973 resultados para AUTOMATED SAMPLE PREPARATION


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Os sequenciadores de nova geração como as plataformas Illumina e SOLiD geram uma grande quantidade de dados, comumente, acima de 10 Gigabytes de arquivos-texto. Particularmente, a plataforma SOLiD permite o sequenciamento de múltiplas amostras em uma única corrida (denominada de corrida multiplex) por meio de um sistema de marcação chamado Barcode. Esta funcionalidade requer um processo computacional para separação dos dados por amostra, pois, o sequenciador fornece a mistura de todas amostras em uma única saída. Este processo deve ser seguro a fim de evitar eventuais embaralhamentos que possam prejudicar as análises posteriores. Neste contexto, o presente trabalho propõe desenvolvimento de um modelo probabilístico capaz de caracterizar sistema de marcação utilizado em sequenciamentos multiplex. Os resultados obtidos corroboraram a suficiência do modelo obtido, o qual permite, dentre outras coisas, identificar faltas em algum passo do processo de sequenciamento; adaptar e desenvolver de novos protocolos para preparação de amostras, além de atribuir um Grau de Confiança aos dados gerados e guiar um processo de filtragem que respeite as características de cada sequenciamento, não descartando sequências úteis de forma arbitrária.

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Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

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Diversas estratégias para preparo de amostra, determinação e fracionamento, tais como espectrometria de absorção atômica com atomização eletrotérmica em forno de grafite (GF AAS) e espectrometria de emissão óptica com plasma acoplado indutivamente com configuração axial (ICP OES), foram empregadas para o fracionamento de bário em Castanha-do-Pará. Esse alimento é amplamente apreciado tanto pelo valor nutricional, quanto pelo sabor agradável. A análise química de Castanha-do-Pará não é trivial devido à matriz complexa. O fracionamento de bário em Castanha-do-Pará foi estudado devido à toxicidade desse elemento e a correlação entre a forma química e a absorção. Os teores totais de bário nas amostras de Castanha-do-Pará variaram entre 860 e 2084 mg kg-1. Extrações sequenciais foram feitas com base na solubilidade em diferentes meios e composição química envolvendo lipídios, proteínas e compostos de baixa massa molecular (LMW). Teores mais elevados de bário foram determinados nas frações LMW e insolúvel em água que variaram entre 778-1606 e 551-1520 mg kg-1, respectivamente. Esses resultados indicaram a indisponibilidade de bário presente nesse alimento ao organismo humano. Baseando-se nos teores de bário e enxofre nas diferentes frações e em cálculos estequiométricos para as possíveis reações envolvidas pode-se inferir que bário se encontra principalmente na forma de BaSO4. Experimentos termogravimétricos também confirmaram essa suposição.

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Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

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The application of microwave radiation on the sample preparation has been expanding increasingly in areas involving decomposition by wet and dry roads, fusion, extraction, acceleration of chemical reactions, for example. Currently, the use of microwave ovens for analytical purposes are recognized for having excellent performance for organic and inorganic samples. In the international market there are several kinds of microwaves oven which adapt the varied purposes, however yet with elevated prices which incapacitate your use as routine equipment in laboratory. Thus, many researchers have been choosing for developing own projects of microwaves oven production or to use domestic oven for the laboratory, with or without adaptations. For the evaluation of the proposed method was used in the Kjeldahl methodology for determining total nitrogen in samples of crude protein, using a domestic microwave oven and a digester pot made up in TeflonTM and distillation by steam. Were made to adapt and characterization of a domestic microwave oven, the confeccion vessel digester and the metal support for the vessel. The accuracy of the proposed method was confirmed by comparison of two methods, the standard method for conventional heating and by the proposed method, with heating by microwave radiation through the calculated values of relative standard deviation analysis

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Currently the study of important molecular compounds present in low abundance in some tissues has been a challenge for proteomic analysis classic. An analysis requires more exploratory investigation of small regions of a tissue or a group of cells. MALDI Imaging Technology (MSI) is an application of mass spectrometry facing the chemical analysis of intact tissues. Thus, advances in mass spectrometry MALDI being obtained by the integration of histology, the best methods and automation are the main tools of data analysis. This tool has become essential to analyze the spatial distribution of peptides and proteins throughout the tissue sections, providing an enormous amount of data with minimum sample preparation. Thus, the aim of this study was to develop the technique of MALDI Imaging using tissue from glioblastoma multiforme (GBM), a form of most common malignant tumor in the brain. For this we used the printer chemical ChIP-1000 (Chemical Inkjet Printer, Shimadzu) and mass spectrometer type Maldi-ToF-ToF (Axima Performance, Shimadzu), a search of the identifications were performed in databases such as SwissProt. We identified more than forty proteins with diverse functions such as proteins F-actin-capping and Thymosin to the structure and organization cellular and proteins such several Tumor necrosis factor receptor development-related pathology. The development of this technique will permit to carry-out proteomic analysis directly into the tissue, enabling earlier diagnosis of diseases, as well as the identification and characterization of potential biomarkers of disease.

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This paper reports on the development and validation of a simple and sensitive method that uses solid phase extraction (SPE) and liquid chromatography with ultraviolet detection to analyze fluoxetine (FLX) and norfluoxetine (NFLX) in human plasma samples. A lab-made C18 SPE phase was synthesized by using a sol–gel process employing a low-cost silica precursor. This sorbent was fully characterized by nuclear magnetic resonance (NMR), Fourier-transform infrared spectroscopy (FT-IR), and scanning electron microscopy (SEM) to check the particles' shape, size and C18 functionalization. The lab-made C18 silica was used in the sample preparation step of human plasma by the SPE-HPLC-UV method. The method was validated in the 15 to 500 ng mL 1 range for both FLX and NFLX using a matrix matched curve. Detection limits of 4.3 and 4.2 ng mL 1 were obtained for FLX and NFLX, respectively. The repeatability and intermediary precision achieved varied from 7.6 to 15.0% and the accuracy ranged from 14.9 to 9.1%. The synthesized C18 sorbent was compared to commercial C18 sorbents. The average recoveries were similar (85–105%), however the lab-made C18 silica showed fewer interfering peaks in the chromatogram. After development and validation, the method using the lab-made C18 SPE was applied to plasma samples of patients under FLX treatment (n ¼ 6). The concentrations of FLX and NFLX found in the samples varied from 46.8–215.5 and 48.0–189.9 ng mL 1 , respectively.

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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

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Pós-graduação em Ciência dos Materiais - FEIS

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Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)