A robust algorithm for segmenting fluorescence images and its application to single-molecule counting

La microscopie par fluorescence de cellules vivantes produit de grandes quantités de données. Ces données sont composées d’une grande diversité au niveau de la forme des objets d’intérêts et possèdent un ratio signaux/bruit très bas. Pour concevoir un pipeline d’algorithmes efficaces en traitement d’image de microscopie par fluorescence, il est important d’avoir une segmentation robuste et fiable étant donné que celle-ci constitue l’étape initiale du traitement d’image. Dans ce mémoire, je présente MinSeg, un algorithme de segmentation d’image de microscopie par fluorescence qui fait peu d’assomptions sur l’image et utilise des propriétés statistiques pour distinguer le signal par rapport au bruit. MinSeg ne fait pas d’assomption sur la taille ou la forme des objets contenus dans l’image. Par ce fait, il est donc applicable sur une grande variété d’images. Je présente aussi une suite d’algorithmes pour la quantification de petits complexes dans des expériences de microscopie par fluorescence de molécules simples utilisant l’algorithme de segmentation MinSeg. Cette suite d’algorithmes a été utilisée pour la quantification d’une protéine nommée CENP-A qui est une variante de l’histone H3. Par cette technique, nous avons trouvé que CENP-A est principalement présente sous forme de dimère.

The exploration of mixed-use principle as an ingredient to improve the viability and vitality of town centres in Mauritius

This thesis has been realised through a scholarship offered by the Government of Canada to the Government of the Republic of Mauritius under the Programme Canadien de Bourses de la Francophonie

Approbation, mise en marché et surveillance après mise en marché des dispositifs médicaux à risque élevé : examen des enjeux socio-éthiques

La littérature abordant les enjeux socio-éthiques et réglementaires associés aux médicaments est relativement abondante, ce qui n’est pas le cas des dispositifs médicaux (DM). Ce dernier secteur couvre une très large diversité de produits qui servent à de multiples applications: diagnostic, traitement, gestion des symptômes de certaines conditions physiques ou psychiatriques, restauration d’une fonction débilitante, chirurgie, etc. À tort, on a tendance à croire que les DM sont réglementés de la même manière que les médicaments, que ce soit pour les exigences concernant leur mise en marché ou des pratiques de surveillance après mise en marché. Or, au cours des dernières années, leur usage élargi, leur impact sur les coûts des soins de santé, et les rappels majeurs dont certains ont fait l’objet ont commencé à inquiéter la communauté médicale et de nombreux chercheurs. Ils interpellent les autorités réglementaires à exercer une plus grande vigilance tant au niveau de l’évaluation des nouveaux DM à risque élevé avant leur mise en marché, que dans les pratiques de surveillance après mise en marché. Une stratégie plus rigoureuse d’évaluation des nouveaux DM permettrait d’assurer un meilleur suivi des risques associés à leur utilisation, de saisir la portée des divers enjeux socio-éthiques découlant de l’utilisation de certains DM, et de préserver la confiance du public. D’emblée, il faut savoir que les autorités nationales n’ont pas pour mandat d’évaluer la portée des enjeux socio-éthiques, ou encore les coûts des DM qui font l’objet d’une demande de mise en marché. Cette évaluation est essentiellement basée sur une analyse des rapports risques-bénéfices générés par l’usage du DM pour une indication donnée. L’évaluation des impacts socio-éthiques et l’analyse coûts-bénéfices relèvent des agences d’Évaluation des technologies de santé (ÉTS). Notre recherche montre que les DM sont non seulement peu fréquemment évalués par les agences d’ÉTS, mais l’examen des enjeux socio-éthiques est trop souvent encore incomplet. En fait, les recommandations des rapports d’ÉTS sont surtout fondées sur une analyse coûts-bénéfices. Or, le secteur des DM à risque élevé est particulièrement problématique. Plusieurs sont non seulement porteurs de risques pour les patients, mais leur utilisation élargie comporte des impacts importants pour les systèmes de santé. Nous croyons que le Principisme, au cœur de l’éthique biomédicale, que ce soit au plan de l’éthique de la recherche que de l’éthique clinique, constitue un outil pour faciliter la reconnaissance et l’examen, particulièrement par les agences d’ÉTS, des enjeux socio-éthiques en jeu au niveau des DM à risque élevé. Également, le Principe de Précaution pourrait aussi servir d’outil, particulièrement au sein des agences nationales de réglementation, pour mieux cerner, reconnaître, analyser et gérer les risques associés à l’évaluation et l’utilisation de ce type de DM. Le Principisme et le Principe de Précaution pourraient servir de repères 1) pour définir les mesures nécessaires pour éliminer les lacunes observées dans pratiques associées aux processus de réglementation, et 2) pour mieux cerner et documenter les enjeux socio-éthiques spécifiques aux DM à risque élevé.

