autorité des écrivaines. Enfin, une étude de la réception de ces traductions en France, en Grande Bretagne et aux États-Unis vient enrichir l’analyse textuelle. À cette étape, les critiques éditoriales et universitaires ainsi que les choix éditoriaux relatifs au paratexte sont scrutés de façon à mettre en lumière les processus décisionnels, les discours et les tropes sous-tendant la mise en marché et la consommation de ces traductions. L’analyse des originaux révèle tout d’abord qu’à travers leurs textes, les auteures sont des agentes actives de changement social. Elles s’insurgent, chacune à sa manière, contre les discours hégémoniques tant locaux qu’occidentaux, et (ré-)imaginent leurs sociétés et leurs nations. Ce faisant, elles se créent leur propre espace discursif dans la sphère publique. Toutefois, la thèse montre que dans la plupart des traductions, les discours dissidents sont neutralisés, l’agentivité et la subjectivité des écrivaines minées au profit d’un discours dominant orientaliste. Ce même discours semble sous-tendre la réception des romans en traduction. Dans ce discours réifiant, l’expression de la différence culturelle est inextricablement imbriquée dans l’expression de la différence sexuelle: la « femme arabe » est la victime d’une religion islamique et d’une culture arabe essentiellement misogynes et arriérées. L’étude suggère, cependant, que ce sont moins les interventions des traductrices que les décisions des éditeurs, le travail de médiation opéré par les critiques, et l’intérêt (ou le désintérêt) des universitaires qui influencent le plus la manière dont ces romans sont mis en marché et reçus dans les nouveaux contextes. L’auteure conclut par rappeler l’importance d’une éthique de la traduction qui transcende toute approche binaire et se fonde sur une lecture éthique des textes qui fait ressortir le lien entre la poétique et la politique. Enfin, elle propose une lecture basée sur la reconnaissance du caractère situé du texte traduit comme du sujet lisant/traduisant.

Cassiodore, Variae, Livre 11 : traduction et commentaire historique

Ce mémoire est une traduction et un commentaire historique du livre 11 des Variae de Cassiodore concernant la période où il occupait le poste de préfet du prétoire (533-537). Si les Variae sont de la première importance comme sources pour l’Italie ostrogothique, cela ne se reflète malheureusement pas encore dans l’accessibilité du texte, qui n’a pas encore fait l’objet d’une traduction française ou d’un commentaire historique complet, d’où la nécessité de ce mémoire. On possède en effet peu de sources aussi pertinentes pour le VIe siècle en Italie, et ce qu’on sait par ailleurs sur l’administration de l’époque provient de sources éloignées géographiquement ou chronologiquement. Un commentaire de ce livre nous permet donc de dresser un bon portrait du préfet du prétoire et de son office ainsi que de la situation en Italie entre les années 530 et 540.

From Word Embeddings to Large Vocabulary Neural Machine Translation

Dans ce mémoire, nous examinons certaines propriétés des représentations distribuées de mots et nous proposons une technique pour élargir le vocabulaire des systèmes de traduction automatique neurale. En premier lieu, nous considérons un problème de résolution d'analogies bien connu et examinons l'effet de poids adaptés à la position, le choix de la fonction de combinaison et l'impact de l'apprentissage supervisé. Nous enchaînons en montrant que des représentations distribuées simples basées sur la traduction peuvent atteindre ou dépasser l'état de l'art sur le test de détection de synonymes TOEFL et sur le récent étalon-or SimLex-999. Finalament, motivé par d'impressionnants résultats obtenus avec des représentations distribuées issues de systèmes de traduction neurale à petit vocabulaire (30 000 mots), nous présentons une approche compatible à l'utilisation de cartes graphiques pour augmenter la taille du vocabulaire par plus d'un ordre de magnitude. Bien qu'originalement développée seulement pour obtenir les représentations distribuées, nous montrons que cette technique fonctionne plutôt bien sur des tâches de traduction, en particulier de l'anglais vers le français (WMT'14).

