Kernel-PCA data integration with enhanced interpretability

Background Nowadays, combining the different sources of information to improve the biological knowledge available is a challenge in bioinformatics. One of the most powerful methods for integrating heterogeneous data types are kernel-based methods. Kernel-based data integration approaches consist of two basic steps: firstly the right kernel is chosen for each data set; secondly the kernels from the different data sources are combined to give a complete representation of the available data for a given statistical task. Results We analyze the integration of data from several sources of information using kernel PCA, from the point of view of reducing dimensionality. Moreover, we improve the interpretability of kernel PCA by adding to the plot the representation of the input variables that belong to any dataset. In particular, for each input variable or linear combination of input variables, we can represent the direction of maximum growth locally, which allows us to identify those samples with higher/lower values of the variables analyzed. Conclusions The integration of different datasets and the simultaneous representation of samples and variables together give us a better understanding of biological knowledge.

Evaluation de la tolérance subjective et hémodynamique des membranes de dialyse à faible et haut flux chez les patients sous hémodialyse intermittente chronique : un essai contrôlé randomisé

Les membranes de dialyse à haut flux et à faible flux pourraient être liées à différents profils hemodynamiques pendant les séances de dialyse. Cette étude visait à comparer le profil hémodynamique des certains filtres de dialyse polysulfone couramment utilisés en Suisse. Nous avons réalisé une étude ouverte, cross-over, avec 25 pazients en hémodialyse On a comparés entre eux 4 filtres de polysulfone de la surface de 1 8 m2 A (Revaclear HF, Gambro), B (Helixone HF, Fresenius), C (Xevonta HF, BBraun) et D (Helixone LF Fresenius). Le profil hémodynamique a été mesuré en utilisant une technique non invasive et au patient a été demandé de fournir une opinion sur la tolérance à la seance de dialyse. La même membrane était utilisée pour 3 séances de suites Chaque semaine la membrane de dialyse était modifiée conformément à la séquence de randomisation. Pour chaque patient on a recueillie les données de 12 séances de dialyse. L'étude a été réalisé sur trois mois à compter de novembre 2012. Les analyses ont encore une fois montré la supériorité des filtres à haut débit comparés aux filtres à faible débit, et ne tendance à la supériorité du filtre Helixone (haut debit) comparé aux deux autres membranes. Les filtres à faible débit par rapport a ceux a haut debit sont associés ä une pression systolique et diastolique plus élevées a des résistances périphériques plus hautes et à un débit cardiaque plus faible L incidence d'épisodes d'hypotension en dialyse était la suivante: Revaclear HF (A) 70 Helixone HF (B) 87 Xevonta HF 73 (C), Helixone LF (D) 75. Le nombre d'épisodes d hypotension associée au filtre B était supérieure, de manière significative. La membrane à faible flux était associée à une pression artérielle supérieure à celles des membranes de haut flux. La membrane à haut flux Helixone garantie la meilleure efficacité de dialyse. Malheureusement, la même membrane est associée à une augmentation de l'incidence des épisodes d'hypotension, probablement due à un déséquilibré hé à l'efficacité de la dialyse. Malgré ces résultats, la tolérance subjective pour les différents filtres était comparable.