Patrons saisonniers de transformation du carbone et efficacité métabolique des communautés bactériennes du golfe d’Amundsen, Arctique canadien

Les réchauffements climatiques associés aux activités anthropiques ont soumis les écosystèmes arctiques à des changements rapides qui menacent leur stabilité à court terme. La diminution dramatique de la banquise arctique est une des conséquences les plus concrètes de ce réchauffement. Dans ce contexte, comprendre et prédire comment les systèmes arctiques évolueront est crucial, surtout en considérant comment les flux de carbone (C) de ces écosystèmes - soit des puits nets, soit des sources nettes de CO2 pour l'atmosphère - pourraient avoir des répercussions importantes sur le climat. Le but de cette thèse est de dresser un portrait saisonnier de l’activité bactérienne afin de déterminer l’importance de sa contribution aux flux de carbone en Arctique. Plus spécifiquement, nous caractérisons pour la première fois la respiration et le recours à la photohétérotrophie chez les microorganismes du golfe d’Amundsen. Ces deux composantes du cycle du carbone demeurent peu décrites et souvent omises des modèles actuels, malgré leur rôle déterminant dans les flux de C non seulement de l’Arctique, mais des milieux marins en général. Dans un premier temps, nous caractérisons la respiration des communautés microbiennes (RC) des glaces de mer. La connaissance des taux de respiration est essentielle à l’estimation des flux de C, mais encore limitée pour les milieux polaires. En effet, les études précédentes dans le golfe d’Amundsen n’ont pas mesuré la RC. Par la mesure de la respiration dans les glaces, nos résultats montrent des taux élevés de respiration dans la glace, de 2 à 3 fois supérieurs à la colonne d'eau, et une production bactérienne jusqu’à 25 fois plus importante. Ces résultats démontrent que la respiration microbienne peut consommer une proportion significative de la production primaire (PP) des glaces et pourrait jouer un rôle important dans les flux biogéniques de CO2 entre les glaces de mer et l’atmosphère (Nguyen et Maranger, 2011). Dans un second temps, nous mesurons la respiration des communautés microbiennes pélagiques du golfe d’Amundsen pendant une période de 8 mois consécutif, incluant le couvert de glace hivernal. En mesurant directement la consommation d'O2, nous montrons une RC importante, mesurable tout au long de l’année et dépassant largement les apports en C de la production primaire. Globalement, la forte consommation de C par les communautés microbiennes suggère une forte dépendance sur recyclage interne de la PP locale. Ces observations ont des conséquences importantes sur notre compréhension du potentiel de séquestration de CO2 par les eaux de l’Océan Arctique (Nguyen et al. 2012). Dans un dernier temps, nous déterminons la dynamique saisonnière de présence (ADN) et d’expression (ARN) du gène de la protéorhodopsine (PR), impliqué dans la photohétérotrophie chez les communautés bactérienne. Le gène de la PR, en conjonction avec le chromophore rétinal, permet à certaines bactéries de capturer l’énergie lumineuse à des fins énergétiques ou sensorielles. Cet apport supplémentaire d’énergie pourrait contribuer à la survie et prolifération des communautés qui possèdent la protéorhodopsine. Bien que détectée dans plusieurs océans, notre étude est une des rares à dresser un portrait saisonnier de la distribution et de l’expression du gène en milieu marin. Nous montrons que le gène de la PR est présent toute l’année et distribué dans des communautés diversifiées. Étonnamment, l’expression du gène se poursuit en hiver, en absence de lumière, suggérant soit qu’elle ne dépend pas de la lumière, ou que des sources de photons très localisées justifie l’expression du gène à des fins sensorielles et de détection (Nguyen et al., soumis au journal ISME). Cette thèse contribue à la compréhension du cycle du C en Arctique et innove par la caractérisation de la respiration et de l’efficacité de croissance des communautés microbiennes pélagiques et des glaces de mer. De plus, nous montrons pour la première fois une expression soutenue de la protéorhodopsine en Arctique, qui pourrait moduler la consommation de C par la respiration et justifier son inclusion éventuelle dans les modélisations du cycle du C. Dans le contexte des changements climatiques, il est clair que l'importance de l’activité bactérienne a été sous-estimée et aura un impact important dans le bilan de C de l'Arctique.

