The Role of K63-linked Ubiquitination Cycles in Akt Kinase Activation

Akt (also known as protein kinase B) serves a central regulator in PI3K/Akt signaling pathways to regulate numerous physiological functions including cell proliferation, survival and metabolism. Akt activation requires the binding of Akt to phospholipid PIP3 on the plasma membrane and subsequent phosphorylation of Akt by its kinases. Growth factor-mediated membrane recruitment of Akt is a crucial step for Akt activation. However, the mechanism of Akt membrane translocation is unclear. Protein ubiquitination is a significant posttranslational modification that controls many biological functions such as protein trafficking and signaling activation. Therefore, we hypothesize that ubiquitination may be involved in Akt signaling activation. We have demonstrated that Akt could be conjugated with non-proteolytic K63-linked ubiquitination by TRAF6 ubiquitin E3 ligase. This modification on Akt was required for membrane recruitment, phosphorylation and activation of Akt in response to growth factor stimulation. The human cancer-associated Akt E17K mutant exhibited an increase in K63-linked ubiquitination, which contributes to the enrichment of membrane recruitment and phosphorylation of Akt. Thus, we conclude that K63-linked ubiquitination is a critical step for oncogenic Akt activation and also involved in human cancer development. Notably, the process of protein ubiquitination can be reversed by deubiquitinating enzymes (DUBs), which play a critical role to terminate signaling activation induced by ubiquitination. To further investigate how ubiquitination cycles regulate Akt activation, we have identified that CYLD as a DUB for Akt, and CYLD inhibited growth factor-induced ubiquitination and activation of Akt. Under serum-depletion condition, CYLD interacts with Akt and keep Akt under inactive state by directly removing K63-linked ubiquitination of Akt. CYLD disassociates with Akt upon growth factor stimulation, thereby allowing E3 ligases to induce ubiquitination and activation of Akt. We also demonstrated that CYLD deficiency promoted cancer cell proliferation, survival, glucose metabolism and human prostate cancer development. Therefore, we conclude that CYLD plays a critical role for negatively regulating Akt signaling activation through deubiquitination of Akt. In summary, this study delineated the important mechanism of cycles of ubiquitination and deubiquitination of Akt in regulating membrane translocation and activation of Akt, and TRAF6 and CYLD as central switches for these processes.

The transcriptional regulation of the {\it neu\/} gene: Examples of activation, repression, and cell-specific expression

The neu oncogene encodes a growth factor receptor-like protein, p185, with an intrinsic tyrosine kinase activity. A single point mutation, an A to T transversion resulting in an amino acid substitution from valine to glutamic acid, in the transmembrane domain of the rat neu gene was found to be responsible for the transforming and tumorigenic phenotype of the cells that carry it. In contrast, the human proto-neu oncogene is frequently amplified in tumors and cell lines derived from tumors and the human neu gene overexpression/amplification in breast and ovarian cancers is known to correlate with poor patient prognosis. Examples of the human neu gene overexpression in the absence of gene amplification have been observed, which may suggest the significant role of the transcriptional and/or post-transcriptional control of the neu gene in the oncogenic process. However, little is known about the transcriptional mechanisms which regulate the neu gene expression. In this study, three examples are presented to demonstrate the positive and negative control of the neu gene expression.^ First, by using band shift assays and methylation interference analyses, I have identified a specific protein-binding sequence, AAGATAAAACC ($-$466 to $-$456), that binds a specific trans-acting factor termed RVF (for EcoRV factor on the neu promoter). The RVF-binding site is required for maximum transcriptional activity of the rat neu promoter. This same sequence is also found in the corresponding regions of both human and mouse neu promoters. Furthermore, this sequence can enhance the CAT activity driven by a minimum promoter of the thymidine kinase gene in an orientation-independent manner, and thus it behaves as an enhancer. In addition, Southwestern (DNA-protein) blot analysis using the RVF-binding site as a probe points to a 60-kDa polypeptide as a potential candidate for RVF.^ Second, it has been reported that the E3 region of adenovirus 5 induces down-regulation of epidermal growth factor (EGF) receptor through endocytosis. I found that the human neu gene product, p185, (an EGF receptor-related protein) is also down-regulated by adenovirus 5, but via a different mechanism. I demonstrate that the adenovirus E1a gene is responsible for the repression of the human neu gene at the transcriptional level.^ Third, a differential expression of the neu gene has been found in two cell model systems: between the mouse fibroblast Swiss-Webster 3T3 (SW3T3) and its variant NR-6 cells; and between the mouse liver tumor cell line, Hep1-a, and the mouse pancreas tumor cell line, 266-6. Both NR-6 and 266-6 cell lines are not able to express the neu gene product, p185. I demonstrate that, in both cases, the transcriptional repression of the neu gene may account for the lack of the p185 expression in these two cell lines. ^

