A transcript finishing initiative for closing gaps in the human transcriptome

We report the results of a transcript finishing initiative, undertaken for the purpose of identifying and characterizing novel human transcripts, in which RT-PCR was used to bridge gaps between paired EST Clusters, mapped against the genomic sequence. Each pair of EST Clusters selected for experimental validation was designated a transcript finishing unit (TFU). A total of 489 TFUs were selected for validation, and an overall efficiency of 43.1% was achieved. We generated a total of 59,975 bp of transcribed sequences organized into 432 exons, contributing to the definition of the structure of 211 human transcripts. The structure of several transcripts reported here was confirmed during the course of this project, through the generation of their corresponding full-length cDNA sequences. Nevertheless, for 21% of the validated TFUs, a full-length cDNA sequence is not yet available in public databases, and the structure of 69.2% of these TFUs was not correctly predicted by computer programs. The TF strategy provides a significant contribution to the definition of the complete catalog of human genes and transcripts, because it appears to be particularly useful for identification of low abundance transcripts expressed in a restricted Set of tissues as well as for the delineation of gene boundaries and alternatively spliced isoforms.

Caracterização filogenética de amostras do vírus da imunodeficiência felina (FIV) do Estado de São Paulo

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Efeitos da idade e dos indicadores de obesidade na pressão arterial de trabalhadores

Os objetivos do estudo foram descrever a prevalência de hipertensão arterial (HA) e verificar os efeitos que a idade e indicadores de obesidade provocam na pressão arterial (PA) de trabalhadores de uma indústria de balas e gomas. Para tanto a PA sistólica (PAS), PA diastólica (PAD), as medidas de massa corporal (MC), estatura e circunferência de cintura (CC) foram obtidas de 348 trabalhadores voluntários (243 homens e 105 mulheres). A prevalência de HA na amostra foi 8,9% (31 casos) e mais comum nos homens do que nas mulheres (7,2% vs 1,7%). Entre os hipertensos a idade (PAS r=0,43) e a MC (PAD r=0,39) demonstraram correlação (r) positiva e significativa, apesar de baixa. Por sua vez entre os normotensos (317) e o grupo total (348), a idade e todos os indicadores de obesidade (MC, IMC, CC) apresentaram correlação baixa, porém significativa e positiva com os valores de PAS, PAD e PA média (PAM) (r=0,23 a r=0,47). Adicionalmente a análise estatística revelou que homens e mulheres com HA são mais velhos e obesos do que seus pares normotensos. Exceto para a idade e o sexo, que são fatores de risco não modificáveis, os indicadores de obesidade possuem forte associação com hábitos e comportamentos de risco e, portanto, passíveis de prevenção.

Caracterização molecular e expressão heteróloga do alérgeno fosfolipase A1 do veneno de Polybia paulista (Hymenoptera; Vespidae)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Estrutura e ultra-estrutura de membranas biológicas de ovinos da raça santa inês (Ovis aries, L., 1758) a fresco e conservadas em glicerina

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Estudo das formas aumentativas e diminutivas em português arcaico

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

O despojamento em São Bernardo de Claraval e São Francisco de Assis (séculos XII e XIII)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

O currículo em uma classe hospitalar: estudo de caso no albergue pavilhão São José da Santa Casa de Misericórdia do Pará

