IntFOLD: an integrated server for modelling protein structures and functions from amino acid sequences

IntFOLD is an independent web server that integrates our leading methods for structure and function prediction. The server provides a simple unified interface that aims to make complex protein modelling data more accessible to life scientists. The server web interface is designed to be intuitive and integrates a complex set of quantitative data, so that 3D modelling results can be viewed on a single page and interpreted by non-expert modellers at a glance. The only required input to the server is an amino acid sequence for the target protein. Here we describe major performance and user interface updates to the server, which comprises an integrated pipeline of methods for: tertiary structure prediction, global and local 3D model quality assessment, disorder prediction, structural domain prediction, function prediction and modelling of protein-ligand interactions. The server has been independently validated during numerous CASP (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction) experiments, as well as being continuously evaluated by the CAMEO (Continuous Automated Model Evaluation) project. The IntFOLD server is available at: http://www.reading.ac.uk/bioinf/IntFOLD/

Systemintegration mellan Java och VB.NET med webservices

I dagens näringsliv är effektiv kommunikation och informationsutbyte mellan företag en förutsättning för verksamheten. Näringslivet utmärks av förändring; företag köps upp, företag slås samman, företag samarbetar i projektform. Behovet av att integrera varandras informationssystem står i paritet med ovanstående förändringar. Ett stort problem med systemintegration är variationsrikedomen mellan informationssystemen, beträffande teknisk plattform och programspråk. Webservices erbjuder metoder att enkelt integrera olika informationssystem med varandra.I rapporten beskrivs hur webservices implementeras och vilka tekniska komponenter som ingår, samt de fördelar som webservicetekniken ger. Uppdraget från Sogeti, Borlänge var att designa och implementera en prototyp, i vilken klientapplikationer i Java och VB.NET integreras med varandra genom webservices i respektive programspråk. För analys och design har metoden UML använts. Slutsatsen av rapporten är att Java och VB.NET kan kommunicera med varandra genom webserviceteknik. Dock är integrationen mellan de två programspråken inte okomplicerad. Detta leder till slutsatsen att webservicetekniken måste standardiseras för att få ordentligt genomslag som teknik för systemintegration mellan olika programspråk.

Implementera en guide för allmänna transporter med buss på mobiltelefoner med Java 2 Micro Edition

Detta examensarbete går ut på att ta fram en applikation, avsedd för mobiltelefoner, där man på ett enkelt sätt kan få reda på avgångarna för Dalarnas kollektivtrafik. Det stigande bensinpriset och bilåkningens negativa miljöpåverkan ligger som grund till att Etex AB och Balanz AB vill undersöka om det går att få människor att välja bussen framför personbilen. Om man genom denna applikation kan underlätta planeringen av människors dagliga resor, hur påverkas då valet av fortskaffningsmedel?Resultatet blev en applikation där man, via sin mobiltelefon, bland annat kan ta reda på avgångar för utvalda linjer av Dalatrafiks bussar, hantera linjekartor och synkronisera avgångar med telefonens kalender. Alla tidtabeller sparas i telefonen för att minska nätverkstrafiken och för att informationen enkelt ska kunna återanvändas.Dalatrafik är det företag som ansvarar för kollektivtrafiken i Dalarna. Det finns i dagsläget ingen möjlighet att få reda på avgångarna för deras bussar om man inte har tillgång till en tidtabell eller ringer till deras kundservice. Vissa kommuner har redan lösningar för tidtabellshantering i mobiltelefonen och nu vill Etex AB och Balanz AB, som är två företag som bl.a. arbetar med trådlösa applikationer, att även Dalarna ska få ta del av detta praktiska hjälpmedel.De flesta mobiltelefoner som säljs idag har stöd för att köra applikationer, eller MIDlets som de också kallas, gjorda i J2ME (Java 2 Platform, Micro Edition). Denna teknik har tagits fram av Sun för att göra applikationer som kan köras på mindre mobila enheter såsom mobiltelefoner och handdatorer. Kombinerar man J2ME med den ökande prestandan i dagens mobiltelefoner kan avancerade applikationer t.ex. spel med 3D-grafik, webbläsare och andra nyttiga program tillverkas.