Abundance and biomass of mesozooplankton from the Romanian littoral during DANUBS_2002 in spring and autumn 2002

The Danubs 2002 dataset contains zooplankton data collected in April, June,September and October 2002 in 11 station allong 5 transect in front of the Romanian littoral. Zooplankton sampling was undertaken at 11 stations where samples were collected using a Juday closing net in the 0-10, 10-25, and 25-50m layer (depending also on the water masses). The dataset includes samples analysed for mesozooplankton species composition and abundance. Sampling volume was estimated by multiplying the mouth area with the wire length. Taxon-specific mesozooplankton abundance was count under microscope. Total abundance is the sum of the counted individuals. Total biomass Fodder, Rotifera , Ctenophora and Noctiluca was estimated using a tabel with wet weight for each species an stage.

Lower Cretaceous nannofossils of the northwestern Australian margin

Moderately to sparsely nannofossiliferous Neocomian siliciclastics and rich Aptian-Albian nannofossil chalks were cored at two Leg 123 sites on the abyssal plains off northwestern Australia. At Site 765, the basal 70 m of cored section yields questionable Tithonian and Berriasian to early Hauterivian assemblages of moderate diversity containing Cruelellipsis cuvillieri, Tegumentum striatum, Speetonia colligata, and Crucibiscutum salebrosum. The overlying Hauterivianlower Aptian is represented by 140 m of sediments barren of nannofossils. Above this, the remaining 80 m of the Lower Cretaceous section has been assigned to the Rhagodiscus angustus Zone (late Aptian-early Albian in age) and the Prediscosphaera columnata Zone (middle-late Albian in age). Common species include Rhagodiscus angustus, Prediscosphaera columnata, Eprolithus floralis, Eprolithus sp., Chiastozygus litterarius, Rucinolithus irregularis, and Flabellites biforaminis. At Site 766, the Neocomian, represented by 200 m of sediment, yields C. cuvillieri, T. striatum, S. colligata, and C. salebrosum. Within the overlying Aptian-Albian sequence of 80 m, the Rhagodiscus angustus, and P. columnata zones were recognized. The paleobiogeographic patterns and implications are discussed, with special emphasis paid to the bipolar high-latitude distribution pattern of C. salebrosum in the Valanginian-Hauterivian. Biostratigraphically important species are discussed and their occurrence in the Indian Ocean is compared with one from the Tethys and Boreal realms. Two new species, Serbiscutum gaultensis and Eprolithus bettenstaedtii, are described.

Diferentes y desiguales : Un estudio sobre tres escuelas tradicionales del sector estatal en la ciudad de La Plata