Assessment of PEG on Polymeric Particles Surface, a Key Step in Drug Carrier Translation

Injectable drug nanocarriers have greatly benefited in their clinical development from the addition of a superficial hydrophilic corona to improve their cargo pharmacokinetics. The most studied and used polymer for this purpose is poly(ethylene glycol), PEG. However, in spite of its wide use for over two decades now, there is no general consensus on the optimum PEG chain coverage-density and size required to escape from the mononuclear phagocyte system and to extend the circulation time. Moreover, cellular uptake and active targeting may have conflicting requirements in terms of surface properties of the nanocarriers which complicates even more the optimization process. These persistent issues can be largely attributed to the lack of straightforward characterization techniques to assess the coverage-density, the conformation or the thickness of a PEG layer grafted or adsorbed on a particulate drug carrier and is certainly one of the main reasons why so few clinical applications involving PEG coated particle-based drug delivery systems are under clinical trial so far. The objective of this review is to provide the reader with a brief description of the most relevant techniques used to assess qualitatively or quantitatively PEG chain coverage-density, conformation and layer thickness on polymeric nanoparticles. Emphasis has been made on polymeric particle (solid core) either made of copolymers containing PEG chains or modified after particle formation. Advantages and limitations of each technique are presented as well as methods to calculate PEG coverage-density and to investigate PEG chains conformation on the NP surface.

Frequent translation strategies used by Iranian translators in subtitles to translate metaphors

En tant que moyen de communication qui détermine les structures de base des langues, la métaphore se classe parmi les enjeux les plus importants du domaine de la traductologie, d’où la complexité de la rendre traduisible. La nature indirecte de la métaphore étant problématique, celle-ci exige une étude approfondie, surtout vis-à-vis le transfert de la culture d’une langue à une autre. Un survol de la littérature académique traitant des théories et des approches différentes en traductologie révèle une façon de rendre possible la traduction de la métaphore. Cette étude traite de la traduction des métaphores du perse aux sous-titres anglais. Elle indique également les approches et les stratégies appliquées à la traduction des expressions linguistiques métaphoriques telles que proposées par Newmark (1988). En se fondant sur des exemples authentiques tirés des textes sources (deux films perses bien connus) et leurs traductions anglaises, cette étude démontre la façon dont certains traducteurs iraniens traduisent des expressions métaphoriques en se servant d’une des sept stratégies proposées par Newmark. Elle explique également comment certains éléments (par ex. les difficultés de la traduction) ont été influents sur leurs conclusions, tout en soutenant l’hypothèse que la reproduction d’une même image d’une langue source dans une langue cible ainsi que l’effacement sont respectivement la plus fréquente et la moins fréquente des stratégies employées par les sous-titreurs iraniens.

Studies on a syntax based approach for translation between structurally different languages and the development of a prototype for Malayalam to English translation

This thesis summarizes the results on the studies on a syntax based approach for translation between Malayalam, one of Dravidian languages and English and also on the development of the major modules in building a prototype machine translation system from Malayalam to English. The development of the system is a pioneering effort in Malayalam language unattempted by previous researchers. The computational models chosen for the system is first of its kind for Malayalam language. An in depth study has been carried out in the design of the computational models and data structures needed for different modules: morphological analyzer , a parser, a syntactic structure transfer module and target language sentence generator required for the prototype system. The generation of list of part of speech tags, chunk tags and the hierarchical dependencies among the chunks required for the translation process also has been done. In the development process, the major goals are: (a) accuracy of translation (b) speed and (c) space. Accuracy-wise, smart tools for handling transfer grammar and translation standards including equivalent words, expressions, phrases and styles in the target language are to be developed. The grammar should be optimized with a view to obtaining a single correct parse and hence a single translated output. Speed-wise, innovative use of corpus analysis, efficient parsing algorithm, design of efficient Data Structure and run-time frequency-based rearrangement of the grammar which substantially reduces the parsing and generation time are required. The space requirement also has to be minimised

