Os efeitos da política educacional no crescimento econômico: teoria e estimativas dinâmicas em painel de dados

In this paper, we develop a theoretical model that considers a non-linear relationship between growth and level of education (human capital). Our econometric estimates demonstrated the causality running from human capital to GDP per capita with U inverted shape. The level of education (human capital) that generates the maximum growth rate lies around 4.5 years. The foremost implication of this result is that States with level of education below this range should have as priority educational policies.

The effects of quinpirole in eliciting 50 kHz calls from the rat nucleus accumbens /

Fifty kHz rat vocalizations are theorized to reflect a positive affective state, and index the reward value of stimuli (Knutson, Burgdorf & Panksepp, 2002; Panksepp & Burgdorf, 2003; Brudzynski,2005). Previous studies have identified the neurochemical substrate of this behaviour to be dependent on dopaminergic activity at the nucleus accumbens shell (Burgdorf, Knutson, Panksepp & Ikemoto, 2001; Thompson, Leonard & Brudzynski, 2006). The utilization of d-amphetamine (a non-selective dopamine agonist) in these studies does not address the specific dopamine receptor types involved. The present study aims to identify the role of the D2- like family of receptors in the nucleus accumbens shell in the production of 50 kHz vocalizations in adult rats. Single injections of quinpirole in a saline vehicle were administered to the nucleus accumbens shell of 57 rats, and the number of 50 kHz vocalizations were recorded. An inverted V-shaped relationship was found between quinpirole dose (0.5 ~g, 3 ~g, 6 ~g, 1 0 ~g and 20 ~g, all in 0.2~1 saline) and the mean number of 50 kHz calls produced. Quinpirole successfully elicited significantly more 50 kHz calls than did a saline control at the 6 ~g dose, as did 7 ~g/0.2 ~l of d-amphetamine injections into the same brain site. To test whether a selective D2 antagonist could reverse elicited 50 kHz calling, double injections were given that used either saline or raclopride as a pretreatment before quinpirole injections. Saline followed by 6 ~g/0.2 ~l of quinpirole elicited significantly more 50 kHz vocalizations than did a double injection of saline, while pretreatment with an equimolar dose of raclopride reduced elicited calls to control levels. Raclopride was also used as a pretreatment of 7 ~g/0.2 ~l d-amphetamine, which elicited significantly fewer 50 kHz vocalizations than saline followed by amphetamine, replicating the finding of Thompson, Leonard & Brudzynski (2006).Subcutaneous injections of 0.5 mg/kg and 1.5 mg/kg of quinpirole produced a similar number of 50 kHz vocalizations as subcutaneous injection of saline. Wider dose ranges may be explored in fiiture research. Thus, direct activation of the Da-like receptors in the nucleus accumbens shell was sufficient to elicit 50 kHz vocalizations in adult rats, an effect which was reversed with selective local antagonism of Da-like receptors. The Da-like receptor family also appears necessary for pharmacological activation of 50 kHz calling, as d-amphetamine was no longer able to effectively elicit these vocalizations from the nucleus accumbens shell when the Da-receptor family was antagonized with raclopride. The acoustic parameters of elicited vocalizations remained typical of rat 50 kHz calls. Detailed analyses of the acoustic characteristics of elicited calls indicated significant increases in call duration and peak frequency across drug injection groups, particularly among quinpirole dose groups. The implications of these findings are not yet clear, but may represent an important direction for future research into the coding of semiotic content into affective signals in rats.

Analytical modelling of bacterial migration and accumulation with rate-limited sorption in discrete fractures