Étude du goulot d’étranglement dans la transmission mère-enfant du virus de l’hépatite C.

La transmission mère-enfant (TME) du virus de l’hépatite C (VHC) est la première cause d’acquisition de l’infection chez les enfants des pays développés. Celle-ci prend place dans <10% des cas. Toutefois, dans le cas d’une coinfection maternelle avec le virus de l’immunodéficience de type 1 (VIH-1), ce taux est accru alors qu’il n’existe aucune intervention préventive de la TME du VHC. Le VHC arbore une diversité importante qui est le résultat d’une réplication exempte de mécanisme de correction. Il est donc retrouvé chez son hôte sous la forme d’un spectre de virions génétiquement apparentés mais différents qu’on appelle quasiespèce. Lorsque le VHC est transmis entre adultes, seulement un nombre limité de variantes sont responsables de l’infection, c’est ce qu’on appelle un goulot d’étranglement génétique. L’existence d’un tel profil de transmission lors de la TME du VHC restait, jusqu’à maintenant, à confirmer. En se basant sur la détection par RT-PCR de la virémie à la naissance, la TME du VHC est réputée prendre place in utero et peripartum, une dynamique de transmission qui reste à démontrer. Ici, nous rapportons une analyse longitudinale de la TME du VHC par séquençage de nouvelle génération chez 5 paires mère-enfant dont 3 mères sont également coinfectées avec le VIH-1. L’analyse de l’identité des variantes virales basée sur la séquence nucléotidique des régions hypervariables 1-2 de la glycoprotéine E2 (positions 1491-1787 de l’isolat H77) révèle qu’un nombre limité de variantes virales sont transmises de la mère à l’enfant lorsque la mère est seulement infectée par le VHC (n = 1-4 variantes transmises). Dans le cas de la coinfection maternelle avec le VIH-1, ce nombre est toutefois drastiquement plus important (n = 111-118). La détection de variantes retrouvées chez la mère au deuxième trimestre et l’enfant mais non détectées subséquemment chez la mère témoigne que la TME du VHC peut prendre place aussi tôt que lors du deuxième trimestre de grossesse. Finalement, nous montrons que la dynamique d’infection chez l’enfant implique une augmentation transitoire de la virémie concomitante avec une perte de diversité de la quasiespèce. Dans l’ensemble ces résultats sont les premiers à démontrer directement l’existence d’un goulot d’étranglement lors de la TME du VHC. Celui-ci serait moins restringent dans le cas de la coinfection maternelle avec le VIH-1. Cette transmission peut prendre place aussi tôt que lors du deuxième trimestre de grossesse et il semblerait qu’un spectre limité de variantes soit responsable pour l’établissement de l’essentiel de la production virale chez le jeune enfant.

L’ontologie du non-humain en Amazonie selon les écrits de Philippe Descola et d’Eduardo Viveiros de Castro

Le non-humain et son ontologie sont définis dans ce mémoire en fonction des écrits de Philippe Descola et d’Eduardo Viveiros de Castro, deux figures-clés en anthropologie contemporaine sur l’Amazonie. L’animisme de Descola prête aux non-humains une intériorité humaine et les différencie par leur corps. Le perspectivisme de Viveiros de Castro, quant à lui, suppose que les points de vue différents créent des mondes et établissent ce qui est humain ou non. L’humain correspond au sujet cosmologique à la position pronominale de la première personne du singulier, ou « I », au sein d’une relation. De la sorte, un non-humain se perçoit comme un humain à cette position pronominale « I » et voit l’Autre à la position pronominale « it », position du non-humain. Dans ces deux ontologies, le non-humain est conçu comme une personne capable d’agir dans les mondes. La diversité des êtres inclus dans cette ontologie relationnelle est démontrée par des illustrations provenant de l’ethnographie achuar et araweté de ces deux auteurs. Puis, les relations de parenté, d’alliance et de prédation que les non-humains tissent entre eux et avec les humains exposent l’homologie des rapports non-humains avec les rapports humains. Finalement, l’analyse des méthodes de communication entre le non-humain et l’humain élucide comment la reconnaissance du non-humain dans une communication permet le traitement de ces êtres en tant qu’humains. Le non-humain ne serait donc pas un sujet permanent, mais temporaire le moment de l’interaction.