La presente investigación se propuso el estudio y la comparación de algunas dimensiones de tres escuelas medias tradicionales ubicadas en el casco central de la capital de la Provincia de Buenos Aires. Sin dejar de reconocer cierta capacidad productora existente en la escolarización, el trabajo puso su mayor atención en la descripción y observación de los aspectos reproductivos de la misma, procurando estudiar sus aportes a la reproducción de las desigualdades socioculturales, y profundizar en el análisis empírico de la noción de circuitos educativos diferenciales. En ese sentido, la pregunta- problema que impulsó este trabajo fue si existe en la Ciudad de La Plata cierta configuración de circuitos escolares, es decir una delimitación entre diferentes tipos de escuelas medias destinadas a la atención de diferentes grupos de alumnos. Tales circuitos expresarían desigualdades en las condiciones de aprendizaje ofrecidas por los colegios, en dimensiones tales como las titulaciones de los docentes, los tipos de socializaciones institucionales promovidas desde los establecimientos, la relación con la política y la formación para la ciudadanía, las expectativas de los estudiantes sobre sus recorridos postsecundarios y de los docentes sobre el futuro de los estudiantes, la infraestructura de los establecimientos, la promoción de la continuidad con los estudios de nivel superior, los aportes de la escolarización al desempeño en el mundo laboral, entre otras. Durante los años 2010 y 2011 se llevó a cabo la investigación en la capital bonaerense, siguiendo una metodología de carácter cualitativo. En ese sentido, se siguió la propuesta de Juan Ignacio Piovani [2007] en relación con el tipo de diseño de investigación al que denomina flexible, que constituye un punto intermedio de un continuum cuyos dos polos serían los diseños estructurados y los diseños emergentes [2007: 74]. Las técnicas de investigación utilizadas fueron la entrevista semi-estructurada [individual y grupal], la observación no participante y los registros fotográficos en cada una de las tres escuelas abordadas. Asimismo se realizó, durante todo el periodo que se extendió la investigación, un rastreo de la información y de las apariciones de cada una de las escuelas en periódicos típicos de la ciudad. Las instituciones fueron seleccionadas ad hoc, teniendo en cuenta que cumplieran con los siguientes criterios: constituir escuelas tradicionales, contar con una antigüedad cercana a los cien años, ubicarse en el casco urbano platense y presentar modalidades u orientaciones curriculares diferentes. En ese sentido, la primera de ellas es una ex Escuela Normal [la denominaremos E1]; la segunda es una Escuela Técnica provincial [la denominaremos E2]; mientras que la tercera es una de las tres escuelas dependientes de la Universidad Nacional de La Plata ubicadas en la ciudad homónima [la denominaremos E3]

Diferentes y desiguales : Un estudio sobre tres escuelas tradicionales del sector estatal en la ciudad de La Plata

La presente investigación se propuso el estudio y la comparación de algunas dimensiones de tres escuelas medias tradicionales ubicadas en el casco central de la capital de la Provincia de Buenos Aires. Sin dejar de reconocer cierta capacidad productora existente en la escolarización, el trabajo puso su mayor atención en la descripción y observación de los aspectos reproductivos de la misma, procurando estudiar sus aportes a la reproducción de las desigualdades socioculturales, y profundizar en el análisis empírico de la noción de circuitos educativos diferenciales. En ese sentido, la pregunta- problema que impulsó este trabajo fue si existe en la Ciudad de La Plata cierta configuración de circuitos escolares, es decir una delimitación entre diferentes tipos de escuelas medias destinadas a la atención de diferentes grupos de alumnos. Tales circuitos expresarían desigualdades en las condiciones de aprendizaje ofrecidas por los colegios, en dimensiones tales como las titulaciones de los docentes, los tipos de socializaciones institucionales promovidas desde los establecimientos, la relación con la política y la formación para la ciudadanía, las expectativas de los estudiantes sobre sus recorridos postsecundarios y de los docentes sobre el futuro de los estudiantes, la infraestructura de los establecimientos, la promoción de la continuidad con los estudios de nivel superior, los aportes de la escolarización al desempeño en el mundo laboral, entre otras. Durante los años 2010 y 2011 se llevó a cabo la investigación en la capital bonaerense, siguiendo una metodología de carácter cualitativo. En ese sentido, se siguió la propuesta de Juan Ignacio Piovani [2007] en relación con el tipo de diseño de investigación al que denomina flexible, que constituye un punto intermedio de un continuum cuyos dos polos serían los diseños estructurados y los diseños emergentes [2007: 74]. Las técnicas de investigación utilizadas fueron la entrevista semi-estructurada [individual y grupal], la observación no participante y los registros fotográficos en cada una de las tres escuelas abordadas. Asimismo se realizó, durante todo el periodo que se extendió la investigación, un rastreo de la información y de las apariciones de cada una de las escuelas en periódicos típicos de la ciudad. Las instituciones fueron seleccionadas ad hoc, teniendo en cuenta que cumplieran con los siguientes criterios: constituir escuelas tradicionales, contar con una antigüedad cercana a los cien años, ubicarse en el casco urbano platense y presentar modalidades u orientaciones curriculares diferentes. En ese sentido, la primera de ellas es una ex Escuela Normal [la denominaremos E1]; la segunda es una Escuela Técnica provincial [la denominaremos E2]; mientras que la tercera es una de las tres escuelas dependientes de la Universidad Nacional de La Plata ubicadas en la ciudad homónima [la denominaremos E3]