An analytical model for bacterial accumulation in a discrete fractllre has been developed. The transport and accumlllation processes incorporate into the model include advection, dispersion, rate-limited adsorption, rate-limited desorption, irreversible adsorption, attachment, detachment, growth and first order decay botl1 in sorbed and aqueous phases. An analytical solution in Laplace space is derived and nlln1erically inverted. The model is implemented in the code BIOFRAC vvhich is written in Fortran 99. The model is derived for two phases, Phase I, where adsorption-desorption are dominant, and Phase II, where attachment-detachment are dominant. Phase I ends yvhen enollgh bacteria to fully cover the substratllm have accllillulated. The model for Phase I vvas verified by comparing to the Ogata-Banks solution and the model for Phase II was verified by comparing to a nonHomogenous version of the Ogata-Banks solution. After verification, a sensitiv"ity analysis on the inpllt parameters was performed. The sensitivity analysis was condllcted by varying one inpllt parameter vvhile all others were fixed and observing the impact on the shape of the clirve describing bacterial concentration verSllS time. Increasing fracture apertllre allovvs more transport and thus more accllffilliation, "Vvhich diminishes the dllration of Phase I. The larger the bacteria size, the faster the sllbstratum will be covered. Increasing adsorption rate, was observed to increase the dllration of Phase I. Contrary to the aSSllmption ofllniform biofilm thickness, the accllffilliation starts frOll1 the inlet, and the bacterial concentration in aqlleous phase moving towards the olitiet declines, sloyving the accumulation at the outlet. Increasing the desorption rate, redllces the dliration of Phase I, speeding IIp the accllmlilation. It was also observed that Phase II is of longer duration than Phase I. Increasing the attachment rate lengthens the accliffililation period. High rates of detachment speeds up the transport. The grovvth and decay rates have no significant effect on transport, althollgh increases the concentrations in both aqueous and sorbed phases are observed. Irreversible adsorption can stop accllillulation completely if the vallIes are high.

Molecular cloning and restriction endonuclease analysis of bovine adenovirus type 3

Bovine adenovirus type 3 (BAV3) is a medium size DNA virus that causes respiratory and gastrointestinal disorders in cattle. The viral genome consists of a 35,000 base pair, linear, double-stranded DNA molecule with inverted terminal repeats and a 55 kilodalton protein covalently linked to each of the 5' ends. In this study, the viral genome was cloned in the form of subgenomic restriction fragments. Five EcoRI internal fragments spanning 3.4 to 89.0 % and two Xb a I internal fragments spanning 35.7 to 82.9 % of the viral genome were cloned into the EcoRI and Xbal sites of the bacterial vector pUC19. To generate overlap between cloned fragments, ten Hi n dIll internal fragments spanning 3.9 to 84.9 and 85.5 to 96% and two BAV3 BamHI internal fragments spanning 59.8 to 84.9% of the viral genome were cloned into the HindllI and BamHI sites of pUC19. The HindlII cloning strategy also resulted in six recombinant plasmids carrying two or more Hi ndII I fragments. These fragments provided valuable information on the linear orientation of the cloned fragments within the viral genome. Cloning of the terminal fragments required the removal of the residual peptides that remain attached to the 5' ends of the genome. This was accomplished by alkaline hydrolysis of the DNA-peptide bond. BamH I restriction fragments of the peptide-free DNA were cloned into pUC19 and resulted in two plasmids carrying the BAV3 Bam HI terminal fragments spanning 0 to 53.9% and 84.9 to 100% of the viral genome.

Adenovirus-based exogenous gene expression in mammalian cells

Thesis (Ph.D.)--Brock University, 2010.

Ancrage de l'idéologie de l'Union des producteurs agricoles et de l'utopie de l'Union paysanne dans des significations imaginaires sociales.

