Metodi computazionali per l'annotazione di genomi e proteomi

Il progresso tecnologico nel campo della biologia molecolare, pone la comunità scientifica di fronte all’esigenza di dare un’interpretazione all’enormità di sequenze biologiche che a mano a mano vanno a costituire le banche dati, siano esse proteine o acidi nucleici. In questo contesto la bioinformatica gioca un ruolo di primaria importanza. Un nuovo livello di possibilità conoscitive è stato introdotto con le tecnologie di Next Generation Sequencing (NGS), per mezzo delle quali è possibile ottenere interi genomi o trascrittomi in poco tempo e con bassi costi. Tra le applicazioni del NGS più rilevanti ci sono senza dubbio quelle oncologiche che prevedono la caratterizzazione genomica di tessuti tumorali e lo sviluppo di nuovi approcci diagnostici e terapeutici per il trattamento del cancro. Con l’analisi NGS è possibile individuare il set completo di variazioni che esistono nel genoma tumorale come varianti a singolo nucleotide, riarrangiamenti cromosomici, inserzioni e delezioni. Va però sottolineato che le variazioni trovate nei geni vanno in ultima battuta osservate dal punto di vista degli effetti a livello delle proteine in quanto esse sono le responsabili più dirette dei fenotipi alterati riscontrabili nella cellula tumorale. L’expertise bioinformatica va quindi collocata sia a livello dell’analisi del dato prodotto per mezzo di NGS ma anche nelle fasi successive ove è necessario effettuare l’annotazione dei geni contenuti nel genoma sequenziato e delle relative strutture proteiche che da esso sono espresse, o, come nel caso dello studio mutazionale, la valutazione dell’effetto della variazione genomica. È in questo contesto che si colloca il lavoro presentato: da un lato lo sviluppo di metodologie computazionali per l’annotazione di sequenze proteiche e dall’altro la messa a punto di una pipeline di analisi di dati prodotti con tecnologie NGS in applicazioni oncologiche avente come scopo finale quello della individuazione e caratterizzazione delle mutazioni genetiche tumorali a livello proteico.

Unire, conoscere, produrre. Ricostruire la campagna di Motta di Cavezzo dopo il terremoto.

Il sisma che ha colpito l’Emilia nel maggio 2012 è stato il punto di partenza per ripensare la campagna di Motta di Cavezzo. Questa necessità è nata dall’abbandono delle campagne emiliane da parte dei propri abitanti a causa della paura e dei crolli. In seguito al drammatico evento, il paesaggio è rimasto gravemente danneggiato, perdendo una buona parte degli edifici tipici della tradizione costruttiva locale, come case coloniche, stalle, fienili e ville di campagna. L’intervento progettuale mira a riportare l’attenzione sulla campagna ed a rivitalizzarla attraverso l’inserimento di un’attività produttiva (la cantina vinicola), un’attività commerciale (un mercato dei prodotti tipici) e funzioni rivolte alla conoscenza del territorio, rispettando sempre la tradizione costruttiva e tipologica locale. Attraverso interventi puntuali e non troppo invasivi, sono state ricongiunte tra loro le preesistenze storiche, ovvero la Chiesa di Santa Maria ad Nives e Villa Molza e allo stesso tempo sono state messe a sistema con il fiume Secchia e con il paesaggio circostante. Si è andato così a sviluppare quello che può essere un esempio tipo di intervento per un’area di campagna.

Innovative techniques for sport turf managing: Agronomic and phyisiological implications

The growing substrate of the putting greens is considered a key factor for a healthy turf ecosystem. Actually detailed study on the effects of growth promoting bacteria and biostimulants on a professional sport turf are very limited. This thesis aimed to study the effectiveness of different microorganisms and biostimulants in order to improve the knowledge relative to the relationship between the beneficial microflora and root apparatus of sport turfs. The research project was divided in three principal steps: Initially, commercial products based on biostimulants and microorganisms were tested on a Lolium perenne L. essence grown in a controlled-environment. The principal evaluations were the study of the habitus of plants, biomass production and length of leaves and roots. Were studied the capacity of colonization of microorganisms within root tissues and rhizosphere. In the second step were developed two different biostimulant solutions based on effective microorganisms, mycorrhizae and humic acids. This test was conducted both on an Agrostis stolonifera putting green (Modena Golf & Country Club) in a semi-field condition and within a growth chamber on a Lolium perenne L. essence. Fungicide and chemicals applications were suspended in order to assess the effectiveness of the inoculants for nutrition and control of pests. In the last step, different microorganism mixes and biostimulants were tested on an experimental putting green in the Turf Research Center (TRC) (Virginia Tech, United States) in a real managing situation. The effects of different treatments were studied maintaining all chemicals and mechanicals managements scheduled during a sport season. Both growth-chamber and field results confirmed the capacity of microorganisms based biostimulants to promote the physiologic conditions of the plants, improve the growth of the roots and enhance the aesthetic performance of the turf. Molecular analysis confirmed the capacity of microorganisms to colonize the root tissues.