Impact de l’indice glycémique sur la performance physique de cyclistes de haut niveau

Plusieurs études ont démontré que la consommation d’un repas à indice glycémique bas (LGI) avant un exercice physique favorisait l’oxydation des lipides, diminuait les épisodes d’hypoglycémie et améliorait la performance. Par contre, d’autres recherches n’ont pas observé ces bénéfices. Le but de cette étude consiste à démontrer l’impact de l’ingestion de déjeuners avec différents indices glycémiques (IG) sur la performance en endurance de cyclistes de haut niveau. Dix cyclistes masculins ont complété trois protocoles attribués de façon aléatoire, séparés par un intervalle minimal de sept jours. Les trois protocoles consistaient en une épreuve contre la montre, soit trois heures après avoir consommé un déjeuner à indice glycémique bas ou élevé contenant 3 grammes de glucides par kg de poids corporel, soit à compléter l’exercice à jeun. Les résultats obtenus pour le temps de course montrent qu’il n’y pas de différence significative entre les protocoles. Par contre, on observe que le nombre de révolutions par minute (RPM) est significativement plus élevé avec le protocole à indice glycémique élevé (HGI) (94,3 ± 9,9 RPM) comparativement au protocole à jeun (87,7 ± 8,9 RPM) (p<0,005). Au niveau de la glycémie capillaire, on observe que durant l’exercice, au temps 30 minutes, la glycémie est significativement supérieure avec le protocole à jeun (5,47 ± 0,76 mmol/L) comparé à HGI (4,99 ± 0,91 mmol/L) (p<0,002). Notre étude n’a pas permis de confirmer que la consommation d’un repas LGI avant un exercice physique améliorait la performance physique de façon significative. Cependant, notre recherche a démontré que la diversité des protocoles utilisés pour évaluer l’impact de l’indice glycémique sur la performance physique pouvait occasionner des variations positives dans les temps de courses. Par conséquent, il s’avère nécessaire de faire d’autres recherches qui reproduisent les situations de compétition de l’athlète soit la course contre la montre.

Vulnérabilité à la chaleur dans le contexte des changements climatiques.

Thèse réalisée en cotutelle avec Université Paris 11 (Ecole Doctorale 420)

Regards croisés sur la relation école-famille et la réussite scolaire d’élèves à l’école fondamentale en Haïti

Cette recherche analyse la problématique de la collaboration école-famille et la réussite scolaire en Haïti. Considérant des cas d’élèves au profil social et scolaire contrasté, elle examine les points de vue d’une diversité d’acteurs impliqués dans l’éducation, tant au niveau formel qu’informel : 14 élèves, 17 parents, 7 enseignants, 7 membres de direction d’école, 3 inspecteurs, 2 conseillers pédagogiques et 6 intervenants (prêtres, psychologues, sociologue, médecin). Une approche multicas, à caractère ethnographique basée sur des entretiens approfondis a permis de croiser les regards de ces acteurs sur le cheminement scolaire des 14 cas d’élèves répartis dans huit établissements scolaires, du privé et du public, avec autant de cas de réussite et que de difficulté scolaire. À l’instar de la problématique que nous avons brossée au début de la thèse, les participants à notre recherche ont tous confirmé la vulnérabilité du contexte social en Haïti et ses répercussions sur le système scolaire : instabilité et insécurité sociopolitiques, précarité socioéconomique. Cette situation a transformé les structures familiales. Le système scolaire, dominé par le privé, est limité dans sa capacité d’accueil, ses ressources humaines, ses infrastructures matérielles et son programme de formation initiale et continue du personnel. C’est donc un système scolaire qui ne peut que difficilement soutenir l’apprentissage de ses élèves. En outre, la situation diglossique créole-français, qui prévaut dans la société et les écoles, freine en quelque sorte le progrès de plusieurs élèves. Au-delà des enjeux sociétaux évoqués par les acteurs, l’école au quotidien se dessine dans les discours comme lieu de résilience pour les élèves, inspiratrice de changement et la clé pour toute mobilité sociale dans l’avenir. L’éducation est toujours intégrée à un projet de société où la réussite scolaire devrait s’appuyer sur la collaboration de tous les acteurs. Il ressort la nécessité d’une grande mobilisation des jeunes eux-mêmes autour du métier d’élève et d’une compréhension partagée de la parentalité et de ses défis par les protagonistes de l’éducation. Les résultats soulèvent également l’importance d’une synergie sociétale autour de l’école, axée sur la coopération de tous au profit de l’apprentissage des élèves. En Haïti, la collaboration école-famille est plus complexe que dans d’autres contextes nationaux. Tout d’abord, les familles constituent la plus importante source de financement de l’éducation au pays à cause de l’hégémonie de l’école privée et de l’insuffisance du soutien étatique au fonctionnement des écoles publiques. Également, les parents d’élèves et leurs enfants, même ceux qui sont en difficulté scolaire, placent une très grande confiance en l’école et un grand espoir d’amélioration de leur sort grâce à la réussite scolaire. Cependant, des contraintes objectives de toutes sortes empêchent la majorité des parents de faire un suivi scolaire à la hauteur des besoins des élèves et des attentes de l’école. En congruence avec la recherche dans d’autres contextes nationaux, la collaboration école-famille se révèle plus compliquée dans le cas des parents éloignés de la culture scolaire, et les parcours scolaires les plus problématiques sont ceux d’élèves dont l’encadrement parental se révèle plus faible. Dans le contexte d’Haïti, un fait demeure hautement préoccupant : l’incapacité de l’école de compenser la précarité des conditions de vie des élèves et des parents, par une mobilisation efficiente de son capital (engagement du personnel dans la réussite des élèves; disponibilité des infrastructures matérielles, pédagogiques, didactiques; formation continue des enseignants; etc.). Nous notons aussi un décalage dans les attentes réciproquement formulées par les différents acteurs.

