Informaatiotutkimus

Informaatiotutkimuksen pääkokoelma sijaitsee pääkirjastossa (Linnassa), jossa painettu yleis- ja käsikirjastokokoelma koostuu noin 4500 nimekkeestä monografioita (painettujen monografiasarjojen osat mukaan lukien). Yleiskokoelmaa on karsittu joiltain osin 2000-luvun alussa. Monografiakokoelmasta kartoitettiin viisi osa-aluetta. Kirjastotyötä käsitteli 42 % kirjoista (1878 nimekettä), joten se oli selvin painopisteala. Kirjastohistoriaa käsitteli 18 % (791 nimekettä) ja kirjastotiedettä yleisesti 12 % kirjoista (521 nimekettä). Tiedonhankinta- ja tiedonhakututkimuksen (8 % / 381 nimekettä) ja tutkimusmenetelmien, bibliometriikan (3 % / 120 nimekettä) osuudet kirjakokoelmasta olivat pienehköjä. Käsikirjaston 218 nimekkeen kokoelma sisälsi bibliografioita (41 nimekettä), luettelointiin ja luokitukseen liittyvää aineistoa, asiasanastoja, tilastoja, käsikirjoja ja erilaisia kirjastojen ja informaatioalan laitosten hakemistoja. Näkyvimmän osan muodosti Encyclopedia of library and information science sarja vuosilta 1968-2003, volyymit 1-73. Painettuja lehtiä oli 15 nimekettä (Asiasana, Bibliophilos, Biblioteksbladet. BBL, College and research libraries CRL, IFLA journal, Informaatiotutkimus, Information world review, International cataloguing and bibliographic control, Kirjastolehti, Library of Congress information bulletin, Managing information, Raamatukogu:RK, Signum, Tietoasiantuntija). Sähkökirjoja kokoelmassa oli 103 nimekettä Ebrary-tietokannassa, 19 nimekettä NetLibrary-tietokannassa, 8 nimekettä MyiLibrary –tietokannassa ja 1 nimeke Taylor & Francis –tietokannassa. Edellä mainittujen lisäksi sähköinen hakuteos Encyclopedia of Information science and Technology. Verkkolehtiä kokoelmassa oli n. 350. Näistä open access lehtiä 210, joista ei saa tilastotietoja. Tietokantoja oli viisi (Ebscohost Academic Search Premier, Emerald Journals, Ebscohost Lista, ScienceDirect ja SpringerLink).

Gerontologia & geriatria

Gerontologian ja geriatrian pääkokoelma sijaitsee Terveystieteiden osastokirjastossa, jossa painettu yleiskokoelma koostuu 251 nimekkeestä monografioita. Kokoelmassa on runsaasti (38 %) sosiaaligerontologian kirjallisuutta, jolloin vanhenemisesta tarkastellaan yhteiskunnallisesta näkökulmasta. Kokoelmasta noin viidennes (22 %) on vanhenemiseen liittyviä yleisteoksia. Vanhenemista prosessina (13 %) ja geriatrista psykiatriaa (12 %) käsittelevät kirjat ovat myös selvästi edustettuina. Painettuja edelleen tulevia lehtiä on 3 kpl (Gerontechnology, Gerontologia, International Journal of Aging and Human Development). Sähkökirjoja on noin 150 nimekettä Ebrary-tietokannassa ja noin 40 nimekettä SpringerLink-tietokannassa. Lisäksi Books@Ovid, MDConcult ja Oxford Medical Handook Online -kokoelmissa yksi kirja. Tietosanakirjoja on 1 kpl (Encyclopedia of Gerontology). Sanastoja on 5 kpl( Hoidokki, Medical Subject Headings (MeSH), Sosiaali- ja terveydenhuollon sanasto, Swedish MeSH, Termix). Verkkolehtiä on kokoelmassa noin 80 nimekettä. ISI Web of Knowledge Journal Citation Reports -tietokannan listaamista 52 gerontologian & geriatrian lehdistä kokoelmissa on 38 nimekettä eli 73 prosenttia. Gerontologiaan ja geriatriaan liittyviä artikkeleita löytyy usean tieteenalan, kuten lääketieteen, hoitotieteen, kansanterveystieteen ja sosiaalitietieteiden, viitetietokannoista. Tietokantoja on noin 15-20, joista keskeisimpiä ovat esimerkiksi Medline, Web of Science ja Cinahl. Tämän lisäksi käytössä on useita lehtitietokantoja, esimerkiksi ScienceDirect ja EbscoHost.