Le but de cette thèse est de découvrir l'idéologie de l'Union des producteurs agricoles et l'utopie de l'Union paysanne et de les interpréter à la lumière de "significations imaginaires sociales" déterminantes de notre période historique. Dans la première partie de notre thèse, nous présentons l'évolution de l'imaginaire social du syndicalisme agricole québécois de 1924 à 2005. Nous distinguons quatre périodes et notre étude s'attarde à la dernière, c'est-à-dire celle qui débute en 2001 avec la naissance de l'Union paysanne. Afin d'étudier cette période nous présentons d'abord l'imaginaire social de la société, c'est-à-dire une configuration de significations imaginaires sociales (SIS) - des "idées-valeurs" générales et "englobantes" - qui fait qu'une société est ce qu'elle est et qu'elle ne pourrait être autrement compte tenu de son noyau de SIS. Ensuite, nous constatons que les travaux d'auteurs importants nous permettent de parler de niveaux et types d'imaginaires sociaux et d'établir des relations entre ces niveaux et formes d'imaginaires sociaux. C'est par l'entremise de la problématique générale agriculture-ruralité que nous démontrons, dans la deuxième partie de cette thèse, que des imaginaires sociaux "intermédiaires" - l'idéologie de l'UPA et l'utopie de la "minorité active", l'UP - permettent, en les ancrant dans quelqu'un et dans quelque chose, d'une part de découvrir les SIS de l'imaginaire social de la société et, d'autre part, de comprendre et d'interpréter ces deux imaginaires sociaux à la lumière des SIS. La problématique agriculture-ruralité est "opérationnalisée" à l'aide des trois dimensions suivantes: rapport à soi, rapport à l'autre et rapport à la nature. Le rapport à soi dévoile que la sphère du travail de l'agriculteur-éleveur dans l'idéologie de l'UPA correspond à la "sphère de la nécessité" qui implique notamment l'hétéronomie des agriculteurs, alors que l'utopie de l'UP la souhaite à la fois comme "sphère de la nécessité" et comme sphère de l'autonomie. Le rapport à l'autre permet de découvrir une utopie préconisant l'égalité des chances entre différents types d'agriculteurs et d'agricultures et entre la relève et les agriculteurs établis ainsi que l'égalité politique en territoire rural agricole. Dans l'idéologie de l'UPA, l'inégalité des chances et l'inégalité politique sont discutables mais inéluctables. Enfin, abstraction faite des nuances, la relation agriculture et nature est à l'utopie de l'UP ce que la relation agriculture ou nature est à l'idéologie de l'UPA. La construction partielle de l'idéologie et de l'utopie, nous permet, dans la troisième et dernière partie de cette thèse, d'y découvrir les SIS et de démontrer que l'utopie trouve son sens et sa cohérence en l'interprétant par l'entremise du naturalisme-écologie, de l'"autonomie" et de l'"autolimitation" comme SIS dominantes et de l'"expansion illimitée de la maîtrise rationnelle" (technique) et du capitalisme (économique) comme SIS "secondaires". Nous découvrons l'inverse dans l'idéologie de l'UPA. Les SIS dominantes et les SIS "secondaires" de l'utopie de l'UP sont respectivement les SIS secondaires et les SIS dominantes sous-jacentes à l'idéologie de l'UPA, ce qui correspond à la configuration des SIS dominantes de l'imaginaire social des sociétés constitutives de l'Occident contemporain.

The Trouble with Inversion: an Examination of Science Sexual Orientation

Although some are excited about the possibility of using current scientific research into the biological causes of sexual orientation to ground rights claims, I argue that basing rights claims on this research is unwise because this research, specifically the hormonal, genetic, and structural research, is organized around the inversion assumption, a conceptual scheme within which some aspect of the biology of gay men and lesbians is thought to be inverted along sex lines.While there are many reasons to worry about the use of the inversion assumption, I focus on problems that arise from a further set of claims that must be assumed in order to make the use of the inversion assumption coherent. This further set of assumptions includes the claims (1) that heterosexuality is the standard state and that (2) this standard state is sexually-dimorphic and (3) deterministic. I argue that this set of assumptions is problematic because it results in ideological consequences that are both sexist and heterosexist.

Approches algorithmiques pour l’inférence d’histoires de duplication en tandem avec inversions et délétions pour des familles multigéniques

[Français] Une fraction importante des génomes eucaryotes est constituée de Gènes Répétés en Tandem (GRT). Un mécanisme fondamental dans l’évolution des GRT est la recombinaison inégale durant la méiose, entrainant la duplication locale (en tandem) de segments chromosomiques contenant un ou plusieurs gènes adjacents. Différents algorithmes ont été proposés pour inférer une histoire de duplication en tandem pour un cluster de GRT. Cependant, leur utilisation est limitée dans la pratique, car ils ne tiennent pas compte d’autres événements évolutifs pourtant fréquents, comme les inversions, les duplications inversées et les délétions. Cette thèse propose différentes approches algorithmiques permettant d’intégrer ces événements dans le modèle de duplication en tandem classique. Nos contributions sont les suivantes: • Intégrer les inversions dans un modèle de duplication en tandem simple (duplication d’un gène à la fois) et proposer un algorithme exact permettant de calculer le nombre minimal d’inversions s’étant produites dans l’évolution d’un cluster de GRT. • Généraliser ce modèle pour l’étude d’un ensemble de clusters orthologues dans plusieurs espèces. • Proposer un algorithme permettant d’inférer l’histoire évolutive d’un cluster de GRT en tenant compte des duplications en tandem, duplications inversées, inversions et délétions de segments chromosomiques contenant un ou plusieurs gènes adjacents.