Developing a Communication link between Agents and cross Platform IDE

The main objective of this thesis work is to develop communication link between Runrev Revolution (IDE) and JADE (Multi-Agent System) through Socket programming using TCP/IP layer. These two independent platforms are connected using socket programming technique. Socket programming is considered to be newly emerging technology among these two platforms, the work done in this thesis work is considered to be a prototype.A Graphical simulation model is developed by salixphere (Company in Hedemora) to simulate logistic problems using Runrev Revolution (IDE). The simulation software/program is called “BIOSIM”. The logistic problems are complex, and conventional optimization techniques are unlikely very successful. “BIOSIM” can demonstrate the graphical representation of logistic problems depending upon the problem domains. As this simulation model is developed in revolution programming language (Transcript) which is dynamically typed and English-like language, it is quite slow compared to other high level programming languages. The object of this thesis work is to add intelligent behaviour in graphical objects and develop communication link between Runrev revolution (IDE) and JADE (Multi-Agent System) using TCP/IP layers.The test shows the intelligent behaviour in the graphical objects and successful communication between Runrev Revolution (IDE) and JADE (Multi-Agent System).

En SOA utvärderingsmall med fokus på integration, arkitektur och tjänster : Ett praktikfall på Logica

Today, there are no standardized ways to characterize SOA, many are talking about SOA and many say they are using SOA. One way that we have chosen to characterize this phenomenon is through an evaluation that will indicate whether SOA have been used in the development. Basedon a Service Oriented Architecture literature study, we have created an evaluation pattern resulting SOA principles of integration, architecture and services. This evaluation was applied to Logica's own integration system AgrCom through an empirical study to result in a response indicating whether AgrCom is SOA based. The results of the evaluation show that AgrCom is part of an SOA solution but not an SOA as a whole concept. The study shows that it takes morethan just systems in an activity to be referred to as the SOA-based, hence the architecture of anactivity must be taken into account.

IT­-Forensisk undersökning av flyktigt minne : På Linux och Android enheter

Att kunna gör en effektiv undersökning av det flyktiga minnet är något som blir viktigare ochviktigare i IT-forensiska utredningar. Dels under Linux och Windows baserade PC installationermen också för mobila enheter i form av Android och enheter baserade andra mobila opperativsy-stem.Android använder sig av en modifierad Linux-kärna var modifikationer är för att anpassa kärnantill de speciella krav som gäller för ett mobilt operativsystem. Dessa modifikationer innefattardels meddelandehantering mellan processer men även ändringar till hur internminnet hanteras ochövervakas.Då dessa två kärnor är så pass nära besläktade kan samma grundläggande principer användas föratt dumpa och undersöka minne. Dumpningen sker via en kärn-modul vilket i den här rapportenutgörs av en programvara vid namn LiME vilken kan hantera bägge kärnorna.Analys av minnet kräver att verktygen som används har en förståelse för minneslayouten i fråga.Beroende på vilken metod verktyget använder så kan det även behövas information om olika sym-boler. Verktyget som används i det här examensarbetet heter Volatility och klarar på papperet avatt extrahera all den information som behövs för att kunna göra en korrekt undersökning.Arbetet avsåg att vidareutveckla existerande metoder för analys av det flyktiga minnet på Linux-baserade maskiner (PC) och inbyggda system(Android). Problem uppstod då undersökning avflyktigt minne på Android och satta mål kunde inte uppnås fullt ut. Det visade sig att minnesanalysriktat emot PC-plattformen är både enklare och smidigare än vad det är mot Android.