A presente pesquisa tem como objetivo investigar a dinâmica curricular implementada pelo Núcleo de Educação Popular Paulo Freire (NEP), da Universidade do Estado do Pará (UEPA), no contexto hospitalar, especificamente no Pavilhão São José; através da relação com o outro, a relação com o saber no cotidiano da relação pedagógica, as interpretações dadas ao currículo pelas docentes, as alterações de sentidos, do conhecimento e do saber, que contribuem, de forma concreta, para a inclusão e para a ação pedagógica em ambientes hospitalares. Os eixos teóricos que fundamentam esta investigação se voltam para os aspectos do conhecimento e construção do currículo e suas interfaces, mais diretamente a prática do currículo no cotidiano. Através da realidade curricular do Pavilhão São José, podemos conhecer o currículo adotado e interpretado pelas docentes nessa classe hospitalar e como essa proposta vem se materializando enquanto dinâmica curricular. Trabalhamos com a abordagem qualitativa aplicando no estudo de caso realizado no Pavilhão São José da Fundação Santa Casa de Misericórdia do Pará, no período de 2004 até junho de 2005. A coleta de dados foi feita através da entrevista com as duas professoras e a Coordenadora do Projeto de Ensino do NEP, análise documental, tendo sido privilegiados os questionários sócio-antropológicos realizados pelo NEP com os alunos-pacientes ou mães, fichas de atividades das docentes e o Projeto de Ensino do NEP. Os principais resultados apontam para a necessidade de valorização dessa ação educativa frente aos profissionais de saúde e pais, para que os alunos-pacientes a compreendam como caminho para sua escolarização; para os cursos de Formação de Professores reverem o tempo da ação educativa pelo "princípio da simultaneidade de eventos", pela partilha coletiva docente, pela orientação de currículos interdisciplinares e ampliação da cultura popular; para a forma grupal de problematizar os conteúdos articulados em classe, aumentar os relativos à escolarização, visto que essa proposta tem a pretensão de ofertar aos alunos-pacientes o acesso à escola; de buscar estratégias de interação entre os profissionais de saúde e educação; e investigar essa dinâmica curricular de forma mais sistemática e constante para desenvolver o processo educativo em ambiente hospitalar.

A democratização da gestão escolar no município de Santa Bárbara do Pará a partir do PDE

Este estudo sobre A democratização da gestão escolar no Município de Santa Bárbara do Pará a partir do PDE buscou identificar quais as contribuições do Plano de Desenvolvimento da Escola para a gestão escolar, a partir de análises das ações implementadas na Escola Municipal do Livramento. Ele contempla uma discussão sobre a reforma do Estado e a nova proposta de gestão pública, que tornou-se mais flexível, capaz de se adaptar ao desenvolvimento tecnológico e às novas exigências da economia globalizada, que fizeram a reforma do Estado ser orientada pelos valores da eficiência, da qualidade na prestação de serviços e pela cultura gerencial nas organizações. Este trabalho mostra, também, a articulação existente entre sistema escolar e capitalismo, que exigiu, devido a crise no setor agrário-exportador (nos anos vinte) e a emergência do setor urbano-industrial, melhor escolarização, principalmente para as populações dos centros urbanos, associando, dessa forma, a educação ao desenvolvimento e à economia como solução para a crise. Observa-se, a partir da pesquisa, que as políticas públicas educacionais emanadas dos organismos internacionais têm suscitado novas formas de regulação e de gestão no país, nesse contexto surge a perspectiva de gestão da proposta do Fundescola/ PDE, na qual é reforçado o papel da liderança do diretor. O estudo identifica que o atendimento educacional no Pará e na Região Norte está centrado no ensino fundamental, revelando uma desproporção com relação à educação infantil e ensino médio. A discussão, aqui apresentada, a respeito da modernização da gestão enfatiza a importância da autonomia e da participação na escola pública como meio de alcançar a qualidade desejável na educação. Revela, ainda, o caráter impositivo da proposta do PDE ao ignorar a comunidade escolar e externa na sua formulação, sendo distinta e até contraditória com a proposta estabelecida pela legislação educacional brasileira, apesar do discurso dos idealizadores apontarem-na como uma proposta participativa e democrática.

Variação morfológica, vocal e molecular em Hylopezus macularius (Temminck, 1830) (Aves, Grallariidae)

A dissertação foi elaborada no formato de artigo, intitulado de “Systematic revision of the spotted antpitta Hylopezus macularius, (Grallariidae), with description of a cryptic new species from brazilian Amazonia”, a ser submetido para a revista The AUK, formatado segundo os padrões da revista. Uma revisão sistemática da espécie politípica Hylopezus macularius (Grallariidae), baseada em caracteres morfométricos, de plumagem, vocais e moleculares, é apresentada. As análises morfológicas e vocais foram baseadas, respectivamente, em 45 espécimes e em 104 gravações. As filogenias moleculares basearam-se em 1.371 pares de bases de ADN dos genes mitocondriais 16S, ND2, e cyt b de 26 espécimes, incluindo diversos táxons como grupos externos. Nossos resultados revelaram a existência de um táxon não descrito, endêmico do interflúvio Xingu - Madeira, cripticamente similar morfologicamente ao paraensis, mas distinguível vocal e geneticamente do último e de todos os outros táxons agrupados sob H. macularius. As árvores moleculares obtiveram forte apoio e monofiletismo recíproco entre as quatro linhagens principais de H. macularius, três das quais correspondem aos táxons já nomeados (dilutus, macularius, e paraensis), e um ao táxon anônimo, que é descrito neste trabalho. Nós mostramos que aqueles quatro táxons são mutuamente diagnosticáveis através de uma combinação de características vocais e morfológicas, portanto recomendamos tratá-los como espécies separadas. Datas das árvores moleculares indicaram que as separações entre espécies do complexo ocorreram entre 2.92 e 0.78 milhões de anos, com as separações mais antigas concentradas no noroeste da Amazônia (através do rio Negro) e as mais recentes na parte sudeste da bacia (através do rio Xingu).