Le soutien au développement de la pratique des infirmières praticiennes spécialisées de première ligne au Québec

Bien qu'il existe une abondante littérature scientifique sur les infirmières praticiennes spécialisées de première ligne (IPSPL), le soutien et les modalités d’encadrement de cette pratique restent très peu explorés. Au Québec, ces questions semblent d’autant plus importantes à étudier car la diversité des milieux de pratique, l’éloignement physique entre les acteurs-clés, le partage de l’encadrement et le cadre légal complexifient l’opérationnalisation de ce soutien. Par le biais d’une étude de cas multiples, ce mémoire propose une analyse des différentes structures d’encadrement et des mécanismes déployés pour soutenir le développement de la pratique IPSPL au Québec. Issu d’un projet de recherche plus large et multicentrique, ce mémoire de maîtrise a étudié trois milieux distincts par le biais de 18 entrevues auprès de professionnels de la santé et de gestionnaires. Grâce à un modèle en trois niveaux, les besoins en termes de soutien des IPSPL et des équipes ont été identifiés. Les principaux résultats de cette recherche démontrent la pertinence d’un encadrement par les acteurs de la Direction des soins infirmiers. De plus, le soutien aux professionnels des équipes qui incluent des IPSPL semble bonifié lorsque certaines structures organisationnelles sont présentes. Finalement, les comités décisionnels autour de l’implantation des IPSPL s’avèrent davantage bénéfiques lorsqu’ils tiennent compte de l’environnement et de l’expérience acquise par les milieux.

Les effets de la maternité sur les trajectoires de carrière des femmes diplômées au Québec : le rôle des aspirations de carrière

Malgré les nombreux progrès effectués par les femmes sur le marché du travail, plusieurs difficultés persistent au niveau de leur représentation au sein de postes stratégiques et d'influence dans les organisations québécoises et ce, bien qu'elles soient aujourd'hui plus scolarisées que les hommes. Notre étude s'intéresse aux barrières contribuant à cette situation, plus particulièrement aux effets de la maternité sur les aspirations de carrière, et par le fait même sur les trajectoires de carrière des femmes diplômées universitaires. Cette étude qualitative a été réalisée à l'aide de données primaires colligées auprès de onze femmes membres de l'Ordre des conseillers en gestion des ressources humaines agrées (CRHA) et conseillers en relations industrielles agrées (CRIA) du Québec. À travers nos résultats, nous montrons qu'une diversité de facteurs au niveau sociétal, organisationnel, individuel et familial concourt à rendre difficile l'accès aux postes stratégiques et d'influence des organisations. Parmi ces facteurs, la maternité a pour effet d'influencer négativement les trajectoires de carrière des femmes en diminuant l'investissement temporel dans le travail et la mobilité géographique et internationale. Nos résultats soutiennent aussi que l'arrivée des enfants a pour effet de modifier les aspirations de carrière des femmes vers plus d'équilibre. De cette manière, les femmes auraient tendance à ce moment de leur vie à faire des choix favorisant une meilleure conciliation travail-famille. Ainsi, cette aspiration de carrière a pour effet d'influencer les trajectoires de carrière des mères vers des emplois où une flexibilité d'horaire est possible, comme c'est le cas en optant pour le travail autonome ou pour un emploi ne requérant pas de déplacements à l'extérieur, par exemple. En somme, cette étude contribue à la littérature sur les facteurs influençant les trajectoires de carrière féminines, puisque les effets médiateurs des aspirations de carrière entre la maternité et les trajectoires de carrière ont été peu étudiés à ce jour. Elle permet en ce sens d'observer les mécanismes des choix de carrière à ce moment précis de la vie des femmes.