El Sur como espacio identitario en Torres García, Borges y Solanas

L’étude conceptualise la symbolique du Sud en tant qu’espace identitaire construit par une idéologie politique et une esthétique. Les cartes géographiques inversées (1936, 1943) de Joaquín Torres García (Uruguay) sont une prise de position politique qui affirme le pouvoir d’énonciation des artistes latino-américains de façon indépendante aux centres culturels européens. Sa théorie, l’« Universalisme Constructif », propose un nouvel art pour l’Amérique latine, combinant l’éthique artistique précolombienne et l’abstraction moderniste. Dans la nouvelle « Le Sud » (1953) et l’essai « L’écrivain argentin et la tradition » (1951), Jorge Luis Borges (Argentine) redéfinit la littérature latino américaine, marginalisée et périphérique, en tant que littérature qui a droit à toute la culture occidentale. Il rejette une culture qui ne serait que nationaliste. Le diptyque de Fernando Solanas (Argentine) formé des films Sud (1985) et Tangos, l’exil de Gardel (1988) est étudié à partir de son manifeste « Vers un Tiers- Cinéma » (1969), coécrit avec Octavio Getino. Dans le diptyque, le Sud est un espace de dénonciation des censures de la dictature et de l’impérialisme, mais aussi un espace de rénovation culturelle et identitaire. Dans son cinéma, Solanas utilise un produit culturel régional, le tango, comme outil de dénonciation politique. Tout au long de l’étude, on utilise des notions de Michel Foucault, (hétérotopie) et de Walter Mignolo (le centre amovible) pour approfondir le sens de l’espace Sud.

Actin cytoskeleton regulates pollen tube growth and tropism

La fertilisation chez les plantes dépend de la livraison des cellules spermatiques contenues dans le pollen à l’ovule. Au contact du stigmate, le grain de pollen s’hydrate et forme une protubérance, le tube pollinique, chargé de livrer les noyaux spermatiques à l’ovule. Le tube pollinique est une cellule à croissance rapide, anisotrope et non autotrophe; ainsi tout au long de sa croissance à travers l’apoplaste du tissu pistillaire, le tube pollinique puise ses sources de carbohydrates et de minéraux du pistil. Ces éléments servent à la synthèse des constituants de la paroi qui seront acheminés par des vésicules de sécrétion jusqu’à l’apex du tube. Ce dernier doit aussi résister à des pressions mécaniques pour maintenir sa forme cylindrique et doit répondre à différents signaux directionnels pour pouvoir atteindre l’ovule. Mon projet de doctorat était de comprendre le rôle du cytosquelette dans la croissance anisotrope du tube pollinique et d’identifier les éléments responsables de sa croissance et de son guidage. Le cytosquelette du tube pollinique est composé des microfilaments d’actine et des microtubules. Pour assurer une bonne croissance des tubes polliniques in vitro, les carbohydrates et les éléments de croissance doivent être ajoutés au milieu à des concentrations bien spécifiques. J’ai donc optimisé les conditions de croissance du pollen d’Arabidopsis thaliana et de Camellia japonica qui ont été utilisés avec le pollen de Lilium longiflorum comme modèles pour mes expériences. J’ai développé une méthode rapide et efficace de fixation et de marquage du tube pollinique basée sur la technologie des microondes. J’ai aussi utilisé des outils pharmacologiques, mécaniques et moléculaires couplés à différentes techniques de microscopie pour comprendre le rôle du cytosquelette d’actine lors de la croissance et le tropisme du tube pollinique. J’ai trouvé que le cytosquelette d’actine et plus précisément l’anneau d’actine localisé dans la partie sub-apicale du tube est fortement impliqué dans la croissance et le maintien de l’architecture du tube à travers le contrôle de la livraison des vésicules de sécrétion. J’ai construit une chambre galvanotropique qui peut être montée sur un microscope inversé et qui sert à envoyer des signaux tropistiques bien précis à des tubes polliniques en croissance. J’ai trouvé que les filaments d’actine sont impliqués dans la capacité du tube pollinique à changer de direction. Ce comportement tropistique dépend de la concentration du calcium dans le milieu de croissance et du flux de calcium à travers des canaux calciques. Le gradient de calcium établi dans le tube pollinique affecte l’activité de certaines protéines qui se lient à l’actine et dont le rôle est la réorganisation des filaments d’actine. Parmi ces protéines, il y a celles de dépolymérisation de l’actine (ADF) dont deux spécifiquement exprimées dans le gamétophyte mâle d’Arabidopsis (ADF7 et ADF10). Par marquage avec des proteins fluorescents, j’ai trouvé que l’ADF7 et l’ADF10 ont des expressions différentielles pendant la microsporogenèse et la germination et croissance du tube pollinique et qu’elles partagent entre elles des rôles importants durant ces différents stades.