Diversidade morfológica e molecular do gênero Oecomys thomas, 1906 (Rodentia: Cricetidae) na Amazônia oriental brasileira

Os roedores arborícolas do gênero Oecomys possuem distribuição reconhecida para áreas de floresta tropical e subtropical da América Central e do Sul, e compreendem 17 espécies atualmente reconhecidas, além de duas descritas, mas não nomeadas, reconhecidas em estudos prévios. Destas, apenas seis têm ocorrência esperada para a Amazônia oriental brasileira. A delimitação das espécies com base apenas em caracteres morfológicos é complicada, de forma que diversos táxons nominais já foram associados ao gênero e diversos arranjos taxonômicos foram propostos. Na única revisão taxonômica para o gênero, realizada há 50 anos, foram reconhecidas apenas duas espécies politípicas. Desde então, vários trabalhos envolvendo análises morfológicas, moleculares e cariotípicas têm demonstrado que há uma maior diversidade de espécies em Oecomys, resultando em descrições de espécies novas e revalidações de espécies anteriormente sinonimizadas. Este trabalho buscou caracterizar a variação morfológica e a diversidade molecular das espécies com ocorrência na Amazônia oriental brasileira. Para isto, empregamos análises filogenéticas com base no gene mitocondrial citocromo-b a fim de definir clados que representassem espécies, para as quais descrevemos a morfologia externa e craniana. Como resultado, reconhecemos 11 espécies com ocorrência para o leste da Amazônia brasileira, das quais cinco são esperadas para a região (Oecomys auyantepui, O. bicolor, O. paricola, O. rex e O. rutilus), duas são registradas pela primeira vez para o bioma Amazônia (Oecomys catherinae e O. cleberi) e quatro espécies são novas ou não reconhecidas como válidas atualmente, aqui denominadas Oecomys sp. A, Oecomys sp. B, Oecomys sp. C e Oecomys sp. D. Além disso, corroboramos estudos moleculares prévios em que Oecomys bicolor é um complexo de espécies, com base na alta taxa de divergência nucleotídica apresentada (7,5 %). Observamos dimorfismo sexual e variação ontogenética na morfometria craniana da espécie Oecomys paricola, e para efeito de comparação extrapolamos estas variações para as demais espécies tratadas aqui. Sugerimos também uma hipótese filogenética entre as espécies do gênero a partir de 653 pb do gene citocromo-b, sendo esta a filogenia mais abrangente para Oecomys publicada até o momento, devido ao elevado número de espécies incluídas (11 das 16 espécies atualmente reconhecidas e sete prováveis novas espécies) e a amplitude geográfica das amostras aqui utilizadas.

Os Donos de São Benedito: convenções e rebeldias na luta entre o catolicismo tradicional e devocional na cultura de Bragança, século XX

Esta dissertação discute as imagens e representações encontradas na Literatura e as lutas pelo controle da cultura no exemplo da Festividade, da Irmandade e da Marujada de São Benedito, na cidade de Bragança, Estado do Pará, na Amazônia brasileira, a partir da década de 1930, no século XX. Analisando uma farta bibliografia nos temas Folclore, Memória, Tradição Popular e Antropologia, o estudo tenta explicar como se construíram as relações sociais entre os sujeitos históricos da Igreja Católica pela Prelazia do Guamá e da Irmandade do Glorioso São Benedito de Bragança, relacionando-os com o recurso literário e com os principais teóricos da historiografia, para entender o catolicismo popular e oficial em suas representações assim como os símbolos construídos no tempo, como elementos da História de tensão entre as ideias e regras de controle eclesiástico católico e a reação popular dos irmãos de São Benedito.