Influence of plant species and richness on pollutant removal in treatment wetlands

Les marais filtrants artificiels sont des écosystèmes recréés par l’homme dans le but d’optimiser l’épuration des eaux usées. Lors de la sélection d’espèces végétales pour la mise en place de ces marais filtrants, l’utilisation d’une polyculture ainsi que d’espèces indigènes non invasives est de plus en plus recommandée. Néanmoins, la plupart des marais filtrants existants sont des monocultures utilisant des plantes envahissantes, probablement à cause du manque d’évidences scientifiques sur les avantages de la diversité végétale et de la performance des espèces locales. Ainsi, les questions de recherche autour desquelles s’oriente ma thèse sont: Les polycultures présentent-elles un potentiel épuratoire aussi ou plus grand que les monocultures, et une espèce indigène est-elle aussi efficace et performante qu’une espèce exotique envahissante dans des marais filtrants ? Trois expériences ont été conduites afin de répondre à ces questions. J’ai d’abord testé l’influence de la richesse végétale sur l’élimination des polluants en deux dispositifs expérimentaux: 1) comparant deux espèces de plantes émergentes en monoculture ou combinées séquentiellement, et 2) évaluant la performance de quatre espèces flottantes plantées en monoculture par rapport à des associations de deux (avec toutes les combinaisons possibles) et de quatre espèces. Une troisième expérience a été réalisée afin de comparer l’efficacité épuratoire de l’haplotype européen envahissant du roseau commun (Phragmites australis) et de la sous-espèce locale non-invasive (P. australis subsp. americanus). La composition en espèces végétales a produit un effet notable sur la performance des marais filtrants. La comparaison des performances en mono- et en polyculture n’a pas permis de démontrer clairement les avantages de la diversité végétale pour l’élimination des polluants dans les marais filtrants. Toutefois, les marais filtrants plantés avec une combinaison d’espèces étaient aussi efficaces que les monocultures des espèces les plus performantes. La comparaison entre les deux sous-espèces de P. australis indiquent que la sous-espèce indigène pourrait remplacer le roseau exotique envahissant, évitant ainsi les potentiels risques environnementaux sans toutefois compromettre l’efficacité du traitement. Les résultats prometteurs de la sous-espèce indigène de P. australis doivent encore être testés dans des expériences à grande échelle avant d’utiliser largement cette espèce dans les marais filtrants. Nos résultats suggèrent que, dans des conditions où la performance des macrophytes disponibles est inconnue ou ne peut être déterminée, l’utilisation d’une combinaison d’espèces présente les meilleures chances d’accomplir le plus haut niveau possible d’élimination de polluants. De plus, même si la diversité végétale ne présente pas un avantage mesurable en termes d’efficacité épuratoire, celle-ci améliore la résilience des marais filtrants et leur résistance aux stress et aux maladies.

De l'intime au social : l'écriture de l'enfance dans le roman francophone contemporain de Maurice et de la Réunion

Dans cette thèse, qui interroge la mise en écriture de l’enfance dans le roman contemporain de Maurice et de la Réunion, il s’agit d’analyser les dimensions suivantes : les modalités narratives, la construction, l’évolution et les fonctions du personnage enfant dans l’économie des textes, les rapports qu’il entretient avec les membres de sa famille et de son entourage immédiat, ainsi que la relation entre ces œuvres et leur contexte social et discursif. Notre corpus inclut quatorze récits d’enfance fictionnels de dix écrivains et écrivaines des Mascareignes, publiés de 1987 à 2012 : du côté mauricien, Nathacha Appanah, Ananda Devi, Marie-Thérèse Humbert, Shenaz Patel, Amal Sewtohul et Carl de Souza; du côté réunionnais, Danielle Dambreville, François Dijoux, Axel Gauvin et Jean-François Samlong. Dans ces romans, si la diversité et l’hybridité narratives, discursives et symboliques témoignent de l’imaginaire pluriel de ces sociétés hétérogènes, l’on retrouve néanmoins certaines grandes tendances, comme une écriture axée sur la mémoire du narrateur adulte ou sur l’expérience immédiate de l’enfant; des personnages enfants principalement souffrants, mal-aimés, subalternes et révoltés; ainsi que des familles et des sociétés dont le fonctionnement, les discours et les idéologies paraissent inappropriés, voire tout à fait néfastes. Si certains de ces choix esthétiques reconduisent certaines conventions, d’autres incarnent une perspective tout à fait nouvelle, voire transgressive. Par exemple, les emprunts à d’autres formes génériques comme le conte ou le théâtre, certaines écritures tout à fait singulières, ainsi que le fréquent mélange des voix et des langages se distinguent clairement des normes établies. La maltraitance extrême des petites et jeunes filles et l’apparition de la figure de l’enfant violent semblent également inédites. Le point de vue et l’expérience de l’enfant jettent enfin un regard global, approfondi et foncièrement critique sur les sociétés mauricienne et réunionnaise du présent (surtout dans le cas mauricien) comme du passé (années 1930 à 1970), procédant ainsi à un contre-discours s’opposant aux images exotiques et bucoliques de l’île paradisiaque. Du statut de témoin à celui d’acteur, l’enfant permet à l’auteur d’aborder une série de motifs et de problématiques distinctifs de l’imaginaire et des littératures de l’océan Indien, tels que l’altérité, l’identité, l’histoire, la mémoire, etc.