Utilisation normale du mode et du tempo par les amusiques adultes, lors de jugements émotionnels

Notre aptitude à déterminer si un extrait de musique est gai ou triste réside dans notre capacité à extraire les caractéristiques émotionnelles de la musique. Une de ces caractéristiques, le mode, est liée aux hauteurs musicales et une autre, le tempo, est temporelle (Hevner, 1937; 1935). Une perception déficitaire de l’une de ces caractéristiques (ex. les hauteurs) devrait affecter l’expérience émotionnelle. L’amusie congénitale est caractérisée par un traitement anormal des hauteurs (Peretz, 2008). Toutefois, peu de données ont été accumulées sur les réponses émotionnelles des amusiques face à la perception du mode. La perception émotionnelle liée à celui-ci pourrait être préservée, chez les amusiques en raison de leur perception implicite des hauteurs (Peretz, et coll., 2009). Dans un premier temps, cette étude cherchera à déterminer dans quelle mesure les amusiques adultes utilisent le mode relativement au tempo dans la distinction d’une pièce gaie, d’une triste. Dans cette optique, onze amusiques et leurs contrôles appariés ont jugé des extraits de musique classique gais et tristes, dans leur forme originale et dans deux versions modifiées : (1) mode inversé (transcrit dans le mode opposé mineur ↔ majeur) et (2) tempo neutralisé (réglé à une valeur médiane), où le mode émerge comme caractéristique dominante. Les participants devaient juger si les extraits étaient gais ou tristes sur une échelle de 10-points, pendant que leurs réponses électromyographiques (zygomatique et corrugateur) étaient enregistrées. Les participants ont par la suite été réinvités au laboratoire pour réaliser une tâche non émotionnelle de discrimination des modes (majeur, mineur), dans laquelle des paires de stimuli composés de versions plus courtes des extraits originaux et leur version au mode inversé leur étaient présentées. Les participants (14; 7 amusiques) devaient juger si les paires étaient identiques (même stimulus, même mode) ou différentes (même stimulus, modes différents). Dans cette dernière tâche, les amusiques ont eu plus de difficulté que leurs contrôles à discriminer les modes, mais les amusiques comme leurs contrôles se sont montrés sensibles aux manipulations du mode et du tempo, dans la tâche émotionnelle. Ces résultats supportés par des réponses EMG normales présupposent des habiletés préservées ou implicites de traitement tonal dans l’amusie congénitale.