Bioinformatics analysis of biomarkers and transcriptional factor motifs in Down syndrome

In this study, biomarkers and transcriptional factor motifs were identified in order to investigate the etiology and phenotypic severity of Down syndrome. GSE 1281, GSE 1611, and GSE 5390 were downloaded from the gene expression ominibus (GEO). A robust multiarray analysis (RMA) algorithm was applied to detect differentially expressed genes (DEGs). In order to screen for biological pathways and to interrogate the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway database, the database for annotation, visualization, and integrated discovery (DAVID) was used to carry out a gene ontology (GO) function enrichment for DEGs. Finally, a transcriptional regulatory network was constructed, and a hypergeometric distribution test was applied to select for significantly enriched transcriptional factor motifs. CBR1, DYRK1A, HMGN1, ITSN1, RCAN1, SON, TMEM50B, and TTC3 were each up-regulated two-fold in Down syndrome samples compared to normal samples; of these, SON and TTC3 were newly reported. CBR1, DYRK1A, HMGN1, ITSN1, RCAN1, SON, TMEM50B, and TTC3 were located on human chromosome 21 (mouse chromosome 16). The DEGs were significantly enriched in macromolecular complex subunit organization and focal adhesion pathways. Eleven significantly enriched transcription factor motifs (PAX5, EGR1, XBP1, SREBP1, OLF1, MZF1, NFY, NFKAPPAB, MYCMAX, NFE2, and RP58) were identified. The DEGs and transcription factor motifs identified in our study provide biomarkers for the understanding of Down syndrome pathogenesis and progression.

Clendenan-Thompson family fonds

Daniel Clendenan (1793-1866) was the son of Abraham Clendenan, a private in Butler’s Rangers. He was married to Susan[na] [Albrecht ] Albright, daughter of Amos Albright. Daniel and Susan[na] had twelve children and belonged to the Disciple Church. In 1826 Daniel Clendenan purchased Part lot 14, Concession 6, Louth Township from Robert Roberts Loring. On this property he built a home and conducted the business of blacksmithing and along with William Jones operated a lumber mill. Volume 1 and the first part of Volume 2 are Daniel Clendenan’s account books. Daniel and his wife Susan are buried in the Vineland Mennonite cemetery. Daniel and Susan[na]’s youngest daughter, Sarah, married widower Andrew Thompson (1825-1901), son of Charles and grandson of Solomon. Andrew Thompson had settled in the Wainfleet area in 1854 and had owned a mill in Wellandport. Daniel Clendenan, in ill health, passed ownership of Lot 14, Concession 6, Louth Township to his son-in-law Andrew Thompson. Robert Roberts Loring, the original owner of lot 14, concession 6 in Louth was born in September of 1789 in England. He joined the 49th Regiment of Foot as an ensign in December of 1804 and arrived in Quebec the following July. He served with Isaac Brock and Roger Sheaffe. In 1806 he was promoted to lieutenant. Loring was hired by Lieutenant General Gordon Drummond and accompanied him to Ireland in 1811, but the outbreak of war in the States in 1812 drew Loring back to Canada. On June 26, 1812 Loring became a captain in the 104th Regiment of Foot. On October 29 of the same year, he was appointed aide-de-camp to Sheaffe who was the administrator of Upper Canada. During the American attack on York in April 1813, Loring suffered an injury to his right arm from which he never recovered. In December of 1813, Drummond assumed command of the forces in Upper Canada and he appointed Loring as his aide-de-camp, later civil secretary and eventually his personal secretary. Loring was with Drummond in 1813 at the capture of Fort Niagara (near Youngstown), N.Y. He was also with Drummond in the attacks on Fort Niagara, settlements along the American side of the Niagara River, and then York and Kingston. In July of 1814 he was promoted to brevet major, however he was captured at the Battle of Lundy’s Lane and he spent the remainder of the conflict in Cheshire, Massachusetts. One of his fellow captives was William Hamilton Merritt. Loring remained in the army and had numerous military posts in Canada and England. He retired in 1839 and lived the last of his years in Toronto. He died on April 1, 1848. Sources: http://www.biographi.ca/en/bio/loring_robert_roberts_7E.html and “Loring, Robert Roberts” by Robert Malcomson in The Encyclopedia Of the War Of 1812 edited by Spencer Tucker, James R. Arnold, Roberta Wiener, Paul G. Pierpaoli, John C. Fredriksen