La classificazione e regolamentazione dei dispositivi medici: Stato dell'arte e prossimi aggiornamenti

Con il presente elaborato ci si propone di analizzare le caratteristiche fondamentali dell’ambito normativo nel quale i dispositivi medici si collocano e le conseguenze di tale aspetto regolatorio sulla circolazione dei prodotti stessi nel mercato dell’Unione Europea, con particolare riguardo agli aspetti di classificazione in base alla classe di rischio.

Valutazione di marker diagnostici, epidemiologia e nuove prospettive terapeutiche nell' avvelenamento da rodenticidi anticoagulanti nel cane.

In Medicina Veterinaria l'avvelenamento da rodenticidi anticoagulanti è conosciuto e studiato ormai da anni, essendo una delle intossicazioni più comunemente riscontrate nelle specie non target. In letteratura si rinvengono numerose pubblicazioni ma alcuni aspetti sono rimasti ancora inesplorati.Questo studio si propone di valutare il processo infiammatorio, mediante le proteine di fase acuta (APPs), in corso di fenomeni emorragici, prendendo come modello reale un gruppo di soggetti accidentalmente avvelenati da rodenticidi anticoagulanti. I 102 soggetti avvelenati presentano un valore più elevato di proteina C reattiva (CRP)con una mediana di 4.77 mg/dl statisticamente significativo rispetto alla mediana delle due popolazioni di controllo di pari entità numerica create con cross match di sesso, razza ed età; rispettivamente 0.02 mg/dl dei soggetti sani e 0.37 mg/dl dei soggetti malati di altre patologie. Inoltre all'interno del gruppo dei soggetti avvelenati un valore di CRP elevato all'ammissione può predisporre al decesso. La proteina C reattiva assume quindi un ruolo diagnostico e prognostico in questo avvelenamento. Un'altra finalità, di non inferiore importanza, è quella di definire una linea guida terapeutica con l'ausilio di biomarker coagulativi e di valutare la sicurezza della vitamina K per via endovenosa: in 73 cani, non in terapia con vitamina k, intossicati da rodenticidi anticoagulanti, i tempi della coagulazione (PT ed aPTT) ritornano nel range di normalità dopo 4 ore dalla prima somministrazione di 5 mg/kg di vitamina k per via endovenosa e nessun soggetto durante e dopo il trattamento ha manifestato reazioni anafilattiche, nessuno dei pazienti ha necessitato trasfusione ematica e tutti sono sopravvissuti. Infine si è valutata l'epidemiologia dell'ingestione dei prodotti rodenticidi nella specie oggetto di studio e la determinazione dei principi attivi mediante cromatografia liquida abbinata a spettrofotometria di massa (UPLC-MS/MS).

Valutazione sperimentale del campo aerodinamico prodotto da rasaerba industriali: un'indagine parametrica