Ramifications génétiques et démographiques de l'effet fondateur québécois

Les événements fondateurs et les expansions territoriales peuvent promouvoir une cascade de changements génétiques et ont ainsi pu jouer un rôle important au cours de l’histoire évolutive de l’Homme moderne. Or, chez les populations humaines, les conséquences évolutives et la dynamique démographique des processus de colonisation demeurent largement méconnues et difficiles à étudier. Dans cette thèse, nous avons utilisé les généalogies de la population fondatrice canadienne-française ainsi que des données génomiques pour étudier ces questions. Les analyses génomiques et généalogiques, remarquablement concordantes, ont dévoilé un nouveau portrait détaillé de la structure de la population du Québec, incluant un continuum de diversité génétique dans l’axe ouest/est et des sous-populations significativement différenciées. L’analyse de l’immigration fondatrice a montré que virtuellement tous les Canadiens français sont métissés. Allant à l’encontre d’une prétendue homogénéité génétique de la population, nos résultats démontrent que le peuplement des régions a engendré une rapide différentiation génétique et expliquent certaines signatures régionales de l’effet fondateur. De plus, en suivant les changements évolutifs dans les généalogies, nous avons montré que les caractéristiques des peuplements fondateurs peuvent affecter les traits liés à la fécondité et au succès reproducteur. Cette thèse offre une meilleure compréhension du patrimoine génétique du Québec et apporte des éléments de réponse sur les conséquences évolutives des événements fondateurs.

Characterization of microalgae native to Quebec for biofuel production.