The Civil Law Of Contract

Cet article sera publié dans Ghent Encyclopedia of Law and Economics, Gerrit De Geest (General Editor), 2nd edition, Cheltenham, Edward Elgar, 2010.

L’extraction de phrases en relation de traduction dans Wikipédia

Afin d'enrichir les données de corpus bilingues parallèles, il peut être judicieux de travailler avec des corpus dits comparables. En effet dans ce type de corpus, même si les documents dans la langue cible ne sont pas l'exacte traduction de ceux dans la langue source, on peut y retrouver des mots ou des phrases en relation de traduction. L'encyclopédie libre Wikipédia constitue un corpus comparable multilingue de plusieurs millions de documents. Notre travail consiste à trouver une méthode générale et endogène permettant d'extraire un maximum de phrases parallèles. Nous travaillons avec le couple de langues français-anglais mais notre méthode, qui n'utilise aucune ressource bilingue extérieure, peut s'appliquer à tout autre couple de langues. Elle se décompose en deux étapes. La première consiste à détecter les paires d’articles qui ont le plus de chance de contenir des traductions. Nous utilisons pour cela un réseau de neurones entraîné sur un petit ensemble de données constitué d'articles alignés au niveau des phrases. La deuxième étape effectue la sélection des paires de phrases grâce à un autre réseau de neurones dont les sorties sont alors réinterprétées par un algorithme d'optimisation combinatoire et une heuristique d'extension. L'ajout des quelques 560~000 paires de phrases extraites de Wikipédia au corpus d'entraînement d'un système de traduction automatique statistique de référence permet d'améliorer la qualité des traductions produites. Nous mettons les données alignées et le corpus extrait à la disposition de la communauté scientifique.

Understanding the transcriptional control of EIF4E and its dysregulation in acute myeloid leukemia: role of NF-κB