L’azienda GGP, leader europeo nella produzione di rasaerba e prodotti per il giardinaggio, ha avviato, in collaborazione con il Laboratorio di aerodinamica sperimentale della Facoltà di ingegneria dell’Università di Bologna, uno studio atto alla valutazione delle prestazioni dei rasaerba commercializzati, al fine di comprendere quali siano le vie percorribili per ottenere un miglioramento delle prestazioni associate. Attualmente il metodo utilizzato per compiere tali valutazioni consiste nel far percorrere al rasaerba un percorso di lunghezza prestabilita e valutare il peso dell’erba raccolta nel sacco. Tale approccio presenta delle forti limitazioni in quanto le prove non sono per loro natura ripetibili. Si pensi ad esempio alla non uniformità del terreno e all’altezza dell’erba. È pertanto necessario un approccio in grado di definire con maggior precisione e ripetibilità le prestazioni dei macchinari rasaerba. Tra le diverse prestazioni c’è la capacità della macchina di trattare una portata di aria più elevata possibile garantendo un’elevata aspirazione dell’erba tagliata. Da questo punto vista la geometria della lama riveste un’importanza particolare. Per valutare le prestazioni della singola lama, è stato realizzato un “test-rig lame”, uno strumento con cui è possibile trattare il flusso per renderlo misurabile e valutare la portata d’aria attraverso semplici misure di pressione. Una volta costruito il “test-rig”, sono stati individuati i parametri geometrici delle lame che influenzano la portata, quali apertura, corda e calettamento del flap della lama. Lo studio svolto si limita a valutare gli effetti causati dalla sola geometria della lama prescindendo dalla forma della voluta, in quanto la sua interazione con la lama risulta di grande complessità. Si è quindi avviata una campagna di test sperimentali effettuati su lame caratterizzate da diversi valori dei parametri, che l’azienda stessa ha prodotto e fornito al laboratorio, al fine di trovare relazioni funzionali tra la portata elaborata e la geometria delle lame.

Tutela e valorizzazione delle produzioni agroalimentari di qualità attraverso strategie di brand management.Il modello Coop.

Questa tesi di dottorato verte sull'individuazione di politiche industriali atte ad implementare il mercato dei prodotti a denominazione di origine. Inevitabilmente, l’analisi economica dei prodotti agroalimentari tipici di qualità implica anche l’approfondimento e l’individuazione, delle problematiche connesse con la creazione di un valore addizionale per il consumatore, rispetto a quello dei prodotti standardizzati. Questo approccio richiama l’attenzione, da una parte, sulle caratteristiche della domanda e sulla disponibilità del consumatore a riconoscere e apprezzare questo plus-valore, dall’altra sulle strategie che l’offerta può attivare per conseguire un premium price rispetto al prodotto standardizzato. Le certificazioni comunitarie Dop, Igp e Stg oltre che il marchio di prodotto biologico racchiudono, solitamente, tali dinamiche valoriali ma sono tutt’oggi poco conosciute dai consumatori. Diversi studi internazionali dimostrano, infatti, che la maggioranza dei cittadini comunitari ignorano il significato delle certificazioni di qualità. L’ipotesi di fondo di questo studio si basa sulla possibilità di fidelizzare questi marchi con i brand della grande distribuzione già affermati, come quello di Coop. Analizzare gli effetti dell’introduzione di prodotti private label a denominazione di origine nel mercato della grande distribuzione organizzata italiana ci permetterebbe di comprendere se questo segmento di mercato può aiutare il settore delle Dop/Igp. Questo studio ha cercato di verificare se il prodotto private label a denominazione di origine, riesca a sfruttare il doppio binario di fiducia rappresentato dal marchio comunitario unito a quello dell’impresa di distribuzione. Per comprendere la propensione del consumatore a spendere di più per questi prodotti, abbiamo utilizzato l’analisi dell’elasticità della domanda sul prezzo dei dati scanner fornitici da Coop Adriatica. Siamo riusciti a dimostrare tale positivo connubio confermato anche da una indagine demoscopica effettuata ad hoc sui consumatori.

Metodologia di progettazione di un serbatoio per pressa a membrana

Progettazione e verifica dimensionale di un serbatoio in acciaio inossidabile da impiegare in una pressa a membrana, in campo industriale, per la pressatura/spremitura di uva o di altri prodotti vegetali. In particolare l’obbiettivo è realizzare un serbatoio con un volume compreso fra 48000÷50000 l in previsione di una futura messa in produzione di una nuova taglia di pressa a membrana per soddisfare specifiche richieste pervenute all'azienda in cui ho svolto la tesi.

Implementazione e validazione di una versione trasportabile su piattaforma Android di un broker semantico OSGI.

Realizzazione di un database semantico in Java a partire da una sua versione in tecnologia OSGI. La trattazione è organizzata come segue: nel primo capitolo verranno introdotte nozioni generali sullo scenario di rilevanza e le tecnologie. Nel secondo capitolo si parlerà della SIB-O, introducendone l’architettura e le funzionalità. Il terzo capitolo descriverà il lavoro svolto ed infine il quarto capitolo riporterà i risultati di test di performance allo scopo di validare il lavoro svolto e caratterizzare l’efficienza dei prodotti software realizzati.