La production de biodiésel par des microalgues est intéressante à plusieurs niveaux. Dans le premier chapitre, un éventail de pour et contres concernant l’utilisation de microalgues pour la production de biocarburant sont ici révisés. La culture d’algues peut s'effectuer en utilisant des terres non-arables, de l’eau non-potable et des nutriments de base. De plus, la biomasse produite par les algues est considérablement plus importante que celle de plantes vasculaires. Plusieurs espèces on le contenu lipidique en forme de triacylglycérols (TAGs), qui peut correspondre jusqu'à 30% - 40% du poids sec de la biomasse. Ces proportions sont considérablement plus élevées que celui des huiles contenues dans les graines actuellement utilisées pour le biodiésel de première génération. Par contre, une production pratique et peu couteuse de biocarburant par des microalgues requiert de surpasser plusieurs obstacles. Ceci inclut le développement de systèmes de culture efficace à faible coût, de techniques de récupération requérant peu d’énergie, et de méthodes d’extraction et de conversion de l’huile non-dommageables pour l’environnement et peu couteuses. Le deuxième chapitre explore l'une des questions importantes soulevées dans le premier chapitre: la sélection d'une souche pour la culture. Une collection de souches de microalgues d'eau douce indigène au Québec a été établi et examiné au niveau de la diversité physiologique. Cette collection est composée de cent souches, que apparaissaient très hétérogènes en terme de croissance lorsque mises en culture à 10±2 °C ou 22±2 °C sur un effluent secondaire d’une usine municipale de traitement des eaux usées (EU), défini comme milieu Bold's Basal Medium (BBM). Des diagrammes de dispersion ont été utilisés pour étudier la diversité physiologique au sein de la collection, montrant plusieurs résultats intéressants. Il y avait une dispersion appréciable dans les taux de croissance selon les différents types de milieux et indépendamment de la température. De manière intéressante, en considérant que tous les isolats avaient initialement été enrichis sur milieu BBM, la distribution était plutôt symétrique autour de la ligne d’iso-croissance, suggérant que l’enrichissement sur BBM n’a pas semblé biaiser la croissance des souches sur ce milieu par rapport aux EU. Également, considérant que les isolats avaient d’abord été enrichis à 22°C, il est assez surprenant que la distribution de taux de croissance spécifiques soit aussi symétrique autour de la ligne d’iso-croissance, avec grossièrement des nombres égaux d’isolats de part et d’autre. Ainsi, l’enrichissement à 22°C ne semble pas biaiser les cellules vers une croissance à cette température plutôt que vers 10°C. Les diagrammes de dispersion obtenus lorsque le pourcentage en lipides de cultures sur BBM ont été comparées à des cultures ayant poussé sur EU soit à 10°C ou 22°C rendent évident que la production de lipides est favorisée par la culture sur EU aux deux températures, et que la production lipidique ne semble pas particulièrement plus favorisée par l’une ou l’autre de ces températures. Lorsque la collection a été examinée pour y déceler des différences avec le site d’échantillonnage, une analyse statistique a montré grossièrement que le même degré de diversité physiologique était retrouvé dans les échantillons des deux différents sites. Le troisième chapitre a poursuivi l'évaluation de la culture d'algues au Québec. L’utilisation de déchets industriels riches en nutriments minéraux et en sources de carbone pour augmenter la biomasse finale en microalgues et le produit lipidique à faible coût est une stratégie importante pour rendre viable la technologie des biocarburants par les algues. Par l’utilisation de souches de la collection de microalgues de l’Université de Montréal, ce rapport montre pour la première fois que des souches de microalgues peuvent pousser en présence de xylose, la source de carbone majoritairement retrouvée dans les eaux usées provenant des usines de pâte et papier, avec une hausse du taux de croissance de 2,8 fois par rapport à la croissance photoautotrophe, atteignant jusqu’à µ=1,1/jour. En présence de glycérol, les taux de croissance atteignaient des valeurs aussi élevées que µ=1,52/jour. La production lipidique augmentait jusqu’à 370% en présence de glycérol et 180% avec le xylose pour la souche LB1H10, démontrant que cette souche est appropriée pour le développement ultérieur de biocarburants en culture mixotrophe. L'ajout de xylose en cultures d'algues a montré certains effets inattendus. Le quatrième chapitre de ce travail a porté à comprendre ces effets sur la croissance des microalgues et la production de lipides. Quatre souches sauvages indigènes ont été obersvées quotidiennement, avant et après l’ajout de xylose, par cytométrie en flux. Avec quelques souches de Chlorella, l’ajout de xylose induisait une hausse rapide de l’accumulation de lipide (jusqu’à 3,3 fois) pendant les premières six à douze heures. Aux temps subséquents, les cellules montraient une diminution du contenu en chlorophylle, de leur taille et de leur nombre. Par contre, l’unique membre de la famille des Scenedesmaceae avait la capacité de profiter de la présence de cette source de carbone sous culture mixotrophe ou hétérotrophe sans effet négatif apparent. Ces résultats suggèrent que le xylose puisse être utilisé avant la récolte afin de stimuler l’augmentation du contenu lipidique de la culture d’algues, soit en système de culture continu ou à deux étapes, permettant la biorestauration des eaux usées provenant de l’industrie des pâtes et papiers. Le cinquième chapitre aborde une autre déché industriel important: le dioxyde de carbone et les gaz à effet de serre. Plus de la moitié du dioxyde de carbone qui est émis dans l'atmosphère chaque jour est dégagé par un processus stationnaire, soit pour la production d’électricité ou pour la fabrication industrielle. La libération de CO2 par ces sources pourrait être atténuée grâce à la biorestauration avec microalgues, une matière première putative pour les biocarburants. Néanmoins, toutes les cheminées dégagent un gaz différent, et la sélection des souches d'algues est vitale. Ainsi, ce travail propose l'utilisation d’un état de site particulier pour la bioprospection de souches d'algues pour être utilisé dans le processus de biorestauration. Les résultats montrent que l'utilisation d'un processus d'enrichissement simple lors de l'étape d'isolement peut sélectionner des souches qui étaient en moyenne 43,2% mieux performantes dans la production de biomasse que les souches isolées par des méthodes traditionnelles. Les souches isolées dans ce travail étaient capables d'assimiler le dioxyde de carbone à un taux supérieur à la moyenne, comparées à des résultats récents de la littérature.