EIF4E, le facteur d’initiation de la traduction chez les eucaryotes est un oncogène puissant et qui se trouve induit dans plusieurs types de cancers, parmi lesquels les sous-types M4 et M5 de la leucémie aiguë myéloblastique (LAM). EIF4E est régulé à plusieurs niveaux cependant, la régulation transcriptionnelle de ce gène est peu connue. Mes résultats montrent que EIF4E est une cible transcriptionnelle directe du facteur nucléaire « kappa-light- chain- enhancer of activated B cells » (NF-κB).Dans les cellules hématopoïétiques primaires et les lignées cellulaires, les niveaux de EIF4E sont induits par des inducteurs de NF-κB. En effet, l’inactivation pharmaceutique ou génétique de NF-κB réprime l’activation de EIF4E. En effet, suite à l’activation de NF-κB chez l’humain, le promoteur endogène de EIF4E recrute p65 (RelA) et c-Rel aux sites évolutionnaires conservés κB in vitro et in vivo en même temps que p300 ainsi que la forme phosphorylée de Pol II. De plus, p65 est sélectivement associé au promoteur de EIF4E dans les sous-types LAM M4/M5 mais non pas dans les autres sous-types LAM ou dans les cellules hématopoïétiques primaires normales. Ceci indique que ce processus représente un facteur essentiel qui détermine l’expression différentielle de EIF4E dans la LAM. Les analyses de données d’expressions par séquençage de l’ARN provenant du « Cancer Genome Atlas » (TCGA) suggèrent que les niveaux d’ARNm de EIF4E et RELA se trouvent augmentés dans les cas LAM à pronostic intermédiaire ou faible mais non pas dans les groupes cytogénétiquement favorables. De plus, des niveaux élevés d’ARNm de EIF4E et RELA sont significativement associés avec un taux de survie relativement bas chez les patients. En effet, les sites uniques κB se trouvant dans le promoteur de EIF4E recrutent le régulateur de transcription NF-κB p65 dans 47 nouvelles cibles prévues. Finalement, 6 nouveaux facteurs de transcription potentiellement impliqués dans la régulation du gène EIF4E ont été prédits par des analyses de données ChIP-Seq provenant de l’encyclopédie des éléments d’ADN (ENCODE). Collectivement, ces résultats fournissent de nouveaux aperçus sur le control transcriptionnel de EIF4E et offrent une nouvelle base moléculaire pour sa dérégulation dans au moins un sous-groupe de spécimens de LAM. L’étude et la compréhension de ce niveau de régulation dans le contexte de spécimens de patients s’avère important pour le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques ciblant l’expression du gène EIF4E moyennant des inhibiteurs de NF-κB en combinaison avec la ribavirine.

Développement d’une méthode bio-informatique permettant de relier les gènes aux métabolites

L’objectif de ce projet était de faire le lien entre gènes et métabolites afin d’éventuellement proposer des métabolites à mesurer en lien avec la fonction de gènes. Plus particulièrement, nous nous sommes intéressés aux gènes codant pour des protéines ayant un impact sur le métabolisme, soit les enzymes qui catalysent les réactions faisant partie intégrante des voies métaboliques. Afin de quantifier ce lien, nous avons développé une méthode bio-informatique permettant de calculer la distance qui est définie comme le nombre de réactions entre l’enzyme encodée par le gène et le métabolite dans la carte globale du métabolisme de la base de données Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). Notre hypothèse était que les métabolites d’intérêt sont des substrats/produits se trouvant à proximité des réactions catalysées par l’enzyme encodée par le gène. Afin de tester cette hypothèse et de valider la méthode, nous avons utilisé les études d’association pangénomique combinées à la métabolomique (mGWAS) car elles rapportent des associations entre variants génétiques, annotés en gènes, et métabolites mesurés. Plus précisément, la méthode a été appliquée à l’étude mGWAS par Shin et al. Bien que la couverture des associations de Shin et al. était limitée (24/299), nous avons pu valider de façon significative la proximité entre gènes et métabolites associés (P<0,01). En somme, cette méthode et ses développements futurs permettront d’interpréter de façon quantitative les associations mGWAS, de prédire quels métabolites mesurer en lien avec la fonction d’un gène et, plus généralement, de permettre une meilleure compréhension du contrôle génétique sur le métabolisme.

Marine Microbial Enzymes

3.4. Lipase (EC-3.1. 1.3) 3.5. Other Known Enzymes 3.6. Extremozymes (Enzymes from extremophiles) 3.7. Recognition of Valuable Extremozymes 4. Enzymes as Tools in Biotechnology 4.1. Restriction Enzymes from Marine Bacteria 4.2. Other Nucleases from Marine Bacteria 4.3. Bacteriolytic Enzyme by Bacteriophage from Seawater 5. Innovations in Enzyme Technology 5.1. Enzyme Engineering 5.2. Immobilization Technology 5.3. Gene Cloning for Marine Enzymes 6. Future Prospects