Syntactic Based Machine Translation from English to Malayalam

Due to the emergence of multiple language support on the Internet, machine translation (MT) technologies are indispensable to the communication between speakers using different languages. Recent research works have started to explore tree-based machine translation systems with syntactical and morphological information. This work aims the development of Syntactic Based Machine Translation from English to Malayalam by adding different case information during translation. The system identifies general rules for various sentence patterns in English. These rules are generated using the Parts Of Speech (POS) tag information of the texts. Word Reordering based on the Syntax Tree is used to improve the translation quality of the system. The system used Bilingual English –Malayalam dictionary for translation.

English to Malayalam Translation: A Statistical Approach

This paper underlines a methodology for translating text from English into the Dravidian language, Malayalam using statistical models. By using a monolingual Malayalam corpus and a bilingual English/Malayalam corpus in the training phase, the machine automatically generates Malayalam translations of English sentences. This paper also discusses a technique to improve the alignment model by incorporating the parts of speech information into the bilingual corpus. Removing the insignificant alignments from the sentence pairs by this approach has ensured better training results. Pre-processing techniques like suffix separation from the Malayalam corpus and stop word elimination from the bilingual corpus also proved to be effective in training. Various handcrafted rules designed for the suffix separation process which can be used as a guideline in implementing suffix separation in Malayalam language are also presented in this paper. The structural difference between the English Malayalam pair is resolved in the decoder by applying the order conversion rules. Experiments conducted on a sample corpus have generated reasonably good Malayalam translations and the results are verified with F measure, BLEU and WER evaluation metrics

Handling OOV Words in Phrase-Based Statistical Machine Translation for Malayalam

Statistical Machine Translation (SMT) is one of the potential applications in the field of Natural Language Processing. The translation process in SMT is carried out by acquiring translation rules automatically from the parallel corpora. However, for many language pairs (e.g. Malayalam- English), they are available only in very limited quantities. Therefore, for these language pairs a huge portion of phrases encountered at run-time will be unknown. This paper focuses on methods for handling such out-of-vocabulary (OOV) words in Malayalam that cannot be translated to English using conventional phrase-based statistical machine translation systems. The OOV words in the source sentence are pre-processed to obtain the root word and its suffix. Different inflected forms of the OOV root are generated and a match is looked up for the word variants in the phrase translation table of the translation model. A Vocabulary filter is used to choose the best among the translations of these word variants by finding the unigram count. A match for the OOV suffix is also looked up in the phrase entries and the target translations are filtered out. Structuring of the filtered phrases is done and SMT translation model is extended by adding OOV with its new phrase translations. By the results of the manual evaluation done it is observed that amount of OOV words in the input has been reduced considerably

Techniques to Improve the word alignments in Statistical Machine Translation from English to Malayalam

In Statistical Machine Translation from English to Malayalam, an unseen English sentence is translated into its equivalent Malayalam translation using statistical models like translation model, language model and a decoder. A parallel corpus of English-Malayalam is used in the training phase. Word to word alignments has to be set up among the sentence pairs of the source and target language before subjecting them for training. This paper is deals with the techniques which can be adopted for improving the alignment model of SMT. Incorporating the parts of speech information into the bilingual corpus has eliminated many of the insignificant alignments. Also identifying the name entities and cognates present in the sentence pairs has proved to be advantageous while setting up the alignments. Moreover, reduction of the unwanted alignments has brought in better training results. Experiments conducted on a sample corpus have generated reasonably good Malayalam translations and the results are verified with F measure, BLEU and WER evaluation metrics

THE PROBLEMS OF TRANSLATION OF POETRY FROM HINDI T0 ENGLISH wITH SPECIAL REFERENCE TO THE TRANSLATION OF ‘RAMACHARlTMANAS‘, ‘THE RAMAYANA OF THULSIDAS

HINDI