Abundance and biomass of zooplankton collected in front of the Danube Delta in May and September 1979

The Gurile Dunarii 1979 dataset contains zooplankton data collected in May and September 1979 in 13 station allong 3 transect in front of the Danube Delta (45°05' - 44°45'N, 30°02'- 29°27'E). Zooplankton sampling was undertaken at 13 stations where samples were collected using a Juday closing net in the 0-10, 10-20, 20-30, 30-40 and 40-50m layer (depending also on the water masses). The dataset includes samples analysed for mesozooplankton species composition and abundance. Sampling volume was estimated by multiplying the mouth area with the wire length. Taxon-specific mesozooplankton abundance was count under microscope. Total abundance is the sum of the counted individuals. Total biomass Fodder, Rotifera , Ctenophora and Noctiluca was estimated using a tabel with wet weight for each species an stage.

Diferentes y desiguales : Un estudio sobre tres escuelas tradicionales del sector estatal en la ciudad de La Plata

La presente investigación se propuso el estudio y la comparación de algunas dimensiones de tres escuelas medias tradicionales ubicadas en el casco central de la capital de la Provincia de Buenos Aires. Sin dejar de reconocer cierta capacidad productora existente en la escolarización, el trabajo puso su mayor atención en la descripción y observación de los aspectos reproductivos de la misma, procurando estudiar sus aportes a la reproducción de las desigualdades socioculturales, y profundizar en el análisis empírico de la noción de circuitos educativos diferenciales. En ese sentido, la pregunta- problema que impulsó este trabajo fue si existe en la Ciudad de La Plata cierta configuración de circuitos escolares, es decir una delimitación entre diferentes tipos de escuelas medias destinadas a la atención de diferentes grupos de alumnos. Tales circuitos expresarían desigualdades en las condiciones de aprendizaje ofrecidas por los colegios, en dimensiones tales como las titulaciones de los docentes, los tipos de socializaciones institucionales promovidas desde los establecimientos, la relación con la política y la formación para la ciudadanía, las expectativas de los estudiantes sobre sus recorridos postsecundarios y de los docentes sobre el futuro de los estudiantes, la infraestructura de los establecimientos, la promoción de la continuidad con los estudios de nivel superior, los aportes de la escolarización al desempeño en el mundo laboral, entre otras. Durante los años 2010 y 2011 se llevó a cabo la investigación en la capital bonaerense, siguiendo una metodología de carácter cualitativo. En ese sentido, se siguió la propuesta de Juan Ignacio Piovani [2007] en relación con el tipo de diseño de investigación al que denomina flexible, que constituye un punto intermedio de un continuum cuyos dos polos serían los diseños estructurados y los diseños emergentes [2007: 74]. Las técnicas de investigación utilizadas fueron la entrevista semi-estructurada [individual y grupal], la observación no participante y los registros fotográficos en cada una de las tres escuelas abordadas. Asimismo se realizó, durante todo el periodo que se extendió la investigación, un rastreo de la información y de las apariciones de cada una de las escuelas en periódicos típicos de la ciudad. Las instituciones fueron seleccionadas ad hoc, teniendo en cuenta que cumplieran con los siguientes criterios: constituir escuelas tradicionales, contar con una antigüedad cercana a los cien años, ubicarse en el casco urbano platense y presentar modalidades u orientaciones curriculares diferentes. En ese sentido, la primera de ellas es una ex Escuela Normal [la denominaremos E1]; la segunda es una Escuela Técnica provincial [la denominaremos E2]; mientras que la tercera es una de las tres escuelas dependientes de la Universidad Nacional de La Plata ubicadas en la ciudad homónima [la denominaremos E3]

Lower Cretaceous nannofossils of ODP Holes 113-682B and 113-693A

Organic-rich, moderately to sparsely nannofossiliferous Lower Cretaceous claystones ("black shales") were cored at two Ocean Drilling Program Leg 113 sites on the continental slope of East Antarctica off Dronning Maud Land. A 39 m section at Site 692 yielded a Neocomian assemblage of limited diversity with rare Cyclagelosphaera deflandrei, Diadorhombus rectus, and Cruciellipsis cuvillieri, and is probably Valanginian in age. A 70-m section at Site 693 is assigned to the Rhagodiscus angustus Zone (late Aptian-early Albian in age). The latter zone is represented at DSDP sites on the Falkland Plateau, but equivalents to the Neocomian section are absent there, probably due to a disconformity. Watznaueria barnesae is the dominant species at both ODP sites, but it shares dominance with Repagulum parvidentatum at Site 693, where they total 70%-90% of the assemblage; their dominance is attributed to a paleogeographic setting within a restricted basin rather than to postdepositional dissolution of other species. The evolutionary development of this restricted basin and its eventual ventilation in early Albian times is discussed in terms of the regional stratigraphy and the breakup and dispersal of southwestern Gondwanaland. One new species, Corollithion covingtonii, is described.