Passive MVC och MVVM designmönster i Android : En jämförelse av kodkomplexitet mellan Passive MVC och MVVM

Det mobila operativsystemet Android är idag ett ganska dominerande operativsystem på den mobila marknaden dels på grund av sin öppenhet men också på grund av att tillgängligheten är stor i och med både billiga och dyra telefoner finns att tillgå. Men idag har Android inget fördefinierat designmönster vilket leder till att varje utvecklare får bestämma själv vad som ska användas, vilket ibland kan leda till onödigt komplex kod i applikationerna som sen blir svårtestad och svårhanterlig. Detta arbete ämnar jämföra två designmönster, Passive Model View Controller (PMVC) och Model View View-Model (MVVM), för att se vilket designmönster som blir minst komplext med hjälp av att räkna fram mätvärden med hjälp av Cyclomatic Complexity Number (CCN). Studien är gjord utifrån arbetssättet Design & Creation och ämnar bidra med: kunskap om vilket mönster man bör välja, samt om CCN kan peka ut vilka delar i en applikation som kommer att ta mer eller mindre lång tid att testa. Under studiens gång tog vi även fram skillnader på om man anväder sig av den så kallade Single Responsibilyt Principle (SRP) eller inte. Detta för att se om separerade vyer gör någon skillnad i applikationernas komplexitet. I slutändan så visar studien på att komplexiteten i små applikationer är väldigt likvärdig, men att man även på små applikationer kan se skillnad på hur komplex koden är men också att kodkomplexitet på metodnivå kan ge riktlinjer för testfall.

A load balancing algorithm for web based server grids

Load balance is a critical issue in distributed systems, such as server grids. In this paper, we propose a Balanced Load Queue (BLQ) model, which combines the queuing theory and hydro-dynamic theory, to model load balance in server grids. Base on the BLQ model, we claim that if the system is in the state of global fairness, then the performance of the whole system is the best. We propose a load balanced algorithm based on the model: the algorithm tries its best to keep the system in the global fairness status using job deviation. We present three strategies: best node, best neighbour, and random selection, for job deviation. A number of experiments are conducted for the comparison of the three strategies, and the results show that the best neighbour strategy is the best among the proposed strategies. Furthermore, the proposed algorithm with best neighbour strategy is better than the traditional round robin algorithm in term of processing delay, and the proposed algorithm needs very limited system information and is robust.

Fisheries and cage culture of three reservoirs in west Java, Indonesia; a case study of ambitious development and resulting interactions

The interactions between cage culture and wild fishery activities in three Indonesian reservoirs, Saguling, Cirata and Jatiluhur, of the greater Ciratum watershed, West Java, were evaluated using historical data and interviews with cage culture operators. In all three reservoirs, cage culture of common carp, Cyprinus carpio L., and later of common carp and Nile tilapia, Oreochromis niloticus (L.), were encouraged as an alternative livelihood for persons displaced by the impoundment. Currently, a two-net culture system, locally known as 'lapis dua', in which in the inner cage (7 × 7 × 3 m) is used for common carp culture and the outer cage (7 × 7 × 5/7 m) is stocked with Nile tilapia, is practised. On average each cage is stocked with  approximately 100 kg fingerlings each of common carp and Nile tilapia. The numbers of cages and production of cultured fish has increased in the reservoirs, but total and per cage production began to decline from about 1995 in Saguling from 2200 kg cage−1 in 1989 to <500 kg cage−1 in 2002, and in Cirata from a peak of approximately 2300 kg cage−1 in 1995 to approximately 400 kg cage−1 in 2002. In Jatiluhur, which has a considerably lower cage density, total fish production and production per cage has increased since 2000, and currently is approximately 4000 kg cage−1, close to production in the early years of cage culture activities. The cage culture operations also resulted in substantial nutrient loading, estimated at 3.2, 15.2 and 3.1 t of nitrogen and 134, 636 and 128 kg of phosphorous per year in the maximum years of production for Saguling, Cirata and Jatiluhur reservoirs, respectively. In later years, when cage culture production was high, fish kills occurred in the cages, and in Jatiluhur reservoir coincided with a dramatic decline in wild fishery catches. An attempt is made to determine the maximum number of cages for each of the reservoirs that will bring long-term sustainability of cage culture operations and the wild fisheries in the three reservoirs.