Effetti della viscoelasticità sulla misura dell’energia di adesione tra film di polietilene

Lo stretch film è una diffusa applicazione per imballaggio dei film in polietilene (PE), utilizzato per proteggere diversi prodotti di vari dimensioni e pesi. Una caratteristica fondamentale del film è la sua proprietà adesiva in virtù della quale il film può essere facilmente chiuso su se stesso. Tipicamente vengono scelti gradi lineari a bassa densità (LLDPE) con valori relativamente bassi di densità a causa delle loro buone prestazioni. Il mercato basa la scelta del materiale adesivo per tentativi piuttosto che in base alla conoscenza delle caratteristiche strutturali ottimali per l’applicazione. Come per i pressure sensitive adhesives, le proprietà adesive di film stretch in PE possono essere misurati mediante "peel testing". Esistono molti metodi standard internazionali ma i risultati di tali prove sono fortemente dipendenti dalla geometria di prova, sulla possibile deformazione plastica che si verificano nel peel arm(s), e la velocità e temperatura. Lo scopo del presente lavoro è quello di misurare l'energia di adesione Gc di film stretch di PE, su se stessi e su substrati diversi, sfruttando l'interpretazione della meccanica della frattura per tener conto dell'elevata flessibilità e deformabilità di tali film. Quindi, la dipendenza velocità/temperatura di Gc sarà studiata con riferimento diretto al comportamento viscoelastico lineare dei materiali utilizzati negli strati adesivi, per esplorare le relazioni struttura-proprietà che possono mettere in luce i meccanismi molecolari coinvolti nei processi di adesione e distacco. Nella presente caso, l’adesivo non è direttamente disponibile come materiale separato che può essere messo tra due superfici di prova e misurato per la determinazione delle sue proprietà. Il presupposto principale è che una parte, o fase, della complessa struttura semi-cristallina del PE possa funzionare come adesivo, e un importante risultato di questo studio può essere una migliore identificazione e caratterizzazione di questo "fase adesiva".

Analisi fisiche e sensoriali per la valutazione della qualità di un prodotto da forno tipico: I taralli

Questa relazione è frutto di un lavoro sperimentale svolto su diversi campioni di taralli del commercio forniti da un'azienda del settore, prodotti mediante ricette simili ed omogenei per dimensioni. Le attività di ricerca sono state focalizzare su: I) l'individuazione e la valutazione dei principali descrittori sensoriali in grado di caratterizzare la tipologia di prodotto; II) lo svolgimento di un'analisi sensoriale discriminante per verificare l'esistenza di differenze significativamente rilevabili tra taralli dello stesso tipo ma conservati per tempi differenti (0, 6, 12 mesi), al fine di fornire indicazioni utili per la definizione corretta della shelf-life del prodotto; III) la determinazione di specifici parametri fisici relazionati con l'apparenza e la texture dei taralli, per verificare la possibilità di utilizzare tali dati sia come supporto alla fase di allenamento del gruppo di assaggiatori, sia come approccio rapido per la valutazione della qualità e della freschezza di tali prodotti. Per la realizzazione degli obiettivi appena esposti, é stata applicata la tecnica QDA®. I dati delle singole sedute di analisi sono stati monitorati mediante PanelCheck. E' stato svolto un test triangolare attraverso cui definire se i taralli differenti per tempo di conservazione risultino significativamente discriminati per le caratteristiche sensoriali. Parallelamente alla QDA® e sullo stesso set di campioni, sono state applicate alcune analisi fisiche concernenti la valutazione dell’aspetto visivo e della texture del prodotto. Per la valutazione strumentale dell’apparenza dei campioni di taralli, si sono acquisite le immagini relative ai campioni oggetto di studio mediante un sistema di acquisizione e, successivamente, elaborate attraverso Image Pro - Plus v 6.2, per determinare elementi utili alla discriminazione dei campioni in esame. Per quanto concerne la determinazione della caratteristiche strutturali dei taralli è stato utilizzato il Texture Analyzer ed impiegato un test di penetrazione. E' stata infine condotta, mediante tecniche statistiche, un’analisi congiunta dei dati sensoriali e fisici.