Trois essais en économie des ressources naturelles

Cette thèse est composée de trois articles en économie des ressources naturelles non-renouvelables. Nous considérons tour à tour les questions suivantes : le prix in-situ des ressources naturelles non-renouvelables ; le taux d’extraction optimal et le prix des res- sources non-renouvelables et durables. Dans le premier article, nous estimons le prix in-situ des ressources naturelles non-renouvelables en utilisant les données sur le coût moyen d’extraction pour obtenir une approximation du coût marginal. En utilisant la Méthode des Moments Généralisés, une dynamique du prix de marché derivée des conditions d’optimalité du modèle d’Hotelling est estimée avec des données de panel de 14 ressources naturelles non-renouvelables. Nous trouvons des résultats qui tendent à soutenir le modèle. Premièrement, le modèle d’Hotelling exhibe un bon pouvoir explicatif du prix de marché observé. Deuxièmement, bien que le prix estimé présente un changement structurel dans le temps, ceci semble n’avoir aucun impact significatif sur le pouvoir explicatif du modèle. Troisièmement, on ne peut pas rejeter l’hypothèse que le coût marginal d’extraction puisse être approximé par les données sur le coût moyen. Quatrièmement, le prix in-situ estimé en prenant en compte les changements structurels décroît ou exhibe une forme en U inversé dans le temps et semble être corrélé positivement avec le prix de marché. Cinquièmement, pour neuf des quatorze ressources, la différence entre le prix in-situ estimé avec changements structurels et celui estimé en négligeant les changements structurels est un processus de moyenne nulle. Dans le deuxième article, nous testons l’existence d’un équilibre dans lequel le taux d’extraction optimal des ressources non-renouvelables est linéaire par rapport au stock de ressource en terre. Tout d’abord, nous considérons un modèle d’Hotelling avec une fonction de demande variant dans le temps caractérisée par une élasticité prix constante et une fonction de coût d’extraction variant dans le temps caractérisée par des élasticités constantes par rapport au taux d’extraction et au stock de ressource. Ensuite, nous mon- trons qu’il existe un équilibre dans lequel le taux d’extraction optimal est proportionnel au stock de ressource si et seulement si le taux d’actualisation et les paramètres des fonctions de demande et de coût d’extraction satisfont une relation bien précise. Enfin, nous utilisons les données de panel de quatorze ressources non-renouvelables pour vérifier empiriquement cette relation. Dans le cas où les paramètres du modèle sont supposés invariants dans le temps, nous trouvons qu’on ne peut rejeter la relation que pour six des quatorze ressources. Cependant, ce résultat change lorsque nous prenons en compte le changement structurel dans le temps des prix des ressources. En fait, dans ce cas nous trouvons que la relation est rejetée pour toutes les quatorze ressources. Dans le troisième article, nous étudions l’évolution du prix d’une ressource naturelle non-renouvelable dans le cas où cette ressource est durable, c’est-à-dire qu’une fois extraite elle devient un actif productif détenu hors terre. On emprunte à la théorie de la détermination du prix des actifs pour ce faire. Le choix de portefeuille porte alors sur les actifs suivant : un stock de ressource non-renouvelable détenu en terre, qui ne procure aucun service productif ; un stock de ressource détenu hors terre, qui procure un flux de services productifs ; un stock d’un bien composite, qui peut être détenu soit sous forme de capital productif, soit sous forme d’une obligation dont le rendement est donné. Les productivités du secteur de production du bien composite et du secteur de l’extraction de la ressource évoluent de façon stochastique. On montre que la prédiction que l’on peut tirer quant au sentier de prix de la ressource diffère considérablement de celle qui découle de la règle d’Hotelling élémentaire et qu’aucune prédiction non ambiguë quant au comportement du sentier de prix ne peut être obtenue de façon analytique.

Les systèmes Xer à une seule recombinase

Les dimères chromosomiques se produisant lors de la réparation de chromosomes circulaires peuvent être dommageables pour les bactéries en bloquant la ségrégation des chromosomes et le bon déroulement de la division cellulaire. Pour remédier à ce problème, les bactéries utilisent le système Xer de monomérisation des chromosomes. Celui-ci est composé de deux tyrosine recombinases, XerC et XerD, qui vont agir au niveau du site dif et procéder à une recombinaison qui aura pour effet de séparer les deux copies de l’ADN. Le site dif est une séquence d’ADN où deux répétitions inversées imparfaites séparées par six paires de bases permettent la liaison de chacune des recombinases. Cette recombinaison est régulée à l’aide de FtsK, une protéine essentielle de l’appareil de division. Ce système a été étudié en profondeur chez Escherichia coli et a aussi été caractérisée dans une multitude d’espèces variées, par exemple Bacillus subtilis. Mais dans certaines espèces du groupe des Streptococcus, des études ont été en mesure d’identifier une seule recombinase, XerS, agissant au niveau d’un site atypique nommée difSL. Peu de temps après, un second système utilisant une seule recombinase a été identifié chez un groupe des epsilon-protéobactéries. La recombinase fut nommée XerH et le site de recombinaison, plus similaire à difSL qu’au site dif classique, difH. Dans cette thèse, des résultats d’expériences in vitro sur les deux systèmes sont présentés, ainsi que certains résultats in vivo. Il est démontré que XerS est en mesure de se lier de façon coopérative à difSL et que cette liaison est asymétrique, puisque XerS est capable de se lier à la moitié gauche du site prise individuellement mais non à la moitié droite. Le clivage par XerS est aussi asymétrique, étant plus efficace au niveau du brin inférieur. Pour ce qui est de XerH, la liaison à difH est beaucoup moins coopérative et n’a pas la même asymétrie. Par contre, le clivage est asymétrique lui aussi. La comparaison de ces deux systèmes montrent qu’ils ne sont pas homologues et que les systèmes Xer à seule recombinase existent sous plusieurs versions. Ces résultats représentent la première découverte d’un espaceur de 11 paires de bases chez les tyrosine recombinases ainsi que la première étude in vitro sur XerH.