Variação morfológica, vocal e genética na espécie politípica Lepidocolaptes albolineatus (Aves – Dendrocolaptidae)

Lepidocolaptes albolineatus (Aves: Dendrocolaptidae) é uma espécie biológica politípica, constituída pelos seguintes táxons: L. a. albolineatus, que ocorre na Área de Endemismo (AE) Guiana, L. a. duidae (AE Imeri), L .a. fuscicapillus (AE Rondônia), L. a. madeirae (AE Rondônia) e L. a .layardi (AEs Tapajós, Xingu e Belém). Os objetivos deste trabalho foram: (1) revisar a validade e a diagnosabilidade dos táxons atualmente agrupados em L. albolineatus com base em caracteres morfológicos, vocais e moleculares e (2) reavaliar os limites interespecíficos entre estes táxons. Foram mensurados 150 espécimes depositados em 8 museus do Brasil e EUA. Para a análise molecular, foram seqüenciados um total de 940 pb do gene mitocondrial ND2 para 35 indivíduos de todos os táxons de L. albolineatus. As análises filogenéticas foram realizadas nos programa PAUP 4.0 b 10 e MrBayes 3.1 utilizando-se os métodos de parcimônia (MP), máxima verossimilhança (MV) e inferência Bayesiana. A combinação de dados morfológicos e moleculares revelou a existência de 5 clados fortemente apoiados estatisticamente: clado 1 (agrupando indivíduos da AE Rondônia), clado 2 (agrupando espécimes das AE Belém, Xingu e Tapajós), clado 3 (incluindo espécimes da AE Inambari), clado 4 (incluindo indivíduos da AE Imeri) e clado 5 (agrupando indivíduos da AE Guiana). Todos os clados corresponderam a táxons já nomeados, exceto o clado 3 para o qual nenhum nome válido se encontra disponível, já que o nome fuscicapillus na verdade se aplica ao clado 1 e, portanto, deve ser considerado sinônimo sênior de madeirae. A principal separação genética e morfológica em L. albolineatus acontece entre o táxon nominal e os demais, embora cada um dos 5 clados possa ser considerado uma espécie distinta (com base no Conceito Filético Geral de Espécie) através de uma combinação única de caracteres morfológicos, vocais e moleculares diagnósticos.

Prevalência da infecção pelos Polyomavirus JC e BK em pacientes com Doença Renal Crônica e transplantados

O presente estudo teve como objetivo realizar a investigação molecular da infecção pelos Poliomavírus JC e BK em pacientes com Doença Renal Crônica (DRC) terminal, transplantados e em indivíduos sem DRC. Foram testadas 295 amostras de urina, que após a extração de DNA, foram submetidas à amplificação de um fragmento de 173 pb do gene do antígeno-T de Polyomavirus por meio da PCR seguida pela análise de RFLP, utilizando a endonuclease de restrição BamHI, na qual foi detectado 17,6% (52/295) de infecção por Polyomavirus, sendo 3,9% (4/102) nos pacientes com DRC, 30,5% (18/59) nos pacientes transplantados e 22,4% (30/134) nos assintomáticos. A prevalência da infecção pelo BKV foi de 88,9% (16/18) nos transplantados e de 10,0% (3/30) nos assintomáticos, não sendo detectada a infecção pelo BKV em pacientes com DRC. A prevalência de infecção pelo JCV foi de 3,9% (4/102) nos pacientes com DRC, de 11,1% (2/16) no transplantados e de 90,0% (27/30) nos assintomáticos. O risco de infecção por BKV foi determinada ser 72 vezes maior em pacientes transplantados do que em assintomáticos. A baixa frequência de infecção encontrada entre os pacientes com DRC pode estar relacionada ao fato de que esses pacientes apresentam uma elevada taxa de excreção de uréia na urina, assim como, baixo volume e densidade urinária, podem ser outros dois fatores contribuintes para a ausência de amplificação por estarem associados à baixa carga viral presente. De acordo com estes resultados, sugere-se que a investigação da infecção por Polyomavirus deve ser realizada, rotineiramente, nos pacientes pré e póstransplante, assim como nos doadores de órgãos, uma vez que a infecção por BKV tem sido associada com rejeição de enxerto em transplante de rins.

Estudo comparativo da influência do método de posicionamento convencional e natural da cabeça em radiografias cefalométricas laterais na análise facial de arnett e análise facial de arnett modificada

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)