Abundance and biomass of mesozooplankton collected in front of the Danube Delta in May and September 1980

The Gurile Dunarii 1980 dataset contains zooplankton data collected in May and September 1980 in 14 station allong 3 transect in front of the Danube Delta (45°05' - 44°45'N, 30°02'- 29°27'E). Zooplankton sampling was undertaken at 14 stations where samples were collected using a Juday closing net in the 0-10, 10-25 and 25-50m layer (depending also on the water masses). The dataset includes samples analysed for mesozooplankton species composition and abundance. Sampling volume was estimated by multiplying the mouth area with the wire length. Taxon-specific mesozooplankton abundance was count under microscope. Total abundance is the sum of the counted individuals. Total biomass Fodder, Rotifera , Ctenophora and Noctiluca was estimated using a tabel with wet weight for each species an stage.

Physical properties of four profiles from the Triassic in Germany

The Norian Steinmergel-Keuper (SMK) represents a low-latitude cyclically-bedded playa system of the Mid-German Basin. We investigated a drilling site (core Morsleben) and sections from marginal positions. Dolomite/red mudstone beds form rhythmic alternations that were associated with varying monsoon activity. Hence, low K/Al ratios of dolomite beds suggest increased chemical weathering of the crystalline hinterland and therefore increased monsoonal rainfall. High K/Al ratios in red mudstone beds reflect increased physical weathering of the hinterlands during dryer periods. Dolomite layers reflect the lake stage (maximum monsoon) while red mudstones indicate the dry phase (minimum monsoon) of the playa cycle. We distinguished five major types of cyclic facies alternations, representing specific facies zones in the playa system. We have implemented spectrophotometry as a tool for high-resolution cyclostratigraphy. The dense sampling increment (up to 1 cm) allows for the recognition of all orbital frequencies. Sediment colour profiles reveal striking hierarchical cycles from semi-precession (SP, 99 kyr) over precession (P, 19.8 kyr) and obliquity (O, 36 kyr) to eccentricity (E1-2 109 kyr; E3, 413 kyr). A significant about 2 Myr-signal is attributed to the longer-term eccentricity E4. One monsoonal (precession) cycle includes two carbonate precipitation events. We propose that stratified mudstone and red mudstone are associated with maximum and minimum monsoon during the transition of the solstices in perihelion and aphelion, respectively. The two carbonate precipitation events were most likely created when equinoxes were in perihelion and aphelion, respectively. A sedimentary semi-precession response cycle is a novel finding for the Norian strata. The obliquity signal is attributed to incoming atmospheric moisture from the northeast of the SMK basin. The E4 cycle controls lake-level changes over long times. Apparently, E4 is responsible whether or not a threshold value is crossed. Bundles of 109 kyr and 413 kyr in red mudstones suggest a dry system with reduced monsoonal activity. In contrast, humid periods reveal thick layers of dolomite beds, indicating that during those intervals the monsoonal activity was strong enough to prevent the playa system from drying out completely.

Abundance and biomass of mesozooplankton collected in front of the Danube Delta in April and September 1977

The Gurile Dunarii 1977 dataset contains zooplankton data collected in April and September 1977 in 14 station allong 3 transect in front of the Danube Delta. Zooplankton sampling was undertaken at 14 stations where samples were collected using a Juday closing net in the 0-10, 10-20, 20-30, 30-40 and 40-50m layer (depending also on the water masses). The dataset includes samples analysed for mesozooplankton species composition and abundance. Sampling volume was estimated by multiplying the mouth area with the wire length. Taxon-specific mesozooplankton abundance was count under microscope. Total abundance is the sum of the counted individuals. Total biomass Fodder, Rotifera , Ctenophora and Noctiluca was estimated using a tabel with wet weight for each species an stage.