De Jocaste à Lolita : Œdipe et l'hypersexualisation des jeunes filles au cinéma

Pour respecter les droits d’auteur, la version électronique de cette thèse a été dépouillée de ses documents visuels et audio-visuels. La version intégrale de la thèse a été déposée au Service de la gestion des documents et des archives de l'Université de Montréal

Une nouvelle approche computationnelle pour la découverte des sites de fixation de facteurs de transcription à l’ADN, adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage

Les facteurs de transcription sont des protéines spécialisées qui jouent un rôle important dans différents processus biologiques tel que la différenciation, le cycle cellulaire et la tumorigenèse. Ils régulent la transcription des gènes en se fixant sur des séquences d’ADN spécifiques (éléments cis-régulateurs). L’identification de ces éléments est une étape cruciale dans la compréhension des réseaux de régulation des gènes. Avec l’avènement des technologies de séquençage à haut débit, l’identification de tout les éléments fonctionnels dans les génomes, incluant gènes et éléments cis-régulateurs a connu une avancée considérable. Alors qu’on est arrivé à estimer le nombre de gènes chez différentes espèces, l’information sur les éléments qui contrôlent et orchestrent la régulation de ces gènes est encore mal définie. Grace aux techniques de ChIP-chip et de ChIP-séquençage il est possible d’identifier toutes les régions du génome qui sont liées par un facteur de transcription d’intérêt. Plusieurs approches computationnelles ont été développées pour prédire les sites fixés par les facteurs de transcription. Ces approches sont classées en deux catégories principales: les algorithmes énumératifs et probabilistes. Toutefois, plusieurs études ont montré que ces approches génèrent des taux élevés de faux négatifs et de faux positifs ce qui rend difficile l’interprétation des résultats et par conséquent leur validation expérimentale. Dans cette thèse, nous avons ciblé deux objectifs. Le premier objectif a été de développer une nouvelle approche pour la découverte des sites de fixation des facteurs de transcription à l’ADN (SAMD-ChIP) adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. Notre approche implémente un algorithme hybride qui combine les deux stratégies énumérative et probabiliste, afin d’exploiter les performances de chacune d’entre elles. Notre approche a montré ses performances, comparée aux outils de découvertes de motifs existants sur des jeux de données simulées et des jeux de données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. SAMD-ChIP présente aussi l’avantage d’exploiter les propriétés de distributions des sites liés par les facteurs de transcription autour du centre des régions liées afin de limiter la prédiction aux motifs qui sont enrichis dans une fenêtre de longueur fixe autour du centre de ces régions. Les facteurs de transcription agissent rarement seuls. Ils forment souvent des complexes pour interagir avec l’ADN pour réguler leurs gènes cibles. Ces interactions impliquent des facteurs de transcription dont les sites de fixation à l’ADN sont localisés proches les uns des autres ou bien médier par des boucles de chromatine. Notre deuxième objectif a été d’exploiter la proximité spatiale des sites liés par les facteurs de transcription dans les régions de ChIP-chip et de ChIP-séquençage pour développer une approche pour la prédiction des motifs composites (motifs composés par deux sites et séparés par un espacement de taille fixe). Nous avons testé ce module pour prédire la co-localisation entre les deux demi-sites ERE qui forment le site ERE, lié par le récepteur des œstrogènes ERα. Ce module a été incorporé à notre outil de découverte de motifs SAMD-ChIP.