Simulazione dinamica di un veicolo dotato di powertrain ibrido endotermico-elettrico

Nel panorama motoristico ed automobilistico moderno lo sviluppo di motori a combustione interna e veicoli è fortemente influenzato da diverse esigenze che spesso sono in contrasto le une con le altre. Infatti gli obiettivi di economicità e riduzione dei costi riguardanti la produzione e la commercializzazione dei prodotti sono in contrasto con gli sforzi che devono essere operati dalle case produttrici per soddisfare le sempre più stringenti normative riguardanti le emissioni inquinanti ed i consumi di carburante dei veicoli. Fra le numerose soluzioni presenti i veicoli ibridi rappresentano una alternativa che allo stato attuale è già presente sul mercato in varie forme, a seconda della tipologie di energie accoppiate. In letteratura è possibile trovare numerosi studi che trattano l’ottimizzazione dei componenti o delle strategie di controllo di queste tipologie di veicoli: in moltissimi casi l’obiettivo è quello di minimizzare consumi ed emissioni inquinanti. Normalmente non viene posta particolare attenzione agli effetti che l’aggiunta delle macchine elettriche e dei componenti necessari per il funzionamento delle stesse hanno sulla dinamica del veicolo. Il presente lavoro di tesi è incentrato su questi aspetti: si è considerata la tipologia di veicoli ibridi termici-elettrici di tipo parallelo andando ad analizzare come cambiasse il comportamento dinamico del veicolo in funzione del tipo di installazione considerato per la parte elettrica del powertrain. In primo luogo è stato quindi necessario costruire ed implementare un modello dinamico di veicolo che permettesse di applicare coppie alle quattro ruote in maniera indipendente per considerare diverse tipologie di powertrain. In seguito si sono analizzate le differenze di comportamento dinamico fra il veicolo considerato e l’equivalente versione ibrida e i possibili utilizzi delle macchine elettriche per correggere eventuali deterioramenti o cambiamenti indesiderati nelle prestazioni del veicolo.

Liberismo economico ed alea nel contratto

La tesi analizza il rapporto tra rischio e liberalismo economico nel contratto e la qualificazione giuridica dei contratti in prodotti finanziari derivati.

La funzione limitatrice dei principi - valori costituzionali nella giurisprudenza costituzionale. Riflessi ed implicazioni sulla legalità penale

La tesi di ricerca si propone di indagare il riflesso che i principi/valori producono sul parametro nel sindacato di legittimità costituzionale, al fine di verificarne le implicazioni sulla legalità, in termini di prevedibilità e certezza. In particolare, delineata la connessione tra principi e valori costituzionali e, ricostruito, secondo la teoria dell'ordinamento, il rapporto tra valori e normatività,si analizzano i riflessi prodotti, sul piano interpretativo, dall’apertura del parametro costituzionale alla logica dei valori, enfatizzandone le ricadute sul controllo di costituzionalità delle leggi. Identificato il nesso tra principi e valori nella capacità funzionale dei primi di realizzare i diritti fondamentali, si è inteso rimarcare come la più estesa realizzazione dei principi-valori costituzionali potrebbe compiersi a spese della legge e della certezza del diritto, in una relazione inversamente proporzionale. Ciò apparirebbe evidente dall’ottica privilegiata della materia penale, per cui una legalità materiale, letta alla luce di criteri di adeguatezza e di ragionevole proporzione, seppur vicina alle esigenze di giustizia del caso concreto, se spinta in eccessi interpretativi rischia di invadere il campo del legislatore, unico deputato a compiere scelte di valore.

Inversione della trasformata di Laplace mediante regolarizzazione con norma L1

I dati derivanti da spettroscopia NMR sono l'effetto di fenomeni descritti attraverso la trasformata di Laplace della sorgente che li ha prodotti. Ci si riferisce a un problema inverso con dati discreti ed in relazione ad essi nasce l'esigenza di realizzare metodi numerici per l'inversione della trasformata di Laplace con dati discreti che è notoriamente un problema mal posto e pertanto occorre ricorrere a metodi di regolarizzazione. In questo contesto si propone una variante ai modelli presenti il letteratura che fanno utilizzo della norma L2, introducendo la norma L1.